# HG changeset patch # User yating-l # Date 1506458698 14400 # Node ID 4ca7cbf2d9b873570aba5a29fade301bdebb04c9 # Parent 5a4206366b41c5844b80f2724ccd0f26e405d2d6 planemo upload for repository https://github.com/goeckslab/hub-archive-creator commit 159730602ff500b59aefc7080fb49b726c88d655-dirty diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 Bam.py --- a/Bam.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,86 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python -# -*- coding: utf8 -*- - -""" -Class to handle Bam files to UCSC TrackHub -""" - -import logging -import os -import shutil - -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb - - - -class Bam( Datatype ): - def __init__(self, input_bam_false_path, data_bam): - super(Bam, self).__init__() - - self.track = None - - self.input_bam_false_path = input_bam_false_path - - self.data_bam = data_bam - # TODO: Check if it already contains the .bam extension / Do a function in Datatype which check the extension - if ".bam" not in self.data_bam["name"]: - self.name_bam = self.data_bam["name"] + ".bam" - else: - self.name_bam = self.data_bam["name"] - - self.priority = self.data_bam["order_index"] - self.index_bam = self.data_bam["index"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the color treatment - self.track_color = self.data_bam["track_color"] - - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = self.data_bam["group_name"] - self.database = self.data_bam["database"] - if self.data_bam["long_label"]: - self.long_label = self.data_bam["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bam - # First: Add the bam file - # Second: Add the bam index file, in the same folder (https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/bam.html) - - bam_file_path = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.name_bam) - shutil.copyfile(self.input_bam_false_path, bam_file_path) - - # Create and add the bam index file to the same folder - name_index_bam = self.name_bam + ".bai" - bam_index_file_path = os.path.join(self.myTrackFolderPath, name_index_bam) - shutil.copyfile(self.index_bam, bam_index_file_path) - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=self.name_bam, - track_name=self.name_bam, - long_label=self.long_label, track_type='bam', visibility='pack', priority=self.priority, - track_file=bam_index_file_path, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database - ) - # - # dataURL = "tracks/%s" % self.name_bam - # - # trackDb = TrackDb( - # trackName=self.name_bam, - # longLabel=self.name_bam, - # shortLabel=self.getShortName( self.name_bam ), - # trackDataURL=dataURL, - # trackType='bam', - # visibility='pack', - # priority=self.priority, - # ) - # - # # Return the Bam Track Object - # self.track = Track( - # trackFile=bam_index_file_path, - # trackDb=trackDb, - # ) - - print("- Bam %s created" % self.name_bam) - #print("- %s created in %s" % (self.name_bam, bam_file_path)) - #print("- %s created in %s" % (self.index_bam, bam_index_file_path)) diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 Bam.pyc Binary file Bam.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 Bed.py --- a/Bed.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,82 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile - -# Internal dependencies -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb -from util import subtools - - -class Bed( Datatype ): - def __init__( self, inputBedGeneric, data_bed_generic): - super(Bed, self).__init__() - - self.track = None - - self.inputBedGeneric = inputBedGeneric - - self.sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") - - self.data_bed_generic = data_bed_generic - self.name_bed_generic = self.data_bed_generic["name"] - self.priority = self.data_bed_generic["order_index"] - self.track_color = self.data_bed_generic["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = self.data_bed_generic["group_name"] - self.database = self.data_bed_generic["database"] - if self.data_bed_generic["long_label"]: - self.long_label = self.data_bed_generic["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bed_generic - - # Sort processing - subtools.sort(self.inputBedGeneric, self.sortedBedFile.name) - - # bedToBigBed processing - # TODO: Change the name of the bb, to tool + genome + possible adding if multiple + .bb - trackName = "".join( ( self.name_bed_generic, ".bb") ) - - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - with open(myBigBedFilePath, 'w') as self.bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(self.sortedBedFile.name, - self.chromSizesFile.name, - self.bigBedFile.name, - typeOption='bed4', - tab='True', - extraIndex='name' - ) - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, track_type='bigBed', visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - # dataURL = "tracks/%s" % trackName - # - # trackDb = TrackDb( - # trackName=trackName, - # longLabel=self.name_bed_generic, - # shortLabel=self.getShortName(self.name_bed_generic), - # trackDataURL=dataURL, - # trackType='bigBed', - # visibility='dense', - # thickDrawItem='on', - # priority=self.priority, - # ) - # - # # Return the BigBed track - # self.track = Track( - # trackFile=myBigBedFilePath, - # trackDb=trackDb, - # ) - - print("- Bed %s created" % self.name_bed_generic) - #print("- %s created in %s" % (trackName, myBigBedFilePath)) diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 Bed.pyc Binary file Bed.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 BedBlastAlignments.py --- a/BedBlastAlignments.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,80 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile -import string - -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb -from util import subtools - - -class BedBlastAlignments( Datatype ): - def __init__(self, input_bed_blast_alignments_false_path, data_bed_blast_alignments): - - super(BedBlastAlignments, self).__init__() - - self.input_bed_blast_alignments_false_path = input_bed_blast_alignments_false_path - self.name_bed_blast_alignments = data_bed_blast_alignments["name"] - self.priority = data_bed_blast_alignments["order_index"] - self.track_color = data_bed_blast_alignments["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_bed_blast_alignments["group_name"] - self.database = data_bed_blast_alignments["database"] - if data_bed_blast_alignments["long_label"]: - self.long_label = data_bed_blast_alignments["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bed_blast_alignments - #sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") - - # Sort processing - #subtools.sort(self.input_bigpsl_false_path, sortedBedFile.name) - - # bedToBigBed processing - # TODO: Change the name of the bb, to tool + genome + .bb - trackName = "".join( ( self.name_bed_blast_alignments, '.bb' ) ) - - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'bigPsl.as') - - with open(myBigBedFilePath, 'w') as bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(self.input_bed_blast_alignments_false_path, - self.chromSizesFile.name, - bigBedFile.name, - typeOption='bed12+12', - tab='True', - autoSql=auto_sql_option, - extraIndex='name') - - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, track_type='bigBed 12 +', visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database - ) - - - # dataURL = "tracks/%s" % trackName - # - # trackDb = TrackDb( - # trackName=trackName, - # longLabel=self.name_bed_simple_repeats, - # shortLabel=self.getShortName( self.name_bed_simple_repeats ), - # trackDataURL=dataURL, - # trackType='bigBed 4 +', - # visibility='dense', - # priority=self.priority, - # ) - # - # self.track = Track( - # trackFile=myBigBedFilePath, - # trackDb=trackDb, - # ) - - print("- Bed Blast alignments %s created" % self.name_bed_blast_alignments) - #print("- %s created in %s" % (trackName, myBigBedFilePath)) diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 BedBlastAlignments.pyc Binary file BedBlastAlignments.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 BedSimpleRepeats.py --- a/BedSimpleRepeats.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,78 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile - -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb -from util import subtools - - -class BedSimpleRepeats( Datatype ): - def __init__(self, input_bed_simple_repeats_false_path, data_bed_simple_repeats): - - super(BedSimpleRepeats, self).__init__() - - self.input_bed_simple_repeats_false_path = input_bed_simple_repeats_false_path - self.name_bed_simple_repeats = data_bed_simple_repeats["name"] - self.priority = data_bed_simple_repeats["order_index"] - self.track_color = data_bed_simple_repeats["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_bed_simple_repeats["group_name"] - self.database = data_bed_simple_repeats["database"] - if data_bed_simple_repeats["long_label"]: - self.long_label = data_bed_simple_repeats["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bed_simple_repeats - - sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") - - # Sort processing - subtools.sort(self.input_bed_simple_repeats_false_path, sortedBedFile.name) - - # bedToBigBed processing - # TODO: Change the name of the bb, to tool + genome + .bb - trackName = "".join( ( self.name_bed_simple_repeats, '.bb' ) ) - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'trf_simpleRepeat.as') - - with open(myBigBedFilePath, 'w') as bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(sortedBedFile.name, - self.chromSizesFile.name, - bigBedFile.name, - typeOption='bed4+12', - autoSql=auto_sql_option, - extraIndex='name' - ) - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, track_type='bigBed 4 +', visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - # dataURL = "tracks/%s" % trackName - # - # trackDb = TrackDb( - # trackName=trackName, - # longLabel=self.name_bed_simple_repeats, - # shortLabel=self.getShortName( self.name_bed_simple_repeats ), - # trackDataURL=dataURL, - # trackType='bigBed 4 +', - # visibility='dense', - # priority=self.priority, - # ) - # - # self.track = Track( - # trackFile=myBigBedFilePath, - # trackDb=trackDb, - # ) - - print("- Bed simple repeats %s created" % self.name_bed_simple_repeats) - #print("- %s created in %s" % (trackName, myBigBedFilePath)) diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 BedSimpleRepeats.pyc Binary file BedSimpleRepeats.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 BedSpliceJunctions.py --- a/BedSpliceJunctions.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,77 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile - -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb -from util import subtools - - -class BedSpliceJunctions( Datatype ): - def __init__(self, input_bed_splice_junctions_false_path, data_bed_splice_junctions): - - super(BedSpliceJunctions, self).__init__() - - self.input_bed_splice_junctions_false_path = input_bed_splice_junctions_false_path - self.name_bed_splice_junctions = data_bed_splice_junctions["name"] - self.priority = data_bed_splice_junctions["order_index"] - self.track_color = data_bed_splice_junctions["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_bed_splice_junctions["group_name"] - self.database = data_bed_splice_junctions["database"] - if data_bed_splice_junctions["long_label"]: - self.long_label = data_bed_splice_junctions["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bed_splice_junctions - sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") - - # Sort processing - subtools.sort(self.input_bed_splice_junctions_false_path, sortedBedFile.name) - - # bedToBigBed processing - # TODO: Change the name of the bb, to tool + genome + .bb - trackName = "".join( ( self.name_bed_splice_junctions, '.bb' ) ) - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'spliceJunctions.as') - - with open(myBigBedFilePath, 'w') as bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(sortedBedFile.name, - self.chromSizesFile.name, - bigBedFile.name, - typeOption='bed12+1', - autoSql=auto_sql_option, - extraIndex='name' - ) - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, track_type='bigBed 12 +', visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - # dataURL = "tracks/%s" % trackName - # - # trackDb = TrackDb( - # trackName=trackName, - # longLabel=self.name_bed_simple_repeats, - # shortLabel=self.getShortName( self.name_bed_simple_repeats ), - # trackDataURL=dataURL, - # trackType='bigBed 4 +', - # visibility='dense', - # priority=self.priority, - # ) - # - # self.track = Track( - # trackFile=myBigBedFilePath, - # trackDb=trackDb, - # ) - - print("- Bed splice junctions %s created" % self.name_bed_splice_junctions) - #print("- %s created in %s" % (trackName, myBigBedFilePath)) diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 BedSpliceJunctions.pyc Binary file BedSpliceJunctions.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 BigBed.py --- a/BigBed.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,81 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import shutil -from subprocess import Popen, PIPE -import re - -# Internal dependencies -from Datatype import Datatype - -class BigBed(Datatype): - """ Configurations for creating the bigBed evidence track """ - - def __init__(self, input_bigbed_path, data_bigbed): - super(BigBed, self).__init__() - - self.track = None - - self.input_bigbed_path = input_bigbed_path - self.name_bigbed = data_bigbed["name"] - self.priority = data_bigbed["order_index"] - self.track_color = data_bigbed["track_color"] - self.group_name = data_bigbed["group_name"] - self.database = data_bigbed["database"] - - track_name = "".join((self.name_bigbed, ".bigbed")) - if data_bigbed["long_label"]: - self.long_label = data_bigbed["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bigbed - - bigbed_file_path = os.path.join(self.myTrackFolderPath, track_name) - - track_type = self.determine_track_type(input_bigbed_path) - - shutil.copy(self.input_bigbed_path, bigbed_file_path) - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=track_name, - track_name=track_name, - long_label=self.long_label, - track_type=track_type, - visibility='hide', - priority=self.priority, - track_file=bigbed_file_path, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - print "- BigBed %s created" % self.name_bigbed - - - def determine_track_type(self, bb_file): - """ - Determine the number of standard and extra fields using bigBedSummary - - Implementation of reading from stdout is based on a Stackoverflow post: - http://stackoverflow.com/questions/2715847/python-read-streaming-input-from-subprocess-communicate - - :param bb_file: path to a bigBed file - - :returns: the bigBed track type - """ - - cmd_ph = Popen(["bigBedSummary", "-fields", bb_file, "stdout"], - stdout=PIPE, bufsize=1) - - pattern = r"(\d+) bed definition fields, (\d+) total fields" - - with cmd_ph.stdout: - for line in iter(cmd_ph.stdout.readline, b''): - match = re.match(pattern, line) - - if match: - extra_mark = "." if match.group(1) == match.group(2) else "+" - bed_type = "bigBed %s %s" % (match.group(1), extra_mark) - break - - cmd_ph.wait() - - return bed_type diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 BigWig.py --- a/BigWig.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,76 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import shutil -from subprocess import Popen, PIPE -import re - -# Internal dependencies -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb - - -class BigWig( Datatype ): - def __init__(self, input_bigwig_path, data_bigwig): - super(BigWig, self).__init__() - - self.track = None - - self.input_bigwig_path = input_bigwig_path - self.name_bigwig = data_bigwig["name"] - self.priority = data_bigwig["order_index"] - self.track_color = data_bigwig["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_bigwig["group_name"] - self.database = data_bigwig["database"] - if data_bigwig["long_label"]: - self.long_label = data_bigwig["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bigwig - #print "Creating TrackHub BigWig from (falsePath: %s; name: %s)" % ( self.input_bigwig_path, self.name_bigwig ) - - trackName = "".join( ( self.name_bigwig, ".bigwig" ) ) - - myBigWigFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - shutil.copy(self.input_bigwig_path, myBigWigFilePath) - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, - track_type=self.determine_track_type(myBigWigFilePath), - visibility='full', - priority=self.priority, - track_file=myBigWigFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database = self.database) - - print("- BigWig %s created" % self.name_bigwig) - #print("- %s created in %s" % (trackName, myBigWigFilePath)) - - def determine_track_type(self, bw_file): - """ - bigWig tracks must declare the expected signal range for the data - (See https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/trackDb/trackDbHub.html). - This method determines the range of values for a bigWig file using - the bigWigInfo program. - - Implementation of reading from stdout is based on a Stackoverflow post: - http://stackoverflow.com/questions/2715847/python-read-streaming-input-from-subprocess-communicate - - :param bw_file: path to a bigWig file - - :returns: the bigWig track type - """ - cmd_ph = Popen(["bigWigInfo", "-minMax", bw_file], - stdout=PIPE, bufsize=1) - - with cmd_ph.stdout: - for line in iter(cmd_ph.stdout.readline, b''): - bw_type = "bigWig %s" % line.rstrip() - - cmd_ph.wait() - - return bw_type diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 BigWig.pyc Binary file BigWig.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 Datatype.py --- a/Datatype.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,118 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python -# -*- coding: utf8 -*- - -""" -Super Class of the managed datatype -""" - -import os -import tempfile - -from util import subtools -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb - - -class Datatype(object): - - twoBitFile = None - - input_fasta_file = None - extra_files_path = None - tool_directory = None - - mySpecieFolderPath = None - myTrackFolderPath = None - - twoBitFile = None - chromSizesFile = None - - track = None - - def __init__(self): - - not_init_message = "The {0} is not initialized." \ - "Did you use pre_init static method first?" - if Datatype.input_fasta_file is None: - raise TypeError(not_init_message.format('reference genome')) - if Datatype.extra_files_path is None: - raise TypeError(not_init_message.format('track Hub path')) - if Datatype.tool_directory is None: - raise TypeError(not_init_message.format('tool directory')) - - @staticmethod - def pre_init(reference_genome, two_bit_path, chrom_sizes_file, - extra_files_path, tool_directory, specie_folder, tracks_folder): - Datatype.extra_files_path = extra_files_path - Datatype.tool_directory = tool_directory - - # TODO: All this should be in TrackHub and not in Datatype - Datatype.mySpecieFolderPath = specie_folder - Datatype.myTrackFolderPath = tracks_folder - - Datatype.input_fasta_file = reference_genome - - # 2bit file creation from input fasta - Datatype.twoBitFile = two_bit_path - Datatype.chromSizesFile = chrom_sizes_file - - @staticmethod - def get_largest_scaffold_name(self): - # We can get the biggest scaffold here, with chromSizesFile - with open(Datatype.chromSizesFile.name, 'r') as chrom_sizes: - # TODO: Check if exists - return chrom_sizes.readline().split()[0] - - # TODO: Rename for PEP8 - def getShortName( self, name_to_shortify ): - # Slice to get from Long label the short label - short_label_slice = slice(0, 17) - - return name_to_shortify[short_label_slice] - - # TODO: Better handle parameters, use heritance mecanism - # TODO: Use default parameters for some, like visibility - def createTrack(self, - file_path=None, - track_name=None, long_label=None, thick_draw_item='off', - short_label=None, track_type=None, visibility=None, priority=None, - track_file=None, track_color='#000000', group_name="Default", database=""): - - # TODO: Remove the hardcoded "tracks" by the value used as variable from myTrackFolderPath - data_url = "tracks/%s" % file_path - - if not short_label: - short_label = self.getShortName(long_label) - - # Replace '_' by ' ', to invert the sanitization mecanism - # TODO: Find a better way to manage the sanitization of file path - long_label = long_label.replace("_", " ") - short_label = short_label.replace("_", " ") - - #TODO: Check if rgb or hexa - # Convert hexa to rgb array - hexa_without_sharp = track_color.lstrip('#') - rgb_array = [int(hexa_without_sharp[i:i+2], 16) for i in (0, 2, 4)] - rgb_ucsc = ','.join(map(str, rgb_array)) - - #sanitize the track_name - sanitized_name = subtools.fixName(track_name) - track_db = TrackDb( - trackName=sanitized_name, - longLabel=long_label, - shortLabel=short_label, - trackDataURL=data_url, - trackType=track_type, - visibility=visibility, - thickDrawItem=thick_draw_item, - priority=priority, - track_color=rgb_ucsc, - group_name=group_name, - database=database - ) - - # Return the Bam Track Object - self.track = Track( - trackFile=track_file, - trackDb=track_db, - ) diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 Datatype.pyc Binary file Datatype.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 Gff3.py --- a/Gff3.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,73 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile - -# Internal dependencies -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb -from util import subtools - - -class Gff3( Datatype ): - def __init__(self, input_Gff3_false_path, data_gff3): - super( Gff3, self ).__init__() - - self.track = None - - self.input_Gff3_false_path = input_Gff3_false_path - self.name_gff3 = data_gff3["name"] - self.priority = data_gff3["order_index"] - self.track_color = data_gff3["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_gff3["group_name"] - self.database = data_gff3["database"] - if data_gff3["long_label"]: - self.long_label = data_gff3["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_gff3 - # TODO: See if we need these temporary files as part of the generated files - unsorted_genePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".genePred") - unsorted_bigGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".unsorted.bigGenePred") - sorted_biGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sorted.bigGenePred") - - # gff3ToGenePred processing - subtools.gff3ToGenePred(self.input_Gff3_false_path, unsorted_genePred_file.name) - - # genePredToBigGenePred - subtools.genePredToBigGenePred(unsorted_genePred_file.name, unsorted_bigGenePred_file.name) - - # Sort processing - subtools.sort(unsorted_bigGenePred_file.name, sorted_biGenePred_file.name) - - # TODO: Check if no errors - - # bedToBigBed processing - trackName = "".join( (self.name_gff3, ".bb" ) ) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'bigGenePred.as') - - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - with open(myBigBedFilePath, 'w') as bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(sorted_biGenePred_file.name, - self.chromSizesFile.name, - bigBedFile.name, - autoSql=auto_sql_option, - typeOption='bed12+8', - tab=True, - extraIndex='name') - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, - track_type='bigGenePred', visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - print("- Gff3 %s created" % self.name_gff3) diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 Gff3.pyc Binary file Gff3.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 Gtf.py --- a/Gtf.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,162 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile - -# Internal dependencies -from Datatype import Datatype -from util import subtools - -class InfoModifiedGtf(): - def __init__(self, is_modified=False, array_modified_lines=[]): - self.is_modified = is_modified - self.array_modified_lines = array_modified_lines - - def get_str_modified_lines(self): - return ','.join(map(str, self.array_modified_lines)) - -class Gtf( Datatype ): - def __init__( self, input_gtf_false_path, data_gtf): - - super(Gtf, self).__init__() - - self.track = None - - self.input_gtf_false_path = input_gtf_false_path - self.name_gtf = data_gtf["name"] - self.priority = data_gtf["order_index"] - self.track_color = data_gtf["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_gtf["group_name"] - self.database = data_gtf["database"] - if data_gtf["long_label"]: - self.long_label = data_gtf["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_gtf - #print "Creating TrackHub GTF from (falsePath: %s; name: %s)" % ( self.input_gtf_false_path, self.name_gtf) - - # TODO: See if we need these temporary files as part of the generated files - genePredFile = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".genePred") - unsorted_bigGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".unsorted.bigGenePred") - sorted_bigGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed.bigGenePred") - - # GtfToGenePred - ## Checking the integrity of the inputs - modified_gtf = self._checkAndFixGtf() - - ## Processing the gtf - subtools.gtfToGenePred(self.input_gtf_false_path, genePredFile.name) - - # TODO: From there, refactor because common use with Gff3.py - # genePredToBigGenePred processing - subtools.genePredToBigGenePred(genePredFile.name, unsorted_bigGenePred_file.name) - - # Sort processing - subtools.sort(unsorted_bigGenePred_file.name, sorted_bigGenePred_file.name) - - # bedToBigBed processing - trackName = "".join( ( self.name_gtf, ".bb") ) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'bigGenePred.as') - - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - with open(myBigBedFilePath, 'w') as bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(sorted_bigGenePred_file.name, - self.chromSizesFile.name, - bigBedFile.name, - autoSql=auto_sql_option, - typeOption='bed12+8', - tab=True, - extraIndex='name') - - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, track_type='bigGenePred', - visibility='dense', priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - # TODO: Use Logging instead of print - if modified_gtf.is_modified: - print("- Warning: Gtf %s created with a modified version of your Gtf because of start/end coordinates issues." - % self.name_gtf) - print("Here are the lines removed: " + modified_gtf.get_str_modified_lines()) - else: - print("- Gtf %s created" % self.name_gtf) - - def _checkAndFixGtf(self): - """ - Call _checkAndFixGtf, check the integrity of gtf file, - if coordinates exceed chromosome size, either removed the whole line(s) or truncated to the end of the scaffold - depending on the user choice - default: remove the whole line(s) - """ - # Set the boolean telling if we had to modify the file - modified_gtf = InfoModifiedGtf() - - # Create a temp gtf just in case we have issues - temp_gtf = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".gtf", delete=False) - - # TODO: Get the user choice and use it - # TODO: Check if the start > 0 and the end <= chromosome size - # Get the chrom.sizes into a dictionary to have a faster access - # TODO: Think about doing this in Datatype.py, so everywhere we have access to this read-only dictionary - dict_chrom_sizes = {} - with open(self.chromSizesFile.name, 'r') as chromSizes: - lines = chromSizes.readlines() - for line in lines: - fields = line.split() - # fields[1] should be the name of the scaffold - # fields[2] should be the size of the scaffold - # TODO: Ensure this is true for all lines - dict_chrom_sizes[fields[0]] = fields[1] - - # Parse the GTF and check each line using the chrom sizes dictionary - with open(temp_gtf.name, 'a+') as tmp: - with open(self.input_gtf_false_path, 'r') as gtf: - lines = gtf.readlines() - for index, line in enumerate(lines): - # If this is not a comment, we check the fields - if not line.startswith('#'): - fields = line.split() - # We are interested in fields[0] => Seqname (scaffold) - # We are interested in fields[3] => Start of the scaffold - # We are interested in fields[4] => End of the scaffold - scaffold_size = dict_chrom_sizes[fields[0]] - start_position = fields[3] - end_position = fields[4] - - if start_position > 0 and end_position <= scaffold_size: - # We are good, so we copy this line - tmp.write(line) - tmp.write(os.linesep) - - - # The sequence is not good, we are going to process it regarding the user choice - # TODO: Process the user choice - # By default, we are assuming the user choice is to remove the lines: We don't copy it - - # If we are here, it means the gtf has been modified - else: - # We save the line for the feedback to the user - modified_gtf.array_modified_lines.append(index + 1) - - if modified_gtf.is_modified is False: - modified_gtf.is_modified = True - else: - pass - else: - tmp.write(line) - tmp.write(os.linesep) - - # Once the process it completed, we just replace the path of the gtf - self.input_gtf_false_path = temp_gtf.name - - # TODO: Manage the issue with the fact the dataset is going to still exist on the disk because of delete=False - - return modified_gtf diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 Gtf.pyc Binary file Gtf.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 Psl.py --- a/Psl.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,66 +0,0 @@ -import logging -import os -import tempfile - -# Internal dependencies -from Datatype import Datatype -from util import subtools - - -class Psl(Datatype): - def __init__(self, input_psl_path, data_psl): - super(Psl, self).__init__() - - self.track = None - - self.input_psl_path = input_psl_path - self.name_psl = data_psl["name"] - self.priority = data_psl["order_index"] - self.track_color = data_psl["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_psl["group_name"] - self.database = data_psl["database"] - if data_psl["long_label"]: - self.long_label = data_psl["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_psl - # Temporary files - unsorted_bed_formatted_psl_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix='.psl') - sorted_bed_formatted_psl_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix='psl') - - # Get the bed12+12 with pslToBigPsl - subtools.pslToBigPsl(input_psl_path, unsorted_bed_formatted_psl_file.name) - - # Sort the formatted psl into sorted_bed_formatted_psl_file - subtools.sort(unsorted_bed_formatted_psl_file.name, sorted_bed_formatted_psl_file.name) - - # Get the binary indexed bigPsl with bedToBigBed - trackName = "".join((self.name_psl, ".bb")) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'bigPsl.as') - - my_big_psl_file_path = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - logging.debug("Hello") - - with open(my_big_psl_file_path, 'w') as big_psl_file: - subtools.bedToBigBed(sorted_bed_formatted_psl_file.name, - self.chromSizesFile.name, - big_psl_file.name, - autoSql=auto_sql_option, - typeOption='bed12+12', - tab=True, - extraIndex='name') - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, - track_type='bigPsl', visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=my_big_psl_file_path, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - print("- BigPsl %s created" % self.name_psl) \ No newline at end of file diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 Psl.pyc Binary file Psl.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 Track.py --- a/Track.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -# TODO: Is this still useful? -class Track(object): - """Class to manage the track informations needed for Track Hub, in the TrackDb text file""" - - def __init__(self, trackFile=None, trackDb=None): - self.trackFile = trackFile - - self.trackDb = trackDb diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 Track.pyc Binary file Track.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 TrackDb.py --- a/TrackDb.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ b/TrackDb.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -1,21 +1,80 @@ #!/usr/bin/python +import collections +from util import santitizer class TrackDb(object): """docstring for TrackDb""" + def __init__(self, trackName="", longLabel="", shortLabel="", trackDataURL="", trackType="", extraSettings=None): + #super(TrackDb, self).__init__() + not_init_message = "The {0} is not initialized." + if trackName is None: + raise TypeError(not_init_message.format('trackName')) + if longLabel is None: + raise TypeError(not_init_message.format('longLabel')) + if trackType is None: + raise TypeError(not_init_message.format('trackType')) + if trackDataURL is None: + raise TypeError(not_init_message.format('trackDataURL')) + + self.createTrackDb(trackName, longLabel, shortLabel, trackDataURL, trackType, extraSettings) - def __init__(self, trackName="", longLabel="", shortLabel="", trackDataURL="", trackType="", visibility="", - thickDrawItem='off', priority="0", track_color="#000000", group_name="Default", database=""): - super(TrackDb, self).__init__() + def createTrackDb(self, track_name, long_label, short_label, file_path, track_type, extraSettings = None): + + # TODO: Remove the hardcoded "tracks" by the value used as variable from myTrackFolderPath + data_url = "tracks/%s" % track_name + if not short_label: + short_label = TrackDb.getShortName(long_label) + # Replace '_' by ' ', to invert the sanitization mecanism + # TODO: Find a better way to manage the sanitization of file path + long_label = long_label.replace("_", " ") + short_label = short_label.replace("_", " ") + + #sanitize the track_name + sanitized_name = santitizer.prefixTrackName(track_name) - self.trackName = trackName - self.longLabel = longLabel - self.shortLabel = shortLabel - self.trackDataURL = trackDataURL - self.trackType = trackType - self.visibility = visibility - self.thickDrawItem = thickDrawItem - self.priority = priority - self.track_color = track_color - self.group_name = group_name - self.database = database - \ No newline at end of file + self.track_db = collections.OrderedDict([("track",sanitized_name), + ("type",track_type), + ("shortLabel",short_label), + ("longLabel",long_label), + ("bigDataUrl",data_url)] + ) + + + TrackDb.prepareExtraSetting(extraSettings) + self.track_db.update(extraSettings) + #print self.track_db + + # TODO: Rename for PEP8 + @staticmethod + def getShortName(name_to_shortify): + # Slice to get from Long label the short label + short_label_slice = slice(0, 17) + return name_to_shortify[short_label_slice] + + @staticmethod + def getRgb(track_color): + #TODO: Check if rgb or hexa + # Convert hexa to rgb array + hexa_without_sharp = track_color.lstrip('#') + rgb_array = [int(hexa_without_sharp[i:i+2], 16) for i in (0, 2, 4)] + rgb_ucsc = ','.join(map(str, rgb_array)) + return rgb_ucsc + + @staticmethod + def prepareExtraSetting(extraSettings): + if not extraSettings: + extraSettings = collections.OrderedDict() + if not "color" in extraSettings: + extraSettings["color"] = "#000000" + extraSettings["color"] = TrackDb.getRgb(extraSettings["color"]) + if not "group" in extraSettings: + extraSettings["group"] = "Default group" + if not "thickDrawItem" in extraSettings: + extraSettings["thickDrawItem"] = "off" + + def get(self, item_name): + if item_name in self.track_db: + return self.track_db[item_name] + return None + + \ No newline at end of file diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 TrackDb.pyc Binary file TrackDb.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 TrackHub.py --- a/TrackHub.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ b/TrackHub.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -6,12 +6,13 @@ import tempfile import shutil import zipfile +from mako.lookup import TemplateLookup # Internal dependencies -from Datatype import Datatype +from datatypes.Datatype import Datatype from util import subtools -from mako.lookup import TemplateLookup + class TrackHub(object): @@ -19,7 +20,6 @@ def __init__(self, inputFastaFile, user_email, outputFile, extra_files_path, tool_directory): super(TrackHub, self).__init__() - self.rootAssemblyHub = None self.mySpecieFolderPath = None @@ -68,7 +68,7 @@ Datatype.pre_init(self.reference_genome, self.two_bit_final_path, self.chromSizesFile, self.extra_files_path, self.tool_directory, self.mySpecieFolderPath, self.myTracksFolderPath) - + ''' def createZip(self): for root, dirs, files in os.walk(self.rootAssemblyHub): # Get all files and construct the dir at the same time @@ -76,29 +76,29 @@ self.outputZip.write(os.path.join(root, file)) self.outputZip.close() - + ''' def addTrack(self, trackDbObject=None): # Create the trackDb.txt file in the specie folder, if not exists # Else append the new track # TODO: Get this out of the function trackDbTxtFilePath = os.path.join(self.mySpecieFolderPath, 'trackDb.txt') - # Append to trackDbTxtFilePath the trackDbTemplate populate with the newTrack object with open(trackDbTxtFilePath, 'a+') as trackDbFile: trackDbs = [trackDbObject] # TODO: The addGroup does not belong here. Move it when the group becomes more than just a label # Add the group as well, if exists in trackDbObject - self.addGroup(trackDbObject.group_name) + self.addGroup(trackDbObject["group"]) htmlMakoRendered = self.trackDbTemplate.render( trackDbs=trackDbs ) trackDbFile.write(htmlMakoRendered) - logging.debug("We just added track {0} (in group {1})".format(trackDbObject.trackName, - trackDbObject.group_name.lower().replace(' ', '_'))) - + #logging.debug("We just added track {0} (in group {1})".format(trackDbObject.trackName, + # trackDbObject.group_name.lower().replace(' ', '_'))) + logging.debug("We just added track {0} (in group {1})".format(trackDbObject.get("track"), + trackDbObject.get("group").lower().replace(' ', '_'))) def addGroup(self, group_name="Default"): # If not already present in self.groups, add to groups.txt # Create the trackDb.txt file in the specie folder, if not exists @@ -168,6 +168,7 @@ ) htmlOutput.write(htmlMakoRendered) + def __createAssemblyHub__(self, extra_files_path): # Get all necessaries infos first # 2bit file creation from input fasta diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 TrackHub.pyc Binary file TrackHub.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 bigPsl.py --- a/bigPsl.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,83 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile -import string - -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb -from util import subtools - - -class bigPsl( Datatype ): - def __init__(self, input_bigpsl_false_path, data_bigpsl): - - super(bigPsl, self).__init__() - - self.input_bigpsl_false_path = input_bigpsl_false_path - self.name_bigpsl = data_bigpsl["name"] - self.priority = data_bigpsl["order_index"] - self.track_color = data_bigpsl["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_bigpsl["group_name"] - self.database = data_bigpsl["database"] - if data_bigpsl["long_label"]: - self.long_label = data_bigpsl["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bigpsl - if data_bigpsl["search_index"]: - self.search_index = data_bigpsl["search_index"] - else: - self.search_index = "" - #sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") - - # Sort processing - #subtools.sort(self.input_bigpsl_false_path, sortedBedFile.name) - - # bedToBigBed processing - # TODO: Change the name of the bb, to tool + genome + .bb - trackName = "".join( ( self.name_bigpsl, '.bb' ) ) - - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'bigPsl.as') - - with open(myBigBedFilePath, 'w') as bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(self.input_bigpsl_false_path, - self.chromSizesFile.name, - bigBedFile.name, - typeOption='bed12+12', - tab='True', - autoSql=auto_sql_option, - extraIndex='name') - - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, track_type='bigPsl', visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - - # dataURL = "tracks/%s" % trackName - # - # trackDb = TrackDb( - # trackName=trackName, - # longLabel=self.name_bed_simple_repeats, - # shortLabel=self.getShortName( self.name_bed_simple_repeats ), - # trackDataURL=dataURL, - # trackType='bigBed 4 +', - # visibility='dense', - # priority=self.priority, - # ) - # - # self.track = Track( - # trackFile=myBigBedFilePath, - # trackDb=trackDb, - # ) - - print("- bigPsl %s created" % self.name_bigpsl) - #print("- %s created in %s" % (trackName, myBigBedFilePath)) diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 bigPsl.pyc Binary file bigPsl.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 cytoBand.py --- a/cytoBand.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,78 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile - -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb -from util import subtools - - -class cytoBand( Datatype ): - def __init__(self, input_bed_cytoBand_false_path, data_bed_cytoBand): - - super(cytoBand, self).__init__() - - self.input_bed_cytoBand_false_path = input_bed_cytoBand_false_path - self.name_bed_cytoBand = data_bed_cytoBand["name"] - self.priority = data_bed_cytoBand["order_index"] - self.track_color = data_bed_cytoBand["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_bed_cytoBand["group_name"] - self.database = data_bed_cytoBand["database"] - if data_bed_cytoBand["long_label"]: - self.long_label = data_bed_cytoBand["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bed_cytoBand - sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") - - # Sort processing - subtools.sort(self.input_bed_cytoBand_false_path, sortedBedFile.name) - - # bedToBigBed processing - # TODO: Change the name of the bb, to tool + genome + .bb - trackName = "".join( ( self.name_bed_cytoBand, '.bb' ) ) - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'cytoBandIdeo.as') - - with open(myBigBedFilePath, 'w') as bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(sortedBedFile.name, - self.chromSizesFile.name, - bigBedFile.name, - typeOption='bed4+1', - tab='True', - autoSql=auto_sql_option) - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name='cytoBandIdeo', - long_label=self.long_label, - track_type='bigBed', - visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - # dataURL = "tracks/%s" % trackName - # - # trackDb = TrackDb( - # trackName=trackName, - # longLabel=self.name_bed_simple_repeats, - # shortLabel=self.getShortName( self.name_bed_simple_repeats ), - # trackDataURL=dataURL, - # trackType='bigBed 4 +', - # visibility='dense', - # priority=self.priority, - # ) - # - # self.track = Track( - # trackFile=myBigBedFilePath, - # trackDb=trackDb, - # ) - - print("- Bed splice junctions %s created" % self.name_bed_cytoBand) - #print("- %s created in %s" % (trackName, myBigBedFilePath)) diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/Datatype.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/Datatype.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,206 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +Super Class of the managed datatype +""" + +import os +import tempfile +import collections +import util +import logging +import abc +from abc import ABCMeta +from TrackDb import TrackDb +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation + + +class Datatype(object): + __metaclass__ = ABCMeta + + twoBitFile = None + chromSizesFile = None + input_fasta_file = None + extra_files_path = None + tool_directory = None + + mySpecieFolderPath = None + myTrackFolderPath = None + + + def __init__(self): + not_init_message = "The {0} is not initialized." \ + "Did you use pre_init static method first?" + if Datatype.input_fasta_file is None: + raise TypeError(not_init_message.format('reference genome')) + if Datatype.extra_files_path is None: + raise TypeError(not_init_message.format('track Hub path')) + if Datatype.tool_directory is None: + raise TypeError(not_init_message.format('tool directory')) + self.inputFile = None + self.trackType = None + self.dataType = None + self.track = None + self.trackSettings = dict() + self.extraSettings = collections.OrderedDict() + + @staticmethod + def pre_init(reference_genome, two_bit_path, chrom_sizes_file, + extra_files_path, tool_directory, specie_folder, tracks_folder): + Datatype.extra_files_path = extra_files_path + Datatype.tool_directory = tool_directory + + # TODO: All this should be in TrackHub and not in Datatype + Datatype.mySpecieFolderPath = specie_folder + Datatype.myTrackFolderPath = tracks_folder + + Datatype.input_fasta_file = reference_genome + + # 2bit file creation from input fasta + Datatype.twoBitFile = two_bit_path + Datatype.chromSizesFile = chrom_sizes_file + + def generateCustomTrack(self): + self.validateData() + self.initSettings() + #Create the track file + self.createTrack() + # Create the TrackDb Object + self.createTrackDb() + logging.debug("- %s %s created", self.dataType, self.trackName) + + + @abc.abstractmethod + def validateData(self): + """validate the input data with DataValidation""" + + def initSettings(self, trackType = None): + #Initialize required fields: trackName, longLabel, shortLable + self.trackName = self.trackSettings["name"] + if self.trackSettings["long_label"]: + self.longLabel = self.trackSettings["long_label"] + else: + self.longLabel = self.trackName + if not "short_label" in self.trackSettings: + self.shortLabel = "" + else: + self.shortLabel = self.trackSettings["short_label"] + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + if trackType: + self.trackType = trackType + + @abc.abstractmethod + def createTrack(self): + """Create the final track file""" + + def createTrackDb(self): + self.track = TrackDb(self.trackName, self.longLabel, self.shortLabel, self.trackDataURL, self.trackType, self.extraSettings) + + + + + + + + ''' + def __init__(self): + not_init_message = "The {0} is not initialized." \ + "Did you use pre_init static method first?" + if Datatype.input_fasta_file is None: + raise TypeError(not_init_message.format('reference genome')) + if Datatype.extra_files_path is None: + raise TypeError(not_init_message.format('track Hub path')) + if Datatype.tool_directory is None: + raise TypeError(not_init_message.format('tool directory')) + self.track = None + self.extra_settings = collections.OrderedDict() + + + @staticmethod + def pre_init(reference_genome, two_bit_path, chrom_sizes_file, + extra_files_path, tool_directory, specie_folder, tracks_folder): + Datatype.extra_files_path = extra_files_path + Datatype.tool_directory = tool_directory + + # TODO: All this should be in TrackHub and not in Datatype + Datatype.mySpecieFolderPath = specie_folder + Datatype.myTrackFolderPath = tracks_folder + + Datatype.input_fasta_file = reference_genome + + # 2bit file creation from input fasta + Datatype.twoBitFile = two_bit_path + Datatype.chromSizesFile = chrom_sizes_file + + @staticmethod + def get_largest_scaffold_name(self): + # We can get the biggest scaffold here, with chromSizesFile + with open(Datatype.chromSizesFile.name, 'r') as chrom_sizes: + # TODO: Check if exists + return chrom_sizes.readline().split()[0] + + + def createTrack(self, trackName, longLabel, shortLabel, trackDataURL, trackType, extra_settings=None): + self.track = TrackDb(trackName, longLabel, shortLabel, trackDataURL, trackType, extra_settings) + + def initRequiredSettings(self, trackSettings, trackDataURL = None, trackType = None): + + #Initialize required fields: trackName, longLabel, shortLable + + self.trackSettings = trackSettings + self.trackName = self.trackSettings["name"] + #self.priority = self.trackSettings["order_index"] + #self.track_color = self.trackSettings["track_color"] + # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere + #self.group_name = self.trackSettings["group_name"] + #self.database = self.trackSettings["database"] + if self.trackSettings["long_label"]: + self.longLabel = self.trackSettings["long_label"] + else: + self.longLabel = self.trackName + if not "short_label" in self.trackSettings: + self.shortLabel = "" + else: + self.shortLabel = self.trackSettings["short_label"] + self.trackDataURL = trackDataURL + self.trackType = trackType + + def setExtLink(self, database, inputFile, seqType=None, useIframe=True, iframeHeight=None, iframeWidth=None): + if "NCBI" in database: + if not seqType: + self.seqType = int(self.getSeqType(inputFile)) + else: + self.seqType = seqType + if self.seqType < 0: + print self.seqType + raise Exception("Sequence Type is not set for bigPsl. Stopping the application") + if self.seqType == 2: + self.extra_settings["url"] = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/$$" + elif self.seqType == 1: + self.extra_settings["url"] = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/$$" + else: + raise Exception("Sequence Type {0} is not valid for bigPsl. Stopping the application".format(self.seqType)) + elif "UniProt" in database: + self.extra_settings["url"] = "http://www.uniprot.org/uniprot/$$" + elif "FlyBase" in database: + self.extra_settings["url"] = "http://flybase.org/reports/$$" + else: + self.extra_settings["url"] = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/?term=$$" + self.extra_settings["urlLabel"] = database + " Details:" + if useIframe: + self.extra_settings["iframeUrl"] = self.extra_settings["url"] + if not iframeHeight: + iframeHeight = "600" + if not iframeWidth: + iframeWidth = "800" + self.extra_settings["iframeOptions"] = "height= %s width= %s" % (iframeHeight, iframeWidth) + + def getSeqType(self, inputFile): + with open(inputFile, "r") as bigpsl: + sampleSeq = bigpsl.readline().split() + if len(sampleSeq) == 25: + return sampleSeq[-1] + else: + return "-1" + ''' \ No newline at end of file diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/Datatype.pyc Binary file datatypes/Datatype.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/__init__.py diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/__init__.pyc Binary file datatypes/__init__.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/binary/Bam.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/binary/Bam.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,53 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +Class to handle Bam files to UCSC TrackHub +""" + +import logging +import os +import shutil + +from Binary import Binary +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation + + + +class Bam(Binary): + def __init__(self, input_bam_false_path, data_bam): + super(Bam, self).