changeset 1:cc8ae959f7b5 draft default tip

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--- a/rnabob.xml	Tue May 20 14:44:25 2014 -0400
+++ b/rnabob.xml	Tue May 20 15:07:00 2014 -0400
@@ -11,15 +11,16 @@
 $skip_mode
 $fancy
 $quiet
-> $outfile
+rnabob.out;
+mv rnabob.out $outfile
     </command>
     <stdio>
         <exit_code range="1:" level="fatal" description="Error occurred. Please check Tool Standard Error" />
         <exit_code range=":-1" level="fatal" description="Error occurred. Please check Tool Standard Error" />
     </stdio>
     <inputs>
-        <param format="txt" name="descriptor_file" type="file" label="Descriptor File" help="" />
-        <param format="txt" name="sequence_file" type="file" label="Sequence File" help="" />
+        <param format="txt" name="descriptor_file" type="data" label="Descriptor File" help="" />
+        <param format="fasta,genbank,embl" name="sequence_file" type="data" label="Sequence File" help="" />
         <param name="search" type="boolean" checked="false" truevalue="-c" falsevalue="" label="Search both strands of database" help="" />
         <param name="skip_mode" type="boolean" checked="false" truevalue="-s" falsevalue="" label="Skip Mode: Disallow overlapping matches" help="" />
         <param name="fancy" type="boolean" checked="false" truevalue="-F" falsevalue="" label="Fancy: Show full alignments to pattern" help="" />
@@ -35,5 +36,27 @@
     
 RNABOB is an implementation of D. Gautheret's RNAMOT, but with a different underlying algorithm using a nondeterministic finite state machine with node rewriting rules. (Computer scientists would probably cringe in horror. It works, and it's fast, but is it street legal in a computer science department? Who knows.) An RNABOB motif is a consensus pattern a la PROSITE patterns, but with base-pairing. 
 
+To run RNABOB, type:
+
+rnabob descriptor-file seqfile
+where descriptor-file and seqfile are the names of the file which contains the descriptor you want to search for and the name of the sequence file
+you want to search.
+
+Sequence database format
+rnabob can read sequence files in most any common format. FASTA, GCG,
+EMBL, GenBank, and other formats are acceptable. If you type your own
+sequence in, the easiest format is FASTA format. In FASTA format, a ? precedes
+a one-word name for the sequence, followed by a free format description line;
+subsequent lines contain the sequence itself.
+
