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test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/f6f/adc/79/scaffold_9-0.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/f6f/adc/79/scaffold_9-1.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/f6f/adc/79/scaffold_9-2.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/f6f/adc/79/scaffold_9-3.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/f82/154/4b/scaffold_1-0.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/f82/154/4b/scaffold_1-1.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/f82/154/4b/scaffold_1-2.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/fb2/307/41/scaffold_12-0.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/fb2/307/41/scaffold_12-1.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/fb2/307/41/scaffold_12-2.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/fc4/ec3/58/scaffold_16-0.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/fc4/ec3/58/scaffold_16-1.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/fc4/ec3/58/scaffold_16-2.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/ff4/c90/52/scaffold_5-0.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/ff4/c90/52/scaffold_5-1.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/ff4/c90/52/scaffold_5-2.txt test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/refSeqs.json test-data/only_genome/myHub/Dbia3/trackList.json test-data/only_genome/myHub/Dbia3/tracks.conf test-data/only_genome/only_genome.html |
|
removed:
ApolloUser.pyc TrackDb.pyc apollo/ApolloInstance.py apollo/ApolloInstance.pyc apollo/ApolloUser.py apollo/ApolloUser.pyc apollo/__init__.py apollo/__init__.pyc bedToGff3.pyc blastxmlToGff3.pyc templates/apollo-arrow.yml test-data/JBrowse_Archive_Creator_html.html test-data/dbia3/raw/HISAT.bam test-data/dbia3/raw/dbia3.fa trackObject.pyc utils.pyc |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 ApolloUser.pyc |
| b |
| Binary file ApolloUser.pyc has changed |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 TrackDb.pyc |
| b |
| Binary file TrackDb.pyc has changed |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 TrackHub.py --- a/TrackHub.py Mon Oct 16 18:03:58 2017 -0400 +++ b/TrackHub.py Fri Oct 20 11:22:21 2017 -0400 |
| [ |
| @@ -7,16 +7,16 @@ import json import tempfile import logging +from mako.lookup import TemplateLookup from datatypes.Datatype import Datatype -from apollo.ApolloInstance import ApolloInstance from tracks.TrackStyles import TrackStyles from util import subtools from util import santitizer class TrackHub: - def __init__(self, inputFastaFile, apollo_user, outputFile, extra_files_path, tool_directory, trackType, apollo_host, user_email): + def __init__(self, inputFastaFile, outputFile, extra_files_path, tool_directory, trackType): self.rootAssemblyHub = None @@ -36,9 +36,6 @@ self.outputFile = outputFile self.chromSizesFile = None - # Set up apollo - self.apollo = ApolloInstance(apollo_host, tool_directory, user_email) - self.apollo_user = apollo_user # Set all the missing variables of this class, and create physically the folders/files self.rootAssemblyHub = self.__createAssemblyHub__(extra_files_path=extra_files_path) @@ -77,7 +74,8 @@ self._indexName() if not debug: self._removeRaw() - self._makeArchive() + #self._makeArchive() + self._outHtml() print "Success!