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author iracooke
date Tue, 24 Mar 2015 19:58:38 -0400
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children 1e9db1e7fdcd
files admin_scripts/build_mods_loc.py admin_scripts/build_species.py admin_scripts/searchGUI_mods.xml admin_scripts/searchGUI_usermods.xml admin_scripts/species macros.xml peptide_shaker.xml searchgui.xml test-data/peptide_shaker_certificate_result2.tabular test-data/peptide_shaker_peptides_result3.tabular test-data/peptide_shaker_result1.cps test-data/peptide_shaker_result1.zip tool_dependencies.xml
diffstat 13 files changed, 3775 insertions(+), 25 deletions(-) [+]
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line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/admin_scripts/build_mods_loc.py	Tue Mar 24 19:58:38 2015 -0400
@@ -0,0 +1,12 @@
+#!/usr/bin/env python
+
+import xml.etree.ElementTree as ET
+from os.path import exists
+
+with open("searchgui_mods.loc.sample", "w") as output:
+    for mods_path in ["searchGUI_mods.xml", "searchGUI_usermods.xml"]:
+        tree = ET.parse(mods_path)
+        modifications_el = tree.getroot()
+        for mod in modifications_el.findall("{http://www.ncbi.nlm.nih.gov}MSModSpec"):
+            name_el = mod.find("{http://www.ncbi.nlm.nih.gov}MSModSpec_name")
+            output.write("%s\n" % name_el.text.lower())
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/admin_scripts/build_species.py	Tue Mar 24 19:58:38 2015 -0400
@@ -0,0 +1,10 @@
+#!/usr/bin/env python
+
+import sys
+
+for line in open( sys.argv[1] ):
+    line = line.strip()
+    if line and not line.startswith('>'):
+        name, id = line.split('\t')
+        line = '<option value="%s">%s</option>' % (name, name)
+    print line
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/admin_scripts/searchGUI_mods.xml	Tue Mar 24 19:58:38 2015 -0400
@@ -0,0 +1,3021 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<MSModSpecSet
+        xmlns="http://www.ncbi.nlm.nih.gov"
+        xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
+        xs:schemaLocation="http://www.ncbi.nlm.nih.gov OMSSA.xsd"
+        >
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="methylk">0</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methylation of K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="oxym">1</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of M</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>15.994915</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>15.9994</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>M</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>35</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Oxidation</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="carboxymethylc">2</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>carboxymethyl C</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>58.005479</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>58.0361</MSModSpec_averagemass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>6</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Carboxymethyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="carbamidomethylc">3</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>carbamidomethyl C</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>57.021464</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>4</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Carbamidomethyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="deamidationkq">4</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>deamidation of N and Q</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>0.984016</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>N</MSModSpec_residues_E>
+            <MSModSpec_residues_E>Q</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>7</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Deamidated</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="propionamidec">5</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>propionamide C</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>71.037114</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>24</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Propionamide</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="phosphorylations">6</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>phosphorylation of S</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>79.966331</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>79.9799</MSModSpec_averagemass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>S</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>21</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Phospho</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="phosphorylationt">7</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>phosphorylation of T</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>79.966331</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>T</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>21</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Phospho</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="phosphorylationy">8</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>phosphorylation of Y</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>79.966331</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>79.9799</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>Y</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>21</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Phospho</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermmcleave">9</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnaa">2</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>M cleavage from protein n-term</MSModSpec_name>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>M</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>765</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Met-loss</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermacetyl">10</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modn">1</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>acetylation of protein n-term</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>42.010565</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_unimod>1</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Acetyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermmethyl">11</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modn">1</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methylation of protein n-term</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermtrimethyl">12</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modn">1</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>tri-methylation of protein n-term</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>42.046950</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_unimod>37</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Trimethyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="methythiold">13</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>beta methythiolation of D</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>45.987721</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>46.0916</MSModSpec_averagemass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>D</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>39</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methylthio</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="methylq">14</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methylation of Q</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>Q</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="trimethylk">15</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>tri-methylation of K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>42.046950</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>42.0797</MSModSpec_averagemass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>37</MSModSpec_unimod>
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+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="methyld">16</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methylation of D</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>D</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="methyle">17</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methylation of E</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>E</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ctermpepmethyl">18</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
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+            <MSModType value="modcp">7</MSModType>
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+            <MSModSpec_residues_E>E</MSModSpec_residues_E>