+Descriptor file syntax
+The descriptor file syntax is fairly powerful, and allows a great deal of freedom
+for specifying RNA motifs. The syntax is therefore a bit complicated. Check
+out the files trna.des, r17.des, and pseudoknot.des for example descriptors if
+you get lost in this information. (They are included with the rnabob source
+distribution.)
+
+The descriptor file has two parts: a "topology" description and an "explicit"
+description.
     </help>
 </tool>

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/F22B7.fa	Tue May 20 15:07:00 2014 -0400
@@ -0,0 +1,806 @@
+>F22B7  921215/f22b7.seq
+GATCCTTGTAGATTTTGAATTTGAAGTTTTTTCTCATTCCAAAACTCTGT
+GATCTGAAATAAAATGTCTCAAAAAAATAGAAGAAAACATTGCTTTATAT
+TTATCAGTTATGGTTTTCAAAATTTTCTGACATACCGTTTTGCTTCTTTT
+TTTCTCATCTTCTTCAAATATCAATTGTGATAATCTGACTCCTAACAATC
+GAATTTCTTTTCCTTTTTCTTTTTCCAACAACTCCAGTGAGAACTTTTGA
+ATATCTTCAAGTGACTTCACCACATCAGAAGGTGTCAACGATCTTGTGAG
+AACATCGAATGAAGATAATTTTAATTTTAGAGTTACAGTTTTTCCTCCGA
+CAATTCCTGATTTACGAACATCTTCTTCAAGCATTCTACAGATTTCTTGA
+TGCTCTTCTAGGAGGATGTTGAAATCCGAAGTTGGAGAAAAAGTTCTCTC
+AACTGAAATGCTTTTTCTTCGTGGATCCGATTCAGATGGACGACCTGGCA
+GTCCGAGAGCCGTTCGAAGGAAAGATTCTTGTGAGAGAGGCGTGAAACAC
+AAAGGGTATAGGTTCTTCTTCAGATTCATATCACCAACAGTTTGAATATC
+CATTGCTTTCAGTTGAGCTTCGCATACACGACCAATTCCTCCAACCTAAA
+AAATTATCTAGGTAAAACTAGAAGGTTATGCTTTAATAGTCTCACCTTAC
+GAATCGGTAAATCCTTCAAAAACTCCATAATCGCGTTTTTATCATTTTCT
+AACACATATTGACCATTTGGTTTGTTCAAATCAGAACAAATCTTAGCGAG
+CATAAAGTTAGATGCGATTCCAGCAGAACATGTTAATCCCGTGAGTTGTT
+CAACTCGAAATCGAATTTCTCGAACAGCCTCCTCTCGTCCAGTTCCGAAC
+TCCACATGGTCGTAGTAGATTTTCCGCGATTTTTCGCATTTTGGACAGAT
+CGATTCTTCGATTTTCAAGTCTTCCAAAGTATTTTCATTCTCGTCGAAAC
+GGGGTAACCAACATGGACAATCTCCGCCGAATCTGTGACGCTTGAAGGTT
+TCTAGTAAGCAAATAGTTTTTTGTTAATAATCAAATCTAAATCACTAACT
+TTTTTCTGTATTACTTGCCACATAGTCTGTCAAATCTATAAATGCCTCAT
+CCAATGACATCATTCCAACATCCGAATCGTATTCCATGAAAATTTGTGAA
+AATTGGCGACTGACTTTAGTGTATTTAGGGTAATTTCCTGGAACAATCGT
+TAGACTCGGACAAAGTTTATTTGAGATGAAGCCAGGCATTCCAGCACGGA
+CTCCAAAACGGCGAGCCAAGTAGTTGGATGTGCTCTGAAAGAATAGATTT
+AAAGCTTTTCCGAAATCGAAAATTTACTTTTCAAATTGAGTTAGGTGCTT
+ACCAGCATTGCCGATGAGCCTACGGCCATAGGAACTGTTCTCAGTGCAGG
+ATTATCTCTCATTTCAACTGCGGCAAAATAAGCATCCATATCTATACAAA
+CACAGTCTCTTGATAAATCTCTAGATGATTCCAGTTTCATCTCAAGATTC
+TCCATCTGAAAATTGGAAATTTGCTCTAAGTAAATTTATTAGCTTTTAAA
+ATACATACCAGTATCTCAGATTTTTGTCTTTCTTCTCTGGTTGCTGTTTG
+CAAACGATTTTTGATTTCTAAAACTTTCTCTTCAATTCTTGATTGTTGTT
+TTTTGGAAAACGACGAGTAGGACGCTGATGTGTTTTCTTCGATGACTTTC
+GTGATTTTCTCCTTATCCAGTCCATTCATTCCAGCTTTATTATCGTTGAA
