Repository 'rgrnastar'
hg clone https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/rgrnastar

Changeset 12:edc588271f97 (2019-08-15)
Previous changeset 11:de5a55bd9112 (2019-08-13) Next changeset 13:4e4631631f40 (2019-08-17)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/rgrnastar commit 686574b0392e554b75035a9b79bc919dfda9ab97"
modified:
macros.xml
test-data/test3.chimjunc.tabular
added:
test-data/737K-august-2016.small.txt.gz
removed:
test-data/737K-august-2016.small.txt
b
diff -r de5a55bd9112 -r edc588271f97 macros.xml
--- a/macros.xml Tue Aug 13 11:22:24 2019 -0400
+++ b/macros.xml Thu Aug 15 01:53:09 2019 -0400
b
@@ -4,7 +4,7 @@
     The data manager uses a symlink to this macro file to keep the versions in
     sync. -->
     <!-- STAR version to be used -->
-    <token name="@VERSION@">2.7.1a</token>
+    <token name="@VERSION@">2.7.2a</token>
     <!-- STAR index version compatible with this version of STAR
     This is the STAR version that introduced the index structure expected
     by the current version.
b
diff -r de5a55bd9112 -r edc588271f97 test-data/737K-august-2016.small.txt
--- a/test-data/737K-august-2016.small.txt Tue Aug 13 11:22:24 2019 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,137281 +0,0 @@\n-TAGTGGTGTCTCCATC\n-TAGTGGTGTCTCCCTA\n-TAGTGGTGTCTCGTTC\n-TAGTGGTGTCTCTCGT\n-TAGTGGTGTCTCTCTG\n-TAGTGGTGTCTCTTAT\n-TAGTGGTGTCTCTTTA\n-TAGTGGTGTCTGATCA\n-TAGTGGTGTCTGATTG\n-TAGTGGTGTCTGCAAT\n-TAGTGGTGTCTGCCAG\n-TAGTGGTGTCTGCGGT\n-TAGTGGTGTCTGGAGA\n-TAGTGGTGTCTGGTCG\n-TAGTGGTGTCTTCAAG\n-TAGTGGTGTCTTCGTC\n-TAGTGGTGTCTTCTCG\n-TAGTGGTGTCTTGATG\n-TAGTGGTGTCTTGCGG\n-TAGTGGTGTCTTGTCC\n-TAGTGGTGTCTTTCAT\n-TAGTGGTGTGAAAGAG\n-TAGTGGTGTGAAATCA\n-TAGTGGTGTGAACCTT\n-TAGTGGTGTGAAGGCT\n-TAGTGGTGTGACAAAT\n-TAGTGGTGTGACCAAG\n-TAGTGGTGTGACGCCT\n-TAGTGGTGTGACGGTA\n-TAGTGGTGTGACTACT\n-TAGTGGTGTGACTCAT\n-TAGTGGTGTGAGCGAT\n-TAGTGGTGTGAGGCTA\n-TAGTGGTGTGAGGGAG\n-TAGTGGTGTGAGGGTT\n-TAGTGGTGTGAGTATA\n-TAGTGGTGTGAGTGAC\n-TAGTGGTGTGATAAAC\n-TAGTGGTGTGATAAGT\n-TAGTGGTGTGATGATA\n-TAGTGGTGTGATGCCC\n-TAGTGGTGTGATGTCT\n-TAGTGGTGTGATGTGG\n-TAGTGGTGTGCAACGA\n-TAGTGGTGTGCAACTT\n-TAGTGGTGTGCACCAC\n-TAGTGGTGTGCACGAA\n-TAGTGGTGTGCACTTA\n-TAGTGGTGTGCAGACA\n-TAGTGGTGTGCAGGTA\n-TAGTGGTGTGCAGTAG\n-TAGTGGTGTGCATCTA\n-TAGTGGTGTGCCTGCA\n-TAGTGGTGTGCCTGGT\n-TAGTGGTGTGCCTGTG\n-TAGTGGTGTGCCTTGG\n-TAGTGGTGTGCGAAAC\n-TAGTGGTGTGCGATAG\n-TAGTGGTGTGCGCTTG\n-TAGTGGTGTGCGGTAA\n-TAGTGGTGTGCTAGCC\n-TAGTGGTGTGCTCTTC\n-TAGTGGTGTGCTGTAT\n-TAGTGGTGTGCTTCTC\n-TAGTGGTGTGGAAAGA\n-TAGTGGTGTGGACGAT\n-TAGTGGTGTGGCAAAC\n-TAGTGGTGTGGCCCTA