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+        <MSModSpec_unimod>298</MSModSpec_unimod>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modcp">7</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>tri-deuteromethylation of peptide c-term</MSModSpec_name>
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+        <MSModSpec_mod>
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+        <MSModSpec_type>
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+        <MSModSpec_name>2-amino-3-oxo-butanoic acid T</MSModSpec_name>
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+        <MSModSpec_type>
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+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modcp">7</MSModType>
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+    <MSModSpec>
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+        <MSModSpec_type>
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+        <MSModSpec_unimod>39</MSModSpec_unimod>
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+    <MSModSpec>
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+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
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+        <MSModSpec_name>carboxyamidomethylation of K</MSModSpec_name>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>4</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Carbamidomethyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="carbamidometylh">28</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>H</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>4</MSModSpec_unimod>
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+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>carboxyamidomethylation of D</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>57.021464</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>57.0513</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>D</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>4</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Carbamidomethyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="carbamidomethyle">30</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>carboxyamidomethylation of E</MSModSpec_name>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>E</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>4</MSModSpec_unimod>
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+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="carbamylk">31</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>carbamylation of K</MSModSpec_name>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>5</MSModSpec_unimod>
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+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermcarbamyl">32</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>carbamylation of n-term peptide</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>43.005814</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>43.0247</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>X</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>5</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Carbamyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="citrullinationr">33</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>citrullination of R</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>0.984016</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>R</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>7</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Deamidated</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of C to cysteic acid</MSModSpec_name>
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+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>345</MSModSpec_unimod>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="diiodinationy">35</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>di-iodination of Y</MSModSpec_name>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>Y</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>130</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Diiodo</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="dimethylk">36</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>di-methylation of K</MSModSpec_name>
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+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>36</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Dimethyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="dimethylr">37</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>di-methylation of R</MSModSpec_name>
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+            <MSModSpec_residues_E>R</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>36</MSModSpec_unimod>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
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+        <MSModSpec_name>di-methylation of peptide n-term</MSModSpec_name>
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+        <MSModSpec_unimod>36</MSModSpec_unimod>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="dihydroxyf">39</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of F to dihydroxyphenylalanine</MSModSpec_name>
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+            <MSModSpec_residues_E>F</MSModSpec_residues_E>
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+        <MSModSpec_unimod>425</MSModSpec_unimod>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>gammathiopropionylation of K</MSModSpec_name>
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+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
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+        <MSModSpec_unimod>126</MSModSpec_unimod>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermpeptioacetyl">41</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>gammathiopropionylation of peptide n-term</MSModSpec_name>
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+        <MSModSpec_unimod>126</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Thioacyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="farnesylationc">42</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>farnesylation of C</MSModSpec_name>
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+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
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+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="formylk">43</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>formylation of K</MSModSpec_name>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>122</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Formyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermpepformyl">44</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>formylation of peptide n-term</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>27.994915</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>28.0101</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_unimod>122</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Formyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="formylkynureninw">45</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of W to formylkynurenin</MSModSpec_name>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>W</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>425</MSModSpec_unimod>
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+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="phef">46</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>F</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>127</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Fluoro</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="gammacarboxyld">47</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>beta-carboxylation of D</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>43.989829</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>D</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>299</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Carboxy</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>gamma-carboxylation of E</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>43.989829</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>44.0095</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>E</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>299</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Carboxy</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="geranylgeranylc">49</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>geranyl-geranyl</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>272.250401</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>48</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>GeranylGeranyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermpepglucuronylg">50</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnaa">2</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>glucuronylation