+AGTCAGCATTTTTCACGAAAAAGAGCCGGATTTTGAAATTCGCGGAGAAA
+CTCCACTGATTGTGAGTGTGCAAATGCGCGTAATGGTGTACTTACGTACA
+TCGGCAACACATTTGACGACATATCAGAAAGCGGCGCCAAATTAGAAGTT
+GAGTGCGCGAGAAAAAACTACGCGTTAACCGCCAATTTTCACTTCCCCAC
+AGATCTGTCTCGAGATTCTCGAGTCATTTTTCAAGTTTATTTGTTTGTCA
+GCGGTTGTTTTATTGAAGATTTGTAAAATTTATAACAAAATGTGCAATAG
+TCTATTAAACCTCGTGAGATATTTGAAGAAACTTTCCCCGTTTTAAATAT
+TTCGTGTATTCGTGGAGATCGCGGGAATGTTTTGCCTGTTTCCGTAAAAT
+TCCTCTATTTCTTTTATTTTTGCTTGCAATTTTCGATTCATTTCAGAAGT
+TTCCACATTCGCAAAACGAATGGACGTCTCTTATTACGATGGTCCCAAGG
+ATGAAGTCGCCGAAGCAATGCTGAAAAGCGCGGTGACGGCCATGAGATTG
+GGACAATACGAGGATGGAAAAGGACGCTTAGAGGAGATAATGGAGTTCGG
+AACCTCAAATTTTCAACTACTTGGTACAATCTACATGTATTACGGAAGAG
+TGTGCAGGCATTTGAACCATGATGCCAAGGCCTTGGAGTTTTTCGAACAT
+GAGTTGAACATGTTCAAGTAAGTGAATCACAAAAATGAGCTGGACATTCT
+ATAACCTTAATTTTTCAGATTGATCTTCAACTACCCAGAAGCATGTGATT
+CCACACGTCGCATCGTCGAGCAGGCACTCAAAATGGGAAAGTTCCCCAAG
+GCTCGACGGTTTGCTGAGGATCTCATTGATTACACCAGCAATAAGAAGAA
+CGGAGAGAAGTATATCGGTCAAGCTCGAATTTTGTTCGCTTCCGTGTGCC
+TCGAAGGATGTGAAAGAGACGTCGAGAGTAATCAAGATGAGAAGAAGAAG
+CTTTTGTCAATATGTGCTGAACAGATTGCAGCCGTGAAATTGTTCAACGA
+GAATAATACGGAAGGAGCTGTGTCTGAGACCAAAATCATGTTACTTGAGG
+CGAAATGCTTGTCACTAGACGAAAAATACGAGGAATCGCGTCGCAAGTAT
+CAAGAATGCATCGATTTTGCCATCAAAACAGACCAGTTTGAAGCAGTTCA
+CATCGCCTATTACGACAAGGCTCTATATGCTGAGACAGATCTTCTTTTCT
+TTATTATCAGAGATCTCAGGTAATTTTTAGTTTTAACGATTAATAAAAAT
+ATCAATTCTTTATTCACAGAAGTGCTCTCTTCTACGCCACGAAATTCGGA
+AAAGAGCGAGATGTAGTCAAATATAAGTCGAAGCTATCCGAAGAGATGCT
+GAGAAATGGCGAATTCCACGAAGCATATCTCTACGGATTGGAAGCGCTTG
+TATCGATTCGGAAGCTTGGATTGAACGAATACATTGGAGATGTGTTGCTT
+ACAATCGCAAAGTGCCTCATTGCACTTGGAAAAAGACGCCAAGCTGCTTA
+TTTTATCATCTTGGGGAGTGTTCTGACCATCAACCAAAACAGTTTCAAAC
+TGTTCTACGAGCAGATCGACGTGGCGATGAATCAAGAGAGAAGCGAAACG
+GCAACTGATCAAGATGTATGCCTCGCAATTGATTCGTCTCCTGATCCGAC
+ATCCTCGAATGACATGATTAATAAGTTCGTCGTCGAACTGGAGCACGCAA
+CAAATGTGGAAACCTGGGAAATGATTGTCAACGGAATCATTGACGACCAG
+AAGAAACCAGTGGCGATCGAAAAGAAAGAGAACGAGGAACCCGTAGACAT
+GATGGATCTCATTTTCAGTATGAGCTCACGTATGGATGATCAAAGAACTG
+AACTGCCTGCTGCCAGATTCATTCCGCGTAAGAAATGTTATAAATAAGCG
+TATAAGTATGCAAATTTATATTTTTCCAGCTCGTCCAGTGTCATCGGCAT
+CGAAAAAGACTACAAAGAGTCACAGAATCCTCCCTGGACTCCGTGCCAAT
+TGGACAAAAGTGCAGTCGATGAAGTTCGATGGTCACACAATGAATAGGAT
+CCTGAAGAGGTCGAAGAAAAGCAAATCGTCATTGGATTCTACAAATTCGA
+TGCAGGGCGATGATACTCGAAGCGATGATGTGACAATGACGTCCAAATAG
+GACCATTATTTTTTCTGTCAAATAATACAATCAAACTTTCTTTATTTATT
+TTTTTTTTACTTTCTTTCAGTAAATATTATTATCATTTTAGTGGTTCTTT
+TATTTTATTTGCTGGTCAGAAAAGCTGATTTTTTCAATTAGCGAAAATCC
