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diff test-data/test/snps.vcf @ 2:c6ecf655fde1 draft
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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=36;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=290.967;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1401;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=81.1833;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=81.1833;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:36:0:0:36:1401:-126.365,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4645549 . ACG TCA 1036.2 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=29;CIGAR=1X1M1X;DP=29;DPB=29.6667;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=238.595;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=40;PQR=0;PRO=0;QA=1108;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=65.983;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:29:0:0:29:1108:-103.62,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4645557 . G A 1019.97 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=29;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=234.858;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1130;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=65.983;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:29:0:0:29:1130:-101.997,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4646140 . T G 1870.56 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=53;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=47.6279;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=430.712;PAIRED=0.924528;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2076;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=43;SAP=47.6279;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:53:0:0:53:2076:-187.056,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4646149 . AGAT CGAC 2063.73 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=59;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=7.46366;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=466.56;PAIRED=0.762712;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2249;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=38.3795;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=49;SAP=58.9901;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:59:0:0:59:2249:-202.624,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4754094 . C T 1967.76 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=57;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=3.9627;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=453.093;PAIRED=0.754386;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2188;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=11.5819;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=47;SAP=55.1637;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:58:0:0:57:2188:-196.776,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4754109 . A C 2087.34 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X2M1X;DP=127;DPB=128.25;DPRA=0;EPP=7.95168;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=986.655;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=116;PQR=0;PRO=0;QA=4644;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=5.8999;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=56;SAP=6.8574;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:127:0:0:127:4644:-428.499,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4809752 . GTT AGC 3291.13 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=3X;DP=98;DPB=99.3333;DPRA=0;EPP=3.56996;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=757.812;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=4;PQA=150;PQR=0;PRO=0;QA=3509;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=56.7598;RPPR=0;RPR=24;RUN=1;SAF=38;SAP=12.8827;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:98:0:0:97:3509:-329.113,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4809763 . A G 3320.16 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X2M1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=3.38795;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=712.42;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3436;QR=0;RO=0;RPL=92;RPP=202.786;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=44;SAP=3.38795;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:92:0:0:92:3436:-309.4,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4815574 . C T 2856.61 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=84;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=3.94093;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=657.758;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3217;QR=40;RO=1;RPL=84;RPP=185.414;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=39;SAP=3.94093;SAR=45;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:85:1:40:84:3217:-285.661,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4815751 . AC GA 2497.74 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=2X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=3.47981;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=575.127;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2777;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=0;RPR=74;RUN=1;SAF=39;SAP=3.47981;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:76:0:0:74:2777:-249.774,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4815760 . G A 2728.07 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=3.11887;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=628.162;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3074;QR=40;RO=1;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=5.18177;RPR=80;RUN=1;SAF=41;SAP=3.11887;SAR=39;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:81:1:40:80:3074:-272.807,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4815766 . CGCCGAC TGCGGAT 2616.35 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=80;DPB=80.1429;DPRA=0;EPP=3.45573;EPPR=0;GTI=0;LEN=7;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=602.437;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2908;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=172.385;RPPR=0;RPR=78;RUN=1;SAF=41;SAP=3.45573;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:80:0:0:78:2908:-261.635,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4815778 . CCGT TCGG 2722.61 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=81;CIGAR=1X2M1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=6.2541;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=626.903;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3023;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=102.764;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=42;SAP=3.25157;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:81:0:0:81:3023:-272.261,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4815787 . GGCA CGCG 2854.86 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X2M1X;DP=85;DPB=85.75;DPRA=0;EPP=10.5712;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=657.357;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=73;PQR=0;PRO=0;QA=3101;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=25.0128;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=45;SAP=4.29225;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:85:0:0:83:3101:-285.486,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4815824 . CTG TTA 4503.47 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=134;CIGAR=1X1M1X;DP=136;DPB=137.333;DPRA=0;EPP=4.6308;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1036.96;PAIRED=0.992537;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=68;PQR=0;PRO=0;QA=4939;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=4.04742;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=71;SAP=4.04742;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:136:0:0:134:4939:-450.347,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4815844 . T C 4088.22 