\n" @@ -116,18 +114,23 @@ subtools.generate_names(self.mySpecieFolderPath) print "finished name index \n" - def _outHtml(self, host_name): + def _outHtml(self): + mylookup = TemplateLookup(directories=[os.path.join(self.tool_directory, 'templates')], + output_encoding='utf-8', encoding_errors='replace') + htmlTemplate = mylookup.get_template("display.txt") + with open(self.outputFile, 'w') as htmlfile: - htmlstr = 'The new Organism "%s" is created on Apollo: <br>' % self.genome_name - jbrowse_hub = '<li><a href = "%s" target="_blank">View JBrowse Hub on Apollo</a></li>' % host_name - htmlstr += jbrowse_hub - htmlfile.write(htmlstr) + htmlMakoRendered = htmlTemplate.render( + genome_name = self.genome_name, + trackList = os.path.relpath(self.trackList, self.extra_files_path) + ) + htmlfile.write(htmlMakoRendered) + #with open(self.outputFile, 'w') as htmlfile: + # htmlstr = 'The new Organism "%s" is created on Apollo: <br>' % self.genome_name + # jbrowse_hub = '<li><a href = "%s" target="_blank">View JBrowse Hub on Apollo</a></li>' % host_name + # htmlstr += jbrowse_hub + # htmlfile.write(htmlstr) - def _makeArchive(self): - self.apollo.loadHubToApollo(self.apollo_user, self.genome_name, self.mySpecieFolderPath, admin=True) - apollo_host = self.apollo.getHost() - self._outHtml(apollo_host) - def __createAssemblyHub__(self, extra_files_path): # Get all necessaries infos first |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 TrackHub.pyc |
| b |
| Binary file TrackHub.pyc has changed |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 apollo/ApolloInstance.py --- a/apollo/ApolloInstance.py Mon Oct 16 18:03:58 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| [ |
| @@ -1,70 +0,0 @@ -#!/usr/bin/env python -import os -import json -import shutil -import tempfile -import logging -from util import subtools -from mako.lookup import TemplateLookup - - -class ApolloInstance(object): - def __init__(self, apollo_host, tool_directory, user_email): - self.apollo_host = apollo_host - self.tool_directory = tool_directory - self.default_user = user_email - self.logger = logging.getLogger(__name__) - self.apolloTemplate = self._getApolloTemplate() - self._arrow_init() - - def _arrow_init(self): - arrow_config = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0) - with open(arrow_config.name, 'w') as conf: - htmlMakoRendered = self.apolloTemplate.render( - apollo_host = self.apollo_host, - admin_user = self.default_user, - admin_pw = '1234' - ) - conf.write(htmlMakoRendered) - - home_dir = os.path.expanduser('~') - arrow_config_dir = os.path.join(home_dir, '.apollo-arrow.yml') - shutil.copyfile(arrow_config.name, arrow_config_dir) - self.logger.debug("Initated arrow: apollo-arrow.yml= %s", arrow_config_dir) - - - def _getApolloTemplate(self): - mylookup = TemplateLookup(directories=[os.path.join(self.tool_directory, 'templates')], - output_encoding='utf-8', encoding_errors='replace') - apolloTemplate = mylookup.get_template("apollo-arrow.yml") - return apolloTemplate - - def getHost(self): - return self.apollo_host - - def createApolloUser(self, apollo_user, admin=None): - p = subtools.arrow_create_user(apollo_user.user_email, apollo_user.firstname, apollo_user.lastname, apollo_user.password, admin) - user_info = json.loads(p) - user_id = user_info.get('userId') - if not user_id: - self.logger.debug("Cannot create new user: %s; The user may already exist", apollo_user.user_email) - user_id = subtools.arrow_get_users(apollo_user.user_email) - self.logger.debug("Got user_id for new or existing user: user_id = %s", str(user_id)) - return user_id - - def grantPermission(self, user_id, organism_id, **user_permissions): - subtools.arrow_update_organism_permissions(user_id, organism_id, **user_permissions) - self.logger.debug("Grant user %s permissions to organism %s, permissions = %s", str(user_id), str(organism_id), ','.join(user_permissions)) - - def addOrganism(self, organism_name, organism_dir): - p = subtools.arrow_add_organism(organism_name, organism_dir) - organism = json.loads(p) - organism_id = organism['id'] - self.logger.debug("Added new organism to Apollo instance, %s", p) - return organism_id - - def loadHubToApollo(self, apollo_user, organism_name, organism_dir, admin_user=False, **user_permissions): - user_id = self.createApolloUser(apollo_user, admin_user) - organism_id = self.addOrganism(organism_name, organism_dir) - self.grantPermission(user_id, organism_id, **user_permissions) - self.logger.debug("Successfully load the hub to Apollo") \ No newline at end of file |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 apollo/ApolloInstance.pyc |