+ATCAAGTCATATTTCTATAGACTCTTTACTACATACGTTGATGACTTTCG
+TGATTTTCTCCTTATCCGGTTCATCCATTCCAGCTTTATTATTGTTGAAA
+GTAAATAAGCATTGTTTCCCGAAAAAGAGCCGGATTTTGAAATTCGCGGA
+GAAAAAGTTGAAAATTGAAAAATCCAAACGATGCTCCGATGTTCCGTCCG
+AAATGTGTGTTTTACCGTGACGGTGTTTGCAGACAGCTTGAAAAAACATT
+TATTTTTTTATTTTAATTTTATTAATTTATTATTTATTTTAGAATGTTCT
+ATATTTTAAAATGTGAATTTGTTTCAGGGTACTCGGAATGTTTGTCTTAA
+ACCGTTCAAGCGGGCTCATTCATCGATCTGTACCTTTATTAGCTCAAGTA
+TCCACGCCTACGACTTCCACAACAAAATTAGGTTAATAATTCTCCATTTG
+GTGATAAACCAATTCTTTTCTGCTTTTTTAAAACATTATGTTACAGCTCA
+ACTTCACACAACGCATGCACTAAGCAAAGAAGATTATTATAAGACTTTGG
+GTGTCGACAAAAAATCTGATGCAAAAGCAATCAAAAAGGCTTATTTCCAG
+GTAATATAAGTTTTTATCGAATACTTTGTAAGTATAAATACGTTATTTCA
+GCTTGCCAAGAAATACCATCCAGATGTAAACAAAACAAAAGAAGCGCAGA
+CGAAATTTCAAGAGATTTCTGAAGCATATGAGGTATTTTCAACAAACAAT
+AGAGCAGGCTCGAATCAAAAATATTAAGGTACTTTCCGATGACACAAAAC
+GTCAAGAATATGATGCATACGGAAGCGGAGGTGGCCCAGCTGGTGGAAGA
+GGTGGTGCTGGAGGTTTCCACCACCATGGAAATGTTGATGTTAACGAAAT
+TTTCAGAAGAGCATTTGGTGGAGGGGGTGGAATGGTGAGTTCTCCTTATG
+AATTCTTCTGAATATTATATTAATTATATAATTTTTATTGTAATTAATAA
+AAACTACAGTTTTATTTATTTTTTCGCTGATTCCAGGGTGGCTTTAATTT
+TGATAATTTTGCCCAAAGTGCTTTCGGACATTCTGCTGCTCAGGAAATGG
+TTATGGATATTTCGTTCGAAGAAGCTGTCCGAGGAGCCACCAAAAATGTT
+TCTGTAAACGTAGTTGAAGATTGTCTGAAATGTCACGGAACTCAAGTTGA
+ACCAGGTCACAAAAAGACGTCGTGTCCGTATTGTAACGGAACTGGAGCAG
+TTTCTCAACGTCTTCAGGGTGGTTTCTTCTATCAAACAACTTGTAATCGA
+TGCAGAGGAAGTGGACATTATAATAAGGTAGAGTTATTGATTTTTCTTTT
+ATTGTAGCTTTTAATTTTTTCTTCAGAATCCTTGTCAAGAATGTGAAGGT
+GAAGGTCAAACCGTTCAACGACGTCAAGTATCATTCAATGTGCCAGCTGG
+AACTAATAATGGAGATAGTTTGAAGTTCCAAGTGGGGAAAAATCAATTAT
+TTGTTCGTTTCAACGTTGCACCATCTTTGAAATTCCGACGTGAGAAAGAT
+GATATTCACTGTGACGTAGATATTTCTCTGGCTCAAGCTGTTCTTGGTGG
+TACTGTAAAGGTTCCTGGAATTAATGGAGATACATATGTTCATATTCCGG
+CAGGAACTGGCAGTCACACTAAAATGAGGTAATAAATCTCCAAAAATTGG
+AACTTAAATATTCATTAAACAATTTTCAGATTAACAGGAAAAGGAGTAAA
+ACGATTGCATTCTTACGGAAATGGAGATCAATATATGCATATTAAAGTAA
+CGGTTCCGAAATATTTGACAGCCGAACAGAAACAAATTATGTTGGCTTGG
+GCTGCGACGGAACAGCTGAAAGATGGAACCATCAAAGGATTGGAGAAAAA
+TCAGAAAACCGAGGAGAAGGAGACGAAGAAAAATGAGGAAAAGAAGTCTG
+AAGGTGAAAAAATATGATTTCAATTTGAAACAAAGGTTTTATCAAAAAGT
+TGTCTTTAAAAAATCGAGAAATTACCAAAAAAAATTCATTAATTTTTTTT
+TTTTAAACCGACATTATTGGTTGTAAAGATTCAAAAAGTTTGTAAAATTT
+TAAAGTTGTTTGAAAAATACCTGAAAGTCTTGTTTTTTTTTTTGCATTCT
+GATGCACTTGTAATCTCAATTTTTCCCCAAAACTGATTTTTGATTCTTTT
+CAATCCAAAATTACTAATTTATAGGTGCATCAGAATCACAAAAACGGAGA
+AGTGAGCCAGTAGCTGAGAATGCAGAAACTATTGACGAAAATCAAGAAAA
+CGAGGGATTTTTCGAAAAAATTAAACGAAAAATTTTCGGGTAAATATATA