__init__() + self.inputFile = input_bam_false_path + self.trackSettings = data_bam + self.dataType = "bam" + self.trackType = "bam" + + + def initSettings(self): + super(Bam, self).initSettings() + if ".bam" not in self.trackName: + self.trackName = self.trackName + ".bam" + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + if "track_color" in self.trackSettings: + self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"] + if "group_name" in self.trackSettings: + self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"] + self.extraSettings["visibility"] = "pack" + self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"] + + def validateData(self): + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile.name) + self.validator.validate() + + def createTrack(self): + super(Bam, self).createTrack() + self._moveBamIndex() + + def _moveBamIndex(self): + # Create and add the bam index file to the same folder + self.index_bam = self.trackSettings["index"] + name_index_bam = self.trackName + ".bai" + bam_index_file_path = os.path.join(self.myTrackFolderPath, name_index_bam) + shutil.copyfile(self.index_bam, bam_index_file_path) + + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/binary/Bam.pyc Binary file datatypes/binary/Bam.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/binary/BigBed.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/binary/BigBed.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,73 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import shutil +from subprocess import Popen, PIPE +import re + +# Internal dependencies +from Binary import Binary +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation +from util.index.DatabaseIndex import DatabaseIndex + + +class BigBed(Binary): + def __init__(self, input_bigbed_path, data_bigbed): + super(BigBed, self).__init__() + self.inputFile = input_bigbed_path + self.trackSettings = data_bigbed + self.dataType = self._determine_track_type(self.inputFile) + self.trackType = self.dataType + self.seqType = None + + def initSettings(self): + super(BigBed, self).initSettings() + self.trackName = "".join( ( self.trackName, ".bigbed" ) ) + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + if "track_color" in self.trackSettings: + self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"] + if "group_name" in self.trackSettings: + self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"] + self.extraSettings["visibility"] = "dense" + self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"] + if "database" in self.trackSettings: + self.database_settings = DatabaseIndex(database=self.trackSettings["database"], seqType=self.seqType).setExtLink() + self.extraSettings.update(self.database_settings) + + def validateData(self): + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile.name) + self.validator.validate() + + + def getValidateType(self): + return self._determine_track_type(self.inputFile) + + def _determine_track_type(self, bb_file): + """ + Determine the number of standard and extra fields using bigBedSummary + + Implementation of reading from stdout is based on a Stackoverflow post: + http://stackoverflow.com/questions/2715847/python-read-streaming-input-from-subprocess-communicate + + :param bb_file: path to a bigBed file + + :returns: the bigBed track type + """ + + cmd_ph = Popen(["bigBedSummary", "-fields", bb_file, "stdout"], + stdout=PIPE, bufsize=1) + + pattern = r"(\d+) bed definition fields, (\d+) total fields" + + with cmd_ph.stdout: + for line in iter(cmd_ph.stdout.readline, b''): + match = re.match(pattern, line) + + if match: + extra_mark = "." if match.group(1) == match.group(2) else "+" + bed_type = "bigBed%s%s" % (match.group(1), extra_mark) + break + + cmd_ph.wait() + + return bed_type diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/binary/BigBed.pyc Binary file datatypes/binary/BigBed.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/binary/BigWig.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/binary/BigWig.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,65 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import shutil +from subprocess import Popen, PIPE +import re + +# Internal dependencies +from Binary import Binary +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation + + + +class BigWig(Binary): + def __init__(self, input_bigwig_path, data_bigwig): + super(BigWig, self).__init__() + self.inputFile = input_bigwig_path + self.trackSettings = data_bigwig + self.dataType = "bigWig" + + def initSettings(self): + super(BigWig, self).initSettings() + self.trackName = "".join( ( self.trackName, ".bigwig" ) ) + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + self.trackType=self._determine_track_type(self.inputFile) + if "track_color" in self.trackSettings: + self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"] + if "group_name" in self.trackSettings: + self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"] + self.extraSettings["visibility"] = "dense" + self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"] + self.extraSettings["autoScale"] = "on" + self.extraSettings["maxHeightPixels"] = "100:32:8" + self.extraSettings["windowingFunction"] = "mean+whiskers" + + def validateData(self): + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile.name) + self.validator.validate() + + def _determine_track_type(self, bw_file): + """ + bigWig tracks must declare the expected signal range for the data + (See https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/trackDb/trackDbHub.html). + This method determines the range of values for a bigWig file using + the bigWigInfo program. + + Implementation of reading from stdout is based on a Stackoverflow post: + http://stackoverflow.com/questions/2715847/python-read-streaming-input-from-subprocess-communicate + + :param bw_file: path to a bigWig file + + :returns: the bigWig track type + """ + cmd_ph = Popen(["bigWigInfo", "-minMax", bw_file], + stdout=PIPE, bufsize=1) + + with cmd_ph.stdout: + for line in iter(cmd_ph.stdout.readline, b''): + bw_type = "bigWig %s" % line.rstrip() + + cmd_ph.wait() + + return bw_type + + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/binary/BigWig.pyc Binary file datatypes/binary/BigWig.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/binary/Binary.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/binary/Binary.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,31 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +Super Class of the managed datatype +""" + +import os +import tempfile +import collections +import shutil +import util +from TrackDb import TrackDb +from datatypes.Datatype import Datatype + + +class Binary(Datatype): + + def __init__(self): + super(Binary, self).__init__() + + + def createTrack(self): + shutil.copy(self.inputFile, self.trackDataURL) + + + + + + + \ No newline at end of file diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/binary/Binary.pyc Binary file datatypes/binary/Binary.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/binary/__init__.py diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/binary/__init__.pyc Binary file datatypes/binary/__init__.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/converters/DataConversion.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/converters/DataConversion.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,75 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +This class handles the subprocess calls of the different tools used +in HubArchiveCreator +""" + +import logging +import os +import subprocess +import sys +import string +import tempfile + +from util import subtools + +class DataConversion(object): + + CONVERT_OPERATIONS = {("bed", "bigbed"): "bedtobigbed", + ("bed", "bigpsl"): "bedtobigbed", + ("psl", "bigpsl"): "psltobigbed", + ("fasta", "twobit"): "fatotwobit", + ("gtf", "biggenepred"): "gtftobiggenepred", + ("gff3", "biggenepred"): "gff3tobiggenepred" + } + + + def __init__(self, inputFile, outputFile, chromSizesFile, operateType, options=None): + self.chromSizesFile = chromSizesFile + self.inputFile = inputFile + self.outputFile = outputFile + self.operateType = operateType + self.options = options + if not self.operateType or not self.inputFile: + raise TypeError("the operateType or the input file is not specified!\n") + + def convertFormats(self): + convertMethod = self.CONVERT_OPERATIONS[self.operateType] + if convertMethod == "bedtobigbed": + sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") + subtools.sort(self.inputFile, sortedBedFile.name) + subtools.bedToBigBed(sortedBedFile.name, self.chromSizesFile, self.outputFile, self.options) + + elif convertMethod == "psltobigbed": + unsorted_bed_formatted_psl_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix='.psl') + sorted_bed_formatted_psl_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix='psl') + subtools.pslToBigPsl(self.inputFile, unsorted_bed_formatted_psl_file.name) + subtools.sort(unsorted_bed_formatted_psl_file.name, sorted_bed_formatted_psl_file.name) + subtools.bedToBigBed(sorted_bed_formatted_psl_file.name, self.chromSizesFile, self.outputFile, self.options) + + elif convertMethod == "fatotwobit": + subtools.faToTwoBit(self.inputFile, self.outputFile) + + elif convertMethod == "gtftobiggenepred": + unsorted_genePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".genePred") + unsorted_bigGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".unsorted.bigGenePred") + sorted_bigGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sorted.bigGenePred") + subtools.gtfToGenePred(self.inputFile, unsorted_genePred_file.name) + subtools.genePredToBigGenePred(unsorted_genePred_file.name, unsorted_bigGenePred_file.name) + subtools.sort(unsorted_bigGenePred_file.name, sorted_bigGenePred_file.name) + subtools.bedToBigBed(sorted_bigGenePred_file.name, self.chromSizesFile, self.outputFile, self.options) + + elif convertMethod == "gff3tobiggenepred": + unsorted_genePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".genePred") + unsorted_bigGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".unsorted.bigGenePred") + sorted_bigGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sorted.bigGenePred") + subtools.gff3ToGenePred(self.inputFile, unsorted_genePred_file.name) + subtools.genePredToBigGenePred(unsorted_genePred_file.name, unsorted_bigGenePred_file.name) + subtools.sort(unsorted_bigGenePred_file.name, sorted_bigGenePred_file.name) + subtools.bedToBigBed(sorted_bigGenePred_file.name, self.chromSizesFile, self.outputFile, self.options) + + else: + raise Exception("the operation is not defined!\n") + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/converters/DataConversion.pyc Binary file datatypes/converters/DataConversion.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/converters/__init__.py diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/converters/__init__.pyc Binary file datatypes/converters/__init__.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/Bed.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/Bed.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,56 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile + +# Internal dependencies +from Interval import Interval +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation +from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion + +class Bed(Interval): + def __init__(self, inputBedGeneric, data_bed_generic): + super(Bed, self).__init__() + self.inputFile = inputBedGeneric + self.trackSettings = data_bed_generic + self.trackType = "bigBed" + self.dataType = "bed" + self.bedFields = None + self.extFields = None + + def initSettings(self): + super(Bed, self).initSettings(trackType = self.trackType) + self.trackName = "".join( ( self.trackName, ".bb") ) + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + if "track_color" in self.trackSettings: + self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"] + if "group_name" in self.trackSettings: + self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"] + self.extraSettings["visibility"] = "dense" + self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"] + + def createTrack(self): + #self.sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") + #subtools.sort(self.inputFile, self.sortedBedFile.name) + self.convertType = self.getConvertType() + self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType) + self.converter.convertFormats() + + def validateData(self): + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.getValidateType(), self.chromSizesFile.name) + self.validator.validate() + + def getBedFields(self): + """count number of bed fields for generic bed format""" + with open(self.inputFile, 'r') as bed: + l = bed.readline().split() + return len(l) + + def getValidateType(self): + if not self.bedFields: + return self.dataType + str(self.getBedFields()) + elif not self.extFields: + return self.dataType + str(self.bedFields) + else: + return self.dataType + str(self.bedFields) + "+" + str(self.extFields) + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/Bed.pyc Binary file datatypes/interval/Bed.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/BedBlastAlignments.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/BedBlastAlignments.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,16 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile +import string + +from BigPsl import BigPsl +from util import subtools + + +class BedBlastAlignments( BigPsl ): + def __init__(self, input_bed_blast_alignments_false_path, data_bed_blast_alignments): + + super(BedBlastAlignments, self).__init__(input_bed_blast_alignments_false_path, data_bed_blast_alignments) + self.seqType = 2 + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/BedBlastAlignments.pyc Binary file datatypes/interval/BedBlastAlignments.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/BedBlatAlignments.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/BedBlatAlignments.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,17 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile +import string + +from BigPsl import BigPsl +from util import subtools + + +class BedBlatAlignments( BigPsl ): + def __init__(self, input_bed_blast_alignments_false_path, data_bed_blast_alignments): + + super(BedBlatAlignments, self).__init__(input_bed_blast_alignments_false_path, data_bed_blast_alignments) + self.seqType = 1 + + \ No newline at end of file diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/BedBlatAlignments.pyc Binary file datatypes/interval/BedBlatAlignments.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/BedSimpleRepeats.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/BedSimpleRepeats.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,30 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile + +from Bed import Bed +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation +from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion + + +class BedSimpleRepeats( Bed ): + def __init__(self, input_bed_simple_repeats_false_path, data_bed_simple_repeats): + + super(BedSimpleRepeats, self).__init__(input_bed_simple_repeats_false_path, data_bed_simple_repeats) + self.bedFields = 4 + self.extFields = 12 + self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'trf_simpleRepeat.as') + + def validateData(self): + self.validateOptions = self.getValidateOptions(tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.getValidateType(), self.chromSizesFile.name, self.validateOptions) + self.validator.validate() + + + def createTrack(self): + self.convertType = self.getConvertType() + self.options = self.getConvertOptions(typeOption=self.getValidateType(), tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, self.options) + self.converter.convertFormats() + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/BedSimpleRepeats.pyc Binary file datatypes/interval/BedSimpleRepeats.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/BedSpliceJunctions.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/BedSpliceJunctions.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,30 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile + +from Bed import Bed +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation +from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion + + + +class BedSpliceJunctions( Bed ): + def __init__(self, input_bed_splice_junctions_false_path, data_bed_splice_junctions): + + super(BedSpliceJunctions, self).__init__(input_bed_splice_junctions_false_path, data_bed_splice_junctions) + self.bedFields = 12 + self.extFields = 1 + self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'spliceJunctions.as') + + def validateData(self): + self.validateOptions = self.getValidateOptions(tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.getValidateType(), self.chromSizesFile.name, self.validateOptions) + self.validator.validate() + + def createTrack(self): + self.convertType = self.getConvertType() + self.options = self.getConvertOptions(typeOption=self.getValidateType(), tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, self.options) + self.converter.convertFormats() + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/BedSpliceJunctions.pyc Binary file datatypes/interval/BedSpliceJunctions.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/BigPsl.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/BigPsl.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,65 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile +import string + +from Interval import Interval +from util.index.DatabaseIndex import DatabaseIndex +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation +from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion + + +class BigPsl(Interval): + def __init__(self, input_bigpsl_false_path, data_bigpsl): + + super(BigPsl, self).__init__() + self.inputFile = input_bigpsl_false_path + self.trackSettings = data_bigpsl + self.trackType = "bigPsl" + self.dataType = "bed" + self.bedFields = 12 + self.extFields = 12 + self.seqType = None + self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'bigPsl.as') + + def initSettings(self): + super(BigPsl, self).initSettings() + self.trackName = "".join( ( self.trackName, ".bb") ) + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + if "track_color" in self.trackSettings: + self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"] + if "group_name" in self.trackSettings: + self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"] + self.extraSettings["visibility"] = "dense" + self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"] + self.extraSettings["searchIndex"] = "name" + if self.seqType is None: + self.seqType = self._getSeqType() + if "database" in self.trackSettings: + self.database_settings = DatabaseIndex(database=self.trackSettings["database"], seqType=self.seqType).setExtLink() + self.extraSettings.update(self.database_settings) + + def validateData(self): + self.validateOptions = self.getValidateOptions(tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.getValidateType(), self.chromSizesFile.name, self.validateOptions) + self.validator.validate() + + def createTrack(self): + self.convertType = self.getConvertType() + self.options = self.getConvertOptions(typeOption=self.getValidateType(), tab="True", autoSql=self.autoSql, extraIndex="name") + self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, self.options) + self.converter.convertFormats() + + def getValidateType(self): + if not self.bedFields or not self.extFields: + raise Exception("Invalid bigPsl format, no {0} or {1}".format("bedFields", "extFields")) + return self.dataType + str(self.bedFields) + "+" + str(self.extFields) + + def _getSeqType(self): + with open(self.inputFile, "r") as bigpsl: + sampleSeq = bigpsl.readline().split() + if len(sampleSeq) == 25: + return sampleSeq[-1] + else: + return None diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/BigPsl.pyc Binary file datatypes/interval/BigPsl.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/CytoBand.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/CytoBand.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,32 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile + +from Bed import Bed +from TrackDb import TrackDb +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation +from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion + + +class CytoBand( Bed ): + def __init__(self, input_bed_cytoBand_false_path, data_bed_cytoBand): + + super(CytoBand, self).__init__(input_bed_cytoBand_false_path, data_bed_cytoBand) + self.bedFields = 4 + self.extFields = 1 + self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'cytoBandIdeo.as') + + def validateData(self): + self.validateOptions = self.getValidateOptions(tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.getValidateType(), self.chromSizesFile.name, self.validateOptions) + self.validator.validate() + + def createTrack(self): + self.convertType = self.getConvertType() + self.options = self.getConvertOptions(typeOption=self.getValidateType(), tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, self.options) + self.converter.convertFormats() + + def createTrackDb(self): + self.track = TrackDb('cytoBandIdeo', self.longLabel, self.shortLabel, self.trackDataURL, self.trackType, self.extraSettings) diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/CytoBand.pyc Binary file datatypes/interval/CytoBand.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/Gff.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/Gff.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,52 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile +import abc + +# Internal dependencies +from Interval import Interval +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation +from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion + +class Gff(Interval): + def __init__(self): + super(Gff, self).__init__() + self.trackType = "bigGenePred" + self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'bigGenePred.as') + + def initSettings(self): + super(Gff, self).initSettings() + self.trackName = "".join( ( self.trackName, ".bb") ) + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + if "track_color" in self.trackSettings: + self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"] + if "group_name" in self.trackSettings: + self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"] + self.extraSettings["visibility"] = "dense" + self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"] + + def createTrack(self): + self.convertType = self.getConvertType() + self.options = self.getConvertOptions(typeOption="bed12+8", tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, self.options) + self.converter.convertFormats() + + + @abc.abstractmethod + def getConvertType(self): + """return tuple: (dataType, trackType)""" + return (self.dataType.lower(), self.trackType.lower()) + + + def getConvertOptions(self, typeOption=None, tab=None, autoSql=None, extraIndex=None): + options = dict() + if typeOption: + options["typeOption"] = typeOption + if tab: + options["tab"] = tab + if autoSql: + options["autoSql"] = autoSql + if extraIndex: + options["extraIndex"] = extraIndex + return options \ No newline at end of file diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/Gff.pyc Binary file datatypes/interval/Gff.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/Gff3.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/Gff3.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,24 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile + +# Internal dependencies +from Gff import Gff +from datatypes.validators.Gff3Validation import Gff3Validation + + +class Gff3( Gff ): + def __init__(self, input_Gff3_false_path, data_gff3): + super( Gff3, self ).__init__() + self.inputFile = input_Gff3_false_path + self.trackSettings = data_gff3 + self.dataType = "gff3" + + def getConvertType(self): + return (self.dataType.lower(), self.trackType.lower()) + + def validateData(self): + self.validator = Gff3Validation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile.name) + self.inputFile = self.validator.validate() + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/Gff3.pyc Binary file datatypes/interval/Gff3.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/Gtf.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/Gtf.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,25 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile + +# Internal dependencies +from Gff import Gff +from datatypes.validators.GtfValidation import GtfValidation + + +class Gtf(Gff): + def __init__( self, input_gtf_false_path, data_gtf): + + super(Gtf, self).__init__() + self.inputFile = input_gtf_false_path + self.trackSettings = data_gtf + self.dataType = "gtf" + + def getConvertType(self): + return (self.dataType.lower(), self.trackType.lower()) + + def validateData(self): + self.validator = GtfValidation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile.name) + self.inputFile = self.validator.validate() + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/Gtf.pyc Binary file datatypes/interval/Gtf.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/Interval.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/Interval.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,50 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +Super Class of the managed datatype +""" + +import os +import tempfile +import collections +import shutil +import abc +import util +from TrackDb import TrackDb +from datatypes.Datatype import Datatype + + +class Interval(Datatype): + + def __init__(self): + super(Interval, self).__init__() + + def getConvertType(self): + return (self.dataType.lower(), self.trackType.lower()) + + def getValidateOptions(self, tab=None, autoSql=None): + options = dict() + if tab: + options["tab"] = tab + if autoSql: + options["autoSql"] = autoSql + return options + + def getConvertOptions(self, typeOption=None, tab=None, autoSql=None, extraIndex=None): + options = dict() + if typeOption: + options["typeOption"] = typeOption + if tab: + options["tab"] = tab + if autoSql: + options["autoSql"] = autoSql + if extraIndex: + options["extraIndex"] = extraIndex + return options + + + + + + \ No newline at end of file diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/Interval.pyc Binary file datatypes/interval/Interval.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/Psl.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/Psl.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,42 @@ +import logging +import os +import tempfile + +# Internal dependencies +from Interval import Interval +from datatypes.validators.PslValidation import PslValidation +from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion + + +class Psl(Interval): + def __init__(self, input_psl_path, data_psl): + super(Psl, self).__init__() + self.inputFile = input_psl_path + self.trackSettings = data_psl + self.dataType = "psl" + self.trackType = "bigPsl" + self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'bigPsl.as') + + def initSettings(self): + super(Psl, self).initSettings() + self.trackName = "".join( ( self.trackName, ".bb") ) + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + if "track_color" in self.trackSettings: + self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"] + if "group_name" in self.trackSettings: + self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"] + self.extraSettings["visibility"] = "dense" + self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"] + + def validateData(self): + self.validator = PslValidation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile) + self.validator.validate() + + def createTrack(self): + self.convertType = self.getConvertType() + self.options = self.getConvertOptions("bed12+12", tab="True", autoSql=self.autoSql, extraIndex="name") + self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, self.options) + self.converter.convertFormats() + + def getConvertType(self): + return (self.dataType.lower(), self.trackType.lower()) diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/Psl.pyc Binary file datatypes/interval/Psl.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/__init__.py diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/interval/__init__.pyc Binary file datatypes/interval/__init__.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/sequence/Fasta.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/sequence/Fasta.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,16 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +Class describing the Fasta format +(As of the 07/20/2016, only used with the reference genome) +""" + +class Fasta(object): + def __init__(self, false_path, name, assembly_id): + self.false_path = false_path + self.name = name + + if not assembly_id: + assembly_id = "unknown" + self.assembly_id = assembly_id \ No newline at end of file diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/sequence/Fasta.pyc Binary file datatypes/sequence/Fasta.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/sequence/__init__.py diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/sequence/__init__.pyc Binary file datatypes/sequence/__init__.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/validators/DataValidation.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/validators/DataValidation.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,43 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +This class handles the subprocess calls of the different tools used +in HubArchiveCreator +""" + +import logging +import os +import subprocess +import sys +import string +import tempfile +import re + +from util import subtools + + +class DataValidation(object): + BED_TYPE = re.compile(r'bed([1-9][0-9]?)\+?([1-9][0-9]?)?$') + BIGBED_TYPE = re.compile(r'bigBed([1-9][0-9]?)\+?([1-9][0-9]?)?$') + FILE_TYPE = ["fasta", "fastq", "bam", "bigwig", "bed", "bigbed", "bedgraph"] + + def __init__(self, inputFile, fileType, chromSizesFile, options=None): + self.inputFile = inputFile + self.fileType = fileType + self.chromSizesFile = chromSizesFile + self.options = options + + def validate(self): + """validate input file format""" + if self._checkDatatype(): + subtools.validateFiles(self.inputFile, self.chromSizesFile, self.fileType, self.options) + else: + raise TypeError("validateFiles cannot validate format {0}. Only the following formats can be validated by this tool: \n{1}\n".format(self.fileType, self.FILE_TYPE)) + + def _checkDatatype(self): + if re.match(self.BED_TYPE, self.fileType) or re.match(self.BIGBED_TYPE, self.fileType): + return True + elif self.fileType.lower() in self.FILE_TYPE: + return True + return False diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/validators/DataValidation.pyc Binary file datatypes/validators/DataValidation.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/validators/Gff3Validation.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/validators/Gff3Validation.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,48 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +This class handles the subprocess calls of the different tools used +in HubArchiveCreator +""" + +import logging +import os +import subprocess +import sys +import string +import tempfile +import re + +from DataValidation import DataValidation + + + +class Gff3Validation(DataValidation): + + def __init__(self, inputFile, fileType, chromSizesFile, options=None): + super(Gff3Validation, self).__init__(inputFile, fileType, chromSizesFile, options) + + def validate(self): + """validate input file format""" + if self._removeExtraHeader() > 1: + print("- Warning: Gff3 created with a modified version of your Gff3 by removing extra headers '##gff-version 3'.") + return self.inputFile + + def _removeExtraHeader(self): + """ + Remove extra meta line: ##gff-version 3 + """ + valid_gff3_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".gff3", delete=False) + valid = open(valid_gff3_file.name, 'w') + num = 0 + with open(self.inputFile, 'r') as f: + for line in f: + if '##gff-version 3' in line: + if num == 0: + num += 1 + else: + continue + valid.write(line) + self.inputFile = valid_gff3_file.name + return num diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/validators/Gff3Validation.pyc Binary file datatypes/validators/Gff3Validation.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/validators/GtfValidation.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/validators/GtfValidation.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,108 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +This class handles the subprocess calls of the different tools used +in HubArchiveCreator +""" + +import logging +import os +import subprocess +import sys +import string +import tempfile +import re + +from DataValidation import DataValidation + + +class GtfValidation(DataValidation): + + def __init__(self, inputFile, fileType, chromSizesFile, options=None): + super(GtfValidation, self).__init__(inputFile, fileType, chromSizesFile, options) + + def validate(self): + """validate input file format""" + self._checkAndFixGtf() + if self.is_modified: + print("- Warning: Gtf created with a modified version of your Gtf because of start/end coordinates issues.") + print("Here are the lines removed: " + self._get_str_modified_lines()) + return self.inputFile + + + + def _checkAndFixGtf(self): + """ + Call _checkAndFixGtf, check the integrity of gtf file, + if coordinates exceed chromosome size, either removed the whole line(s) or truncated to the end of the scaffold + depending on the user choice + default: remove the whole line(s) + """ + # Set the boolean telling if we had to modify the file + self.is_modified = False + self.array_modified_lines = [] + # Create a temp gtf just in case we have issues + temp_gtf = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".gtf", delete=False) + + # TODO: Get the user choice and use it + # TODO: Check if the start > 0 and the end <= chromosome size + # Get the chrom.sizes into a dictionary to have a faster access + # TODO: Think about doing this in Datatype.py, so everywhere we have access to this read-only dictionary + dict_chrom_sizes = {} + with open(self.chromSizesFile, 'r') as chromSizes: + lines = chromSizes.readlines() + for line in lines: + fields = line.split() + # fields[1] should be the name of the scaffold + # fields[2] should be the size of the scaffold + # TODO: Ensure this is true for all lines + dict_chrom_sizes[fields[0]] = fields[1] + + # Parse the GTF and check each line using the chrom sizes dictionary + with open(temp_gtf.name, 'a+') as tmp: + with open(self.inputFile, 'r') as gtf: + lines = gtf.readlines() + for index, line in enumerate(lines): + # If this is not a comment, we check the fields + if not line.startswith('#'): + fields = line.split() + # We are interested in fields[0] => Seqname (scaffold) + # We are interested in fields[3] => Start of the scaffold + # We are interested in fields[4] => End of the scaffold + scaffold_size = dict_chrom_sizes[fields[0]] + start_position = fields[3] + end_position = fields[4] + + if start_position > 0 and end_position <= scaffold_size: + # We are good, so we copy this line + tmp.write(line) + tmp.write(os.linesep) + + + # The sequence is not good, we are going to process it regarding the user choice + # TODO: Process the user choice + # By default, we are assuming the user choice is to remove the lines: We don't copy it + + # If we are here, it means the gtf has been modified + else: + # We save the line for the feedback to the user + self.array_modified_lines.append(index + 1) + + if self.is_modified is False: + self.is_modified = True + else: + pass + else: + tmp.write(line) + tmp.write(os.linesep) + + # Once the process it completed, we just replace the path of the gtf + self.inputFile = temp_gtf.name + + # TODO: Manage the issue with the fact the dataset is going to still exist on the disk because of delete=False + #return modified_gtf + + def _get_str_modified_lines(self): + return ','.join(map(str, self.array_modified_lines)) + \ No newline at end of file diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/validators/GtfValidation.pyc Binary file datatypes/validators/GtfValidation.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/validators/PslValidation.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/validators/PslValidation.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,31 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +This class handles the subprocess calls of the different tools used +in HubArchiveCreator +""" + +import logging +import os +import subprocess +import sys +import string +import tempfile +import re + +from util import subtools +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation + + +class PslValidation(DataValidation): + + def __init__(self, inputFile, fileType, chromSizesFile, options=None): + super(PslValidation, self).__init__(inputFile, fileType, chromSizesFile, options) + + def validate(self): + """validate input file format""" + self.pslCheck() + + def pslCheck(self): + subtools.pslCheck(self.inputFile) diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/validators/PslValidation.pyc Binary file datatypes/validators/PslValidation.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/validators/__init__.py diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 datatypes/validators/__init__.pyc Binary file datatypes/validators/__init__.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 hubArchiveCreator.py --- a/hubArchiveCreator.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ b/hubArchiveCreator.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -5,7 +5,7 @@ This Galaxy tool permits to prepare your files to be ready for Assembly Hub visualization. Program test arguments: -hubArchiveCreator.py -g test-data/augustusDbia3.gff3 -f test-data/dbia3.fa -d . -u ./tools -o output.html +hubArchiveCreator.py -g test-data/augustusDbia3.gff3 -f '{"false_path": "./test-data/common/dbia3.fa", "name":"dbia3"}' -d . -u ./tools -o output.html """ import argparse @@ -16,324 +16,75 @@ import sys # Internal dependencies -from Bam import Bam -from BedSimpleRepeats import BedSimpleRepeats -from BedSpliceJunctions import BedSpliceJunctions -from Bed import Bed -from cytoBand import cytoBand -from BigWig import BigWig -from util.Fasta import Fasta -from util.Filters import TraceBackFormatter -from Gff3 import Gff3 -from Gtf import Gtf -from Psl import Psl +from util.Reader import Reader +from util.Logger import Logger from TrackHub import TrackHub -from bigPsl import bigPsl -from BedBlastAlignments import BedBlastAlignments -from BigBed import BigBed + + # TODO: Verify each subprocessed dependency is accessible [gff3ToGenePred, genePredToBed, twoBitInfo, faToTwoBit, bedToBigBed, sort def main(argv): + # Command Line parsing init parser = argparse.ArgumentParser(description='Create a foo.txt inside the given folder.') - - # Reference genome mandatory - parser.add_argument('-f', '--fasta', help='Fasta file of the reference genome') - - # GFF3 Management - parser.add_argument('--gff3', action='append', help='GFF3 format') - - # GTF Management - parser.add_argument('--gtf', action='append', help='GTF format') - - # Bed4+12 (TrfBig) - parser.add_argument('--bedSimpleRepeats', action='append', help='Bed4+12 format, using simpleRepeats.as') - - # Bed12+1 (regtools) - parser.add_argument('--bedSpliceJunctions', action='append', help='Bed12+1 format, using spliceJunctions.as') - - # Generic Bed (Blastx transformed to bed) - parser.add_argument('--bed', action='append', help='Bed generic format') - - #cytoBandIdeo - parser.add_argument('--cytoBand', action='append', help='Cytoband Track, using cytoBandIdeo.as') - - # BigPsl (blat alignment) - parser.add_argument('--bigpsl', action='append', help='bigPsl format, using bigPsl.as') - - # Bed12+12 (tblastn alignment) - parser.add_argument('--bedBlastAlignments', action='append', help='Bed12+12 format, using bigPsl.as') + parser.add_argument('-j', '--data_json', help='JSON file containing the metadata of the inputs') + parser.add_argument('-o', '--output', help='Name of the HTML summarizing the content of the Track Hub Archive') + + # Get the args passed in parameter + args = parser.parse_args() + json_inputs_data = args.data_json + outputFile = args.output - # BigWig Management - parser.add_argument('--bigwig', action='append', help='BigWig format') - - # Bam Management - parser.add_argument('--bam', action='append', help='Bam format') - - # Psl Management - parser.add_argument('--psl', action='append', help='Psl format') - - # BigBed Management - parser.add_argument('--bigbed', action='append', help='BigBed format') - - # TODO: Check if the running directory can have issues if we run the tool outside - parser.add_argument('-d', '--directory', - help='Running tool directory, where to find the templates. Default is running directory') - parser.add_argument('-u', '--ucsc_tools_path', - help='Directory where to find the executables needed to run this tool') - parser.add_argument('-e', '--extra_files_path', - help='Name, in galaxy, of the output folder. Where you would want to build the Track Hub Archive') - parser.add_argument('-o', '--output', help='Name of the HTML summarizing the content of the Track Hub Archive') - - parser.add_argument('-j', '--data_json', help='Json containing the metadata of the inputs') - - parser.add_argument('--user_email', help='Email of the user who launched the Hub Archive Creation') - - parser.add_argument('--genome_name', help='UCSC Genome Browser assembly ID') - - parser.add_argument('--debug_mode', action='store_true', help='Allow more details about the errors') + ##Parse JSON file with Reader + reader = Reader(json_inputs_data) # Begin init variables - - toolDirectory = '.' - extra_files_path = '.' - - # Get the args passed in parameter - args = parser.parse_args() - - extra_files_path = args.extra_files_path - toolDirectory = args.directory + extra_files_path = reader.getExtFilesPath() + toolDirectory = reader.getToolDir() + #outputFile = reader.getOutputDir() + user_email = reader.getUserEmail() + reference_genome = reader.getRefGenome() + debug_mode = reader.getDebugMode() #### Logging management #### # If we are in Debug mode, also print in stdout the debug dump - - configure_logger(extra_files_path=extra_files_path, debug=args.debug_mode) - + log = Logger(tool_directory=toolDirectory, debug=debug_mode, extra_files_path=extra_files_path) + log.setup_logging() + logging.info('#### HubArchiveCreator: Start ####\n') + logging.debug('---- Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode ----\n') + logging.debug('JSON parameters: %s\n\n', json.dumps(reader.args)) #### END Logging management #### - array_inputs_reference_genome = json.loads(args.fasta) - - # TODO: Replace these with the object Fasta - input_fasta_file = array_inputs_reference_genome["false_path"] - input_fasta_file_name = sanitize_name_input(array_inputs_reference_genome["name"]) - genome_name = sanitize_name_input(args.genome_name) - - reference_genome = Fasta(input_fasta_file, - input_fasta_file_name, genome_name) - - user_email = args.user_email - - - # TODO: Use a class to have a better management of the structure of these inputs - # These inputs are populated in the Galaxy Wrapper xml and are in this format: - # ARRAY[DICT{FILE_PATH: DICT{NAME: NAME_VALUE, EXTRA_DATA: EXTRA_DATA_VALUE}}] - # EXTRA_DATA could be anything, for example the index of a BAM => {"index", FILE_PATH} - array_inputs_bam = args.bam - array_inputs_bed_generic = args.bed - array_inputs_bed_cytoBand = args.cytoBand - array_inputs_bed_simple_repeats = args.bedSimpleRepeats - array_inputs_bed_splice_junctions = args.bedSpliceJunctions - array_inputs_bigwig = args.bigwig - array_inputs_gff3 = args.gff3 - array_inputs_gtf = args.gtf - array_inputs_psl = args.psl - array_inputs_bigpsl = args.bigpsl - array_inputs_bed_blast_alignments = args.bedBlastAlignments - array_inputs_bigbed = args.bigbed - - outputFile = args.output - - json_inputs_data = args.data_json - - # TODO: Instead use a class to properly store the objects, with object_hook - inputs_data = json.loads(json_inputs_data) - # We remove the spaces in ["name"] of inputs_data - sanitize_name_inputs(inputs_data) - - # TODO: Check here all the binaries / tools we need. Exception if missing - # Create the Track Hub folder + logging.info('#### HubArchiveCreator: Creating the Track Hub folder ####\n') trackHub = TrackHub(reference_genome, user_email, outputFile, extra_files_path, toolDirectory) - all_datatype_dictionary = {} - - for (inputs, datatype_class) in [ - (array_inputs_bam, Bam), - (array_inputs_bed_generic, Bed), - (array_inputs_bed_cytoBand, cytoBand), - (array_inputs_bigwig, BigWig), - (array_inputs_bed_simple_repeats, BedSimpleRepeats), - (array_inputs_bed_splice_junctions, BedSpliceJunctions), - (array_inputs_gff3, Gff3), - (array_inputs_gtf, Gtf), - (array_inputs_psl, Psl), - (array_inputs_bigpsl, bigPsl), - (array_inputs_bed_blast_alignments, BedBlastAlignments), - (array_inputs_bigbed, BigBed)]: - if inputs: - all_datatype_dictionary.update(create_ordered_datatype_objects(datatype_class, inputs, inputs_data)) - # Create Ordered Dictionary to add the tracks in the tool form order + logging.info('#### HubArchiveCreator: Preparing track data ####\n') + all_datatype_dictionary = reader.getTracksData() all_datatype_ordered_dictionary = collections.OrderedDict(all_datatype_dictionary) logging.debug("----- End of all_datatype_dictionary processing -----") - logging.debug("all_datatype_ordered_dictionary keys are: {0}".format(all_datatype_ordered_dictionary.values())) + #logging.debug("all_datatype_ordered_dictionary are: %s", json.dumps(all_datatype_ordered_dictionary)) + logging.info('#### HubArchiveCreator: Adding tracks to Track Hub ####\n') logging.debug("----- Beginning of Track adding processing -----") + for index, datatypeObject in all_datatype_ordered_dictionary.iteritems(): - trackHub.addTrack(datatypeObject.track.trackDb) + trackHub.addTrack(datatypeObject.track.track_db) + logging.debug("----- End of Track adding processing -----") - # We process all the modifications to create the zip file - #trackHub.createZip() - - # We terminate le process and so create a HTML file summarizing all the files + # We terminate the process and so create a HTML file summarizing all the files + logging.info('#### HubArchiveCreator: Creating the HTML file ####\n') trackHub.terminate() - logging.debug('#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####') + logging.debug('---- End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ----\n') + logging.info('#### HubArchiveCreator: Congratulation! Assembly Hub is created! ####\n') sys.exit(0) - -def sanitize_name_input(string_to_sanitize): - """ - Sanitize the string passed in parameter by replacing '/' and ' ' by '_' - - :param string_to_sanitize: - :return : - - :Example: - - >>> sanitize_name_input('this/is an//example') - this_is_an__example - """ - return string_to_sanitize \ - .replace("/", "_") \ - .replace(" ", "_") - - -def sanitize_name_inputs(inputs_data): - """ - Sanitize value of the keys "name" of the dictionary passed in parameter. - - Because sometimes output from Galaxy, or even just file name, from user inputs, have spaces. - Also, it can contain '/' character and could break the use of os.path function. - - :param inputs_data: dict[string, dict[string, string]] - """ - for key in inputs_data: - inputs_data[key]["name"] = sanitize_name_input(inputs_data[key]["name"]) - - -def create_ordered_datatype_objects(ExtensionClass, array_inputs, inputs_data): - """ - Function which executes the creation all the necessary files / folders for a special Datatype, for TrackHub - and update the dictionary of datatype - - :param ExtensionClass: - :param array_inputs: - :param inputs_data: - :type ExtensionClass: Datatype - :type array_inputs: list[string] - :type inputs_data: dict - :rtype: dict - """ - - datatype_dictionary = {} - - # TODO: Optimize this double loop - for input_false_path in array_inputs: - for key, data_value in inputs_data.items(): - if key == input_false_path: - logging.debug("input_false_path: " + input_false_path) - logging.debug("data_value: " + str(data_value)) - extensionObject = ExtensionClass(input_false_path, data_value) - datatype_dictionary.update({data_value["order_index"]: extensionObject}) - return datatype_dictionary - -def configure_logger(extra_files_path=None, debug=False): - if not extra_files_path: - raise Exception("Extra files path is not set. Stopping the application") - - - # All case log: log everything in a .log file - logger_file_name = ''.join([__name__, '.log']) - logging_file_path = os.path.join(extra_files_path, logger_file_name) - - logging.basicConfig(filename=logging_file_path, level=logging.DEBUG) - - log_stdout = logging.StreamHandler(sys.stdout) - if not debug: - configure_logger_user(log_stdout) - else: - configure_logger_dev(log_stdout) - - # stderr configuration - configure_logger_stderr() - - logging.debug('#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode ####\n') - -def configure_logger_user(log_stdout=None): - """ - User Logger is defined as following: - - User needs to have WARN, ERROR and CRITICAL but well formatted / without traceback - in STDOUT - - Still access to full, brute and traceback for errors - in STDERR - - And further access to debug if needed - in .log - - """ - - if not log_stdout: - raise Exception("No log_stdout given. Stopping the application") - - # stdout for INFO / WARN / ERROR / CRITICAL - log_stdout.setLevel(logging.INFO) - - formatter = TraceBackFormatter('%(message)s') - - log_stdout.setFormatter(formatter) - - logging.getLogger().addHandler(log_stdout) - -def configure_logger_dev(log_stdout=None): - """ - Dev Logger is defined as following: - - Dev needs to have WARN, ERROR and CRITICAL but well formatted / without traceback, in stdout - - Still access to full, brute and traceback in stderr for errors - - And further access to debug if needed - - """ - if not log_stdout: - raise Exception("No log_stdout given. Stopping the application") - log_format = '%(message)s' - - # stdout and stderr and both identical for INFO / WARN / ERROR / CRITICAL - log_stdout.setLevel(logging.DEBUG) - - formatter = logging.Formatter(log_format) - - log_stdout.setFormatter(formatter) - - logging.getLogger().addHandler(log_stdout) - -def configure_logger_stderr(): - """ - Configure what should be logged in stderr - """ - log_error = logging.StreamHandler(sys.stderr) - log_error.setLevel(logging.ERROR) - log_error_format = '%(message)s' - - formatter_error = logging.Formatter(log_error_format) - - log_error.setFormatter(formatter_error) - - logging.getLogger().addHandler(log_error) - if __name__ == "__main__": - logging.getLogger(__name__) main(sys.argv) diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 hubArchiveCreator.xml --- a/hubArchiveCreator.xml Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ b/hubArchiveCreator.xml Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -3,6 +3,9 @@ This Galaxy tool permits to prepare your files to be ready for Assembly Hub visualization. + + macros.xml + ucsc_hac @@ -23,160 +26,154 @@ + + +import json +import sys - #import json +file_path = sys.argv[1] +#set global $data_parameter_dict = {} - #set global data_parameter_dict = {} +## Ask the user to enter the genome name +#silent $data_parameter_dict.update({"genome_name": str($genome_name)}) + +## Function to retrieve the data of the inputs +#def prepare_json($datatype, $input_to_prepare, $order_index, $extra_data_dict={}) + #set false_path = str($input_to_prepare) + #set $data_dict = {"false_path": $false_path} - ## Function to retrieve the data of the inputs - #def prepare_json($input_to_prepare, $order_index, $extra_data_dict={}) - #set false_path = str($input_to_prepare) - #set name = $input_to_prepare.name + #set name = str($input_to_prepare.name) + #silent $data_dict.update({"name": $name}) + #silent $data_dict.update($extra_data_dict) + ## Add the ordering by taking the tool form indexes + #silent $data_dict.update({"order_index": $order_index}) - #set data_dict = {"name": $name} - #silent data_dict.update($extra_data_dict) + #if $datatype in $data_parameter_dict + #silent $data_parameter_dict[$datatype].append($data_dict) + #else + #set array_inputs = [] + #silent $array_inputs.append($data_dict) + #silent $data_parameter_dict.update({$datatype: $array_inputs}) + #end if +#end def - ## Add the ordering by taking the tool form indexes - #silent $data_dict.update({"order_index": $order_index}) +## Get the number of digits from tracks, to have a unique integer from group index and track index + +#set temp_max_digit = 0 - #silent $data_parameter_dict.update({$false_path: $data_dict}) - - #end def +#for $g in $group + #if len($g.format) > $temp_max_digit + #silent temp_max_digit = len($g.format) + #end if +#end for - ## Get the number of digits from tracks, to have a unique integer from group index and track index +#set nb_digits_max_track = len(str($temp_max_digit)) - #set temp_max_digit = 0 +## END Get the number of digits - #for $g in $group - #if len($g.format) > $temp_max_digit - #silent temp_max_digit = len($g.format) - #end if - #end for - - #set nb_digits_max_track = len(str($temp_max_digit)) - - ## END Get the number of digits +#for $i_g, $g in enumerate( $group ) + #for $i, $f in enumerate( $g.format ) + ## Create the order index using index_group+1 concatenated with index_track + #set index_group_final = str($i_g + 1) + #set index_track_final = str($index_group_final) + str($i).zfill($nb_digits_max_track) - #for $i_g, $g in enumerate( $group ) - #for $i, $f in enumerate( $g.format ) - ## Create the order index using index_group+1 concatenated with index_track - #set index_group_final = str($i_g + 1) - #set index_track_final = str($index_group_final) + str($i).zfill($nb_digits_max_track) + ## For each format, we have a few mandatory fields we store in a dict + #set track_color = str($f.formatChoice.track_color) + #set group_name = str($g.group_name) + #set longLabel = str($f.formatChoice.longLabel) + #set extra_data_dict = {"track_color": $track_color, + "group_name": $group_name, + "long_label": $longLabel} - ## For each format, we have a few mandatory fields we store in a dict - #set track_color = str($f.formatChoice.track_color) - #set group_name = str($g.group_name) - #set longLabel = str($f.formatChoice.longLabel) - #set extra_data_dict = {"database": "", - "track_color": $track_color, - "group_name": $group_name, - "long_label": $longLabel} + #if $f.formatChoice.format_select == "bam" + #set bam_index = $f.formatChoice.BAM.metadata.bam_index - #if $f.formatChoice.format_select == "bam" - --bam $f.formatChoice.BAM - #set bam_index = $f.formatChoice.BAM.metadata.bam_index - - ## Add Bam format specific fields - #silent extra_data_dict.update({"index": $bam_index}) + ## Add Bam format specific fields + #silent $extra_data_dict.update({"index": $bam_index}) - #silent $prepare_json($f.formatChoice.BAM, $index_track_final, extra_data_dict) - #end if - #if $f.formatChoice.format_select == "bed" - #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_generic" - --bed $f.formatChoice.bedChoice.BED - #silent $prepare_json($f.formatChoice.bedChoice.BED, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_cytoBand" - --cytoBand $f.formatChoice.bedChoice.BED_cytoBand - #silent $prepare_json($f.formatChoice.bedChoice.BED_cytoBand, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_simple_repeats_option" - --bedSimpleRepeats $f.formatChoice.bedChoice.BED_simple_repeats - #silent $prepare_json($f.formatChoice.bedChoice.BED_simple_repeats, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_splice_junctions_option" - --bedSpliceJunctions $f.formatChoice.bedChoice.BED_splice_junctions - #silent $prepare_json($f.formatChoice.bedChoice.BED_splice_junctions, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_blast_alignment_option" - --bedBlastAlignments $f.formatChoice.bedChoice.BED_blast_alignment - #set database = str($f.formatChoice.bedChoice.database) - #silent extra_data_dict.update({"database": $database}) - #silent $prepare_json($f.formatChoice.bedChoice.BED_blast_alignment, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_blat_alignment_option" - --bigpsl $f.formatChoice.bedChoice.BED_blat_alignment - #if $f.formatChoice.bedChoice.if_index.if_index_selector == "true" - #set search_index = $f.formatChoice.bedChoice.if_index.search_index - 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#end if - #if $f.formatChoice.format_select == "gtf" - ## Add also GTF from Agustus? See https://github.com/ENCODE-DCC/kentUtils/issues/8 - --gtf $f.formatChoice.GTF - #silent $prepare_json($f.formatChoice.GTF, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #end for - #end for + #silent $prepare_json("Bam", $f.formatChoice.BAM, $index_track_final, $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.format_select == "bed" + #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_generic" + #silent $prepare_json("Bed", $f.formatChoice.bedChoice.BED, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_cytoBand" + #silent $prepare_json("CytoBand", $f.formatChoice.bedChoice.BED_cytoBand, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_simple_repeats_option" + #silent $prepare_json("BedSimpleRepeats", $f.formatChoice.bedChoice.BED_simple_repeats, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_splice_junctions_option" + #silent $prepare_json("BedSpliceJunctions", $f.formatChoice.bedChoice.BED_splice_junctions, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_blast_alignment_option" + #set database = str($f.formatChoice.bedChoice.database) + #silent $extra_data_dict.update({"database": $database}) + #silent $prepare_json("BedBlastAlignments", $f.formatChoice.bedChoice.BED_blast_alignment, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_blat_alignment_option" + #set database = str($f.formatChoice.bedChoice.database) + #silent $extra_data_dict.update({"database": $database}) + #silent $prepare_json("BedBlatAlignments", $f.formatChoice.bedChoice.BED_blat_alignment, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #end if + #if $f.formatChoice.format_select == "psl" + #silent $prepare_json("Psl", $f.formatChoice.PSL, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.format_select == "bigwig" + #silent $prepare_json("BigWig", $f.formatChoice.BIGWIG, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.format_select == "bigbed" + #silent $prepare_json("BigBed", $f.formatChoice.BIGBED, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.format_select == "gff3" + #silent $prepare_json("Gff3", $f.formatChoice.GFF3, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.format_select == "gtf" + ## Add also GTF from Agustus? See https://github.com/ENCODE-DCC/kentUtils/issues/8 + #silent $prepare_json("Gtf", $f.formatChoice.GTF, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #end for +#end for - ## We combine the fasta file dataset name with his false path in a JSON object - #set fasta_json = json.dumps({"false_path": str($fasta_file), "name": $fasta_file.name}) - -f '$fasta_json' +## We combine the fasta file dataset name with his false path in a JSON object +#set fasta_json = {"false_path": str($fasta_file), "name": str($fasta_file.name)} +$data_parameter_dict.update({"fasta": $fasta_json}) - ## Dump the final json - #set all_data_json = json.dumps($data_parameter_dict) +## Retrieve the user email +#silent $data_parameter_dict.update({"user_email": str($__user_email__)}) - --data_json '$all_data_json' +#silent $data_parameter_dict.update({"tool_directory": str($__tool_directory__)}) - ## Retrieve the user email - --user_email $__user_email__ +#silent $data_parameter_dict.update({"extra_files_path": 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+ + + + + + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/bed_blast_alignment/inputs/BLAST_alignment_bigpsl --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bed_blast_alignment/inputs/BLAST_alignment_bigpsl Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,20 @@ +contig14 31613 32039 FBpp0070070 1000 - 31613 32039 0 4 141,69,156,39, 0,147,219,387, 822 1227 - 1623 396,537,606,762, 45010 129 276 0 0 +contig14 32918 33596 FBpp0070070 1000 - 32918 33596 0 6 99,57,324,18,45,126, 0,99,156,480,507,552, 153 834 - 1623 789,891,951,1278,1296,1344, 45010 276 357 36 0 +contig15 1606 2032 FBpp0070070 1000 - 1606 2032 0 4 141,69,156,39, 0,147,219,387, 822 1227 - 1623 396,537,606,762, 50014 129 276 0 0 +contig15 2911 3589 FBpp0070070 1000 - 2911 3589 0 6 99,57,324,18,45,126, 0,99,156,480,507,552, 153 834 - 1623 789,891,951,1278,1296,1344, 50014 276 357 36 0 +contig36 38740 38977 FBpp0070566 1000 + 38740 38977 0 2 213,24, 0,213, 165 405 + 2046 165,381, 45010 135 102 0 0 +contig36 38740 38977 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+ + + + + + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/bed_cytoband/inputs/Cytoband --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bed_cytoband/inputs/Cytoband Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ +contig1 0 45179 contig1 gneg +contig10 0 43013 contig10 gneg +contig11 0 35013 contig11 gneg +contig12 0 56019 contig12 gneg +contig13 0 45015 contig13 gneg +contig14 0 45010 contig14 gneg +contig15 0 50014 contig15 gneg +contig16 0 45017 contig16 gneg +contig17 0 40013 contig17 gneg +contig18 0 40012 contig18 gneg +contig19 0 45013 contig19 gneg +contig2 0 45017 contig2 gneg +contig20 0 50014 contig20 gneg +contig21 0 50011 contig21 gneg +contig22 0 60010 contig22 gneg +contig23 0 50012 contig23 gneg +contig24 0 40010 contig24 gneg +contig25 0 75023 contig25 gneg +contig26 0 40013 contig26 gneg +contig27 0 50016 contig27 gneg +contig28 0 50013 contig28 gneg +contig29 0 50006 contig29 gneg +contig3 0 40006 contig3 gneg +contig30 0 70018 contig30 gneg +contig31 0 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+ + + + + + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/bed_generic/inputs/TBLASTN_Alignment_to_proteins --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bed_generic/inputs/TBLASTN_Alignment_to_proteins Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,40 @@ +contig2 16199 18659 ci-PA 358 - 16199 18659 0 18 126,114,27,174,186,84,69,45,204,108,117,144,123,150,24,48,495,165, 0,126,240,270,444,630,726,801,846,1056,1167,1290,1440,1566,1722,1746,1794,2295, +contig2 18939 20598 ci-PA 604 - 18939 20598 0 7 510,210,432,84,63,45,174, 0,564,774,1278,1368,1434,1485, +contig2 18712 18877 ci-PA 964 - 18712 18877 0 1 165, 0, +contig1 31366 33826 ci-PA 358 - 31366 33826 0 18 126,114,27,174,186,84,69,45,204,108,117,144,123,150,24,48,495,165, 0,126,240,270,444,630,726,801,846,1056,1167,1290,1440,1566,1722,1746,1794,2295, +contig1 34106 35765 ci-PA 604 - 34106 35765 0 7 510,210,432,84,63,45,174, 0,564,774,1278,1368,1434,1485, +contig1 33879 34044 ci-PA 964 - 33879 34044 0 1 165, 0, +contig24 12402 12561 ci-PA 0 - 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+ The following has been generated by Hub Archive Creator: +

+ + + + + + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/bed_simple_repeats/inputs/Repeating_Elements_by_TrfBig --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bed_simple_repeats/inputs/Repeating_Elements_by_TrfBig Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,602 @@ +contig1 9130 9428 trf 163 1.8 164 86 2 438 36 12 13 37 1.82 AAAAAAAATTATATCTTCGGTGTTTTTCAACATACAACCTCCTAAGCTTGGAAATAACATTTCTTAATCAGTTCTGAATTTCGAATTAAATTTTTATCAAAATCGGACAACTATACCATATAGCTGTCATAGGAAGGATTGGATAATTAGTGGTAAAATAATAT +contig1 15707 15757 trf 20 2.5 19 83 9 55 32 12 2 54 1.49 TATATCATTTATATCTCAG +contig1 16261 16302 trf 12 3.4 12 89 0 64 2 36 24 36 1.69 TCCGTCTGTCCG +contig1 23387 23483 trf 45 2.2 45 92 1 158 19 22 30 27 1.98 TCGGCGAAGAAATGTGCCACTTCGGCGGCACTTCTTGGAGTCACT +contig1 23451 23520 trf 24 2.9 24 80 0 75 15 26 27 30 1.96 TTCGGCGACACTTCTTGAAGTCAG +contig1 24200 24233 trf 15 2.2 15 94 0 57 51 12 15 21 1.75 AAACAATGGAATGCT +contig1 29159 29628 trf 162 2.9 160 80 8 518 37 12 11 38 1.80 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GTTCCTATGCCAGCTATATGATATAGTCGTCCGATTTTGATAAAATGTAATTCGAAATTCAAAACCAAATAAAAAATGTTATATCCAAGCGTAGAAAGGTATAAGTTAAAAAACACGAAAGATATAATTTTTCAATATTATTATACCACTAATTTTCCGATT +contig61 34707 34773 trf 12 5.5 12 88 0 96 1 39 25 33 1.65 GTCCGTCTGTCC +contig61 34715 34773 trf 4 14.5 4 74 0 53 1 39 24 34 1.65 GTCC +contig62 4699 4765 trf 12 5.5 12 88 0 96 1 39 25 33 1.65 GTCCGTCTGTCC +contig62 4707 4765 trf 4 14.5 4 74 0 53 1 39 24 34 1.65 GTCC +contig62 13326 13828 trf 162 3.1 160 77 11 505 35 12 14 37 1.84 AAAAATTATATCTTCGGTGTTTTTTAACATATAACCCTCTAAGCTTGAAAATAACATTTTTTTATTAGTTCTGAATTTGAATTACATTTTATCAAAATCGGACGACTATATCATATAGCTGCCATAGAACGATCGGAAAATTAGTGGAAAAATAATATTG +contig62 15612 15677 trf 10 6.3 10 89 7 85 49 6 0 44 1.27 TATATACATA +contig62 15612 15677 trf 6 10.8 6 89 0 94 49 6 0 44 1.27 TATATA +contig62 15612 15677 trf 16 4.1 16 91 0 94 49 6 0 44 1.27 TATATATATACATATA +contig62 20766 20810 trf 17 2.5 17 85 3 52 56 0 0 43 0.99 AATTTAAATTTAAAATA +contig62 20760 20810 trf 6 8.3 6 78 14 50 54 0 0 46 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AAATTATAGCTTCGGTGCTTTTTAAAATATAACCTTCTATAGCTTGGAAATAACATTTTTTAATTAGTTCTGAATTTCGAATTAAATTTTATCAAAATCGGACGACTATATCATATAGCATAGAACAGAAAATTAGTAGGAAAATAATATATAAC +contig63 20847 21208 trf 163 2.2 164 85 8 511 40 9 14 34 1.80 AAAATTAGTAGGAAAATAATATGAAAAAATTATATGTTCGGTCTTTTTAAAATATATAACCTTCTATACTTGGAAATAACATTTTTTTAATTAGTTCTGAATTTCGAAATAAATTTGATCAAAATCGGAAGACTACATCATATAGCGGTCATAGGAACAATCGG +contig63 24330 24529 trf 53 3.8 53 92 2 321 6 36 24 32 1.81 CGCCGCTCCGGGACTTCTCTCCCTTCTGGCTCGCTACTCTAGGGGTTCTGTTG +contig63 24738 24881 trf 14 10.1 14 67 23 50 17 30 22 30 1.97 TGCTCTCGACTGAC +contig63 25290 25415 trf 30 4.2 30 98 0 241 13 44 9 32 1.76 TCTCCAAACTCTCTCGTTCTCCGTCCTCGA +contig63 25220 25402 trf 17 11.3 17 67 19 104 15 42 7 34 1.74 TCTCCAAACTCTCTCGT +contig63 25307 25416 trf 13 7.5 13 66 22 56 11 44 11 33 1.77 TCTCCGTCCTCGA +contig63 30403 30460 trf 22 2.6 23 83 10 66 56 7 0 36 1.27 TTATAAAATATAATCACAAATTC +contig63 54836 54894 trf 29 2.0 29 89 0 89 44 6 22 25 1.77 AAGCGTAGGAGATTATATGTTAAAAAACA +contig64 5526 5564 trf 12 3.2 12 88 0 58 0 39 26 34 1.57 GTCCGTCTGTCC +contig64 5525 5563 trf 20 1.9 20 94 0 67 0 39 26 34 1.57 TGTCCGTCTGTCCGTCCGCC +contig64 5720 6152 trf 163 2.8 155 78 13 449 37 10 13 38 1.80 AAATTATAGCTTCGGTGCTTTTTAAAATATAACCTTCTATAGCTTGGAAATAACATTTTTTAATTAGTTCTGAATTTCGAATTAAATTTTATCAAAATCGGACGACTATATCATATAGCATAGAACAGAAAATTAGTAGGAAAATAATATATAAC +contig64 5842 6203 trf 163 2.2 164 85 8 511 40 9 14 34 1.80 AAAATTAGTAGGAAAATAATATGAAAAAATTATATGTTCGGTCTTTTTAAAATATATAACCTTCTATACTTGGAAATAACATTTTTTTAATTAGTTCTGAATTTCGAAATAAATTTGATCAAAATCGGAAGACTACATCATATAGCGGTCATAGGAACAATCGG +contig64 9325 9524 trf 53 3.8 53 92 2 321 6 36 24 32 1.81 CGCCGCTCCGGGACTTCTCTCCCTTCTGGCTCGCTACTCTAGGGGTTCTGTTG +contig64 9733 9876 trf 14 10.1 14 67 23 50 17 30 22 30 1.97 TGCTCTCGACTGAC +contig64 10285 10410 trf 30 4.2 30 98 0 241 13 44 9 32 1.76 TCTCCAAACTCTCTCGTTCTCCGTCCTCGA +contig64 10215 10397 trf 17 11.3 17 67 19 104 15 42 7 34 1.74 TCTCCAAACTCTCTCGT +contig64 10302 10411 trf 13 7.5 13 66 22 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+ The following has been generated by Hub Archive Creator: +

+ + + + + + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/default_color/myHub/Dbia3.html diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/default_color/myHub/Dbia3/description.html diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/default_color/myHub/Dbia3/groups.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/default_color/myHub/Dbia3/groups.txt Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +name default_group +label Default group +priority 2 +defaultIsClosed 0 + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/default_color/myHub/Dbia3/trackDb.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/default_color/myHub/Dbia3/trackDb.txt Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,12 @@ + +track gonramp_HISAT2_Accepted_Hits_bam +longLabel HISAT2 Accepted Hits.bam +shortLabel HISAT2 Accepted H +bigDataUrl tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam +type bam +visibility pack +thickDrawItem off +priority 10 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/default_color/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam Binary file test-data/default_color/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/default_color/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai Binary file test-data/default_color/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/default_color/myHub/genomes.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/default_color/myHub/genomes.txt Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +genome Dbia3 +trackDb Dbia3/trackDb.txt +groups Dbia3/groups.txt +description Dbia3 +twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit +organism Dbia3 +defaultPos contig25 +orderKey 4500 +scientificName Dbia3 +htmlPath Dbia3/description.html diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/default_color/myHub/hub.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/default_color/myHub/hub.txt Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +hub gonrampDbia3 +shortLabel Dbia3 +longLabel Dbia3 +genomesFile genomes.txt +email gonramp@temporary.domain +descriptionUrl Dbia3.html diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/gff3/__main__.log --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gff3/__main__.log Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,38 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_147.dat +DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'Augustus', u'name': u'Augustus_Gene_Predictions', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} +DEBUG:root:Calling gff3ToGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /tmp/tmpzTV91Q.sorted.bigGenePred +DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmpfTKTZ_.chrom.sizes +DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/168/dataset_194_files/myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb +DEBUG:root:typeOption: bed12+8 +DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/bigGenePred.as +DEBUG:root:tab option: True +DEBUG:root:Calling bedToBigBed: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- +DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [] +DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- +DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/168/dataset_194_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group +DEBUG:root:We just added track gonramp_Augustus_Gene_Predictions_bb (in group default_group) +DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- +DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! #### diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/gff3/gff3_trackhub.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gff3/gff3_trackhub.html Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ + + + +

+ The following has been generated by Hub Archive Creator: +

+ + + + + + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/gff3/inputs/Augustus_Gene_Predictions --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gff3/inputs/Augustus_Gene_Predictions Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,6937 @@ +##gff-version 3 +# This output was generated with AUGUSTUS (version 3.1.0). +# AUGUSTUS is a gene prediction tool written by Mario Stanke (mario.stanke@uni-greifswald.de), +# Oliver Keller, Stefanie König and Lizzy Gerischer. +# Please cite: Mario Stanke, Mark Diekhans, Robert Baertsch, David Haussler (2008), +# Using native and syntenically mapped cDNA alignments to improve de novo gene finding +# Bioinformatics 24: 637-644, doi 10.1093/bioinformatics/btn013 +# No extrinsic information on sequences given. +# Initialising the parameters using config directory /home/svc_galaxy/new/galaxy/tool_dependency/augustus/3.1/iuc/package_augustus_3_1/24009970003a/config/ ... +# fly version. Using default transition matrix. +# Looks like /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/000/dataset_98.dat is in fasta format. +# We have hints for 0 sequences and for 0 of the sequences in the input set. +# +# ----- prediction on sequence number 1 (length = 45179, name = contig1) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 1 on both strands +# start gene contig1.g1 +contig1 AUGUSTUS gene 553 34688 0.03 - . ID=contig1.g1 +contig1 AUGUSTUS transcript 553 34688 0.03 - . ID=contig1.g1.t1;Parent=contig1.g1 +contig1 AUGUSTUS CDS 553 578 0.41 - 2 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 +contig1 AUGUSTUS CDS 652 1047 0.25 - 2 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 +contig1 AUGUSTUS CDS 12541 12968 0.87 - 1 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 +contig1 AUGUSTUS CDS 32202 33826 0.89 - 0 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 +contig1 AUGUSTUS CDS 33880 34044 0.98 - 0 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 +contig1 AUGUSTUS CDS 34107 34619 0.99 - 0 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 +contig1 AUGUSTUS CDS 34674 34688 0.45 - 0 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 +contig1 AUGUSTUS start_codon 34686 34688 . - 0 Parent=contig1.g1.t1 +# coding sequence = [atggcagcactctcgcaaaaggactttaatgacggaaaccagagaaatcgtcagaggaaaagtactgtcactgagcagc +# cctcatcaacatcaggaagcgtggcccaagtagaagcggacagcgcatcgtcacatttgtctgatcgctgttataacaacatagcaagtactaccaaa +# agtattgttggtgatgtgaaaacaagcagacgctgtgaagactttataagtagtggatcagcttcgactccattaaatgaatatgattgtgccaacgc +# tgatacgacggatattaaagatgaacctggagattttatagaaacaaattgtcattggcgaagttgttgtattgaatttaatacgcaagatgagcttg +# ttaaacatatcaataatgaccatatccaaaccaataagaaggcctttgtctgtcgatgggaaaattgtacccgtggtgaaaaacctttcaaagcgcag +# tatatgctagttgtgcatatgcgtcgtcataccggcgaaaagccacataaatgcacatttgaaggctgttttaaggcatattcacgcttggaaaacct +# aaaaacacatttacggtcacacacaggtgaaaaaccctatatgtgcgagtatccgggatgcagcaaggcgtttagtaatgcaagcgatcgtgcaaagc +# atcaaaatcgtactcacagtaatgagaaaccgtacatttgtaaagctcctggttgcacgaaacgttacaccgacccaagttctttgcgtaaacatgtt +# aaaacagttcatggtgctgagttttatgctaataaaaaacacaagggattgcccctaaatgatgcgaactctcgcctccaccgagacagtggccaagg +# tcggcataatcttcaagagcataatattgactctagcccttgcagcgaagaacttcaggtgggaaaacttataggcatgtctagtcccagtattaaat +# ctgaatctgatgaaagttcaccacatcatcagttgttaagtggagttcgagcttcagactgttttttaacatattcacaagatggtgccgccgaacat +# ataactttagatgacggctgggattgtgacgatgacgttgacgtggccgacttaccaattgtcttgcgtgctatggtaaatgttggcagcggaaattc +# gatggccccgaccattggagggggtgttgttgcgaggcagcgatttagaagtcgtttgcaaactaaaggaataaactctagtatggttatgcttggca +# acatccccgaaagcaatcgcaccattggaataagcgaacttaaccagcgtataacagaacttaagatggagcctggtaccgcttgtgatattacagtt +# ccattgaatacggggctggaaaggatttcagaagacttatcacaaaatcaatcaaatataacattaaataagcaaagcttctttaccgcttccggctc +# tctccaaggacattttcgtcgcgatagccagaactccactgcaagtacatattatggtagcatgcaaagtcgccgcagtagtcaatcatctcaggtgt +# cttctatatctacaatgcgtccaggcccatcgtacaacacaaccacagcttccctctatgatccaatttccccaggatgctctcgacgctctagccaa +# atgtctaatgtagtcaactcctacgcacttacatcaacatcaggattgactgcaattaacaaggacttaaatgcaaacagcagcccaaatgcttctat +# taataaaccgggtcttggtggtcagtactttggtttttacaataacagtcttcctccacctccatcgtctcatttaattgccaccaatttgaagcatc +# tgcaggacacagactctaggagttgttatcacaacacaactggcggtcgattttccattcccaattgtacgccatctctacatttagactacaatgga +# ccggctggagagcaggaaattgataaagaaatcccgaataacatattacgacgtcaatctgagccaatgccaaacataagtttggatacactaacaaa +# tgtttctcctttaagtggcccactgcaaaatttgcagtttcccattggaaaggctaggaacgtgaatataacatcgtctagtaacgagaatactttaa +# gaaagggaccttgccatgctacaatgaagactgaaatgacaatgaccagcgagcagcatccaaatgagagaataaatttggatgaagttgaagagctt +# atacttcccgatgagatgcttcagtatttaaatttggtgaaggacgatcaaaattatatggagaaagatgatgttgctataagtacgcatcatcaatc +# cgtaaattgcacaaaagaatcgccggctcagttatcttctccctcaaatgatattgtcgcccagtttaaccttccttcaataacgtcagcatctaact +# atggaaatcgctcaaaaggatataatggagaaaacggtgaagactctcaatctaagaactattttacgcatctgagcttcgattttatgaacaatgtc +# ttgtttgcgggtgccacaaataaaatacttaaacttaacgagaacctgcgtgtgctgtctgaggctgtcactggacccgtaaatgattcaccacaatg +# tcatgcaggaggttgcccggaggacatagagacatcgctggtcaacaattacaataaaattctcgtagtaagctacgctcacgatggcattcttatat +# cgtgtggtagcattcgacaagaggaacgacttctccacgaacaagttacccattctgttgtaattttgcacattttacaagatgatcttgatgaaaaa +# gtccaatgtcgtgtaaacgatttggataccatatcgcaagttaaattaaaaattttggacgcaatttttaaaaatactccgttttctatgagaccatc +# tgtgcacgaagttgacttagaatggaggcatggaagaggaggtcatctcacattacaagatgaagacctaactacaaaaacaataaatggatggaaac +# gcctcaacacattggcccattatggagtaaaagaatcggctgtgatgtcacttatagcacggcaaaatgataactaccacataccgtatggcaaaaac +# caaaatcaggcaccttaccataattttataagcaattttcaatgctactaa] +# protein sequence = [MAALSQKDFNDGNQRNRQRKSTVTEQPSSTSGSVAQVEADSASSHLSDRCYNNIASTTKSIVGDVKTSRRCEDFISSG +# SASTPLNEYDCANADTTDIKDEPGDFIETNCHWRSCCIEFNTQDELVKHINNDHIQTNKKAFVCRWENCTRGEKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCT +# FEGCFKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYMCEYPGCSKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYICKAPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGAEFYANKKHKGLPL +# NDANSRLHRDSGQGRHNLQEHNIDSSPCSEELQVGKLIGMSSPSIKSESDESSPHHQLLSGVRASDCFLTYSQDGAAEHITLDDGWDCDDDVDVADLP +# IVLRAMVNVGSGNSMAPTIGGGVVARQRFRSRLQTKGINSSMVMLGNIPESNRTIGISELNQRITELKMEPGTACDITVPLNTGLERISEDLSQNQSN +# ITLNKQSFFTASGSLQGHFRRDSQNSTASTYYGSMQSRRSSQSSQVSSISTMRPGPSYNTTTASLYDPISPGCSRRSSQMSNVVNSYALTSTSGLTAI +# NKDLNANSSPNASINKPGLGGQYFGFYNNSLPPPPSSHLIATNLKHLQDTDSRSCYHNTTGGRFSIPNCTPSLHLDYNGPAGEQEIDKEIPNNILRRQ +# SEPMPNISLDTLTNVSPLSGPLQNLQFPIGKARNVNITSSSNENTLRKGPCHATMKTEMTMTSEQHPNERINLDEVEELILPDEMLQYLNLVKDDQNY +# MEKDDVAISTHHQSVNCTKESPAQLSSPSNDIVAQFNLPSITSASNYGNRSKGYNGENGEDSQSKNYFTHLSFDFMNNVLFAGATNKILKLNENLRVL +# SEAVTGPVNDSPQCHAGGCPEDIETSLVNNYNKILVVSYAHDGILISCGSIRQEERLLHEQVTHSVVILHILQDDLDEKVQCRVNDLDTISQVKLKIL +# DAIFKNTPFSMRPSVHEVDLEWRHGRGGHLTLQDEDLTTKTINGWKRLNTLAHYGVKESAVMSLIARQNDNYHIPYGKNQNQAPYHNFISNFQCY] +# end gene contig1.g1 +### +# +# ----- prediction on sequence number 2 (length = 45017, name = contig2) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 2 on both strands +# start gene contig2.g2 +contig2 AUGUSTUS gene 7855 39627 0.09 - . ID=contig2.g2 +contig2 AUGUSTUS transcript 7855 39627 0.09 - . ID=contig2.g2.t1;Parent=contig2.g2 +contig2 AUGUSTUS CDS 7855 7969 0.61 - 1 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 +contig2 AUGUSTUS CDS 17035 18659 0.78 - 0 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 +contig2 AUGUSTUS CDS 18713 18877 0.99 - 0 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 +contig2 AUGUSTUS CDS 18940 19452 0.98 - 0 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 +contig2 AUGUSTUS CDS 19507 20144 0.39 - 2 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 +contig2 AUGUSTUS CDS 39396 39481 0.69 - 1 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 +contig2 AUGUSTUS CDS 39575 39627 0.77 - 0 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 +contig2 AUGUSTUS start_codon 39625 39627 . - 0 Parent=contig2.g2.t1 +# coding sequence = [atgccatcggccaagaagccgccctccattctccattggggaaccactggagaccatgacaacaccgttggcatattgg +# gaatcggagttgaatggccaggagaagatgtggaagcatccgcgacactagaagcaggacatccttatgttaactgtgcgtcagcttttcaccttgcg +# ggactggggttgggatcaggagattttttgggcacccgaggaatgggctcactgggtgatctccatcatgcggctgtagcagcagcggctgcaggatc +# tctagccagcactgattttcacttcagcattgatggcaacaggcgattaagtagtcctcggccgcccggcggaagtattcgtgcaagcatcagcagaa +# aacgagcgctttcctcatcgccttattcggattcgtttgacattaactcaatgattcgattttcaccaaactccttagccacaattatgaatggctct +# cgaggaagcagcgcggcaagtggttcatatggtcatatttcagctagtgctattaatcctatatctcatgcacattcaacattggcaccacgtctaca +# gcatttgttacgtgcaagtgcaggtcttttaaatccgatgaatacacaacaagcagctgcggccgggttttctataagccacgctgcaagcgctgcag +# ccttaagcctcaacgacgttcatggtaatctaaatgatttaccaggccaaataacaccatcttcaacagcaagactagtagcggatgaacataaaatg +# gcagcactctcgcaaaaggactttaatgacggaaaccagagaaatcgtcagaggaaaagtactgtcactgagcagccctcatcaacatcaggaagcgt +# ggcccaagtagaagcggacagcgcatcgtcacatttgtctgatcgctgttataacaacatagcaagtactaccaaaagtattgttggtgatgtgaaaa +# caagcagacgctgtgaagactttataagtagtggatcagcttcgactccattaaatgaatatgattgtgccaacgctgatacgacggatattaaagat +# gaacctggagattttatagaaacaaattgtcattggcgaagttgttgtattgaatttaatacgcaagatgagcttgttaaacatatcaataatgacca +# tatccaaaccaataagaaggcctttgtctgtcgatgggaaaattgtacccgtggtgaaaaacctttcaaagcgcagtatatgctagttgtgcatatgc +# gtcgtcataccggcgaaaagccacataaatgcacatttgaaggctgttttaaggcatattcacgcttggaaaacctaaaaacacatttacggtcacac +# acaggtgaaaaaccctatatgtgcgagtatccgggatgcagcaaggcgtttagtaatgcaagcgatcgtgcaaagcatcaaaatcgtactcacagtaa +# tgagaaaccgtacatttgtaaagctcctggttgcacgaaacgttacaccgacccaagttctttgcgtaaacatgttaaaacagttcatggtgctgagt +# tttatgctaataaaaaacacaagggattgcccctaaatgatgcgaactctcgcctccaccgagacagtggccaaggtcggcataatcttcaagagcat +# aatattgactctagcccttgcagcgaagaacttcaggtgggaaaacttataggcatgtctagtcccagtattaaatctgaatctgatgaaagttcacc +# acatcatcagttgttaagtggagttcgagcttcagactgttttttaacatattcacaagatggtgccgccgaacatataactttagatgacggctggg +# attgtgacgatgacgttgacgtggccgacttaccaattgtcttgcgtgctatggtaaatgttggcagcggaaattcgatggccccgaccattggaggg +# ggtgttgttgcgaggcagcgatttagaagtcgtttgcaaactaaaggaataaactctagtatggttatgcttggcaacatccccgaaagcaatcgcac +# cattggaataagcgaacttaaccagcgtataacagaacttaagatggagcctggtaccgcttgtgatattacagttccattgaatacggggctggaaa +# ggatttcagaagacttatcacaaaatcaatcaaatataacattaaataagcaaagcttctttaccgcttccggctctctccaaggacattttcgtcgc +# gatagccagaactccactgcaagtacatattatggtagcatgcaaagtcgccgcagtagtcaatcatctcaggtgtcttctatatctacaatgcgtcc +# aggcccatcgtacaacacaaccacagcttccctctatgatccaatttccccaggatgctctcgacgctctagccaaatgtctaatgtagtcaactcct +# acgcacttacatcaacatcaggattgactgcaattaacaaggacttaaatgcaaacagcagcccaaatgcttctattaataaaccgggtcttggtggt +# cagtactttggtttttacaataacagtcttcctccacctccatcgtctcatttaattgccaccaatttgaagcatctgcaggacacagactctaggag +# ttgttatcacaacacaactggcggtcgattttccattcccaattgtacgccatctctacatttagactacaatggaccggctggagagcaggaaattg +# ataaagaaatcccgaataacatattacgacgtcaatctgagccaatgccaaacataagtttggatacactaacaaatgtttctcctttaagtggccca +# ctgcaaaatttgcagtttcccattggaaaggctaggaacgtgaatataacatcgtctagtaacgagaatactttaagaaagggaccttgccatgctac +# aatgaagactgaaatgacaatgaccagcgagcagcatccaaatgagagaataaatttggatgaagttgaagagcttatacttcccgatgagatgcttc +# agtatttaaatttggtgaaggacgatcaaaattatatggagaaagatgatgttgctataaggttcagactgcagatgagttcgtcgtcgatgcgcgtg +# atagacgatccttcatccagcgcaggtgtcgacctgcgaattctctccgtacagcgtcacgggaagaatccggaatag] +# protein sequence = [MPSAKKPPSILHWGTTGDHDNTVGILGIGVEWPGEDVEASATLEAGHPYVNCASAFHLAGLGLGSGDFLGTRGMGSLG +# DLHHAAVAAAAAGSLASTDFHFSIDGNRRLSSPRPPGGSIRASISRKRALSSSPYSDSFDINSMIRFSPNSLATIMNGSRGSSAASGSYGHISASAIN +# PISHAHSTLAPRLQHLLRASAGLLNPMNTQQAAAAGFSISHAASAAALSLNDVHGNLNDLPGQITPSSTARLVADEHKMAALSQKDFNDGNQRNRQRK +# STVTEQPSSTSGSVAQVEADSASSHLSDRCYNNIASTTKSIVGDVKTSRRCEDFISSGSASTPLNEYDCANADTTDIKDEPGDFIETNCHWRSCCIEF +# NTQDELVKHINNDHIQTNKKAFVCRWENCTRGEKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCFKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYMCEYPGCSKAFSN +# ASDRAKHQNRTHSNEKPYICKAPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGAEFYANKKHKGLPLNDANSRLHRDSGQGRHNLQEHNIDSSPCSEELQVGKLIGM +# SSPSIKSESDESSPHHQLLSGVRASDCFLTYSQDGAAEHITLDDGWDCDDDVDVADLPIVLRAMVNVGSGNSMAPTIGGGVVARQRFRSRLQTKGINS +# SMVMLGNIPESNRTIGISELNQRITELKMEPGTACDITVPLNTGLERISEDLSQNQSNITLNKQSFFTASGSLQGHFRRDSQNSTASTYYGSMQSRRS +# SQSSQVSSISTMRPGPSYNTTTASLYDPISPGCSRRSSQMSNVVNSYALTSTSGLTAINKDLNANSSPNASINKPGLGGQYFGFYNNSLPPPPSSHLI +# ATNLKHLQDTDSRSCYHNTTGGRFSIPNCTPSLHLDYNGPAGEQEIDKEIPNNILRRQSEPMPNISLDTLTNVSPLSGPLQNLQFPIGKARNVNITSS +# SNENTLRKGPCHATMKTEMTMTSEQHPNERINLDEVEELILPDEMLQYLNLVKDDQNYMEKDDVAIRFRLQMSSSSMRVIDDPSSSAGVDLRILSVQR +# HGKNPE] +# end gene contig2.g2 +### +# start gene contig2.g3 +contig2 AUGUSTUS gene 41706 42608 0.66 - . ID=contig2.g3 +contig2 AUGUSTUS transcript 41706 42608 0.66 - . ID=contig2.g3.t1;Parent=contig2.g3 +contig2 AUGUSTUS CDS 41706 42171 0.93 - 1 ID=contig2.g3.t1.cds;Parent=contig2.g3.t1 +contig2 AUGUSTUS CDS 42268 42608 0.7 - 0 ID=contig2.g3.t1.cds;Parent=contig2.g3.t1 +contig2 AUGUSTUS start_codon 42606 42608 . - 0 Parent=contig2.g3.t1 +# coding sequence = [atggcagtcggcaaaaataaaggtctttccaagggtggcaagaagggtggtaaaaagaaggtagtggaccccttttcac +# gcaaggattggtacgatgtgaaagccccgaatatgttccaaacccgtcaaatcggtaaaacgcttgtgaaccgcacccagggccaaagaatagcgtcg +# gactatctaaagggtcgcgtttttgaagtgtctctggcagatttgcaaaaggatatagatccggagcgctcattccgcaagttccgtcttattgccga +# agacgttcaagaccgaaacgtgctttgcaacttccatggcatggatctaactacagacaagtacaggtcaatggttaaaaagtggcaaactcttattg +# aagcgattgttgaagccaagactgtcgatggttaccttctgcgagtgttttgcattggatttactgccaaggatcagcagtctcagcgcaaaacatgc +# tatgctcaacagtcgcaggtccgcaagattcgcgctcgcatgactgacattattactaacgaagttagtggtgctgatttgaagcagcttgttaacaa +# actggcattggattccattgcaaaagatattgaaaaaagctgccagcgtatctatccattacatgatgtttacattcgtaaagtcaaggtattgaaga +# agccgcgtttcgatgtctcaaagctcttggagttgcatggtgatggtggcggcaaatctgtcgatgccgtcgtttccaccgaaggagccgtagttgac +# cgccccgagggttatgagcccccagtgcaggaagctgtctaa] +# protein sequence = [MAVGKNKGLSKGGKKGGKKKVVDPFSRKDWYDVKAPNMFQTRQIGKTLVNRTQGQRIASDYLKGRVFEVSLADLQKDI +# DPERSFRKFRLIAEDVQDRNVLCNFHGMDLTTDKYRSMVKKWQTLIEAIVEAKTVDGYLLRVFCIGFTAKDQQSQRKTCYAQQSQVRKIRARMTDIIT +# NEVSGADLKQLVNKLALDSIAKDIEKSCQRIYPLHDVYIRKVKVLKKPRFDVSKLLELHGDGGGKSVDAVVSTEGAVVDRPEGYEPPVQEAV] +# end gene contig2.g3 +### +# +# ----- prediction on sequence number 3 (length = 40006, name = contig3) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 3 on both strands +# start gene contig3.g4 +contig3 AUGUSTUS gene 6691 7593 0.64 - . ID=contig3.g4 +contig3 AUGUSTUS transcript 6691 7593 0.64 - . ID=contig3.g4.t1;Parent=contig3.g4 +contig3 AUGUSTUS CDS 6691 7156 0.95 - 1 ID=contig3.g4.t1.cds;Parent=contig3.g4.t1 +contig3 AUGUSTUS CDS 7253 7593 0.67 - 0 ID=contig3.g4.t1.cds;Parent=contig3.g4.t1 +contig3 AUGUSTUS start_codon 7591 7593 . - 0 Parent=contig3.g4.t1 +# coding sequence = [atggcagtcggcaaaaataaaggtctttccaagggtggcaagaagggtggtaaaaagaaggtagtggaccccttttcac +# gcaaggattggtacgatgtgaaagccccgaatatgttccaaacccgtcaaatcggtaaaacgcttgtgaaccgcacccagggccaaagaatagcgtcg +# gactatctaaagggtcgcgtttttgaagtgtctctggcagatttgcaaaaggatatagatccggagcgctcattccgcaagttccgtcttattgccga +# agacgttcaagaccgaaacgtgctttgcaacttccatggcatggatctaactacagacaagtacaggtcaatggttaaaaagtggcaaactcttattg +# aagcgattgttgaagccaagactgtcgatggttaccttctgcgagtgttttgcattggatttactgccaaggatcagcagtctcagcgcaaaacatgc +# tatgctcaacagtcgcaggtccgcaagattcgcgctcgcatgactgacattattactaacgaagttagtggtgctgatttgaagcagcttgttaacaa +# actggcattggattccattgcaaaagatattgaaaaaagctgccagcgtatctatccattacatgatgtttacattcgtaaagtcaaggtattgaaga +# agccgcgtttcgatgtctcaaagctcttggagttgcatggtgatggtggcggcaaatctgtcgatgccgtcgtttccaccgaaggagccgtagttgac +# cgccccgagggttatgagcccccagtgcaggaagctgtctaa] +# protein sequence = [MAVGKNKGLSKGGKKGGKKKVVDPFSRKDWYDVKAPNMFQTRQIGKTLVNRTQGQRIASDYLKGRVFEVSLADLQKDI +# DPERSFRKFRLIAEDVQDRNVLCNFHGMDLTTDKYRSMVKKWQTLIEAIVEAKTVDGYLLRVFCIGFTAKDQQSQRKTCYAQQSQVRKIRARMTDIIT +# NEVSGADLKQLVNKLALDSIAKDIEKSCQRIYPLHDVYIRKVKVLKKPRFDVSKLLELHGDGGGKSVDAVVSTEGAVVDRPEGYEPPVQEAV] +# end gene contig3.g4 +### +# start gene contig3.g5 +contig3 AUGUSTUS gene 29077 31134 0.18 + . ID=contig3.g5 +contig3 AUGUSTUS transcript 29077 31134 0.18 + . ID=contig3.g5.t1;Parent=contig3.g5 +contig3 AUGUSTUS start_codon 29077 29079 . + 0 Parent=contig3.g5.t1 +contig3 AUGUSTUS CDS 29077 29111 0.4 + 0 ID=contig3.g5.t1.cds;Parent=contig3.g5.t1 +contig3 AUGUSTUS CDS 29169 29249 0.43 + 1 ID=contig3.g5.t1.cds;Parent=contig3.g5.t1 +contig3 AUGUSTUS CDS 30793 30942 0.65 + 1 ID=contig3.g5.t1.cds;Parent=contig3.g5.t1 +contig3 AUGUSTUS CDS 31113 31134 0.75 + 1 ID=contig3.g5.t1.cds;Parent=contig3.g5.t1 +# coding sequence = [atgctaagttctgatatgtctcaagtggcttcatggcacacgccctctgtatactctgcatctagttttaggactcctt +# atccttcctccttaccgataaatactacactttcaagtgacttccctttccgattttcgcctagccttttaccttcagtgcacgccacgtcgcaccat +# gttttaaatgcgcatactgctattgtgggagttaactccaaacaagaatgtggtgttcaggatacaacaacgaacaatagatatccaaggatcactag +# ccaagtcacctag] +# protein sequence = [MLSSDMSQVASWHTPSVYSASSFRTPYPSSLPINTTLSSDFPFRFSPSLLPSVHATSHHVLNAHTAIVGVNSKQECGV +# QDTTTNNRYPRITSQVT] +# end gene contig3.g5 +### +# +# ----- prediction on sequence number 4 (length = 55011, name = contig4) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 4 on both strands +# start gene contig4.g6 +contig4 AUGUSTUS gene 19075 51981 0.04 + . ID=contig4.g6 +contig4 AUGUSTUS transcript 19075 51981 0.04 + . ID=contig4.g6.t1;Parent=contig4.g6 +contig4 AUGUSTUS start_codon 19075 19077 . + 0 Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 19075 19109 0.47 + 0 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 19167 19247 0.44 + 1 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 20791 20940 0.57 + 1 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 31331 31523 0.57 + 1 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 36906 37059 0.52 + 0 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 37833 37902 0.74 + 2 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 50913 51073 0.7 + 1 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 51131 51361 0.58 + 2 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 51833 51981 0.41 + 2 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +# coding sequence = [atgctaagttctgatatgtctcaagtggcttcatggcacacgccctctgtatactctgcatctagttttaggactcctt +# atccttcctccttaccgataaatactacactttcaagtgacttccctttccgattttcgcctagccttttaccttcagtgcacgccacgtcgcaccat +# gttttaaatgcgcatactgctattgtgggagttaactccaaacaagaatgtggtgttcaggatacaacaacgaacaatagatatccaagaaacttgga +# tacaaaaaattcatcgaatacacaatcaaacgacgctaaggagacatcaaatgataaaaaaaaaccgcatatcaaaaaaccactaaatgcgtttatgc +# tctatatgaaggaaatgcgcgctaaagttgttgccgaatgtacactaaaagaatcggctgctattaatcagattttgggaagacggtggcatgccttg +# gggcgtgaagagcaagcgaagtattacgagttggcgcgaagggagcgacaactgcacatgcaaatgtatcccgattggagctctcgtacaaatgcctc +# tcggggcaagaaacggaagcggaagcaagataccaacgacggaggtaacaatatgaaaaaatgccgagctcgatttggtctggatcaacagaatcaat +# ggtgcaaaccttgcaggcgcaaaaagaaatgcattcgttatatggaagcactaaatgaaaatgggcccaccgaagacgggagcggtattgatgaacac +# ggaagccagctaagtgatgacgacgatgacgactacgatgatgataaactgggaggaagttgtggaagcgctgacgaaagctgtctaagtggattgtc +# cagtttacagagcccatcgacaacaatgagtttggcgagcccacttaatatgaataccaacactgcaactaatgctcttttgatcgtcaacgcagatc +# cgccgacttcacaacaacggccaacatctgtgtctacatcaggatcgagtagtgggtcaactagtagcatcagcacaaccccaaatacctcaagtaca +# gtttcgccagttacagctaaaatgattgagccgacaatgttgtcggtgagtactcatgctgtaaatagcactgagtgccataaaggatcagatccaca +# agcaaatgcatctgtaaagactacaagcgctggcgcttccgaaactggcgtcattagcgtttcataa] +# protein sequence = [MLSSDMSQVASWHTPSVYSASSFRTPYPSSLPINTTLSSDFPFRFSPSLLPSVHATSHHVLNAHTAIVGVNSKQECGV +# QDTTTNNRYPRNLDTKNSSNTQSNDAKETSNDKKKPHIKKPLNAFMLYMKEMRAKVVAECTLKESAAINQILGRRWHALGREEQAKYYELARRERQLH +# MQMYPDWSSRTNASRGKKRKRKQDTNDGGNNMKKCRARFGLDQQNQWCKPCRRKKKCIRYMEALNENGPTEDGSGIDEHGSQLSDDDDDDYDDDKLGG +# SCGSADESCLSGLSSLQSPSTTMSLASPLNMNTNTATNALLIVNADPPTSQQRPTSVSTSGSSSGSTSSISTTPNTSSTVSPVTAKMIEPTMLSVSTH +# AVNSTECHKGSDPQANASVKTTSAGASETGVISVS] +# end gene contig4.g6 +### +# +# ----- prediction on sequence number 5 (length = 50018, name = contig5) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 5 on both strands +# start gene contig5.g7 +contig5 AUGUSTUS gene 43345 45058 0.19 - . ID=contig5.g7 +contig5 AUGUSTUS transcript 43345 45058 0.19 - . ID=contig5.g7.t1;Parent=contig5.g7 +contig5 AUGUSTUS CDS 43345 44665 0.2 - 1 ID=contig5.g7.t1.cds;Parent=contig5.g7.t1 +contig5 AUGUSTUS CDS 44724 44948 0.88 - 1 ID=contig5.g7.t1.cds;Parent=contig5.g7.t1 +contig5 AUGUSTUS CDS 45006 45058 0.94 - 0 ID=contig5.g7.t1.cds;Parent=contig5.g7.t1 +contig5 AUGUSTUS start_codon 45056 45058 . - 0 Parent=contig5.g7.t1 +# coding sequence = [atggaactaaaacccgataatgtccccattgcccgaccccgggtgcaactagggttcctcgtatcatttttagtagacg +# cacgtggtggatcaatgcgcggatatcggcacagtggcgtgagaataatcgttcccccaaaggcctgtgctgaacccacaagactaacatgtcgttat +# gttaaaccgcatagggtagtcaaccctcctcctttaatggagggggaagcacttgtgagtcgtatattggaaatgtcacctgttgatggaattttttt +# aagtccgatcactctagaagttcctcatttcggcacccttagagaaaacgagcgcgaaattattatactgcgttccgacgacggagaaagttggcgag +# agcataacctatacgaaagtgagggaaatataaacgatttttataaaggcgaacacgttggcgactttaatcaaatggatgaattacatacagatcgt +# atcgttcgaatagtaacgcaaaacataccgcacttttttgctgttgtttcacgtgttcgtcaagaagtccacgctatcggacctgatggtggcacagt +# tttctctacagcagtaccgcaggttcaagctatatttccacctcatgccttgaccaagaaaattcgagtcggccttcaggcacagccggtggacttgg +# ttggatgttctaagctgcttggccaaggtgttgctgtctcaccaatagtcactgtggaaccacgccgaagaaaatttcataaggcaattacacttagt +# attcctgctccaaaagcttgtaccaaaagtatggttaatgcatgctacggtaatggaaattcgaattcgcctactcttagactactgtgttccattac +# cggtggtcaaacgcgtgcaacttgggaggatgttactggatcaactccgctttcttttgttaaagatagtattacatttacaactacagtttcagccc +# gtttttggctgatggattgtcgcaatgttgtagacgccggacgaatggcaagcgaactttacagtcatttgaccaaagttccttttcttgtaaagttt +# gttgtcttcgctaaacgtctctctaaaatagaagcaaaattttcagtgttttgtatgacagatgataaagaggacaagacgcttgaacaacaggaata +# ctttacagaggttgcaaaaagtagggatattgaagtattgcaggatcaaaatatatacctagaatttgctggtagtatcgtccctgttttaaaaaccg +# gtgagcaacttagtaccaaattccaagcattttgcgaaaatcgtctctcatttattgctcatattaaagatccagaatttccacaaggtcgtatctgt +# tttatgaccaatccaaaggctgggcctgatgaattgccacagaatcctctttgtactttgaatgtgtcagtagatttaaaaactatgacaaagcatct +# ggaaaacataaatgagagtgtgagtttgagtggtaacatgaactataatgatctgctaagttcagaaaaaagaacagaaacagcgccgtctgagaaag +# atataaaaaaattgattttaccggagtttataagaaattcagcgaaatga] +# protein sequence = [MELKPDNVPIARPRVQLGFLVSFLVDARGGSMRGYRHSGVRIIVPPKACAEPTRLTCRYVKPHRVVNPPPLMEGEALV +# SRILEMSPVDGIFLSPITLEVPHFGTLRENEREIIILRSDDGESWREHNLYESEGNINDFYKGEHVGDFNQMDELHTDRIVRIVTQNIPHFFAVVSRV +# RQEVHAIGPDGGTVFSTAVPQVQAIFPPHALTKKIRVGLQAQPVDLVGCSKLLGQGVAVSPIVTVEPRRRKFHKAITLSIPAPKACTKSMVNACYGNG +# NSNSPTLRLLCSITGGQTRATWEDVTGSTPLSFVKDSITFTTTVSARFWLMDCRNVVDAGRMASELYSHLTKVPFLVKFVVFAKRLSKIEAKFSVFCM +# TDDKEDKTLEQQEYFTEVAKSRDIEVLQDQNIYLEFAGSIVPVLKTGEQLSTKFQAFCENRLSFIAHIKDPEFPQGRICFMTNPKAGPDELPQNPLCT +# LNVSVDLKTMTKHLENINESVSLSGNMNYNDLLSSEKRTETAPSEKDIKKLILPEFIRNSAK] +# end gene contig5.g7 +### +# +# ----- prediction on sequence number 6 (length = 40015, name = contig6) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 6 on both strands +# start gene contig6.g8 +contig6 AUGUSTUS gene 13336 15049 0.08 - . ID=contig6.g8 +contig6 AUGUSTUS transcript 13336 15049 0.08 - . 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ID=contig7.g9.t1;Parent=contig7.g9 +contig7 AUGUSTUS CDS 3332 4652 0.41 - 1 ID=contig7.g9.t1.cds;Parent=contig7.g9.t1 +contig7 AUGUSTUS CDS 4711 4935 0.85 - 1 ID=contig7.g9.t1.cds;Parent=contig7.g9.t1 +contig7 AUGUSTUS CDS 4993 5045 0.52 - 0 ID=contig7.g9.t1.cds;Parent=contig7.g9.t1 +contig7 AUGUSTUS start_codon 5043 5045 . - 0 Parent=contig7.g9.t1 +# coding sequence = [atggaactaaaacccgataatgtccccattgcccgaccccgggtgcaactagggttcctcgtatcatttttagtagacg +# cacgtggtggatcaatgcgcggatatcggcacagtggcgtgagaataatcgttcccccaaaggcctgtgctgaacccacaagactaacatgtcgttat +# gttaaaccgcatagggtagtcaaccctcctcctttaatggagggggaagcacttgtgagtcgtatattggaaatgtcacctgttgatggaattttttt +# aagtccgatcactctagaagttcctcatttcggcacccttagagaaaacgagcgcgaaattattatactgcgttccgacgacggagaaagttggcgag +# agcataacctatacgaaagtgagggaaatataaacgatttttataaaggcgaacacgttggcgactttaatcaaatggatgaattacatacagatcgt +# atcgttcgaatagtaacgcaaaacataccgcacttttttgctgttgtttcacgtgttcgtcaagaagtccacgctatcggacctgatggtggcacagt +# tttctctacagcagtaccgcaggttcaagctatatttccacctcatgccttgaccaagaaaattcgagtcggccttcaggcacagccggtggacttgg +# ttggatgttctaagctgcttggccaaggtgttgctgtctcaccaatagtcactgtggaaccacgccgaagaaaatttcataaggcaattacacttagt +# attcctgctccaaaagcttgtaccaaaagtatggttaatgcatgctacggtaatggaaattcgaattcgcctactcttagactactgtgttccattac +# cggtggtcaaacgcgtgcaacttgggaggatgttactggatcaactccgctttcttttgttaaagatagtattacatttacaactacagtttcagccc +# gtttttggctgatggattgtcgcaatgttgtagacgccggacgaatggcaagcgaactttacagtcatttgaccaaagttccttttcttgtaaagttt +# gttgtcttcgctaaacgtctctctaaaatagaagcaaaattttcagtgttttgtatgacagatgataaagaggacaagacgcttgaacaacaggaata +# ctttacagaggttgcaaaaagtagggatattgaagtattgcaggatcaaaatatatacctagaatttgctggtagtatcgtccctgttttaaaaaccg +# gtgagcaacttagtaccaaattccaagcattttgcgaaaatcgtctctcatttattgctcatattaaagatccagaatttccacaaggtcgtatctgt +# tttatgaccaatccaaaggctgggcctgatgaattgccacagaatcctctttgtactttgaatgtgtcagtagatttaaaaactatgacaaagcatct +# ggaaaacataaatgagagtgtgagtttgagtggtaacatgaactataatgatctgctaagttcagaaaaaagaacagaaacagcgccgtctgagaaag +# atataaaaaaattgattttaccggagtttataagaaattcagcgaaatga] +# protein sequence = [MELKPDNVPIARPRVQLGFLVSFLVDARGGSMRGYRHSGVRIIVPPKACAEPTRLTCRYVKPHRVVNPPPLMEGEALV +# SRILEMSPVDGIFLSPITLEVPHFGTLRENEREIIILRSDDGESWREHNLYESEGNINDFYKGEHVGDFNQMDELHTDRIVRIVTQNIPHFFAVVSRV +# RQEVHAIGPDGGTVFSTAVPQVQAIFPPHALTKKIRVGLQAQPVDLVGCSKLLGQGVAVSPIVTVEPRRRKFHKAITLSIPAPKACTKSMVNACYGNG +# NSNSPTLRLLCSITGGQTRATWEDVTGSTPLSFVKDSITFTTTVSARFWLMDCRNVVDAGRMASELYSHLTKVPFLVKFVVFAKRLSKIEAKFSVFCM +# TDDKEDKTLEQQEYFTEVAKSRDIEVLQDQNIYLEFAGSIVPVLKTGEQLSTKFQAFCENRLSFIAHIKDPEFPQGRICFMTNPKAGPDELPQNPLCT +# LNVSVDLKTMTKHLENINESVSLSGNMNYNDLLSSEKRTETAPSEKDIKKLILPEFIRNSAK] +# end gene contig7.g9 +### +# start gene contig7.g10 +contig7 AUGUSTUS gene 38941 46896 0.08 + . ID=contig7.g10 +contig7 AUGUSTUS transcript 38941 46896 0.08 + . ID=contig7.g10.t1;Parent=contig7.g10 +contig7 AUGUSTUS start_codon 38941 38943 . + 0 Parent=contig7.g10.t1 +contig7 AUGUSTUS CDS 38941 39182 0.69 + 0 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 +contig7 AUGUSTUS CDS 39248 39354 0.65 + 1 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 +contig7 AUGUSTUS CDS 39978 40351 0.32 + 2 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 +contig7 AUGUSTUS CDS 40423 40623 0.3 + 0 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 +contig7 AUGUSTUS CDS 44971 46896 0.35 + 0 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 +# coding sequence = [atgaacgtaagcggatatcgtcgttcccatatacgaactgcaatttgctgggcctgtattattttaactggtggcctac +# tacgcctcgtcttacattggtggcgtcatttgtatctatatgccacatgctctcgatgtcccttggaggaggcagaacaagttttggtaaccgaggat +# tatcaaggaaagcacaaggtgtaccacgtaaagcaaattcgagtacttactgcgaaccactttgaggccctattgaaaaaggaacggccggacgcaga +# actcatgaatgtagggagtgatgcagaacacgccgtgcaactatcggttcatttcacctcagcgcaattcaaaaggtgtactatgcagtgcgatgcag +# tattactatcaggaaattgcattttagatgagtctatgcttaccggcgaaagtgtgccagtcacgaaaactcctttaccatcaaagcgtgacatgata +# tttgataaaaccgaacatgccaggcatacacttttttgtgggacaaaggtcattcagactcgctatattggatcaaaaaaagtattggcgttcgtaat +# aaacactggaaacataacagctaagggagaactaatacgatctattctttatcccccacctgttgactacaaatttgagcaagattcctataaattta +# ttcagttcctggcagtaattgcttgtgtcggatttatttatacgcttgtaacaaaaataatgcgtggcacggatcccgtaaaaatagcagtagaatct +# ctggaccttattactatcgtagtcccaccagcactgccagctgcaatgaccgtcggtcgtttctatgcacaaaagcggttaaaggctagtgaaatatt +# ttgcatttcccctcggtccataaatgtagccggaggcataaattgctgctgttttgacaagaccggtactctgacagaagatggacttgatatgtggg +# gggtggtgcccaaatcatcaacaaatcagtttcaaatacctttaaaaaccgtggaccgcctgccttacgatcattttctttttggcatggtaacgtgt +# cactctataacaataatgaacggtatattgatgggggatcctttggatttgaaaatgtttaattctacgggttggacaatagaagattcaaataacat +# accagataatgaaaaatatggtattctttatccaactattttaagacaaccaaggatttgctcttccgacttgagatcatcggattcaaaaaaaaaga +# gtcaaatcagccgtcaatcgtctgtagacgatttattagcaactgttggtatctcgcaaaatcaaaaaaattttgatcatggaattgttcgagaattt +# ccatttacgtcgagtcttcagcgaatgtccgttattactcgttgtctcagcgaccaagtatttaatgtttactgcaaaggttccccagagatgttaca +# gacactttgcacaccgcaaagcctacccgataactattccgaacagctatcgacatttgctaaaagaggataccgaattattgccattgcattcaaac +# ctcttgtgcaaaaaatgaactattcaaaaatacagcgcctatcccgcgaagaggttgaaagcaacttggaatttcttggttttgtggtactcgaaaat +# cgccttaagccagatactgctaaagtaatcaaagcgttaaactcagcaaagattcgaactattatgattactggcgataatattttaactgctatgag +# tgttgcacgtgattgtggtattgtaagtgcatcacaagctgttataacagtgcatgcagatccgcttggaaatagtggaaatatacaaagcaataata +# cagatagcattgttgataagaaaacagccagactctataagctgcagtacacattagatttggggagtaaaatatcttctccatctcttttaacaaca +# aagtgcaatagtaaccatattcccaaggaaaatcgtgaggataaatttagtaccgttggtgatcaaactctgtttcgccttgagtcgacgaattcatt +# agttaacgaatcgagttccagttatgcagaaagtattctgccgacgagcgatagtttggccagtgtaaagaccacagacacatggacccataatgagc +# caacagatgtagatgctgagctaggaataaaccgcactcaggacgaaagctggcgccaacactacatattcgcaatggatggcggaacttggcaaatt +# ataaaagatcactttccagatgaaatggccattcttttaacacggggatcgatttacgcccgaatgtcacccgatcagaaacaggcactagttataga +# acttcaaaatttggactactgtgttgccatgtgcggtgatggtgccaacgattgcggtgcgctaaaggtggctcatgctggtatttcgctaagtgaga +# ccgaagcatccattgcgtcgccctttacttcacgtaatcccacgatttcggctgttttaaaagttattaaggaaggacgtgccgcattagtcacatcc +# tttggaatttttaaatatatggcagcatattcattggttcagtttatatctgttatggttctttattctatcgactcgaatttgacagacaagcagta +# tctttacgtagaccttggacttatatcaatttttgccttcttttttggtaaaactggatcatttgatggaaatttggtcgaacaagtgcctctcagtt +# cattgatatcttctactccattagcatcccttttacttcatctcactgttgtaactggatttcaagtaattggtaaggatattaatagtactagttta +# caaaataaaattcataaacccggttga] +# protein sequence = [MNVSGYRRSHIRTAICWACIILTGGLLRLVLHWWRHLYLYATCSRCPLEEAEQVLVTEDYQGKHKVYHVKQIRVLTAN +# HFEALLKKERPDAELMNVGSDAEHAVQLSVHFTSAQFKRCTMQCDAVLLSGNCILDESMLTGESVPVTKTPLPSKRDMIFDKTEHARHTLFCGTKVIQ +# TRYIGSKKVLAFVINTGNITAKGELIRSILYPPPVDYKFEQDSYKFIQFLAVIACVGFIYTLVTKIMRGTDPVKIAVESLDLITIVVPPALPAAMTVG +# RFYAQKRLKASEIFCISPRSINVAGGINCCCFDKTGTLTEDGLDMWGVVPKSSTNQFQIPLKTVDRLPYDHFLFGMVTCHSITIMNGILMGDPLDLKM +# FNSTGWTIEDSNNIPDNEKYGILYPTILRQPRICSSDLRSSDSKKKSQISRQSSVDDLLATVGISQNQKNFDHGIVREFPFTSSLQRMSVITRCLSDQ +# VFNVYCKGSPEMLQTLCTPQSLPDNYSEQLSTFAKRGYRIIAIAFKPLVQKMNYSKIQRLSREEVESNLEFLGFVVLENRLKPDTAKVIKALNSAKIR +# TIMITGDNILTAMSVARDCGIVSASQAVITVHADPLGNSGNIQSNNTDSIVDKKTARLYKLQYTLDLGSKISSPSLLTTKCNSNHIPKENREDKFSTV +# GDQTLFRLESTNSLVNESSSSYAESILPTSDSLASVKTTDTWTHNEPTDVDAELGINRTQDESWRQHYIFAMDGGTWQIIKDHFPDEMAILLTRGSIY +# ARMSPDQKQALVIELQNLDYCVAMCGDGANDCGALKVAHAGISLSETEASIASPFTSRNPTISAVLKVIKEGRAALVTSFGIFKYMAAYSLVQFISVM +# VLYSIDSNLTDKQYLYVDLGLISIFAFFFGKTGSFDGNLVEQVPLSSLISSTPLASLLLHLTVVTGFQVIGKDINSTSLQNKIHKPG] +# end gene contig7.g10 +### +# +# ----- prediction on sequence number 8 (length = 35012, name = contig8) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 8 on both strands +# start gene contig8.g11 +contig8 AUGUSTUS gene 8930 26669 0.02 + . 