| b |
| Binary file apollo/ApolloInstance.pyc has changed |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 apollo/ApolloUser.py --- a/apollo/ApolloUser.py Mon Oct 16 18:03:58 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| b |
| @@ -1,10 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os - -class ApolloUser(object): - def __init__(self, user_email, firstname, lastname, password): - self.user_email = user_email - self.firstname = firstname - self.lastname = lastname - self.password = password |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 apollo/ApolloUser.pyc |
| b |
| Binary file apollo/ApolloUser.pyc has changed |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 apollo/__init__.pyc |
| b |
| Binary file apollo/__init__.pyc has changed |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 bedToGff3.pyc |
| b |
| Binary file bedToGff3.pyc has changed |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 blastxmlToGff3.pyc |
| b |
| Binary file blastxmlToGff3.pyc has changed |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 datatypes/binary/Binary.py --- a/datatypes/binary/Binary.py Mon Oct 16 18:03:58 2017 -0400 +++ b/datatypes/binary/Binary.py Fri Oct 20 11:22:21 2017 -0400 |
| b |
| @@ -10,7 +10,6 @@ import collections import shutil import util -from TrackDb import TrackDb from datatypes.Datatype import Datatype |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 datatypes/binary/Binary.pyc |
| b |
| Binary file datatypes/binary/Binary.pyc has changed |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 datatypes/converters/blastxmlToGff3.py --- a/datatypes/converters/blastxmlToGff3.py Mon Oct 16 18:03:58 2017 -0400 +++ b/datatypes/converters/blastxmlToGff3.py Fri Oct 20 11:22:21 2017 -0400 |
| [ |
| @@ -3,7 +3,7 @@ from Bio.Blast import NCBIXML from collections import OrderedDict -import utils +from util import subtools def align2cigar(hsp_query, hsp_reference): @@ -138,7 +138,7 @@ group['parent_field']['score'] = group['parent_field']['strand'] = group['parent_field']['phase'] = '.' group['parent_attribute']['match_num'] = match_num group['alignments'].sort(key=lambda x: (x['field']['start'], x['field']['end'])) - utils.write_features(group['parent_field'], group['parent_attribute'], gff3) + subtools.write_features(group['parent_field'], group['parent_attribute'], gff3) prev_end = -1 for align in group['alignments']: overlap = '' @@ -146,7 +146,7 @@ overlap += str(align['field']['start']) + ',' + str(prev_end) prev_end = align['field']['end'] align['attribute']['overlap'] = overlap - utils.write_features(align['field'], align['attribute'], gff3) + subtools.write_features(align['field'], align['attribute'], gff3) gff3.close() def blastxmlToGff3(xml_file, gff3_file): |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 datatypes/converters/blastxmlToGff3.pyc |
| b |
| Binary file datatypes/converters/blastxmlToGff3.pyc has changed |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 jbrowseArchiveCreator.py --- a/jbrowseArchiveCreator.py Mon Oct 16 18:03:58 2017 -0400 +++ b/jbrowseArchiveCreator.py Fri Oct 20 11:22:21 2017 -0400 |
| b |
| @@ -39,10 +39,7 @@ reference_genome = reader.getRefGenome() debug_mode = reader.getDebugMode() track_type = reader.getTrackType() - #jbrowse_path = reader.getJBrowsePath() - apollo_path = reader.getApolloPath() - apollo_host = reader.getApolloHost() - apollo_user = reader.getApolloUser() + #### Logging management #### # If we are in Debug mode, also print in stdout the debug dump @@ -55,7 +52,7 @@ # Create the Track Hub folder logging.info('#### JBrowseArchiveCreator: Creating the Track Hub folder ####\n') - trackHub = TrackHub(reference_genome, apollo_user, outputFile, extra_files_path, toolDirectory, track_type, apollo_host, user_email) + trackHub = TrackHub(reference_genome, outputFile, extra_files_path, toolDirectory, track_type) # Create Ordered Dictionary to add the tracks in the tool form order logging.info('#### JBrowseArchiveCreator: Preparing track data ####\n') |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 jbrowseArchiveCreator.xml --- a/jbrowseArchiveCreator.xml Mon Oct 16 18:03:58 2017 -0400 +++ b/jbrowseArchiveCreator.xml Fri Oct 20 11:22:21 2017 -0400 |