+AATTTCTAAACAAAAATTAAATATTTTTGTTTCATTTGTATTAATTGAAA
+TTTTCCAGATAAGTCCGAGGAGAAGTCCGAGTCAAAAGAAGAGCCAAAAA
+ACGAAGAATCTAGTGAAACCCCCGAGAAAAAAGCTGCAGAATCCTAATAT
+TTGTCGCAATTTATCGATTACTGTCCCAATCTTTCCAGTTTTGTTCCCTT
+GAAATTTGTTTTGTCTCATTTGTAGTTCTATTAGAGTGATTATAGTGTCT
+TTTTTGTTACACTTGTTTTTTTTTTCTATTTTCAATTAAACCGAAACAAA
+TTTATCAAATTTTATTCAGAAAGAGATAACACAACTAGCAATGATATGAA
+GAGTTTTATGGATGAAACTGGATTTTTTTAGAAAATGGTCTGTAACTTGG
+CTGAACATGAAAATATCAAAAACCTCAAAATTGATAAAATGTGGTAAAAT
+GTTTTTCAGTTTTACTACACAACAAAGATTTTTTTATGAAATTAGATGGA
+TGTTGAGTTATGACTGGTAGAACAGAAAAGTTTTCAAAAATTTTTGTGGA
+TTTTGGTAAAATGGCTTTGACTCAATGTAACGCAACGAATAATTGGTATT
+TAAAAATGACAAAGATTTTAAAAGAAAGAAAAAACATTTCTGATCATTAT
+GTCAGTTGAACATTTGTTTCCTAGGCATTCATGTTTCAAGATACGCCAGT
+TTGAAGATACGCAGTTTAGTGAGTTTAGGAAGTTATATTCTCATTACAAG
+CACAGGTACATGAGAAAACAGCAGTCAAAGAAGGGCGGTATTTTTTAATT
+TGGAATTATATTTTGCTCCTTATAATATTGGGAACACATCTGTGCTGCTA
+AATTATTGTTTTGTTAATTTAAACCGAAACAAATTAATCAAAATTTATTG
+TAAAATAAAAATACAACTAGCAAAATATTTTATAGGACAAAATATGAAAA
+ACGGAATGTCGTGTGAAGATGGAATTGAAAAGATATGAAATCATTGTGAT
+CTGTTCAGGCAAACTTTATAAAAAGCAAGGTTTTCGGGATAGTTTGAAAG
+AGCAGATCACCTGGATGTGAAAATACGGTGACATTTTTTTGGAAAAGGGA
+AAGAAAATGAAAAAAAATCGATAATTTATAGAAATTTTAGCCCGTTTTTA
+ATTAGGGAAAGGGCGGTGAGTTAAGGATGTGAAATAATTGAAATTTCAAA
+ATGGAAAAGTGGTTTTTTTTGCACAGAATTTTTCATTTTTCATCTTGAAG
+GTTATATTAAACACGCGATGACTGTATTTAGAACCCATTAAAATAATGGA
+GAAAAATGTCTCAAAACTGAAATACTGATTTGAGAAAACCATTTTCCCTA
+TTTGAAAACTAAAAAAGATGACAAAATATAAAAATGGAAAATCTATTTGA
+ATGCACGATTGAGAGAATATCTTGAATGACAAAATCTACAACTTTGCATA
+TCAATTGCAGACGATGACGTGGAAATGGTAGCAGCATCGGCAGTTTGATC
+AATATATCGAATACATCGGATATCAGTTGGTATGAATGGTATGATGTGTT
+TGGAAACATAGAGATTCTCCACTATAAAAGCTTCTCGGGACATGTTACGA
+GCTCGCTTTTGCATTAAATTTGCGTAGAGTTCTGATACAAGGACTACCTG
+GAAATATTTCAATTTTCCGTTGATCAACATAAAAAAGCAAAAAAAAATGC
+TTTTCAAAAAAGGCAAAAGTTTTTTAAAAGTTTCAACTATATGCATATTT
+TTGACCACAAAACCAAAACAAAACAAACTCAATAATATAAGTAAAGAAAA
+CATTATGGAAATCATTTTCTCGCAAGGTCTTGTAAAACTAAATCGCACTT
+GAAACTGACTATTTATATATATGAGAAAAATGAAGGAGTCCTCCAAAAAT
+GATGCAACTCAAAAACGAAACATCAAAACGTATTTTTCAACATTTCGCAT
+TTCGCATTAGAGACATTTCGCATAGAACGGATTTATGTGGAAATTTATGG
+ACGTTTTCGTCCTTTTTAGATACATGAGCACATGTTCTCCTGTTTTATTT
+AGAGAGATGACTTGCTTTCAAAATTAAAAAAAAAAACTGCTTATACATAC
+CTTTCCTCCTACAACCGCCAATGCAGATCTAGCGTCTTGAATTTTTCTTC
+CGAAATAATGAATCTTTCGAATATACTGTACTCCTACCAAATCAATGCAC
+ATTGTAGTTATTGCAAGACCTAAAAATATTTTGAATTTTTGTTTTTTTTT
+CATTGAAAATTTACCTAAAATGATATAGAGCAATATGATATACATGTATC
+CGTCCCTTCTGGGCATCAAGTCGCCAAACCCGACCTAAAAATATTAATTT