of protein n-term</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>176.032088</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>G</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>54</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Glucuronyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="glutathionec">51</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>glutathione disulfide</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>305.068156</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>55</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Glutathione</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="glyglyk">52</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>ubiquitinylation residue</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>114.042927</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>114.1026</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>121</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>GlyGly</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="guanidinationk">53</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>guanidination of K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>42.021798</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>42.0400</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>52</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Guanidinyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="his2asnh">54</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of H to N</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>-23.015984</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>-23.0366</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>H</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>348</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>His-&gt;Asn</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="his2asph">55</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of H to D</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>-22.031969</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>-22.0519</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>D</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>349</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>His-&gt;Asp</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ctermpephsem">56</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modcpaa">8</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>homoserine</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>-29.992806</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>-30.0922</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>M</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>10</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Met-&gt;Hse</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ctermpephselactm">57</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modcpaa">8</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>homoserine lactone</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>-48.003371</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>-48.1075</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>M</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>11</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Met-&gt;Hsl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="hydroxykynureninw">58</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of W to hydroxykynurenin</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>19.989829</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>19.9881</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>W</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>350</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Trp-&gt;Hydroxykynurenin</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="hydroxylationd">59</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>hydroxylation of D</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>15.994915</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>15.9994</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>D</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>35</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Oxidation</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="hydroxylationk">60</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>hydroxylation of K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>15.994915</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>15.9994</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>35</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Oxidation</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="hydroxylationn">61</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>hydroxylation of N</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>15.994915</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>15.9994</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>N</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>35</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Oxidation</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="hydroxylationp">62</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>hydroxylation of P</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>15.994915</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>15.9994</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>P</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>35</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Oxidation</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="hydroxylationf">63</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>hydroxylation of F</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>15.994915</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>15.9994</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>F</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>35</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Oxidation</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="hydroxylationy">64</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>hydroxylation of Y</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>15.994915</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>15.9994</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>Y</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>35</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Oxidation</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="iodinationy">65</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>iodination of Y</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>125.896648</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>125.8965</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>Y</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>129</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Iodo</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="kynureninw">66</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of W to kynurenin</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>3.994915</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>3.9887</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>W</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>351</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Trp-&gt;Kynurenin</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="lipoylk">67</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>lipoyl K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>188.032956</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>188.3103</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>42</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Lipoyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ctermpepmeester">68</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modcp">7</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methyl ester of peptide c-term (duplicate of 18)</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="meesterd">69</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methyl ester of D</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>D</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="meestere">70</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methyl ester of E (duplicate of 17)</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>E</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="meesters">71</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methyl ester of