| b |
| @@ -1,14 +1,15 @@ -<tool id="jbrowse_hub" name="JBrowse Archive Creator" version="1.0.1"> +<tool id="jbrowse_hub" name="JBrowse Archive Creator" version="2.0.0"> <description> This Galaxy tool is used to prepare your files to be ready for displaying on JBrowse with Apollo plugin </description> - + <macros> + <import>macros.xml</import> + </macros> <requirements> <requirement type="package" version="1.2">samtools</requirement> <requirement type="package" version="1.9">numpy</requirement> <requirement type="package" version="1.68">biopython</requirement> <requirement type="package" version="340">ucsc_hac</requirement> - <requirement type="package" version="3.0.3">apollo_api</requirement> <requirement type="package" version="1.12.1">jbrowse_tools</requirement> </requirements> @@ -33,11 +34,6 @@ ## Ask the user to enter the genome name #silent $data_parameter_dict.update({"genome_name": str($genome_name)}) -#silent $data_parameter_dict.update({"apollo_host": str($apollo_host)}) -#if $apollo_users_settings.apollo_users_selector == "yes": - #set apollo_user = {"firstname": str($apollo_users_settings.firstname), "lastname": str($apollo_users_settings.lastname), "password": str($apollo_users_settings.password), "user_email": str($apollo_users_settings.user_email)} - $data_parameter_dict.update({"apollo_user": $apollo_user}) -#end if ## Function to retrieve the data of the inputs #def prepare_json($datatype, $input_to_prepare, $order_index, $extra_data_dict={}) @@ -182,46 +178,6 @@ type="data" label="Reference genome" /> - <param - name="apollo_host" - type="text" - label="Apollo host" - /> - <conditional name="apollo_users_settings"> - <param name="apollo_users_selector" type="select" label="Create or specify your Apollo account"> - <option value="no" selected="true">Use exist demo user account (will use your galaxy email address for apollo, password: gonramp) </option> - <option value="yes">Create or use your own Apollo account</option> - </param> - <!-- TODO: Avoid redundancy here --> - <when value="yes"> - <param - name="firstname" - type="text" - label="First Name" - /> - <param - name="lastname" - type="text" - label="Last Name" - /> - <param - name="user_email" - type="text" - label="Email Address" - /> - <param - name="password" - type="text" - label="Password" - /> - </when> - <when value="no"> - <param name="default_user" type="hidden" - value="false"> - </param> - </when> - </conditional> - <repeat name="group" title="New group"> <param type="text" name="group_name" label="Group name" value="Default group"/> <repeat name="format" title="New track"> @@ -430,13 +386,12 @@ </outputs> <tests> <test> - <param name="reference" value="dbia3/raw/dbia3.fa" /> - <param name="genome_name" value="unknown" /> - <param name="group_name" value="Default group"/> - <param name="format_select" value="bam" /> - <param name="BAM" value="dbia3/raw/HISAT.bam" /> - <param name="label" value="" /> - <output name="output" file="JBrowse_Archive_Creator_html.html" /> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <output name="output" file="only_genome/only_genome.html"> + <!-- Use macro to check the whole common structure without repeated code --> + <expand macro="verify_hub_structure_no_track" test="only_genome" /> + </output> </test> </tests> <help> |
