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inequality"> +##INFO=<ID=DPRA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele depth ratio. Ratio between depth in samples with each called alternate allele and those without."> +##INFO=<ID=ODDS,Number=1,Type=Float,Description="The log odds ratio of the best genotype combination to the second-best."> +##INFO=<ID=GTI,Number=1,Type=Integer,Description="Number of genotyping iterations required to reach convergence or bailout."> +##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex."> +##INFO=<ID=CIGAR,Number=A,Type=String,Description="The extended CIGAR representation of each alternate allele, with the exception that '=' is replaced by 'M' to ease VCF parsing. Note that INDEL alleles do not have the first matched base (which is provided by default, per the spec) referred to by the CIGAR."> +##INFO=<ID=NUMALT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of unique non-reference alleles in called genotypes at this position."> +##INFO=<ID=MEANALT,Number=A,Type=Float,Description="Mean number of unique non-reference allele observations per sample with the corresponding alternate alleles."> +##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length"> +##INFO=<ID=MQM,Number=A,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles"> +##INFO=<ID=MQMR,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed reference alleles"> +##INFO=<ID=PAIRED,Number=A,Type=Float,Description="Proportion of observed alternate alleles which are supported by properly paired read fragments"> +##INFO=<ID=PAIREDR,Number=1,Type=Float,Description="Proportion of observed reference alleles which are supported by properly paired read fragments"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype"> +##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> +##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count"> +##FORMAT=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Sum of quality of the reference observations"> +##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count"> +##FORMAT=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Sum of quality of the alternate observations"> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT snps +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 435095 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=38;CIGAR=1X2M1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=17.6392;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=292.855;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1410;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=54.4399;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=7;SAP=35.9253;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:38:0:0:38:1410:-127.185,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 3029682 . C G 1802.31 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=53;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=6.32897;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=414.998;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2000;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=24.6841;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=7;SAP=65.3275;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:53:0:0:53:2000:-180.231,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 3029688 . AGGC CGGG 1691.6 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=22;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=169.415;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=814;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:22:0:0:22:814:-73.5758,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4355793 . T C 1135.93 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=32;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=12.7819;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=261.558;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1259;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=10;SAP=12.7819;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:32:0:0:32:1259:-113.593,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4355802 . T G 1110.75 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=32;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=12.7819;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=255.76;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1231;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=12.7819;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:32:0:0:32:1231:-111.075,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4355808 . TACGT AACGC 1087.49 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=32;CIGAR=1X3M1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=12.7819;EPPR=0;GTI=0;LEN=5;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=250.405;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1205;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=12.7819;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:32:0:0:32:1205:-108.749,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4355820 . T C 1127.86 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=32;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=12.7819;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=259.699;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1250;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=12.7819;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:32:0:0:32:1250:-112.786,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4356177 . G C 2226.74 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=65;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=10.5269;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=512.725;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2472;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=40;SAP=10.5269;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:65:0:0:65:2472:-222.674,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4356186 . CCTGCCACGC TCTTCCGCGT 2173.82 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=84;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=44.3717;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=665.119;PAIRED=0.892857;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3208;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=185.414;RPPR=0;RPR=84;RUN=1;SAF=22;SAP=44.3717;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:84:0:0:84:3208:-288.858,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4643229 . TACGCGTC GAGGTGTA 3116.25 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X1M1X1M1X2M1X;DP=88;DPB=89.625;DPRA=0;EPP=26.9963;EPPR=0;GTI=0;LEN=8;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=717.544;PAIRED=0.896552;PAIREDR=0;PAO=6;PQA=235;PQR=0;PRO=0;QA=3230;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=150.995;RPPR=0;RPR=82;RUN=1;SAF=23;SAP=44.9671;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:88:0:0:87:3230:-311.625,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4643241 . A T 3615.97 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=72;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=6.02623;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=569.236;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2745;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=31;SAP=6.02623;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:72:0:0:72:2745:-247.216,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4668486 . ACCACCTAACGGA GCCGCCCAGCGGG 2452.01 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=72;CIGAR=1X2M1X2M1X1M1X3M1X;DP=77;DPB=77.2308;DPRA=0;EPP=4.09604;EPPR=0;GTI=0;LEN=13;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=564.595;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=40;PQR=0;PRO=0;QA=2686;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=33;SAP=4.09604;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:77:0:0:72:2686:-245.201,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4668504 . C G 2842.81 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=135;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1072.76;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5206;QR=26;RO=1;RPL=51;RPP=20.5268;RPPR=5.18177;RPR=84;RUN=1;SAF=61;SAP=5.72866;SAR=74;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:137:1:26:135:5206:-465.895,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4668540 . T A 4616.21 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=136;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=3.26577;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1062.92;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5129;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.5851;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=61;SAP=6.13977;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:136:0:0:136:5129:-461.621,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4668558 . TTT ATC 4369.17 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=3.17453;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=937.945;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4530;QR=0;RO=0;RPL=102;RPP=134.85;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=58;SAP=3.17453;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:120:0:0:119:4530:-407.344,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4668613 . C T 2384.1 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=70;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=3.50664;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=548.96;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2647;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=155.013;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=3.50664;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:70:0:0:70:2647:-238.41,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4668625 . C T 1926.36 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=15.518;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=798.031;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3850;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=3.35774;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=62;SAP=15.518;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:100:0:0:100:3850:-346.58,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4684119 . A G 3424.63 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=13.5202;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=788.549;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3804;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=10.0459;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=64;SAP=20.0346;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:100:0:0:100:3804:-342.463,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4684131 . G A 3217.68 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=4.90158;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=740.897;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3574;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=34.9753;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=62;SAP=25.4488;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:93:0:0:93:3574:-321.768,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4684143 . CACAGCG TACCGCC 2413.9 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=72;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=4.09604;EPPR=0;GTI=0;LEN=7;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=555.821;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2684;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=61.3988;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=53;SAP=37.8745;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:74:0:0:72:2684:-241.39,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4684164 . AACA GACC 1405.78 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=43;CIGAR=1X2M1X;DP=44;DPB=44.25;DPRA=0;EPP=3.0608;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=323.693;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=38;PRO=1;QA=1601;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=11.5447;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=35;SAP=39.8243;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:44:0:0:43:1601:-140.578,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4684173 . AGTAAG GGTTAA 1444.95 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=44;CIGAR=1X2M1X1M1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=6;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=332.711;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1605;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=66.97;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=35;SAP=36.372;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:45:0:0:44:1605:-144.495,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4684191 . C T 639.518 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=3.08391;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=925.172;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4540;QR=72;RO=2;RPL=92;RPP=83.1708;RPPR=7.35324;RPR=26;RUN=1;SAF=58;SAP=3.08391;SAR=60;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:120:2:72:118:4540:-401.797,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4696477 . GGTG AGTA 3256.08 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X2M1X;DP=98;DPB=99.25;DPRA=0;EPP=3.10078;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=749.741;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=112;PQR=39;PRO=1;QA=3547;QR=0;RO=0;RPL=83;RPP=113.846;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=46;SAP=3.37221;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:98:0:0:96:3547:-325.608,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4696486 . A G 3280.53 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=755.371;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3644;QR=0;RO=0;RPL=87;RPP=150.855;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=46;SAP=3.1027;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:94:0:0:94:3644:-328.053,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4696495 . GGCC AGCG 2981.34 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=86;CIGAR=1X2M1X;DP=87;DPB=88.5;DPRA=0;EPP=3.41429;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=686.479;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=110;PQR=0;PRO=0;QA=3204;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=93.9091;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=44;SAP=3.1113;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:87:0:0:86:3204:-298.134,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4696513 . C T 3676.32 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=133;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=3.81032;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1051.28;PAIRED=0.992481;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5073;QR=0;RO=0;RPL=80;RPP=14.9126;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=63;SAP=3.81032;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:133:0:0:133:5073:-456.563,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4697065 . C T 4219.91 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=3.87536;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=971.671;PAIRED=0.99187;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4733;QR=40;RO=1;RPL=123;RPP=270.101;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=58;SAP=3.87536;SAR=65;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:124:1:40:123:4733:-421.991,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4697077 . T C 3529.68 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=3.03138;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=812.739;PAIRED=0.990291;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3921;QR=0;RO=0;RPL=103;RPP=226.672;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=52;SAP=3.03138;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:103:0:0:103:3921:-352.968,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4697109 . G A 2173.68 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=3.32051;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=500.509;PAIRED=0.984127;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2413;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=139.813;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=3.32051;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:63:0:0:63:2413:-217.368,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4697214 . A G 349.152 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=80.3953;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=384;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=6;SAP=3.87889;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:10:0:0:10:384:-34.9152,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4697223 . AATAT TATAC 2419.56 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=73;CIGAR=1X3M1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=3.04005;EPPR=0;GTI=0;LEN=5;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=557.124;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2686;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=37;SAP=3.04005;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:73:0:0:73:2686:-241.956,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4697238 . C T 2982.18 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=3.03526;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=686.672;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3312;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=191.928;RPPR=0;RPR=87;RUN=1;SAF=44;SAP=3.03526;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:87:0:0:87:3312:-298.218,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4697244 . G A 3060.29 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=3.22989;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=704.659;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3399;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=196.271;RPPR=0;RPR=89;RUN=1;SAF=46;SAP=3.22989;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:89:0:0:89:3399:-306.029,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4697253 . T C 3260.87 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=4.86177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=750.844;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3622;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=152.979;RPPR=0;RPR=88;RUN=1;SAF=51;SAP=4.13032;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:95:0:0:95:3622:-326.087,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4697259 . TACGC AACGT 3260.48 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X3M1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=5;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=750.753;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3621;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=49.8964;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=51;SAP=3.36483;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:98:0:0:98:3621:-326.048,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4697283 . A G 3439.87 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=3.09716;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=792.059;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3821;QR=0;RO=0;RPL=72;RPP=45.05;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=53;SAP=3.79203;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:100:0:0:100:3821:-343.987,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4697289 . GTCG ATCA 3128.19 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X2M1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=3.03365;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=720.293;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3474;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=78.8717;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=50;SAP=4.15441;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:93:0:0:93:3474:-312.819,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4697301 . T C 3190.66 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=193.447;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=930;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=5.18177;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:25:0:0:25:930:-84.0128,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4717050 . A G 629.696 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=19;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=8.61041;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=144.993;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=700;QR=0;RO=0;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=8.61041;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:20:0:0:19:700:-62.9696,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4717052 . TAAGCTGGT CCAGCAGCG 561.144 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=3.79203;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=197.79;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=951;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=3.79203;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:25:0:0:25:951:-85.8993,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4721201 . T C 417.48 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=96.1283;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=460;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:12:0:0:12:460:-41.748,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4721207 . CAAG TAAA 515.262 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=59;CIGAR=1X2M1X1M1X2M1X;DP=62;DPB=62.2222;DPRA=0;EPP=5.99147;EPPR=0;GTI=0;LEN=9;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=455.633;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=40;PQR=0;PRO=0;QA=2160;QR=0;RO=0;RPL=16;RPP=29.8409;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=15;SAP=33.963;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:62:0:0:59:2160:-197.879,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4721283 . CATGCG TACGCC 2213.56 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=66;CIGAR=1X1M1X2M1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=4.19474;EPPR=0;GTI=0;LEN=6;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=509.69;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2461;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=5.11597;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=17;SAP=36.701;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:67:0:0:66:2461:-221.356,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4721306 . T C 3496.47 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=12.0581;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=756.04;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3647;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.10078;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=33;SAP=23.3679;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:96:0:0:96:3647:-328.344,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4721375 . CACGTTGAAGCATCAGT TACGCTGATGCGCCAGC 2596.51 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=70;CIGAR=1X3M1X3M1X2M2X3M1X;DP=72;DPB=73.9412;DPRA=0;EPP=4.99565;EPPR=0;GTI=0;LEN=17;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=597.868;PAIRED=0.785714;PAIREDR=0;PAO=8;PQA=292;PQR=0;PRO=0;QA=2595;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=4.99565;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=26;SAP=13.0611;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:72:0:0:70:2595:-259.651,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4721397 . C T 3912.91 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=131;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=11.7791;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1036.17;PAIRED=0.732824;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5000;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=6.73993;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=61;SAP=4.35297;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:131:0:0:131:5000:-450.005,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4721442 . T C 4314.67 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=125;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=993.49;PAIRED=0.736;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4794;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=5.11229;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=61;SAP=3.16665;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:125:0:0:125:4794:-431.467,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4721453 . T C 4302.56 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=125;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=990.701;PAIRED=0.752;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4784;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=12.2;RPPR=0;RPR=74;RUN=1;SAF=61;SAP=3.16665;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:126:0:0:125:4784:-430.256,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4721480 . TATCGGC GATTGGG 2659.49 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=77;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=80;DPB=82;DPRA=0;EPP=5.29458;EPPR=0;GTI=0;LEN=7;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=612.37;PAIRED=0.805195;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=117;PQR=0;PRO=0;QA=2840;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=9.35551;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=45;SAP=7.77626;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:80:0:0:77:2840:-265.949,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4721492 . TCGTT GCGTC 2640.46 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=6.62942;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=117.649;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=564;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=6.62942;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:15:0:0:15:564:-51.0943,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4722214 . C T 354.556 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=6.48466;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=81.6395;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=390;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=6.48466;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:10:0:0:10:390:-35.4556,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4722970 . C T 2366.98 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=43;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=3.0608;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=339.42;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1635;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=45.4803;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=29;SAP=14.3727;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:43:0:0:43:1635:-147.408,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4725615 . CTGATC TTAATT 1190.9 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=36;CIGAR=1X1M1X2M1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=6;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=274.215;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1320;QR=0;RO=0;RPL=31;RPP=43.7857;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=23;SAP=9.04217;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:36:0:0:36:1320:-119.09,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4725653 . A G 354.003 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=150;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1183.18;PAIRED=0.94;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5710;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=82.2835;RPPR=0;RPR=112;RUN=1;SAF=73;SAP=3.24192;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:150:0:0:150:5710:-513.848,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4727695 . TGAGTCG CGAATCC 5327.48 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=156;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=161;DPB=163.286;DPRA=0;EPP=5.73856;EPPR=0;GTI=0;LEN=7;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1226.7;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=117;PQR=0;PRO=0;QA=5806;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=3.90116;RPPR=0;RPR=82;RUN=1;SAF=77;SAP=3.06598;SAR=79;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:161:0:0:156:5806:-532.748,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4727743 . T C 5941.58 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=58;CIGAR=2X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=450.155;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2174;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=29;SAP=3.0103;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:59:0:0:58:2174:-195.5,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4754656 . T C 3402.58 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=5.61177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=783.472;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3864;QR=80;RO=2;RPL=2;RPP=205.301;RPPR=3.0103;RPR=99;RUN=1;SAF=54;SAP=4.06379;SAR=47;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:103:2:80:101:3864:-340.258,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4754676 . AGAAGTA CGAGGTG 3457.43 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=135;CIGAR=1X2M1X;DP=136;DPB=137.25;DPRA=0;EPP=3.15506;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1055.05;PAIRED=0.955556;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=72;PQR=0;PRO=0;QA=5021;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=6.62942;RPPR=0;RPR=75;RUN=1;SAF=78;SAP=10.1038;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:136:0:0:135:5021:-458.203,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4768608 . G T 4684.87 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=137;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=3.40655;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1078.73;PAIRED=0.956204;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5250;QR=40;RO=1;RPL=68;RPP=3.02615;RPPR=5.18177;RPR=69;RUN=1;SAF=79;SAP=10.0002;SAR=58;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:139:1:40:137:5250:-468.487,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4768615 . GGT AGC 4478.85 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=143;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=4.24029;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1133.07;PAIRED=0.965035;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5468;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=3.38993;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=82;SAP=9.70694;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:143:0:0:143:5468:-492.086,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4768644 . T C 4988.31 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=145;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=7.33827;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1148.6;PAIRED=0.965517;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5573;QR=27;RO=1;RPL=74;RPP=3.14508;RPPR=5.18177;RPR=71;RUN=1;SAF=87;SAP=15.6048;SAR=58;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:146:1:27:145:5573:-498.831,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4768650 . C G 5140.05 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=42;CIGAR=1X1M1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=6.31921;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=326.197;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1571;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=25;SAP=6.31921;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:42:0:0:42:1571:-141.665,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4790211 . CCAGAA TCAGGG 1374.42 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=41;CIGAR=1X3M2X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=7.30028;EPPR=0;GTI=0;LEN=6;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=316.471;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1524;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=25;SAP=7.30028;SAR=16;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:41:0:0:41:1524:-137.442,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4790221 . CTC TTG 1427.98 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=60;CIGAR=1X2M1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=468.052;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2256;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:60:0:0:60:2256:-203.273,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4806385 . T C 2384.95 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=135.974;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=549.156;PAIRED=0.971014;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2648;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=144.282;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=68;SAP=144.282;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:69:0:0:69:2648:-238.495,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4806418 . A C 2526.7 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=16;CIGAR=1X1M1X;DP=16;DPB=16.3333;DPRA=0;EPP=3.55317;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=129.662;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=33;PQR=0;PRO=0;QA=589;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=29.6108;RPPR=0;RPR=1;RUN=1;SAF=6;SAP=5.18177;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:16:0:0:16:589:-56.3116,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4809544 . G A 519.965 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=119.726;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=574;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=27.4756;RPPR=0;RPR=1;RUN=1;SAF=5;SAP=6.62942;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:15:0:0:15:574:-51.9965,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4809550 . T C 386.295 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=11;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=7.94546;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=88.9477;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=429;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=7.94546;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:12:0:0:11:429:-38.6295,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4809565 . T C 459.778 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=23.2217;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=105.868;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=507;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=11.1951;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=4;SAP=7.18621;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:13:0:0:13:507:-45.9778,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4809571 . A T 591.93 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=31.7504;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=136.297;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=654;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.13803;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=8;SAP=3.13803;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:17:0:0:17:654:-59.193,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4809583 . T C 866.18 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=17.6895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=199.445;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=959;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=10.0459;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=11;SAP=3.79203;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:25:0:0:25:959:-86.618,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4809590 . CTGGGTAACGTT TTAGGCAATGTG 564.889 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=3.47981;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=585.31;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2827;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=65.1027;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=39;SAP=3.47981;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:75:0:0:74:2827:-254.197,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4814307 . GTAT CTAC 2881.76 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=84;CIGAR=1X2M1X;DP=84;DPB=85;DPRA=0;EPP=3.94093;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=663.549;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=78;PQR=0;PRO=0;QA=3122;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=89.9726;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=44;SAP=3.42391;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:84:0:0:84:3122:-288.176,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4814316 . T C 3269.78 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=3.37991;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=752.895;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3632;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=103.637;RPPR=0;RPR=80;RUN=1;SAF=49;SAP=3.37991;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:94:0:0:94:3632:-326.978,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4814331 . CATCGAAAATGACGCC TATTGAGAACGATGCG 2981.65 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=82;CIGAR=1X2M1X2M1X2M1X2M1X2M1X;DP=85;DPB=86.375;DPRA=0;EPP=5.65844;EPPR=0;GTI=0;LEN=16;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=686.549;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=7;PQA=268;PQR=0;PRO=0;QA=3047;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=59.0449;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=42;SAP=3.11623;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:85:0:0:82:3047:-298.165,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4814376 . GCGGC CCGCT 3977 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=121;CIGAR=1X2M2X;DP=122;DPB=122.6;DPRA=0;EPP=3.02825;EPPR=0;GTI=0;LEN=5;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=915.738;PAIRED=0.991736;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=39;PQR=0;PRO=0;QA=4381;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=3.45895;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=68;SAP=7.04816;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:122:0:0:121:4381:-397.7,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4814391 . A C 4111.58 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=120;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=946.725;PAIRED=0.991667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4568;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=11.7686;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=69;SAP=8.87328;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:120:0:0:120:4568:-411.158,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4814403 . G C 3801.31 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=4.86177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=746.706;PAIRED=0.989474;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3602;QR=0;RO=0;RPL=92;RPP=184.065;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=55;SAP=8.15326;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:95:0:0:95:3602:-324.29,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4814433 . T C 2119.98 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=5.80219;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=488.143;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2353;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=139.813;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=36;SAP=5.80219;SAR=27;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:63:0:0:63:2353:-211.998,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4814436 . A G 2012.98 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=71;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=4.50892;EPPR=0;GTI=0;LEN=7;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=552.141;PAIRED=0.873239;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2662;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=82.5596;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=24;SAP=19.1893;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:71:0:0:71:2662:-239.792,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4822952 . AGTG CGTA 1788.96 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=49;CIGAR=1X2M1X;DP=49;DPB=51.5;DPRA=0;EPP=26.4533;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=411.923;PAIRED=0.877551;PAIREDR=0;PAO=4;PQA=151;PQR=0;PRO=0;QA=1834;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=26.4533;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:49:0:0:49:1834:-178.896,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4822961 . T C 1550.48 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=33;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=3.0761;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=255.145;PAIRED=0.969697;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1228;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=3.0761;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:33:0:0:33:1228:-110.808,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4825649 . C G 958.795 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=28;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=3.32051;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=220.771;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1062;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=3.32051;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:28:0:0:28:1062:-95.8795,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4825682 . GGAGCTT TGAACTC 539.739 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=13;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=13;DPB=14.5714;DPRA=0;EPP=4.51363;EPPR=0;GTI=0;LEN=7;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=124.279;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=116;PQR=0;PRO=0;QA=480;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=8;SAP=4.51363;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:13:0:0:13:480:-53.9739,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4825703 . A G 1633.22 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=48;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=376.064;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1812;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=24;SAP=3.0103;SAR=24;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:48:0:0:48:1812:-163.322,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4825709 . C A 1900.32 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=55;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=3.99733;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=437.565;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2109;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=30;SAP=3.99733;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:55:0:0:55:2109:-190.032,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4825714 . A G 2237.33 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=65;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=3.84548;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=515.165;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2488;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=35;SAP=3.84548;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:66:0:0:65:2488:-223.733,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4825721 . T C 2393.09 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=29;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=6.67934;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=232.371;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1118;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=6.67934;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:29:0:0:29:1118:-100.918,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4829657 . C T 1018.15 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=29;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=6.67934;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=234.439;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1128;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=6.67934;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:29:0:0:29:1128:-101.815,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4829681 . G T 632.424 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=4.9405;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=145.621;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=699;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=4.9405;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:18:0:0:18:699:-63.2424,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4829714 . G C 344.575 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=79.3412;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=379;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=4;SAP=3.87889;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:10:0:0:10:379:-34.4575,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4829729 . G C 864.363 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=75;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=3.03925;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=581.238;PAIRED=0.853333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2846;QR=39;RO=1;RPL=60;RPP=61.6401;RPPR=5.18177;RPR=15;RUN=1;SAF=50;SAP=21.1059;SAR=25;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:77:1:39:75:2846:-252.428,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4843124 . T C 2241.79 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=66;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=9.45891;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=516.19;PAIRED=0.878788;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2531;QR=38;RO=1;RPL=56;RPP=72.629;RPPR=5.18177;RPR=10;RUN=1;SAF=48;SAP=32.6213;SAR=18;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:67:1:38:66:2531:-224.179,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4843133 . ACTG GCTC 1992.05 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=47;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=23.3852;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=376.05;PAIRED=0.851064;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1812;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=96.5684;RPPR=0;RPR=1;RUN=1;SAF=33;SAP=19.6891;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:47:0:0:47:1812:-163.317,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4843160 . CCCG TCCT 1101.13 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=34;CIGAR=1X2M1X;DP=35;DPB=35.25;DPRA=0;EPP=23.7032;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=253.544;PAIRED=0.911765;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=13;PRO=1;QA=1236;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=68.4099;RPPR=0;RPR=1;RUN=1;SAF=25;SAP=19.3602;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:35:0:0:34:1236:-110.113,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4843175 . C T 791.401 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=54;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=430.302;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2077;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=120.27;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=4.45795;SAR=24;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:55:0:0:54:2077:-186.878,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4848633 . CCTG TCTA 1703.85 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=52;CIGAR=1X2M1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=3.67845;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=392.326;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1894;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=115.927;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=28;SAP=3.67845;SAR=24;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:54:0:0:52:1894:-170.385,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4848651 . G A 1602.47 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=12;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=85.0185;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=32;RO=1;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:13:1:32:12:442:-36.9231,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4852236 . CG TA 3931.25 