S</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>S</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="meestery">72</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methyl ester of Y</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>Y</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="methylc">73</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methyl C</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="methylh">74</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methyl H</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>H</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="methyln">75</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methyl N</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>N</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermpepmethyl">76</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methylation of peptide n-term</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="methylr">77</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>methyl R</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>R</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermpepmyristoyeylationg">78</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnaa">2</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>myristoleylation of G</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>208.182715</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>208.3398</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>G</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>134</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Myristoleyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermpepmyristoyl4hg">79</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnaa">2</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>myristoyl-4H of G</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>206.167065</MSModSpec_monomass>
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+            <MSModSpec_residues_E>G</MSModSpec_residues_E>
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+        <MSModSpec_unimod>135</MSModSpec_unimod>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermpepmyristoylationg">80</MSMod>
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+        <MSModSpec_type>
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+            <MSModSpec_residues_E>G</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>45</MSModSpec_unimod>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>myristoylation of K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>210.198366</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>45</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Myristoyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermformyl">82</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modn">1</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>formylation of protein n-term</MSModSpec_name>
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+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="nemc">83</MSMod>
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+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>NEM C</MSModSpec_name>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>108</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Nethylmaleimide</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="nipcam">84</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>NIPCAM</MSModSpec_name>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>17</MSModSpec_unimod>
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+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="nitrow">85</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of W to nitro</MSModSpec_name>
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+            <MSModSpec_residues_E>W</MSModSpec_residues_E>
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+        <MSModSpec_unimod>354</MSModSpec_unimod>
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+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="nitroy">86</MSMod>
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+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>Y</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>354</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Nitro</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ctermpepo18">87</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>O18 on peptide n-term</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>2.004246</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_unimod>258</MSModSpec_unimod>
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+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ctermpepdio18">88</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>di-O18 on peptide n-term</MSModSpec_name>
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+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="oxyh">89</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of H</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>15.994915</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>H</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>35</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Oxidation</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="oxyw">90</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of W</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>15.994915</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>15.9994</MSModSpec_averagemass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>W</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>35</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Oxidation</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ppantetheines">91</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>phosphopantetheine S</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>340.085794</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>S</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>49</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Phosphopantetheine</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="palmitoylationc">92</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>palmitoylation of C</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>238.229666</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>47</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Palmitoyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="palmitoylationk">93</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>palmitoylation of K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>238.229666</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>238.4088</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>47</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Palmitoyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="palmitoylations">94</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>palmitoylation of S</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>238.229666</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>S</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>47</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Palmitoyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="palmitoylationt">95</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>palmitoylation of T</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>238.229666</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>238.4088</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>T</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>47</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Palmitoyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="phospholosss">96</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>phosphorylation of S with prompt loss</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>-18.010565</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>-18.0153</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>S</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>23</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Dehydrated</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="phospholosst">97</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>phosphorylation of T with prompt loss</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>-18.010565</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>-18.0153</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>T</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>23</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Dehydrated</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="phospholossy">98</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>phosphorylation with prompt loss on Y</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>-18.010565</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>Y</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>23</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Dehydrated</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="phosphoneutrallossc">99</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>phosphorylation with neutral loss on C</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>79.966331</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>79.9799</MSModSpec_averagemass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_neutralloss>