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=120;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=3.08268;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=941.348;PAIRED=0.991667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4584;QR=38;RO=1;RPL=68;RPP=7.64277;RPPR=5.18177;RPR=52;RUN=1;SAF=67;SAP=6.55704;SAR=53;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:122:1:38:120:4584:-408.822,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4815853 . C T 2745.12 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=82;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=3.11623;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=632.087;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3048;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=54.2782;RPPR=0;RPR=19;RUN=1;SAF=41;SAP=3.0103;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:82:0:0:82:3048:-274.512,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4815854 . GAAAGTGTCGACTAC GAGAGCGTGGATTAT 2536.09 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=2M1X2M1X2M1X2M1X2M1X;DP=75;DPB=76.0667;DPRA=0;EPP=4.06669;EPPR=0;GTI=0;LEN=15;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=583.957;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=4;PQA=148;PQR=77;PRO=2;QA=2748;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=123.204;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=37;SAP=3.0103;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:75:0:0:74:2748:-253.609,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4815883 . AGGG GGGC 2289.07 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=67;CIGAR=1X2M1X;DP=67;DPB=68;DPRA=0;EPP=3.04271;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=527.077;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=80;PQR=0;PRO=0;QA=2461;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=139.943;RPPR=0;RPR=1;RUN=1;SAF=34;SAP=3.04271;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:67:0:0:67:2461:-228.907,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4815895 . GC AT 1768.26 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=85;CIGAR=1X2M1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=3.24022;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=655.15;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3163;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=64.348;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=47;SAP=5.07959;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:86:0:0:85:3163:-284.528,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4916254 . A G 2897.56 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=84;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=667.189;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3218;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=67.6375;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=47;SAP=5.59539;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:84:0:0:84:3218:-289.756,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4916260 . GTTTTG ATCTTT 2659.71 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=29;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=12.0706;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=231.334;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1113;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=19.8579;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=4;SAP=36.0317;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:29:0:0:29:1113:-100.467,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4940157 . GAAG AAAA 1047.88 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=31;CIGAR=1X2M1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=11.486;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=241.283;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1161;QR=0;RO=0;RPL=23;RPP=18.771;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=4;SAP=40.0654;SAR=27;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:31:0:0:31:1161:-104.788,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4940172 . C T 990.279 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=147;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=10.8246;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1155.69;PAIRED=0.707483;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5605;QR=25;RO=1;RPL=103;RPP=54.4314;RPPR=5.18177;RPR=44;RUN=1;SAF=82;SAP=7.27939;SAR=65;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:148:1:25:147:5605:-501.909,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4965147 . GTAC ATAT 4412.69 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X2M1X;DP=125;DPB=128.75;DPRA=0;EPP=16.7396;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1016.06;PAIRED=0.741935;PAIREDR=0;PAO=6;PQA=237;PQR=0;PRO=0;QA=4669;QR=0;RO=0;RPL=88;RPP=50.3624;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=76;SAP=16.7396;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:125:0:0:124:4669:-441.269,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4965159 . ATTGGCT GTTAGCC 3229.78 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=222;CIGAR=1X;DP=225;DPB=225;DPRA=0;EPP=6.92286;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1740.05;PAIRED=0.995495;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8471;QR=68;RO=2;RPL=111;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=111;RUN=1;SAF=118;SAP=4.92746;SAR=104;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:225:2:68:222:8471:-755.694,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5016217 . A G 7728.31 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=225;CIGAR=1X;DP=226;DPB=226;DPRA=0;EPP=8.11567;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1779.51;PAIRED=0.995556;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8628;QR=34;RO=1;RPL=113;RPP=3.01995;RPPR=5.18177;RPR=112;RUN=1;SAF=114;SAP=3.09716;SAR=111;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:226:1:34:225:8628:-772.831,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5016226 . T C 7707.13 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=12.4549;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=664.065;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3203;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=46.9892;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=32;SAP=12.4549;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:83:0:0:83:3203:-288.4,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5035555 . AGTC GGTT 2851.34 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X2M1X;DP=85;DPB=86;DPRA=0;EPP=25.0128;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=656.544;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=71;PQR=0;PRO=0;QA=3099;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=3.24576;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=34;SAP=8.89682;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:85:0:0:83:3099:-285.134,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5035567 . C A 3217.06 . 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AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=3.67278;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=928.663;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4524;QR=39;RO=1;RPL=13;RPP=158.767;RPPR=5.18177;RPR=105;RUN=1;SAF=53;SAP=5.66023;SAR=65;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:120:1:39:118:4524:-403.313,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5036602 . AAAC TAAT 3862.77 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X2M1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=3.18024;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=889.436;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4295;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=68.7398;RPPR=0;RPR=87;RUN=1;SAF=54;SAP=3.93554;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1:116:0:0:115:4295:-386.277,0 -gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5036611 . T G 3999.46 . 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