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date Fri, 29 Apr 2022 11:35:09 +0000
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+			<citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation>
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+			@unpublished{galaxyTools,
+				author = {E. Mijalis, H. Rasche},
+				title = {CPT Galaxy Tools},
+				year = {2013-2017},
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+			@unpublished{galaxyTools,
+				author = {C. Ross},
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+			@unpublished{galaxyTools,
+				author = {E. Mijalis, H. Rasche},
+				title = {CPT Galaxy Tools},
+				year = {2013-2017},
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+				author = {A. Criscione},
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+			<citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation>
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+			@unpublished{galaxyTools,
+				author = {A. Criscione},
+				title = {CPT Galaxy Tools},
+				year = {2019-2021},
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+			}
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+			<citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation>
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+			@unpublished{galaxyTools,
+				author = {C. Maughmer},
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+        <xml name="sl-citations-clm">
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+			@unpublished{galaxyTools,
+				author = {C. Maughmer},
+				title = {CPT Galaxy Tools},
+				year = {2017-2020},
+				note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
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+	<xml name="requirements">
+		<requirements>
+			<requirement type="package" version="3.7">python</requirement>
+			<requirement type="package" version="1.77">biopython</requirement>
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+		</requirements>
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+	<xml name="genome_selector">
+		<conditional name="reference_genome">
+			<param name="reference_genome_source" type="select" label="Reference Genome">
+				<option value="history" selected="True">From History</option>
+				<option value="cached">Locally Cached</option>
+			</param>
+			<when value="cached">
+				<param name="fasta_indexes" type="select" label="Source FASTA Sequence">
+					<options from_data_table="all_fasta"/>
+				</param>
+			</when>
+			<when value="history">
+				<param name="genome_fasta" type="data" format="fasta" label="Source FASTA Sequence"/>
+			</when>
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+	<xml name="gff3_input">
+		<param label="GFF3 Annotations" name="gff3_data" type="data" format="gff3"/>
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+	<xml name="input/gff3+fasta">
+		<expand macro="gff3_input" />
+		<expand macro="genome_selector" />
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+	<token name="@INPUT_GFF@">
+	"$gff3_data"
+	</token>
+	<token name="@INPUT_FASTA@">
+#if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached':
+		"${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}"
+#else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history':
+		genomeref.fa
+#end if
+	</token>
+	<token name="@GENOME_SELECTOR_PRE@">
+#if $reference_genome.reference_genome_source == 'history':
+		ln -s $reference_genome.genome_fasta genomeref.fa;
+#end if
+	</token>
+	<token name="@GENOME_SELECTOR@">
+#if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached':
+		"${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}"
+#else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history':
+		genomeref.fa
+#end if
+	</token>
+</macros>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/metagene.xml	Fri Apr 29 11:35:09 2022 +0000
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+<?xml version="1.0"?>
+<tool id="cpt.external.metagene" name="MetaGeneAnnotator" version="22.0.0">
+  <description>MetaGeneAnnotator is a gene-finding program for prokaryote and phage.</description>
+  <requirements>