+            <MSMassSet>
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+        <MSModSpec_unimod>21</MSModSpec_unimod>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="phosphoneutrallossd">100</MSMod>
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+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
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+        <MSModSpec_name>phosphorylation with neutral loss on D</MSModSpec_name>
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+            <MSModSpec_residues_E>D</MSModSpec_residues_E>
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+        <MSModSpec_neutralloss>
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+                <MSMassSet_n15mass>0</MSMassSet_n15mass>
+            </MSMassSet>
+        </MSModSpec_neutralloss>
+        <MSModSpec_unimod>21</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Phospho</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="phosphoneutrallossh">101</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>phosphorylation with neutral loss on H</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>79.966331</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>79.9799</MSModSpec_averagemass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>H</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_neutralloss>
+            <MSMassSet>
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+                <MSMassSet_averagemass>97.9952</MSMassSet_averagemass>
+                <MSMassSet_n15mass>0</MSMassSet_n15mass>
+            </MSMassSet>
+        </MSModSpec_neutralloss>
+        <MSModSpec_unimod>21</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Phospho</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="propionylk">102</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>propionyl light K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>56.026215</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>58</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Propionyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermpeppropionyl">103</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>propionyl light on peptide n-term</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>56.026215</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>56.0633</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_unimod>58</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Propionyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="propionylheavyk">104</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>propionyl heavy K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>59.036279</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>59.0412</MSModSpec_averagemass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>59</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Propionyl:13C(3)</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermpeppropionylheavy">105</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>propionyl heavy peptide n-term</MSModSpec_name>
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+        <MSModSpec_unimod>59</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Propionyl:13C(3)</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="pyridylk">106</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>pyridyl K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>119.037114</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>119.1207</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>25</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Pyridylacetyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermpeppyridyl">107</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>pyridyl peptide n-term</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>119.037114</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>119.1207</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_unimod>25</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Pyridylacetyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermpeppyrocmc">108</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnpaa">6</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>pyro-cmC</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>-17.026549</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>-17.0305</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>385</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Ammonia-loss</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermpeppyroe">109</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnpaa">6</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>pyro-glu from n-term E</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>-18.010565</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>-18.0153</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>E</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>27</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Glu-&gt;pyro-Glu</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermpeppyroq">110</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnpaa">6</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>pyro-glu from n-term Q</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>-17.026549</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>-17.0305</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>Q</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>385</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Ammonia-loss</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="pyroglutamicp">111</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of P to pyroglutamic acid</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>13.979265</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>13.9835</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>P</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>359</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Pro-&gt;pyro-Glu</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="spyridylethylc">112</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>s-pyridylethylation of C</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>105.057849</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>105.1372</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>31</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Pyridylethyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="semetm">113</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>SeMet</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>47.944449</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>46.8950</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>M</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>162</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Delta:S(-1)Se(1)</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="sulfationy">114</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>sulfation of Y</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>79.956815</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>80.0632</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>Y</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>40</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Sulfo</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="suphonem">115</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>sulphone of M</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>31.989829</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>31.9988</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>M</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>425</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Dioxidation</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="triiodinationy">116</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>tri-iodination of Y</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>377.689944</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>377.6896</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>Y</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>131</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Triiodo</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="trimethylationr">117</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>tri-methylation