\n-TAGTGGTGTGGCGAAT\n-TAGTGGTGTGGCTCCA\n-TAGTGGTGTGGGTATG\n-TAGTGGTGTGGGTCAA\n-TAGTGGTGTGGTAACG\n-TAGTGGTGTGGTACAG\n-TAGTGGTGTGGTCCGT\n-TAGTGGTGTGGTCTCG\n-TAGTGGTGTGGTGTAG\n-TAGTGGTGTGGTTTCA\n-TAGTGGTGTGTAACGG\n-TAGTGGTGTGTAAGTA\n-TAGTGGTGTGTAATGA\n-TAGTGGTGTGTATGGG\n-TAGTGGTGTGTCAATC\n-TAGTGGTGTGTCCTCT\n-TAGTGGTGTGTCGCTG\n-TAGTGGTGTGTCTGAT\n-TAGTGGTGTGTGAAAT\n-TAGTGGTGTGTGAATA\n-TAGTGGTGTGTGACCC\n-TAGTGGTGTGTGACGA\n-TAGTGGTGTGTGCCTG\n-TAGTGGTGTGTGCGTC\n-TAGTGGTGTGTGGCTC\n-TAGTGGTGTGTGGTTT\n-TAGTGGTGTGTGTGCC\n-TAGTGGTGTGTTAAGA\n-TAGTGGTGTGTTCGAT\n-TAGTGGTGTGTTCTTT\n-TAGTGGTGTGTTGAGG\n-TAGTGGTGTGTTGGGA\n-TAGTGGTGTGTTTGGT\n-TAGTGGTGTGTTTGTG\n-TAGTGGTGTTAAAGAC\n-TAGTGGTGTTAAAGTG\n-TAGTGGTGTTAAGAAC\n-TAGTGGTGTTAAGACA\n-TAGTGGTGTTAAGATG\n-TAGTGGTGTTAAGGGC\n-TAGTGGTGTTAAGTAG\n-TAGTGGTGTTACAGAA\n-TAGTGGTGTTACCAGT\n-TAGTGGTGTTACCGAT\n-TAGTGGTGTTACGACT\n-TAGTGGTGTTACGCGC\n-TAGTGGTGTTACGGAG\n-TAGTGGTGTTACGTCA\n-TAGTGGTGTTACTGAC\n-TAGTGGTGTTAGAACA\n-TAGTGGTGTTAGATGA\n-TAGTGGTGTTAGGGTG\n-TAGTGGTGTTAGTGGG\n-TAGTGGTGTTATCACG\n-TAGTGGTGTTATCCGA\n-TAGTGGTGTTATCGGT\n-TAGTGGTGTTATGCGT\n-TAGTGGTGTTATGTGC\n-TAGTGGTGTTATTCTC\n-TAGTGGTGTTCAACCA\n-TAGTGGTGTTCACCTC\n-TAGTGGTGTTCACGGC\n-TAGTGGTGTTCAGACT\n-TAGTGGTGTTCAGCGC\n-TAGTGGTGTTCAGGCC\n-TAGTGGTGTTCAGTAC\n-TAGTGGTGTTCATGGT\n-TAGTGGTGTTCCAACA\n-TAGTGGTGTTCCACAA\n-TAGTGGTGTTCCACGG\n-TAGTGGTGTTCCACTC\n-TAGTGGTGTTCCATGA\n-TAGTGGTGTTCCCGAG\n-TAGTGGTGTTCCCTTG\n-TAGTGGTGTTCCGGCA\n-TAGTGGTGTTCCGTCT\n-TAGTGGTGTTCCTCCA\n-TAGTGGTGTTCGAATC\n-TAGTGGTGTTCGCGAC\n-TAGTGGTGTTCGCTAA\n-TAGTGGTGTTCGGCAC\n-TAGTGGTGTTCGGGCT\n-TAGTGGTGTTCGTCTC\n-TAGTGGTGTTCGTGAT\n-TAGTGGTGTTCGTTGA\n-TAGTGGTGTTCTCATT\n-TAGTGGTGTTCTGAAC\n-TAGTGGTGTTCTGGTA\n-TAGTGGTGTTCTGTTT\n-TAGTGGTGTTGAACTC\n-TAGTGGTGTTGACGTT\n-TAGTGGTGTTGAGGTG\n-TAGTGGTGTTGAGTTC\n-TAGTGGTGTTGATTCG\n-TAGTGGTGTTGATTGC\n-TAGTGGTGTTGCCTCT\n-TAGTGGTGTTGCGCAC\n-TAGTGGTGTTGCGTTA\n-TAGTGGTGTTGCTCCT\n-TAGTGGTGTTGGACCC\n-TAGTGGTGTTGGAGGT\n-TAGTGGTGTTGGGACA\n-TAGTGGTGTTGGTAAA\n-TAGTGGTGTTGGTGGA\n-TAGTGGTGTTGGTTTG\n-TAGTGGTGTTGTACAC\n-TAGTGGTGTTGTCGCG\n-TAGTGGTGTTGTCTTT\n-TAGTGGTGTTGTGGAG\n-TAGTGGTGTTGTGGCC\n-TAGTGGTGTTGTTTGG\n-TAGTGGTGTTTAAGCC\n-TAGTGGTGTTTACTCT\n-TAGTGGTGTTTAGCTG\n-TAGTGGTGTTTAGGAA\n-TAGTGGTGTTTCCACC\n-TAGTGGTGTTTCGCTC\n-TAGTGGTGTTTGACAC\n-TAGTGGTGTTTGACTG\n-TAGTGGTGTTTGCATG\n-TAGTGGTGTTTGGCGC\n-TAGTGGTGTTTGGGCC\n-TAGTGGTGTTTGTGTG\n-TAGTGGTGTTTGTTGG\n-TAGTGGTGTTTGTTTC\n-TAGTGGTTCAAACAAG\n-TAGTGGTTCAAACCAC\n-TAGTGGTTCAAACCGT\n-TAGTGGTTCAAACGGG\n-TAGTGGTTCAAAGACA\n-TAGTGGTTCAAAGTAG\n-TAGTGGTTCAACACAC\n-TAGTGGTTCAACACCA\n-TAGTGGTTCAACACGT\n-TAGTGGTTCAACACTG\n-TAGTGGTTCAACCAAC\n-TAGTGGTTCAACCATG\n-TAGTGGTTCAACGAAA\n-TAGTGGTTCAACGCTA\n-TAGTGGTTCAACGGCC\n-TAGTGGTTCAACGGGA\n-TAGTGGTTCAACTCTT\n-TAGTGGTTCAAGAAGT\n-TAGTGGTTCAAGATCC\n-TAGTGGTTCAAGCCTA\n-TAGTGGTTCAAGGCTT\n-TAGTGGTTCAAGGTAA\n-TAGTGGTTCAATAAGG\n-TAGTGGTTCAATACCG\n-TAGTGGTTCAATCACG\n-TAGTGGTTCAATCTCT\n-TAGTGGTTCACAAACC\n-TAGTGGTTCACAACGT\n'..b'AA\n-TTTGTCATCCGCGGTA\n-TTTGTCATCCGCGTTT\n-TTTGTCATCCGCTGTT\n-TTTGTCATCCGGCACA\n-TTTGTCATCCGGGTGT\n-TTTGTCATCCGTACAA\n-TTTGTCATCCGTAGGC\n-TTTGTCATCCGTAGTA\n-TTTGTCATCCGTCAAA\n-TTTGTCATCCGTCATC\n-TTTGTCATCCGTTGCT\n-TTTGTCATCCGTTGTC\n-TTTGTCATCCTAAGTG\n-TTTGTCATCCTACAGA\n-TTTGTCATCCTAGAAC\n-TTTGTCATCCTAGGGC\n-TTTGTCATCCTAGTGA\n-TTTGTCATCCTATGTT\n-TTTGTCATCCTATTCA\n-TTTGTCATCCTCAACC\n-TTTGTCATCCTCAATT\n-TTTGTCATCCTCATTA\n-TTTGTCATCCTCCTAG\n-TTTGTCATCCTCGCAT\n-TTTGTCATCCTCTAGC\n-TTTGTCATCCTGCAGG\n-TTTGTCATCCTGCCAT\n-TTTGTCATCCTGCTTG\n-TTTGTCATCCTGTACC\n-TTTGTCATCCTGTAGA\n-TTTGTCATCCTTAATC\n-TTTGTCATCCTTCAAT\n-TTTGTCATCCTTGACC\n-TTTGTCATCCTTGCCA\n-TTTGTCATCCTTGGTC\n-TTTGTCATCCTTTACA\n-TTTGTCATCCTTTCGG\n-TTTGTCATCCTTTCTC\n-TTTGTCATCGAACGGA\n-TTTGTCATCGAACTGT\n-TTTGTCATCGAATCCA\n-TTTGTCATCGAATGCT\n-TTTGTCATCGAATGGG\n-TTTGTCATCGACAGCC\n-TTTGTCATCGACCAGC\n-TTTGTCATCGACGGAA\n-TTTGTCATCGAGAACG\n-TTTGTCATCGAGAGCA\n-TTTGTCATCGAGCCCA\n-TTTGTCATCGAGGTAG\n-TTTGTCATCGATAGAA\n-TTTGTCATCGATCCCT\n-TTTGTCATCGATGAGG\n-TTTGTCATCGCAAACT\n-TTTGTCATCGCAAGCC\n-TTTGTCATCGCACTCT\n-TTTGTCATCGCAGGCT\n-TTTGTCATCGCATGAT\n-TTTGTCATCGCATGGC\n-TTTGTCATCGCCAAAT\n-TTTGTCATCGCCAGCA\n-TTTGTCATCGCCATAA\n-TTTGTCATCGCCCTTA\n-TTTGTCATCGCCGTGA\n-TTTGTCATCGCCTGAG\n-TTTGTCATCGCCTGTT\n-TTTGTCATCGCGATCG\n-TTTGTCATCGCGCCAA\n-TTTGTCATCGCGGATC\n-TTTGTCATCGCGTAGC\n-TTTGTCATCGCGTTTC\n-TTTGTCATCGCTAGCG\n-TTTGTCATCGCTGATA\n-TTTGTCATCGCTTAGA\n-TTTGTCATCGCTTGTC\n-TTTGTCATCGGAAACG\n-TTTGTCATCGGAAATA\n-TTTGTCATCGGAATCT\n-TTTGTCATCGGACAAG\n-TTTGTCATCGGAGCAA\n-TTTGTCATCGGAGGTA\n-TTTGTCATCGGATGGA\n-TTTGTCATCGGATGTT\n-TTTGTCATCGGCATCG\n-TTTGTCATCGGCCGAT\n-TTTGTCATCGGCGCAT\n-TTTGTCATCGGCGCTA\n-TTTGTCATCGGCGGTT\n-TTTGTCATCGGCTACG\n-TTTGTCATCGGCTTGG\n-TTTGTCATCGGGAGTA\n-TTTGTCATCGGTCCGA\n-TTTGTCATCGGTCTAA\n-TTTGTCATCGGTGTCG\n-TTTGTCATCGGTGTTA\n-TTTGTCATCGGTTAAC\n-TTTGTCATCGGTTCGG\n-TTTGTCATCGTACCGG\n-TTTGTCATCGTACGGC\n-TTTGTCATCGTAGATC\n-TTTGTCATCGTAGGAG\n-TTTGTCATCGTAGGTT\n-TTTGTCATCGTATCAG\n-TTTGTCATCGTCACGG\n-TTTGTCATCGTCCAGG\n-TTTGTCATCGTCCGTT\n-TTTGTCATCGTCGTTC\n-TTTGTCATCGTCTGAA\n-TTTGTCATCGTCTGCT\n-TTTGTCATCGTGACAT\n-TTTGTCATCGTGGACC\n-TTTGTCATCGTGGGAA\n-TTTGTCATCGTGGTCG\n-TTTGTCATCGTGTAGT\n-TTTGTCATCGTTACAG\n