+    <requirement type="package" version="1.0">metagene_annotator</requirement>
+  </requirements>
+  <command>mga $fasta -s > $output
+</command>
+  <inputs>
+    <param format="fasta" name="fasta" help="Input Fasta file" optional="False" label="fasta" type="data"/>
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data name="output" format="tabular"/>
+  </outputs>
+  <help>
+</help>
+  <tests>
+                <test>
+			<param name="fasta" value="MGA_In.fasta" />
+			<output name="output" value="MGA_Out.tabular" />
+		</test>
+  </tests>
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+++ b/test-data/MGA_In.fasta	Fri Apr 29 11:35:09 2022 +0000
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+>Miro
+TTAGTAATGGCTAAAACCATATGTAACATCAATCATGACTTTATAACGGCATACACGCAT
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+ATAAAGCTGGTATACAGCATCGCGTGAAGGGTTTCGCATCAACCGTTCAAAGAAGTTCAC
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+ATCAAACACTACATCTTTATATAGAAGCTGATGACCAATGATTTTAATGTTGCCTTTGCT
+ATAGGTTCGGATCGCTTCTTGAGTATCCAAACAAGTTACAGCACCTTTGACATCACCAGC
+TTTCAGCATTTCATGCGCTTTCTTAAAGTTCGGATGTGTTTCACCCGCCATGAAAACGCG
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+TACTTTAGGCTTTTGTTTTACATCCCTTTTCTTAGGGAATTCCGCTAACTTGCGGTTGAT
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+CCCCGTCAACCATCCATTATAGATAGCTTTCTGTTGTACTTCGTCGAGAATTTTGACCAT
+TATTTCCACCGTATTAATTTCTTAAACTCACTGAGATTCTTTTCGTTGTTGTAAATCGGA
+CGAATTGAATAAGAATCGCTATGTTCAACAAGTGAAGCCAGTAACGGGTTTAGTGATTTA
+AAGATTTCCCATGCCTGATCAACACGTTTTTTCATATTGCTGCGTTTAACGCGCATTGAT
+GCTACGGACTCACGCAGAATCGGACAACGCACCCTGGAAAGATTTTTACCATCTTTCTCA
+TACCCTTCCAGACACACTATACGTTCGAGGGTATCAACAATCTTATACAGTTTTTCATTA
+TATCGGTTTTTCACAATCCGATCAAGCGATACACCGAAACGGCTATGCAATGCGTCTGTT
+TCTGTTGAGTGATCCTTCCCAATCCATCCAGGCAAGCAATTATCTTTCAATGCCTTTTCA
+GATTTAACATACTGCTTGCACAGCATATCATCAAAGCATACCAGATTTGAATCCGGGATC
+CACTTCCAGAGGCTGTTACGTATAGCAAACACAACAGGGATCCCAGTATGGCGCATGATA
+CGCGATAAAGTAGATTCTTTCATTGCTGAATCCATAGACAACCCGGAATTTTCACCATCT
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+AACTCTGATTTTGTCATAAACAGAGAAGTTTTTGCCAGATTGCCGTTACTATCCAACTCA
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+TACTTGCTCCAGCGGCCTCCGCTACCAGTTACCTGATACCATGCATCTTTACCGTCGTAT
+TCGTTCGCCCAATACCCAGCAACATAATCATCATTATATTTGTTTGGTTTGACTAGTTCG
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+TACGCTTTCTTGTTTGCGCGTAGAGATAGTTTGTTTCGTCCCTTGCTGGTATCTGTACCA
+ACACGGTAGATGGTTTGCGGTGTATCTTCGCGTAATTTCATTGTTTATTTCTCACTTAAC
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+ATATGCCTTGCGCCCGCTGATCCAAATGTTTTTCATATCCTTAACACCGTTCATCACATC
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+GAACAAACAATAAAGGATCTCATTCTTATCAACTAGATTAGCATCCTTTGTAGTTGTTTT
+ACTTGGTGAAGGTTTCGCACCCAGGCGCAAGGCCATAGCTTGCCACACTTTACCATGTTC
+ATAACCGCGCCCGACAAGAGCATGAGCGATTTCGTGTAAAAGAGTGTCTAAAATATCCTC
+GTAGATATCTTCCGCAACATGACGACCAGACAGTTCGATCAGTTTTTTGGTATAACTGCA
+ACGGCCCAGAGTTTTTGTAATGCGTCCATTGATCCGGAATGTCCAACCATTACTGATCAA
+ACCGTGTTTTTCCATCATGGTACGCGCCCAGTGGGTTACTTCCATTGCACTACGAGTTTT
+CAACATTTTAGAATCTCCTTTGCTTGGTACAAAACCAATATAGCAAAAAGCCCCCTGCAT
+TGCAAGAGGCTTTGTAATTATTTCAACTTCTTAGAAAGTTCTTTTAAATCATTGAGATAC
+TCAATTTTAGGGGTTGTTTCTTCCCAGTATTTCAATTGTTTGCGCAATTCTTCGGCTTCG
+TCTTCCAGCTTTTTTCTTTCGTCCGTGGTTAGATGGTAGATGTTCATAGCCACTAACATT
+TCGGCATGATTCTCGCAACCTATCCACGTAGACACAAATTTAACCGCTTCGCTGCGACTA
+AGGCCACGCAGAGAATCAGGAGATTCTACCATTTGAGCAATAAACGCAACCTTTGCCAGT
+GCTTTATCTAACGCTTCCTTAGTTTCCTGGATACGCTTATTGATGCGCTGTTGATATACA
+TTCATACGGATATCAACAAAATCCTTTAGAAGCGTTTCAGGGCGTTCGTATGAGTATAGT
+TTACCCTCAAAGATAACGTTAATGTTTGGGTTTGAGTTTTCAATCAAACCGAAATCTTTC
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+GTTTTACCTTGCAATTCATAGGTGCCGTAAATCGTACCGTCTGTGATTTCACCTTTAAAG
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+AACCCGTTAACCAGTACCATCGGAATGATCGGGAGATAGTACGCTGGCGGTACATGTTCC
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+AGTTTACACTTGATGTAACGAGGTGCGCCAGGTTTCTTAACCAAACGGGAACCAAAGAAC
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+TTGCTTTATCGCGGAACGGTGCAAACTCATCAAGAGAATAGAACCATTTTTCCTCGCGCC
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+TTTTCGCTTTGGTGATCGCGGCGGCTTCTGCTGCTTGTTTACGAATCAATGCGGATTCAA
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