comparison qualimap_bamqc.py @ 2:5b36882f6455 draft

planemo upload for repository https://github.com/scottx611x/qualimap2 commit 2e9620ea29d3a146e8669ec0037932d9a2135c79-dirty

1:716e406ce6ea

def main():
    parser = argparse.ArgumentParser(
        description="Generate Bam Quality Statistics"
    )
    parser.add_argument('--input_file')
    parser.add_argument('--out_genome_file', default="genome_results.txt")
    parser.add_argument('--out_dir')
    parser.add_argument('--java_mem_size', default="8G")

    args = parser.parse_args()
    

2:5b36882f6455

def main():
    parser = argparse.ArgumentParser(
        description="Generate Bam Quality Statistics"
    )
    parser.add_argument('--input_file')
    parser.add_argument('--out_genome_file', default="genome_coverage.txt")
    parser.add_argument('--out_dir')
    parser.add_argument('--java_mem_size', default="8G")

    args = parser.parse_args()