-TTTGTCATCGTTACGA\n-TTTGTCATCGTTGACA\n-TTTGTCATCGTTGCCT\n-TTTGTCATCGTTTAGG\n-TTTGTCATCGTTTATC\n-TTTGTCATCGTTTGCC\n-TTTGTCATCTAACCGA\n-TTTGTCATCTAACGGT\n-TTTGTCATCTAACTCT\n-TTTGTCATCTAACTGG\n-TTTGTCATCTAACTTC\n-TTTGTCATCTAAGCCA\n-TTTGTCATCTACCAGA\n-TTTGTCATCTACCTGC\n-TTTGTCATCTACGAGT\n-TTTGTCATCTACTATC\n-TTTGTCATCTACTCAT\n-TTTGTCATCTACTTAC\n-TTTGTCATCTAGAGTC\n-TTTGTCATCTAGCACA\n-TTTGTCATCTATCCCG\n-TTTGTCATCTATCCTA\n-TTTGTCATCTATCGCC\n-TTTGTCATCTATGTGG\n-TTTGTCATCTCAAACG\n-TTTGTCATCTCAACTT\n-TTTGTCATCTCAAGTG\n-TTTGTCATCTCACATT\n-TTTGTCATCTCATTCA\n-TTTGTCATCTCCAACC\n-TTTGTCATCTCCAGGG\n-TTTGTCATCTCCCTGA\n-TTTGTCATCTCCGGTT\n-TTTGTCATCTCCTATA\n-TTTGTCATCTCGAGTA\n-TTTGTCATCTCGATGA\n-TTTGTCATCTCGCATC\n-TTTGTCATCTCGCTTG\n-TTTGTCATCTCGGACG\n-TTTGTCATCTCGTATT\n-TTTGTCATCTCGTTTA\n-TTTGTCATCTCTAAGG\n-TTTGTCATCTCTAGGA\n-TTTGTCATCTCTGAGA\n-TTTGTCATCTCTGCTG\n-TTTGTCATCTCTGTCG\n-TTTGTCATCTCTTATG\n-TTTGTCATCTCTTGAT\n-TTTGTCATCTGAAAGA\n-TTTGTCATCTGACCTC\n-TTTGTCATCTGAGGGA\n-TTTGTCATCTGAGTGT\n-TTTGTCATCTGATACG\n-TTTGTCATCTGATTCT\n-TTTGTCATCTGCAAGT\n-TTTGTCATCTGCAGTA\n-TTTGTCATCTGCCAGG\n-TTTGTCATCTGCCCTA\n-TTTGTCATCTGCGACG\n-TTTGTCATCTGCGGCA\n-TTTGTCATCTGCGTAA\n-TTTGTCATCTGCTGCT\n-TTTGTCATCTGCTGTC\n-TTTGTCATCTGCTTGC\n-TTTGTCATCTGGAGCC\n-TTTGTCATCTGGCGAC\n-TTTGTCATCTGGCGTG\n-TTTGTCATCTGGGCCA\n-TTTGTCATCTGGTATG\n-TTTGTCATCTGGTGTA\n-TTTGTCATCTGGTTCC\n-TTTGTCATCTGTACGA\n-TTTGTCATCTGTCAAG\n-TTTGTCATCTGTCCGT\n-TTTGTCATCTGTCTAT\n-TTTGTCATCTGTCTCG\n-TTTGTCATCTGTGCAA\n-TTTGTCATCTGTTGAG\n-TTTGTCATCTGTTTGT\n-TTTGTCATCTTAACCT\n-TTTGTCATCTTACCGC\n-TTTGTCATCTTACCTA\n-TTTGTCATCTTAGAGC\n-TTTGTCATCTTAGCCC\n-TTTGTCATCTTATCTG\n-TTTGTCATCTTCAACT\n-TTTGTCATCTTCATGT\n-TTTGTCATCTTCCTTC\n-TTTGTCATCTTCGAGA\n-TTTGTCATCTTCGGTC\n-TTTGTCATCTTCTGGC\n-TTTGTCATCTTGACGA\n-TTTGTCATCTTGAGAC\n-TTTGTCATCTTGAGGT\n-TTTGTCATCTTGCAAG\n-TTTGTCATCTTGCATT\n-TTTGTCATCTTGCCGT\n-TTTGTCATCTTGGGTA\n-TTTGTCATCTTGTACT\n-TTTGTCATCTTGTATC\n-TTTGTCATCTTGTCAT\n-TTTGTCATCTTGTTTG\n-TTTGTCATCTTTACAC\n-TTTGTCATCTTTACGT\n-TTTGTCATCTTTAGGG\n-TTTGTCATCTTTAGTC\n-TTTGTCATCTTTCCTC\n'
b
diff -r de5a55bd9112 -r edc588271f97 test-data/737K-august-2016.small.txt.gz
b
Binary file test-data/737K-august-2016.small.txt.gz has changed
b
diff -r de5a55bd9112 -r edc588271f97 test-data/test3.chimjunc.tabular
--- a/test-data/test3.chimjunc.tabular Tue Aug 13 11:22:24 2019 -0400
+++ b/test-data/test3.chimjunc.tabular Thu Aug 15 01:53:09 2019 -0400
b
@@ -1,24 +1,27 @@