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[MNVSGYRRSHIRTAICWACIILTGGLLRLVLHWWRHLYLYATCSRCPLEEAEQVLVTEDYQGKHKVYHVKQIRVLTAN +# HFEALLKKERPDAELMNVGSDAEHAVQLSVHFTSAQFKRCTMQCDAVLLSGNCILDESMLTGESVPVTKTPLPSKRDMIFDKTEHARHTLFCGTKVIQ +# TRYIGSKKVLAFVINTGNITAKGELIRSILYPPPVDYKFEQDSYKFIQFLAVIACVGFIYTLVTKIMRGTDPVKIAVESLDLITIVVPPALPAAMTVG +# RFYAQKRLKASEIFCISPRSINVAGGINCCCFDKTGTLTEDGLDMWGVVPKSSTNQFQIPLKTVDRLPYDHFLFGMVTCHSITIMNGILMGDPLDLKM +# FNSTGWTIEDSNNIPDNEKYGILYPTILRQPRICSSDLRSSDSKKKSQISRQSSVDDLLATVGISQNQKNFDHGIVREFPFTSSLQRMSVITRCLSDQ +# VFNVYCKGSPEMLQTLCTPQSLPDNYSEQLSTFAKRGYRIIAIAFKPLVQKMNYSKIQRLSREEVESNLEFLGFVVLENRLKPDTAKVIKALNSAKIR +# TIMITGDNILTAMSVARDCGIVSASQAVITVHADPLGNSGNIQSNNTDSIVDKKTARLYKLQYTLDLGSKISSPSLLTTKCNSNHIPKENREDKFSTV +# GDQTLFRLESTNSLVNESSSSYAESILPTSDSLASVKTTDTWTHNEPTDVDAELGINRTQDESWRQHYIFAMDGGTWQIIKDHFPDEMAILLTRGSIY +# ARMSPDQKQALVIELQNLDYCVAMCGDGANDCGALKVAHAGISLSETEASIASPFTSRNPTISAVLKVIKEGRAALVTSFGIFKYMAAYSLVQFISVM +# VLYSIDSNLTDKQYLYVDLGLISIFAFFFGKTGSFDGNLVEQVPLSSLISSTPLASLLLHLTVVTGFQVIDSWAFTEVDDDDMLIVKYADDTAVMVRS +# 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ID=contig10.g14 +contig10 AUGUSTUS transcript 21687 22382 0.44 - . ID=contig10.g14.t1;Parent=contig10.g14 +contig10 AUGUSTUS CDS 21687 22382 0.44 - 0 ID=contig10.g14.t1.cds;Parent=contig10.g14.t1 +contig10 AUGUSTUS start_codon 22380 22382 . - 0 Parent=contig10.g14.t1 +# coding sequence = [atggtggtgatgacgttcggagcggcttgttcgccgtgctcagtgaagaccataaatccttcaagatacgtccaagcag +# aacattgcgcggtgcaggccatcagtgcgtatcactggcacccagcgacggatgactttaaattcagcgtaaaataccaccaagaccaccaagagcaa +# attcttaagtctagctatgacgacattcgacccgataggattcttgagcttcttcatggtaaccgccaaattgctgatgaacgaggtttggaggagag +# gagtttaatgagacgagccgctgataagttagccaaagcgtttgagaactggaggcttgaaatgaattacgtgagcgatttccgctgtccactctact +# tctttggcacgggatgcgtacgtgaactgcagctacatttgtttgtggactccagccgatcggcgttcgcagcagttgcattttgtagggcgacttat +# gacgacaatgatgtgccgtcttacttcatgtgttccaagacgaaatgcttcccgatgaactatcccacgcctggagctccaagcagccgtattaggaa +# ccaggcagacggtcaggttcatacgatcctaatcctcaggtttatacgacggtgtcgtggattaaaggacgagtgtgaggtcgaggtcttacagcttc +# tgagtgcttggaggcagaacggaaactga] +# protein sequence = [MVVMTFGAACSPCSVKTINPSRYVQAEHCAVQAISAYHWHPATDDFKFSVKYHQDHQEQILKSSYDDIRPDRILELLH +# GNRQIADERGLEERSLMRRAADKLAKAFENWRLEMNYVSDFRCPLYFFGTGCVRELQLHLFVDSSRSAFAAVAFCRATYDDNDVPSYFMCSKTKCFPM +# NYPTPGAPSSRIRNQADGQVHTILILRFIRRCRGLKDECEVEVLQLLSAWRQNGN] +# end gene contig10.g14 +### +# +# ----- prediction on sequence number 11 (length = 35013, name = contig11) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 11 on both strands +# start gene contig11.g15 +contig11 AUGUSTUS gene 682 1377 0.49 - . ID=contig11.g15 +contig11 AUGUSTUS transcript 682 1377 0.49 - . ID=contig11.g15.t1;Parent=contig11.g15 +contig11 AUGUSTUS CDS 682 1377 0.49 - 0 ID=contig11.g15.t1.cds;Parent=contig11.g15.t1 +contig11 AUGUSTUS start_codon 1375 1377 . - 0 Parent=contig11.g15.t1 +# coding sequence = [atggtggtgatgacgttcggagcggcttgttcgccgtgctcagtgaagaccataaatccttcaagatacgtccaagcag +# aacattgcgcggtgcaggccatcagtgcgtatcactggcacccagcgacggatgactttaaattcagcgtaaaataccaccaagaccaccaagagcaa +# attcttaagtctagctatgacgacattcgacccgataggattcttgagcttcttcatggtaaccgccaaattgctgatgaacgaggtttggaggagag +# gagtttaatgagacgagccgctgataagttagccaaagcgtttgagaactggaggcttgaaatgaattacgtgagcgatttccgctgtccactctact +# tctttggcacgggatgcgtacgtgaactgcagctacatttgtttgtggactccagccgatcggcgttcgcagcagttgcattttgtagggcgacttat +# gacgacaatgatgtgccgtcttacttcatgtgttccaagacgaaatgcttcccgatgaactatcccacgcctggagctccaagcagccgtattaggaa +# ccaggcagacggtcaggttcatacgatcctaatcctcaggtttatacgacggtgtcgtggattaaaggacgagtgtgaggtcgaggtcttacagcttc +# tgagtgcttggaggcagaacggaaactga] +# protein sequence = [MVVMTFGAACSPCSVKTINPSRYVQAEHCAVQAISAYHWHPATDDFKFSVKYHQDHQEQILKSSYDDIRPDRILELLH +# GNRQIADERGLEERSLMRRAADKLAKAFENWRLEMNYVSDFRCPLYFFGTGCVRELQLHLFVDSSRSAFAAVAFCRATYDDNDVPSYFMCSKTKCFPM +# NYPTPGAPSSRIRNQADGQVHTILILRFIRRCRGLKDECEVEVLQLLSAWRQNGN] +# end gene contig11.g15 +### +# +# ----- prediction on sequence number 12 (length = 56019, name = contig12) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 12 on both strands +# start gene contig12.g16 +contig12 AUGUSTUS gene 11355 43960 0.01 - . ID=contig12.g16 +contig12 AUGUSTUS transcript 11355 43960 0.01 - . ID=contig12.g16.t1;Parent=contig12.g16 +contig12 AUGUSTUS CDS 11355 11375 0.49 - 0 ID=contig12.g16.t1.cds;Parent=contig12.g16.t1 +contig12 AUGUSTUS CDS 11608 11710 0.88 - 1 ID=contig12.g16.t1.cds;Parent=contig12.g16.t1 +contig12 AUGUSTUS CDS 11851 11866 0.34 - 2 ID=contig12.g16.t1.cds;Parent=contig12.g16.t1 +contig12 AUGUSTUS CDS 15468 16080 0.24 - 0 ID=contig12.g16.t1.cds;Parent=contig12.g16.t1 +contig12 AUGUSTUS CDS 20121 20293 0.61 - 2 ID=contig12.g16.t1.cds;Parent=contig12.g16.t1 +contig12 AUGUSTUS CDS 20564 20662 0.67 - 2 ID=contig12.g16.t1.cds;Parent=contig12.g16.t1 +contig12 AUGUSTUS CDS 28341 28409 0.33 - 2 ID=contig12.g16.t1.cds;Parent=contig12.g16.t1 +contig12 AUGUSTUS CDS 33475 33622 0.51 - 0 ID=contig12.g16.t1.cds;Parent=contig12.g16.t1 +contig12 AUGUSTUS CDS 38609 42222 0.43 - 2 ID=contig12.g16.t1.cds;Parent=contig12.g16.t1 +contig12 AUGUSTUS CDS 43900 43960 0.66 - 0 ID=contig12.g16.t1.cds;Parent=contig12.g16.t1 +contig12 AUGUSTUS start_codon 43958 43960 . - 0 Parent=contig12.g16.t1 +# coding sequence = [atgcctaaaacaagccagaactttcgaatcaaggttaaaaagcgatattattcagaaagagtccccaaccttttaaaaa +# aatcaaatggaggacaactaccaacaataccaatgtaccctggtgatattccatcttattctccgccgtctcgagcattctttacaccgccacttccg +# ccggagtatcaaaacccttttgctgacaagcctaccttgcgtggaaccaataatgagggtctaattgcaattaataggcgtccgatcccaccccctag +# tttgatgcctagtcaagatcggatcccaattcgaccaccagatctgggtggcaatagtaacgatgctattgtcaatccattagcggatttaagttacg +# ctaattctggttttgatgaaaagcactctcttgattctagtggagctgtgcctgatgtgtccacaacagatcgtaaaaaagctctcaatacaccggca +# cgtgccagcggcgaagacgtattaaacgaaaaggcaaacagggtaaagggacacggctctcttgaaccagatgccaatgatcctagtaagagacaaga +# agttttacccaatataagacgtattctgggatcaaatggaaagaacagtgatataccagctgtgttgttaaagcaagttactcagcgaccccaaataa +# acatgcgccaaccgccgtcttcgccagttgtactgattgaaaagcctttaacgaacgaggaaaaaacagatgctgatggatcctccatggttagtcct +# aatattaatcagagcaagtaccaccctggtcagttggactactacgacaattctaatcagactataggaaccacaccatcagcagctgctgctattgg +# 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tctgtttgtactactggccgcccttcaaatattcggtgccatatgtatttcatcgtctcgtcaaaataatatagtagatgtcgactggcttcaatggg +# gatatcagttctctctacgtcttatagagatagcgataattactttaatatcgtgggtaactgggcttaaaaccagtgccgggcatgatacattaaat +# gctgtaaatgtggatgttcgaatggttggttccggagtgggacctatgggtgcgtatagcccggaaaatggcggctcaactaacaatgccatcagaga +# aaaaaatgttggaaacggcaccggcactcacaactcaaatatgacaaatttttttctgccgtgcacgtcaagctctagtcaggagcaatttgaaggcg +# actatccagctatttgcaatgctaataccaatcttcatacatacacaatgcgcacaggtaaactaatatatgacgacagctatgccctgaattctata +# gggcccacacccactggatcttcaaacagtcgcccctgcgaatatcaactgcaggagcctatgtatcagaggccttatgatacgggttcaattggaag +# tgctgtaaatagtcagaacgggacagattatggaaataaagctactcagaactacaagcaacaacatcaaatgcactttcacgagcagcccacgtata +# tgagtacagactacatgacggatgctgcatcagaccattacgaaaatccgaattttaatttgcgaaccgctaacagtacaaaagctgaacaaatgcaa +# aaagaaatgtatgataataatggagttggttctaccttaggatccggatctacacagcaccaagtggtacttttgaaaaatgacaattgctattctga +# accacatgagcaggaaaacaagaggtatgaatttaacatctttgagcgtcctgtgtttaaagacaaatcaggtcacaacatacagtccaacagtgact +# gctttgaagaccgtcaaaagataacgaatggtcgagtatgtgaaaggaaatttgctggtaatgggacgctggaacgtaatttttacgaaaacaagcat +# cccgagcgccgcagttctaactccaaaaattcctgctcctcatcaaatggaggagggcgatatgcaagctatagttcgtatgagcgcggatttttcaa +# cggcgtttgtaagagtggaactttaggcagtattgctggtggtggaataacattgagcggagctgttccaggtcgtagtctagaagtaccaagtcctc +# ctactggatctcaacgaataatagccaatggagcacagacgttagggatatcagatagagacagagcccaatattatcagagagtaagtggacgtact +# tccaatttaagatcattgcaggatggtactggaactgacagttttacaagtgtacccgtaaggcagcatcaactaaaaccgttatcgtatgagcataa +# ttcggaagatgaagaagaagaggaggaagacgatataatatcaggaagcaatgtagagtgtaccaacttgataaacaacgataatggttctgtcattg +# ccgatgacagcgctccatcttctatttccattattggcaaaacgtcattatataccagcacagcagcaactaaaaatttgtcgaatgacccgctttta +# catgcaaatgtaaacgcacaactgaatattcaaaatactggaaagcttcgttctgagttgtgcactgcctcatcagcttcggttgcttctgcatcttc +# 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LTHLFAQSYFVCIHLILILTCIMRIFFLCFDAYNVHGSFNIFSSELLLNLPSTFLTVAFSVLMLFLFLKSLNHKNNRYSALIRPLTVIVGCGVHVVLC +# ITLHYVESYTLKNHHLYFQQQQQQQYFRRQHLHNQQGQLIATITPSAILPPPPRVLTLICQIIYIFICLSLGLLYLYLYRILKRILRSKSQNYIHGYQ +# NLSYAIHITIATALLFVLLAALQIFGAICISSSRQNNIVDVDWLQWGYQFSLRLIEIAIITLISWVTGLKTSAGHDTLNAVNVDVRMVGSGVGPMGAY +# SPENGGSTNNAIREKNVGNGTGTHNSNMTNFFLPCTSSSSQEQFEGDYPAICNANTNLHTYTMRTGKLIYDDSYALNSIGPTPTGSSNSRPCEYQLQE +# PMYQRPYDTGSIGSAVNSQNGTDYGNKATQNYKQQHQMHFHEQPTYMSTDYMTDAASDHYENPNFNLRTANSTKAEQMQKEMYDNNGVGSTLGSGSTQ +# HQVVLLKNDNCYSEPHEQENKRYEFNIFERPVFKDKSGHNIQSNSDCFEDRQKITNGRVCERKFAGNGTLERNFYENKHPERRSSNSKNSCSSSNGGG +# RYASYSSYERGFFNGVCKSGTLGSIAGGGITLSGAVPGRSLEVPSPPTGSQRIIANGAQTLGISDRDRAQYYQRVSGRTSNLRSLQDGTGTDSFTSVP +# VRQHQLKPLSYEHNSEDEEEEEEDDIISGSNVECTNLINNDNGSVIADDSAPSSISIIGKTSLYTSTAATKNLSNDPLLHANVNAQLNIQNTGKLRSE +# LCTASSASVASASSNSCTTSSASDSMLVADQGFLRFRSIEDQNSAQNGNNLDGERAAISSLRLKSCSATNRRMSIAQELLDDVNDDPDLLKRVITGDE +# 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ID=contig12.g17 +contig12 AUGUSTUS transcript 51846 54525 0.42 + . 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ID=contig13.g18.t1;Parent=contig13.g18 +contig13 AUGUSTUS start_codon 5833 5835 . + 0 Parent=contig13.g18.t1 +contig13 AUGUSTUS CDS 5833 5864 0.99 + 0 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 +contig13 AUGUSTUS CDS 5926 6048 0.94 + 1 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 +contig13 AUGUSTUS CDS 8287 8491 0.58 + 1 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 +contig13 AUGUSTUS CDS 8553 8681 0.61 + 0 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 +contig13 AUGUSTUS CDS 11775 11852 0.66 + 0 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 +contig13 AUGUSTUS CDS 11914 12134 0.55 + 0 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 +contig13 AUGUSTUS CDS 21090 21375 0.7 + 1 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 +# coding sequence = [atggatccgttcgatgtttcagataggaacagctggtactttggtcccatgtcccgacaagaagccactgaagtattaa +# tgaatgagcgtgaacgaggggtatttttggttcgcgacagtaactcaatagcaggggattacgtcctttgcgtaagagaagatacaaaagttagcaac +# tacatcattaacaaagttcaacaacaggatcacttcgtttaccgcataggggatcaatcttttgataatctaccgaaactattaacattttacacact +# tcattacttggatacaacccctctaagaagacctgctctcaaaaaagaggaaaaagttataggaaagttcgattttcatggcagcgaccaagatgatc +# tgccgtttcaaagaggtgaaattcttactgtaattcgaaaagacgaagatcaatggtggactgcccgaaattcgtctgggaaaattgggcaaataccg +# gttccttatatatgtcggcatgatgatgatgaagatccccttaaaaatgttgacttaaattttcgtggaagcacactaaagaggacggatttaaaccg +# aaaactgcctgcatacgcccgcgtaaaacagtcaagagttccaaacgcctatgataagactgcattgaaattggaaattggtgatataattaaagtca +# ctaaaacaaatattaatggacaatgggagggggaattaaatggaagaaatggtcacttcccattcacgcacgttgaatttgtcgatgattgtgattta +# ggcaataactccacagaaatacgaagtgactcgggaagaaatgtgccaattcggcgtcacttctcggagtcacttcggcgaaacttccaaaatcattt +# cggcgatatcgcattcggatcgcagaaacgactaccgtcgggaaaaaaatttgcctcttcggcggcccttgtcgaagtcacgaagacacttccaggag +# ttacttttgcgacacttcttgaagtgacttcggtgacacttccaggagacttttctttccgacgggagtcacttccgaatgcgatatctcgtacgaca +# gttttcaccttttag] +# protein sequence = [MDPFDVSDRNSWYFGPMSRQEATEVLMNERERGVFLVRDSNSIAGDYVLCVREDTKVSNYIINKVQQQDHFVYRIGDQ +# SFDNLPKLLTFYTLHYLDTTPLRRPALKKEEKVIGKFDFHGSDQDDLPFQRGEILTVIRKDEDQWWTARNSSGKIGQIPVPYICRHDDDEDPLKNVDL +# NFRGSTLKRTDLNRKLPAYARVKQSRVPNAYDKTALKLEIGDIIKVTKTNINGQWEGELNGRNGHFPFTHVEFVDDCDLGNNSTEIRSDSGRNVPIRR +# HFSESLRRNFQNHFGDIAFGSQKRLPSGKKFASSAALVEVTKTLPGVTFATLLEVTSVTLPGDFSFRRESLPNAISRTTVFTF] +# end gene contig13.g18 +### +# +# ----- prediction on sequence number 14 (length = 45010, name = contig14) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 14 on both strands +# start gene contig14.g19 +contig14 AUGUSTUS gene 27307 36522 0.16 + . ID=contig14.g19 +contig14 AUGUSTUS transcript 27307 36522 0.16 + . ID=contig14.g19.t1;Parent=contig14.g19 +contig14 AUGUSTUS start_codon 27307 27309 . + 0 Parent=contig14.g19.t1 +contig14 AUGUSTUS CDS 27307 27336 0.34 + 0 ID=contig14.g19.t1.cds;Parent=contig14.g19.t1 +contig14 AUGUSTUS CDS 33374 33489 0.69 + 0 ID=contig14.g19.t1.cds;Parent=contig14.g19.t1 +contig14 AUGUSTUS CDS 34228 34577 0.82 + 1 ID=contig14.g19.t1.cds;Parent=contig14.g19.t1 +contig14 AUGUSTUS CDS 35202 35415 0.67 + 2 ID=contig14.g19.t1.cds;Parent=contig14.g19.t1 +contig14 AUGUSTUS CDS 35658 36522 0.9 + 1 ID=contig14.g19.t1.cds;Parent=contig14.g19.t1 +# coding sequence = [atgtccgtctgtccgtatgctggaggattgctgtacgatacaccgacatcaacttcaagcagtcgggattttttgggtt +# tccatgtgcctcccagtttggatacggtcttattgctggacttgactctgttggaggaaatggaatggcgcgaccgattggccgatttggaaaagaaa +# attagggacctgatagattatcacgacggagctctcgacgcgttggatggaaagatcgtcaaaccggatccattgccaaaaggtgcctcagcagcaga +# tgaaaagcagcacaaggagaagagcgacttttttcgtaaggccaacagctatgcaaaatccatgattaccactgcggtcacggactcggtgtaccaga +# agatcatggacaaggagacagcacacgatacgtgggaagccctgaaaaatcagtttgaagcaacagcgaaagaccaggtattcaggatatgcaacgag +# tttttcgctttctcttggaatccagttttggctgcccaagacaataatccaaatagtcgttttgagtcgttagcaaccgagtgcaccctcaaaataaa +# cgacaatattgtcctcgttggagccagagacgttggaggaacactctacagagcagcgatcgagcccatactttcagaacgaaacgtcgatgtcaacg +# tcgcaacttcaggaacttcaattctccaactctatcacgagaggtttcgatatgggtacatcgtcaagcagaaatcagaggtcaaggacgtgctgcga +# cacatggtttttcacgccaagcaacaagggcacacaattcgagaactcctgagcgacaatggaggagaattcgactgtgcagaagtgagagaaactct +# tcaggaagctggtataacttttcgactcaccgctccgtatactccagaacaaaatagtggtgtcgagagagagaatcgaacgatagtcaaaatggcga +# gaactttcaagtattctaatccagaaataaaatttccagaagcaatttgggccgagttggtcagcacagcagtctacgttctcaataggacgggcaaa +# tcttcgttgaagggtctgagcccttaccaactttggctgggcaagaaaccaagaatcaaacatcttcgaatcgtaggatcgacgtgctacgtacacat +# tccatgccaaaaaaaggagaatatggacgaaaaagctgaaaaagggtacctggtgggttacgagggcgatgagagatatcgtatttacttaccagaga +# agcacaaagtagtcgtgtcgagggacgtaaaatttcaagagaaattcagcaattgtgaaccaggcgtcaacctaccattccaagattttggatccaag +# gacgtcgtagaagacaaggaagaagaagacgtgagcttgcaccagagcaaggacgaggataaggaagaagaagacgcggatttgcacaagagcgagga +# cgaagacacacttcatgagcaagacttgaaagaagacacaaccgaaacaggaagcgaagacaattacgaaaccggagtagaaacaagctttgacgaag +# aaaacaacaagagaaaaccgcaataa] +# protein sequence = [MSVCPYAGGLLYDTPTSTSSSRDFLGFHVPPSLDTVLLLDLTLLEEMEWRDRLADLEKKIRDLIDYHDGALDALDGKI +# VKPDPLPKGASAADEKQHKEKSDFFRKANSYAKSMITTAVTDSVYQKIMDKETAHDTWEALKNQFEATAKDQVFRICNEFFAFSWNPVLAAQDNNPNS +# RFESLATECTLKINDNIVLVGARDVGGTLYRAAIEPILSERNVDVNVATSGTSILQLYHERFRYGYIVKQKSEVKDVLRHMVFHAKQQGHTIRELLSD +# NGGEFDCAEVRETLQEAGITFRLTAPYTPEQNSGVERENRTIVKMARTFKYSNPEIKFPEAIWAELVSTAVYVLNRTGKSSLKGLSPYQLWLGKKPRI +# KHLRIVGSTCYVHIPCQKKENMDEKAEKGYLVGYEGDERYRIYLPEKHKVVVSRDVKFQEKFSNCEPGVNLPFQDFGSKDVVEDKEEEDVSLHQSKDE +# DKEEEDADLHKSEDEDTLHEQDLKEDTTETGSEDNYETGVETSFDEENNKRKPQ] +# end gene contig14.g19 +### +# start gene contig14.g20 +contig14 AUGUSTUS gene 36874 37842 0.96 + . ID=contig14.g20 +contig14 AUGUSTUS transcript 36874 37842 0.96 + . ID=contig14.g20.t1;Parent=contig14.g20 +contig14 AUGUSTUS start_codon 36874 36876 . + 0 Parent=contig14.g20.t1 +contig14 AUGUSTUS CDS 36874 37842 0.96 + 0 ID=contig14.g20.t1.cds;Parent=contig14.g20.t1 +# coding sequence = [atggaaacaatccgctcagtgttgagcgttgcagccaaaaatgatatgtttttggtccagtttgacgtcttgacagctt +# ttctatacggagaattggacgacaaggagatttacatgcaacaacctgagggatacgagcaaggacaggggattgcttgcagattgaagaagagtctc +# tacgggcttaagcaagggccgagatgctggcaagaaggcttcggaggtttcctgcggaaacacaatttcaaggtcagcgaggcagatccatgtctcta +# catcaggaaaagaaatggcaaaaaggttctactcgttgtttacgtagatgacggactcgccgcagcaacagatacgcaagatttggaagaatttttgg +# acgagttaaaatcagagttcaaaattgtctcaaacaaggctgagtgcttcttgggactcgaaatcaagaaacaagaaaatggactaaaaattagtcaa +# caaggatatgccacaaggatattggagcgattcagattctcggattgcaaagctgtttcaaccccacttctcaagaatttggaaattacgacagcaag +# gaaagtatcagagacgactgcgttcccttatcgccaagccatcggagctctcatgtacctcatgcttggaactaggccagacttggctttcagcatcg +# gatttctttcaagaacgcttgaaaatcctacaaaagaaaacattgcacaagtaaagagggttttccgttacatttccggaacaatcaacgttgggata +# gtctatcggaaacagaagaagggaatcctcgaatgctacagcgatgctgactttggtggctgcacgaagactgggagatctacatcagggatcatcat +# catgtttgcctcaggagccatttcatggaaaagtcaaaggcaggccatggtggccatttctactacagaggctgagatcgtagcagccaatgaagctg +# caaaataa] +# protein sequence = [METIRSVLSVAAKNDMFLVQFDVLTAFLYGELDDKEIYMQQPEGYEQGQGIACRLKKSLYGLKQGPRCWQEGFGGFLR +# KHNFKVSEADPCLYIRKRNGKKVLLVVYVDDGLAAATDTQDLEEFLDELKSEFKIVSNKAECFLGLEIKKQENGLKISQQGYATRILERFRFSDCKAV +# STPLLKNLEITTARKVSETTAFPYRQAIGALMYLMLGTRPDLAFSIGFLSRTLENPTKENIAQVKRVFRYISGTINVGIVYRKQKKGILECYSDADFG +# GCTKTGRSTSGIIIMFASGAISWKSQRQAMVAISTTEAEIVAANEAAK] +# end gene contig14.g20 +### +# +# ----- prediction on sequence number 15 (length = 50014, name = contig15) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 15 on both strands +# start gene contig15.g21 +contig15 AUGUSTUS gene 2942 6515 0.26 + . ID=contig15.g21 +contig15 AUGUSTUS transcript 2942 6515 0.26 + . ID=contig15.g21.t1;Parent=contig15.g21 +contig15 AUGUSTUS start_codon 2942 2944 . + 0 Parent=contig15.g21.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 2942 2977 0.74 + 0 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 3367 3482 0.76 + 0 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 4221 4570 0.84 + 1 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 5195 5408 0.57 + 2 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 5651 6515 0.88 + 1 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 +# coding sequence = [atgaaagtaaagaacgcgttgcatcatattttcattctgtacgatacaccgacatcaacttcaagcagtcgggattttt +# tgggtttccatgtgcctcccagtttggatacggtcttattgctggacttgactctgttggaggaaatggaatggcgcgaccgattggccgatttggaa +# aagaaaattagggacctgatagattatcacgacggagctctcgacgcgttggatggaaagatcgtcaaaccggatccattgccaaaaggtgcctcagc +# agcagatgaaaagcagcacaaggagaagagcgacttttttcgtaaggccaacagctatgcaaaatccatgattaccactgcggtcacggactcggtgt +# accagaagatcatggacaaggagacagcacacgatacgtgggaagccctgaaaaatcagtttgaagcaacagcgaaagaccaggtattcaggatatgc +# aacgagtttttcgctttctcttggaatccagttttggctgcccaagacaataatccaaatagtcgttttgagtcgttagcaaccgagtgcaccctcaa +# aataaacgacaatattgtcctcgttggagccagagacgttggaggaacactctacagagcagcgatcgagcccatactttcagaacgaaacgtcgatg +# tcaacgtcgcaacttcaggaacttcaattctccaactctatcacgagaggtttcgatatgggtacatcgtcaagcagaaatcagaggtcaaggacgtg +# ctgcgacacatggtttttcacgccaagcaacaagggcacacaattcgagaactcctgagcgacaatggaggagaattcgactgtgcagaagtgagaga +# aactcttcaggaagctggtataacttttcgactcaccgctccgtatactccagaacaaaatagtggtgtcgagagagagaatcgaacgatagtcaaaa +# tggcgagaactttcaagtattctaatccagaaataaaatttccagaagcaatttgggccgagttggtcagcacagcagtctacgttctcaataggacg +# ggcaaatcttcgttgaagggtctgagcccttaccaactttggctgggcaagaaaccaagaatcaaacatcttcgaatcgtaggatcgacgtgctacgt +# acacattccatgccaaaaaaaggagaatatggacgaaaaagctgaaaaagggtacctggtgggttacgagggcgatgagagatatcgtatttacttac +# cagagaagcacaaagtagtcgtgtcgagggacgtaaaatttcaagagaaattcagcaattgtgaaccaggcgtcaacctaccattccaagattttgga +# tccaaggacgtcgtagaagacaaggaagaagaagacgtgagcttgcaccagagcaaggacgaggataaggaagaagaagacgcggatttgcacaagag +# cgaggacgaagacacacttcatgagcaagacttgaaagaagacacaaccgaaacaggaagcgaagacaattacgaaaccggagtagaaacaagctttg +# acgaagaaaacaacaagagaaaaccgcaataa] +# protein sequence = [MKVKNALHHIFILYDTPTSTSSSRDFLGFHVPPSLDTVLLLDLTLLEEMEWRDRLADLEKKIRDLIDYHDGALDALDG +# KIVKPDPLPKGASAADEKQHKEKSDFFRKANSYAKSMITTAVTDSVYQKIMDKETAHDTWEALKNQFEATAKDQVFRICNEFFAFSWNPVLAAQDNNP +# NSRFESLATECTLKINDNIVLVGARDVGGTLYRAAIEPILSERNVDVNVATSGTSILQLYHERFRYGYIVKQKSEVKDVLRHMVFHAKQQGHTIRELL +# SDNGGEFDCAEVRETLQEAGITFRLTAPYTPEQNSGVERENRTIVKMARTFKYSNPEIKFPEAIWAELVSTAVYVLNRTGKSSLKGLSPYQLWLGKKP +# RIKHLRIVGSTCYVHIPCQKKENMDEKAEKGYLVGYEGDERYRIYLPEKHKVVVSRDVKFQEKFSNCEPGVNLPFQDFGSKDVVEDKEEEDVSLHQSK +# DEDKEEEDADLHKSEDEDTLHEQDLKEDTTETGSEDNYETGVETSFDEENNKRKPQ] +# end gene contig15.g21 +### +# start gene contig15.g22 +contig15 AUGUSTUS gene 6867 7835 0.91 + . ID=contig15.g22 +contig15 AUGUSTUS transcript 6867 7835 0.91 + . ID=contig15.g22.t1;Parent=contig15.g22 +contig15 AUGUSTUS start_codon 6867 6869 . + 0 Parent=contig15.g22.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 6867 7835 0.91 + 0 ID=contig15.g22.t1.cds;Parent=contig15.g22.t1 +# coding sequence = [atggaaacaatccgctcagtgttgagcgttgcagccaaaaatgatatgtttttggtccagtttgacgtcttgacagctt +# ttctatacggagaattggacgacaaggagatttacatgcaacaacctgagggatacgagcaaggacaggggattgcttgcagattgaagaagagtctc +# tacgggcttaagcaagggccgagatgctggcaagaaggcttcggaggtttcctgcggaaacacaatttcaaggtcagcgaggcagatccatgtctcta +# catcaggaaaagaaatggcaaaaaggttctactcgttgtttacgtagatgacggactcgccgcagcaacagatacgcaagatttggaagaatttttgg +# acgagttaaaatcagagttcaaaattgtctcaaacaaggctgagtgcttcttgggactcgaaatcaagaaacaagaaaatggactaaaaattagtcaa +# caaggatatgccacaaggatattggagcgattcagattctcggattgcaaagctgtttcaaccccacttctcaagaatttggaaattacgacagcaag +# gaaagtatcagagacgactgcgttcccttatcgccaagccatcggagctctcatgtacctcatgcttggaactaggccagacttggctttcagcatcg +# gatttctttcaagaacgcttgaaaatcctacaaaagaaaacattgcacaagtaaagagggttttccgttacatttccggaacaatcaacgttgggata +# gtctatcggaaacagaagaagggaatcctcgaatgctacagcgatgctgactttggtggctgcacgaagactgggagatctacatcagggatcatcat +# catgtttgcctcaggagccatttcatggaaaagtcaaaggcaggccatggtggccatttctactacagaggctgagatcgtagcagccaatgaagctg +# caaaataa] +# protein sequence = [METIRSVLSVAAKNDMFLVQFDVLTAFLYGELDDKEIYMQQPEGYEQGQGIACRLKKSLYGLKQGPRCWQEGFGGFLR +# KHNFKVSEADPCLYIRKRNGKKVLLVVYVDDGLAAATDTQDLEEFLDELKSEFKIVSNKAECFLGLEIKKQENGLKISQQGYATRILERFRFSDCKAV +# STPLLKNLEITTARKVSETTAFPYRQAIGALMYLMLGTRPDLAFSIGFLSRTLENPTKENIAQVKRVFRYISGTINVGIVYRKQKKGILECYSDADFG +# GCTKTGRSTSGIIIMFASGAISWKSQRQAMVAISTTEAEIVAANEAAK] +# end gene contig15.g22 +### +# start gene contig15.g23 +contig15 AUGUSTUS gene 18680 42088 0.05 + . ID=contig15.g23 +contig15 AUGUSTUS transcript 18680 42088 0.05 + . ID=contig15.g23.t1;Parent=contig15.g23 +contig15 AUGUSTUS start_codon 18680 18682 . + 0 Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 18680 18703 0.86 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 20847 21365 0.44 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 22142 22216 0.74 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 25912 25977 1 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 26035 26127 0.97 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 28671 28925 0.78 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 29386 29481 0.68 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 31952 32036 0.94 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 36538 36768 0.63 + 2 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 37576 38003 0.64 + 2 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 38052 38166 0.94 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 41530 41966 0.76 + 2 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 42029 42088 0.72 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +# coding sequence = [atggatcccgcttcaaatattgtggaaaatgtagttgaaccaaaaaatgacagtgctggtgtaattcaaatggctcctg +# aaaatattgaccactctatcgaaaatcagagcactacatcaacagatgataaagacgatgccgatttaataattgatgatagcgaatctgatgaatat +# agttcagatagcaaaaaaactgcagatgtagcagaaactgaggatttaattaaggttacagaaactgctaagacctcattgttatcagatgcggatgg +# cacagttgaaataaatgaaaacacagaaatgaaatctgaggaccccatcatagaagccttatctattaaatcagaccaggaaacttcggtttcagcca +# atacaaaagtcgataaaagctccaccgtttcggaggagaatccaaaggtggatgtaatagatgcgaataccataagtgtaatcttacccaatgcttca +# aaagcaaatgttccacaagatacatcaacaattataattgaagacgacgaagttaaaagaactgaagaagtggaagccgatgaacctaaaacatgtga +# actggctgccgaaaactctaaaaatgaagttgcgtcctctattgaaaacgttaatgaatttaaagaagttggtaaaaatgctgttgaagacaaagact +# taaatgtatttaatgagacacagcaaggcaaggaggcggaacaagtcactaaccaatctgaccttttaaatgacgacactacagaaagggatctaaga +# ttgtctagtcaggctgacttcaataaccaaattctggacattatatcggacattgatataaatataaaggcccaggaaaaaataactcaacttaaaga +# gcaagaactgaagcttatacagaaacagaacgaattggcaaatcaaatacatcagcaacaaatcttagctcagcagctgaatgccaaaaatacaaata +# aacaaagtcaatgccaacaacaaaatgcgcgtgatgtactaacactacatcaaaataatttcgtcgttaaatgccgccagtacacacgggtactgaat +# gctctcgaagacaaggcaagtcagcaagaggggtcaaacaatacgaagcttacggtgcctataggtaaagaatccacaaatatatcaaagaacattga +# tttgcgcaaaatatttactcctgcgaccgatgctactgaaatattgcctaaaaataggaatgagagctccagtgacgttgtagatccatataaagaga +# attccgaaacgaattccacattggaacttagaaagttggaaaaaatgccgctaaagcttataatgaacccaaacggaagagtccgtgattataattcg +# ctcaaagatttaattaacgttgaaactggcctgttatcgcctgacaattgcgctgaactaataactgcacttcaacttcatcaaggacgaggtgccga +# actgtttgcaaaacgccgcagaaaggctgataattggatagtcgatgaaaccaatttagagactcaaaatcctccgtctggtattccagattaccagc +# agtatcaacaaaaaccggctacatcaccaaacattttgccagcatattctgatgcaggaaaacatcgcgttcagttgaatattcatcaaaatcagtta +# attgaaaaatattcaaagccaggattgcaggtggttcagtctccttgggatgcagctttacaaactggttcggccagtacggcgtttttggaagataa +# ggatagcaaaagtcaatgtctttcccctgctgccgtatcaccaacaccgtacttccaaagtggtaggagggatataacggatactgtggaacctacgc +# actatagtcctctgaaagattataaaaatgccaatgcttctacaccgcaatcaatcaatgtaccctcgaatccccaaagggatcttgcatatacacca +# gccgttgctcagggctggggaggtcgcaatgtgaaactacctaaaggcttatacgtaccgaaagagatatctctttctagctatgcagcacctccaca +# gcagtacgccggtcacgatgcacattttgagtcgccgaacaatggctctgcttcgcgccctttatcaaggaccaacttttctacataccaaagttctg +# ttggaaataatggaactggccagttcccaatatcaaaggcgttctcacccgaattaggcactgtaccgccaaggcagcagctgtacgcgccgtctagc +# tatcaaagaatacccgcatttgaaaacgtcgcgcctcaggttaactttaaccctgcgcctttgacctttgataaaatggcaagatacgaacaacccaa +# cagaaataattcgactagtgcaagctcacagtatcttaatgtgaaacaaaattcgcgagtgcgtaatgtttcgccaacaccatttggaattatgtgga +# ccattgcctggcaggccaacttctccactatcgaacaaagttccaatctttaa] +# protein sequence = [MDPASNIVENVVEPKNDSAGVIQMAPENIDHSIENQSTTSTDDKDDADLIIDDSESDEYSSDSKKTADVAETEDLIKV +# TETAKTSLLSDADGTVEINENTEMKSEDPIIEALSIKSDQETSVSANTKVDKSSTVSEENPKVDVIDANTISVILPNASKANVPQDTSTIIIEDDEVK +# RTEEVEADEPKTCELAAENSKNEVASSIENVNEFKEVGKNAVEDKDLNVFNETQQGKEAEQVTNQSDLLNDDTTERDLRLSSQADFNNQILDIISDID +# INIKAQEKITQLKEQELKLIQKQNELANQIHQQQILAQQLNAKNTNKQSQCQQQNARDVLTLHQNNFVVKCRQYTRVLNALEDKASQQEGSNNTKLTV +# PIGKESTNISKNIDLRKIFTPATDATEILPKNRNESSSDVVDPYKENSETNSTLELRKLEKMPLKLIMNPNGRVRDYNSLKDLINVETGLLSPDNCAE +# LITALQLHQGRGAELFAKRRRKADNWIVDETNLETQNPPSGIPDYQQYQQKPATSPNILPAYSDAGKHRVQLNIHQNQLIEKYSKPGLQVVQSPWDAA +# LQTGSASTAFLEDKDSKSQCLSPAAVSPTPYFQSGRRDITDTVEPTHYSPLKDYKNANASTPQSINVPSNPQRDLAYTPAVAQGWGGRNVKLPKGLYV +# PKEISLSSYAAPPQQYAGHDAHFESPNNGSASRPLSRTNFSTYQSSVGNNGTGQFPISKAFSPELGTVPPRQQLYAPSSYQRIPAFENVAPQVNFNPA +# PLTFDKMARYEQPNRNNSTSASSQYLNVKQNSRVRNVSPTPFGIMWTIAWQANFSTIEQSSNL] +# end gene contig15.g23 +### +# start gene contig15.g24 +contig15 AUGUSTUS gene 44931 45338 0.66 - . ID=contig15.g24 +contig15 AUGUSTUS transcript 44931 45338 0.66 - . ID=contig15.g24.t1;Parent=contig15.g24 +contig15 AUGUSTUS CDS 44931 45338 0.66 - 0 ID=contig15.g24.t1.cds;Parent=contig15.g24.t1 +contig15 AUGUSTUS start_codon 45336 45338 . - 0 Parent=contig15.g24.t1 +# coding sequence = [atgagcatagctaaagagctgttggatgacgtcaacgacgacccagatttactcaaaagggtcataactggtgacgact +# catgggtatatggttatgatatcgaaaccaaagcccaatcgtcacaatggaagagcccaggtgagccaagaccgaaaaaagcaccccaagttcgatca +# aatgtcaaagttttgatcactgtattcttcgattaccatggcgtggtgcatctggagttcttaccatatggtcgtacggttaataaacagtattatct +# ggaagttatgcgccgtttgcaagaagcaatacgaaagaaacgtccagaattgtggaaaaacaattcatggcttttagatcacgataatgcccctgatc +# actcatctttgcttatgagcgattttttggcctaa] +# protein sequence = [MSIAKELLDDVNDDPDLLKRVITGDDSWVYGYDIETKAQSSQWKSPGEPRPKKAPQVRSNVKVLITVFFDYHGVVHLE +# FLPYGRTVNKQYYLEVMRRLQEAIRKKRPELWKNNSWLLDHDNAPDHSSLLMSDFLA] +# end gene contig15.g24 +### +# +# ----- prediction on sequence number 16 (length = 45017, name = contig16) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 16 on both strands +# start gene contig16.g25 +contig16 AUGUSTUS gene 23971 43623 0.15 + . ID=contig16.g25 +contig16 AUGUSTUS transcript 23971 43623 0.15 + . ID=contig16.g25.t1;Parent=contig16.g25 +contig16 AUGUSTUS start_codon 23971 23973 . + 0 Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 23971 24235 0.79 + 0 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 24335 25126 0.53 + 2 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 26889 27049 0.75 + 2 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 27109 27253 0.91 + 0 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 30805 30886 0.81 + 2 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 38071 38214 0.61 + 1 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 42456 42590 0.98 + 1 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 43033 43110 1 + 1 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 43167 43354 1 + 1 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 43421 43623 0.94 + 2 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +# coding sequence = [atgtcctcggacatgactcttcaaaaagagctcatttgccgtctgaaacttctgtctagttgcattaattttgcacaag +# tgggaattaagttggaaattagcgatttatccgagactatacttgaggacaaagttctattgaaaaaaatctacagcgccctcaagaaacaacaactt +# catcggaccctacattccaaagaaccgaataaaaaaagtgttaacaggtcttcttcattgtctagcctaaaaattggtgaacatgaaaatctcaactg +# tgttataaaaagcatcgagtttccaaacaagtgtcttttgagcgatcaaaaaattgaaagaagcgtgaaaacttgtggaactcaaactagttttattc +# aacttagcgaactaaaaagtttggcggaacagtataagtgtatggttcaaaactgcgataataatttacaagtattccaagaatttgataaacaggat +# ggtttaacttcttcacgctcgacctgtagaaaaagttcgatagacgaagacatttctcagtcagtaagcgatacgattaagcgttatctaaaaatggc +# aagaaagaaaagtgtacaaggttctgactcaaatcgatttaagtcagttaactatgatcaaaatctcaaaaatattaaagcaaagggcgaaattaatc +# caccagcactcaatgatggattgaataaggctgtacaaactttagatgcttggccagttattgcattggattttattaagggaaacgaaagttctata +# tatctgcaaaacgctcacttagaatggataagatctgaagatgaacgagaacagaaacaattagaatggaacaaaaaacaaaaacaaattgataaaga +# agagcatactcctcatgaaatcaataggggaaacgcctcacattattcaacctgcacatctgctcccacatcgccaaccagccattccaagttggaaa +# aagctataaggacttctagcgggttgctttcttcaagttctcagtttatttcgagcattttgcacgggcatagcagtgcaggaagtcagtactcgaat +# cttgggaatgactcagtaaatatgcaaaaatcaaaatcactatctaatgttggacaatttgtaagtaaaaaaatttggggaagtcgtttcaaaagcca +# aagtaaacgcaatttttcgaaaggactaaaggatttgccttctgtaaaatggcatccttcggacaattgtatatggatttccgaagatggcgaaaggt +# ttcaaattgttgatactttattgataaggctgtcgaaaagagaaacagatttagttaaagattttgcattagaaaaaattgaggaactaaatattgga +# aatattgatgcggatatccgaaccggggacctctcgcatcagaggcagatgccataccagttgagctatcgcgtcatgttacgcgcggtcgtgattgt +# agacatgaaaatcatagaggtggattgcctggtggataccggagctgctgtctccatattgagcaacagggtctttgatcaaattccgaacgtcaccc +# ttgagggatgttcgtcaaagctgcgcagattggtaaaaaggaccatgatcaatcactatgaagaaatttttaagatatcagcagaattgcttgatgtt +# atctatacccgagtgatggaagcttgccccgaacagttatacgagttgatatcaatgaaattaaatggatacgaatggaacctaaatcaattagacga +# tccgcagccaagcagtttaggagatgtcatgtttgagcctgcagttcaagaaaaacgcctggatcatattaatcatttaaatggaaatcaagaaaaaa +# agaatgttctaaaaaaatcttctaaaagtagtttaattaatacaaagagatgtcaagaagaaaactttgaaattttcaccgctagtctgaaaatacct +# gtgccggaaaaagcgcacatacatagtaaagagtctatagaatgtagagatgataaaacggcacgccgaagaatttgtcagcctcgaataccaacaga +# cattactacaatgagttcagatgtcgtcgaactggaaaaaaaaacgaaagcagctacatcagatgatatctatcaatcagaattgcgggaaaaggcca +# tttataagcagcagcacttaaaatctagcacaaggccagtaaatcaagggctctaa] +# protein sequence = [MSSDMTLQKELICRLKLLSSCINFAQVGIKLEISDLSETILEDKVLLKKIYSALKKQQLHRTLHSKEPNKKSVNRSSS +# LSSLKIGEHENLNCVIKSIEFPNKCLLSDQKIERSVKTCGTQTSFIQLSELKSLAEQYKCMVQNCDNNLQVFQEFDKQDGLTSSRSTCRKSSIDEDIS +# QSVSDTIKRYLKMARKKSVQGSDSNRFKSVNYDQNLKNIKAKGEINPPALNDGLNKAVQTLDAWPVIALDFIKGNESSIYLQNAHLEWIRSEDEREQK +# QLEWNKKQKQIDKEEHTPHEINRGNASHYSTCTSAPTSPTSHSKLEKAIRTSSGLLSSSSQFISSILHGHSSAGSQYSNLGNDSVNMQKSKSLSNVGQ +# FVSKKIWGSRFKSQSKRNFSKGLKDLPSVKWHPSDNCIWISEDGERFQIVDTLLIRLSKRETDLVKDFALEKIEELNIGNIDADIRTGDLSHQRQMPY +# QLSYRVMLRAVVIVDMKIIEVDCLVDTGAAVSILSNRVFDQIPNVTLEGCSSKLRRLVKRTMINHYEEIFKISAELLDVIYTRVMEACPEQLYELISM +# KLNGYEWNLNQLDDPQPSSLGDVMFEPAVQEKRLDHINHLNGNQEKKNVLKKSSKSSLINTKRCQEENFEIFTASLKIPVPEKAHIHSKESIECRDDK +# TARRRICQPRIPTDITTMSSDVVELEKKTKAATSDDIYQSELREKAIYKQQHLKSSTRPVNQGL] +# end gene contig16.g25 +### +# +# ----- prediction on sequence number 17 (length = 40013, name = contig17) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 17 on both strands +# start gene contig17.g26 +contig17 AUGUSTUS gene 3963 23615 0.14 + . ID=contig17.g26 +contig17 AUGUSTUS transcript 3963 23615 0.14 + . ID=contig17.g26.t1;Parent=contig17.g26 +contig17 AUGUSTUS start_codon 3963 3965 . + 0 Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 3963 4227 0.84 + 0 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 4327 5118 0.47 + 2 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 6881 7041 0.78 + 2 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 7101 7245 0.95 + 0 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 10797 10878 0.81 + 2 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 18063 18206 0.61 + 1 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 22448 22582 1 + 1 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 23025 23102 1 + 1 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 23159 23346 0.98 + 1 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 23413 23615 0.74 + 2 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +# coding sequence = [atgtcctcggacatgactcttcaaaaagagctcatttgccgtctgaaacttctgtctagttgcattaattttgcacaag +# tgggaattaagttggaaattagcgatttatccgagactatacttgaggacaaagttctattgaaaaaaatctacagcgccctcaagaaacaacaactt +# catcggaccctacattccaaagaaccgaataaaaaaagtgttaacaggtcttcttcattgtctagcctaaaaattggtgaacatgaaaatctcaactg +# tgttataaaaagcatcgagtttccaaacaagtgtcttttgagcgatcaaaaaattgaaagaagcgtgaaaacttgtggaactcaaactagttttattc +# aacttagcgaactaaaaagtttggcggaacagtataagtgtatggttcaaaactgcgataataatttacaagtattccaagaatttgataaacaggat +# ggtttaacttcttcacgctcgacctgtagaaaaagttcgatagacgaagacatttctcagtcagtaagcgatacgattaagcgttatctaaaaatggc +# aagaaagaaaagtgtacaaggttctgactcaaatcgatttaagtcagttaactatgatcaaaatctcaaaaatattaaagcaaagggcgaaattaatc +# caccagcactcaatgatggattgaataaggctgtacaaactttagatgcttggccagttattgcattggattttattaagggaaacgaaagttctata +# tatctgcaaaacgctcacttagaatggataagatctgaagatgaacgagaacagaaacaattagaatggaacaaaaaacaaaaacaaattgataaaga +# agagcatactcctcatgaaatcaataggggaaacgcctcacattattcaacctgcacatctgctcccacatcgccaaccagccattccaagttggaaa +# aagctataaggacttctagcgggttgctttcttcaagttctcagtttatttcgagcattttgcacgggcatagcagtgcaggaagtcagtactcgaat +# cttgggaatgactcagtaaatatgcaaaaatcaaaatcactatctaatgttggacaatttgtaagtaaaaaaatttggggaagtcgtttcaaaagcca +# aagtaaacgcaatttttcgaaaggactaaaggatttgccttctgtaaaatggcatccttcggacaattgtatatggatttccgaagatggcgaaaggt +# ttcaaattgttgatactttattgataaggctgtcgaaaagagaaacagatttagttaaagattttgcattagaaaaaattgaggaactaaatattgga +# aatattgatgcggatatccgaaccggggacctctcgcatcagaggcagatgccataccagttgagctatcgcgtcatgttacgcgcggtcgtgattgt +# agacatgaaaatcatagaggtggattgcctggtggataccggagctgctgtctccatattgagcaacagggtctttgatcaaattccgaacgtcaccc +# ttgagggatgttcgtcaaagctgcgcagattggtaaaaaggaccatgatcaatcactatgaagaaatttttaagatatcagcagaattgcttgatgtt +# atctatacccgagtgatggaagcttgccccgaacagttatacgagttgatatcaatgaaattaaatggatacgaatggaacctaaatcaattagacga +# tccgcagccaagcagtttaggagatgtcatgtttgagcctgcagttcaagaaaaacgcctggatcatattaatcatttaaatggaaatcaagaaaaaa +# agaatgttctaaaaaaatcttctaaaagtagtttaattaatacaaagagatgtcaagaagaaaactttgaaattttcaccgctagtctgaaaatacct +# gtgccggaaaaagcgcacatacatagtaaagagtctatagaatgtagagatgataaaacggcacgccgaagaatttgtcagcctcgaataccaacaga +# cattactacaatgagttcagatgtcgtcgaactggaaaaaaaaacgaaagcagctacatcagatgatatctatcaatcagaattgcgggaaaaggcca +# tttataagcagcagcacttaaaatctagcacaaggccagtaaatcaagggctctaa] +# protein sequence = [MSSDMTLQKELICRLKLLSSCINFAQVGIKLEISDLSETILEDKVLLKKIYSALKKQQLHRTLHSKEPNKKSVNRSSS +# LSSLKIGEHENLNCVIKSIEFPNKCLLSDQKIERSVKTCGTQTSFIQLSELKSLAEQYKCMVQNCDNNLQVFQEFDKQDGLTSSRSTCRKSSIDEDIS +# QSVSDTIKRYLKMARKKSVQGSDSNRFKSVNYDQNLKNIKAKGEINPPALNDGLNKAVQTLDAWPVIALDFIKGNESSIYLQNAHLEWIRSEDEREQK +# QLEWNKKQKQIDKEEHTPHEINRGNASHYSTCTSAPTSPTSHSKLEKAIRTSSGLLSSSSQFISSILHGHSSAGSQYSNLGNDSVNMQKSKSLSNVGQ +# FVSKKIWGSRFKSQSKRNFSKGLKDLPSVKWHPSDNCIWISEDGERFQIVDTLLIRLSKRETDLVKDFALEKIEELNIGNIDADIRTGDLSHQRQMPY +# QLSYRVMLRAVVIVDMKIIEVDCLVDTGAAVSILSNRVFDQIPNVTLEGCSSKLRRLVKRTMINHYEEIFKISAELLDVIYTRVMEACPEQLYELISM +# KLNGYEWNLNQLDDPQPSSLGDVMFEPAVQEKRLDHINHLNGNQEKKNVLKKSSKSSLINTKRCQEENFEIFTASLKIPVPEKAHIHSKESIECRDDK +# TARRRICQPRIPTDITTMSSDVVELEKKTKAATSDDIYQSELREKAIYKQQHLKSSTRPVNQGL] +# end gene contig17.g26 +### +# +# ----- prediction on sequence number 18 (length = 40012, name = contig18) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 18 on both strands +# (none) +# +# ----- prediction on sequence number 19 (length = 45013, name = contig19) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 19 on both strands +# start gene contig19.g27 +contig19 AUGUSTUS gene 29061 34294 0.14 + . ID=contig19.g27 +contig19 AUGUSTUS transcript 29061 34294 0.14 + . ID=contig19.g27.t1;Parent=contig19.g27 +contig19 AUGUSTUS start_codon 29061 29063 . + 0 Parent=contig19.g27.t1 +contig19 AUGUSTUS CDS 29061 29126 0.74 + 0 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 +contig19 AUGUSTUS CDS 29277 29928 0.98 + 0 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 +contig19 AUGUSTUS CDS 31020 31348 0.59 + 2 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 +contig19 AUGUSTUS CDS 33803 34126 0.31 + 0 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 +contig19 AUGUSTUS CDS 34184 34294 0.34 + 0 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 +# coding sequence = [atgattattactataaaaaatcttcaacagcaaacttttactattgagtttgcgccagaaaaaacggttttggacctga +# agaaaaaaatattcgacgagcgcggtgcggaatatgttgccgaaaagcagaaactcatttatgcaggcgtcattttgactgatgagcgtactattgga +# tcatacaatgtcgatgaaaagaagttcatagtagtgatgttgacacgcgattcatctagtgtaaagcacaatcaaaattgtccaaaggaaactgagaa +# gttgacaaccactaagaatgtaaagtccccagaaaacttaaacactaataacgcttctgccactgggattacagaagatcagttacctgtcccaacac +# gtgaaacaatagctccagttccaagaccaatttcccgtaacgatttgattggcgagttggccaatgcttccttacagtcgcgcgctgaatctaacttg +# ctaatgggtgacgaatacaaccaaactgttctgtcaatggtggaaatgggttacccccgcgagcaggtggaacgtgcgatggccgctagctacaataa +# cccagaaagagccgttgagtacctcattaatggaatacccgctgaggaggaagctatatataatgttgtggatgaatccacaaatccaagagtaatca +# cctccggacctcaagcgtcatctgtcgatcgtccaccagaatcaaattcagctgaacaggagaaacgtggaagaaagcgatccacttctacaaaattt +# gacacgagccttataaggaagtcgaaaaaggagccattcctttcttcgaaggatcttaaaaactacatgaacgcatccgtaacgagtcgcaccattcg +# caacagactgattgagcacggtttaaaagcgcattcagcaaggagagttccttttatgagcaagaggcatacagaaaggcgactctgctttgccaaaa +# accaccagacccgccagaactggaaaaatgtcctttggtccgatgaaacaaaaattgatttgtttggatctgatggtagaccccatattggtcagaca +# aacccagctcttttacaacttatttctgagaaccaagatgcgtttcttaacatgctaaatcaaccgattgaaagcgaatcagaaacaaatgagtcaga +# agcgcgcggttcaaacgctcgtacgcagtcgaattctgctgagattgaaagcctgttttcgtcagaattggaaggagctgttgcagcacaaagaacag +# ccgctggcggaagtgtgattcaaagagataacgcacataatattgaagatttggaacaaccttcaggagtctcaaccattcgtctaaatcgccaagac +# caggacgcaatagaaaggctgaaagcacttggattcccagaggctcttgtactgcaagcttacttcgcgtgtgaaaaggatgaggaacttgcagctaa +# tttcttactttcttctagctttgatgattag] +# protein sequence = [MIITIKNLQQQTFTIEFAPEKTVLDLKKKIFDERGAEYVAEKQKLIYAGVILTDERTIGSYNVDEKKFIVVMLTRDSS +# SVKHNQNCPKETEKLTTTKNVKSPENLNTNNASATGITEDQLPVPTRETIAPVPRPISRNDLIGELANASLQSRAESNLLMGDEYNQTVLSMVEMGYP +# REQVERAMAASYNNPERAVEYLINGIPAEEEAIYNVVDESTNPRVITSGPQASSVDRPPESNSAEQEKRGRKRSTSTKFDTSLIRKSKKEPFLSSKDL +# KNYMNASVTSRTIRNRLIEHGLKAHSARRVPFMSKRHTERRLCFAKNHQTRQNWKNVLWSDETKIDLFGSDGRPHIGQTNPALLQLISENQDAFLNML +# NQPIESESETNESEARGSNARTQSNSAEIESLFSSELEGAVAAQRTAAGGSVIQRDNAHNIEDLEQPSGVSTIRLNRQDQDAIERLKALGFPEALVLQ +# AYFACEKDEELAANFLLSSSFDD] +# end gene contig19.g27 +### +# +# ----- prediction on sequence number 20 (length = 50014, name = contig20) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 20 on both strands +# start gene contig20.g28 +contig20 AUGUSTUS gene 24058 29291 0.09 + . ID=contig20.g28 +contig20 AUGUSTUS transcript 24058 29291 0.09 + . ID=contig20.g28.t1;Parent=contig20.g28 +contig20 AUGUSTUS start_codon 24058 24060 . + 0 Parent=contig20.g28.t1 +contig20 AUGUSTUS CDS 24058 24123 0.79 + 0 ID=contig20.g28.t1.cds;Parent=contig20.g28.t1 +contig20 AUGUSTUS CDS 24274 24925 1 + 0 ID=contig20.g28.t1.cds;Parent=contig20.g28.t1 +contig20 AUGUSTUS CDS 26017 26345 0.53 + 2 ID=contig20.g28.t1.cds;Parent=contig20.g28.t1 +contig20 AUGUSTUS CDS 28800 29123 0.36 + 0 ID=contig20.g28.t1.cds;Parent=contig20.g28.t1 +contig20 AUGUSTUS CDS 29181 29291 0.28 + 0 ID=contig20.g28.t1.cds;Parent=contig20.g28.t1 +# coding sequence = [atgattattactataaaaaatcttcaacagcaaacttttactattgagtttgcgccagaaaaaacggttttggacctga +# agaaaaaaatattcgacgagcgcggtgcggaatatgttgccgaaaagcagaaactcatttatgcaggcgtcattttgactgatgagcgtactattgga +# tcatacaatgtcgatgaaaagaagttcatagtagtgatgttgacacgcgattcatctagtgtaaagcacaatcaaaattgtccaaaggaaactgagaa +# gttgacaaccactaagaatgtaaagtccccagaaaacttaaacactaataacgcttctgccactgggattacagaagatcagttacctgtcccaacac +# gtgaaacaatagctccagttccaagaccaatttcccgtaacgatttgattggcgagttggccaatgcttccttacagtcgcgcgctgaatctaacttg +# ctaatgggtgacgaatacaaccaaactgttctgtcaatggtggaaatgggttacccccgcgagcaggtggaacgtgcgatggccgctagctacaataa +# cccagaaagagccgttgagtacctcattaatggaatacccgctgaggaggaagctatatataatgttgtggatgaatccacaaatccaagagtaatca +# cctccggacctcaagcgtcatctgtcgatcgtccaccagaatcaaattcagctgaacaggagaaacgtggaagaaagcgatccacttctacaaaattt +# gacacgagccttataaggaagtcgaaaaaggagccattcctttcttcgaaggatcttaaaaactacatgaacgcatccgtaacgagtcgcaccattcg +# caacagactgattgagcacggtttaaaagcgcattcagcaaggagagttccttttatgagcaagaggcatacagaaaggcgactctgctttgccaaaa +# accaccagacccgccagaactggaaaaatgtcctttggtccgatgaaacaaaaattgatttgtttggatctgatggtagaccccatattggtcagaca +# aacccagctcttttacaacttatttctgagaaccaagatgcgtttcttaacatgctaaatcaaccgattgaaagcgaatcagaaacaaatgagtcaga +# agcgcgcggttcaaacgctcgtacgcagtcgaattctgctgagattgaaagcctgttttcgtcagaattggaaggagctgttgcagcacaaagaacag +# ccgctggcggaagtgtgattcaaagagataacgcacataatattgaagatttggaacaaccttcaggagtctcaaccattcgtctaaatcgccaagac +# caggacgcaatagaaaggctgaaagcacttggattcccagaggctcttgtactgcaagcttacttcgcgtgtgaaaaggatgaggaacttgcagctaa +# tttcttactttcttctagctttgatgattag] +# protein sequence = [MIITIKNLQQQTFTIEFAPEKTVLDLKKKIFDERGAEYVAEKQKLIYAGVILTDERTIGSYNVDEKKFIVVMLTRDSS +# SVKHNQNCPKETEKLTTTKNVKSPENLNTNNASATGITEDQLPVPTRETIAPVPRPISRNDLIGELANASLQSRAESNLLMGDEYNQTVLSMVEMGYP +# REQVERAMAASYNNPERAVEYLINGIPAEEEAIYNVVDESTNPRVITSGPQASSVDRPPESNSAEQEKRGRKRSTSTKFDTSLIRKSKKEPFLSSKDL +# KNYMNASVTSRTIRNRLIEHGLKAHSARRVPFMSKRHTERRLCFAKNHQTRQNWKNVLWSDETKIDLFGSDGRPHIGQTNPALLQLISENQDAFLNML +# NQPIESESETNESEARGSNARTQSNSAEIESLFSSELEGAVAAQRTAAGGSVIQRDNAHNIEDLEQPSGVSTIRLNRQDQDAIERLKALGFPEALVLQ +# AYFACEKDEELAANFLLSSSFDD] +# end gene contig20.g28 +### +# +# ----- prediction on sequence number 21 (length = 50011, name = contig21) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 21 on both strands +# start gene contig21.g29 +contig21 AUGUSTUS gene 14668 45952 0.09 - . ID=contig21.g29 +contig21 AUGUSTUS transcript 14668 45952 0.09 - . 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ID=contig22.g30 +contig22 AUGUSTUS transcript 4664 35948 0.14 - . 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ID=contig22.g31 +contig22 AUGUSTUS transcript 36900 58827 0.07 + . ID=contig22.g31.t1;Parent=contig22.g31 +contig22 AUGUSTUS start_codon 36900 36902 . + 0 Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 36900 37419 0.7 + 0 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 48394 48703 0.99 + 2 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 48769 48980 1 + 1 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 49745 49896 0.78 + 2 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 50047 51108 0.88 + 0 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 51770 52268 0.6 + 0 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 52350 52879 0.45 + 2 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 53483 53714 0.96 + 0 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 53776 53942 0.77 + 2 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 55547 55816 0.78 + 0 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sequence number 23 on both strands +# start gene contig23.g32 +contig23 AUGUSTUS gene 3228 18820 0.04 + . 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ID=contig24.g35 +contig24 AUGUSTUS transcript 552 12546 0.12 - . 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ID=contig25.g37.t1;Parent=contig25.g37 +contig25 AUGUSTUS CDS 63496 64309 0.62 - 1 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 +contig25 AUGUSTUS CDS 64370 65052 0.57 - 0 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 +contig25 AUGUSTUS CDS 65106 65290 0.97 - 2 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 +contig25 AUGUSTUS CDS 65762 67777 0.42 - 2 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 +contig25 AUGUSTUS CDS 70910 71131 0.95 - 2 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 +contig25 AUGUSTUS CDS 72321 72656 0.99 - 2 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 +contig25 AUGUSTUS CDS 72717 72888 0.63 - 0 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 +contig25 AUGUSTUS start_codon 72886 72888 . - 0 Parent=contig25.g37.t1 +# coding sequence = [atgctctcgacaacaatgccccacagtccagcccaaacacagtcacagtcgcatccgaacgccgatgcttcaacaagtg +# catctggagtagggatcgggaatggggtcgccggcaccagcaggagctctccaaagaccactaaaaatgaaacctgttccactctgtctccggatcaa +# ataaaagttatgccagacgaaggagcagagaaaaacggactttcaagtagtgataaaggtgtgggcccttcggctggcagcagcggagccggaggagt +# tgcaaatattccatccgagggacaatcttcttccttgacgtctgctgttggtacaccgacactgaggcagaactcctcaaacagcgttaactcgtgcc +# tggctgcctcaccgaacaataccagtgaactctcgaatagcagtagtgtgcctgctacaatgggaatttctcaattggtcgatagtgacgagcatgct +# aagaaaaagaaaaacagtgtaaaggatgaggatgtcgaaacaggatctattaaagcgaaaggaatcgcttctggaagcggttgcggaacggggtcctc +# atctgctctttccgttggcattgttattaaggaagaaccttccgacgttttaagcaacttagtaaatatgaaaaaagaagaaagggaaaatcactctc +# caaacatgtcacctgtcggatttggttccattggtaactctcaggagaactccgctacgtcagtaaaaacagaaagaaattcgaccgatagtatcccc +# gaaaagaagccttcttccttggtgataagtaatgacgaaatgggcattgaaggagttaactgcaatccgttaaactcagatattgaatctttaaataa +# cccacctatctcaaacatattagcgatcggcatgaatgcgtcccaagcaacttctggtacgggagttggagctggaaccggaggtggggctggtaacc +# ttttgacaggaactggcaatctaccatcctctggtggcagcaattgcttagattacatgcaacagcagaatcacatatttgtattttcaactcaactg +# 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ID=contig26.g38 +contig26 AUGUSTUS transcript 13481 22873 0.21 - . 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atttcgaacaaccctggagcgggcaacggcataaacttttttcaaaattgtaatcaaatgggtataatagatgatgaaggaggtttagccagccatga +# tgtggcaatgaatattggccaaccgtctatgatacggggcatgcgtccgcatggcatgcgaccacatgcaatggctccgcggatgcaagcttcagtca +# acagacagattccgtttgcacatgggccggatggtttggactgcgtcggagatacctctgcgttttttaataacgctacgtgcaacagcacgggaccg +# cctatgtttactgcatcacaacagtctaatcaggctaagccgcaacacctaaaaaacatacccaccggattatgtcaaaatcaaactggattgggagt +# tggacctgcagtttcacaaggacagatccagctccagggtcaaggtcaagggcagggccagggtcagacattaattgggcccagcaataataatttaa +# tgcccactgctggaaatgtcgttccaacgaacggagtttctggcattaatttcgtaggcccctcgtcaaatgatctgaagtacgcacagcaatatcac +# agtttccagcagcaattatacgcaacaaacaccaggagtcagcaacaacagcagatgcatcagcagcagcagagtaacatgttaaccatgccgcccaa +# cttatctccaactccagcgttctttgtgaacaaatga] +# protein sequence = [MLSTTMPHSPAQTQSQSHPNADASTSASGVGIGNGVAGTSRSSPKTTKNETCSTLSPDQIKVMPDEGAEKNGLSSSDK +# GVGPSAGSSGAGGVANIPSEGQSSSLTSAVGTPTLRQNSSNSVNSCLAASPNNTSELSNSSSVPATMGISQLVDSDEHAKKKKNSVKDEDVETGSIKA +# 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MISGLEGPGMDVINQNNCHPMNAVMNSMGQRMMNPKMCVPGGPSSLPGFNPNSPNGVLRESPLGPGPVPGPGPMNSPNFQGVLPPGARMMGRMPIGFG +# SNFNPNIQVKASTPNTIQYMPVRPQNASNNNNNGASNVRMPPSLEFLQSGDGGPGMPGMMVGSGSGPMLMNSSGDHQNKISNNPGAGNGINFFQNCNQ +# MGIIDDEGGLASHDVAMNIGQPSMIRGMRPHGMRPHAMAPRMQASVNRQIPFAHGPDGLDCVGDTSAFFNNATCNSTGPPMFTASQQSNQAKPQHLKN +# IPTGLCQNQTGLGVGPAVSQGQIQLQGQGQGQGQGQTLIGPSNNNLMPTAGNVVPTNGVSGINFVGPSSNDLKYAQQYHSFQQQLYATNTRSQQQQQM +# HQQQQSNMLTMPPNLSPTPAFFVNK] +# end gene contig26.g38 +### +# start gene contig26.g39 +contig26 AUGUSTUS gene 29102 36266 0.39 + . 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ID=contig27.g41 +contig27 AUGUSTUS transcript 17297 23825 0.08 - . ID=contig27.g41.t1;Parent=contig27.g41 +contig27 AUGUSTUS CDS 17297 17417 1 - 1 ID=contig27.g41.t1.cds;Parent=contig27.g41.t1 +contig27 AUGUSTUS CDS 17475 17667 0.71 - 2 ID=contig27.g41.t1.cds;Parent=contig27.g41.t1 +contig27 AUGUSTUS CDS 17767 17937 0.43 - 2 ID=contig27.g41.t1.cds;Parent=contig27.g41.t1 +contig27 AUGUSTUS CDS 17997 18375 0.9 - 0 ID=contig27.g41.t1.cds;Parent=contig27.g41.t1 +contig27 AUGUSTUS CDS 19175 20016 0.87 - 2 ID=contig27.g41.t1.cds;Parent=contig27.g41.t1 +contig27 AUGUSTUS CDS 20080 20190 0.65 - 2 ID=contig27.g41.t1.cds;Parent=contig27.g41.t1 +contig27 AUGUSTUS CDS 21431 23113 0.44 - 2 ID=contig27.g41.t1.cds;Parent=contig27.g41.t1 +contig27 AUGUSTUS CDS 23173 23691 0.93 - 2 ID=contig27.g41.t1.cds;Parent=contig27.g41.t1 +contig27 AUGUSTUS CDS 23771 23825 0.75 - 0 ID=contig27.g41.t1.cds;Parent=contig27.g41.t1 +contig27 AUGUSTUS start_codon 23823 23825 . - 0 Parent=contig27.g41.t1 +# coding sequence = [atgcagaagtttacgcaggagtttgcccgagatctgcactgtaatatggaacatgcaaatcggatcgagcccagtctta +# gagatgcacagctcagtatgaaaaatcttaacattaatattcaagaactgttggattacattgggaatgtggagcctgtcggtttcaccagggatgtg +# ccccattttcccatcagaaaagctataaatatgaactttctcaagcctggaagcgcagaaactctgacacgtcccgtctatatatttgagtatttgcc +# gccaatgcaagaccctgagccgcgggagagtcagagcgaggctcaaagggaattttttcaaaaacaagaattagtgtccaaggcagagttcaatgtga +# caagttcggcggaaaaactaagcaccaatcaagtcgattcctcttctcccaacgcggtgataaacttttcatcgaatttcttagactcggatgttggt +# cgttcagtccgtgaaatgagcagcgttgttatgactacaggcggatttattagtccagccatcgaaggaaaactgccagagccctttataccggatat +# aattgaaaaatttaaaggtttagacgcaccgcctccgtcgttgatagctgtcagccatttggaacattctgaaaaagaattgattacatctgaaaaag +# acgcagtaaacacacgaacaataaattcagaaactaaaaacttcaatcacaatgctgtattattgataagtgatagcgcagatgcatcgttgttatat +# tcttcgaatagccttccgatgtcatccgctttgactgctacaatatcaaagaagaacagaaaaccgaaaccggacctagcaatcgaacatggtcaaat +# cgttaaatcaaatatctctttcggaaagtctcaagaaaagtcccagcgaaaagctttaaaaatgtttcaaaaactttcgaagagccaaaatgacgctt 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aaagaaaaaagtacaaactaaaatttgacacgggcttaccacaaaatgtaaaggacttcaacaacgtattttctgaaacaacatcctcaaccgtaact +# agttcaattcatcttatgaaacaaaaaaacgaagcgccctgtccggattcattaatgacagctcccaacactttgtctaatacatcattatatcctgg +# aaaccagacaggaatggttccattgcttccactattgcactttccaccgcgaccgggattgattccttctggacctggactttttcctgcagtaacag +# gtctggtcggctttggaaataataataacacagtcggtattgcaccattcatagcatttcctggtacagaaggatctgttgctgacaccgttagatgc +# ccaccaattaaagattctgctgatactgggaatgatcaactcctaagaagatccggacagatggacttacagattgatagaaactattgcaatgttgc +# tccgttggtgccagactcaatgaaattttctgagtgtaaaccagtatcttgcggtaatactgacatggaaaatacatttacaccttccaaatttaagg +# caaagccatcagtgcaggcttctggaaatcttggagatccgattgaggtatccgatgactcagacgaatcaatacaaaacagacaaattgttcaaaaa +# aaatctccattaacttctccaaaccacgctaaatcaagcttagtacaatcacagcaccaaacgtttgcaactccatcaccattatgcgaagacaagaa +# ccaaatggacttaaggaatgttttgccgaatacaagcccaagtgaatcaattaagaagttgaagaagtcagttaaactgaaccttcccgatgtaaaaa +# actttattcagatagctccttctcagtcgtcatttccgcaattcaacttgccaaattttataggaggtgataagttcagtttggccggtggagctgat +# cttattcctttggcaagaatagattgcgggtcggcatattcatcccataaggtgccatctagcagcttaacagggggagtggcttcaggcgtaatccc +# tattttaccaaatcacatatctgaggaccagcagtttatgcctacatttccaaactacgaggatattagcattactccgaccggagcgttgtcactag +# atcccaaagtgcgcaaacaccataaaaagcctaaaaagattaaagaaggaaaaattaaaaaaaaaaaggataaaaaggataaatcaaagagaaaagat +# cgagttgccttagcgtctaataaaagtgaccgaaaaataaaagggcttgacaaaaagcaaaaaaaggaaaaaaagaaggacaaggaaaaacagatttt +# aatccaaattccggaagtcgacgaattttctagggcaccttttattaacaacttagattatggcttcactcaaagtgtacccgcgagtacacctgtat +# tgaaaaccagtccaatgtcagtaaaaccgccactatcggccacttgtgcgatgtctccaaaaatacagcagtctccaagtcaaataccaaaactaaca +# ctgaaactaagtggcaagtccacaacgtgtcctgaaaaagagaaagacacaacggatgctgtcaaggtgtcacagccaactatgtttccagtagaaaa +# taaagagcgtgagcgagataattccccggaactagcccggttctctccactggttaccgggccaccgaagaacaaacaatctgatacacatttattag +# 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atattccgctgagctacaagataaatgcaacatttcaccaccaccgggagatccaaaaattgaaaacagcgcgcgccttcgacgttataggcataact +# tagaataa] +# protein sequence = [MHLQDYLRNDENASSPGDGNHNHTCQPPCNQEQYISLNRDCQKNLFRLHPPPPSKPPPLAGAILQSRLLKQISSGANA +# ENAEALEEHRYPNALQRSATLPAKHNRLGVRSRVTFKVPSSITPAVDPGSEPDPGQNQVVAAERDGIVLNPKERESCKMTSEDLLQPGHVVKERWKVV +# RKIGGGGFGEIYEGQDLITREQVALKVESARQPKQVLKMEVAVLKKLQGKEHSNFSVGRLPYNCRRVYMLDFGLARQYTTGTGEVRCPRAAAGFRGTV +# RYASINAHRNREMGRHDDLWSLFYMLVEFVNGQLPWRKIKDKEQVGLTKEKYDHRILLKHLPSDLKQFLEHIQSLTYADRPDYAMLIGLFERCMKRRG +# VKESDPYDWEKVDSATIGNISTSGNPPVPVKNDYIHGNITQMTVAASNASGTEYYLQLEDKAPNMFLPTKPNAESESTVDVAPKSIFEEKFVDSNDAE +# CANKAFLSGEQQQQKSQVKKLNLPESANQQVQKLENVANEKSSEDKRASQEPKSTFGRLRVLTAPPMSVHDLTTGGHIQQGTDLSIKQDPSSSNAGPA +# AGNSSSSKLAINQHGQIFGITLMPQVNRRSATSTNLRPSSSGGNTNPIHRINIGSAGGGGGTGSNTARSSVAGDHSVTQFALIDDENVSALQQVTKGG +# ALTLASQWKSQFDDSEDTTDNEWNREPQSQPNLEQLIKLDIPLPLNEAKHFCQNVVTDTGILTKPPIEGNEKPKSKIPIRQSKCASWAGADTTVYSSK +# TLEPRDALPEIPFNPQTNTYSTALEYPPNITDLTPGLRRRRESAEGKYVTDQTQLQLKFQRPRSRTSSRTRGISNTMLGNFDDNNTVSGEKQRLIGTQ +# VVQNEESNNVPTSIYSAELQDKCNISPPPGDPKIENSARLRRYRHNLE] +# end gene contig27.g42 +### +# +# ----- prediction on sequence number 28 (length = 50013, name = contig28) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 28 on both strands +# start gene contig28.g43 +contig28 AUGUSTUS gene 2292 8820 0.12 - . 