+CAAAGAGTTCAACAAACTGGAACAAATTACAGTAGTCATTGTAATGAAGG
+ACCAGTAGAATGAAGTGAAGAAAGACCACGGCTCTAATTTTGACATTAGG
+ACACCGCCAAACGCTGTATATACTATCAGAATAGCTAATACCAGGAATGC
+AGGAATTCTGGAAAGACAAAAATTGAGATGAGTGAATTAAGTTTTGAAAG
+GTAATTTTCAAAATCCATTAAAAATGTATTAAAAATATTTTACAGTTTTC
+CAACGACCAAAAAATCTGTCGAACATATACAAAAAACCAAAGCCAGCTTA
+CAATGGAACCCCTAGTTTTTGTGATTGATCGATTGTTTCATAAATGTGTT
+TTATAACATTACGAACAAAAAACGCTTCTTGACTGGCAAAAACGTTTACC
+TTTTCTCCTCGATATTCATATCATGCCCCATTCCATGACTGTGACAGTGC
+TCACAAACGTGCTCTCTCCGTTCTTTTCGATGTCGTGACAATATGAGATA
+TTTTAATTTCAAATAGTTTCCATACAACCAAACAAGATGTTCAGATAGGA
+ATTTACCTGAAAATTATTAAAATTATAATACATTTTCTACATTTTCCCTT
+TAAAAACAAATTTTAGATGCGATTAGCTGATCGCAGTAGCTATCAGATGT
+AACTGATGTTTTTTTAAAAACTTCACGTACTACAGATTTTCTAGTAAAAG
+CATATAAGTGCCTGCCCACTTACCCAAGTCAGCGATGGTAACCAGTGTTA
+GAGGTATTCCAAGCAAGGAGAACAATATACACCATATCCGTCCAATGTTT
+GTCACTGGAACTGGATTACCGTATCCGATGGTAGTGACGACGGTTACGGC
+AAAGAAAATGGACGATGAAAATGTCCATGTCTCCGTTGCTGCGTTCTTTT
+TTACCTGAAAATAAATTAAATTATTTTTGAGGTATTTTGAGGTAGTATTA
+TTGTATTAAAAGTTTGAATAATTTTGGTTGAATTTGGAATAGGTTGAAAT
+CAAACTTTTCAAGTAAAAAACAAAGTTTCAATAGAAACAGTTTGAGAGAA
+ATGATAAATAGCTGACCGGAAATGAGTACGAAAATCTACTTTTTAAACTT
+TGAGTATGCTCTGAAATATTTTCCTGTTATTTCCTTTTTCCATATTCTGG
+CTTTCAATTATCTTTAAAAAATTTTAAAGACACATCTTGGTTAAGTGTTT
+GGTGAAACTATAAATCTAAAACTATTTTTAAAGGAAAATCCTTGTCCCTT
+TGGATTAAAAAGAACAAGAATAATTTTGAAATGTTTAATTACAGACACAG
+ACAATTGCTCAGTTAGCGCATAAAAAAATAAGCAGACAATGAACCAACAG
+AACAAAAAACTTGAAAGGGTCTCTCTATCTGACAAGTTAGAGTTTTGTCA
+TCTCCCGCGGGAACAGCTGAGCTTTCTCCACTTGTTTTTGTCTAATCTCT
+CCACATTTTTCATGATCTATTGTTGTTTCTATCTTTTGATAGTCACAAGG
+GACCTCTTGTGTTTTCCGTTTCTATTTCACACCGCCAAACAGACTCAAAG
+AATGGAAGGTTTTGTGGAAAAATAGGAAAAAGATGAATTGGTGAGGATTA
+TCAAGGATGGGGGAAAAGAGGTCGATAAGGAAATAGTTGGGTTAGAGAAG
+AACAAATAATAGTCCGGGTAGTTTGGATGGTTCAGATGTTACTTCTATAT
+TGATAAATTATAAGTTGTGTCGATGCAAAATGTTAATTTAAATAGCCGAT
+CGTAGTTTGAAGCAATCAGTTTACTGGTCAATTTCCGGCACATTTCGGCC
+AATTTTTGCCAAAATATTATATAAGTTTAGTTAGAAAGTTTTCAAAGCTG
+GAAATAAATTCGGCAAGACTTGGCCTAGATTTCCAAGTTTAGCTAAGCTT
+TGATTAAACTTCTGTCAATTTTTCATGAAAACTGTTCGTATTTTTTTATA
+GGGTCGAAATCGGGATGCCTGGAGTTGTGCCCGGATTGAGAAAAAAATTT
+GCAAATAGCCATCTCAATTACTCAATTACAAATTGCTTGCAATACATTTT
+CCGTACCTTCTGGTCGTCACATGCAATCTTTACAACAAAAAGTCCTGTCA
+AACTCACCTCGTTACTCGTCAAGAAATACTTCTCAAATGCGACAAACAGC
+TGATCGGACATATTGTGCATGTGCCGTTCGGCTAGTGACTCCCATTCGTA
+TCGTTCTGCAGACAATTGTGTTCAGGAAATTTTGTGGATTTCCATTTTTT
+GCCAGTTTGGTCGAATTATGTGTTGTAGGTATTGTCAAACAAGTTTCGTA
+AATTTGGCAATGTGCCAAAACTTTCAAAAAAAAAAAACAACGCTTTTAAA