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_60 181 60M15S 241 60S15M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_62 183 58M17S 241 58S17M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_64 185 56M19S 241 56S19M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_66 187 54M21S 241 54S21M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_68 189 52M23S 241 52S23M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_70 191 50M25S 241 50S25M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_72 193 48M27S 241 48S27M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_74 195 46M29S 241 46S29M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_76 197 44M31S 241 44S31M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_78 199 42M33S 241 42S33M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_80 201 40M35S 241 40S35M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_82 203 38M37S 241 38S37M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_84 205 36M39S 241 36S39M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_86 207 34M41S 241 34S41M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_88 209 32M43S 241 32S43M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_90 211 30M45S 241 30S45M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_92 213 28M47S 241 28S47M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_94 215 26M49S 241 26S49M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_96 217 24M51S 241 24S51M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_98 219 22M53S 241 22S53M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_100 221 20M55S 241 20S55M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_102 223 18M57S 241 18S57M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_104 225 16M59S 241 16S59M 1
-chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_106 227 14M61S 241 14S61M 1
+chr_donorA brkpt_donorA strand_donorA chr_acceptorB brkpt_acceptorB strand_acceptorB junction_type repeat_left_lenA repeat_right_lenB read_name start_alnA cigar_alnA start_alnB cigar_alnB num_chim_aln max_poss_aln_score non_chim_aln_score this_chim_aln_score bestall_chim_aln_score PEmerged_bool readgrp
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_60 181 60M15S 241 60S15M 1 75 59 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_62 183 58M17S 241 58S17M 1 75 57 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_64 185 56M19S 241 56S19M 1 75 55 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_66 187 54M21S 241 54S21M 1 75 53 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_68 189 52M23S 241 52S23M 1 75 51 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_70 191 50M25S 