of R</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>42.046950</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>42.0797</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>R</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>37</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Trimethyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="ntermpeptripalmitatec">118</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnpaa">6</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>n-acyl diglyceride cysteine</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>788.725777</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>789.3049</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>51</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Tripalmitate</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="icatlight">129</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>ICAT light</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>227.126991</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>227.2603</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>105</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>ICAT-C</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="icatheavy">130</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>ICAT heavy</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>236.157185</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>236.1942</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>106</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>ICAT-C:13C(9)</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="camthiopropanoylk">131</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>CAMthiopropanoyl K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>145.019749</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>145.1796</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>293</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>CAMthiopropanoyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="phosphoneutrallosss">132</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>phosphorylation with neutral loss on S</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>79.966331</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>79.9799</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>S</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_neutralloss>
+            <MSMassSet>
+                <MSMassSet_monomass>97.976896</MSMassSet_monomass>
+                <MSMassSet_averagemass>97.9952</MSMassSet_averagemass>
+                <MSMassSet_n15mass>0</MSMassSet_n15mass>
+            </MSMassSet>
+        </MSModSpec_neutralloss>
+        <MSModSpec_unimod>21</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Phospho</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="phosphoneutrallosst">133</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>phosphorylation with neutral loss on T</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>79.966331</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>79.9799</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>T</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_neutralloss>
+            <MSMassSet>
+                <MSMassSet_monomass>97.976896</MSMassSet_monomass>
+                <MSMassSet_averagemass>97.9952</MSMassSet_averagemass>
+                <MSMassSet_n15mass>0</MSMassSet_n15mass>
+            </MSMassSet>
+        </MSModSpec_neutralloss>
+        <MSModSpec_unimod>21</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Phospho</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="phosphoetdlosss">134</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>phosphorylation of S with ETD loss</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>79.966331</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>79.9799</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>S</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_neutralloss>
+            <MSMassSet>
+                <MSMassSet_monomass>2.016</MSMassSet_monomass>
+                <MSMassSet_averagemass>2.016</MSMassSet_averagemass>
+                <MSMassSet_n15mass>0</MSMassSet_n15mass>
+            </MSMassSet>
+        </MSModSpec_neutralloss>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="phosphoetdlosst">135</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>phosphorylation of T with ETD loss</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>79.966331</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>79.9799</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>T</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_neutralloss>
+            <MSMassSet>
+                <MSMassSet_monomass>2.016</MSMassSet_monomass>
+                <MSMassSet_averagemass>2.016</MSMassSet_averagemass>
+                <MSMassSet_n15mass>0</MSMassSet_n15mass>
+            </MSMassSet>
+        </MSModSpec_neutralloss>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="arg-13c6">136</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>heavy arginine-13C6</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>6.020129</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>5.9559</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>R</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>188</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Label:13C(6)</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="arg-13c6-15n4">137</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>heavy arginine-13C6-15N4</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>10.008269</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>9.9296</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>R</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>267</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Label:13C(6)15N(4)</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="lys-13c6">138</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>heavy lysine-13C6</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>6.020129</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>5.9559</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>188</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Label:13C(6)</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="oxy18">139</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnpaa">6</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>PNGasF in O18 water</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>2.988261</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>2.9845</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>N</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>366</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Deamidated:18O(1)</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="beta-elim-s">140</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>beta elimination of S</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>-18.010565</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>-18.0153</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>S</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>23</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Dehydrated</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="beta-elim-t">141</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>beta elimination of T</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>-18.010565</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>-18.0153</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>T</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>23</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Dehydrated</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="sulfinicacid">162</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of C to sulfinic acid</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>31.989829</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>31.9988</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>425</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Dioxidation</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="arg2orn">163</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>arginine to ornithine</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>-42.021798</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>-42.0400</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>R</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>372</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Arg-&gt;Orn</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="dehydro">164</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>dehydro of S and T</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>-18.010565</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>-18.0153</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>S</MSModSpec_residues_E>