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| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Fri Oct 20 11:22:21 2017 -0400 |
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| @@ -0,0 +1,32 @@ +<macros> + <xml name="verify_hub_structure" token_genome="Dbia3" token_test="common"> + <extra_files type="directory" value="myHub/@GENOME@/names" compare="re_match"/> + <extra_files type="directory" value="myHub/@GENOME@/seq" compare="re_match"/> + <extra_files type="directory" value="myHub/@GENOME@/tracks" compare="re_match"/> + <extra_files type="file" name="myHub/@GENOME@/css/custom_track_styles.css" value="@TEST@/myHub/@GENOME@/css/custom_track_styles.css" /> + <extra_files type="file" name="myHub/@GENOME@/tracks.conf" value="@TEST@/myHub/@GENOME@/tracks.conf" /> + <extra_files type="file" name="myHub/@GENOME@/trackList.json"> + <assert_contents> + <has_text text="tracks"/> + <has_text text="css"/> + <has_text text="names"/> + <has_text text="formatVersion"/> + </assert_contents> + </extra_files> + </xml> + + <xml name="verify_hub_structure_no_track" token_genome="Dbia3" token_test="common"> + <extra_files type="file" name="myHub/@GENOME@/trackList.json" > + <assert_contents> + <has_text text="tracks"/> + <has_text text="css"/> + <has_text text="names"/> + <has_text text="formatVersion"/> + </assert_contents> + </extra_files> + <extra_files type="file" name="myHub/@GENOME@/css/custom_track_styles.css" value="@TEST@/myHub/@GENOME@/css/custom_track_styles.css" /> + </xml> + + + +</macros> \ No newline at end of file |
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| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 templates/apollo-arrow.yml --- a/templates/apollo-arrow.yml Mon Oct 16 18:03:58 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| b |
| @@ -1,10 +0,0 @@ -## Apollo's Arrow: Global Configuration File. -# Each stanza should contian a single galaxy server to control. -# -# You can set the key __default to the name of a default instance -__default: local - -local: - url: ${apollo_host} - username: ${admin_user} - password: ${admin_pw} |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 templates/display.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/templates/display.txt Fri Oct 20 11:22:21 2017 -0400 |
| b |
| @@ -0,0 +1,11 @@ +<html> + <body> + <p> + The following JBrowse hub has been generated by JBrowse Archive Creator: + </p> + <ul> + <li> Genome name: ${genome_name} </li> + <li> Track settings: ${trackList} </li> + </ul> + </body> +</html> \ No newline at end of file |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 test-data/JBrowse_Archive_Creator_html.html --- a/test-data/JBrowse_Archive_Creator_html.html Mon Oct 16 18:03:58 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| b |
| @@ -1,1 +0,0 @@ -The JBrowse Hub is created: <br><li><a href = "./unknown.zip">Download</a></li><li><a href = "http://192.168.56.11:80/JBrowse-1.12.1/index.html?data=data/_home_galaxy_galaxy_database_files_000_dataset_310_files_unknown/json" target="_blank">View JBrowse Hub</a></li> \ No newline at end of file |
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| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 test-data/common/Dbia3.2bit |
| b |
| Binary file test-data/common/Dbia3.2bit has changed |
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| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 test-data/common/dbia3.fa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/common/dbia3.fa Fri Oct 20 11:22:21 2017 -0400 |
| b |