241 50S25M 1 75 49 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_72 193 48M27S 241 48S27M 1 75 47 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_74 195 46M29S 241 46S29M 1 75 45 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_76 197 44M31S 241 44S31M 1 75 43 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_78 199 42M33S 241 42S33M 1 75 41 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_80 201 40M35S 241 40S35M 1 75 39 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_82 203 38M37S 241 38S37M 1 75 37 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_84 205 36M39S 241 36S39M 1 75 38 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_86 207 34M41S 241 34S41M 1 75 40 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_88 209 32M43S 241 32S43M 1 75 42 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_90 211 30M45S 241 30S45M 1 75 44 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_92 213 28M47S 241 28S47M 1 75 46 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_94 215 26M49S 241 26S49M 1 75 48 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_96 217 24M51S 241 24S51M 1 75 50 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_98 219 22M53S 241 22S53M 1 75 52 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_100 221 20M55S 241 20S55M 1 75 54 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_102 223 18M57S 241 18S57M 1 75 56 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_104 225 16M59S 241 16S59M 1 75 58 72 72 0
+chr1 241 + chr2 240 + 0 0 0 test_chimeric_mRNA_106 227 14M61S 241 14S61M 1 75 60 72 72 0
+# 2.7.2a   STAR --runThreadN 1 --genomeLoad NoSharedMemory --genomeDir tempstargenomedir @ --readFilesIn /tmp/tmpTNNe38/files/2/7/0/dataset_2700161e-e03d-4a50-9bc8-1508ff059881.dat --readFilesCommand zcat --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --twopassMode None  --quantMode - --outSAMstrandField intronMotif --outSAMattrIHstart 1 --outSAMattributes NH HI AS nM NM MD jM jI MC ch --outSAMprimaryFlag OneBestScore --outSAMmapqUnique 255 --outSAMunmapped Within --chimSegmentMin 12 --chimJunctionOverhangMin 12 --alignSJDBoverhangMin 10 --alignMatesGapMax 100000 --alignIntronMax 100000 --chimSegmentReadGapMax 3 --alignSJstitchMismatchNmax 5 -1 5 5 --peOverlapNbasesMin 12 --peOverlapMMp 0.1 --chimMultimapScoreRange 10 --chimMultimapNmax 10 --chimNonchimScoreDropMin 10 --outBAMsortingThreadN 1 --outBAMsortingBinsN 50 --limitBAMsortRAM 0 --chimOutType Junctions --chimOutJunctionFormat 1
+# Nreads 83 NreadsUnique 72 NreadsMulti 0