+            <MSModSpec_residues_E>T</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>23</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Dehydrated</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="carboxykynurenin">165</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>carboxykynurenin of W</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>47.98474389</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>47.9979141</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>W</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        <MSModSpec_type>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        <MSModSpec_type>
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+        <MSModSpec_unimod>214</MSModSpec_unimod>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        <MSModSpec_type>
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+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
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+        <MSModSpec_type>
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+        </MSModSpec_type>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>heavy lysine - 13C6 15N2</MSModSpec_name>
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+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
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+        <MSModSpec_unimod>259</MSModSpec_unimod>
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+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
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+            <MSModSpec_residues_E>N</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>43</MSModSpec_unimod>
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+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>Asparagine dHexHexNAc</MSModSpec_name>
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+            <MSModSpec_residues_E>N</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>142</MSModSpec_unimod>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>Serine HexNAc</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>203.079373</MSModSpec_monomass>
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+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>S</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>43</MSModSpec_unimod>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>Threonine HexNAc</MSModSpec_name>
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+            <MSModSpec_residues_E>T</MSModSpec_residues_E>
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+        <MSModSpec_unimod>43</MSModSpec_unimod>
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+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
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+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>palmitoleyl of S</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>236.214016</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>236.3929</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>S</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>431</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Palmitoleyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod187">187</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>palmitoleyl of C</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>236.214016</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>236.3929</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>431</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Palmitoleyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod188">188</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>palmitoleyl of T</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>236.214016</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>236.3929</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>T</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>431</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Palmitoleyl</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod189">189</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>CHD2-di-methylation of K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>32.056407</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>32.0778</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>199</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Dimethyl:2H(4)</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod190">190</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>CHD2-di-methylation of peptide n-term</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>32.056407</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>32.0778</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_unimod>199</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Dimethyl:2H(4)</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod191">191</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>Maleimide-PEO2-Biotin of C</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>525.225719</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>525.6183</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>522</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Maleimide-PEO2-Biotin</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod192">192</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>phosphorylation of H</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>79.966331</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>79.9799</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>H</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>21</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Phospho</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod193">193</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of C</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>15.994915</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>15.9994</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>35</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Oxidation</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod194">194</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>oxidation of Y (duplicate of 64)</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>15.994915</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>15.9994</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>Y</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>35</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Oxidation</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod195">195</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>Uniblue A on K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>484.039891</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>484.5016</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod196">196</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>deamidation of N</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>0.984016</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>0.9848</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>N</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>7</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Deamidated</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod197">197</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>trideuteration of L (SILAC)</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>3.018830</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>3.0185</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>L</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>262</MSModSpec_unimod>