| b'@@ -0,0 +1,66784 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@@\n+TGGGGATAATTACCTCTCCCTTTTAACCTAGTTGTATCTCACATAAAATACACGTCAAATGAAACCTAAACTGTCAAGATCGGATAATACGAAAAACAGGATTTTGTGGGACTTCTGAAAATGAGAAACTAATTTTGTTCTTGGGTTTGTCAGTTTGTCCGTTTCTCTTAACAGGATGTTTAGAATTTTAGAAATTTAAGAAGTGTTAAACAACTCATTATAAACAATAAAGAGAGTTTACTTCGGCAAGCCGAAGTTTGTATACCCTTGCAGTTATAAGAAAGACTGAAGACCTTTAGTAACACCATGTACAAATTTTAAGGATTGTTGCTGACTTCAGAGATATTAAAAAAAAAATTTCATTTTAGGACCATTTTTTTACATCTATATGTTAGAGTGGTCCGATTTTTATTAAATTGAATTCGAAATTCTTAAAAATATAAAAAATTATATTTCCAATATTATAAGATAATATGTCAAAAAGCCTTAAGCTATATTTTTTTTTCATATTATTTTTCCACCAATATTTCGACCGTTCCTATGACAGCTATATGATATAGTCGTCCGATATTGATAAAATTTAAGTAGAAATTTATAACTAAAAAATATTATTTCCAAGCTTATAAGGTTATATGTCATAAAGCACCACAGCTATAATTTGTTTCATATTATATTCCCACAAATTTTCCGATTGTTCCTATGACAGCTATGATATAATCGATGCAAACAAGATAGGGACCATTTTTTAGTAATTCCGTCAATTATTGAGAAAATTGAAAAGATAAGTCTAGTAATTCTATCGGTTTCTTTTTTTCTTAGCTGTACCGCTGAGGCTATAGGGACTTTTAGGCATGGCAAAATATGAACCATTTATTAAATCGGACCATTGCTTTTGTGCTTCTCTCTCTATGTATCTTTCTCCCTAAAACTCCGCTTAGCTGAGTAAGGCGTGTTTGACGATCGATGCCATACACTAAGGTGCCATAGCCATGCCGACATACGGAGGTGAGGCAATCCAAAGGCGAGCATACTGCGTTCAGAGACACATACTCGCTGAGAAAAAAACGACGAGACAGATAAAATTGACTTGTTGGCTTCTTCAGATTTAATGCAAGAACAAAATGTATTGCTCTCGTCAATAACTATTAACTGGCCTAAAAAACAGCAGTGAAATCGCGAAAGCTATAAATGCTTCAATTTTGGGAGCACGAAACAGATTTAAAAAAGTTTATTTTAGTAGGGTGCCACGACCACCTATGCAGATCAAAGCTGAAATGCTCATTTAAAGCACTAAATTAAAAACTTATTGGAAGATTCGAGTTGGATTAAGGATTATTCCTTTTTGTCGCAATGTTATTTTAGGTAGGCAAGAAATCTGTCTATTAGGGTGAAAGCGGCTCCTTTATCATCCAACGCAAACTCTGCGCAGCAATTTTACTCATATAATATATAGAAAGGCACTTCTAGACGACTTGAAAATCCTGCACGCCTTCCTAATGTACCATTATGTTCAGGATACCTAGAAAGAGGTCCGTGGAAAACGAGAGCGTAACTTCCAGATGCACTACAGGGGTTGTCCCTTGATGTTTCATTTCAATGACGCCAATTTCATTGGGAATTTGGTACCCACCTTGGACTTTTTCAATCGCGTTTGTGTAGACTCAAGTGTTACTTTTAGATTAATAAGTATTCTATAATTGTATAAGGTACTCGGCCCTTATGCGAACTTGGACAATAAAGAACGCACCGTATGATGTTGCGAATACAAGCCATAATCTCGGAATCGCTTCGGTCTCCAGAACAACACCTCTTGATACCACGGATCGATCAACCACTCTTTCAACCGCTTATTTTCAACTTGACCGACCGGGCGGTCGTCTGAACACCACGCAGAAGCTGACACCTTGCGCTAGTCTGCTATCTTGCCCCGTTTTACTCCTTTTCCTTCGCTTTTAACTTGAAAAAACCTTAACACAAGATATCAAATCGCTTTACTGTTTTATTTTTATATATAAGTGTGATAAATTGTGTAGAATACATAAGCATATGCATCGGGTGGTCAACCATATCCCTATTATTGCAGAGTAATTTTAAACGTCATGCATTGGGCTTACCTTTCCAGCTTAACCATATTCTTTCCTCTTTGAGACTCGACTTGATTTTTAAAATCAACTTTACCACCATTGAAGCAACGTTTTTTCACTTTCAAGAATTGAAAATCTGCCATCGAAGTAGACATTGTGTATTCAAGGGGTAATTTTATGAAGTAAAAAATATAAAGTTGTCAGTCAAGTCCCTGTCAGAGTGAACTCTCCCATTAAGGCCTGAGAAAAACAAATTTTTTAATAGGATGAACCACACAGATTATCAGGACTGTCTGTTTTCCTCCAACTCTTTTTATGTTATGAGCTTTTAATGGCTTGAAACAACTATATGTTGGACCATATTACCCAATTTCCCCGTAAGATTAAAAACTATAAGACGATTTAAAGATGTATATTATTATTGGTTTAACAATTTAACAGATTAGTAATATAATTTTTACACCGAACAAGATATAAAAACTTAGATACAGACCATTAGATATAAATATTTTTCAAATAATAAGAGCAATGATTAAAGTCAATTTAAATATAAAAAAAACACATGTTATAAATAATAACTGCAAAATAATTAATTATAAGTGCAAGTATTTTGAATGATGTTTACCACCGGTTTTGGACAAACTCAATATTCATTTGTTGAAATATATTTTCCTGCAAGTAAAACAGTTTTTTAATACGATTTACAGTACGATATTACCTTTTATTACCTGGCTACTTTTTTCCTGAACTTAAAATTTAGTTTAATGCAAGCGACAATGTATTTTTTGCAGTGCTGAAATTATCTATGTATTCAAAAAATATCCTCATTAAATGGATGTACCAGTCGAATTAAGTTTTTATAAGAAAGCATACCTTATTCCTTTTGAAAGTTATCTGTTTTTGCTTCTGAAGTCGTCGTGGTTGGCTCTCTACAATCCACAGAGTTTTCTATTCCGGACGTTGCCATTTCTTGTTCCAACTTATCTGTCAAAAACCTTACATTATGTATACAATTTTCCACTATGTCCGTACGTCCAATTTTGCCAAGGGCTTCAGCTAATACATTTCCTGTGGAAATGCCCCCTTGTTTAAGCCATAATTGCAATGTTACCATGCTCTGCTGCATGCAATCATCACTATTGTACTCAGCTTTGACAAGCTCGATATCGGTCTCGGGAACACCCAATTCTTTAGCTAGCTCAGGCCAGTCACCACCTATTTGGCTACACACATCGATTAATGTTATATCAGCACTTTGAATCATTTCGCTGAATTTCTTATAAACTCCGGTAAAATCAATTTTTTTATATCTTTCTCAGACGGCGCTGTTTCTGTTCTTTTTTCTGAACTTAGCAGATCATTATAGTTCATGTTACCACTCAAACTCACACTCTCATTTATGTTTTCCAGATGCTTTGTCATAGTTTTTAAATCTACTGACACATTCAAAGTACAAAGAGGATTCTGTGGCAATTCATCAGGCCCAGCCTTTGGATTGGTCATAAAACAGATACGACCTTGTGGAAATTCTGGATCTTTAATATGAGCAATAAATGAGAGACGATTTTCGCAAAATGCTTGGAATTTGGTACTAAGTTGCTCACCGGTTTTTAAAACAGGGACGATACTACCAGCAAATTCTAGGTATATATTTTGATCCTGCAATACTTCAATATCCCTACTTTTTGCAACCTCTGTAAAGTATTCCTGTTGTTCAAGCGTCTTGTCCTCTTTATCATCTGTCATACAAAACACTGAAAATTTTGCTTCTATTTTAGAGAGACGTTTAGCGAAGACAACAAACTTTACAAGAAAAGGAACTTTGGTCAAATGACTGTAAAGTTCGCTTGCCATTCGTCCGGCGTCTACAACATTGCGACAATCCATCAGCCAAAAAC'..b'CAAATAAATAGTAATTAAGTTTTTTATGAGGAGCGTACACCCTAAAACTTATGGATAGACAAAAAAAAAGTTAACCGCTGAGGCAGTGTACAGTGTACAGAAACCGTATATTTGCAAAATATTCATAAAAATAAATAAATAGTACCTATAAAAGCTATATGTATGATACAGTCATCCGATTTTAACATAAACCAAGAAAGGAAATTAACTACAGCATTCTCACGTTTTTATACCCTTGCAGTTATAAGAAATAGTCAACGTTAGTAATACCATGTTTAATTTTCCATTGTTGCTAATAGCTTCAGTGATACATAAAAAAAAATTTTTTAATTATTTAATTAGTTTTCTAAACTTTTTATCGACAGCCTAAAATTAGAGTCGTCCGTTTCTTGTTAAATTTAATTCGAAATTGTTATAAATAAAACAAGAAAGGAAGTTAACTTCGGCAAGACGAAGTTTATATACCCTTGCAGTTTTAAGAAATACAATTTAATTCGAAATTCACAACTAAATAAAAAATGTTATTTCCAAGCTTAGAAGGTTATATGTTAAAAAACACCGAAGATATACTTTTTTTTTATATTTTTCCCGATAGTTCCAATGAGAGCTATAAGTTATAGTTGTCCGGTACGGCTGGTTCCGACTTATGTACTACCTGCAATAGAAATAGACTTTTGGGAAAGTTTAAGCCCGATAGCTTTATAACTGAGAGACTAGTTTGCGTAGAAACGGACAGACAGACGGTCATGGCTAGATCGACTCGTCTAGAGACGCTGATCAAGAATATATATCCTTTATGGGGTCGGAAACGTCTCCTTCACTGCGTTGCTTATGACTGAAATCATTATACCCTCTGCAAGGGTATAAAAATTATAAGATAATATGTCAAAAAAATGCGCGAAGGCGACTACATATATACGAGTACAAAAAGAAATGTAATCTCACTTAAAATACGCATCGAATGAATCTTCAAAATCGGATGCTCCGTTGAAAAGTAATATGCAAAAC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No newline at end of file\n' |
| b |
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| [ |
| @@ -0,0 +1,21 @@ +{ + "names" : { + "type" : "Hash", + "url" : "names/" + }, + "formatVersion" : 1, + "css" : { + "url" : "data/css/custom_track_styles.css" + }, + "tracks" : [ + { + "chunkSize" : 20000, + "storeClass" : "JBrowse/Store/Sequence/StaticChunked", + "urlTemplate" : "seq/{refseq_dirpath}/{refseq}-", + "category" : "Reference sequence", + "key" : "Reference sequence", + "label" : "DNA", + "type" : "SequenceTrack" + } + ] +} |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 test-data/only_genome/only_genome.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/only_genome/only_genome.html Fri Oct 20 11:22:21 2017 -0400 |
| b |
| @@ -0,0 +1,11 @@ +<html> + <body> + <p> + The following JBrowse hub has been generated by JBrowse Archive Creator: + </p> + <ul> + <li> Genome name: Dbia3 </li> + <li> Track settings: myHub/Dbia3/trackList.json </li> + </ul> + </body> +</html> |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 tool_dependencies.xml --- a/tool_dependencies.xml Mon Oct 16 18:03:58 2017 -0400 +++ b/tool_dependencies.xml Fri Oct 20 11:22:21 2017 -0400 |
| b |
| @@ -77,25 +77,4 @@ <readme>The perl scripts for converting flat files to json.</readme> </package> - <package name="apollo_api" version="3.0.3"> - <install version="1.0"> - <actions> - <action type="download_by_url">https://github.com/galaxy-genome-annotation/python-apollo/archive/3.0.3.tar.gz</action> - <action type="make_directory">$INSTALL_DIR/apollo</action> - <action type="shell_command"> - export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:$INSTALL_DIR/apollo && - python setup.py install --install-lib $INSTALL_DIR/apollo - </action> - <action type="make_directory">$INSTALL_DIR/apollo/config</action> - - <action type="set_environment"> - <environment_variable action="append_to" name="PYTHONPATH">$INSTALL_DIR/apollo</environment_variable> - <environment_variable action="append_to" name="PATH">$INSTALL_DIR/apollo</environment_variable> - </action> - </actions> - </install> - </package> - - - </tool_dependency> |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 trackObject.pyc |
| b |
| Binary file trackObject.pyc has changed |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 tracks/TrackStyles.py --- a/tracks/TrackStyles.py Mon Oct 16 18:03:58 2017 -0400 +++ b/tracks/TrackStyles.py Fri Oct 20 11:22:21 2017 -0400 |
| b |
| @@ -34,6 +34,7 @@ if not os.path.exists(cssFolderPath): os.mkdir(cssFolderPath) os.mknod(cssFilePath) + os.chmod(cssFilePath, 0o755) return cssFilePath def _getCssTemplate(self): |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 tracks/TrackStyles.pyc |
| b |
| Binary file tracks/TrackStyles.pyc has changed |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 util/Reader.py --- a/util/Reader.py Mon Oct 16 18:03:58 2017 -0400 +++ b/util/Reader.py Fri Oct 20 11:22:21 2017 -0400 |
| [ |