+GTGTTTTAAAATACTTGGTCAATCTGAATTAATATAATTGCATGTAAATC
+CCCACTACTGATATTAAAAAGTTATGCCAATCTAACTTACTTGTCTCATT
+TCCAGCAGCCAAACGAATTAAGTCGTCAACAAACTCATTTTGACGAGTGT
+AGATCAGTTTAAGCTGAAAACTATTATTATTTTGAAAATTTCATATAATA
+TTTCGAAATATTCATAGAAAGAAAACAATTGTGTCCACAAAAATGCTGTT
+GTAAATATATAATTAGGTGCACTCATGTGCTGCCAGGTTGTTCTTTGTTG
+AAAAATTCGATTTCAGGATGCCATAAAGTAAATGGGAAAATATAATGGAA
+TCTAACGCGACATTGTTTAAAATACTTTGGCCGCTTGTGACGCCACACTG
+TTAAGTTTTAAAAATATATAAATTGATCCAAAAAAATTGAAACTAACTAT
+AAGCTTGACGAATAAAATCTAAGAGCCTAATATAAAAAAGAAGCTTTTTC
+TCATGCTAGGTACTAAAAAAGGCGCCCGAAAAGCACCTGGCCACCGCAGC
+CTTTTTTCCAGAAAATCGGAAGTCGTTCGCAAAGAAAATGGAAATGCTTG
+AGCCAACTGAGCCCATCTGCCACGTCAATGAAATAGGCAGATGGCTGAAT
+CGAACGGAAAAGAAGAAGGATGTGACGAGTGAATGAATGGCTTTTTGCGT
+TGAAAAAGTACCACTTTTGGTAGAATAAGATGGGCGAGTGGGAGTGAAGG
+AGTAGAAATAATAGAAATTGAAAATTGGAAACTTTTTCATAATTTTAACT
+AGATTAATTTTAGATGTCAGAGATAAATCAAAATGTGCTTCAAAATAAAA
+TAGTCTGAAATAGTCTTAATCCTTTTTATGCAAAATAAAAATTCGAACTT
+CCCCGAAATTCAAGTGGCATAATTGTTGCAATTTACACAGTAGTTTTGTG
+ATTTTTGCGCCAAAAGACAAATTATTATCAAGTGTGAAAAAAGTGTGCGC
+CTTTGAAGAGTACTGTAGTTCTAAACTCTTGTTGCTGCAGGGTTTTTCAA
+AGTTTTTGTCATTTTTTTAATGTTTATCTTTATATTTTTAATTCATACAT
+GTATTTTAAAAATATATTTTTAACAAAAACTGTGAAAAATCTAAATAGAT
+TTCGCAGCAATGAGAGTTTGCAGTTACAGTTATTATATATCTTTAAAGGC
+ACACACCTTTTTGAAATTAACAAACAATATCGAGTCGAGACCGCGTACCG
+TATTAATATCGCAAAACTTAGAGTTTTATTTGTTTTTATCTTGATGAAAG
+GCTTTTCAGGAGAACGTTTTTTTTTCAAGAAGAATTATCACCTCTCTCAC
+GAATTATCAACTCGTTCTCATTTTATTTCATTTTTAAGTGTACATACACA
+TCGCTGTTAGTTACCATCGCACGGATGGCCGAGTGGTCTAAGGCGCCAGA
+CTCAAGCGAAATGCTTGCCTCATGCTCGAGGTCGACTGGGTGTTCTGGTA
+CTCGTATGGGTGCGTGGGTTCGAATCCCACTTCGTGCAGAATTTTTTATG
+TTTTCAACCTTGACCAAAAGTCATATTCATCCAATTCGGTACCCTATTTC
+TACGTTATCTTGTTCCTCAAACGATGGCCTTATGTTTTGATCTTCAACAC
+TGCATAAGGAAATGTATACCAAAGACGAAGGTCGTTTTGATTTTTCAGTA
+ACTGGCAGCAATGATCCTTAAATCAGACTCCCACGCCCCTTCCGTTGAAA
+ATAGGGCTTCGATCGCCAAACTAATCTTATAAACACTAGAAAAGTTTTTG
+TTAAAAATCCGTATAAAAAGGGAATAATGTGATGAAAAAAGGCATCAAAT
+TTCAAATTTGAACATTTCAAGCTTAACTCGAACTTCAGCTTTCTCGCGAA
+AAAATGAGTCAAATCTTCCAAATTCTTGTGATCTTCGCCATTTTGTCAGC
+ATTGCAAGTGAATGGGTAGGTGAAGTACAGTACTTTATGGCATCAAATGA
+AATATACTCAGATTCCTCTTTCCAACTTATTCGTCAGGATATGACTACGA
+TTGTTATGGATACGGTAACAATGGTTACGGTAATGGTGGATACGGCTATG
+GAAATGGTGGCGGATACTATGGAGGATACAATGGATACTAAATAAAATAA
+ATGAATACTTTTTGACGGATTTTTCATTGAAAATTTATTTAATAAATGTT
+AAGCATTCATAAGTCTTGATGTAGCCTACCCTGAAGTATGATTTCGGACG
+GAATTATTAGGTGTAGGTCGTTTCCTACGTTTGCCTTATATGCAGGCAGG
+CACGCCTTCGCGGAGATCAGGGGTGTATTTTTGCTATCGGGCAATCAAAT