+        <MSModSpec_psi-ms>Label:2H(3)</MSModSpec_psi-ms>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod198">198</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>TMT duplex on K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>225.155833</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>225.2921</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>738</MSModSpec_unimod>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod199">199</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>TMT duplex on n-term peptide</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>225.155833</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>225.2921</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>X</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>738</MSModSpec_unimod>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod198">198</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>TMT 6-plex on K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>229.162932</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>229.2634</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>738</MSModSpec_unimod>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod199">199</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>TMT 6-plex on n-term peptide</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>229.162932</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>229.2634</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>X</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>738</MSModSpec_unimod>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod200">200</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>iTRAQ8plex:13C(7)15N(1) on nterm</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>304.205360</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>304.3074</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_unimod>730</MSModSpec_unimod>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod201">201</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>iTRAQ8plex:13C(7)15N(1) on K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>304.205360</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>304.3074</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>730</MSModSpec_unimod>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod202">202</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>iTRAQ8plex:13C(7)15N(1) on Y</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>304.205360</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>304.3074</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>Y</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>730</MSModSpec_unimod>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod203">203</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modnp">5</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>iTRAQ8plex:13C(6)15N(2) on nterm</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>304.199040</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>304.3081</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_unimod>731</MSModSpec_unimod>
+    </MSModSpec>
+    <MSModSpec>
+        <MSModSpec_mod>
+            <MSMod value="mod204">204</MSMod>
+        </MSModSpec_mod>
+        <MSModSpec_type>
+            <MSModType value="modaa">0</MSModType>
+        </MSModSpec_type>
+        <MSModSpec_name>iTRAQ8plex:13C(6)15N(2) on K</MSModSpec_name>
+        <MSModSpec_monomass>304.199040</MSModSpec_monomass>
+        <MSModSpec_averagemass>304.3081</MSModSpec_averagemass>
+        <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass>
+        <MSModSpec_residues>
+            <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E>
+        </MSModSpec_residues>
+        <MSModSpec_unimod>731</MSModSpec_unimod>
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+Ustilago maydis	umaydis_eg_gene
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+Verticillium dahliae	dahliae_eg_gene
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+
+>Metazoa
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+
+>Plants
+Amborella (Amborella trichopoda)	atrichopoda_eg_gene
+Arabidopsis lyrata (Lyrate rockcress)	alyrata_eg_gene 
+Arabidopsis thaliana (Thale-cress)	athaliana_eg_gene 
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+Oryza sativa Japonica (Japonica rice)	osativa_eg_gene
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+Physcomitrella patens (Moss)	ppatens_eg_gene
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+Populus trichocarpa (Western balsam poplar)	ptrichocarpa_eg_gene
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+Zebra Finch (Taeniopygia guttata)	tguttata_gene_ensembl
+Zebrafish (Danio rerio)	drerio_gene_ensembl
\ No newline at end of file
--- a/macros.xml	Mon Feb 16 16:28:52 2015 -0500
+++ b/macros.xml	Tue Mar 24 19:58:38 2015 -0400
@@ -30,7 +30,7 @@
         <param name="precursor_ion_tol_units" type="select" label="Precursor Ion Tolerance Units"
             help="Select based on instrument used, as different machines provide different quality of spectra. ppm is a standard for most precursor ions">
             <option value="1">Parts per million (ppm)</option>
-            <option value="0">Daltons</option>
+            <option value="2">Daltons</option>
         </param>
         <param name="precursor_ion_tol" type="float" value="10" label="Percursor Ion Tolerance"
             help="Provide error value for precursor ion, based on instrument used. 10 ppm recommended for Orbitrap instrument"/>
--- a/peptide_shaker.xml	Mon Feb 16 16:28:52 2015 -0500
+++ b/peptide_shaker.xml	Tue Mar 24 19:58:38 2015 -0400
@@ -24,7 +24,7 @@
         ## PeptideShakerCLI ##
         ######################
         (java -cp \$PEPTIDESHAKER_JAR_PATH eu.isas.peptideshaker.cmd.PeptideShakerCLI
-            -temp_folder `pwd`
+            -temp_folder \$cwd/PeptideShakerCLI
             -experiment '$exp_str'
             -sample '$samp_str'
             -replicate 1
@@ -100,7 +100,7 @@
         #if set(["0","1","2","3","4","5","6","7"]).intersection( set( str( $outputs ).split(',') ) ):
 
             (java -cp \$PEPTIDESHAKER_JAR_PATH eu.isas.peptideshaker.cmd.ReportCLI
-                -temp_folder `pwd`
+                -temp_folder \$cwd/ReportCLI
                 -in \$cwd/peptideshaker_output.zip
                 -out_reports \$cwd/output_reports
                 #set $cleaned_list = str($outputs).split(',')
--- a/searchgui.xml	Mon Feb 16 16:28:52 2015 -0500
+++ b/searchgui.xml	Tue Mar 24 19:58:38 2015 -0400
@@ -150,6 +150,12 @@
                     -comet 0
                 #end if
 
+                #if $advanced.tide.tide_selector == "yes"
+                    -tide 1
+                #else
+                    -tide 0
+                #end if
+
             #else
                 -ms_amanda 0
             #end if
@@ -315,6 +321,17 @@
                     <when value="yes">
                     </when>
                 </conditional>
+
+                <conditional name="tide">
+                    <param name="tide_selector" type="select" label="Run Tide search">
+                        <option value="yes">Search with Tide</option>
+                        <option value="no" selected="True">No Comet search</option>
+                    </param>
+                    <when value="no" />
+                    <when value="yes">
+                    </when>
+                </conditional>
+
             </when>
         </conditional>
     </inputs>
--- a/test-data/peptide_shaker_certificate_result2.tabular	Mon Feb 16 16:28:52 2015 -0500
+++ b/test-data/peptide_shaker_certificate_result2.tabular	Tue Mar 24 19:58:38 2015 -0400
@@ -1,7 +1,7 @@
 Project Details1: PeptideShaker Version: 0.37.4-beta
-2: Date: Sun Feb 15 09:12:50 CET 2015
-3: Experiment: Galaxy_Experiment_2015021509121423987968
-4: Sample: Sample_2015021509121423987968
+2: Date: Sat Feb 14 20:04:49 CET 2015
+3: Experiment: Galaxy_Experiment_2015021420041423940686
+4: Sample: Sample_2015021420041423940686
 5: Replicate Number: 1
 6: Identification Algorithms: X!Tandem and MS-GF+
 Database Search Parameters
--- a/test-data/peptide_shaker_peptides_result3.tabular	Mon Feb 16 16:28:52 2015 -0500
+++ b/test-data/peptide_shaker_peptides_result3.tabular	Tue Mar 24 19:58:38 2015 -0400
@@ -1,17 +0,0 @@
-	Protein(s)	Sequence	Modified Sequence	AAs Before	AAs After	Variable Modifications	Fixed Modifications	Localization Confidence	#Validated PSMs	#PSMs	Confidence	Decoy	Validation
-1	cds.comp41779_c0_seq1|m.9429 RecName: Full=70 kDa neurofilament protein; 1051067 GO:0005882 GO:0005198 Identity: 30.62 EValue:7.0e-67; cds.comp41779_c0_seq2|m.9432 RecName: Full=70 kDa neurofilament protein; 1051067 GO:0005882 GO:0005198 Identity: 30.75 EValue:3.0e-67	ISITTYEEEIEDLHATAR	NH2-ISITTYEEEIEDLHATAR-COOH	LK; LK	IN; IN				2	2	100.0	0	Doubtful
-2	cds.comp52727_c0_seq1|m.18670 RecName: Full=70 kDa neurofilament protein; 1051067 GO:0005882 GO:0005198 Identity: 34.52 EValue:1.0e-91; cds.comp52727_c0_seq2|m.18672 RecName: Full=70 kDa neurofilament protein; 1051067 GO:0005882 GO:0005198 Identity: 35.0 EValue:3.0e-92	EIRDEYDNQLNLLSADLESK	NH2-EIRDEYDNQLNLLSADLESK-COOH	MR; MR	YQ; YQ				2	2	100.0	0	Doubtful
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-4	cds.comp41779_c0_seq1|m.9429 RecName: Full=70 kDa neurofilament protein; 1051067 GO:0005882 GO:0005198 Identity: 30.62 EValue:7.0e-67; cds.comp41779_c0_seq2|m.9432 RecName: Full=70 kDa neurofilament protein; 1051067 GO:0005882 GO:0005198 Identity: 30.75 EValue:3.0e-67	SLQAENEQLR	NH2-SLQAENEQLR-COOH	VR; VR	LK; LK				2	2	100.0	0	Doubtful
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Binary file test-data/peptide_shaker_result1.zip has changed
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