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gene 18492 34884 0.02 - . ID=contig28.g44 +contig28 AUGUSTUS transcript 18492 34884 0.02 - . 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acggcacgacgatctgtggtctctgttctatatgctcgtggaattcgtaaacggacaactaccgtggcgaaaaataaaagacaaggaacaagttgggt +# tgacaaaagagaagtacgaccacagaatactgttaaaacatttgccgtcagatttaaagcaatttttggagcatattcaatctcttacctatgcagat +# cgaccggattacgcgatgcttatcggtttatttgagcggtgtatgaaaagacgcggcgtcaaggagtctgacccttacgactgggaaaaggtggactc +# tgcaactattggcaacataagtacatcaggcaatccgccagttcctgttaaaaatgattacattcacgggaatataacacaaatgaccgtggcagcat +# ctaacgcaagcggaacggaatattatctacaattggaagataaagcaccaaatatgtttttaccaacaaaaccaaatgcagagtccgaaagtacagtt +# gacgtcgctcctaaaagtatatttgaagagaaattcgtggattcaaatgacgctgagtgtgctaataaagctttcctgtctggggaacaacagcaaca +# aaaatcgcaagtgaaaaagctgaatttgccagagtccgccaaccagcaagtacagaaactggaaaacgtagcaaacgaaaagagctccgaagacaaac +# gagcatcgcaggaaccgaaatcaacctttgggcgactccgtgtgcttacagctcctccaatgagtgtacatgatctaacaacggggggccacatccaa +# caagggactgatttatcaataaaacaagatccctcaagctccaatgctggtccagccgccgggaacagctcgtcctccaaacttgccattaaccagca +# 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atattccgctgagctacaagataaatgcaacatttcaccaccaccgggagatccaaaaattgaaaacagcgcgcgccttcgacgttataggcataact +# tagaataa] +# protein sequence = [MHLQDYLRNDENASSPGDGNHNHTCQPPCNQEQYISLNRDCQKNLFRLHPPPPSKPPPLAGAILQSRLLKQISSGANA +# ENAEALEEHRYPNALQRSATLPAKHNRLGVRSRVTFKVPSSITPAVDPGSEPDPGQNQVVAAERDGIVLNPKERESCKMTSEDLLQPGHVVKERWKVV +# RKIGGGGFGEIYEGQDLITREQVALKVESARQPKQVLKMEVAVLKKLQGKEHSNFSVGRLPYNCRRVYMLDFGLARQYTTGTGEVRCPRAAAGFRGTV +# RYASINAHRNREMGRHDDLWSLFYMLVEFVNGQLPWRKIKDKEQVGLTKEKYDHRILLKHLPSDLKQFLEHIQSLTYADRPDYAMLIGLFERCMKRRG +# VKESDPYDWEKVDSATIGNISTSGNPPVPVKNDYIHGNITQMTVAASNASGTEYYLQLEDKAPNMFLPTKPNAESESTVDVAPKSIFEEKFVDSNDAE +# CANKAFLSGEQQQQKSQVKKLNLPESANQQVQKLENVANEKSSEDKRASQEPKSTFGRLRVLTAPPMSVHDLTTGGHIQQGTDLSIKQDPSSSNAGPA +# AGNSSSSKLAINQHGQIFGITLMPQVNRRSATSTNLRPSSSGGNTNPIHRINIGSAGGGGGTGSNTARSSVAGDHSVTQFALIDDENVSALQQVTKGG +# ALTLASQWKSQFDDSEDTTDNEWNREPQSQPNLEQLIKLDIPLPLNEAKHFCQNVVTDTGILTKPPIEGNEKPKSKIPIRQSKCASWAGADTTVYSSK +# TLEPRDALPEIPFNPQTNTYSTALEYPPNITDLTPGLRRRRESAEGKYVTDQTQLQLKFQRPRSRTSSRTRGISNTMLGNFDDNNTVSGEKQRLIGTQ +# VVQNEESNNVPTSIYSAELQDKCNISPPPGDPKIENSARLRRYRHNLE] +# end gene contig28.g44 +### +# +# ----- prediction on sequence number 29 (length = 50006, name = contig29) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 29 on both strands +# start gene contig29.g45 +contig29 AUGUSTUS gene 193 14875 0.08 - . ID=contig29.g45 +contig29 AUGUSTUS transcript 193 14875 0.08 - . ID=contig29.g45.t1;Parent=contig29.g45 +contig29 AUGUSTUS CDS 193 266 0.67 - 2 ID=contig29.g45.t1.cds;Parent=contig29.g45.t1 +contig29 AUGUSTUS CDS 316 491 0.1 - 1 ID=contig29.g45.t1.cds;Parent=contig29.g45.t1 +contig29 AUGUSTUS CDS 5294 5433 0.52 - 0 ID=contig29.g45.t1.cds;Parent=contig29.g45.t1 +contig29 AUGUSTUS CDS 5657 6460 0.78 - 0 ID=contig29.g45.t1.cds;Parent=contig29.g45.t1 +contig29 AUGUSTUS CDS 7403 7606 0.98 - 0 ID=contig29.g45.t1.cds;Parent=contig29.g45.t1 +contig29 AUGUSTUS CDS 7669 8058 1 - 0 ID=contig29.g45.t1.cds;Parent=contig29.g45.t1 +contig29 AUGUSTUS CDS 8375 8536 0.86 - 0 ID=contig29.g45.t1.cds;Parent=contig29.g45.t1 +contig29 AUGUSTUS CDS 10531 11029 1 - 1 ID=contig29.g45.t1.cds;Parent=contig29.g45.t1 +contig29 AUGUSTUS CDS 14853 14875 0.83 - 0 ID=contig29.g45.t1.cds;Parent=contig29.g45.t1 +contig29 AUGUSTUS start_codon 14873 14875 . - 0 Parent=contig29.g45.t1 +# coding sequence = [atgcatttacaagattacctcagaaacgacgaaaatgcatcatcaccaggcgatggtaatcacaaccatacatgtcagc +# ctccttgcaatcaggagcagtacataagtcttaatcgtgattgccagaagaatctgtttaggcttcatccaccgcccccatcgaaaccaccgccgctc +# gcgggtgctatcctgcaatcccgtcttttaaagcagatcagctcgggggcgaatgcagaaaacgcagaagcactagaggagcaccgatatccaaatgc +# cctgcagaggtcggccactttgccagcgaagcacaaccgcctaggggttcgtagccgcgttacttttaaggttccatcgtccatcacccctgcagttg +# atcccggttcagaacctgatccaggccaaaatcaggtcgttgctgccgaaagggacggaatcgtgctaaatcccaaggagagggaatcttgcaaaatg +# acttctgaagatttgctgcagccgggacatgttgtaaaggaacgttggaaggtggtgcgtaaaatcggtggaggcggttttggagaaatttacgaggg +# acaagaccttataactcgagaacaagtcgcccttaaagtagaatccgcccgccagcctaagcaggtgcttaaaatggaagtagccgttctaaagaaac +# tacaggggaaggagcatagcaacttttccgtgggtcgattgccttataattgtcgacgcgtctatatgctagactttggattggcacgtcagtatacc +# actggtactggagaagtgcgttgtccaagagctgcagctggatttcgcggcaccgttcgctatgcttctataaatgcacatcgcaatagggaaatggg +# acggcacgacgatctgtggtctctgttctatatgctcgtggaattcgtaaacggacaactaccgtggcgaaaaataaaagacaaggaacaagttgggt +# tgacaaaagagaagtacgaccacagaatactgttaaaacatttgccgtcagatttaaagcaatttttggagcatattcaatctcttacctatgcagat +# cgaccggattacgcgatgcttatcggtttatttgagcggtgtatgaaaagacgcggcgtcaaggagtctgacccttacgactgggaaaaggtggactc +# tgcaactattggcaacataagtacatcaggcaatccgccagttcctgttaaaaatgattacattcacgggaatataacacaaatgaccgtggcagcat +# ctaacgcaagcggaacggaatattatctacaattggaagataaagcaccaaatatgtttttaccaacaaaaccaaatgcagagtccgaaagtacagtt +# gacgtcgctcctaaaagtatatttgaagagaaattcgtggattcaaatgacgctgagtgtgctaataaagctttcctgtctggggaacaacagcaaca +# aaaatcgcaagtgaaaaagctgaatttgccagagtccgccaaccagcaagtacagaaactggaaaacgtagcaaacgaaaagagctccgaagacaaac +# gagcatcgcaggaaccgaaatcaacctttgggcgactccgtgtgcttacagctcctccaatgagtgtacatgatctaacaacggggggccacatccaa +# caagggactgatttatcaataaaacaagatccctcaagctccaatgctggtccagccgccgggaacagctcgtcctccaaacttgccattaaccagca +# tggtcaaatttttggaataactctcatgccacaagttaatcgacgttcggcaacgtctaccaatttaagaccatcttcctctggcggaaacacaaatc +# caattcatagaatcaatattggatcagcaggtggtggaggtggaactggaagcaacaccgccagaagcagtgttgcaggtgatcattcggtgactcaa +# tttgctttaatagacgacgagaatgtctcagcattacaacaggtaaccaaaggcggagctcttacgctggcatcacaatggaagagccagtttgatga +# ctcagaggacactacagataacgaatggaacagagaaccacagtcgcaacccaatttggagcaattgattaaactggatattccattgcccttaaatg +# aagccaagcatttttgccaaaatgtcgtcactgatacaggcatattaactaaacctccaatcgaagggaacgaaaaaccgaaaagcaaaatcccaata +# cggcagtcaaaatgtgcatcttgggccggtgctgacactacagtatattcatctaagacactggagcccagagacgcccttccggaaattcccttcaa +# tccccaaacaaacacatactccactgctttagaatatcctcctaatataacggatcttaccccagaacccatttgttttatcattgtggaaggcagtt +# cacgtagtgccgaaacgcaccaggagggtgtgcgacggtga] +# protein sequence = [MHLQDYLRNDENASSPGDGNHNHTCQPPCNQEQYISLNRDCQKNLFRLHPPPPSKPPPLAGAILQSRLLKQISSGANA +# ENAEALEEHRYPNALQRSATLPAKHNRLGVRSRVTFKVPSSITPAVDPGSEPDPGQNQVVAAERDGIVLNPKERESCKMTSEDLLQPGHVVKERWKVV +# RKIGGGGFGEIYEGQDLITREQVALKVESARQPKQVLKMEVAVLKKLQGKEHSNFSVGRLPYNCRRVYMLDFGLARQYTTGTGEVRCPRAAAGFRGTV +# RYASINAHRNREMGRHDDLWSLFYMLVEFVNGQLPWRKIKDKEQVGLTKEKYDHRILLKHLPSDLKQFLEHIQSLTYADRPDYAMLIGLFERCMKRRG +# VKESDPYDWEKVDSATIGNISTSGNPPVPVKNDYIHGNITQMTVAASNASGTEYYLQLEDKAPNMFLPTKPNAESESTVDVAPKSIFEEKFVDSNDAE +# CANKAFLSGEQQQQKSQVKKLNLPESANQQVQKLENVANEKSSEDKRASQEPKSTFGRLRVLTAPPMSVHDLTTGGHIQQGTDLSIKQDPSSSNAGPA +# AGNSSSSKLAINQHGQIFGITLMPQVNRRSATSTNLRPSSSGGNTNPIHRINIGSAGGGGGTGSNTARSSVAGDHSVTQFALIDDENVSALQQVTKGG +# ALTLASQWKSQFDDSEDTTDNEWNREPQSQPNLEQLIKLDIPLPLNEAKHFCQNVVTDTGILTKPPIEGNEKPKSKIPIRQSKCASWAGADTTVYSSK +# TLEPRDALPEIPFNPQTNTYSTALEYPPNITDLTPEPICFIIVEGSSRSAETHQEGVRR] +# end gene contig29.g45 +### +# +# ----- prediction on sequence number 30 (length = 70018, name = contig30) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 30 on both strands +# start gene contig30.g46 +contig30 AUGUSTUS gene 28638 65517 0.02 + . ID=contig30.g46 +contig30 AUGUSTUS transcript 28638 65517 0.02 + . ID=contig30.g46.t1;Parent=contig30.g46 +contig30 AUGUSTUS start_codon 28638 28640 . + 0 Parent=contig30.g46.t1 +contig30 AUGUSTUS CDS 28638 28655 0.18 + 0 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 +contig30 AUGUSTUS CDS 33827 33869 0.95 + 0 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 +contig30 AUGUSTUS CDS 33930 33948 0.96 + 2 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 +contig30 AUGUSTUS CDS 44322 45962 0.97 + 1 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 +contig30 AUGUSTUS CDS 47860 48041 0.96 + 1 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 +contig30 AUGUSTUS CDS 49613 51223 0.99 + 2 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 +contig30 AUGUSTUS CDS 57010 58428 0.87 + 2 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 +contig30 AUGUSTUS CDS 58492 58712 0.89 + 2 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 +contig30 AUGUSTUS CDS 58776 59129 0.92 + 0 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 +contig30 AUGUSTUS CDS 59374 59514 1 + 0 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 +contig30 AUGUSTUS CDS 59569 62496 0.74 + 0 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 +contig30 AUGUSTUS CDS 64713 65304 0.85 + 0 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 +contig30 AUGUSTUS CDS 65468 65517 0.64 + 2 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 +# coding sequence = [atgggtgtcactgagacggaatcgtgtataagtgatcgggactcacttaaccctgatcagggcaatcgttcctacggaa +# gctccaataatggtaatgactacggctctccaatgtccagttctgatgtggaaacttttaacggcaaaatagtttacaatctcgatggcagtgcatac +# attattgccacagacaatgccaatggaagtgcatcggggtctgctaaaagttgttatgcctcaatttcgacatcagtaaaaaaacttttgaaggtcaa +# agatcgtggacaggaagaaaacgaaaaggaacaccagcatcaatatcatcaagatcaaagcgaaacacaggagcaggaactagctgatgtggacgctg +# gtcctggtgtcgaaaccttgggaggagcttcctacaaatcgagtccaaaaatacattcctttcgtgttgtgtccgcgcaagatgcaaactctacttgc +# caggatcaaatcagagcatttaaaatccaaaaaccaattttaatgtgctttatttgcaagttgtcctttggcaacgttaagtcctttagcttgcatgc +# 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PEQLNFLYECYQSESNPSRKMLEEISKKVNLKKRVVQVWFQNSRAKDKKSRNQRHYAHISDDNSYDGSSGKEVVSDLKTNGGPVEQDHESNLQDCQLC +# QVTQVNIRKHAFSVEHICKMKKLLEQTTELYAQSNGSGSDDNDSDREKRFYNLSKAFLFQHVVSNATSKANLTRGSGQDLEALPEENCMLNYDTASGD +# SKSHIQHSLPAEIVSEDVRKIAGNQELIQHLFNRNHITVTQNINSEQEHPFYKI] +# end gene contig30.g46 +### +# +# ----- prediction on sequence number 31 (length = 40012, name = contig31) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 31 on both strands +# start gene contig31.g47 +contig31 AUGUSTUS gene 3754 25510 0.11 + . 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+contig31 AUGUSTUS CDS 25461 25510 0.28 + 2 ID=contig31.g47.t1.cds;Parent=contig31.g47.t1 +# coding sequence = [atgtttaattgtgcagctatacgctccaataatggtaatgactacggctctccaatgtccagttctgatgtggaaactt +# ttaacggcaaaatagtttacaatctcgatggcagtgcatacattattgccacagacaatgccaatggaagtgcatcggggtctgctaaaagttgttat +# gcctcaatttcgacatcagtaaaaaaacttttgaaggtcaaagatcgtggacaggaagaaaacgaaaaggaacaccagcatcaatatcatcaagatca +# aagcgaaacacaggagcaggaactagctgatgtggacgctggtcctggtgtcgaaaccttgggaggagcttcctacaaatcgagtccaaaaatacatt +# cctttcgtgttgtgtccgcgcaagatgcaaactctacttgccaggatcaaatcagagcatttaaaatccaaaaaccaattttaatgtgctttatttgc +# aagttgtcctttggcaacgttaagtcctttagcttgcatgcgaacagtgaacacagactcaacctggaagagctggaccagcagctacttaatcgcga +# gtactcgagtgccattattcagcgaaatatggatgaaaagccgcagatatcctttctacagcccttggataacaatgctgcctgtgctaccagcgatg +# acaccgataaggttcaaatagcccctgagggaagttgccccactcttactccatctccgcatccagttctcggtaatgaggatgaggtggagctagag +# 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ID=contig32.g50.t1;Parent=contig32.g50 +contig32 AUGUSTUS CDS 9315 9325 0.27 - 2 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS CDS 9382 9437 0.39 - 1 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS CDS 19927 22118 0.81 - 0 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS CDS 24947 25309 0.99 - 0 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS CDS 25407 25572 0.98 - 1 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS CDS 26120 26752 0.96 - 1 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS CDS 29696 29964 0.86 - 0 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS CDS 30286 31071 0.8 - 0 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS start_codon 31069 31071 . - 0 Parent=contig32.g50.t1 +# coding sequence = [atggcatcaaagcgtgatgtcagcttggcacagtcagatgggacagtgccgacggtgccattgacgccatcaaccccat +# 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ID=contig33.g51 +contig33 AUGUSTUS transcript 4558 16069 0.21 - . ID=contig33.g51.t1;Parent=contig33.g51 +contig33 AUGUSTUS CDS 4558 4630 0.27 - 1 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 +contig33 AUGUSTUS CDS 4925 7116 0.72 - 0 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 +contig33 AUGUSTUS CDS 9945 10307 0.99 - 0 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 +contig33 AUGUSTUS CDS 10405 10570 1 - 1 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 +contig33 AUGUSTUS CDS 11118 11750 0.96 - 1 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 +contig33 AUGUSTUS CDS 14694 14962 0.86 - 0 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 +contig33 AUGUSTUS CDS 15284 16069 0.82 - 0 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 +contig33 AUGUSTUS start_codon 16067 16069 . - 0 Parent=contig33.g51.t1 +# coding sequence = [atggcatcaaagcgtgatgtcagcttggcacagtcagatgggacagtgccgacggtgccattgacgccatcaaccccat +# acttaagtagttcagaaagtggcaacaatgaacaaggcaaatatatatctggcctgccgaataatcgtaaacgcctgaagctgtccactcttgaacta +# 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cagaatctcagtccgcgggtaggaaatcaaacccagcacaatactccccaaccaggacatatcgtctcagacgtttctcgcaagagcttgtgtggcct +# cgaatcgctggttgatcaaataccagcaataagggaacacgaatgcagcaatataccattggcaacagcagcggcagcagcggctgctgttgaaagtc +# gtcttttaggcttgcaacaacagcagcagcatcagcagcagcagcaacaacagcagcaggaacagcagcatatacagcagcaacaacaacaatcacaa +# caacagcaccagcagcaacaacaacatcaacaacagcaccagcaaccaaaacgctgcattccagagaattcggtgcaaacggaatcatgtagaccgtc +# aagagagaatagcaacgtcagcaacaacaatttttctgtaagcagtctagctgcatccgctttgactgcaagaactgagaacgaagctatatatggca +# acagtggagaaacccgagtcatcagtgaaagtagcaatagtaacaacaacaattgtggcaacagcatcgagtattctattcatagtccatccggatat +# catcatcatgcccctcacttaatgggcgctataggggcgaacattaacaactcagagcccaatccgcatcacctttcccatcctcatccacctcctca +# ctcacatccgcatacaattcatccctcacatcatctgagcgtatttgatcacttgaaaccgtccgacataagtgggtacggcggtttttga] +# protein sequence = [MASKRDVSLAQSDGTVPTVPLTPSTPYLSSSESGNNEQGKYISGLPNNRKRLKLSTLELNSSQGSDVDSPIEPDLDPN +# 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ID=contig34.g57 +contig34 AUGUSTUS transcript 39193 45655 0.2 - . ID=contig34.g57.t1;Parent=contig34.g57 +contig34 AUGUSTUS CDS 39193 39600 0.8 - 0 ID=contig34.g57.t1.cds;Parent=contig34.g57.t1 +contig34 AUGUSTUS CDS 41289 41467 0.85 - 2 ID=contig34.g57.t1.cds;Parent=contig34.g57.t1 +contig34 AUGUSTUS CDS 42321 43243 0.26 - 1 ID=contig34.g57.t1.cds;Parent=contig34.g57.t1 +contig34 AUGUSTUS CDS 43929 45655 0.33 - 0 ID=contig34.g57.t1.cds;Parent=contig34.g57.t1 +contig34 AUGUSTUS start_codon 45653 45655 . - 0 Parent=contig34.g57.t1 +# coding sequence = [atggagtccataagtgaaataattgaccaccagacttttagccaggatctggttgaagatgcaacagatttcatctctg +# tggggcacaactcggagcgtcagtctcatccgcaccacgaacatcaggagggagaacctgattccggcgaggacctggcgatttccctgcaaacgatg +# acttcctgcccaagaacggacggatctagtggagggaagaagcaccggcctggatctggatctggatccgggttggtttcgggatcgggatctgattc +# tgttgtgatggttatcgactcaatgggccacagcaatagacagacaacatttcaaattgtgtcccagcagatgcatccgagaatgccattgcccttcg +# ggttgctccagcaaaatagtcaaaacacgcagcaatgcccgcagcgcatagtgagtagcagcccagtggactttgtagcgtccgacattagcttggat +# 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tatgagaagctatcgtcaatgatttcacccccacccaatagctacttggtctcgtgcgatctgcatgcctcggcttcggcacgcgtctctaactcatc +# tcaactgcagctaaaccacaacgggcaaaaaaaagaatcagcaatagctcacgaacacccccatggtcatgccgatgtcaatggggggaagtttccct +# acaccggccacatatctggaggagatagtgcagataccgatgtcaatggcgagaagttttcatactctgatcacatctctggaggagacagcggagac +# gcagatgtcaatgcagaaaaattcgtttactctgatcacatctctggagcagaaagcgttcccggtgtcaacggaggaacgaattggctccaaatgca +# ccctgagcaggaggtgcggcttcatatgccggctgacctggaggctcggttccacattccgctagaacgaagatctcggcttaacatgccgcctgagc +# ggggacacatgaatcgccacctccctacggccactcctatttgccctgcggactggaagtcagatgattggaagcacggcaacggaagcgttgttagt +# ctgtctgccgatctgccagttgtagtgtctctcactccaacccctccccccgtaacagacgattcaggggccggactcaaactgaatgagcgactgtc +# cccagggcaaagaacaccttttttcctggacaaagatcaagaaagcaacaccgtgacgacagaacagtgtagcccgaacatccacggtaccccgcact +# cagtgtgtgccatccgcaaccagccccaatcagctctcctaaacggctttcaaggttccagccagcaggccaagatttctgtccctgcctcgccaaaa +# tcgtccgtaacctgtgcgggcggaggatcgagccgcaatggacacaccagcgacatggaggagatcaacacgaaagatctggctcagcgcatctcggc +# agaactgaaacggtacagcattccacaggcgatctttgcacagcgtgttctctgtcgctcgcaaggtactttgtccgatctactgcgcaacccgaagc +# cgtggtcgaagctcaagtccggcagggagacatttcgaaggatgtacaaatggctccaggagcccgagtttcagcgtatgtctgctctacggatggcc +# gctgcacaaattcctcagcgaactttggggcctgggctggcacttggaccaacaacgggctccacatccgtcataccgaccgatttggattctcatgc +# cgggccagcaatgacaccaaatgctccgcccaatgaatcggcctcttcgtctgcatctacacctgtcacaaacgtgtccgttgcgaacgtcgttagtt +# gtcgtcgaaaggaagagcctcagatcgagcaaatgcctcagccaaaaaaaccacgactggtctttaccgatcttcaacgacgaacactacaagctatt +# ttcaaagagaccaaaagaccttcgaaggagatgcaagtgacgatcgcgcggcagctgggactagagcctacaacagtaggcaatttctttatgaacgc +# acgtcggagatcgatggataagtggcgggacgacgactccaaaaccagcatgcatttatcgcatagccgccaacaacaacgggacgagcaggaagagg +# acgagagccacagtcaaagtcagattcaaattcagagccataatccggctagcttaacacaggaaaactactccagtctacatacaacggccatgtcg +# cctcttggagactttgacgaagaagctgatatggacttggagcttgaaagtcatgacttcgatttggtggacccagatgaccatggagataccaatga +# tccaaactgcgacatgttgtga] +# protein sequence = [MESISEIIDHQTFSQDLVEDATDFISVGHNSERQSHPHHEHQEGEPDSGEDLAISLQTMTSCPRTDGSSGGKKHRPGS +# GSGSGLVSGSGSDSVVMVIDSMGHSNRQTTFQIVSQQMHPRMPLPFGLLQQNSQNTQQCPQRIVSSSPVDFVASDISLDGLTVDSMSQSVLSQEMAIK +# QEQKLLIAQSKSVDQGHKRIRMHVEVANVNASLGVDVDEMDDISSDDVGCDDEGITLNQHHQQLLEQQQQYGLTSHHPHHQAHSQALHGLHHRSAQLE +# MGLEADHGEVLSVIVHSQDSDKEVDGEGDADGEGDGDPEDDDDRDSRSRGQMLSHSSYQTLTSVNDRLSPPGFSQTSYATLTPIQPLPPISTMSEKFA +# YSGHISGGDSGDADVNGGEGVGGVVDGGEVTNHSTDAAGTGLIISGNPASSSFPALTMPMGSGHLSLGVLSGVQSPYSSYEKLSSMISPPPNSYLVSC +# DLHASASARVSNSSQLQLNHNGQKKESAIAHEHPHGHADVNGGKFPYTGHISGGDSADTDVNGEKFSYSDHISGGDSGDADVNAEKFVYSDHISGAES +# VPGVNGGTNWLQMHPEQEVRLHMPADLEARFHIPLERRSRLNMPPERGHMNRHLPTATPICPADWKSDDWKHGNGSVVSLSADLPVVVSLTPTPPPVT +# DDSGAGLKLNERLSPGQRTPFFLDKDQESNTVTTEQCSPNIHGTPHSVCAIRNQPQSALLNGFQGSSQQAKISVPASPKSSVTCAGGGSSRNGHTSDM +# EEINTKDLAQRISAELKRYSIPQAIFAQRVLCRSQGTLSDLLRNPKPWSKLKSGRETFRRMYKWLQEPEFQRMSALRMAAAQIPQRTLGPGLALGPTT +# GSTSVIPTDLDSHAGPAMTPNAPPNESASSSASTPVTNVSVANVVSCRRKEEPQIEQMPQPKKPRLVFTDLQRRTLQAIFKETKRPSKEMQVTIARQL +# GLEPTTVGNFFMNARRRSMDKWRDDDSKTSMHLSHSRQQQRDEQEEDESHSQSQIQIQSHNPASLTQENYSSLHTTAMSPLGDFDEEADMDLELESHD +# FDLVDPDDHGDTNDPNCDML] +# end gene contig34.g57 +### +# +# ----- prediction on sequence number 35 (length = 48011, name = contig35) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 35 on both strands +# start gene contig35.g58 +contig35 AUGUSTUS gene 5595 8883 0.09 + . ID=contig35.g58 +contig35 AUGUSTUS transcript 5595 8883 0.09 + . ID=contig35.g58.t1;Parent=contig35.g58 +contig35 AUGUSTUS start_codon 5595 5597 . + 0 Parent=contig35.g58.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 5595 5643 0.26 + 0 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 6642 6811 0.31 + 2 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 6865 6983 0.72 + 0 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 7293 7358 0.7 + 1 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 8135 8609 0.57 + 1 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 8675 8773 0.97 + 0 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 8854 8883 0.72 + 0 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 +# coding sequence = [atggagggctgtacccgagtttctgaactgttatgtaaacgttactcagacctttgtcaattagatgaaagtttttccc +# gactggccggatatgggtccagtcctgacgtgggatcccgttccctctgggctggtcagggtgttttacggtcaggttctgtaatcagttgctttttg +# ttctgccaacaaagcctcaagcagtacatagcaaaacgcaagattgagcgaggaagacgtttatatgagcaaaacaaccaaacagaggccgtgcgtac +# ttggcgtagtgcccttaaaggaacctgtcagccagaggactgcttccagctactaggatacttgtaccaggcccacatggactggggcaaatttcgtg +# aagctattgaatttggccaccagcagcttggaatttcagaagaactggattcgccaaatatgcgtgctgagacgtacctaaacctcagcagagctcac +# gcttgtttgggaggcctggagcgatcactgagctatgctaggcactcactttacaatgagtgcggcactaaatgccgaagtggacttgtccatttgac +# ggttgcacgagtgtatcttgaaatgggtggattcaccagggcattggagggcttgcagggagcctacaagatagctacagccgttggagatccgtctc +# tagagttacaagtgtatgtcgcactgtctgagctttttggacggctccaggataacgataaaagcgcatcttatgcttctaaggcgtacgatttatct +# cgttccttacagctgggtgaccttaactcatgccaccatagagccgcgttattgcgaatggctgcatctctgcgaaagaagggcgagctcggagatgc +# acaggattattgcaaggaagccacaaagctgtcccttatatctggagatcaggccacatacacgcgaagtattcgcgttatgggtgacatttaccgga +# agaaaatggatatggactctagaaacggtaaaaaacttgaagaatag] +# protein sequence = [MEGCTRVSELLCKRYSDLCQLDESFSRLAGYGSSPDVGSRSLWAGQGVLRSGSVISCFLFCQQSLKQYIAKRKIERGR +# RLYEQNNQTEAVRTWRSALKGTCQPEDCFQLLGYLYQAHMDWGKFREAIEFGHQQLGISEELDSPNMRAETYLNLSRAHACLGGLERSLSYARHSLYN +# ECGTKCRSGLVHLTVARVYLEMGGFTRALEGLQGAYKIATAVGDPSLELQVYVALSELFGRLQDNDKSASYASKAYDLSRSLQLGDLNSCHHRAALLR +# MAASLRKKGELGDAQDYCKEATKLSLISGDQATYTRSIRVMGDIYRKKMDMDSRNGKKLEE] +# end gene contig35.g58 +### +# start gene contig35.g59 +contig35 AUGUSTUS gene 14188 20650 0.27 - . ID=contig35.g59 +contig35 AUGUSTUS transcript 14188 20650 0.27 - . ID=contig35.g59.t1;Parent=contig35.g59 +contig35 AUGUSTUS CDS 14188 14595 0.87 - 0 ID=contig35.g59.t1.cds;Parent=contig35.g59.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 16284 16462 0.91 - 2 ID=contig35.g59.t1.cds;Parent=contig35.g59.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 17316 18238 0.29 - 1 ID=contig35.g59.t1.cds;Parent=contig35.g59.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 18924 20650 0.38 - 0 ID=contig35.g59.t1.cds;Parent=contig35.g59.t1 +contig35 AUGUSTUS start_codon 20648 20650 . - 0 Parent=contig35.g59.t1 +# coding sequence = [atggagtccataagtgaaataattgaccaccagacttttagccaggatctggttgaagatgcaacagatttcatctctg +# tggggcacaactcggagcgtcagtctcatccgcaccacgaacatcaggagggagaacctgattccggcgaggacctggcgatttccctgcaaacgatg +# acttcctgcccaagaacggacggatctagtggagggaagaagcaccggcctggatctggatctggatccgggttggtttcgggatcgggatctgattc +# tgttgtgatggttatcgactcaatgggccacagcaatagacagacaacatttcaaattgtgtcccagcagatgcatccgagaatgccattgcccttcg +# ggttgctccagcaaaatagtcaaaacacgcagcaatgcccgcagcgcatagtgagtagcagcccagtggactttgtagcgtccgacattagcttggat +# ggtctgacagtagattcgatgtcccaatcggttctctcccaagagatggcgataaagcaggagcagaagctacttattgcccaatcgaagagcgtgga +# tcaaggccataagcgcattcgaatgcacgtggaagtggcgaatgtaaatgcaagtcttggcgtggacgtggatgaaatggatgatatttcctccgacg +# acgtcggctgcgacgatgaggggataacgctgaaccagcatcatcagcagctcttggaacagcagcagcaatacggcctaactagccaccatccgcat +# caccaagctcattctcaggcgcttcacggtctacaccacagatcagctcagctggaaatgggattggaggcggatcatggcgaggttctgtcggtcat +# cgtccactcgcaggacagcgacaaagaggtggacggcgaaggagatgccgatggagagggagacggggatccagaggacgacgatgatcgggactctc +# gcagtcgagggcagatgcttagccacagctcgtatcagacgctgacctcggtaaatgatcgactatcaccgcctgggttcagtcagacatcttacgcc +# accctgacccctatccaaccactcccgcctatatcgacaatgtccgaaaagttcgcgtactccggccacatctctggaggagacagcggcgacgcgga +# tgtcaatggtggagaaggagttggaggagtggtcgacggtggagaggttaccaaccattccaccgatgctgctgggacgggtttaatcattagtggta +# atccggcgtcctcctcattccctgcccttaccatgcccatgggaagtgggcacttaagtctgggcgtgttgagcggtgtacaatctccatattcctca +# tatgagaagctatcgtcaatgatttcacccccacccaatagctacttggtctcgtgcgatctgcatgcctcggcttcggcacgcgtctctaactcatc +# tcaactgcagctaaaccacaacgggcaaaaaaaagaatcagcaatagctcacgaacacccccatggtcatgccgatgtcaatggggggaagtttccct +# acaccggccacatatctggaggagatagtgcagataccgatgtcaatggcgagaagttttcatactctgatcacatctctggaggagacagcggagac +# gcagatgtcaatgcagaaaaattcgtttactctgatcacatctctggagcagaaagcgttcccggtgtcaacggaggaacgaattggctccaaatgca +# ccctgagcaggaggtgcggcttcatatgccggctgacctggaggctcggttccacattccgctagaacgaagatctcggcttaacatgccgcctgagc +# ggggacacatgaatcgccacctccctacggccactcctatttgccctgcggactggaagtcagatgattggaagcacggcaacggaagcgttgttagt +# ctgtctgccgatctgccagttgtagtgtctctcactccaacccctccccccgtaacagacgattcaggggccggactcaaactgaatgagcgactgtc +# cccagggcaaagaacaccttttttcctggacaaagatcaagaaagcaacaccgtgacgacagaacagtgtagcccgaacatccacggtaccccgcact +# cagtgtgtgccatccgcaaccagccccaatcagctctcctaaacggctttcaaggttccagccagcaggccaagatttctgtccctgcctcgccaaaa +# 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cctcttggagactttgacgaagaagctgatatggacttggagcttgaaagtcatgacttcgatttggtggacccagatgaccatggagataccaatga +# tccaaactgcgacatgttgtga] +# protein sequence = [MESISEIIDHQTFSQDLVEDATDFISVGHNSERQSHPHHEHQEGEPDSGEDLAISLQTMTSCPRTDGSSGGKKHRPGS +# GSGSGLVSGSGSDSVVMVIDSMGHSNRQTTFQIVSQQMHPRMPLPFGLLQQNSQNTQQCPQRIVSSSPVDFVASDISLDGLTVDSMSQSVLSQEMAIK +# QEQKLLIAQSKSVDQGHKRIRMHVEVANVNASLGVDVDEMDDISSDDVGCDDEGITLNQHHQQLLEQQQQYGLTSHHPHHQAHSQALHGLHHRSAQLE +# MGLEADHGEVLSVIVHSQDSDKEVDGEGDADGEGDGDPEDDDDRDSRSRGQMLSHSSYQTLTSVNDRLSPPGFSQTSYATLTPIQPLPPISTMSEKFA +# YSGHISGGDSGDADVNGGEGVGGVVDGGEVTNHSTDAAGTGLIISGNPASSSFPALTMPMGSGHLSLGVLSGVQSPYSSYEKLSSMISPPPNSYLVSC +# DLHASASARVSNSSQLQLNHNGQKKESAIAHEHPHGHADVNGGKFPYTGHISGGDSADTDVNGEKFSYSDHISGGDSGDADVNAEKFVYSDHISGAES +# VPGVNGGTNWLQMHPEQEVRLHMPADLEARFHIPLERRSRLNMPPERGHMNRHLPTATPICPADWKSDDWKHGNGSVVSLSADLPVVVSLTPTPPPVT +# DDSGAGLKLNERLSPGQRTPFFLDKDQESNTVTTEQCSPNIHGTPHSVCAIRNQPQSALLNGFQGSSQQAKISVPASPKSSVTCAGGGSSRNGHTSDM +# 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ID=contig36.g61.t1;Parent=contig36.g61 +contig36 AUGUSTUS start_codon 6039 6041 . + 0 Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 6039 6053 0.37 + 0 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 6572 6752 0.93 + 0 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 9124 9609 0.76 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 11616 12503 0.27 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 12564 12740 0.92 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 19141 19269 0.99 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 19333 19428 0.8 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 19774 20144 0.54 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 20992 21138 0.65 + 0 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 21203 21532 0.57 + 0 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gttaccgagaattttgcccactttaacgagacacccacgggaaaagaaattactattattgagaagcaaaatggaacatgtgtcgaaaacgcggaacc +# gtacgaggccccaacatatttatgtaaaggtgatggaaaatggaccattcttactggtggctgtcgttgcaaggccggctatgaaccaaacaatttaa +# ataaaacttgcacagaatgtccccttggtacgtttaaatcaccagaggtaaccaaatgtacgccatgtccgcctaactcaaattcttcaaaaactgca +# tcaccattttgcaagtgtatgccgggatactatagacatccaagtgacggccgacatatgccttgttacagtccaccatctgcgcctacaaatctaac +# gttgttgtttgttgatcaaacgagtgccataatatcttggagcgctccaaccaagaataaaacgaacacgggcaaaacgctgtctaataagtaccaca +# gtgatattgtgtacaagatccggtgcaatatgtgcagcccaaatgttatgtacaatccgtcaagtgacacatttaacgaaacgaaaataacattaaca +# aatcttgaaccggttacgacatatacagtgcaagtacacgcaaccaatagcgtgtcgcatcttaccgacttaagccggcaccccaacgaatcgtcact +# aataacaaccaatgacacaccattttctaatgtgtcgtttttcaccattcccttggatttgaatgaaataaagaccagtcacgcagaaattgtgttta +# ctacagagtctgttttgctatctacagcttttaacttacgtatattggccataactagtaaagatgccgatttggagtgggacaagccaattcaaagt +# 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attgtctgcacagttaattctagcaccagtatgtttgctggattcgtaatattttctgtaataggatttatggctcacgaacagcagagaccagtagc +# tgaggtagcagcatcaggacctggactggcgtttcttgtttatccttcggcggttctgcagctgccaggttctccaatgtggtcttgtctctttttct +# ttatgctgttgctcatcggattggattcgcaattttgtacaatggaggggttcatcactgcgattattgatgaatggccacagctgctgcggaaacgc +# aaagaaatttttattgctattgtatgcgcacttagctatttagttggcttaacctgtattacacaaggcggcatgtatatatttcaaattttggattc +# gtatgcagttagcggcttctgcttactgtggctcatattctttgagtgcgtctcaatatcttggtgctacggagttgatcgattttatgatggaataa +# aggatatgatcggatactatcccacagtttggtggaaattctgttggtgtgttaccacccctgctatatgcttgggcgtcttcttctttaacatagtt +# cagtggaccccaattaaatatttggagtatagttacccatggtgggcgcacgcttttggttggtttacggctttgtcatccatgctatatataccaat +# atatatgttctggctgtggaaacgaactcctggtgacttgagtgaggtaccctaa] +# protein sequence = [MLFPNWVEESFTDFVKGINWRSYVVCDVAYHNVNNWLWSPFIDRGPANRLYIEIQFTIRDCSLFPGNALSCKETFSLL +# FYEFDAATREPPPWQTDSYRLIARIAAGEGRFNQNSDVDINTEVKSIAVNKKGVYFAFRDQGACISVLAVKVYYITCPAVTENFAHFNETPTGKEITI +# 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ID=contig37.g62.t1;Parent=contig37.g62 +contig37 AUGUSTUS start_codon 8638 8640 . + 0 Parent=contig37.g62.t1 +contig37 AUGUSTUS CDS 8638 8643 0.95 + 0 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 +contig37 AUGUSTUS CDS 8701 8987 0.52 + 0 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 +contig37 AUGUSTUS CDS 11885 12254 0.97 + 1 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 +contig37 AUGUSTUS CDS 12316 12519 0.99 + 0 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 +contig37 AUGUSTUS CDS 12580 12756 0.79 + 0 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 +# coding sequence = [atgaagttggttaaaattgaacagctccccgaacgcggatcatggtcatccaaaatggatttcatactatctgtagtag +# gtctagcaattggcttgggaaatgtttggcgatttccttatttgtgctataaaaatggaggaggcgcatttatattaccgtacatcataacgttgttc +# ctagctggaattccaatgttttttatggagttagctcttggtcaaatgttgacaattggtggtcttggtgtatttaaaattgcacccatatttaaagg +# taaggcctttttcatattggacgcgcttattgtctgcacagttaattctagcaccagtatgtttgctggattcgtaatattttctgtaataggattta +# tggctcacgaacagcagagaccagtagctgaggtagcagcatcaggacctggactggcgtttcttgtttatccttcggcggttctgcagctgccaggt +# tctccaatgtggtcttgtctctttttctttatgctgttgctcatcggattggattcgcaattttgtacaatggaggggttcatcactgcgattattga +# tgaatggccacagctgctgcggaaacgcaaagaaatttttattgctattgtatgcgcacttagctatttagttggcttaacctgtattacacaaggcg +# gcatgtatatatttcaaattttggattcgtatgcagttagcggcttctgcttactgtggctcatattctttgagtgcgtctcaatatcttggtgctac +# ggagttgatcgattttatgatggaataaaggatatgatcggatactatcccacagtttggtggaaattctgttggtgtgttaccacccctgctatatg +# cttgggcgtcttcttctttaacatagttcagtggaccccaattaaatatttggagtatagttacccatggtgggcgcacgcttttggttggtttacgg +# ctttgtcatccatgctatatataccaatatatatgttctggctgtggaaacgaactcctggtgacttgagtgaggtaccctaa] +# protein sequence = [MKLVKIEQLPERGSWSSKMDFILSVVGLAIGLGNVWRFPYLCYKNGGGAFILPYIITLFLAGIPMFFMELALGQMLTI +# GGLGVFKIAPIFKGKAFFILDALIVCTVNSSTSMFAGFVIFSVIGFMAHEQQRPVAEVAASGPGLAFLVYPSAVLQLPGSPMWSCLFFFMLLLIGLDS +# QFCTMEGFITAIIDEWPQLLRKRKEIFIAIVCALSYLVGLTCITQGGMYIFQILDSYAVSGFCLLWLIFFECVSISWCYGVDRFYDGIKDMIGYYPTV +# WWKFCWCVTTPAICLGVFFFNIVQWTPIKYLEYSYPWWAHAFGWFTALSSMLYIPIYMFWLWKRTPGDLSEVP] +# end gene contig37.g62 +### +# start gene contig37.g63 +contig37 AUGUSTUS gene 18828 41476 0.01 - . 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sequence number 41 on both strands +# start gene contig41.g71 +contig41 AUGUSTUS gene 4006 27824 0.06 + . ID=contig41.g71 +contig41 AUGUSTUS transcript 4006 27824 0.06 + . 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coding sequence = [atggtatcgacgcgaattgcaccgtcgccatctggacgaattcacttttcaaccttgattcgccctgcaaggacctgcg +# cagcgtgcatccggcggaaaacaatacattaccggattaagcttggatgggccaggcaaaagtcgatcacgaatagcagtgcatcgctcaaaaagttg +# agaatacaaggaggttcgaggagacctcgtcgtataatgtttacattgcaaccaactccgacggctataggcaccgtagttcctccctggtccgcggg +# aacattgatagagcgtcttccgtccttggaagacatggctcacaaggacaatgtgattgctctgagaaatttaccatgtttgggtgccgctggtggaa +# gcggactaggcggtattgccggaaagccttcccctacaatggaagctgtggaagccagcacagcgtcacagccccattcgacatcgtcctacttcgca +# acaacttactaccatttaactgatgatgaatgtcacagtggagtaaatcagttgggtggagttttcgttggcggaagacctttgccagactcgacacg +# acagaaaattgtcgaactggcccattctggagcaaggccctgtgatatttctcggattcttcaagtgtccaatggatgtgtgagcaaaattctcggaa +# gatactatgaaacgggcagtataagaccacgggctatcggtggttccaagccacgtgtggccacagccgaagtggttagcaaaatatcacaatataaa +# cgcgagtgcccgagtatatttgcttgggaaattcgggatagattacttcaggagaacgtttgcaccaacgataatattccaagtgtatcctccataaa +# ccgtgttttgcgaaacctggcggcccagaaggagcaacaaagctcgggaactagtagctctggagccggccccgcaaactcgagcagcggaaaactgg +# ccgccaacagcagtggaaacatcaccaacggctcgaacggcacgagagtcacattgacctcctccactgatctcatgcagacggccacgccgttaaac +# tcttcggaaagcggcggcgcgagcaattccgccgaggggagcgagcaggagtcgatttacgagaagcttaggctcctaaacacacagcacgccgccgg +# atcgggatcgggatcgctggacccagccatagcagtcccgttagtgggtcagtcgcccagccatttcggaccccattctagccacccactcaaccagc +# tggtgcacggtaaccagcaggctcttcagcagcagcagagctggccgccgcgccactactcctctgtaccttggtacccttcctccctgagtggcagt +# gaaattcccatatcatcggcttccaatgtcgcgccgatggcgtacacgtcggggccttcagtcgcccagcctctaagtccgtcgaacgacatcgcaag +# cctgggaagtgccggccacctgagaaactgccccgtgatcacggaggacattcatctaaagaaggaactcgatggtcatcagtccgatgaaacagcct +# ccggtgagggtgaaaactccaatggtggcgcttcaaatttaggaaacaatgaggatgatcaagctcggttaatattgaaaagaaagttgcaacgcaat +# cgaacatcttttacaaatgaccagatagacagtctagaaaaagagtttgaacgaacacactacccagatgtttttgcacgtgaacgattggctggaaa +# gattggtttgccagaggctaggattcaggtttggttctcgaaccgccgtgcaaaatggcgtcgagaggagaagctccgaaaccagagaagaacaccaa +# attccacaggagctagtggaacctcttcctcaacatcagccactgcctccttaacagatagtcccaacagcctaagtgcttgttcctctttgctgtcg +# ggatcagctgcgggtccttcagtcaataccattaatggtttatcctcgccgaattcattgcccaccgttgccagtgtcccagcggttggtactggcat +# tgagagtaccggcagtccaacaccgaccttgcatattcgatctgcctgctcctctgacacagccgctggacgtcacggtgaagactgtagaagagttt +# gttcaccgggcccccatggggttggaggccagcaaagtagccatcatcaccagagcaacgggcacgcccatgcccatgcacatgcgcttgttcctgct +# atttcgcccagactcaattttaacagtggcagttttggcgcgatgtattcaaacatgcatcacacggccttatctatgagcgacacttacggaacggt +# aacacccataccgagcttcaaccacgtcggatcgttggccccaccatcaccaatatcgcaacaaggcgatcttacgccaccatctttgtatccgtgcc +# acatgagtctacgaccgccgccaatcgcaccgccacaccaccacatagtggcgggtgagatgggaaaccctgcgggaggcgttggcaacgtccaaccg +# gccaatctgggagcaaactgcagtggatcgggatacgaagttctgtccgcctacgcgttgccccctcccccgttaccatcgagcagtgcatctgcatc +# aaacttctcaacatcatccagtactagcgctaatgtgacctcccatcacaacatgccccaagaaccatgcccctcaccatgcaactcaaactcaaacc +# acctgggtgttggacacagctcagtattcgcgaccgactcgatttcgccggctgtatcttcatatgcacatatgagctacaactacgcttcggctgcc +# aacaacgtgacatcttcctcttccggcgaagctccagcgcatgttgctccaggaaagcaacagttctttgcctcatgcttttattcaccttgggtata +# a] +# protein sequence = [MVSTRIAPSPSGRIHFSTLIRPARTCAACIRRKTIHYRIKLGWARQKSITNSSASLKKLRIQGGSRRPRRIMFTLQPT +# PTAIGTVVPPWSAGTLIERLPSLEDMAHKDNVIALRNLPCLGAAGGSGLGGIAGKPSPTMEAVEASTASQPHSTSSYFATTYYHLTDDECHSGVNQLG +# GVFVGGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQVSNGCVSKILGRYYETGSIRPRAIGGSKPRVATAEVVSKISQYKRECPSIFAWEIRDRLLQEN +# VCTNDNIPSVSSINRVLRNLAAQKEQQSSGTSSSGAGPANSSSGKLAANSSGNITNGSNGTRVTLTSSTDLMQTATPLNSSESGGASNSAEGSEQESI +# YEKLRLLNTQHAAGSGSGSLDPAIAVPLVGQSPSHFGPHSSHPLNQLVHGNQQALQQQQSWPPRHYSSVPWYPSSLSGSEIPISSASNVAPMAYTSGP +# SVAQPLSPSNDIASLGSAGHLRNCPVITEDIHLKKELDGHQSDETASGEGENSNGGASNLGNNEDDQARLILKRKLQRNRTSFTNDQIDSLEKEFERT +# HYPDVFARERLAGKIGLPEARIQVWFSNRRAKWRREEKLRNQRRTPNSTGASGTSSSTSATASLTDSPNSLSACSSLLSGSAAGPSVNTINGLSSPNS +# LPTVASVPAVGTGIESTGSPTPTLHIRSACSSDTAAGRHGEDCRRVCSPGPHGVGGQQSSHHHQSNGHAHAHAHALVPAISPRLNFNSGSFGAMYSNM +# HHTALSMSDTYGTVTPIPSFNHVGSLAPPSPISQQGDLTPPSLYPCHMSLRPPPIAPPHHHIVAGEMGNPAGGVGNVQPANLGANCSGSGYEVLSAYA +# LPPPPLPSSSASASNFSTSSSTSANVTSHHNMPQEPCPSPCNSNSNHLGVGHSSVFATDSISPAVSSYAHMSYNYASAANNVTSSSSGEAPAHVAPGK +# QQFFASCFYSPWV] +# end gene contig41.g71 +### +# start gene contig41.g72 +contig41 AUGUSTUS gene 35171 58958 0.01 + . ID=contig41.g72 +contig41 AUGUSTUS transcript 35171 58958 0.01 + . ID=contig41.g72.t1;Parent=contig41.g72 +contig41 AUGUSTUS start_codon 35171 35173 . + 0 Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 35171 35483 0.31 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 39079 39241 0.23 + 2 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 40493 40693 0.94 + 1 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 40765 41036 0.55 + 1 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 43582 43805 1 + 2 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 43867 44269 0.95 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 44418 45247 0.49 + 2 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 47876 47998 0.99 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 50623 50937 0.99 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 52323 52448 0.65 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 52835 53011 0.57 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 53321 53548 0.56 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 54373 54546 0.95 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 58917 58958 0.36 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +# coding sequence = [atgggggtggctgaagatttcgctcccagctttgttaaaaagccgcaactgcatcaagaggatgatggcaatcgtttga +# tttttgagtgccagttattgtcgtctccaaaaccggacattgaatggtttcgaagtgacaataaactagtagaagatggccgaaccaaattcaaaatt +# caacccgttgaagataataaatatacggtagtattagagcttgacgatgtggttgaaacggatgctggactgtacaaagtcaaagccaagaacaagtc +# gggggaagtctctgcgtctattaatttaaatttcacacacaaatcgacggtttcgcgccgacattcgcgaaaaaacccgctatacgacaggaagaaga +# tggaaaacgactattatttgagtgccgcgttaacgctgatccaatacccaccattatttggttccacaacggagcagctgttaaggaatcaatacgcc +# ataaggtcccatggcgagactatactaaacgaatccaaacgctacaaaatgtcactgacaatggatcaaaaactatatcacatggcgtgtctcgagat +# aagcagtgtggtctcctctgaccaaggtgaatatcgcgcgcaagcgaaaaacaagcacggttctggagtcgcaactattaatcttaatttcgaaagtg +# gatcgaaaaaaattccagatggaaagtcgccacgctttccaaaaaaaccaacgatccgccaagaagaggacctactcatcatggaatgcgtattggaa +# gcgcatccggtcccagacattgtctggtattgctcagataaggaaatatccgataatcaaagaacgaaaatgacccgcaaggcaataactaaagacaa +# ctacgttttgaccctggaaatccaaaaccccacaaaagaagatggcggcaactatcgctgtaacgcaattaatatgtatggcgaaagtgcgagcgacg +# ccaatggttttgcaccatcatttatcgagaaaccaaggataatcccaaatgagtctggcacactaataacaatgaagtgcaagtgcaaggccaaacct +# gagccaaccgtaacttggtacaggggtcaagacatggtggagaagagtaagaagataaaaataaatacaacagttattgcggaagacacttacgaact +# gacattggaaataaaggatcccggggcaactgatggtggaacctacaggtgcaatgtcaaaaacgaatatggtgaatcaaacgccaatcttaacctta +# acattgaagcggagcctgagccggagggtgaggggccaacgttcattgaaaagccgcgcattgtatccgaaaacaacggtaaattggttataatggag +# tgcaaggtcaaggcagatccaaaaccagatgtaatttggttccgcaacggagaagtcataaaggaaagcaacaaaatcaaaacgtttattgagcagcg +# tggtgaccaatactacattaagctggagctattagatccccaactagaggactctggcctttacaagtgcaacattaagaacaccctcggcgagctga +# atgcgaatcttacattgaatatagaaattgttcccgtcattaaagataaacctaaaattattaagattatcaaaaaacgaactgttattatcgagtgc +# acagttgcatcaaagttcgaacctaagtgtacttggtataaggaaacaaacactgtaaaagaaagcaagagacacgtttacctggtggagcaaactaa +# ggacggagagtttgctgtcaaactagagataaacgatgttgaagagagtgataagggcgcttacaaattggtggctagtaacgaaaaaggacaagctg +# tatctcaagttgtcaatctcgttgatattcccgaggaggaacgcaagcccagcaagccggaaatctcccgaaagctcgttgatcaaaaggtttccgag +# tcaaagactttcgagcttttaatcagtctggcccagtcagatcgcaagtgcaaaatcgagtggtacaagggcagcaccttaatacgcgaaaccaaaga +# cattaccaccacgttcgatggaacaactgcacgactcacatttagctcggcaagaacggaacacacttcaaactataaagtcattgtgaccaacgaag +# taggcaaggccgaatcgtcgtgcaagattacagtggagaaaggcacaaagaagaaagaggaacaacccaaagaaaaggataagtcgaaggcagaaaag +# gaaaaagaggaaaaggtaaataaaaatataaatacatctaaatgtgtgcaggacacgcatcaggtcttagaatctgtaacggcacaggagattcaaag +# caaggaacgccaggtcgtagctaagatggaagagcattatataaatcagaaatctagcactcaactaaacactgcaagtattgtgtctgtcgaagaag +# agatctcggcagaagtacgacgccaatcagtagtcaaaatgcaggacgagatcacagtcgatgataaaagggtatcgtcgagaaggacatccctggct +# gtaatagaggagcaaaaacctgccgaagaactgccaaagctgcgtaaaacatctatcgctcaagtaaaagaagatgcaaagcctgaagttgcaaaacc +# aaaagcgaaagctaaagcaaaaccaaaaccaaaatacgaagagctcccagaaattccagactacgaacgtccacagctagaaaagtatgaaagatctg +# attttacgcccaccgactttggtcgtgaacttgaaataccaaacaaaatggaaaaacccatattagatagtggaaagaaggaatctgaggcaccagtc +# cagaaaaatggaattcctaaaaagtcggaaataattgaaaagcctgcagaggaacccaagggcttgaaaatcggcaaaggtaaactacccgatgaaga +# tgacagtcgagacggcgctattcttaagccagtcattattgagccagagcaggccgataaaccatctgtactagatattataaagcagcgacgtcgat +# cctctatcagaaatctgatgactaaggaaccaattcaaaatgaatcattccttggggtagttttaaagcccgtgataaaggatgctaaagagcaggtt +# gcgcctcagcaagctatacagttaacgaaggcaaatgcgacagagcagttatctcatacaaaggcaatcaaggcgaaagtttcggacctaaaaaagcc +# agaagctctagcgacccttgaggatgattatgagcggcccgtgttagaaaaatgtgaccctgtcaacttcgataacaacaaatcagagaaacctacac +# cagcaattatcacaccggacactaaacacccacaagtaaaattgccggtagaagaacctaaggaagagaagccaaaggtttccaggatgcaaccgcct +# tccccaggtgagccaccgaagatagaagtaatacgggagaagcgaccatctctagcaccggagccgccaagtcgccgtggatctcttatcccgccagc +# cgatactggacgtcggccgtctctgatcatcaatgatgagacccttagcatcatcgaaatcactgcgttggtcaaaatttag] +# protein sequence = [MGVAEDFAPSFVKKPQLHQEDDGNRLIFECQLLSSPKPDIEWFRSDNKLVEDGRTKFKIQPVEDNKYTVVLELDDVVE +# TDAGLYKVKAKNKSGEVSASINLNFTHKSTVSRRHSRKNPLYDRKKMENDYYLSAALTLIQYPPLFGSTTEQLLRNQYAIRSHGETILNESKRYKMSL +# TMDQKLYHMACLEISSVVSSDQGEYRAQAKNKHGSGVATINLNFESGSKKIPDGKSPRFPKKPTIRQEEDLLIMECVLEAHPVPDIVWYCSDKEISDN +# QRTKMTRKAITKDNYVLTLEIQNPTKEDGGNYRCNAINMYGESASDANGFAPSFIEKPRIIPNESGTLITMKCKCKAKPEPTVTWYRGQDMVEKSKKI +# KINTTVIAEDTYELTLEIKDPGATDGGTYRCNVKNEYGESNANLNLNIEAEPEPEGEGPTFIEKPRIVSENNGKLVIMECKVKADPKPDVIWFRNGEV +# IKESNKIKTFIEQRGDQYYIKLELLDPQLEDSGLYKCNIKNTLGELNANLTLNIEIVPVIKDKPKIIKIIKKRTVIIECTVASKFEPKCTWYKETNTV +# KESKRHVYLVEQTKDGEFAVKLEINDVEESDKGAYKLVASNEKGQAVSQVVNLVDIPEEERKPSKPEISRKLVDQKVSESKTFELLISLAQSDRKCKI +# EWYKGSTLIRETKDITTTFDGTTARLTFSSARTEHTSNYKVIVTNEVGKAESSCKITVEKGTKKKEEQPKEKDKSKAEKEKEEKVNKNINTSKCVQDT +# HQVLESVTAQEIQSKERQVVAKMEEHYINQKSSTQLNTASIVSVEEEISAEVRRQSVVKMQDEITVDDKRVSSRRTSLAVIEEQKPAEELPKLRKTSI +# AQVKEDAKPEVAKPKAKAKAKPKPKYEELPEIPDYERPQLEKYERSDFTPTDFGRELEIPNKMEKPILDSGKKESEAPVQKNGIPKKSEIIEKPAEEP +# KGLKIGKGKLPDEDDSRDGAILKPVIIEPEQADKPSVLDIIKQRRRSSIRNLMTKEPIQNESFLGVVLKPVIKDAKEQVAPQQAIQLTKANATEQLSH +# TKAIKAKVSDLKKPEALATLEDDYERPVLEKCDPVNFDNNKSEKPTPAIITPDTKHPQVKLPVEEPKEEKPKVSRMQPPSPGEPPKIEVIREKRPSLA +# PEPPSRRGSLIPPADTGRRPSLIINDETLSIIEITALVKI] +# end gene contig41.g72 +### +# +# ----- prediction on sequence number 42 (length = 70020, name = contig42) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 42 on both strands +# start gene contig42.g73 +contig42 AUGUSTUS gene 5165 63391 0.01 + . ID=contig42.g73 +contig42 AUGUSTUS transcript 5165 63391 0.01 + . ID=contig42.g73.t1;Parent=contig42.g73 +contig42 AUGUSTUS start_codon 5165 5167 . + 0 Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 5165 5477 0.8 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 9073 9235 0.38 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 10487 10687 0.89 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 10759 11030 0.75 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 13576 13799 1 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 13861 14263 0.95 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 14412 15241 0.54 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 17870 17992 0.99 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 20617 20931 1 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 22317 22442 0.68 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 22829 23005 0.6 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 23315 23542 0.48 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 24367 24540 0.99 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 30507 30654 0.95 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 31052 31425 0.95 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 33445 34090 0.3 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 34314 34667 0.62 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 35289 37001 0.84 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 38584 39303 0.66 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 39596 40359 0.57 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 40445 40580 1 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 40773 41663 1 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 41730 44402 1 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 45248 45529 1 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 45588 45887 0.77 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 45951 50220 0.4 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 50278 54041 0.5 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 54225 55421 0.91 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 55493 56471 0.51 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 56532 56873 1 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 57569 58611 0.9 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 62757 63391 0.99 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +# coding sequence = [atgggggtggctgaagatttcgctcccagctttgttaaaaagccgcaactgcatcaagaggatgatggcaatcgtttga +# tttttgagtgccagttattgtcgtctccaaaaccggacattgaatggtttcgaagtgacaataaactagtagaagatggccgaaccaaattcaaaatt +# caacccgttgaagataataaatatacggtagtattagagcttgacgatgtggttgaaacggatgctggactgtacaaagtcaaagccaagaacaagtc +# gggggaagtctctgcgtctattaatttaaatttcacacacaaatcgacggtttcgcgccgacattcgcgaaaaaacccgctatacgacaggaagaaga +# tggaaaacgactattatttgagtgccgcgttaacgctgatccaatacccaccattatttggttccacaacggagcagctgttaaggaatcaatacgcc +# ataaggtcccatggcgagactatactaaacgaatccaaacgctacaaaatgtcactgacaatggatcaaaaactatatcacatggcgtgtctcgagat +# aagcagtgtggtctcctctgaccaaggtgaatatcgcgcgcaagcgaaaaacaagcacggttctggagtcgcaactattaatcttaatttcgaaagtg +# gatcgaaaaaaattccagatggaaagtcgccacgctttccaaaaaaaccaacgatccgccaagaagaggacctactcatcatggaatgcgtattggaa +# gcgcatccggtcccagacattgtctggtattgctcagataaggaaatatccgataatcaaagaacgaaaatgacccgcaaggcaataactaaagacaa +# ctacgttttgaccctggaaatccaaaaccccacaaaagaagatggcggcaactatcgctgtaacgcaattaatatgtatggcgaaagtgcgagcgacg 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SDIGNLKKTIPNSYVKDATKIRNTTHISMGKGKSISKTHRSAFRSRNTRYRQAVQKNVKGRIKTIDLELKHLFHLKPKANNHISDLKLHNKLFFHHEL +# CIENDVGIKEKIINYSSSSSSYDDDSEAENTSTEEEEKVKKSSSFGAHNLEFETETSAGAAVQVKFESENDSILTSSNDSDIADEGEREEINYTVDEC +# NDFRNNNMLQSFNSICAESTVASIKSAPPIASLESQTKYNSDDSNRCFNNNLHVGLTNEISNISQKSTESAELTNKLPLLGVEYRTGIRPSPDAAPTS +# LADKDIPRIQQFKEWHQVLQLKSYNNEPLIVLPYVLLE] +# end gene contig43.g75 +### +# +# ----- prediction on sequence number 44 (length = 50013, name = contig44) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 44 on both strands +# start gene contig44.g76 +contig44 AUGUSTUS gene 1472 4761 0.08 - . 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ID=contig44.g77 +contig44 AUGUSTUS transcript 11632 20182 0.11 - . 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ID=contig45.g78 +contig45 AUGUSTUS transcript 1628 10178 0.11 - . 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ID=contig46.g79 +contig46 AUGUSTUS transcript 42718 44481 0.73 - . ID=contig46.g79.t1;Parent=contig46.g79 +contig46 AUGUSTUS CDS 42718 44481 0.73 - 0 ID=contig46.g79.t1.cds;Parent=contig46.g79.t1 +contig46 AUGUSTUS start_codon 44479 44481 . - 0 Parent=contig46.g79.t1 +# coding sequence = [atggctcactctgacttgggtgcttcgcaggcgaccacggccgaccaggatcacggggccacatcgaacaacagtcatg +# tgcctaagcaaactgtgccgagcatatatccccttggaacctcgcgaaacccgcaagctcaagccacgacaatggctctagagcaataccggctgcag +# ctgtacaactacgcccttaatattgaacgatttagatgccctcaatacggtggcaccggaggcgccgccacaagtgctccatggctgcatttaagccc +# ctacggaccccatatatcgggcaatattccagcagtcaatcgaatggccgcgctctcaacgatttcactcttcccccaatcgcaacggatctttcaac +# ccgaggagcctaaaccgcaacacagttacattggtcttatagccatggccattttgagctcaacagagatgaagttggtcctgtcagacatttaccaa +# tatattttggataattatccgtattttagaagccgcggtccgggttggaggaactccatcagacataatctctcattgaatgattgtttcatcaaatc +# cggtcgcagtgcaaacggcaaggggcactactgggcaatacacccggcaaacatggatgattttcgcaaaggcgatttcagacgtcgcaaggctcagc +# gtaaagtccgaaaacacatgggtctgtcggtagatgatgccagcactgactcgcccagcccgccgcccttggatctcacaaccccacctccgcccaat +# tcccagtcggcactgcaactgtcgtctctggcatatccttaccaccatcagtatataggccagttctttaaccgcaactcagcacccggcctgtcaca +# gtactgcgcagagcctgcaattgtgatgcaacgacagcaggccaaccaggtggatcaggcgatccaaccagcccaacttcagcagcaacatggccagc +# atcagcacattgcttatatcaactccaccacgacaacaaccattgcaaatatgttctcgcagacacggaagcgccagttcgacgtggcgtcgctactg +# gcacccgatgtgcagatcgttgacattgtctccgaagatcaagagtcctctgtcaggccatcgagcacggcgaggactacgactcaaacgcaccacac +# agtcatcaccaagcaaaccatacaccgggaagtggtcttgggactggaacaacctgtgactgaggcagacattgacactgatgtcgatgtagaagtga +# atgtggatgtggtcgacgaaagcatcaatccagatcccgatgcttatccggagacggatgaccaagaaaatggcagaggaaccgtgaagcaaatattc +# tccgtggaggacaataactcgtaccttagcgacggcaggctgtcttcgttcgatgccgaccccgaccacgatcccgaagaccttgaacagcacaacta +# ttcaatttccagctcggcagcaaggtccttgggcagtagcagtagccaacacgaggagtccagctcactagaggaatgtccactggcagagtccactg +# cagggcccttgactgtagcgagaccgcccacccttacagcagccattccaaatgcatatattgaactcaaccatgttgatccccacatgcttagtagg +# tactacgggacatacatggccgccgctgcccgaagagctagtatagaggcgtcgaaagcagtaaggccatcctcaataacgccacctccgaaaatcga +# agtagtctcacggaagtaa] +# protein sequence = [MAHSDLGASQATTADQDHGATSNNSHVPKQTVPSIYPLGTSRNPQAQATTMALEQYRLQLYNYALNIERFRCPQYGGT +# GGAATSAPWLHLSPYGPHISGNIPAVNRMAALSTISLFPQSQRIFQPEEPKPQHSYIGLIAMAILSSTEMKLVLSDIYQYILDNYPYFRSRGPGWRNS +# IRHNLSLNDCFIKSGRSANGKGHYWAIHPANMDDFRKGDFRRRKAQRKVRKHMGLSVDDASTDSPSPPPLDLTTPPPPNSQSALQLSSLAYPYHHQYI +# GQFFNRNSAPGLSQYCAEPAIVMQRQQANQVDQAIQPAQLQQQHGQHQHIAYINSTTTTTIANMFSQTRKRQFDVASLLAPDVQIVDIVSEDQESSVR +# PSSTARTTTQTHHTVITKQTIHREVVLGLEQPVTEADIDTDVDVEVNVDVVDESINPDPDAYPETDDQENGRGTVKQIFSVEDNNSYLSDGRLSSFDA +# DPDHDPEDLEQHNYSISSSAARSLGSSSSQHEESSSLEECPLAESTAGPLTVARPPTLTAAIPNAYIELNHVDPHMLSRYYGTYMAAAARRASIEASK +# AVRPSSITPPPKIEVVSRK] +# end gene contig46.g79 +### +# +# ----- prediction on sequence number 47 (length = 35007, name = contig47) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 47 on both strands +# start gene contig47.g80 +contig47 AUGUSTUS gene 2708 4471 0.7 - . 