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=2X;DP=115;DPB=116.5;DPRA=0;EPP=3.18024;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=905.203;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=119;PQR=0;PRO=0;QA=4248;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=252.73;RPPR=0;RPR=115;RUN=1;SAF=56;SAP=3.18024;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:115:0:0:115:4248:-393.125,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4852242 . TG GC 3866.42 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=44;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=345.634;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1665;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=98.5551;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=3.0103;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:44:0:0:44:1665:-150.107,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4864318 . T C 1441.66 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=42;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=3.21711;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=331.956;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1599;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=3.21711;SAR=20;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:42:0:0:42:1599:-144.166,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4864325 . G C 1206.05 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=35;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=3.07234;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=277.703;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1337;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=3.07234;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:35:0:0:35:1337:-120.605,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4864331 . TTCT CTCC 740.286 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=21;CIGAR=1X2M1X;DP=21;DPB=21.5;DPRA=0;EPP=3.1137;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=170.457;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=39;PQR=0;PRO=0;QA=780;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=3.1137;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:21:0:0:21:780:-74.0286,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4864375 . A C 425.594 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=115.395;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=553;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:14:0:0:14:553:-50.1154,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4864394 . T C 481.301 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=110.824;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=531;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:14:0:0:14:531:-48.1301,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4864403 . CAGC TAGGTC 454.23 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=14;CIGAR=1X2M2I1M;DP=14;DPB=21;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=6;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=104.59;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=501;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:14:0:0:14:501:-45.423,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4864409 . TGCTTTG AGTTTTA 559.506 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=13;CIGAR=1X1M1X3M1X;DP=14;DPB=16.5714;DPRA=0;EPP=3.17734;EPPR=0;GTI=0;LEN=7;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=128.831;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=4;PQA=147;PQR=0;PRO=0;QA=475;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=7;SAP=3.17734;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:14:0:0:13:475:-55.9506,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4864436 . ATGGTAT GTGATAC 1548.9 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=48;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=33.5919;EPPR=0;GTI=0;LEN=7;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=356.648;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1722;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=75.3927;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=11;SAP=33.5919;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:50:0:0:48:1722:-154.89,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4864448 . GGCACTA CGCGCTG 1588.57 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=48;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=50;DPB=49.8571;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=7;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=365.782;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1766;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=21.1059;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:50:0:0:48:1766:-158.857,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4864463 . G A 2357.14 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=55.9124;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=542.752;PAIRED=0.985507;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2617;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=55.9124;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=14;SAP=55.9124;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:69:0:0:69:2617:-235.714,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4864475 . ACTG GCTA 2555.97 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1X2M1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=52.119;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=588.535;PAIRED=0.987179;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2842;QR=0;RO=0;RPL=24;RPP=28.0658;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=14;SAP=72.6088;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:79:0:0:78:2842:-255.597,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4864484 . AACA GACG 2671.4 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=38;CIGAR=1X2M1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=288.438;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1432;QR=39;RO=1;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:39:1:39:38:1432:-125.267,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4913697 . CTCCGCT TTCAGCC 486.757 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=14;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=7;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=112.08;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=537;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:14:0:0:14:537:-48.6757,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4913709 . GTGA ATGC 485.847 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=31;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=251.003;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1208;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:31:0:0:31:1208:-109.009,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4913745 . C T 1126.05 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=32;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=30.1537;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=259.284;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1248;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=30.1537;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:32:0:0:32:1248:-112.605,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4913762 . ACTGT GTTGC 1011.05 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=53;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=6.32897;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=428.022;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2063;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=42.3836;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=23;SAP=5.01789;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:53:0:0:53:2063:-185.888,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4937258 . TACAA CGCAG 1791.73 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=53;CIGAR=2X2M1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=5.01789;EPPR=0;GTI=0;LEN=5;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=412.561;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1988;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=118.098;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=5.01789;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:53:0:0:53:1988:-179.173,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4937271 . T C 1851.72 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=7.22845;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=657.409;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3241;QR=67;RO=2;RPL=27;RPP=30.1911;RPPR=7.35324;RPR=60;RUN=1;SAF=38;SAP=6.03039;SAR=49;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:89:2:67:87:3241:-285.509,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4938415 . CACGTCATCAGT CATGTGATTAGC 2682.92 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=2M1X2M1X2M1X2M1X;DP=84;DPB=84.25;DPRA=0;EPP=5.72464;EPPR=0;GTI=0;LEN=12;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=617.765;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=39;PQR=39;PRO=1;QA=2983;QR=0;RO=0;RPL=24;RPP=30.8051;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=35;SAP=5.72464;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:84:0:0:80:2983:-268.292,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4938432 . C T 3081.82 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=166;CIGAR=1X;DP=169;DPB=169;DPRA=0;EPP=5.57421;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1320.57;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6400;QR=23;RO=1;RPL=123;RPP=86.7297;RPPR=5.18177;RPR=43;RUN=1;SAF=85;SAP=3.2196;SAR=81;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:169:1:23:166:6400:-573.516,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4938647 . GC CG 4759.44 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=139;CIGAR=2X;DP=140;DPB=141.5;DPRA=0;EPP=3.77578;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1095.9;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=113;PQR=0;PRO=0;QA=5178;QR=0;RO=0;RPL=109;RPP=100.508;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=70;SAP=3.02592;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:140:0:0:139:5178:-475.944,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4938657 . TACCGAGC CACCC 4013.85 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=29;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=9.07545;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=228.02;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1097;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=15.6647;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=4;SAP=36.0317;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:29:0:0:29:1097:-99.0279,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4940181 . C T 401.199 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.9056;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=92.3795;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=5.9056;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=2;SAP=14.5915;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:12:0:0:12:442:-40.1199,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4940182 . GTGCGT GTCCGC 329.214 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=9.26925;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=138.993;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=667;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=9.26925;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:17:0:0:17:667:-60.3639,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4947043 . TGCGTCTTGTTGGGT GGCATCCTGCTGCGA 444.449 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=13;CIGAR=1X2M1X2M1X2M1X2M1X1M1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=7.18621;EPPR=0;GTI=0;LEN=15;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=102.338;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=490;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=7.18621;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:13:0:0:13:490:-44.4449,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4947067 . T C 462.49 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=7.18621;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=106.492;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=510;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=7.18621;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:13:0:0:13:510:-46.249,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4947229 . C T 2867.45 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=8.89682;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=660.255;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3189;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=0;RPR=83;RUN=1;SAF=34;SAP=8.89682;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:84:0:0:83:3189:-286.745,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4947235 . CACG AACC 3230.67 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=18.4661;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=138.577;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=665;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=4.1599;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=13;SAP=13.3567;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:17:0:0:17:665:-60.1834,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4955477 . G A 770.004 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=22;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=4.58955;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=177.3;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=852;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=4.58955;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=18;SAP=22.3561;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:22:0:0:22:852:-77.0004,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4955486 . A G 639.609 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=147;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=10.8246;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1155.69;PAIRED=0.707483;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5605;QR=25;RO=1;RPL=103;RPP=54.4314;RPPR=5.18177;RPR=44;RUN=1;SAF=82;SAP=7.27939;SAR=65;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:148:1:25:147:5605:-501.909,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4965147 . GTAC ATAT 4412.69 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X2M1X;DP=125;DPB=128.75;DPRA=0;EPP=16.7396;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1016.06;PAIRED=0.741935;PAIREDR=0;PAO=6;PQA=237;PQR=0;PRO=0;QA=4669;QR=0;RO=0;RPL=88;RPP=50.3624;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=76;SAP=16.7396;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:125:0:0:124:4669:-441.269,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4965159 . ATTGGCT GTTAGCC 3229.78 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=3.15506;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=115.575;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=554;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=27.4756;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=7;SAP=3.15506;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:15:0:0:15:554:-50.1938,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4967070 . CAAAGCGA TAAAATGG 493.848 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=15;CIGAR=1X3M2X1M1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=0;GTI=0;LEN=8;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=113.713;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=545;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=14.7363;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=7;SAP=3.15506;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:15:0:0:15:545:-49.3848,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4967083 . C G 843.342 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=24;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=6.26751;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=189.503;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=911;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=3.37221;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=4;SAP=26.1727;SAR=20;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:24:0:0:24:911:-82.2999,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5004382 . TAAA CAGC 396.711 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=11;CIGAR=1X1M2X;DP=11;DPB=11.25;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=91.3462;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=35;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:11:0:0:11:402:-39.6711,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5004391 . GCTACGG ACTGCGA 358.903 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=205;CIGAR=1X;DP=205;DPB=205;DPRA=0;EPP=8.61376;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1621.71;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7828;QR=0;RO=0;RPL=87;RPP=13.1897;RPPR=0;RPR=118;RUN=1;SAF=105;SAP=3.27511;SAR=100;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:205:0:0:205:7828:-704.301,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5016151 . C T 7374.27 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=214;CIGAR=1X;DP=215;DPB=215;DPRA=0;EPP=4.02501;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1697.99;PAIRED=0.995327;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8200;QR=0;RO=0;RPL=95;RPP=8.85501;RPPR=0;RPR=119;RUN=1;SAF=117;SAP=7.06913;SAR=97;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:215:0:0:214:8200:-737.427,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5016184 . T C 7943.25 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=232;CIGAR=1X;DP=232;DPB=232;DPRA=0;EPP=3.94628;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1829;PAIRED=0.99569;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8829;QR=0;RO=0;RPL=106;RPP=6.75422;RPPR=0;RPR=126;RUN=1;SAF=123;SAP=4.84482;SAR=109;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:232:0:0:232:8829:-794.325,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5016193 . A G 7999.78 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=233;CIGAR=1X;DP=233;DPB=233;DPRA=0;EPP=3.09418;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1842.02;PAIRED=0.995708;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8892;QR=0;RO=0;RPL=117;RPP=3.01962;RPPR=0;RPR=116;RUN=1;SAF=123;SAP=4.58532;SAR=110;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:233:0:0:233:8892:-799.978,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5016211 . A G 7556.94 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=222;CIGAR=1X;DP=225;DPB=225;DPRA=0;EPP=6.92286;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1740.05;PAIRED=0.995495;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8471;QR=68;RO=2;RPL=111;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=111;RUN=1;SAF=118;SAP=4.92746;SAR=104;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:225:2:68:222:8471:-755.694,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5016217 . A G 7728.31 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=225;CIGAR=1X;DP=226;DPB=226;DPRA=0;EPP=8.11567;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1779.51;PAIRED=0.995556;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8628;QR=34;RO=1;RPL=113;RPP=3.01995;RPPR=5.18177;RPR=112;RUN=1;SAF=114;SAP=3.09716;SAR=111;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:226:1:34:225:8628:-772.831,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5016226 . T C 7707.13 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=211;CIGAR=1X;DP=212;DPB=212;DPRA=0;EPP=3.10292;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1668.92;PAIRED=0.995261;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8060;QR=0;RO=0;RPL=111;RPP=4.25555;RPPR=0;RPR=100;RUN=1;SAF=95;SAP=7.54878;SAR=116;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:212:0:0:211:8060:-724.804,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5016358 . T G 6291.22 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=184;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=6.83398;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1448.61;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6995;QR=0;RO=0;RPL=117;RPP=32.514;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=86;SAP=4.70971;SAR=98;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:185:0:0:184:6995:-629.122,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5016388 . C T 6369.52 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=2M1X2M1X2M1X2M1X;DP=71;DPB=71.75;DPRA=0;EPP=12.1053;EPPR=0;GTI=0;LEN=12;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=534.564;PAIRED=0.956522;PAIREDR=0;PAO=2.5;PQA=91.5;PQR=52.5;PRO=1.5;QA=2542;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=120.112;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=47;SAP=22.6794;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:71:0:0:69:2542:-232.158,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5025649 . A G 1769.29 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=54;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=13.3047;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=407.393;PAIRED=0.962963;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1992;QR=26;RO=1;RPL=49;RPP=80.8616;RPPR=5.18177;RPR=5;RUN=1;SAF=38;SAP=22.4731;SAR=16;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:55:1:26:54:1992:-176.929,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5025650 . CTG CTC 1633.99 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=40;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=310.045;PAIRED=0.975;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1493;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=8.43898;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=19;SAP=3.22745;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:40:0:0:40:1493:-134.651,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5027344 . TACT AACA 1035.11 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=34;CIGAR=1X2M1X;DP=34;DPB=35.5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=238.343;PAIRED=0.970588;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=115;PRO=3;QA=1266;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=7.09778;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=16;SAP=3.26577;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:34:0:0:34:1266:-103.511,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5027357 . C T 984.028 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=30;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=3.29983;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=226.581;PAIRED=0.966667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1090;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=3.29983;SAR=16;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:30:0:0:30:1090:-98.4028,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5027358 . TT TG 885.082 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=27;CIGAR=1M1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=203.798;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=983;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=3.73412;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:28:0:0:27:983:-88.5082,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5027365 . C T 669.278 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=12.4549;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=664.065;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3203;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=46.9892;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=32;SAP=12.4549;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:83:0:0:83:3203:-288.4,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5035555 . AGTC GGTT 2851.34 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X2M1X;DP=85;DPB=86;DPRA=0;EPP=25.0128;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=656.544;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=71;PQR=0;PRO=0;QA=3099;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=3.24576;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=34;SAP=8.89682;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:85:0:0:83:3099:-285.134,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5035567 . C A 3217.06 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=54;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=7.03155;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=421.215;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2030;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=22;SAP=7.03155;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:54:0:0:54:2030:-182.931,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5036552 . TTG CTA 1993.13 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=56;CIGAR=1X1M1X;DP=56;DPB=58.3333;DPRA=0;EPP=6.88793;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=458.936;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=4;PQA=157;PQR=0;PRO=0;QA=2055;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=23;SAP=6.88793;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:56:0:0:56:2055:-199.313,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5036567 . T C 3337.87 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=3.21178;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=768.572;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3710;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=172.452;RPPR=0;RPR=92;RUN=1;SAF=42;SAP=6.79359;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:98:0:0:97:3710:-333.787,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5036581 . CGTA GGTG 3748.78 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X2M1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=863.189;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4164;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=196.892;RPPR=0;RPR=106;RUN=1;SAF=50;SAP=5.80219;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:112:0:0:112:4164:-374.878,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5036596 . C T 4033.13 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=3.67278;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=928.663;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4524;QR=39;RO=1;RPL=13;RPP=158.767;RPPR=5.18177;RPR=105;RUN=1;SAF=53;SAP=5.66023;SAR=65;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:120:1:39:118:4524:-403.313,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5036602 . AAAC TAAT 3862.77 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X2M1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=3.18024;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=889.436;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4295;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=68.7398;RPPR=0;RPR=87;RUN=1;SAF=54;SAP=3.93554;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:116:0:0:115:4295:-386.277,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5036611 . T G 3999.46 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=3.30981;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=920.909;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4488;QR=40;RO=1;RPL=38;RPP=32.9616;RPPR=5.18177;RPR=78;RUN=1;SAF=54;SAP=4.20835;SAR=62;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:117:1:40:116:4488:-399.946,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5036617 . GATCTTTGCC CATTTTCGCG 3818.21 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X2M1X2M1X2M1X;DP=116;DPB=116.7;DPRA=0;EPP=4.98437;EPPR=0;GTI=0;LEN=10;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=879.174;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=4;PQA=157;PQR=0;PRO=0;QA=4088;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=3.72096;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=52;SAP=3.72096;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:116:0:0:110:4088:-381.821,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5036635 . C G 5492.05 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=160;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=3.49888;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1264.59;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6140;QR=33;RO=1;RPL=98;RPP=20.5992;RPPR=5.18177;RPR=62;RUN=1;SAF=75;SAP=4.36747;SAR=85;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:161:1:33:160:6140:-549.205,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5036641 . TATTC CATTA 5577.8 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=166;CIGAR=1X3M1X;DP=167;DPB=167.6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=5;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1284.34;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=39;PQR=0;PRO=0;QA=6161;QR=0;RO=0;RPL=114;RPP=53.2943;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=79;SAP=3.84749;SAR=87;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:167:0:0:166:6161:-557.78,0 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5036677 . C T 5728.28 . 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