+GAAATATAGATTTGAAAAATTTTGTATTTTTTTTTTCTCTAAATGTTTTC
+AATTTTCAAGCTCAAAACATTTCAAGCCTAGAAGGAATTGTTTCAAATTT
+CTTCTCTCAAGTTGTGGAACTATTTCCAATATAATATATTTATTCCAAAT
+TACTCCCATGTGAACTATAGAACACGTATTGTCTCATCATTTCACTTTTA
+TAGTTTCTGTATTACAACACTTGAATGAATGCTTGGTGTAAACAATTTAT
+CAATGTGATAAACAATTCGATTTGACGAATTTTTCCGAATTCTCAGGATG
+ACCGAGTTTCGATGGTCAGTGGGAGTAAATGAATTGGGCAAATTGGTAAT
+GGAAATCTAGTTTTTATGGTGAGTCATGGCAAAGAAATCAAACATTTAAA
+AATTACAAGTGATAAACCATGAGTAAACTTAATCAGGCAAGCTGGCGTTA
+TCAAGTTGTTCAGTTGTTATAATAAAAATTACAAAAAAGATTTTCAAACA
+ATGTAGATTTTTTCCACTATCAATATTCGGTAACTCAAAATAAGTCTCCG
+TAGCATAGGACCTGGCAGCCTACACCTACATCTACATCTACATCTACACC
+TACCCACACTACAAGTACACCTAAATTAATGGTTCAAATGAGTCAAACTA
+ACCTGTTGTTCCTTCATCATTTGCTCGTGCGGCTGCTCAACACTATAAAA
+TATCAATGCTCCAATTACTGTATATGTACACGTTAGAAGTACAAGTGCAA
+CATGAGGTAGGACGAGTTTAGCAAACTGAAATAGGAAAATCACTTCAATT
+AAAATATTAGAATAAATACTAAGTTTTCAATTTTTAATTAATTAATTTCA
+ACGCGTTTGAATAATTTTGTTAAACTGTCGAGGAAAAAAATCTCATAGTC
+AGCGATCGAATTCTCACGAGTTCTGCCAATTTTTCCTTTTTTTTTAGATT
+CTTGTTTCCAATAGATTACCTTCCTGATTCCAGTCTCCTCTTCTTCTTCA
+TCTTCATCTTTACTTTCATCATCACTTTCATCGTCGATATCTTCATGGCC
+ACTCTGAAAAGTTGTATTAACTTTTTAAAAATTCAACCAAAAATAAAAAT
+AAACAACTGTGTGAATCAAATGAAAAACTTTTAGTTAAAATTCTATAACA
+TTGAAAATTGTATGAAACTAACAATAAAATCACACAGTTGACTATTTTCT
+TCAACGATCCATTTTTGCTAATGATTATAAAATGGTTAGCATAAAAATCC
+TTGTAAAATCAATAAAAACACACAAAATGGGTATATGGGAAAGGGGAATA
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+TAATCGATAAAAATTTTAGGTGGAAAATTCAATTTCAATTTTTAAAAATT
+TTGGACCGGAAATTGAACTGCAAACTCTACGAAATGGCCGATTGCACCAT
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+ATTTTCGAGCATTTTCTTAAATATTTCAGCTAAACAATGGGATTTTCGGA
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+GTCGCACATTCTTGATTGAAACTTCATTTTTTTAATTGGCGCGAAATTCA
+AATTTTAATTTTTAAATATTTTAGGCGGAAACCTCAGACTTCAACTTTCG
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+CAGCATTATTGTAGATGTTTCGGCGCACACCGTTGGCCTGTGGGTTGGCC
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+TTTCTGCTTTCAAATGTTTTCAATTTCTTCTCCTCTTTTCATATTTTTCA
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+CATTTTTCATTCTCTCACATGCTGGTGTTTGATGTTCAGTTAAAAATGTT
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+CCTGAAAAATAGGTTTTTTTTAAATGAACATTATTGTTCCGATTTTTATA
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+# trna.des
+#
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+# find them all though. 
+#
+
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+
+h1 0:2 NNNNNNN:NNNNNNN
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