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ID=contig47.g81 +contig47 AUGUSTUS transcript 22954 34914 0.22 - . ID=contig47.g81.t1;Parent=contig47.g81 +contig47 AUGUSTUS CDS 22954 23079 0.9 - 0 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS CDS 23132 23286 1 - 2 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS CDS 28046 28120 0.96 - 2 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS CDS 28179 29141 0.91 - 2 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS CDS 29810 32428 0.65 - 2 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS CDS 34008 34293 0.9 - 0 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS CDS 34351 34524 0.95 - 0 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS CDS 34579 34914 0.91 - 0 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS start_codon 34912 34914 . - 0 Parent=contig47.g81.t1 +# coding sequence = [atgacagattcaatgaaattcggtccggaatggttgcgcaatatgtcagccgagccctcgggctctcccagtacttaca +# 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ctgtacgactgttaagctcgaagacctcgccattgtgggctgtcaataatgtagttggtaatggtggcgatgacaatcttcctgaatgggctatggaa +# aatccatcagagttgggtggtagttttgatgctagtggagcctttcatggtgatgctgatcctcaaaataacaaaagtttaaaagccaaaggttttaa +# ctctgatcagagcttgtcaaaatctaaaagtgaaccccttaatgagaatgatagtgtaaacgataaaacttctgaagtctctttaacgaatttatcgg +# cttcgcaggaattacccgaaagccgtttgtctccagtaaactcaacaacaaaaacggatgtcatccatggggatatttcagatcgaatcaaagaagtt +# gccgatgaagtggaaaaacttataacagaagatgataataaaccctttacgaattcaaaccaacttcaaagtgatagcggtcactttcctgctgcgct +# gccaagcttgacagataatgagttgagcacgacaccgatttctgtgaatccttctatagtgcgacagcaagtagctaccaccatgcctatacaaatcg +# caactacaatttcagaagcaactcaaccatctcatcagcattcaactgttccgttttcaaatctggttgctatgcagcaccataacatgcaacatcag +# ccacatttttcaatggttcctacgccacatttgatcaatccaaatctcaatgaattatggttttatcgggatccccaggcaaatgtacagggtccatt +# cagtgcgatggagatgaccgaatggtaccgtgctgggtactttaatgaaaatttgttcgtgcgacgattctccgataataggtttagacccttgggcg +# 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NSTKQTQGQQMDPTPTFITTSAENFSSESSTANVTMTSPPRLYKNAEDTLYAATVSNITDVNHFYSEGLIDSNSALEGNISDTYDESYNEMILTDKLV +# DEQIVGRDSGYGLTENPYSYHVSCVGQDDTTKACSQLHDIPIDTSFVIEQAEIKSGLVHFPESTTKKGGTTSGGMFGSILGKAAAAVQSATHAVNQGA +# SSVASVVSQKQSVVPTAHNIRDLSPNAIKRDSNRDSVGFNVMNVDYSYQLGNEESLSSHYENTGDDYENSNIKMHEYGTYTDNKAFVNYHSNGNQSQF +# QDDTAIFGQSKVIGNGTKILPTVPPAGSTGKKLPTVNGKSGLLIKQMPTEIYDDESELDELDGSPLIGKKPSYHIDSEQDDYYLGLQQTTPSNQANGY +# YEHVNNGYDYREDYFNEEDEYKYLEQQREQEKLHQPKNKKYLKQTKGVLSTTQPQSSLDFIDEGQDDDFMYENYHSEEDSGNYLDESSSGSVGPSEGR +# NLKMDSNGDASLASTSNQMKRDSFTNNSLHKLDTVVGESTSNLTGIIKEKMCSDLDERSEDINDQLSDLTDINKLTLLKKKSLLRGETEEVVGGHMQM +# IRQPEITARQRWHWAYNKIIMQLNPLGQGIPKEKSQFQKRDSKPNTEERFAFAENALRSQIQIKEQLRHQQQSTMYATSLANTPAAASVEAQFLNQPT +# ERPNYPLRVNSLHHKNLTAAEKQQSQMQPPICKSPMGMDASYSSYQNTNGSMVSIKSEQQLCQIYNSQQHSDYIISDYMDKIATRISLLETELKFAWR +# ALDLLSTEYGKIWVRLEKLENISIEQQSVVSNLMDLIGAANQEQQQSDFEGLDYPLFQDEDQLLPLVMNDTMGLAMVLEAEQSDPDYNKELHFGDHNH +# 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ID=contig49.g84.t1;Parent=contig49.g84 +contig49 AUGUSTUS CDS 1470 1532 0.77 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 +contig49 AUGUSTUS CDS 1598 1672 0.97 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 +contig49 AUGUSTUS CDS 4928 5059 1 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 +contig49 AUGUSTUS CDS 6707 12505 0.93 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 +contig49 AUGUSTUS CDS 20638 24656 0.44 - 2 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 +contig49 AUGUSTUS CDS 24717 25701 0.61 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 +contig49 AUGUSTUS CDS 25755 25760 0.96 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 +contig49 AUGUSTUS start_codon 25758 25760 . - 0 Parent=contig49.g84.t1 +# coding sequence = [atgacgcactatgcaaggcatgattactttcataatacccaaaacggtgccttatcctctgacaccggtcgatcacctt +# atagtcatattccttacagagcacagaacagcagagaatattatgccgagccgtacgatttaggcaatcatggactagaggaatatagtagtgagtgc +# 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ccatatttcaacacgtggacgactagcggtggcaattacctaccattcgaagttggacaaggtgctaatatttcaactcaatcctacacagtcacgac +# taaagctgaatcagtaatgtcaccattaacaagtttcatccctcctctgttcatatcttcgaattttaattccaagaatttaacggaagatatcgtat +# tttcaacaacaagttctcctcacgacaaaaacacaactgttagttacagttcatctaacaacgcgttcacaaaaactgtttacgtaaataatcccgaa +# gaggtgccagttaccacaagcgaaaacgctataccgccgtcatcggacttaacgttaaggtcaccatcgtcattagttcctattctatcttacacgga +# ttacatgaagcaatttgagttaccagatttgcctcagccaatcatggaactttcagaaaatatacctgttactcacagtgattctaattctgttccta +# tcaatgatattgctactaatgccgaattttcctgtcctcccaatgagttggatgttacaagtaaatgtagtgacccattaccttcgtatttgggtgaa +# ctttttgatgcatataacgtgcccagcctttcgattgagaatcaagaatctcccatcaagggtcaaattggcgatttatttaacattgcaatcgtacc +# ccaggtaccaattaacaccatagaatgttcagtagaccctccgaatcgatttaatttattgccagaggctgatgcggtagaaaaccatgcggtagcat +# tcgatgataatttttacgatagttttaatgttgacataaaagaactgacggcatctgttgcaaacattgaaccagaaaatggttcacgcaacttccca +# 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cgccgcggctgtaacctgtcggactctgaattagatatgccggactttactccatcggataacgataaaagctctataaccggaagtaaaattttaag +# aaatcatttcgaggatgaagtggatgaagattttgaccaatccacctgtgcctatgaggataacaaggaattgggtggttcaatggaggagttaaagg +# acagtatgccacataatttgtttgctgttctaggcgacctcaaaaaagttcaaagccccacaacaactattgctgtctcggcgacaattcccgttaag +# aacagttccattacaaatagtaataaaataagcactctggaaaatgtaaccattaaaatgccagagattctcttggagacaaaatcacaggcgtgcct +# tcaaaaactgaactcagtttatgctgacgactttggcgatgagaacgtacttggaaactcggtcagcatggatgcgaatgtccccaccctaagcattc +# tggaaacaactgaagatgtcggggatacagcattaagtacattcctgacaacgccaacagcaacaacaacaacaacagtccctcgtaatctcagttcc +# aatggtgttttgtgggtcacgcagcagtgtttagaccttccaaacaatactggctatgggtcgcgggaagatgacgataatcgaagccagcattctgc +# tcgcactctctcttcttcgcgcaggcaaagcactgaggatagcatagacacagacgacgaatacttttattatgagcttcggcagctggaggagcagg +# aacagcgctgtgcggaactttctggaattgcatctgccgaatcgcatgatgataacgaggtgctattttcccagatagggcaacttgtccaaaacgat +# tttaacggaggagcccgatgtcgatctgatgtctgtgaaaatgacctagaaactattaatttttctccaagtgaaagtgtgaagttacggatgtctga +# agtatttattgagcttaaaagcgtcgttaaattacagtcagacgtatttgctgacgctgctgttaaagagttggttgttgcaaaggcagcaggtgaaa +# aatttgcggcagtatgtgacatgcatagtgcttggcaggacgtaaacggcgatttccaagagacagcctcagaaatggattcgactgacgatgccgag +# atcgaaaataaaaaccatcgaaagttgcgacgattaaagaaaacacgcgatcgaaatgttaatatttctgacgatgcagccagttcaagttcgtcatg +# cctttctgaaaatgaatgtgaacacaagagtaaaaatagacctattgatcattgtattaataaatccgatggagaaaaggatgaaataaatagaccaa +# tcaaatcgacggcttctagtgagacatctggacctgatacgccggcagagataagcgatgttgagataagcgagacagaaaatgatctgagagatgat +# ggaaacccattgcttgacaatccagagtttctattggatgtaaatgaaaaatcgaatccacaatctggaaacaatttaaaaaaagaggccctagaacc +# ggctcagagtaatatgcagtcaatggagaatattaaaaccgaaccagttccacctaacacccctaaaatgttaattagtcaagaatcagattttgatg +# gatcccaggttataggtagcaatggtgaagcgggtcttggcagtagcaagtggaaattattaaaaactttaaaggagcgcaagatcgaggagaaaaat +# aatcaagataaaattaaagaagatgaaatgaccaaggacagggagaagaatggcggtggtactggagatattggattacgtaccaatggacatcctgg +# tgacaatcctttctacagtaatattgacagcatgccggatattcggcctcgcagaaaatcaattccccttgtttctgagctgacaatggctgctacaa +# aacgaaatgctggacttacatctgctgttccacgtgcaacgcttaacgacgaagaactgctatcacacaccattttattttactacaatatcactgaa +# gcggtgcgacgcgaagcggcatga] +# protein sequence = [MTHYARHDYFHNTQNGALSSDTGRSPYSHIPYRAQNSREYYAEPYDLGNHGLEEYSSECHLTSDRVLTTIDKRNNSYE +# YDYIECYEAQEQRDVESESIDNWNENHSGVGAQYGFEYANQKCTSAKVLPTLPVNKTGSGPSKPSATQMDIIFKTKGMCIEKDQRFGVCMAKADEYDL +# RILPGDYQNIYADNLNGYAGFAYPSTFLNNAVPAAPSRALPQTNRSSFYLGQDIFGLNADEAQREEQSKCDFGMDQAVTMDSGSTSYDVLEKMSRPYT +# SMLPLDYSDYHDSYYNTDNLSTYSDTPPTTNSQLKLQKQRKLSLMMAMTTASVIASDSILGNNISTNAATKASDRFLETECSGGIVTLSGPGAVTGTP +# PVALSTIIKTRKLPKVLPAPQFNSSLHLNSSTANALSSPVYSSDTAAEKSHRPKQLPKLPTSLPQIKPYSIHNSNLTTLSAADELPSYSLKSNTASSP +# LAITETVATTSYLSSTETKTCPSKKPNEVYLTKSIDDGLTPPWTPSPPTQLKQYFSPSAELPSQIVQKNSPTSHLPDIEKAKSDIKPDLHENLNESIL +# 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+# ttgtactggagttggaatcactaataacagccaaattacattgaccagttcgcatataggaacaactatgggagtcgctctgggcacgactgcagcag +# gcacaacctacatgcacgagaaaaatattgttggcgttagcgtcagttgtgttgataccagtagaaagtatgatttcaaaaacagtagtttgataaaa +# aataatagcttccaagcagcggcagagtatgtttcaacgggaaacaatagttctggtaatagccgttcaaatccacaaagtggggcaatatttcgtgg +# accacctccaacggcgaataccccacgcggtgccaccagcggtgcaacacgccatgttcatgttcaacccatgtactcacagccccttcaccaaaata +# tggtgatacaacaatacacacaatataacccgcgacaacaaacatttccaacttctcacttgcaatatgcaccagccccaatgccctactaccagtac +# caatacgtgccaactattcaacagcagcctccgccacatactcgtagtgccgtatcggttagtacgaacgtcaatgtgggaaacactttgcaaccagt +# ccagtccggaccaaatgggcctctgacagctccaggatcaacttcgtcgcagctacaattgatcactagcacagtgcagccaggaacaaacaatgtaa +# tgggtgttggtggtcctggcagtggaatgggacagacaaactctaacacagataatgacttttcggagcaggttactcttccaaacactcccacagtt +# gtcttgtcagaaggtcaaatacgtattccacagcaagatactgttggaataaataatttaagcaatacaacatcacaaggatccgaaacacggacaaa +# 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number 51 (length = 50015, name = contig51) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 51 on both strands +# start gene contig51.g86 +contig51 AUGUSTUS gene 1559 30331 0.01 - . 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contig51.g87 +contig51 AUGUSTUS gene 36903 47091 0.01 + . ID=contig51.g87 +contig51 AUGUSTUS transcript 36903 47091 0.01 + . ID=contig51.g87.t1;Parent=contig51.g87 +contig51 AUGUSTUS start_codon 36903 36905 . + 0 Parent=contig51.g87.t1 +contig51 AUGUSTUS CDS 36903 37584 0.49 + 0 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 +contig51 AUGUSTUS CDS 39880 40423 0.97 + 2 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 +contig51 AUGUSTUS CDS 42313 42446 0.87 + 1 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 +contig51 AUGUSTUS CDS 45674 45733 0.63 + 2 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 +contig51 AUGUSTUS CDS 45795 46090 0.82 + 2 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 +contig51 AUGUSTUS CDS 46765 47091 0.33 + 0 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 +# coding sequence = [atgaaactaacaagagacaaaattataattctggccatcatgctgatgctgagtccagtagccaacttaaagagtctta +# ataacgtacatactcaggacactgtgtcggtgtctttgcctggcgatataatacttggtgggttatttcccgtccatgaaaaaggtgaaggtgctcca +# tgtggaccaaaagtatataacagaggagtacaacgcctggaggcaatgctctatgctatagatcgcgtaaataacgactctaatattcttcccggaat +# aacgataggggtgcatatacttgacacctgttcgagggacacatatgcccttaaccagtcacttcagtttgtaagagcttccctcaacaacttggaca +# cttctgtgtttgagtgttcagattcgtcaagcccacaaataagaaaaaacgcttcatcgggacccgttttcggagttattggtggatcctacagttca +# gtgtctctgcaagtagccaacttgctgcgtctgtttcatattccccaaatatcaccggcatcaactgctaaaacgctatcggacaaatcacgatttga +# tctatttgctagaacagtaccgccagacacttttcaatccgtagcccttgtagatatactcaaaaattttaattggtcctatgtatccacgatacact +# cggagggatcttatggtgaatatgggattgaagcttttcacaaggaagccaccgaacggcacgtatgcatagcggtagccgagaaagtgccaagcgca +# gcagacgataaagtttttgacttaataattggcaaacttcaaaagaagcccaacgcccgcggagttgtactctttacaagagccgaggatgcgcgccg +# cattcttcaggcagctaagcgcgctaatttatcacaaccgtttcactggatagcaagtgacggttggggcaagcaacaaaaacttcttgaaggcttgg +# aggatattgccgagggcgctataactgtagaactacagtcggaaataatcgaagattttgatcactatatgatgcagctgacgccggaaacaaatcaa +# aggaacccgtggtttgctgagtactgggaggacacgttcaattgcattctcgaaccagtgtcggatcaaacaaattccccaaccagtatcgattccac +# tgagataaagatcgctaccaagtctaaaacaacatgcgaagatagctttcggttatctgagaaagttggatacgaacaggagtccaaaactcaatttg +# ttgtggatgctgtatacgcatttgcctatgcacttcataatttacataatgatcgttgtaatacacaaagcgaccaaacgtcggaacaacgaaagcac +# caccatactcagcgccttaagtatattagtccacaatcccaggtggtaataacagcctctttaatcgcaatacaggttcttatcaccatgatttggat +# ggtagttgaacctccaggaactcgtttctattatccagaccgaacagaagtgatccttaagtgcaaaatacaggacatgtccttccttttttcacagt +# tgtataatatgattctcataacaatatgcacagtttatgctattaaaacgaggaaaataccagaaaattttaatgagtcaaagtttattggattcact +# atgtacaccacttgtataatctggctagcttttgtacccatatactttggaactggaaattcttatgaggtgtacatcctcgtctttcacccggataa +# aaacgtccgtaagttaaccatgaacagcaccgtctacaggcgttcagctgcaactggagctcagggtgcgcccagcagctccgtatatagtcgcacac +# aggcaggcaacactgtaccgacaggaggggcgttgggtactacagcatcaagtgcccttcaaacacaaaacagctctaatcttgacgagccttcgggc +# caatcagctgttgttcacaaaagcagtgattatagtaatggcgaattcatgcccgaggaatgcgaatgtgctgaggcattctgcaaccgagtaaaaaa +# ttaa] +# protein sequence = [MKLTRDKIIILAIMLMLSPVANLKSLNNVHTQDTVSVSLPGDIILGGLFPVHEKGEGAPCGPKVYNRGVQRLEAMLYA +# IDRVNNDSNILPGITIGVHILDTCSRDTYALNQSLQFVRASLNNLDTSVFECSDSSSPQIRKNASSGPVFGVIGGSYSSVSLQVANLLRLFHIPQISP +# ASTAKTLSDKSRFDLFARTVPPDTFQSVALVDILKNFNWSYVSTIHSEGSYGEYGIEAFHKEATERHVCIAVAEKVPSAADDKVFDLIIGKLQKKPNA +# RGVVLFTRAEDARRILQAAKRANLSQPFHWIASDGWGKQQKLLEGLEDIAEGAITVELQSEIIEDFDHYMMQLTPETNQRNPWFAEYWEDTFNCILEP +# VSDQTNSPTSIDSTEIKIATKSKTTCEDSFRLSEKVGYEQESKTQFVVDAVYAFAYALHNLHNDRCNTQSDQTSEQRKHHHTQRLKYISPQSQVVITA +# SLIAIQVLITMIWMVVEPPGTRFYYPDRTEVILKCKIQDMSFLFSQLYNMILITICTVYAIKTRKIPENFNESKFIGFTMYTTCIIWLAFVPIYFGTG +# NSYEVYILVFHPDKNVRKLTMNSTVYRRSAATGAQGAPSSSVYSRTQAGNTVPTGGALGTTASSALQTQNSSNLDEPSGQSAVVHKSSDYSNGEFMPE +# ECECAEAFCNRVKN] +# end gene contig51.g87 +### +# +# ----- prediction on sequence number 52 (length = 40012, name = contig52) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 52 on both strands +# start gene contig52.g88 +contig52 AUGUSTUS gene 6895 17083 0.02 + . ID=contig52.g88 +contig52 AUGUSTUS transcript 6895 17083 0.02 + . ID=contig52.g88.t1;Parent=contig52.g88 +contig52 AUGUSTUS start_codon 6895 6897 . + 0 Parent=contig52.g88.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 6895 7576 0.42 + 0 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 9872 10415 0.97 + 2 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 12305 12438 0.82 + 1 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 15666 15725 0.52 + 2 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 15787 16082 0.85 + 2 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 16757 17083 0.33 + 0 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 +# coding sequence = [atgaaactaacaagagacaaaattataattctggccatcatgctgatgctgagtccagtagccaacttaaagagtctta +# ataacgtacatactcaggacactgtgtcggtgtctttgcctggcgatataatacttggtgggttatttcccgtccatgaaaaaggtgaaggtgctcca +# tgtggaccaaaagtatataacagaggagtacaacgcctggaggcaatgctctatgctatagatcgcgtaaataacgactctaatattcttcccggaat +# aacgataggggtgcatatacttgacacctgttcgagggacacatatgcccttaaccagtcacttcagtttgtaagagcttccctcaacaacttggaca +# cttctgtgtttgagtgttcagattcgtcaagcccacaaataagaaaaaacgcttcatcgggacccgttttcggagttattggtggatcctacagttca +# gtgtctctgcaagtagccaacttgctgcgtctgtttcatattccccaaatatcaccggcatcaactgctaaaacgctatcggacaaatcacgatttga +# tctatttgctagaacagtaccgccagacacttttcaatccgtagcccttgtagatatactcaaaaattttaattggtcctatgtatccacgatacact +# cggagggatcttatggtgaatatgggattgaagcttttcacaaggaagccaccgaacggcacgtatgcatagcggtagccgagaaagtgccaagcgca +# gcagacgataaagtttttgacttaataattggcaaacttcaaaagaagcccaacgcccgcggagttgtactctttacaagagccgaggatgcgcgccg +# cattcttcaggcagctaagcgcgctaatttatcacaaccgtttcactggatagcaagtgacggttggggcaagcaacaaaaacttcttgaaggcttgg +# aggatattgccgagggcgctataactgtagaactacagtcggaaataatcgaagattttgatcactatatgatgcagctgacgccggaaacaaatcaa +# aggaacccgtggtttgctgagtactgggaggacacgttcaattgcattctcgaaccagtgtcggatcaaacaaattccccaaccagtatcgattccac +# tgagataaagatcgctaccaagtctaaaacaacatgcgaagatagctttcggttatctgagaaagttggatacgaacaggagtccaaaactcaatttg +# ttgtggatgctgtatacgcatttgcctatgcacttcataatttacataatgatcgttgtaatacacaaagcgaccaaacgtcggaacaacgaaagcac +# caccatactcagcgccttaagtatattagtccacaatcccaggtggtaataacagcctctttaatcgcaatacaggttcttatcaccatgatttggat +# ggtagttgaacctccaggaactcgtttctattatccagaccgaacagaagtgatccttaagtgcaaaatacaggacatgtccttccttttttcacagt +# tgtataatatgattctcataacaatatgcacagtttatgctattaaaacgaggaaaataccagaaaattttaatgagtcaaagtttattggattcact +# atgtacaccacttgtataatctggctagcttttgtacccatatactttggaactggaaattcttatgaggtgtacatcctcgtctttcacccggataa +# aaacgtccgtaagttaaccatgaacagcaccgtctacaggcgttcagctgcaactggagctcagggtgcgcccagcagctccgtatatagtcgcacac +# aggcaggcaacactgtaccgacaggaggggcgttgggtactacagcatcaagtgcccttcaaacacaaaacagctctaatcttgacgagccttcgggc +# caatcagctgttgttcacaaaagcagtgattatagtaatggcgaattcatgcccgaggaatgcgaatgtgctgaggcattctgcaaccgagtaaaaaa +# ttaa] +# protein sequence = [MKLTRDKIIILAIMLMLSPVANLKSLNNVHTQDTVSVSLPGDIILGGLFPVHEKGEGAPCGPKVYNRGVQRLEAMLYA +# IDRVNNDSNILPGITIGVHILDTCSRDTYALNQSLQFVRASLNNLDTSVFECSDSSSPQIRKNASSGPVFGVIGGSYSSVSLQVANLLRLFHIPQISP +# ASTAKTLSDKSRFDLFARTVPPDTFQSVALVDILKNFNWSYVSTIHSEGSYGEYGIEAFHKEATERHVCIAVAEKVPSAADDKVFDLIIGKLQKKPNA +# RGVVLFTRAEDARRILQAAKRANLSQPFHWIASDGWGKQQKLLEGLEDIAEGAITVELQSEIIEDFDHYMMQLTPETNQRNPWFAEYWEDTFNCILEP +# VSDQTNSPTSIDSTEIKIATKSKTTCEDSFRLSEKVGYEQESKTQFVVDAVYAFAYALHNLHNDRCNTQSDQTSEQRKHHHTQRLKYISPQSQVVITA +# SLIAIQVLITMIWMVVEPPGTRFYYPDRTEVILKCKIQDMSFLFSQLYNMILITICTVYAIKTRKIPENFNESKFIGFTMYTTCIIWLAFVPIYFGTG +# NSYEVYILVFHPDKNVRKLTMNSTVYRRSAATGAQGAPSSSVYSRTQAGNTVPTGGALGTTASSALQTQNSSNLDEPSGQSAVVHKSSDYSNGEFMPE +# ECECAEAFCNRVKN] +# end gene contig52.g88 +### +# start gene contig52.g89 +contig52 AUGUSTUS gene 23254 30182 0.17 - . ID=contig52.g89 +contig52 AUGUSTUS transcript 23254 30182 0.17 - . ID=contig52.g89.t1;Parent=contig52.g89 +contig52 AUGUSTUS CDS 23254 23318 0.81 - 2 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 23377 23658 0.38 - 2 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 24806 25012 0.59 - 2 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 27339 27713 0.95 - 2 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 27778 27907 0.94 - 0 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 29022 30182 0.7 - 0 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 +contig52 AUGUSTUS start_codon 30180 30182 . - 0 Parent=contig52.g89.t1 +# coding sequence = [atgagctcgcgtcgtgccatgagaaatagggagcgggcaaataactactatcagcgttttgtacctacagaatcccttc +# aaatgtgcggagaagataaagataaggataaggatgcgacgacgcaagggcagtcttttaagtcgcccgtcatcgatcatcgcagcatatcatcatct +# caccttatgccggcatttgcgaaaagacgtattgctgcatcgagcggtaccaacaacggggaaacaaacgaaacttcagtcagcacgtgtgatgctgc +# accaagtgcacatcaaagaagggaaagcaagggaaaagtccccagttcacctaatcgaaagagcagcgaacttgatatggcagaaacacgcttgaatt +# atgttcatcaggagcacgatcaatacatgtcatcatcgccaacgttttcgacttcccggcaggaaaggcggattggtagtggtcgcttgttgcccaga +# agtgataattgggaattcaaaagccaaaagactaaggagcccaacaccgagactgagaaggatgcgtctccaaatggaagtggaggtgcaagcgttgc +# taatcaacagaatcaaaaccaacaccaccaacgcgtattcagtgggaggttggtcgatcgtgttactgaacacacagatcgccgttttcaaaatgaca +# cgaagaggtcagttgaccgacagggcgtaggtaatcgacgcatatctaataaggagccttgtagtaatcaaaatcgtggcaagcgcgcaaactcctat +# cacgttcacgaagagccagaatggttcagtgcaggaccaacatcacagcttgaaactattgacttacacggctttgacgacctggacaacaatgaaga +# ccgttccgaaatggataatgaaaaatttctacaaattgatacaaatttagctgcgcaaacgacgattgatgaagcttcgagaagaaatagcaacgtca +# gtttaaatttgagcgacgcatatcaaagtgatgatataatagacactggtgaaaatatactgaaatgcattcaaaactcatcggaactctgcaaacaa +# aatcagaacgaacaaagtcaattccaatgcagccaaagtactgaaagtgaatttaattttgatgcctttcttaacatgcatcctttggataattccct +# aatgaataatgatgaaaacgaaaaaggtgaagcaacggggacatcacgctttagccgatggtttcgacataaggaaactgcaaataataatgaacttc +# caggtttgcaagactttaatgctcaagaaaaaattggtattccgagtgttaaggatttagaagcgcaaatgactaaagtagacatgcggccggattat +# gtaaacactgtaggaggaccattctctcaagttgtgcaagcggaaaaacctattcctagggacactgagggattcaaaaaattactgcaacagttggg +# ctatcaatctaggcagcatcatcctggcaatgacgtttaccatataataaatcattcaaatataactaatcatgaccatcttgagtcaaatcaacagc +# ataagataaacaactgccattcccaacactcagcgttaagtgtccacgggccaaacataccgagtaatagtcacatatttgcgcaaaaacgtttggaa +# acccatcacctaatgcaaagccttatttgcggggacgtttctctggacttcttggaaaaagagttgggtaatcctagcactgcaccttccacaaagga +# agttattgcgtcagtcctccgtgaatactcccataacaagagaaatcctgtgtccattggggatcacaaaatgtttacacattcaacgtttcttcaag +# ctcaaccagttcatccgcattattctgaagtactgaggaaaatgacagccgataaggaaacaactcaaacaccgagttcttctcatagccaacagcca +# caatatcaaatgcatccacagcatgccaagcaacttagtgagacgcagccaacagcacctatagccgtgcagcctcgaatgatattgggaggtggaaa +# ctttgtcattggcccaaataaccaaccaatatctcccaatttgcaacagtgccgaaatcaacagggaataaaatggactcctggtaatatgcagatgg +# tgcaagggaaatcatttggagtcaattttgccatgtccgtctgtctgtcttaccgtatgaatgctgagatctcggcaacttaa] +# protein sequence = [MSSRRAMRNRERANNYYQRFVPTESLQMCGEDKDKDKDATTQGQSFKSPVIDHRSISSSHLMPAFAKRRIAASSGTNN +# GETNETSVSTCDAAPSAHQRRESKGKVPSSPNRKSSELDMAETRLNYVHQEHDQYMSSSPTFSTSRQERRIGSGRLLPRSDNWEFKSQKTKEPNTETE +# KDASPNGSGGASVANQQNQNQHHQRVFSGRLVDRVTEHTDRRFQNDTKRSVDRQGVGNRRISNKEPCSNQNRGKRANSYHVHEEPEWFSAGPTSQLET +# IDLHGFDDLDNNEDRSEMDNEKFLQIDTNLAAQTTIDEASRRNSNVSLNLSDAYQSDDIIDTGENILKCIQNSSELCKQNQNEQSQFQCSQSTESEFN +# FDAFLNMHPLDNSLMNNDENEKGEATGTSRFSRWFRHKETANNNELPGLQDFNAQEKIGIPSVKDLEAQMTKVDMRPDYVNTVGGPFSQVVQAEKPIP +# RDTEGFKKLLQQLGYQSRQHHPGNDVYHIINHSNITNHDHLESNQQHKINNCHSQHSALSVHGPNIPSNSHIFAQKRLETHHLMQSLICGDVSLDFLE +# KELGNPSTAPSTKEVIASVLREYSHNKRNPVSIGDHKMFTHSTFLQAQPVHPHYSEVLRKMTADKETTQTPSSSHSQQPQYQMHPQHAKQLSETQPTA +# PIAVQPRMILGGGNFVIGPNNQPISPNLQQCRNQQGIKWTPGNMQMVQGKSFGVNFAMSVCLSYRMNAEISAT] +# end gene contig52.g89 +### +# start gene contig52.g90 +contig52 AUGUSTUS gene 32268 33026 0.91 - . 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ID=contig53.g92 +contig53 AUGUSTUS transcript 12261 24119 0.04 - . 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ID=contig55.g94 +contig55 AUGUSTUS transcript 6802 33037 0.13 + . 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ID=contig56.g95 +contig56 AUGUSTUS transcript 1802 28037 0.09 + . 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ID=contig56.g96 +contig56 AUGUSTUS transcript 38038 53620 0.04 - . ID=contig56.g96.t1;Parent=contig56.g96 +contig56 AUGUSTUS CDS 38038 38205 0.98 - 0 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS CDS 38270 38415 1 - 2 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS CDS 38468 38598 1 - 1 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS CDS 38660 39046 0.99 - 1 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS CDS 39119 39314 0.99 - 2 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS CDS 46743 47855 0.2 - 2 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS CDS 49901 51146 0.62 - 0 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS CDS 52391 53620 0.35 - 0 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS start_codon 53618 53620 . - 0 Parent=contig56.g96.t1 +# coding sequence = [atgaattttattcttagtgtgctgctaatagcaactctaggagataaatatgaccacaggctgaacttaatagcaggtt +# 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ID=contig57.g99.t1;Parent=contig57.g99 +contig57 AUGUSTUS CDS 45155 45219 0.46 - 2 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 +contig57 AUGUSTUS CDS 47394 47486 0.71 - 2 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 +contig57 AUGUSTUS CDS 49327 49453 0.99 - 0 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 +contig57 AUGUSTUS CDS 49515 49624 0.85 - 2 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 +contig57 AUGUSTUS CDS 49898 50170 0.92 - 2 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 +contig57 AUGUSTUS CDS 51823 51917 0.97 - 1 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 +contig57 AUGUSTUS CDS 51994 52058 0.99 - 0 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 +contig57 AUGUSTUS start_codon 52056 52058 . - 0 Parent=contig57.g99.t1 +# coding sequence = [atggctgcaccagcagcctgtacgcgtttttcggacaactacgacatcaaagaagaactgggaaaaggggcattttcaa +# tagtgaaaagatgcgtccaaaagtcaactggatttgaatttgctgcaaaaattataaatacaaaaaagttaactgcaagagaggctgatgcatcacat +# tgtattcaacaaatattggaatcggtcaatcactgccaccaaaatggtgtggtgcatcgagatctgaaaccagagaatttactattagctagtaaggc +# aaagggtgcagcagtgaaactcgctgactttggtctagccattgaagttcaaggcgatcatcaggcttggtttggatttgctggcactccaggatatc +# tgtcgccagaggtattgaaaaaggagccctatggcaaatcggtagatatatgggcatgtgaatgggatacggtcaccccagaagcaaaaaatcttatt +# aatcaaatgctcacagtaaatccaaacaaacgaataaccgccgccgaggctttaaagcacccatggatttgtcaacgagaacgcgttgcttccgttgt +# gcatcgacaagaaactgtggactgtctcaagaagttcaatgcgcgccggaagctaaagggagctatacttacaaccatgttggctaccagaaattttt +# ccagcagaagtatgatcaccaagaagggtgacggatctcaagtcaaggaatctaccgattcttctagcactacccttgaagacgatgatattaaagca +# atccagtattcgtcaacgaaaacagatattaccgatattacagatatcaccaagcggtggtag] +# protein sequence = [MAAPAACTRFSDNYDIKEELGKGAFSIVKRCVQKSTGFEFAAKIINTKKLTAREADASHCIQQILESVNHCHQNGVVH +# RDLKPENLLLASKAKGAAVKLADFGLAIEVQGDHQAWFGFAGTPGYLSPEVLKKEPYGKSVDIWACEWDTVTPEAKNLINQMLTVNPNKRITAAEALK +# HPWICQRERVASVVHRQETVDCLKKFNARRKLKGAILTTMLATRNFSSRSMITKKGDGSQVKESTDSSSTTLEDDDIKAIQYSSTKTDITDITDITKR +# W] +# end gene contig57.g99 +### +# +# ----- prediction on sequence number 58 (length = 50011, name = contig58) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 58 on both strands +# start gene contig58.g100 +contig58 AUGUSTUS gene 5202 7547 0.98 + . 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ID=contig58.g100.t1;Parent=contig58.g100 +contig58 AUGUSTUS start_codon 5202 5204 . + 0 Parent=contig58.g100.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 5202 5265 1 + 0 ID=contig58.g100.t1.cds;Parent=contig58.g100.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 6041 6352 1 + 2 ID=contig58.g100.t1.cds;Parent=contig58.g100.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 6406 7547 0.98 + 2 ID=contig58.g100.t1.cds;Parent=contig58.g100.t1 +# coding sequence = [atgttcgcgttacgtgctgcctccaaagccgataagaatttgcttccatttttggggcaactgtctcgtggccatgctg +# ccaaggctgcaaaggctgcggctgccgccaacggaaagattgtcgctgtaattggtgctgtcgtcgacgtgcagttcgatgataatttgccgccaatt +# ctgaacgccttggaagtcgacaaccgctctcctcggctcgtgctcgaagtggcccagcacctgggagaaaacactgtgcgcaccattgccatggacgg +# cactgagggcttggttcgcggacagaaggttctcgatactggttatccaattcgtattccagttggtgctgaaaccctgggtcgcattatcaatgtga +# ttggcgagcccatcgatgagcgtggaccaatcgaaaccgacaagaccgcagctattcacgctgaggcccctgaattcgttcagatgtccgttgagcag +# gagattctggtcactggaatcaaagtagttgatctcctggctccttatgcgaagggcggaaaaattggtttgtttggcggtgccggcgtgggtaaaac +# tgtgttaatcatggagttgattaacaacgtggctaaggcccacggtggatactctgtttttgctggagtcggcgaacgcacccgcgaaggaaacgatt +# tgtacaatgagatgatcgagggtggtgtcatttcactgaaggacaagacttccaaggtggccctggtttacggccaaatgaacgagccccctggtgcc +# cgtgcccgtgttgctcttactgggctgaccgttgccgagtacttccgtgatcaagaaggacaggatgtgttgctgtttatcgacaacattttccggtt +# tactcaagctgggtcagaggtgtccgctttgttgggccgtattccctccgccgtcggttaccaaccaactttagccactgatatgggttctatgcagg +# aacgtattaccaccaccaaaaagggatctattacttccgttcaggctatctatgtgcccgctgacgatttgactgatcctgctccagccactactttc +# gctcacttggacgccactactgtcctgtcgcgagcgattgccgaactgggtatttaccctgctgtggatcctttggattccacgtcaagaattatgga +# ccctaacattattggacaggaacattacaacgttgctcgtggtgtgcagaaaatcctacaggattacaaatcccttcaggatatcattgccattctgg +# gtatggatgagttgtctgaggaagataagctcacagttgctcgcgctcggaagattcagcgtttcttgtcgcagccattccaagttgctgaagtcttt +# actgggcatgctggtaaactggtgcctctggaacaaaccataaaaggtttttcatcgattctggctggggattatgatcatctgcctgaagttgcttt +# ctacatggttggcccaatcgaagaagttgtggagaaggctgaccgtctggcaaaggaagcagcttaa] +# protein sequence = [MFALRAASKADKNLLPFLGQLSRGHAAKAAKAAAAANGKIVAVIGAVVDVQFDDNLPPILNALEVDNRSPRLVLEVAQ +# HLGENTVRTIAMDGTEGLVRGQKVLDTGYPIRIPVGAETLGRIINVIGEPIDERGPIETDKTAAIHAEAPEFVQMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKG +# GKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYNEMIEGGVISLKDKTSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQE +# GQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGSMQERITTTKKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIY +# PAVDPLDSTSRIMDPNIIGQEHYNVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVARARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHAGKLVPLEQTIKGFSS +# ILAGDYDHLPEVAFYMVGPIEEVVEKADRLAKEAA] +# end gene contig58.g100 +### +# start gene contig58.g101 +contig58 AUGUSTUS gene 20148 27051 0.14 - . ID=contig58.g101 +contig58 AUGUSTUS transcript 20148 27051 0.14 - . ID=contig58.g101.t1;Parent=contig58.g101 +contig58 AUGUSTUS CDS 20148 20212 0.52 - 2 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 22387 22479 0.76 - 2 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 24320 24446 0.97 - 0 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 24508 24617 0.89 - 2 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 24891 25163 0.92 - 2 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 26816 26910 0.97 - 1 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 26987 27051 0.66 - 0 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 +contig58 AUGUSTUS start_codon 27049 27051 . - 0 Parent=contig58.g101.t1 +# coding sequence = [atggctgcaccagcagcctgtacgcgtttttcggacaactacgacatcaaagaagaactgggaaaaggggcattttcaa +# tagtgaaaagatgcgtccaaaagtcaactggatttgaatttgctgcaaaaattataaatacaaaaaagttaactgcaagagaggctgatgcatcacat +# tgtattcaacaaatattggaatcggtcaatcactgccaccaaaatggtgtggtgcatcgagatctgaaaccagagaatttactattagctagtaaggc +# aaagggtgcagcagtgaaactcgctgactttggtctagccattgaagttcaaggcgatcatcaggcttggtttggatttgctggcactccaggatatc +# tgtcgccagaggtattgaaaaaggagccctatggcaaatcggtagatatatgggcatgtgaatgggatacggtcaccccagaagcaaaaaatcttatt +# aatcaaatgctcacagtaaatccaaacaaacgaataaccgccgccgaggctttaaagcacccatggatttgtcaacgagaacgcgttgcttccgttgt +# gcatcgacaagaaactgtggactgtctcaagaagttcaatgcgcgccggaagctaaagggagctatacttacaaccatgttggctaccagaaattttt +# ccagcagaagtatgatcaccaagaagggtgacggatctcaagtcaaggaatctaccgattcttctagcactacccttgaagacgatgatattaaagca +# atccagtattcgtcaacgaaaacagatattaccgatattacagatatcaccaagcggtggtag] +# protein sequence = [MAAPAACTRFSDNYDIKEELGKGAFSIVKRCVQKSTGFEFAAKIINTKKLTAREADASHCIQQILESVNHCHQNGVVH +# RDLKPENLLLASKAKGAAVKLADFGLAIEVQGDHQAWFGFAGTPGYLSPEVLKKEPYGKSVDIWACEWDTVTPEAKNLINQMLTVNPNKRITAAEALK +# HPWICQRERVASVVHRQETVDCLKKFNARRKLKGAILTTMLATRNFSSRSMITKKGDGSQVKESTDSSSTTLEDDDIKAIQYSSTKTDITDITDITKR +# W] +# end gene contig58.g101 +### +# +# ----- prediction on sequence number 59 (length = 40011, name = contig59) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 59 on both strands +# start gene contig59.g102 +contig59 AUGUSTUS gene 10148 17051 0.11 - . ID=contig59.g102 +contig59 AUGUSTUS transcript 10148 17051 0.11 - . ID=contig59.g102.t1;Parent=contig59.g102 +contig59 AUGUSTUS CDS 10148 10212 0.53 - 2 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 +contig59 AUGUSTUS CDS 12387 12479 0.65 - 2 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 +contig59 AUGUSTUS CDS 14320 14446 0.98 - 0 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 +contig59 AUGUSTUS CDS 14508 14617 0.88 - 2 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 +contig59 AUGUSTUS CDS 14891 15163 0.94 - 2 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 +contig59 AUGUSTUS CDS 16816 16910 0.96 - 1 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 +contig59 AUGUSTUS CDS 16987 17051 0.55 - 0 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 +contig59 AUGUSTUS start_codon 17049 17051 . - 0 Parent=contig59.g102.t1 +# coding sequence = [atggctgcaccagcagcctgtacgcgtttttcggacaactacgacatcaaagaagaactgggaaaaggggcattttcaa +# tagtgaaaagatgcgtccaaaagtcaactggatttgaatttgctgcaaaaattataaatacaaaaaagttaactgcaagagaggctgatgcatcacat +# tgtattcaacaaatattggaatcggtcaatcactgccaccaaaatggtgtggtgcatcgagatctgaaaccagagaatttactattagctagtaaggc +# aaagggtgcagcagtgaaactcgctgactttggtctagccattgaagttcaaggcgatcatcaggcttggtttggatttgctggcactccaggatatc +# tgtcgccagaggtattgaaaaaggagccctatggcaaatcggtagatatatgggcatgtgaatgggatacggtcaccccagaagcaaaaaatcttatt +# aatcaaatgctcacagtaaatccaaacaaacgaataaccgccgccgaggctttaaagcacccatggatttgtcaacgagaacgcgttgcttccgttgt +# gcatcgacaagaaactgtggactgtctcaagaagttcaatgcgcgccggaagctaaagggagctatacttacaaccatgttggctaccagaaattttt +# ccagcagaagtatgatcaccaagaagggtgacggatctcaagtcaaggaatctaccgattcttctagcactacccttgaagacgatgatattaaagca +# atccagtattcgtcaacgaaaacagatattaccgatattacagatatcaccaagcggtggtag] +# protein sequence = [MAAPAACTRFSDNYDIKEELGKGAFSIVKRCVQKSTGFEFAAKIINTKKLTAREADASHCIQQILESVNHCHQNGVVH +# RDLKPENLLLASKAKGAAVKLADFGLAIEVQGDHQAWFGFAGTPGYLSPEVLKKEPYGKSVDIWACEWDTVTPEAKNLINQMLTVNPNKRITAAEALK +# HPWICQRERVASVVHRQETVDCLKKFNARRKLKGAILTTMLATRNFSSRSMITKKGDGSQVKESTDSSSTTLEDDDIKAIQYSSTKTDITDITDITKR +# W] +# end gene contig59.g102 +### +# +# ----- prediction on sequence number 60 (length = 50013, name = contig60) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 60 on both strands +# start gene contig60.g103 +contig60 AUGUSTUS gene 22241 32526 0.14 + . ID=contig60.g103 +contig60 AUGUSTUS transcript 22241 32526 0.14 + . ID=contig60.g103.t1;Parent=contig60.g103 +contig60 AUGUSTUS start_codon 22241 22243 . + 0 Parent=contig60.g103.t1 +contig60 AUGUSTUS CDS 22241 22251 0.2 + 0 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 +contig60 AUGUSTUS CDS 22372 29494 0.15 + 1 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 +contig60 AUGUSTUS CDS 29560 29780 1 + 0 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 +contig60 AUGUSTUS CDS 29847 31965 0.97 + 1 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 +contig60 AUGUSTUS CDS 32025 32145 1 + 0 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 +contig60 AUGUSTUS CDS 32204 32526 0.98 + 2 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 +# coding sequence = [atgtacgaaattattctaaccattggactgagtagcggggctttcagtgaatccgatgacaccagtctgaaagtatccg +# ggtcagcaaaaatttattcgaagggaaactgtgggtatacgttgcagctaagttccgtgaaggtgtccaatacaaaagagtccgtagagaaaaggatt +# ttgaacaacattcaaaaaccagttcagttcacgctggttagtggacatctggagccacaaatttgttcagactccagcgacttggattactcgctgaa +# tattaagcgggcagttatatcattactgcaatctggaacaaagaccgaaaacgaagttgacgttttcggccagtgccccactcatacttcgacgtcca +# ctgtaggcaatgcaaacataataacgaaggttcgcaacttaaacagatgtgcacatagggagcagattaacagtggtctggtgtccgggaaagtgaac +# gagaaagctggtatcacgtctagcctactattgcaggcaaattatataaaagagtcaaagattgtgaacagtcttcttgaaaatgttcagctgacaga +# aacatacaagtttgttggaactactaaaggaaattcggaaattagtgcaaaggtagtcacaacattaaaactaaaaaatcctaccggaacaaaagcta +# actcgccatctactggctccactgttagaagcgtgattttccaaagaccagaaacctacacatcgaaaaatataaacgctctgaaaacgatactatct +# gatcttgtggatttgactggcgattatgtgaaaaaagatagcgctaaaaagtttgtagaatttattaggttgcttcgccaatctgatagtgagacttt +# attagagctggctgcatacccacatccaaacaaagtcttagcccgcaaggtatacttagatggattgttccgtactagtaccgcagagtcagccagag +# ttatattgaaacagcttcctaagtttgatgataaggagaaactactagcgatactgtctttaaacttggttaaaagtgtggacaaggagacactcaat +# caagcagctgctcagctgctaccgaacgctcctaaggaattgtatctagctgtgggtaccttggttgctaaattttgtttaggaaaaaattgccaagg +# acctgaaattgatgccatatctaaaaagtttacggatggcctaaaacggtgtaagccaaatactaagaaggaagaagaacggattgtctatattttaa +# agggaataggaaatgcaaagagcttaggtggcaacactgctgctgtccttagtgagtgcgcctccacgggccgttccaatcgtatacgtgtagcggct +# ttgagagcattttcaacaattgattgcaatggagcactgcgaactaaggctttggaactacttaagaaccgcaacgaggactcagagttacgtattga +# agcctatttgtcttcaatttcatgtcccaacgcagaggtggccaaccagatttcagatatagtcaattccgaaacagttaaccaggtaggaggattta +# tttcatctaatttaaaagccattcgggactcgacagacgccagccgtgagcagcaaaggtaccatttagggaacattcgagtgactaagaaatttcct +# gcggattacagacgatacagtttcaacaatgaagtttcctacaaactggaatcccttggccttggagctagttctgactatcaattaatttattcgca +# acatgggttcttaccccgatcatctcgtatcaatgttacaactgaaatttttggaactaacttcaacgtatttgaagcaagcgtacgtcaggaaaatt +# ttgaggatgtgctggaatattatctgggaccgaaggggttgttaaacaaagatttcaatgaaatagttaagatcattgaagttggaaacaacgcggct +# gctagtgctggtggtcgagcccgacgctcaattgccgacgatgttgctaagatatcgaaaaagtataaaacttacggtgctaaaagtgtgcaagatct +# 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ID=contig61.g105.t1;Parent=contig61.g105 +contig61 AUGUSTUS start_codon 7236 7238 . + 0 Parent=contig61.g105.t1 +contig61 AUGUSTUS CDS 7236 7246 0.37 + 0 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 +contig61 AUGUSTUS CDS 7367 14489 0.32 + 1 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 +contig61 AUGUSTUS CDS 14555 14775 1 + 0 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 +contig61 AUGUSTUS CDS 14842 16960 0.95 + 1 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 +contig61 AUGUSTUS CDS 17020 17140 1 + 0 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 +contig61 AUGUSTUS CDS 17199 17521 0.97 + 2 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 +# coding sequence = [atgtacgaaattattctaaccattggactgagtagcggggctttcagtgaatccgatgacaccagtctgaaagtatccg +# ggtcagcaaaaatttattcgaagggaaactgtgggtatacgttgcagctaagttccgtgaaggtgtccaatacaaaagagtccgtagagaaaaggatt +# ttgaacaacattcaaaaaccagttcagttcacgctggttagtggacatctggagccacaaatttgttcagactccagcgacttggattactcgctgaa +# 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ID=contig62.g107 +contig62 AUGUSTUS transcript 22556 47173 0.03 + . 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ID=contig63.g108 +contig63 AUGUSTUS transcript 4369 17721 0.09 + . ID=contig63.g108.t1;Parent=contig63.g108 +contig63 AUGUSTUS start_codon 4369 4371 . + 0 Parent=contig63.g108.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 4369 4421 0.53 + 0 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 4822 5122 0.55 + 1 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 5190 5442 0.77 + 0 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 11546 11653 0.84 + 2 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 11995 12117 0.56 + 2 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 17609 17721 0.4 + 2 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 +# coding sequence = [atgatggcaaacggcagcgtatgggatacagtggcgatcctctttatccaaatcgctctgggcagtatgattttttgtg +# gccgagttttatcggacgccgccggcttcctattttggtatgccggggcctgcgatggtttcagcatcctggacagtgatggatccacctccatgggt +# tctggagtgcctccacagtgcccatcgctgtgtggatcaaggtgcacctgtgccttgttctgtttagtaaagtgtggactttttccagcacttacttg +# cgtgtatgcctggcgggacgtttgttggcgttcatgcgcccttggatttgttttcgtatccttctgttacaagctgaatatttggcctgggaagtggt +# gtatcaaggatgagcacaagctacttgccgagctaggcaacttgacagcaggcaccggaaactgtgcatcatcatattatgaggcttcaaacggattt +# tccacaaactcgatatctggatctggttcgggtccgacgccgtctagcagtgatacgtctatgttgtacgacagtatttcaacaatttcgcaatctca +# aagctcactttatacaccaacaattggaccatcaattggctgtagttcagttgtgcccagcacagattacgcctacaaccccgcctatacacaatatg +# gtggcgcatacggatcatatggctatggggctggtgggggcttgataaattcatcctactactacgagagcggacaacctcagtcgacattgacgcca +# gacctggtcaggtctcctttagctgcaactcgggccaactccctggcttccgctgcgtcgccaggaagtggaaagtccgagttttctgactcggaact +# atcctctgacaaagcatctgtttgcattggatttatagttatagtcaaagctgaatcatcccaaactaagccatcatcaacaatctaa] +# protein sequence = [MMANGSVWDTVAILFIQIALGSMIFCGRVLSDAAGFLFWYAGACDGFSILDSDGSTSMGSGVPPQCPSLCGSRCTCAL +# FCLVKCGLFPALTCVYAWRDVCWRSCALGFVFVSFCYKLNIWPGKWCIKDEHKLLAELGNLTAGTGNCASSYYEASNGFSTNSISGSGSGPTPSSSDT +# SMLYDSISTISQSQSSLYTPTIGPSIGCSSVVPSTDYAYNPAYTQYGGAYGSYGYGAGGGLINSSYYYESGQPQSTLTPDLVRSPLAATRANSLASAA +# SPGSGKSEFSDSELSSDKASVCIGFIVIVKAESSQTKPSSTI] +# end gene contig63.g108 +### +# start gene contig63.g109 +contig63 AUGUSTUS gene 20635 28361 0.05 - . ID=contig63.g109 +contig63 AUGUSTUS transcript 20635 28361 0.05 - . ID=contig63.g109.t1;Parent=contig63.g109 +contig63 AUGUSTUS CDS 20635 20703 0.21 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 22334 22879 0.68 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 26229 26336 0.84 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 26403 26903 0.91 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 26957 27099 0.99 - 2 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 28214 28361 0.36 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 +contig63 AUGUSTUS start_codon 28359 28361 . - 0 Parent=contig63.g109.t1 +# coding sequence = [atgggcgagggccattgtttatcacctataatcatgactgtacacaaatacatgggctgcatttacattgcagtgatat +# tgtctgcacatctgtttgctggagttgtaacttcaagtgaaaatgatgatgaatacttaacacaaaaagaggtcatattagaaaagtcgtatcatggg +# ttgattcgagaaaacgaaacactagtggaaataactccattaataaaagtggatgaagaaaaaatttgcaactttcatattcttaaaaagccatatca +# tgagattccatttgaaattgaactggttaataacctggggattttaaaagctcgccggacgttaaattgcgagaaacgaaagagctatcatttcgaaa +# tcgttgcggtatattgcgatggaacaccttcaaatacagctaatgttcatattactgttatcgacataaatgaatatgcaccaacatttatagaaccg +# tcttacgtaacagaagtagacgaaggtcgtctttacaatgagatcttaagagtggaagctactgataaggactgtactccactttttggcgatgtttg +# caaatatgagatactaaacaatgacgaaccattctcaatagataacgagggcttaatcaaaaatactgaaccactttctcataaggcatcacataacc +# acatactatctgttgttgcgtacgactgtgcgatgaaagaatctgccgcaataatggttagcatcaaagttcgacgagtgtgtgagacgaagttctta +# ggcatgccagaacgtattgattatacgtccggtagcactgaaagccttcaactttttcccaacgcccgattggatttgtgtgatatttcttgtaagaa +# tgaataccttagtattcatgcatcgatagctcttaagacaaaacacatctcatttggatgcgatcgggacctatcaaattgtacttcgagccaaaaag +# tgaaagaccttttgccgcatggtgcagaatggaccaaagaattgagctacgacgaaggcgtagaacctatatttcactttgacgggtctactggagta +# gtggttcctgacactgttatcaatcattacgatttctcatcgcgtccttttagcattctcaccatgtttagacataatagtcaaggtgtggctaataa +# acatgttaaggaacatattgtctgcagtgctgatgaccacaaaatgaatcgccatcatatggcattgtttgttcgcaactgtcgtcttatacttttat +# taagaaaaaactttaacgagggtgatcttaatatctttagccctgctgaatggcgttggaaaatacctgaggtttgcgataatgaatggcatcactat +# gttcttaatgttgaagatccgtccaaagttgatttatttatcgatggcgtacgttttgaaaattctattgaggatcgacatagcaatccggagttcct +# atgggagctatatgatatagttgtcctatccggctggttccgacttatatacaacctgcaatag] +# protein sequence = [MGEGHCLSPIIMTVHKYMGCIYIAVILSAHLFAGVVTSSENDDEYLTQKEVILEKSYHGLIRENETLVEITPLIKVDE +# EKICNFHILKKPYHEIPFEIELVNNLGILKARRTLNCEKRKSYHFEIVAVYCDGTPSNTANVHITVIDINEYAPTFIEPSYVTEVDEGRLYNEILRVE +# ATDKDCTPLFGDVCKYEILNNDEPFSIDNEGLIKNTEPLSHKASHNHILSVVAYDCAMKESAAIMVSIKVRRVCETKFLGMPERIDYTSGSTESLQLF +# PNARLDLCDISCKNEYLSIHASIALKTKHISFGCDRDLSNCTSSQKVKDLLPHGAEWTKELSYDEGVEPIFHFDGSTGVVVPDTVINHYDFSSRPFSI +# LTMFRHNSQGVANKHVKEHIVCSADDHKMNRHHMALFVRNCRLILLLRKNFNEGDLNIFSPAEWRWKIPEVCDNEWHHYVLNVEDPSKVDLFIDGVRF +# ENSIEDRHSNPEFLWELYDIVVLSGWFRLIYNLQ] +# end gene contig63.g109 +### +# start gene contig63.g110 +contig63 AUGUSTUS gene 36899 51455 0.1 + . ID=contig63.g110 +contig63 AUGUSTUS transcript 36899 51455 0.1 + . ID=contig63.g110.t1;Parent=contig63.g110 +contig63 AUGUSTUS start_codon 36899 36901 . + 0 Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 36899 36901 0.99 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 36954 37086 1 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 37151 37311 0.95 + 2 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 40574 40738 0.92 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 40795 40953 0.7 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 42037 42240 0.97 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 45152 45256 0.84 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 50734 51124 0.8 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 51178 51455 0.33 + 2 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +# coding sequence = [atggtacggaaaaaacgcgacactttagaaaagaaaaacataatagaccgaagcacccttaacaggatatgtttctcat +# acatgatattttcaatgcttataattgcaaccgcccttcctccagtgatacgcgtaggtgccatatttaccgaagatgagcgtgaaagcagtatcgaa +# tcggcctttaaatacgcgatttaccggatcaacaaggaaaaaaaccttcttcccaatacacaacttgtatacgatattgagtatgtgccccgagatga +# ttcgtttcgcaccactaaaaaggacttggaaacgtatgatcttgaggattttaggtataacagcgtaaatataactgcatttcgtttggtcgatgtca +# atagcaaaagatatctagaggttattgatcaaatgcagagattgcagcataatggattacaaagaatcaatggaattccttatatacagacagaatcc +# gctttaatgtttgattcggtatacgcctttgcttctgggttacactttttaaatttagatagccgtcccaatttttctgtcaaaaacctctcatgcac +# ctccgaccaaacttgggatgacggaatttctttgtataaccaaataaacgctgctattacagatggtttaacaggaaatattaattttgtggaaggtc +# gccgagacaagtttaaacttgatattctaaaattgaagcaagaaaaaattcaaaaggtgggatactggcagcccgaggtcggtattaacatttcggat +# ccaacggctttctacgattctaatattgcaaatataacattggtcgttatgacaagagagcgtgctgatctggctgtagcctcaatgacaattaacta +# tgctcgggaaagtgttatagactttacaaaaccatttatgaatttgggcattggtatcctttttaaggattctaaaattggtatatatcaaaaaatgt +# ggcgttatatggagaatcggaaagcagctgtatttgttaaaacgtacgaagatggaattaagcgtgtaatggaaggcagctatgcatttttaatggaa +# tccaccatgcttgactatgcagttcaacgcgattgtaatttaactcaaataggtggcttactggattctaaaggttacggcatcgccacaccaaaagg +# atctccttggagagataaaatttcactcgccattttagagctacaagaaaaaggtattattcaaatattatatgataaatggtggaaaaatacgggtg +# atgtttgcaacagagacgataagagcaaggagtccaaggccaatgcactaggagtagaaaatattggtggagtatttgttgtccttctctgtggactt +# gcacttgccgttgtcgtggctatatttgagttttgctggaactccagaaaaaatttaaataccgaaaatcaatctctgtgctcagaaatggcccaaga +# acttcgttttgcaatgcactgccacggatcaaaatcaaagcatagaccacgtaaacggaattgcttaaagtgctcatcaggaccaacatacgttccga +# gtaatatgagtattccaaatgtcggcgttcactataattattttaattaa] +# protein sequence = [MVRKKRDTLEKKNIIDRSTLNRICFSYMIFSMLIIATALPPVIRVGAIFTEDERESSIESAFKYAIYRINKEKNLLPN +# TQLVYDIEYVPRDDSFRTTKKDLETYDLEDFRYNSVNITAFRLVDVNSKRYLEVIDQMQRLQHNGLQRINGIPYIQTESALMFDSVYAFASGLHFLNL +# DSRPNFSVKNLSCTSDQTWDDGISLYNQINAAITDGLTGNINFVEGRRDKFKLDILKLKQEKIQKVGYWQPEVGINISDPTAFYDSNIANITLVVMTR +# ERADLAVASMTINYARESVIDFTKPFMNLGIGILFKDSKIGIYQKMWRYMENRKAAVFVKTYEDGIKRVMEGSYAFLMESTMLDYAVQRDCNLTQIGG +# LLDSKGYGIATPKGSPWRDKISLAILELQEKGIIQILYDKWWKNTGDVCNRDDKSKESKANALGVENIGGVFVVLLCGLALAVVVAIFEFCWNSRKNL +# NTENQSLCSEMAQELRFAMHCHGSKSKHRPRKRNCLKCSSGPTYVPSNMSIPNVGVHYNYFN] +# end gene contig63.g110 +### +# +# ----- prediction on sequence number 64 (length = 40016, name = contig64) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 64 on both strands +# start gene contig64.g111 +contig64 AUGUSTUS gene 5630 13356 0.04 - . ID=contig64.g111 +contig64 AUGUSTUS transcript 5630 13356 0.04 - . ID=contig64.g111.t1;Parent=contig64.g111 +contig64 AUGUSTUS CDS 5630 5698 0.11 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 +contig64 AUGUSTUS CDS 7329 7874 0.63 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 +contig64 AUGUSTUS CDS 11224 11331 0.83 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 +contig64 AUGUSTUS CDS 11398 11898 0.92 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 +contig64 AUGUSTUS CDS 11952 12094 0.98 - 2 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 +contig64 AUGUSTUS CDS 13209 13356 0.44 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 +contig64 AUGUSTUS start_codon 13354 13356 . - 0 Parent=contig64.g111.t1 +# coding sequence = [atgggcgagggccattgtttatcacctataatcatgactgtacacaaatacatgggctgcatttacattgcagtgatat +# tgtctgcacatctgtttgctggagttgtaacttcaagtgaaaatgatgatgaatacttaacacaaaaagaggtcatattagaaaagtcgtatcatggg +# ttgattcgagaaaacgaaacactagtggaaataactccattaataaaagtggatgaagaaaaaatttgcaactttcatattcttaaaaagccatatca +# tgagattccatttgaaattgaactggttaataacctggggattttaaaagctcgccggacgttaaattgcgagaaacgaaagagctatcatttcgaaa +# tcgttgcggtatattgcgatggaacaccttcaaatacagctaatgttcatattactgttatcgacataaatgaatatgcaccaacatttatagaaccg +# tcttacgtaacagaagtagacgaaggtcgtctttacaatgagatcttaagagtggaagctactgataaggactgtactccactttttggcgatgtttg +# caaatatgagatactaaacaatgacgaaccattctcaatagataacgagggcttaatcaaaaatactgaaccactttctcataaggcatcacataacc +# acatactatctgttgttgcgtacgactgtgcgatgaaagaatctgccgcaataatggttagcatcaaagttcgacgagtgtgtgagacgaagttctta +# ggcatgccagaacgtattgattatacgtccggtagcactgaaagccttcaactttttcccaacgcccgattggatttgtgtgatatttcttgtaagaa +# tgaataccttagtattcatgcatcgatagctcttaagacaaaacacatctcatttggatgcgatcgggacctatcaaattgtacttcgagccaaaaag +# tgaaagaccttttgccgcatggtgcagaatggaccaaagaattgagctacgacgaaggcgtagaacctatatttcactttgacgggtctactggagta +# gtggttcctgacactgttatcaatcattacgatttctcatcgcgtccttttagcattctcaccatgtttagacataatagtcaaggtgtggctaataa +# acatgttaaggaacatattgtctgcagtgctgatgaccacaaaatgaatcgccatcatatggcattgtttgttcgcaactgtcgtcttatacttttat +# taagaaaaaactttaacgagggtgatcttaatatctttagccctgctgaatggcgttggaaaatacctgaggtttgcgataatgaatggcatcactat +# gttcttaatgttgaagatccgtccaaagttgatttatttatcgatggcgtacgttttgaaaattctattgaggatcgacatagcaatccggagttcct +# atgggagctatatgatatagttgtcctatccggctggttccgacttatatacaacctgcaatag] +# protein sequence = [MGEGHCLSPIIMTVHKYMGCIYIAVILSAHLFAGVVTSSENDDEYLTQKEVILEKSYHGLIRENETLVEITPLIKVDE +# EKICNFHILKKPYHEIPFEIELVNNLGILKARRTLNCEKRKSYHFEIVAVYCDGTPSNTANVHITVIDINEYAPTFIEPSYVTEVDEGRLYNEILRVE +# ATDKDCTPLFGDVCKYEILNNDEPFSIDNEGLIKNTEPLSHKASHNHILSVVAYDCAMKESAAIMVSIKVRRVCETKFLGMPERIDYTSGSTESLQLF +# PNARLDLCDISCKNEYLSIHASIALKTKHISFGCDRDLSNCTSSQKVKDLLPHGAEWTKELSYDEGVEPIFHFDGSTGVVVPDTVINHYDFSSRPFSI +# LTMFRHNSQGVANKHVKEHIVCSADDHKMNRHHMALFVRNCRLILLLRKNFNEGDLNIFSPAEWRWKIPEVCDNEWHHYVLNVEDPSKVDLFIDGVRF +# ENSIEDRHSNPEFLWELYDIVVLSGWFRLIYNLQ] +# end gene contig64.g111 +### +# start gene contig64.g112 +contig64 AUGUSTUS gene 21894 36450 0.08 + . 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ID=contig65.g113 +contig65 AUGUSTUS transcript 1885 42915 0.02 + . ID=contig65.g113.t1;Parent=contig65.g113 +contig65 AUGUSTUS start_codon 1885 1887 . + 0 Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 1885 1887 0.99 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 1940 2072 0.99 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 2137 2297 0.9 + 2 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 5560 5724 0.89 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 5781 5939 0.71 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 7023 7226 0.91 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 10138 10242 0.84 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 15720 16110 0.97 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 42380 42915 0.14 + 2 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +# coding sequence = [atggtacggaaaaaacgcgacactttagaaaagaaaaacataatagaccgaagcacccttaacaggatatgtttctcat +# acatgatattttcaatgcttataattgcaaccgcccttcctccagtgatacgcgtaggtgccatatttaccgaagatgagcgtgaaagcagtatcgaa +# tcggcctttaaatacgcgatttaccggatcaacaaggaaaaaaaccttcttcccaatacacaacttgtatacgatattgagtatgtgccccgagatga +# ttcgtttcgcaccactaaaaaggacttggaaacgtatgatcttgaggattttaggtataacagcgtaaatataactgcatttcgtttggtcgatgtca +# atagcaaaagatatctagaggttattgatcaaatgcagagattgcagcataatggattacaaagaatcaatggaattccttatatacagacagaatcc +# gctttaatgtttgattcggtatacgcctttgcttctgggttacactttttaaatttagatagccgtcccaatttttctgtcaaaaacctctcatgcac +# ctccgaccaaacttgggatgacggaatttctttgtataaccaaataaacgctgctattacagatggtttaacaggaaatattaattttgtggaaggtc +# gccgagacaagtttaaacttgatattctaaaattgaagcaagaaaaaattcaaaaggtgggatactggcagcccgaggtcggtattaacatttcggat +# ccaacggctttctacgattctaatattgcaaatataacattggtcgttatgacaagagagcgtgctgatctggctgtagcctcaatgacaattaacta +# tgctcgggaaagtgttatagactttacaaaaccatttatgaatttgggcattggtatcctttttaaggattctaaaattggtatatatcaaaaaatgt +# ggcgttatatggagaatcggaaagcagctgtatttgttaaaacgtacgaagatggaattaagcgtgtaatggaaggcagctatgcatttttaatggaa +# tccaccatgcttgactatgcagttcaacgcgattgtaatttaactcaaataggtggcttactggattctaaaggttacggcatcgccacaccaaaagg +# atctccttggagagataaaatttcactcgccattttagagctacaagaaaaaggtattattcaaatattatatgataaatggtggaaaaatacgggtg +# atgtttgcaacagagacgataagagcaaggagtccaaggccaatgcactaggagtagaaaatattgatgttaaaagtctaaattcaaagaaagaggtt +# caaataattgaatcaggtaaaaattctgatgttccgcgcaaaaccacaaattcattatcaatagagacaatacaattcaaggaagaaatgcaattgca +# agcccgaaatcgcatagactctattaaacgcactctagttggaggtgaacgtgttgatgacctaaaactaaaagaacagcaccaagctaaaaaaatgg +# cagcacaacgtcacttaagtgctatcgcctatgcattaaacagagttcaatgtgaggatcgtgatctcttgcagggacattatgctactataacccaa +# gaaataaatataaaaaataatcacattaagaagtgtaaagaaaaaattaaaatgcttgaaatggaagtttccgatttaaactctgagtttcaattgga +# tagagaggattatttggacgaaatacgaaatcttggtcgtcaaataaagttttatcaacaattggtttataaatttaatccaagttttcaaaaaaatg +# gaagaaactggtaa] +# protein sequence = [MVRKKRDTLEKKNIIDRSTLNRICFSYMIFSMLIIATALPPVIRVGAIFTEDERESSIESAFKYAIYRINKEKNLLPN +# TQLVYDIEYVPRDDSFRTTKKDLETYDLEDFRYNSVNITAFRLVDVNSKRYLEVIDQMQRLQHNGLQRINGIPYIQTESALMFDSVYAFASGLHFLNL +# DSRPNFSVKNLSCTSDQTWDDGISLYNQINAAITDGLTGNINFVEGRRDKFKLDILKLKQEKIQKVGYWQPEVGINISDPTAFYDSNIANITLVVMTR +# ERADLAVASMTINYARESVIDFTKPFMNLGIGILFKDSKIGIYQKMWRYMENRKAAVFVKTYEDGIKRVMEGSYAFLMESTMLDYAVQRDCNLTQIGG +# LLDSKGYGIATPKGSPWRDKISLAILELQEKGIIQILYDKWWKNTGDVCNRDDKSKESKANALGVENIDVKSLNSKKEVQIIESGKNSDVPRKTTNSL +# SIETIQFKEEMQLQARNRIDSIKRTLVGGERVDDLKLKEQHQAKKMAAQRHLSAIAYALNRVQCEDRDLLQGHYATITQEINIKNNHIKKCKEKIKML +# EMEVSDLNSEFQLDREDYLDEIRNLGRQIKFYQQLVYKFNPSFQKNGRNW] +# end gene contig65.g113 +### +# +# ----- prediction on sequence number 66 (length = 45011, name = contig66) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 66 on both strands +# (none) +# +# ----- prediction on sequence number 67 (length = 44531, name = contig67) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 67 on both strands +# start gene contig67.g114 +contig67 AUGUSTUS gene 7489 44111 0.03 + . 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ID=contig68.g115 +contig68 AUGUSTUS transcript 4505 24961 0.03 - . 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ID=contig69.g116.t1;Parent=contig69.g116 +contig69 AUGUSTUS start_codon 30000 30002 . + 0 Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 30000 30334 0.73 + 0 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 31328 31448 1 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 40335 40510 0.93 + 0 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 40569 40800 0.98 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 40859 41109 0.67 + 0 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 41958 42188 0.57 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 42238 42382 0.98 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 42438 42544 0.99 + 0 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 42702 42781 0.98 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 42839 43045 0.24 + 2 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 43387 43409 0.22 + 2 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +# coding sequence = [atgattgatccaagttcgagtgaagaagaaggcgaagatgaccccattgctaatgtgtcatcgaaaggacgtcttacac +# atgcacccaagggcacaaacaccgtttccatattaggtggggtttcaggtcccggtgtaggatcaaatatggctatttctggttctaatggtgatttg +# gccgggaatcaaagacaatctaatataagttctattagtaaccgaaatgatgctggaaacgtggcaggagttggaggctcctctaacaaaaatgagca +# aatacatggtagccgagttgacggcggcaatcttgaggtgcccaacagctgtattcccagcggtgtttcgcaagaaactttaaatcaaagtattggat +# cgtcgagggccaactctttgccacggccattgtcaccatcaccatctttaaccagcgaaaagcctgacactggagatccacatgcttttcttaaaggt +# gaaactcaaataatggcggatgaagcctttcaaaatgctgtacagagttatcacgacgtgtttcttaaatcggagcgagttttaaagatggtccaatc +# tggagcatcatcgcaacatgattttcgcgaagtttttcgtaacaacatagaaaaacgagtcagatctttacctgagattgatggtcttagtaaggaaa +# ctgtactaacttcttggatggcaaaattcgacataatattaaaaggaactggagaagaggactcgaagcgaccatctcggatgcagcaatcacttaat +# agcgagttaattctttcaaaagagcaattgtatgatatgtttcaacaaatattgttagtaaagaaatttgagcatcaaattttgtataacgccttgat +# gctagactctgccgatgaacaagcagcggctataagacgggaattagatggaagaatgcaacgtgtaggagaaatggagaaaaatcgcaaacttatgc +# caaaatttgttcttaaagaaatggagtcactttacgtcgaggaacttaagtcgtcaatcaatcttttaatggctaatcttgaatctcttccagtatcg +# aaaggaaatatggatagtaaatatggacttcaaaaacttaaacgatataatcacaggaaattgatactgcggtctcacggatccttgtccaagttgga +# gggtgactctgaagatggttctacacaattaacaaagttggatgttgtacttacctttcaattggaagtgatcgttatggaggttaaaggtcttaaat +# cattagctcctaatcgcattgtgtactgcacaatggaagttgaaaatggagaaaagcttcaaacggatcaagcggaagcatcaaaaccaatgtgggat +# acgcaaggtgattttacaaccacacatccactgccagttgtcaaggtcaaattgtacacagagaaccccggaatgctggcattggaagataaggaact +# gggaaaagtaatccttaaacctacccctctttcatccaaatcacctgagtggcatcgaatggtcattccaaaaaaccttcctgaccaagatatacgga +# ttaagatagcttgccgacttgataaacctttaaatatgaaacactgtggttataaggaaaaaaaatccgagccgtctgagatgatgcagcttgatgga +# tatacagtagattacatagaagccgccagtgcaaatttgatgtttggcatcgatttaaacggtggacgatttttcttcaacgctgtacgtgagggtga +# tagtatttcctttgcttgcgatgatgagaatgaatgcagtttatgggtaatggccatgtacagggcaactggtcaatcccataagccaactccaccaa +# taacacaagataagaattcagcaatgtcaaaaattcaaggtgagtcacaagacaagtcgatctag] +# protein sequence = [MIDPSSSEEEGEDDPIANVSSKGRLTHAPKGTNTVSILGGVSGPGVGSNMAISGSNGDLAGNQRQSNISSISNRNDAG +# NVAGVGGSSNKNEQIHGSRVDGGNLEVPNSCIPSGVSQETLNQSIGSSRANSLPRPLSPSPSLTSEKPDTGDPHAFLKGETQIMADEAFQNAVQSYHD +# VFLKSERVLKMVQSGASSQHDFREVFRNNIEKRVRSLPEIDGLSKETVLTSWMAKFDIILKGTGEEDSKRPSRMQQSLNSELILSKEQLYDMFQQILL +# VKKFEHQILYNALMLDSADEQAAAIRRELDGRMQRVGEMEKNRKLMPKFVLKEMESLYVEELKSSINLLMANLESLPVSKGNMDSKYGLQKLKRYNHR +# KLILRSHGSLSKLEGDSEDGSTQLTKLDVVLTFQLEVIVMEVKGLKSLAPNRIVYCTMEVENGEKLQTDQAEASKPMWDTQGDFTTTHPLPVVKVKLY +# TENPGMLALEDKELGKVILKPTPLSSKSPEWHRMVIPKNLPDQDIRIKIACRLDKPLNMKHCGYKEKKSEPSEMMQLDGYTVDYIEAASANLMFGIDL +# NGGRFFFNAVREGDSISFACDDENECSLWVMAMYRATGQSHKPTPPITQDKNSAMSKIQGESQDKSI] +# end gene contig69.g116 +### +# +# ----- prediction on sequence number 70 (length = 55020, name = contig70) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 70 on both strands +# start gene contig70.g117 +contig70 AUGUSTUS gene 47 47328 0.01 + . ID=contig70.g117 +contig70 AUGUSTUS transcript 47 47328 0.01 + . ID=contig70.g117.t1;Parent=contig70.g117 +contig70 AUGUSTUS start_codon 47 49 . + 0 Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 47 381 0.82 + 0 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 1375 1495 0.97 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 10382 10557 0.95 + 0 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 10616 10847 0.99 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 10906 11156 0.58 + 0 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 12005 12235 0.46 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 12285 12429 0.99 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 12485 12591 1 + 0 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 12749 12828 0.93 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 12886 13092 0.66 + 2 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+ The following has been generated by Hub Archive Creator: +