| @@ -20,7 +20,6 @@ from datatypes.interval.BedBlastAlignments import BedBlastAlignments from datatypes.interval.Psl import Psl from datatypes.sequence.Fasta import Fasta -from apollo.ApolloUser import ApolloUser from util import santitizer class Reader(object): @@ -74,40 +73,21 @@ track_type = self.args.get("track_type") return track_type - def getApolloPath(self): - apollo_path = self.args.get("apollo_path") - return apollo_path - - def getApolloHost(self): - apollo_host = self.args.get("apollo_host") - return apollo_host - + def getGenomeName(self): + genome_name = santitizer.sanitize_name_input(self.args["genome_name"]) + return genome_name def getRefGenome(self): array_inputs_reference_genome = self.args["fasta"] # TODO: Replace these with the object Fasta input_fasta_file = array_inputs_reference_genome["false_path"] input_fasta_file_name = santitizer.sanitize_name_input(array_inputs_reference_genome["name"]) - genome_name = santitizer.sanitize_name_input(self.args["genome_name"]) + #genome_name = santitizer.sanitize_name_input(self.args["genome_name"]) + genome_name = self.getGenomeName() reference_genome = Fasta(input_fasta_file, input_fasta_file_name, genome_name) return reference_genome - def getApolloUser(self): - user_info = self.args.get("apollo_user") - if not user_info: - firstname = "demo" - lastname = "user" - password = "gonramp" - user_email = self.getUserEmail() - else: - firstname = user_info['firstname'] - lastname = user_info['lastname'] - user_email = user_info['user_email'] - password = user_info['password'] - apollo_user = ApolloUser(user_email, firstname, lastname, password) - return apollo_user - def getTracksData(self): self.logger = logging.getLogger(__name__) all_datatype_dictionary = dict() |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 util/Reader.pyc |
| b |
| Binary file util/Reader.pyc has changed |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 util/subtools.py --- a/util/subtools.py Mon Oct 16 18:03:58 2017 -0400 +++ b/util/subtools.py Fri Oct 20 11:22:21 2017 -0400 |
| [ |
| @@ -330,49 +330,3 @@ p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p -def arrow_add_organism(organism_name, organism_dir, public=False): - array_call = ['arrow', 'organisms', 'add_organism', organism_name, organism_dir] - if public: - array_call.append('--public') - p = subprocess.check_output(array_call) - return p - -def arrow_create_user(user_email, firstname, lastname, password, admin=False): - """ Create a new user of Apollo, the default user_role is "user" """ - array_call = ['arrow', 'users', 'create_user', user_email, firstname, lastname, password] - if admin: - array_call += ['--role', 'admin'] - logging.debug("%s", array_call) - print array_call - p = subprocess.check_output(array_call) - print ("p = %s", p) - return p - -def arrow_update_organism_permissions(user_id, organism, **user_permissions): - array_call = ['arrow', 'users', 'update_organism_permissions', str(user_id), str(organism)] - admin = user_permissions.get("admin", False) - write = user_permissions.get("write", False) - read = user_permissions.get("read", False) - export = user_permissions.get("export", False) - if admin: - array_call.append('--administrate') - if write: - array_call.append('--write') - if read: - array_call.append('--read') - if export: - array_call.append('--export') - p = subprocess.check_output(array_call) - return p - -def arrow_get_users(user_email): - array_call = ['arrow', 'users', 'get_users'] - logging.debug("%s", array_call) - print array_call - p = subprocess.check_output(array_call) - all_users = json.loads(p) - for d in all_users: - if d['username'] == user_email: - return d['userId'] - logging.error("Cannot find user %s", user_email) - |
| b |
| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 util/subtools.pyc |
| b |
| Binary file util/subtools.pyc has changed |
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| diff -r 127037c49bc8 -r 7b955a58d8f2 utils.pyc |
| b |
| Binary file utils.pyc has changed |