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ID=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1 +contig4 GlimmerHMM CDS 3984 4148 . + 0 ID=contig4.cds1.1;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=initial-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 6591 6636 . + 0 ID=contig4.cds1.2;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 7276 7394 . + 2 ID=contig4.cds1.3;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 8392 8432 . + 0 ID=contig4.cds1.4;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 9291 9307 . + 1 ID=contig4.cds1.5;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 9588 9685 . + 2 ID=contig4.cds1.6;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 13122 13233 . + 0 ID=contig4.cds1.7;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 13464 13533 . + 2 ID=contig4.cds1.8;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 18109 18283 . + 1 ID=contig4.cds1.9;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 18722 18782 . + 0 ID=contig4.cds1.10;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 19022 19109 . + 2 ID=contig4.cds1.11;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 20791 20940 . + 1 ID=contig4.cds1.12;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 24938 26941 . + 1 ID=contig4.cds1.13;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 28563 28613 . + 1 ID=contig4.cds1.14;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 31331 31523 . + 1 ID=contig4.cds1.15;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 31759 31924 . + 0 ID=contig4.cds1.16;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 35604 35644 . + 2 ID=contig4.cds1.17;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 36906 37059 . + 0 ID=contig4.cds1.18;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 37833 37902 . + 2 ID=contig4.cds1.19;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 39954 40085 . + 1 ID=contig4.cds1.20;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 50913 51981 . + 1 ID=contig4.cds1.21;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=final-exon +##sequence-region contig5 1 50018 +contig5 GlimmerHMM mRNA 408 37153 . + . ID=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1 +contig5 GlimmerHMM CDS 408 1939 . + 0 ID=contig5.cds1.1;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=initial-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 3561 3611 . + 1 ID=contig5.cds1.2;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 6329 6521 . + 1 ID=contig5.cds1.3;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 6757 6922 . + 0 ID=contig5.cds1.4;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 10602 10642 . + 2 ID=contig5.cds1.5;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 11904 12057 . + 0 ID=contig5.cds1.6;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 12831 12900 . + 2 ID=contig5.cds1.7;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 14952 15083 . + 1 ID=contig5.cds1.8;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 25911 26859 . + 1 ID=contig5.cds1.9;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 36466 36760 . + 0 ID=contig5.cds1.10;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 36969 37153 . + 2 ID=contig5.cds1.11;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=final-exon +contig5 GlimmerHMM mRNA 43345 44908 . - . ID=contig5.path1.gene2;Name=contig5.path1.gene2 +contig5 GlimmerHMM CDS 43345 44665 . - 1 ID=contig5.cds2.1;Parent=contig5.path1.gene2;Name=contig5.path1.gene2;Note=final-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 44724 44908 . - 0 ID=contig5.cds2.2;Parent=contig5.path1.gene2;Name=contig5.path1.gene2;Note=initial-exon +##sequence-region contig6 1 40015 +contig6 GlimmerHMM mRNA 6658 7144 . + . ID=contig6.path1.gene1;Name=contig6.path1.gene1 +contig6 GlimmerHMM CDS 6658 6751 . + 0 ID=contig6.cds1.1;Parent=contig6.path1.gene1;Name=contig6.path1.gene1;Note=initial-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 6960 7144 . + 2 ID=contig6.cds1.2;Parent=contig6.path1.gene1;Name=contig6.path1.gene1;Note=final-exon +contig6 GlimmerHMM mRNA 13336 36917 . - . ID=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2 +contig6 GlimmerHMM CDS 13336 14656 . - 1 ID=contig6.cds2.1;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=final-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 14997 15090 . - 2 ID=contig6.cds2.2;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 18113 18398 . - 0 ID=contig6.cds2.3;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 19779 19872 . - 1 ID=contig6.cds2.4;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 20931 21078 . - 2 ID=contig6.cds2.5;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 21782 22112 . - 0 ID=contig6.cds2.6;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 26021 26962 . - 0 ID=contig6.cds2.7;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 27027 27130 . - 2 ID=contig6.cds2.8;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 28828 29941 . - 0 ID=contig6.cds2.9;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 32704 32811 . - 0 ID=contig6.cds2.10;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 36864 36917 . - 0 ID=contig6.cds2.11;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=initial-exon +##sequence-region contig7 1 50017 +contig7 GlimmerHMM mRNA 3332 26913 . - . ID=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1 +contig7 GlimmerHMM CDS 3332 4652 . - 1 ID=contig7.cds1.1;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=final-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 4993 5086 . - 2 ID=contig7.cds1.2;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 8109 8394 . - 0 ID=contig7.cds1.3;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 9775 9868 . - 1 ID=contig7.cds1.4;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 10927 11074 . - 2 ID=contig7.cds1.5;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 11778 12108 . - 0 ID=contig7.cds1.6;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 16017 16958 . - 0 ID=contig7.cds1.7;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 17023 17126 . - 2 ID=contig7.cds1.8;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 18824 19937 . - 0 ID=contig7.cds1.9;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 22700 22807 . - 0 ID=contig7.cds1.10;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 26860 26913 . - 0 ID=contig7.cds1.11;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=initial-exon +contig7 GlimmerHMM mRNA 32769 33038 . - . ID=contig7.path1.gene2;Name=contig7.path1.gene2 +contig7 GlimmerHMM CDS 32769 33038 . - 0 ID=contig7.cds2.1;Parent=contig7.path1.gene2;Name=contig7.path1.gene2;Note=single-exon +contig7 GlimmerHMM mRNA 37329 49928 . + . ID=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3 +contig7 GlimmerHMM CDS 37329 37570 . + 0 ID=contig7.cds3.1;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=initial-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 38750 38793 . + 1 ID=contig7.cds3.2;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 38894 39182 . + 2 ID=contig7.cds3.3;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 39248 39354 . + 1 ID=contig7.cds3.4;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 39429 39655 . + 2 ID=contig7.cds3.5;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 39848 40351 . + 0 ID=contig7.cds3.6;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 40423 40623 . + 0 ID=contig7.cds3.7;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 44971 46843 . + 0 ID=contig7.cds3.8;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 49915 49928 . + 2 ID=contig7.cds3.9;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=final-exon +##sequence-region contig8 1 35012 +contig8 GlimmerHMM mRNA 2758 3027 . - . ID=contig8.path1.gene1;Name=contig8.path1.gene1 +contig8 GlimmerHMM CDS 2758 3027 . - 0 ID=contig8.cds1.1;Parent=contig8.path1.gene1;Name=contig8.path1.gene1;Note=single-exon +contig8 GlimmerHMM mRNA 7318 33446 . + . 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ID=contig9.path1.gene1;Name=contig9.path1.gene1 +contig9 GlimmerHMM CDS 2758 3027 . - 0 ID=contig9.cds1.1;Parent=contig9.path1.gene1;Name=contig9.path1.gene1;Note=single-exon +contig9 GlimmerHMM mRNA 7318 38632 . + . 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ID=contig10.path1.gene2;Name=contig10.path1.gene2 +contig10 GlimmerHMM CDS 17334 17563 . + 0 ID=contig10.cds2.1;Parent=contig10.path1.gene2;Name=contig10.path1.gene2;Note=initial-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 17910 17940 . + 1 ID=contig10.cds2.2;Parent=contig10.path1.gene2;Name=contig10.path1.gene2;Note=final-exon +contig10 GlimmerHMM mRNA 21687 22382 . - . ID=contig10.path1.gene3;Name=contig10.path1.gene3 +contig10 GlimmerHMM CDS 21687 22382 . - 0 ID=contig10.cds3.1;Parent=contig10.path1.gene3;Name=contig10.path1.gene3;Note=single-exon +contig10 GlimmerHMM mRNA 24696 27471 . + . ID=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4 +contig10 GlimmerHMM CDS 24696 24708 . + 0 ID=contig10.cds4.1;Parent=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4;Note=initial-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 25731 25835 . + 2 ID=contig10.cds4.2;Parent=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4;Note=internal-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 27079 27199 . + 2 ID=contig10.cds4.3;Parent=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4;Note=internal-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 27285 27471 . + 1 ID=contig10.cds4.4;Parent=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4;Note=final-exon +contig10 GlimmerHMM mRNA 30099 42172 . - . ID=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5 +contig10 GlimmerHMM CDS 30099 30244 . - 2 ID=contig10.cds5.1;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=final-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 31348 31714 . - 0 ID=contig10.cds5.2;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 34057 34150 . - 1 ID=contig10.cds5.3;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 36047 36093 . - 0 ID=contig10.cds5.4;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 41616 41718 . - 1 ID=contig10.cds5.5;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 41777 41874 . - 0 ID=contig10.cds5.6;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 42107 42172 . - 0 ID=contig10.cds5.7;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=initial-exon +##sequence-region contig11 1 35013 +contig11 GlimmerHMM mRNA 682 1377 . - . ID=contig11.path1.gene1;Name=contig11.path1.gene1 +contig11 GlimmerHMM CDS 682 1377 . - 0 ID=contig11.cds1.1;Parent=contig11.path1.gene1;Name=contig11.path1.gene1;Note=single-exon +contig11 GlimmerHMM mRNA 3691 6466 . + . ID=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2 +contig11 GlimmerHMM CDS 3691 3703 . + 0 ID=contig11.cds2.1;Parent=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2;Note=initial-exon +contig11 GlimmerHMM CDS 4726 4830 . + 2 ID=contig11.cds2.2;Parent=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2;Note=internal-exon +contig11 GlimmerHMM CDS 6074 6194 . + 2 ID=contig11.cds2.3;Parent=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2;Note=internal-exon +contig11 GlimmerHMM CDS 6280 6466 . + 1 ID=contig11.cds2.4;Parent=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2;Note=final-exon +contig11 GlimmerHMM mRNA 9094 32965 . - . 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ID=contig15.path1.gene4;Name=contig15.path1.gene4 +contig15 GlimmerHMM CDS 44931 45401 . - 0 ID=contig15.cds4.1;Parent=contig15.path1.gene4;Name=contig15.path1.gene4;Note=single-exon +##sequence-region contig16 1 45017 +contig16 GlimmerHMM mRNA 5783 6209 . + . ID=contig16.path1.gene1;Name=contig16.path1.gene1 +contig16 GlimmerHMM CDS 5783 6209 . + 0 ID=contig16.cds1.1;Parent=contig16.path1.gene1;Name=contig16.path1.gene1;Note=final-exon +contig16 GlimmerHMM mRNA 10493 17535 . - . 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ID=contig16.path1.gene3;Name=contig16.path1.gene3 +contig16 GlimmerHMM CDS 20474 20749 . + 0 ID=contig16.cds3.1;Parent=contig16.path1.gene3;Name=contig16.path1.gene3;Note=single-exon +contig16 GlimmerHMM mRNA 23317 43623 . + . ID=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4 +contig16 GlimmerHMM CDS 23317 25126 . + 0 ID=contig16.cds4.1;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=initial-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 26889 27049 . + 2 ID=contig16.cds4.2;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 27109 27253 . + 0 ID=contig16.cds4.3;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 29072 29164 . + 2 ID=contig16.cds4.4;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 29221 29331 . + 2 ID=contig16.cds4.5;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 30805 30886 . + 2 ID=contig16.cds4.6;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 33017 33107 . + 1 ID=contig16.cds4.7;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 34338 34619 . + 0 ID=contig16.cds4.8;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 34685 34835 . + 0 ID=contig16.cds4.9;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 34991 35174 . + 2 ID=contig16.cds4.10;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 42456 42590 . + 1 ID=contig16.cds4.11;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 43033 43110 . + 1 ID=contig16.cds4.12;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 43293 43354 . + 1 ID=contig16.cds4.13;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 43421 43623 . + 2 ID=contig16.cds4.14;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=final-exon +##sequence-region contig17 1 40013 +contig17 GlimmerHMM mRNA 466 741 . + . ID=contig17.path1.gene1;Name=contig17.path1.gene1 +contig17 GlimmerHMM CDS 466 741 . + 0 ID=contig17.cds1.1;Parent=contig17.path1.gene1;Name=contig17.path1.gene1;Note=single-exon +contig17 GlimmerHMM mRNA 3309 23615 . + . ID=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2 +contig17 GlimmerHMM CDS 3309 5118 . + 0 ID=contig17.cds2.1;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=initial-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 6881 7041 . + 2 ID=contig17.cds2.2;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 7101 7245 . + 0 ID=contig17.cds2.3;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 9064 9156 . + 2 ID=contig17.cds2.4;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 9213 9323 . + 2 ID=contig17.cds2.5;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 10797 10878 . + 2 ID=contig17.cds2.6;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 13009 13099 . + 1 ID=contig17.cds2.7;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 14330 14611 . + 0 ID=contig17.cds2.8;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 14677 14827 . + 0 ID=contig17.cds2.9;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 14983 15166 . + 2 ID=contig17.cds2.10;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 22448 22582 . + 1 ID=contig17.cds2.11;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 23025 23102 . + 1 ID=contig17.cds2.12;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 23285 23346 . + 1 ID=contig17.cds2.13;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 23413 23615 . + 2 ID=contig17.cds2.14;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=final-exon +contig17 GlimmerHMM mRNA 26312 36998 . - . ID=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3 +contig17 GlimmerHMM CDS 26312 26334 . - 2 ID=contig17.cds3.1;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=final-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 28963 29116 . - 0 ID=contig17.cds3.2;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 30713 31824 . - 2 ID=contig17.cds3.3;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 31877 32056 . - 2 ID=contig17.cds3.4;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 33479 34076 . - 0 ID=contig17.cds3.5;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 34131 34286 . - 0 ID=contig17.cds3.6;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 36948 36998 . - 0 ID=contig17.cds3.7;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=initial-exon +##sequence-region contig18 1 40012 +contig18 GlimmerHMM mRNA 1303 11989 . - . ID=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1 +contig18 GlimmerHMM CDS 1303 1325 . - 2 ID=contig18.cds1.1;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=final-exon +contig18 GlimmerHMM CDS 3954 4107 . - 0 ID=contig18.cds1.2;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon +contig18 GlimmerHMM CDS 5704 6815 . - 2 ID=contig18.cds1.3;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon +contig18 GlimmerHMM CDS 6868 7047 . - 2 ID=contig18.cds1.4;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon +contig18 GlimmerHMM CDS 8470 9067 . - 0 ID=contig18.cds1.5;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon +contig18 GlimmerHMM CDS 9122 9277 . - 0 ID=contig18.cds1.6;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon +contig18 GlimmerHMM CDS 11939 11989 . - 0 ID=contig18.cds1.7;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=initial-exon +contig18 GlimmerHMM mRNA 18320 30118 . - . 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ID=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7 +contig20 GlimmerHMM CDS 46751 46866 . + 0 ID=contig20.cds7.1;Parent=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7;Note=initial-exon +contig20 GlimmerHMM CDS 46977 47075 . + 1 ID=contig20.cds7.2;Parent=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7;Note=internal-exon +contig20 GlimmerHMM CDS 47706 47868 . + 1 ID=contig20.cds7.3;Parent=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7;Note=internal-exon +contig20 GlimmerHMM CDS 49661 49963 . + 0 ID=contig20.cds7.4;Parent=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7;Note=final-exon +##sequence-region contig21 1 50011 +contig21 GlimmerHMM mRNA 2380 2466 . + . ID=contig21.path1.gene1;Name=contig21.path1.gene1 +contig21 GlimmerHMM CDS 2380 2466 . + 0 ID=contig21.cds1.1;Parent=contig21.path1.gene1;Name=contig21.path1.gene1;Note=final-exon +contig21 GlimmerHMM mRNA 6741 11405 . + . 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ID=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2 +contig22 GlimmerHMM CDS 36288 36369 . + 0 ID=contig22.cds2.1;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=initial-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 36871 37530 . + 2 ID=contig22.cds2.2;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 38296 38457 . + 2 ID=contig22.cds2.3;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 44786 45091 . + 2 ID=contig22.cds2.4;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 48394 48703 . + 2 ID=contig22.cds2.5;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 48769 48980 . + 1 ID=contig22.cds2.6;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 49038 49226 . + 2 ID=contig22.cds2.7;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 49745 49896 . + 2 ID=contig22.cds2.8;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 50047 51108 . + 0 ID=contig22.cds2.9;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 51770 52879 . + 0 ID=contig22.cds2.10;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 53483 53714 . + 0 ID=contig22.cds2.11;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 53776 53942 . + 2 ID=contig22.cds2.12;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 55547 55816 . + 0 ID=contig22.cds2.13;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 58256 58619 . + 0 ID=contig22.cds2.14;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 58685 58827 . + 2 ID=contig22.cds2.15;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=final-exon +##sequence-region contig23 1 50012 +contig23 GlimmerHMM mRNA 3228 17635 . + . ID=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1 +contig23 GlimmerHMM CDS 3228 3333 . + 0 ID=contig23.cds1.1;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=initial-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 4779 5084 . + 2 ID=contig23.cds1.2;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 8387 8696 . + 2 ID=contig23.cds1.3;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 8762 8973 . + 1 ID=contig23.cds1.4;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 9031 9219 . + 2 ID=contig23.cds1.5;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 9738 9889 . + 2 ID=contig23.cds1.6;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 10040 11101 . + 0 ID=contig23.cds1.7;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 11763 12872 . + 0 ID=contig23.cds1.8;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 13476 13707 . + 0 ID=contig23.cds1.9;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 13769 13935 . + 2 ID=contig23.cds1.10;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 15540 15809 . + 0 ID=contig23.cds1.11;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 17576 17635 . + 0 ID=contig23.cds1.12;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=final-exon +contig23 GlimmerHMM mRNA 20555 32675 . - . ID=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2 +contig23 GlimmerHMM CDS 20555 21226 . - 0 ID=contig23.cds2.1;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=final-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 21361 21933 . - 0 ID=contig23.cds2.2;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 22038 22105 . - 2 ID=contig23.cds2.3;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 22166 22501 . - 2 ID=contig23.cds2.4;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 23512 23677 . - 0 ID=contig23.cds2.5;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 23850 24034 . - 2 ID=contig23.cds2.6;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 26014 26138 . - 1 ID=contig23.cds2.7;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 29840 29955 . - 0 ID=contig23.cds2.8;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 30045 30130 . - 2 ID=contig23.cds2.9;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 32411 32675 . - 0 ID=contig23.cds2.10;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=initial-exon +contig23 GlimmerHMM mRNA 38390 42829 . - . ID=contig23.path1.gene3;Name=contig23.path1.gene3 +contig23 GlimmerHMM CDS 38390 38648 . - 1 ID=contig23.cds3.1;Parent=contig23.path1.gene3;Name=contig23.path1.gene3;Note=final-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 40546 40623 . - 1 ID=contig23.cds3.2;Parent=contig23.path1.gene3;Name=contig23.path1.gene3;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 42558 42829 . - 0 ID=contig23.cds3.3;Parent=contig23.path1.gene3;Name=contig23.path1.gene3;Note=initial-exon +contig23 GlimmerHMM mRNA 45599 48088 . + . ID=contig23.path1.gene4;Name=contig23.path1.gene4 +contig23 GlimmerHMM CDS 45599 45652 . + 0 ID=contig23.cds4.1;Parent=contig23.path1.gene4;Name=contig23.path1.gene4;Note=initial-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 47100 47148 . + 0 ID=contig23.cds4.2;Parent=contig23.path1.gene4;Name=contig23.path1.gene4;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 48036 48088 . + 2 ID=contig23.cds4.3;Parent=contig23.path1.gene4;Name=contig23.path1.gene4;Note=final-exon +##sequence-region contig24 1 40010 +contig24 GlimmerHMM mRNA 552 12672 . - . ID=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1 +contig24 GlimmerHMM CDS 552 1223 . - 0 ID=contig24.cds1.1;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=final-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 1358 1930 . - 0 ID=contig24.cds1.2;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 2035 2102 . - 2 ID=contig24.cds1.3;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 2163 2498 . - 2 ID=contig24.cds1.4;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 3509 3674 . - 0 ID=contig24.cds1.5;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 3847 4031 . - 2 ID=contig24.cds1.6;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 6011 6135 . - 1 ID=contig24.cds1.7;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 9837 9952 . - 0 ID=contig24.cds1.8;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 10042 10127 . - 2 ID=contig24.cds1.9;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 12408 12672 . - 0 ID=contig24.cds1.10;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=initial-exon +contig24 GlimmerHMM mRNA 18387 22826 . - . ID=contig24.path1.gene2;Name=contig24.path1.gene2 +contig24 GlimmerHMM CDS 18387 18645 . - 1 ID=contig24.cds2.1;Parent=contig24.path1.gene2;Name=contig24.path1.gene2;Note=final-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 20543 20620 . - 1 ID=contig24.cds2.2;Parent=contig24.path1.gene2;Name=contig24.path1.gene2;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 22555 22826 . - 0 ID=contig24.cds2.3;Parent=contig24.path1.gene2;Name=contig24.path1.gene2;Note=initial-exon +contig24 GlimmerHMM mRNA 25596 28085 . + . ID=contig24.path1.gene3;Name=contig24.path1.gene3 +contig24 GlimmerHMM CDS 25596 25649 . + 0 ID=contig24.cds3.1;Parent=contig24.path1.gene3;Name=contig24.path1.gene3;Note=initial-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 27097 27145 . + 0 ID=contig24.cds3.2;Parent=contig24.path1.gene3;Name=contig24.path1.gene3;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 28033 28085 . + 2 ID=contig24.cds3.3;Parent=contig24.path1.gene3;Name=contig24.path1.gene3;Note=final-exon +contig24 GlimmerHMM mRNA 30126 38563 . + . 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ID=contig26.path1.gene3;Name=contig26.path1.gene3 +contig26 GlimmerHMM CDS 13481 15037 . - 0 ID=contig26.cds3.1;Parent=contig26.path1.gene3;Name=contig26.path1.gene3;Note=final-exon +contig26 GlimmerHMM CDS 15091 15275 . - 2 ID=contig26.cds3.2;Parent=contig26.path1.gene3;Name=contig26.path1.gene3;Note=internal-exon +contig26 GlimmerHMM CDS 15747 17762 . - 2 ID=contig26.cds3.3;Parent=contig26.path1.gene3;Name=contig26.path1.gene3;Note=internal-exon +contig26 GlimmerHMM CDS 20895 21116 . - 2 ID=contig26.cds3.4;Parent=contig26.path1.gene3;Name=contig26.path1.gene3;Note=internal-exon +contig26 GlimmerHMM CDS 22306 22641 . - 2 ID=contig26.cds3.5;Parent=contig26.path1.gene3;Name=contig26.path1.gene3;Note=internal-exon +contig26 GlimmerHMM CDS 22702 22858 . - 0 ID=contig26.cds3.6;Parent=contig26.path1.gene3;Name=contig26.path1.gene3;Note=initial-exon +contig26 GlimmerHMM mRNA 25946 38735 . + . 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ID=contig31.path1.gene2;Name=contig31.path1.gene2 +contig31 GlimmerHMM CDS 35323 35808 . - 0 ID=contig31.cds2.1;Parent=contig31.path1.gene2;Name=contig31.path1.gene2;Note=final-exon +contig31 GlimmerHMM CDS 35835 35987 . - 0 ID=contig31.cds2.2;Parent=contig31.path1.gene2;Name=contig31.path1.gene2;Note=initial-exon +contig31 GlimmerHMM mRNA 38034 39914 . - . ID=contig31.path1.gene3;Name=contig31.path1.gene3 +contig31 GlimmerHMM CDS 38034 38140 . - 2 ID=contig31.cds3.1;Parent=contig31.path1.gene3;Name=contig31.path1.gene3;Note=final-exon +contig31 GlimmerHMM CDS 39393 39448 . - 1 ID=contig31.cds3.2;Parent=contig31.path1.gene3;Name=contig31.path1.gene3;Note=internal-exon +contig31 GlimmerHMM CDS 39745 39914 . - 0 ID=contig31.cds3.3;Parent=contig31.path1.gene3;Name=contig31.path1.gene3;Note=initial-exon +##sequence-region contig32 1 40014 +contig32 GlimmerHMM mRNA 5312 5976 . - . ID=contig32.path1.gene1;Name=contig32.path1.gene1 +contig32 GlimmerHMM CDS 5312 5797 . - 0 ID=contig32.cds1.1;Parent=contig32.path1.gene1;Name=contig32.path1.gene1;Note=final-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 5824 5976 . - 0 ID=contig32.cds1.2;Parent=contig32.path1.gene1;Name=contig32.path1.gene1;Note=initial-exon +contig32 GlimmerHMM mRNA 8023 9903 . - . ID=contig32.path1.gene2;Name=contig32.path1.gene2 +contig32 GlimmerHMM CDS 8023 8129 . - 2 ID=contig32.cds2.1;Parent=contig32.path1.gene2;Name=contig32.path1.gene2;Note=final-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 9382 9437 . - 1 ID=contig32.cds2.2;Parent=contig32.path1.gene2;Name=contig32.path1.gene2;Note=internal-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 9734 9903 . - 0 ID=contig32.cds2.3;Parent=contig32.path1.gene2;Name=contig32.path1.gene2;Note=initial-exon +contig32 GlimmerHMM mRNA 12268 14868 . + . ID=contig32.path1.gene3;Name=contig32.path1.gene3 +contig32 GlimmerHMM CDS 12268 12400 . + 0 ID=contig32.cds3.1;Parent=contig32.path1.gene3;Name=contig32.path1.gene3;Note=initial-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 14432 14868 . + 2 ID=contig32.cds3.2;Parent=contig32.path1.gene3;Name=contig32.path1.gene3;Note=final-exon +contig32 GlimmerHMM mRNA 19560 21269 . - . ID=contig32.path1.gene4;Name=contig32.path1.gene4 +contig32 GlimmerHMM CDS 19560 21269 . - 0 ID=contig32.cds4.1;Parent=contig32.path1.gene4;Name=contig32.path1.gene4;Note=single-exon +contig32 GlimmerHMM mRNA 23284 39594 . - . ID=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5 +contig32 GlimmerHMM CDS 23284 23340 . - 0 ID=contig32.cds5.1;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=final-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 24947 25309 . - 0 ID=contig32.cds5.2;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 25407 25572 . - 1 ID=contig32.cds5.3;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 26120 26752 . - 1 ID=contig32.cds5.4;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 29696 31284 . - 0 ID=contig32.cds5.5;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 35135 35187 . - 2 ID=contig32.cds5.6;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 39492 39594 . - 0 ID=contig32.cds5.7;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=initial-exon +##sequence-region contig33 1 40016 +contig33 GlimmerHMM mRNA 4558 6267 . - . ID=contig33.path1.gene1;Name=contig33.path1.gene1 +contig33 GlimmerHMM CDS 4558 6267 . - 0 ID=contig33.cds1.1;Parent=contig33.path1.gene1;Name=contig33.path1.gene1;Note=single-exon +contig33 GlimmerHMM mRNA 8282 22510 . - . ID=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2 +contig33 GlimmerHMM CDS 8282 8338 . - 0 ID=contig33.cds2.1;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=final-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 9945 10307 . - 0 ID=contig33.cds2.2;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 10405 10570 . - 1 ID=contig33.cds2.3;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 11118 11750 . - 1 ID=contig33.cds2.4;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 14694 16282 . - 0 ID=contig33.cds2.5;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 20938 20956 . - 1 ID=contig33.cds2.6;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 22380 22510 . - 0 ID=contig33.cds2.7;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=initial-exon +contig33 GlimmerHMM mRNA 25242 30390 . + . ID=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3 +contig33 GlimmerHMM CDS 25242 25284 . + 0 ID=contig33.cds3.1;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=initial-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 25460 25572 . + 2 ID=contig33.cds3.2;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 25920 26022 . + 0 ID=contig33.cds3.3;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 26958 27076 . + 2 ID=contig33.cds3.4;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 27141 27262 . + 0 ID=contig33.cds3.5;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 30074 30179 . + 1 ID=contig33.cds3.6;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 30235 30390 . + 0 ID=contig33.cds3.7;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=final-exon +contig33 GlimmerHMM mRNA 33024 37281 . - . ID=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4 +contig33 GlimmerHMM CDS 33024 33029 . - 0 ID=contig33.cds4.1;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=final-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 33092 33183 . - 2 ID=contig33.cds4.2;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 33492 34143 . - 0 ID=contig33.cds4.3;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 34200 34387 . - 2 ID=contig33.cds4.4;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 36532 36733 . - 0 ID=contig33.cds4.5;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 36795 36904 . - 2 ID=contig33.cds4.6;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 36967 37091 . - 1 ID=contig33.cds4.7;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 37184 37281 . - 0 ID=contig33.cds4.8;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=initial-exon +##sequence-region contig34 1 50012 +contig34 GlimmerHMM mRNA 230 5378 . + . ID=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1 +contig34 GlimmerHMM CDS 230 272 . + 0 ID=contig34.cds1.1;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=initial-exon +contig34 GlimmerHMM CDS 448 560 . + 2 ID=contig34.cds1.2;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon +contig34 GlimmerHMM CDS 908 1010 . + 0 ID=contig34.cds1.3;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon +contig34 GlimmerHMM CDS 1946 2064 . + 2 ID=contig34.cds1.4;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon +contig34 GlimmerHMM CDS 2129 2250 . + 0 ID=contig34.cds1.5;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon +contig34 GlimmerHMM CDS 5062 5167 . + 1 ID=contig34.cds1.6;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon +contig34 GlimmerHMM CDS 5223 5378 . + 0 ID=contig34.cds1.7;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=final-exon +contig34 GlimmerHMM mRNA 8012 12269 . - . 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ID=contig39.path1.gene3;Name=contig39.path1.gene3 +contig39 GlimmerHMM CDS 35574 36216 . + 0 ID=contig39.cds3.1;Parent=contig39.path1.gene3;Name=contig39.path1.gene3;Note=initial-exon +contig39 GlimmerHMM CDS 37575 38992 . + 2 ID=contig39.cds3.2;Parent=contig39.path1.gene3;Name=contig39.path1.gene3;Note=internal-exon +contig39 GlimmerHMM CDS 40979 41017 . + 0 ID=contig39.cds3.3;Parent=contig39.path1.gene3;Name=contig39.path1.gene3;Note=final-exon +##sequence-region contig40 1 60015 +contig40 GlimmerHMM mRNA 560 1677 . + . ID=contig40.path1.gene1;Name=contig40.path1.gene1 +contig40 GlimmerHMM CDS 560 1202 . + 0 ID=contig40.cds1.1;Parent=contig40.path1.gene1;Name=contig40.path1.gene1;Note=initial-exon +contig40 GlimmerHMM CDS 1580 1677 . + 2 ID=contig40.cds1.2;Parent=contig40.path1.gene1;Name=contig40.path1.gene1;Note=final-exon +contig40 GlimmerHMM mRNA 4227 16682 . - . 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ID=contig41.path1.gene3;Name=contig41.path1.gene3 +contig41 GlimmerHMM CDS 28424 28598 . - 1 ID=contig41.cds3.1;Parent=contig41.path1.gene3;Name=contig41.path1.gene3;Note=final-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 30447 30602 . - 1 ID=contig41.cds3.2;Parent=contig41.path1.gene3;Name=contig41.path1.gene3;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 31183 31508 . - 0 ID=contig41.cds3.3;Parent=contig41.path1.gene3;Name=contig41.path1.gene3;Note=initial-exon +contig41 GlimmerHMM mRNA 35171 58924 . + . ID=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4 +contig41 GlimmerHMM CDS 35171 35483 . + 0 ID=contig41.cds4.1;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=initial-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 36372 36508 . + 2 ID=contig41.cds4.2;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 37207 37228 . + 0 ID=contig41.cds4.3;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 37496 37526 . + 2 ID=contig41.cds4.4;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 39079 39241 . + 1 ID=contig41.cds4.5;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 39536 39677 . + 0 ID=contig41.cds4.6;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 40202 40343 . + 2 ID=contig41.cds4.7;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 40493 40693 . + 1 ID=contig41.cds4.8;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 40765 41066 . + 1 ID=contig41.cds4.9;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 41145 41247 . + 2 ID=contig41.cds4.10;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 41508 41608 . + 1 ID=contig41.cds4.11;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 42768 42957 . + 2 ID=contig41.cds4.12;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 43159 43291 . + 1 ID=contig41.cds4.13;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 43867 44269 . + 0 ID=contig41.cds4.14;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 44418 45091 . + 2 ID=contig41.cds4.15;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 45128 45343 . + 0 ID=contig41.cds4.16;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 46167 46307 . + 0 ID=contig41.cds4.17;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 46703 47044 . + 0 ID=contig41.cds4.18;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 47580 47624 . + 0 ID=contig41.cds4.19;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 47876 47998 . + 0 ID=contig41.cds4.20;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 48076 48135 . + 0 ID=contig41.cds4.21;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 48304 48399 . + 0 ID=contig41.cds4.22;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 50623 50937 . + 0 ID=contig41.cds4.23;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 52323 52448 . + 0 ID=contig41.cds4.24;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 52639 52674 . + 0 ID=contig41.cds4.25;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 52835 53011 . + 0 ID=contig41.cds4.26;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 53321 53548 . + 0 ID=contig41.cds4.27;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 54373 54546 . + 0 ID=contig41.cds4.28;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 58116 58263 . + 0 ID=contig41.cds4.29;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 58917 58924 . + 2 ID=contig41.cds4.30;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=final-exon +##sequence-region contig42 1 70020 +contig42 GlimmerHMM mRNA 1140 1502 . - . ID=contig42.path1.gene1;Name=contig42.path1.gene1 +contig42 GlimmerHMM CDS 1140 1502 . - 0 ID=contig42.cds1.1;Parent=contig42.path1.gene1;Name=contig42.path1.gene1;Note=single-exon +contig42 GlimmerHMM mRNA 5165 63391 . + . ID=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2 +contig42 GlimmerHMM CDS 5165 5477 . + 0 ID=contig42.cds2.1;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=initial-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 6366 6502 . + 2 ID=contig42.cds2.2;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 7201 7222 . + 0 ID=contig42.cds2.3;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 7490 7520 . + 2 ID=contig42.cds2.4;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 9073 9235 . + 1 ID=contig42.cds2.5;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 9530 9671 . + 0 ID=contig42.cds2.6;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 10196 10337 . + 2 ID=contig42.cds2.7;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 10487 10687 . + 1 ID=contig42.cds2.8;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 10759 11060 . + 1 ID=contig42.cds2.9;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 11139 11241 . + 2 ID=contig42.cds2.10;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 11502 11602 . + 1 ID=contig42.cds2.11;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 12762 12951 . + 2 ID=contig42.cds2.12;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 13153 13285 . + 1 ID=contig42.cds2.13;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 13861 14263 . + 0 ID=contig42.cds2.14;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 14412 15085 . + 2 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ID=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1 +contig43 GlimmerHMM CDS 593 646 . + 0 ID=contig43.cds1.1;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=initial-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 983 1417 . + 0 ID=contig43.cds1.2;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 1628 1705 . + 0 ID=contig43.cds1.3;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 3383 4082 . + 0 ID=contig43.cds1.4;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 4306 4659 . + 2 ID=contig43.cds1.5;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 5281 6993 . + 2 ID=contig43.cds1.6;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 8396 9295 . + 2 ID=contig43.cds1.7;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 9588 10351 . + 2 ID=contig43.cds1.8;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 10437 10572 . + 0 ID=contig43.cds1.9;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 10765 11655 . + 2 ID=contig43.cds1.10;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 11722 14394 . + 2 ID=contig43.cds1.11;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 15580 25413 . + 2 ID=contig43.cds1.12;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 25485 26463 . + 2 ID=contig43.cds1.13;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 26524 26865 . + 1 ID=contig43.cds1.14;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 27561 28603 . + 1 ID=contig43.cds1.15;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 29343 29399 . + 2 ID=contig43.cds1.16;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 31746 32048 . + 2 ID=contig43.cds1.17;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 32749 33383 . + 2 ID=contig43.cds1.18;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=final-exon +contig43 GlimmerHMM mRNA 39583 49156 . - . ID=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2 +contig43 GlimmerHMM CDS 39583 42419 . - 2 ID=contig43.cds2.1;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=final-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 44160 44231 . - 2 ID=contig43.cds2.2;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 44291 44971 . - 2 ID=contig43.cds2.3;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 46441 47293 . - 0 ID=contig43.cds2.4;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 48708 48891 . - 1 ID=contig43.cds2.5;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 49050 49156 . - 0 ID=contig43.cds2.6;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=initial-exon +##sequence-region contig44 1 50013 +contig44 GlimmerHMM mRNA 395 9144 . - . ID=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1 +contig44 GlimmerHMM CDS 395 520 . - 0 ID=contig44.cds1.1;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=final-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 1242 2407 . - 2 ID=contig44.cds1.2;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 4148 4219 . - 2 ID=contig44.cds1.3;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 4279 4959 . - 2 ID=contig44.cds1.4;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 6429 7281 . - 0 ID=contig44.cds1.5;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 8696 8879 . - 1 ID=contig44.cds1.6;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 9038 9144 . - 0 ID=contig44.cds1.7;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=initial-exon +contig44 GlimmerHMM mRNA 11632 14837 . - . ID=contig44.path1.gene2;Name=contig44.path1.gene2 +contig44 GlimmerHMM CDS 11632 12468 . - 0 ID=contig44.cds2.1;Parent=contig44.path1.gene2;Name=contig44.path1.gene2;Note=final-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 13947 14837 . - 0 ID=contig44.cds2.2;Parent=contig44.path1.gene2;Name=contig44.path1.gene2;Note=initial-exon +contig44 GlimmerHMM mRNA 16854 18627 . + . ID=contig44.path1.gene3;Name=contig44.path1.gene3 +contig44 GlimmerHMM CDS 16854 16926 . + 0 ID=contig44.cds3.1;Parent=contig44.path1.gene3;Name=contig44.path1.gene3;Note=initial-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 16985 17067 . + 2 ID=contig44.cds3.2;Parent=contig44.path1.gene3;Name=contig44.path1.gene3;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 18082 18627 . + 0 ID=contig44.cds3.3;Parent=contig44.path1.gene3;Name=contig44.path1.gene3;Note=final-exon +contig44 GlimmerHMM mRNA 21455 27740 . + . ID=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4 +contig44 GlimmerHMM CDS 21455 21722 . + 0 ID=contig44.cds4.1;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=initial-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 21925 22013 . + 2 ID=contig44.cds4.2;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 25199 25326 . + 0 ID=contig44.cds4.3;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 25564 25722 . + 1 ID=contig44.cds4.4;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 25885 25941 . + 1 ID=contig44.cds4.5;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 27123 27162 . + 1 ID=contig44.cds4.6;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 27693 27740 . + 0 ID=contig44.cds4.7;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=final-exon +contig44 GlimmerHMM mRNA 30550 47582 . - . ID=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5 +contig44 GlimmerHMM CDS 30550 30677 . - 2 ID=contig44.cds5.1;Parent=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5;Note=final-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 37567 37756 . - 0 ID=contig44.cds5.2;Parent=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 37808 37912 . - 0 ID=contig44.cds5.3;Parent=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 47484 47582 . - 0 ID=contig44.cds5.4;Parent=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5;Note=initial-exon +##sequence-region contig45 1 50013 +contig45 GlimmerHMM mRNA 1628 4833 . - . ID=contig45.path1.gene1;Name=contig45.path1.gene1 +contig45 GlimmerHMM CDS 1628 2464 . - 0 ID=contig45.cds1.1;Parent=contig45.path1.gene1;Name=contig45.path1.gene1;Note=final-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 3943 4833 . - 0 ID=contig45.cds1.2;Parent=contig45.path1.gene1;Name=contig45.path1.gene1;Note=initial-exon +contig45 GlimmerHMM mRNA 6850 8623 . + . ID=contig45.path1.gene2;Name=contig45.path1.gene2 +contig45 GlimmerHMM CDS 6850 6922 . + 0 ID=contig45.cds2.1;Parent=contig45.path1.gene2;Name=contig45.path1.gene2;Note=initial-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 6981 7063 . + 2 ID=contig45.cds2.2;Parent=contig45.path1.gene2;Name=contig45.path1.gene2;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 8078 8623 . + 0 ID=contig45.cds2.3;Parent=contig45.path1.gene2;Name=contig45.path1.gene2;Note=final-exon +contig45 GlimmerHMM mRNA 11451 17736 . + . ID=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3 +contig45 GlimmerHMM CDS 11451 11718 . + 0 ID=contig45.cds3.1;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=initial-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 11921 12009 . + 2 ID=contig45.cds3.2;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 15195 15322 . + 0 ID=contig45.cds3.3;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 15560 15718 . + 1 ID=contig45.cds3.4;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 15881 15937 . + 1 ID=contig45.cds3.5;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 17119 17158 . + 1 ID=contig45.cds3.6;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 17689 17736 . + 0 ID=contig45.cds3.7;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=final-exon +contig45 GlimmerHMM mRNA 20546 37578 . - . ID=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4 +contig45 GlimmerHMM CDS 20546 20673 . - 2 ID=contig45.cds4.1;Parent=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4;Note=final-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 27563 27752 . - 0 ID=contig45.cds4.2;Parent=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 27804 27908 . - 0 ID=contig45.cds4.3;Parent=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 37480 37578 . - 0 ID=contig45.cds4.4;Parent=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4;Note=initial-exon +contig45 GlimmerHMM mRNA 42096 44534 . - . ID=contig45.path1.gene5;Name=contig45.path1.gene5 +contig45 GlimmerHMM CDS 42096 42122 . - 0 ID=contig45.cds5.1;Parent=contig45.path1.gene5;Name=contig45.path1.gene5;Note=final-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 43859 44007 . - 2 ID=contig45.cds5.2;Parent=contig45.path1.gene5;Name=contig45.path1.gene5;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 44462 44534 . - 0 ID=contig45.cds5.3;Parent=contig45.path1.gene5;Name=contig45.path1.gene5;Note=initial-exon +contig45 GlimmerHMM mRNA 47223 48562 . + . ID=contig45.path1.gene6;Name=contig45.path1.gene6 +contig45 GlimmerHMM CDS 47223 47380 . + 0 ID=contig45.cds6.1;Parent=contig45.path1.gene6;Name=contig45.path1.gene6;Note=initial-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 48457 48562 . + 1 ID=contig45.cds6.2;Parent=contig45.path1.gene6;Name=contig45.path1.gene6;Note=final-exon +##sequence-region contig46 1 50012 +contig46 GlimmerHMM mRNA 1660 12572 . - . 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ID=contig48.path1.gene3;Name=contig48.path1.gene3 +contig48 GlimmerHMM CDS 50694 50838 . - 1 ID=contig48.cds3.1;Parent=contig48.path1.gene3;Name=contig48.path1.gene3;Note=final-exon +contig48 GlimmerHMM CDS 50968 51077 . - 0 ID=contig48.cds3.2;Parent=contig48.path1.gene3;Name=contig48.path1.gene3;Note=internal-exon +contig48 GlimmerHMM CDS 55647 60710 . - 0 ID=contig48.cds3.3;Parent=contig48.path1.gene3;Name=contig48.path1.gene3;Note=internal-exon +contig48 GlimmerHMM CDS 62293 62424 . - 0 ID=contig48.cds3.4;Parent=contig48.path1.gene3;Name=contig48.path1.gene3;Note=initial-exon +##sequence-region contig49 1 30003 +contig49 GlimmerHMM mRNA 535 12520 . - . 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ID=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3 +contig52 GlimmerHMM CDS 31544 31650 . - 2 ID=contig52.cds3.1;Parent=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3;Note=final-exon +contig52 GlimmerHMM CDS 32567 32953 . - 2 ID=contig52.cds3.2;Parent=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3;Note=internal-exon +contig52 GlimmerHMM CDS 33271 33333 . - 2 ID=contig52.cds3.3;Parent=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3;Note=internal-exon +contig52 GlimmerHMM CDS 33606 33713 . - 2 ID=contig52.cds3.4;Parent=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3;Note=internal-exon +contig52 GlimmerHMM CDS 36161 36261 . - 1 ID=contig52.cds3.5;Parent=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3;Note=internal-exon +contig52 GlimmerHMM CDS 39006 39121 . - 0 ID=contig52.cds3.6;Parent=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3;Note=internal-exon +contig52 GlimmerHMM CDS 39218 39328 . - 0 ID=contig52.cds3.7;Parent=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3;Note=initial-exon +##sequence-region contig53 1 50013 +contig53 GlimmerHMM mRNA 2425 9302 . - . ID=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1 +contig53 GlimmerHMM CDS 2425 2666 . - 2 ID=contig53.cds1.1;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=final-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 2725 3054 . - 2 ID=contig53.cds1.2;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 3370 3778 . - 0 ID=contig53.cds1.3;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 4799 5005 . - 0 ID=contig53.cds1.4;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 6122 6185 . - 1 ID=contig53.cds1.5;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 6277 6351 . - 1 ID=contig53.cds1.6;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 6471 6621 . - 2 ID=contig53.cds1.7;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 7332 7706 . - 2 ID=contig53.cds1.8;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 7771 7900 . - 0 ID=contig53.cds1.9;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 9015 9302 . - 0 ID=contig53.cds1.10;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=initial-exon +contig53 GlimmerHMM mRNA 11537 30690 . - . 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ID=contig54.path1.gene2;Name=contig54.path1.gene2 +contig54 GlimmerHMM CDS 17196 17269 . + 0 ID=contig54.cds2.1;Parent=contig54.path1.gene2;Name=contig54.path1.gene2;Note=initial-exon +contig54 GlimmerHMM CDS 20123 20333 . + 1 ID=contig54.cds2.2;Parent=contig54.path1.gene2;Name=contig54.path1.gene2;Note=internal-exon +contig54 GlimmerHMM CDS 20670 20812 . + 0 ID=contig54.cds2.3;Parent=contig54.path1.gene2;Name=contig54.path1.gene2;Note=internal-exon +contig54 GlimmerHMM CDS 21379 21449 . + 1 ID=contig54.cds2.4;Parent=contig54.path1.gene2;Name=contig54.path1.gene2;Note=internal-exon +contig54 GlimmerHMM CDS 21680 21870 . + 2 ID=contig54.cds2.5;Parent=contig54.path1.gene2;Name=contig54.path1.gene2;Note=final-exon +contig54 GlimmerHMM mRNA 23941 33010 . - . 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ID=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2 +contig56 GlimmerHMM CDS 34254 34259 . - 0 ID=contig56.cds2.1;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=final-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 38270 38415 . - 2 ID=contig56.cds2.2;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 38468 38598 . - 1 ID=contig56.cds2.3;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 38660 39046 . - 1 ID=contig56.cds2.4;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 39119 39314 . - 2 ID=contig56.cds2.5;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 42325 42642 . - 2 ID=contig56.cds2.6;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 42829 42845 . - 1 ID=contig56.cds2.7;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 43625 43782 . - 0 ID=contig56.cds2.8;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 44006 44091 . - 2 ID=contig56.cds2.9;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 45924 47736 . - 0 ID=contig56.cds2.10;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 47840 47992 . - 0 ID=contig56.cds2.11;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 48826 49832 . - 2 ID=contig56.cds2.12;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 49901 51146 . - 0 ID=contig56.cds2.13;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 52391 53620 . - 0 ID=contig56.cds2.14;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=initial-exon +##sequence-region contig57 1 60013 +contig57 GlimmerHMM mRNA 4241 23607 . - . 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ID=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2 +contig60 GlimmerHMM CDS 6088 6219 . - 0 ID=contig60.cds2.1;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=final-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 6286 6406 . - 1 ID=contig60.cds2.2;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 6466 6814 . - 2 ID=contig60.cds2.3;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 6867 7161 . - 0 ID=contig60.cds2.4;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 8050 8303 . - 2 ID=contig60.cds2.5;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 8356 8755 . - 0 ID=contig60.cds2.6;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 12696 12743 . - 0 ID=contig60.cds2.7;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=initial-exon +contig60 GlimmerHMM mRNA 18443 31744 . + . ID=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3 +contig60 GlimmerHMM CDS 18443 18518 . + 0 ID=contig60.cds3.1;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=initial-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 22222 22251 . + 2 ID=contig60.cds3.2;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 22314 29494 . + 2 ID=contig60.cds3.3;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 29560 29780 . + 0 ID=contig60.cds3.4;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 29847 31557 . + 1 ID=contig60.cds3.5;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 31589 31744 . + 0 ID=contig60.cds3.6;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=final-exon +contig60 GlimmerHMM mRNA 33955 38754 . - . 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ID=contig61.path1.gene4;Name=contig61.path1.gene4 +contig61 GlimmerHMM CDS 38215 38467 . - 1 ID=contig61.cds4.1;Parent=contig61.path1.gene4;Name=contig61.path1.gene4;Note=final-exon +contig61 GlimmerHMM CDS 39745 39764 . - 0 ID=contig61.cds4.2;Parent=contig61.path1.gene4;Name=contig61.path1.gene4;Note=initial-exon +##sequence-region contig62 1 50017 +contig62 GlimmerHMM mRNA 1379 1393 . + . ID=contig62.path1.gene1;Name=contig62.path1.gene1 +contig62 GlimmerHMM CDS 1379 1393 . + 0 ID=contig62.cds1.1;Parent=contig62.path1.gene1;Name=contig62.path1.gene1;Note=final-exon +contig62 GlimmerHMM mRNA 8271 8417 . - . ID=contig62.path1.gene2;Name=contig62.path1.gene2 +contig62 GlimmerHMM CDS 8271 8417 . - 0 ID=contig62.cds2.1;Parent=contig62.path1.gene2;Name=contig62.path1.gene2;Note=single-exon +contig62 GlimmerHMM mRNA 10810 49021 . + . 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ID=contig63.path1.gene1;Name=contig63.path1.gene1 +contig63 GlimmerHMM CDS 1003 1486 . + 0 ID=contig63.cds1.1;Parent=contig63.path1.gene1;Name=contig63.path1.gene1;Note=final-exon +contig63 GlimmerHMM mRNA 4369 12161 . + . ID=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2 +contig63 GlimmerHMM CDS 4369 4421 . + 0 ID=contig63.cds2.1;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=initial-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 4822 5122 . + 1 ID=contig63.cds2.2;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 5190 5442 . + 0 ID=contig63.cds2.3;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 5599 5697 . + 2 ID=contig63.cds2.4;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 7498 7920 . + 2 ID=contig63.cds2.5;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 11546 11653 . + 2 ID=contig63.cds2.6;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 11995 12161 . + 2 ID=contig63.cds2.7;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=final-exon +contig63 GlimmerHMM mRNA 15926 33054 . - . ID=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3 +contig63 GlimmerHMM CDS 15926 15960 . - 2 ID=contig63.cds3.1;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=final-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 17594 17717 . - 0 ID=contig63.cds3.2;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 19057 19187 . - 2 ID=contig63.cds3.3;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 19270 19353 . - 2 ID=contig63.cds3.4;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 19425 19979 . - 2 ID=contig63.cds3.5;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 21715 22879 . - 0 ID=contig63.cds3.6;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 24636 24897 . - 1 ID=contig63.cds3.7;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 25155 25472 . - 1 ID=contig63.cds3.8;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 25711 25784 . - 0 ID=contig63.cds3.9;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 26229 26336 . - 0 ID=contig63.cds3.10;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 26403 26903 . - 0 ID=contig63.cds3.11;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 26957 27099 . - 2 ID=contig63.cds3.12;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 28214 28374 . - 1 ID=contig63.cds3.13;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 31124 31349 . - 2 ID=contig63.cds3.14;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 32955 33054 . - 0 ID=contig63.cds3.15;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=initial-exon +contig63 GlimmerHMM mRNA 36087 52795 . + . 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ID=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1 +contig64 GlimmerHMM CDS 921 955 . - 2 ID=contig64.cds1.1;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=final-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 2589 2712 . - 0 ID=contig64.cds1.2;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 4052 4182 . - 2 ID=contig64.cds1.3;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 4265 4348 . - 2 ID=contig64.cds1.4;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 4420 4974 . - 2 ID=contig64.cds1.5;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 6710 7874 . - 0 ID=contig64.cds1.6;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 9631 9892 . - 1 ID=contig64.cds1.7;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 10150 10467 . - 1 ID=contig64.cds1.8;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 10706 10779 . - 0 ID=contig64.cds1.9;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 11224 11331 . - 0 ID=contig64.cds1.10;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 11398 11898 . - 0 ID=contig64.cds1.11;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 11952 12094 . - 2 ID=contig64.cds1.12;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 13209 13369 . - 1 ID=contig64.cds1.13;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 16119 16344 . - 2 ID=contig64.cds1.14;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 17950 18049 . - 0 ID=contig64.cds1.15;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=initial-exon +contig64 GlimmerHMM mRNA 21082 37790 . + . 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ID=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1 +contig65 GlimmerHMM CDS 1073 1364 . + 0 ID=contig65.cds1.1;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=initial-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 2137 2550 . + 2 ID=contig65.cds1.2;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 4510 4676 . + 2 ID=contig65.cds1.3;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 5388 5441 . + 0 ID=contig65.cds1.4;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 5560 5724 . + 0 ID=contig65.cds1.5;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 5781 5939 . + 0 ID=contig65.cds1.6;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 7023 7226 . + 0 ID=contig65.cds1.7;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 9847 9945 . + 0 ID=contig65.cds1.8;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 10138 10242 . + 0 ID=contig65.cds1.9;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 10357 10614 . + 0 ID=contig65.cds1.10;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 10747 11244 . + 0 ID=contig65.cds1.11;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 11392 11408 . + 0 ID=contig65.cds1.12;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 13020 13269 . + 1 ID=contig65.cds1.13;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 13705 13902 . + 0 ID=contig65.cds1.14;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 15720 16110 . + 0 ID=contig65.cds1.15;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 16164 16391 . + 2 ID=contig65.cds1.16;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 20682 20716 . + 2 ID=contig65.cds1.17;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=final-exon +contig65 GlimmerHMM mRNA 23382 33004 . - . ID=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2 +contig65 GlimmerHMM CDS 23382 23414 . - 0 ID=contig65.cds2.1;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=final-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 23537 23954 . - 1 ID=contig65.cds2.2;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 24021 24422 . - 1 ID=contig65.cds2.3;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 27407 27523 . - 1 ID=contig65.cds2.4;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 27589 27830 . - 0 ID=contig65.cds2.5;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 31753 31776 . - 0 ID=contig65.cds2.6;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 33002 33004 . - 0 ID=contig65.cds2.7;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=initial-exon +contig65 GlimmerHMM mRNA 37164 44203 . + . ID=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3 +contig65 GlimmerHMM CDS 37164 37235 . + 0 ID=contig65.cds3.1;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=initial-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 38418 38642 . + 0 ID=contig65.cds3.2;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 38929 38999 . + 0 ID=contig65.cds3.3;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 39651 39735 . + 1 ID=contig65.cds3.4;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 41433 42041 . + 0 ID=contig65.cds3.5;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 42103 42911 . + 0 ID=contig65.cds3.6;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 43509 43707 . + 1 ID=contig65.cds3.7;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 44192 44203 . + 0 ID=contig65.cds3.8;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=final-exon +##sequence-region contig66 1 45011 +contig66 GlimmerHMM mRNA 3375 12997 . - . ID=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1 +contig66 GlimmerHMM CDS 3375 3407 . - 0 ID=contig66.cds1.1;Parent=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1;Note=final-exon +contig66 GlimmerHMM CDS 3530 3947 . - 1 ID=contig66.cds1.2;Parent=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1;Note=internal-exon +contig66 GlimmerHMM CDS 4014 4415 . - 1 ID=contig66.cds1.3;Parent=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1;Note=internal-exon +contig66 GlimmerHMM CDS 7400 7516 . - 1 ID=contig66.cds1.4;Parent=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1;Note=internal-exon +contig66 GlimmerHMM CDS 7582 7823 . - 0 ID=contig66.cds1.5;Parent=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1;Note=internal-exon +contig66 GlimmerHMM CDS 11746 11769 . - 0 ID=contig66.cds1.6;Parent=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1;Note=internal-exon +contig66 GlimmerHMM CDS 12995 12997 . - 0 ID=contig66.cds1.7;Parent=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1;Note=initial-exon +contig66 GlimmerHMM mRNA 17157 30648 . + . 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+ + + + + + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_both/__main__.log --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_both/__main__.log Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,42 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_157.dat +DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'', u'name': u'RNA-Seq_Alignment_Coverage', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_158.dat +DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'', u'name': u'StringTie_Assembled_Transcripts', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Other group', u'order_index': u'20'} +DEBUG:root:Calling gtfToGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /tmp/tmpnPwD96.sortedBed.bigGenePred +DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmp1csS9Z.chrom.sizes +DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/186/dataset_211_files/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb +DEBUG:root:typeOption: bed12+8 +DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/bigGenePred.as +DEBUG:root:tab option: True +DEBUG:root:Calling bedToBigBed: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- +DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [, ] +DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- +DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/186/dataset_211_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group +DEBUG:root:We just added track gonramp_RNA_Seq_Alignment_Coverage_bigwig (in group default_group) +DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/186/dataset_211_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Other group +DEBUG:root:We just added track gonramp_StringTie_Assembled_Transcripts_bb (in group other_group) +DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- +DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! #### diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3.html diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/description.html diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/groups.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/groups.txt Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +name default_group +label Default group +priority 2 +defaultIsClosed 0 + +name other_group +label Other group +priority 2 +defaultIsClosed 0 + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/trackDb.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/trackDb.txt Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,26 @@ + +track gonramp_RNA_Seq_Alignment_Coverage_bigwig +longLabel RNA-Seq Alignment Coverage +shortLabel RNA-Seq Alignment +bigDataUrl tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig +visibility full +priority 10 +color 0,0,0 +group default_group +type bigWig 1.000000 39.000000 +autoScale on +maxHeightPixels 100:32:8 +windowingFunction mean+whiskers + + +track gonramp_StringTie_Assembled_Transcripts_bb +longLabel StringTie Assembled Transcripts +shortLabel StringTie Assembl +bigDataUrl tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb +type bigGenePred +visibility dense +thickDrawItem off +priority 20 +color 0,0,0 +group other_group +searchIndex name diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig Binary file test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb Binary file test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_both/myHub/genomes.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_both/myHub/genomes.txt Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +genome Dbia3 +trackDb Dbia3/trackDb.txt +groups Dbia3/groups.txt +description Dbia3 +twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit +organism Dbia3 +defaultPos contig25 +orderKey 4500 +scientificName Dbia3 +htmlPath Dbia3/description.html diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_both/myHub/hub.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_both/myHub/hub.txt Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +hub gonrampDbia3 +shortLabel Dbia3 +longLabel Dbia3 +genomesFile genomes.txt +email gonramp@temporary.domain +descriptionUrl Dbia3.html diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_both/two_groups_one_track_both_trackhub.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_both/two_groups_one_track_both_trackhub.html Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,73 @@ + + + +

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+ + + + + + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_first/__main__.log --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_first/__main__.log Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,20 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_157.dat +DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'', u'name': u'RNA-Seq_Alignment_Coverage', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} +DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- +DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [] +DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- +DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/184/dataset_209_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group +DEBUG:root:We just added track gonramp_RNA_Seq_Alignment_Coverage_bigwig (in group default_group) +DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- +DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! #### diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3.html diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3/description.html diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3/groups.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3/groups.txt Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +name default_group +label Default group +priority 2 +defaultIsClosed 0 + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3/trackDb.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3/trackDb.txt Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,14 @@ + +track gonramp_RNA_Seq_Alignment_Coverage_bigwig +longLabel RNA-Seq Alignment Coverage +shortLabel RNA-Seq Alignment +bigDataUrl tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig +visibility full +priority 10 +color 0,0,0 +group default_group +type bigWig 1.000000 39.000000 +autoScale on +maxHeightPixels 100:32:8 +windowingFunction mean+whiskers + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig Binary file test-data/two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_first/myHub/genomes.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_first/myHub/genomes.txt Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +genome Dbia3 +trackDb Dbia3/trackDb.txt +groups Dbia3/groups.txt +description Dbia3 +twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit +organism Dbia3 +defaultPos contig25 +orderKey 4500 +scientificName Dbia3 +htmlPath Dbia3/description.html diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_first/myHub/hub.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_first/myHub/hub.txt Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +hub gonrampDbia3 +shortLabel Dbia3 +longLabel Dbia3 +genomesFile genomes.txt +email gonramp@temporary.domain +descriptionUrl Dbia3.html diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 test-data/two_groups_one_track_first/two_groups_one_track_first_trackhub.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_first/two_groups_one_track_first_trackhub.html Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ + + + +

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+ + + + + + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 tool_dependencies.xml --- a/tool_dependencies.xml Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ b/tool_dependencies.xml Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -16,7 +16,7 @@ - + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/Fasta.py --- a/util/Fasta.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,16 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python -# -*- coding: utf8 -*- - -""" -Class describing the Fasta format -(As of the 07/20/2016, only used with the reference genome) -""" - -class Fasta(object): - def __init__(self, false_path, name, assembly_id): - self.false_path = false_path - self.name = name - - if not assembly_id: - assembly_id = "unknown" - self.assembly_id = assembly_id \ No newline at end of file diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/Fasta.pyc Binary file util/Fasta.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/Filters.py --- a/util/Filters.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ b/util/Filters.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -7,3 +7,5 @@ if record.exc_text or record.exc_info: s = record.message return s + + \ No newline at end of file diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/Filters.pyc Binary file util/Filters.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/Logger.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/util/Logger.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,38 @@ +import os +import sys +import json +import logging +import logging.config + +#from util.Filters import TraceBackFormatter + +class Logger(object): + def __init__(self, tool_directory, debug="False", extra_files_path=None): + self.tool_directory = tool_directory + self.default_level = logging.INFO + self.debug = debug + self.extra_files_path = extra_files_path + + def setup_logging(self): + """Setup logging configuration + reference: https://fangpenlin.com/posts/2012/08/26/good-logging-practice-in-python/ + """ + config_path = os.path.join(self.tool_directory, 'logging.json') + default_level=logging.INFO + if self.debug.lower() == "true": + default_level=logging.DEBUG + if os.path.exists(config_path): + with open(config_path, 'rt') as f: + config = json.load(f) + config["root"]["level"] = default_level + if self.extra_files_path: + for i in config["handlers"]: + if "filename" in config["handlers"][i]: + config["handlers"][i]["filename"] = os.path.join(self.extra_files_path, config["handlers"][i]["filename"]) + logging.config.dictConfig(config) + else: + logging.warn("Extra files path is not set. The log files will exist at current working directory instead of final output folder") + else: + logging.basicConfig(level=default_level) + logging.warn("Cannot find logging configuration file!\n") + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/Logger.pyc Binary file util/Logger.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/Reader.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/util/Reader.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,116 @@ +import json +import logging +import codecs + + +# Internal dependencies +from datatypes.binary.Bam import Bam +from datatypes.binary.BigWig import BigWig +from datatypes.binary.BigBed import BigBed +from datatypes.interval.Bed import Bed +from datatypes.interval.BedSimpleRepeats import BedSimpleRepeats +from datatypes.interval.BedSpliceJunctions import BedSpliceJunctions +from datatypes.interval.CytoBand import CytoBand +from datatypes.interval.BedBlatAlignments import BedBlatAlignments +from datatypes.interval.BedBlastAlignments import BedBlastAlignments +from datatypes.interval.Gff3 import Gff3 +from datatypes.interval.Gtf import Gtf +from datatypes.interval.Psl import Psl +from datatypes.sequence.Fasta import Fasta +from util import santitizer + +class Reader(object): + + DATATYPE_CLASS = [Bam, BigWig, BigBed, Bed, BedSimpleRepeats, BedSpliceJunctions, CytoBand, BedBlatAlignments, BedBlastAlignments, Gff3, Gtf, Psl, Fasta] + + def __init__(self, input_json_file): + self.inputFile = input_json_file + self.args = self.loadJson() + + + def loadJson(self): + try: + data_file = codecs.open(self.inputFile, 'r', 'utf-8') + return json.load(data_file) + except IOError: + print "Cannot find JSON file\n" + exit(1) + + def getToolDir(self): + try: + return self.args["tool_directory"] + except KeyError: + print ("tool_directory is not defined in the input file!") + exit(1) + + def getExtFilesPath(self): + try: + return self.args["extra_files_path"] + except KeyError: + print ("extra_files_path is not defined in the input file!") + exit(1) + + def getUserEmail(self): + try: + return self.args["user_email"] + except KeyError: + print ("user_email is not defined in the input file!") + exit(1) + + def getDebugMode(self): + try: + return self.args["debug_mode"] + except KeyError: + print ("debug_mode is not defined in the input file!") + exit(1) + + + def getRefGenome(self): + array_inputs_reference_genome = self.args["fasta"] + # TODO: Replace these with the object Fasta + input_fasta_file = array_inputs_reference_genome["false_path"] + input_fasta_file_name = santitizer.sanitize_name_input(array_inputs_reference_genome["name"]) + genome_name = santitizer.sanitize_name_input(self.args["genome_name"]) + reference_genome = Fasta(input_fasta_file, + input_fasta_file_name, genome_name) + return reference_genome + + + def getTracksData(self): + self.logger = logging.getLogger(__name__) + all_datatype_dictionary = dict() + for datatype in self.DATATYPE_CLASS: + class_name = datatype.__name__ + array_inputs = self.args.get(str(class_name)) + if array_inputs: + self.logger.debug("Create %s objects\n", class_name) + self.logger.debug("array_inputs: %s", array_inputs) + all_datatype_dictionary.update(self.create_ordered_datatype_objects(datatype, array_inputs)) + + return all_datatype_dictionary + + def create_ordered_datatype_objects(self, ExtensionClass, array_inputs): + """ + Function which executes the creation all the necessary files / folders for a special Datatype, for TrackHub + and update the dictionary of datatype + + :param ExtensionClass: + :param array_inputs: + :type ExtensionClass: Datatype + :type array_inputs: list[string] + """ + + datatype_dictionary = {} + + # TODO: Optimize this double loop + for input_data in array_inputs: + input_false_path = input_data["false_path"] + extensionObject = ExtensionClass(input_false_path, input_data) + extensionObject.generateCustomTrack() + datatype_dictionary.update({input_data["order_index"]: extensionObject}) + return datatype_dictionary + + + + + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/Reader.pyc Binary file util/Reader.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/__init__.pyc Binary file util/__init__.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/index/DatabaseIndex.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/util/index/DatabaseIndex.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,44 @@ +#!/usr/bin/python + +import collections +from ExternIndex import ExternIndex + +class DatabaseIndex(ExternIndex): + def __init__(self, database, **args): + self.database = database + self.seqType=args.get("seqType") + self.useIframe=args.get("useIframe") + self.iframeHeight=args.get("iframeHeight") + self.iframeWidth=args.get("iframeWidth") + + def setExtLink(self): + return self.setDatabaseLink(self.database, self.seqType, self.useIframe, self.iframeHeight, self.iframeWidth) + + + def setDatabaseLink(self, database, seqType=None, useIframe=None, iframeHeight=None, iframeWidth=None): + database_settings = collections.OrderedDict() + if "NCBI" in database: + if not seqType: + database_settings["url"] = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/?term=$$" + elif seqType == 2: + database_settings["url"] = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/$$" + elif seqType == 1: + database_settings["url"] = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/$$" + else: + raise Exception("Sequence Type {0} is not valid, should be either protein (seqType==2) or nucleotide (seqType==1). Stopping the application".format(seqType)) + elif "UniProt" in database: + database_settings["url"] = "http://www.uniprot.org/uniprot/$$" + elif "FlyBase" in database: + database_settings["url"] = "http://flybase.org/reports/$$" + else: + database_settings["url"] = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/?term=$$" + database_settings["urlLabel"] = database + " Details:" + if useIframe or useIframe is None: + database_settings["iframeUrl"] = database_settings["url"] + if not iframeHeight: + iframeHeight = "600" + if not iframeWidth: + iframeWidth = "800" + database_settings["iframeOptions"] = "height= %s width= %s" % (iframeHeight, iframeWidth) + return database_settings + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/index/DatabaseIndex.pyc Binary file util/index/DatabaseIndex.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/index/ExternIndex.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/util/index/ExternIndex.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,60 @@ +#!/usr/bin/python +import collections +import abc +from abc import ABCMeta + +class ExternIndex(object): + __metaclass__ = ABCMeta + + @abc.abstractmethod + def __init__(self): + """init""" + + @abc.abstractmethod + def setExtLink(self): + """set external link""" + + + + + ''' + @staticmethod + def setExtLink(database, inputFile, extra_settings, seqType=None, useIframe=True, iframeHeight=None, iframeWidth=None): + if "NCBI" in database: + if not seqType: + seqType = int(ExternIndex.getSeqType(inputFile)) + else: + seqType = seqType + if seqType < 0: + print seqType + raise Exception("Sequence Type is not set for bigPsl. Stopping the application") + if seqType == 2: + extra_settings["url"] = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/$$" + elif seqType == 1: + extra_settings["url"] = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/$$" + else: + raise Exception("Sequence Type {0} is not valid for bigPsl. Stopping the application".format(seqType)) + elif "UniProt" in database: + extra_settings["url"] = "http://www.uniprot.org/uniprot/$$" + elif "FlyBase" in database: + extra_settings["url"] = "http://flybase.org/reports/$$" + else: + extra_settings["url"] = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/?term=$$" + extra_settings["urlLabel"] = database + " Details:" + if useIframe: + extra_settings["iframeUrl"] = extra_settings["url"] + if not iframeHeight: + iframeHeight = "600" + if not iframeWidth: + iframeWidth = "800" + extra_settings["iframeOptions"] = "height= %s width= %s" % (iframeHeight, iframeWidth) + + @staticmethod + def getSeqType(inputFile): + with open(inputFile, "r") as bigpsl: + sampleSeq = bigpsl.readline().split() + if len(sampleSeq) == 25: + return sampleSeq[-1] + else: + return "-1" + ''' \ No newline at end of file diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/index/ExternIndex.pyc Binary file util/index/ExternIndex.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/index/__init__.py diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/index/__init__.pyc Binary file util/index/__init__.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/log.pyc Binary file util/log.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/santitizer.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/util/santitizer.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -0,0 +1,59 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +This class handles the subprocess calls of the different tools used +in HubArchiveCreator +""" + +import logging +import os +import subprocess +import sys +import string +import tempfile + + +def prefixTrackName(filename): + """ + santitize trackName. Because track name must begin with a letter and + contain only the following chars: [a-zA-Z0-9_]. + See the "track" Common settings at: + https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/trackDb/trackDbHub.html#bigPsl_-_Pairwise_Alignments + skip the santitization for cytoBandIdeo track + """ + if filename == 'cytoBandIdeo': + return filename + valid_chars = "_%s%s" % (string.ascii_letters, string.digits) + sanitize_name = ''.join([c if c in valid_chars else '_' for c in filename]) + sanitize_name = "gonramp_" + sanitize_name + return sanitize_name + +def sanitize_name_input(string_to_sanitize): + """ + Sanitize the string passed in parameter by replacing '/' and ' ' by '_' + + :param string_to_sanitize: + :return : + + :Example: + + >>> sanitize_name_input('this/is an//example') + this_is_an__example + """ + return string_to_sanitize \ + .replace("/", "_") \ + .replace(" ", "_") + + +def sanitize_name_inputs(inputs_data): + """ + Sanitize value of the keys "name" of the dictionary passed in parameter. + + Because sometimes output from Galaxy, or even just file name, from user inputs, have spaces. + Also, it can contain '/' character and could break the use of os.path function. + + :param inputs_data: dict[string, dict[string, string]] + """ + for key in inputs_data: + inputs_data[key]["name"] = sanitize_name_input(inputs_data[key]["name"]) diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/santitizer.pyc Binary file util/santitizer.pyc has changed diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/subtools.py --- a/util/subtools.py Wed Aug 09 16:40:21 2017 -0400 +++ b/util/subtools.py Tue Sep 26 16:44:58 2017 -0400 @@ -13,6 +13,7 @@ import string import tempfile + class PopenError(Exception): def __init__(self, cmd, error, return_code): self.cmd = cmd @@ -20,10 +21,13 @@ self.return_code = return_code def __str__(self): - message = "The subprocess {0} has returned the error: {1}.".format(self.cmd, self.return_code) - message = ','.join((message, "Its error message is: {0}".format(self.error))) + message = "The subprocess {0} has returned the error: {1}.".format( + self.cmd, self.return_code) + message = ','.join( + (message, "Its error message is: {0}".format(self.error))) return repr(message) + def _handleExceptionAndCheckCall(array_call, **kwargs): """ This class handle exceptions and call the tool. @@ -41,12 +45,13 @@ # TODO: Check the value of array_call and <=[0] logging.debug("Calling {0}:".format(cmd)) - + logging.debug("%s", array_call) logging.debug("---------") # TODO: Use universal_newlines option from Popen? try: - p = subprocess.Popen(array_call, stdout=stdout, stderr=stderr, shell=shell) + p = subprocess.Popen(array_call, stdout=stdout, + stderr=stderr, shell=shell) # TODO: Change this because of possible memory issues => https://docs.python.org/2/library/subprocess.html#subprocess.Popen.communicate @@ -64,29 +69,35 @@ raise PopenError(cmd, error, p.returncode) else: # TODO: To Handle properly with a design behind, if we received a option as a file for the error - raise Exception("Error when calling {0}. Error as been logged in your file {1}. Error code: {2}"\ + raise Exception("Error when calling {0}. Error as been logged in your file {1}. Error code: {2}" .format(cmd, stderr.name, p.returncode)) except OSError as e: - message = "The subprocess {0} has encountered an OSError: {1}".format(cmd, e.strerror) + message = "The subprocess {0} has encountered an OSError: {1}".format( + cmd, e.strerror) if e.filename: - message = '\n'.join((message, ", against this file: {0}".format(e.filename))) + message = '\n'.join( + (message, ", against this file: {0}".format(e.filename))) logging.error(message) sys.exit(-1) except PopenError as p: - message = "The subprocess {0} has returned the error: {1}.".format(p.cmd, p.return_code) - message = '\n'.join((message, "Its error message is: {0}".format(p.error))) + message = "The subprocess {0} has returned the error: {1}.".format( + p.cmd, p.return_code) + message = '\n'.join( + (message, "Its error message is: {0}".format(p.error))) logging.exception(message) sys.exit(p.return_code) except Exception as e: - message = "The subprocess {0} has encountered an unknown error: {1}".format(cmd, e) + message = "The subprocess {0} has encountered an unknown error: {1}".format( + cmd, e) logging.exception(message) sys.exit(-1) return p + def twoBitInfo(two_bit_file_name, two_bit_info_file): """ Call twoBitInfo and write the result into twoBit_info_file @@ -98,6 +109,7 @@ p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def faToTwoBit(fasta_file_name, twoBitFile): """ This function call faToTwoBit UCSC tool, and return the twoBitFile @@ -111,6 +123,7 @@ return twoBitFile + def gtfToGenePred(input_gtf_file_name, gene_pred_file_name): """ Call gtfToGenePred and write the result into gene_pred_file_name @@ -122,6 +135,7 @@ p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def gff3ToGenePred(input_gff3_file_name, gene_pred_file_name): """ Call gff3ToGenePred and write the result into gene_pred_file_name @@ -129,12 +143,11 @@ :param gene_pred_file_name: :return: """ - valid_gff3_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".gff3") - validateGff(input_gff3_file_name, valid_gff3_file.name) - array_call = ['gff3ToGenePred', valid_gff3_file.name, gene_pred_file_name] + array_call = ['gff3ToGenePred', input_gff3_file_name, gene_pred_file_name] p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def genePredToBigGenePred(gene_pred_file_name, unsorted_bigGenePred_file_name): """ Call genePredToBigGenePred and write the result into unsorted_bigGenePred_file_name @@ -148,6 +161,7 @@ p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def genePredToBed(gene_pred_file_name, unsorted_bed_file_name): """ Call genePredToBed and write the result into unsorted_bed_file_name @@ -159,6 +173,7 @@ p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def sort(unsorted_bed_file_name, sorted_bed_file_name): """ Call sort with -k1,1 -k2,2n on unsorted_bed_file_name and write the result into sorted_bed_file_name @@ -166,10 +181,12 @@ :param sorted_bed_file_name: :return: """ - array_call = ['sort', '-k', '1,1', '-k', '2,2n', unsorted_bed_file_name, '-o', sorted_bed_file_name] + array_call = ['sort', '-k', '1,1', '-k', '2,2n', + unsorted_bed_file_name, '-o', sorted_bed_file_name] p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def sortChromSizes(two_bit_info_file_name, chrom_sizes_file_name): """ Call sort with -k2rn on two_bit_info_file_name and write the result into chrom_sizes_file_name @@ -177,12 +194,13 @@ :param chrom_sizes_file_name: :return: """ - array_call = ['sort', '-k2rn', two_bit_info_file_name, '-o', chrom_sizes_file_name] + array_call = ['sort', '-k2rn', two_bit_info_file_name, + '-o', chrom_sizes_file_name] p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p -def bedToBigBed(sorted_bed_file_name, chrom_sizes_file_name, big_bed_file_name, - typeOption=None, autoSql=None, tab=False, extraIndex=None): + +def bedToBigBed(sorted_bed_file_name, chrom_sizes_file_name, big_bed_file_name, options=None): """ Call bedToBigBed on sorted_bed_file_name, using chrom_sizes_file_name and write the result into big_bed_file_name :param sorted_bed_file_name: @@ -191,28 +209,24 @@ :return: """ - # TODO: Move this into the _handleExceptionAndCheckCall function - # Parse the array - logging.debug("sorted_bed_file_name: {0}".format(sorted_bed_file_name)) - logging.debug("chrom_sizes_file_name: {0}".format(chrom_sizes_file_name)) - logging.debug("big_bed_file_name: {0}".format(big_bed_file_name)) - logging.debug("typeOption: {0}".format(typeOption)) - logging.debug("autoSql: {0}".format(autoSql)) - logging.debug("tab option: {0}".format(tab)) - - array_call = ['bedToBigBed', sorted_bed_file_name, chrom_sizes_file_name, big_bed_file_name] - if typeOption: - typeOption = ''.join(['-type=', typeOption]) - array_call.append(typeOption) - if autoSql: - autoSql = ''.join(['-as=', autoSql]) - array_call.append(autoSql) - if tab: - array_call.append('-tab') - if extraIndex: - index = ''.join(['-extraIndex=', extraIndex]) - array_call.append(index) - + array_call = ['bedToBigBed', sorted_bed_file_name, + chrom_sizes_file_name, big_bed_file_name] + if options: + typeOption = options.get("typeOption") + autoSql = options.get("autoSql") + tab = options.get("tab") + extraIndex = options.get("extraIndex") + if typeOption: + typeOption = ''.join(['-type=', typeOption]) + array_call.append(typeOption) + if autoSql: + autoSql = ''.join(['-as=', autoSql]) + array_call.append(autoSql) + if tab: + array_call.append('-tab') + if extraIndex: + index = ''.join(['-extraIndex=', extraIndex]) + array_call.append(index) p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p @@ -223,10 +237,12 @@ :param output_sorted_bam_name: :return: """ - array_call = ['samtools', 'sort', input_bam_file_name, '-o', output_sorted_bam_name] + array_call = ['samtools', 'sort', + input_bam_file_name, '-o', output_sorted_bam_name] p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def createBamIndex(input_sorted_bam_file_name, output_name_index_name): """ Call `samtools index` on imput_sorted_bam_file_name and output the result in output_name_index_name @@ -234,10 +250,12 @@ :param output_name_index_name: :return: """ - array_call = ['samtools', 'index', input_sorted_bam_file_name, output_name_index_name] + array_call = ['samtools', 'index', + input_sorted_bam_file_name, output_name_index_name] p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def pslToBigPsl(input_psl_file_name, output_bed12_file_name): """ Call `pslToBigPsl` on input_psl_file_name and output the result in output_bed12_file_name @@ -251,30 +269,44 @@ p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p -#santitize trackName. Because track name must begin with a letter and +# santitize trackName. Because track name must begin with a letter and # contain only the following chars: [a-zA-Z0-9_]. # See the "track" Common settings at: -#https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/trackDb/trackDbHub.html#bigPsl_-_Pairwise_Alignments -def fixName(filename): - if filename == 'cytoBandIdeo': - return filename - valid_chars = "_%s%s" % (string.ascii_letters, string.digits) - sanitize_name = ''.join([c if c in valid_chars else '_' for c in filename]) - sanitize_name = "gonramp_" + sanitize_name - return sanitize_name +# https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/trackDb/trackDbHub.html#bigPsl_-_Pairwise_Alignments -def validateGff(orig_gff3, valid_gff3): +def validateFiles(input_file, chrom_sizes_file_name, file_type, options=None): + """ + Call validateFiles on input_file, using chrom_sizes_file_name and file_type + :param input_file: + :param chrom_sizes_file_name: + :param file_type: + :return: """ - Remove extra meta line: ##gff-version 3 + + array_call = ['validateFiles', '-chromInfo=' + chrom_sizes_file_name, '-type='+ file_type, input_file] + if options: + tab = options.get("tab") + autoSql = options.get("autoSql") + logging.debug("tab: {0}".format(tab)) + logging.debug("autoSql: {0}".format(autoSql)) + if autoSql: + autoSql = ''.join(['-as=', autoSql]) + array_call.append(autoSql) + if tab: + array_call.append('-tab') + p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) + return p + +def pslCheck(input_file, options=None): """ - valid = open(valid_gff3, 'w') - num = 0 - with open(orig_gff3, 'r') as f: - for line in f: - if '##gff-version 3' in line: - if num == 0: - num += 1 - else: - continue - valid.write(line) - + Call pslCheck on input_file + :param input_file: + :return: + """ + + array_call = ['pslCheck', input_file] + p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) + return p + + + diff -r 5a4206366b41 -r 4ca7cbf2d9b8 util/subtools.pyc Binary file util/subtools.pyc has changed