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planemo upload for repository https://github.com/sanbi-sa/tools-sanbi-uwc commit 3e5c71977e50ec920d4f45be809d2528e55bff76
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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=11.1951;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70.9402;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=166.802;PAIRED=0.991453;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3329;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=55.1442;RPPR=0;RPR=85;RUN=1;SAF=36;SAP=40.5935;SAR=81;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:117:0:0:117:3329:-299.895,-35.2205,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 62049 . A G 3935.57 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=138;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=9.30442;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=195.914;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4458;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=4.58383;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=93;SAP=39.2644;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:139:0:0:138:4458:-401.521,-41.5421,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 63146 . G T 8455.87 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=308;CIGAR=1X;DP=308;DPB=308;DPRA=0;EPP=4.02553;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=431.584;PAIRED=0.996753;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9456;QR=0;RO=0;RPL=161;RPP=4.39215;RPPR=0;RPR=147;RUN=1;SAF=131;SAP=17.9286;SAR=177;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:308:0:0:308:9456:-851.347,-92.7172,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 65150 . C T 6774.69 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=253;CIGAR=1X;DP=256;DPB=256;DPRA=0;EPP=3.22487;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=330.472;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7606;QR=45;RO=2;RPL=122;RPP=3.70551;RPPR=3.0103;RPR=131;RUN=1;SAF=137;SAP=6.79536;SAR=116;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:256:2:45:253:7606:-680.633,-68.0656,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 66248 . C T 4586.61 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=167;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=13.9457;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.8743;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=236.116;PAIRED=0.988024;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5146;QR=0;RO=0;RPL=80;RPP=3.64744;RPPR=0;RPR=87;RUN=1;SAF=84;SAP=3.0233;SAR=83;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:167:0:0:167:5146:-463.448,-50.272,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 68337 . TCA TCCA 6836.5 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=260;CIGAR=1M1I2M;DP=261;DPB=353.333;DPRA=0;EPP=3.04371;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=350.471;PAIRED=0.996154;PAIREDR=1;PAO=6;PQA=175;PQR=175;PRO=6;QA=7667;QR=30;RO=1;RPL=129;RPP=3.04371;RPPR=5.18177;RPR=131;RUN=1;SAF=144;SAP=9.55812;SAR=116;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1;ANN=TCCA||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:261:1:30:260:7667:-687.325,-73.1522,0 +NC_000962 1849 . C A 10026.9 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=361;CIGAR=1X;DP=362;DPB=362;DPRA=0;EPP=17.4527;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=491.444;PAIRED=0.972299;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11220;QR=23;RO=1;RPL=173;RPP=4.36371;RPPR=5.18177;RPR=188;RUN=1;SAF=169;SAP=6.19232;SAR=192;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:362:1:23:361:11220:-1007.81,-104.114,0 +NC_000962 1977 . A G 5808.79 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=206;CIGAR=1X;DP=206;DPB=206;DPRA=0;EPP=4.06441;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=290.182;PAIRED=0.995146;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6612;QR=0;RO=0;RPL=82;RPP=21.6049;RPPR=0;RPR=124;RUN=1;SAF=58;SAP=88.3934;SAR=148;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:206:0:0:206:6612:-595.401,-62.0122,0 +NC_000962 4013 . T C 7210.29 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=240;CIGAR=1X;DP=240;DPB=240;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=337.316;PAIRED=0.991667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8059;QR=0;RO=0;RPL=132;RPP=8.22183;RPPR=0;RPR=108;RUN=1;SAF=128;SAP=5.32654;SAR=112;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:240:0:0:240:8059:-725.646,-72.2472,0 +NC_000962 7362 . G C 6381.78 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=216;CIGAR=1X;DP=216;DPB=216;DPRA=0;EPP=6.26751;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=304.045;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7135;QR=0;RO=0;RPL=114;RPP=4.45795;RPPR=0;RPR=102;RUN=1;SAF=111;SAP=3.37221;SAR=105;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:216:0:0:216:7135:-642.48,-65.0225,0 +NC_000962 7585 . G C 5383.07 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=184;CIGAR=1X;DP=184;DPB=184;DPRA=0;EPP=10.9881;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.5761;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=259.683;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6035;QR=0;RO=0;RPL=101;RPP=6.83398;RPPR=0;RPR=83;RUN=1;SAF=100;SAP=6.03148;SAR=84;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:184:0:0:184:6035:-543.478,-55.3895,0 +NC_000962 9304 . G A 4335.96 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=168;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=5.54368;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=237.503;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4866;QR=0;RO=0;RPL=96;RPP=10.4553;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=85;SAP=3.062;SAR=83;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:168:0:0:168:4866:-438.23,-50.573,0 +NC_000962 11820 . C G 6752.81 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=225;CIGAR=1X;DP=226;DPB=226;DPRA=0;EPP=3.25157;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=301.087;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7623;QR=35;RO=1;RPL=139;RPP=30.1199;RPPR=5.18177;RPR=86;RUN=1;SAF=90;SAP=22.5536;SAR=135;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:226:1:35:225:7623:-682.909,-62.1787,0 +NC_000962 11879 . A G 5087.99 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=168;CIGAR=1X;DP=169;DPB=169;DPRA=0;EPP=6.31921;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=237.503;PAIRED=0.988095;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5696;QR=0;RO=0;RPL=88;RPP=3.83753;RPPR=0;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=3.83753;SAR=88;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:169:0:0:168:5696:-512.927,-50.573,0 +NC_000962 14785 . T C 8206.81 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=271;CIGAR=1X;DP=271;DPB=271;DPRA=0;EPP=15.1978;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=380.291;PAIRED=0.99262;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9193;QR=0;RO=0;RPL=120;RPP=10.7106;RPPR=0;RPR=151;RUN=1;SAF=117;SAP=13.9798;SAR=154;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:271:0:0:271:9193:-827.709,-81.5791,0 +NC_000962 14861 . G T 6584.26 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=248;CIGAR=1X;DP=250;DPB=250;DPRA=0;EPP=4.72646;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=339.467;PAIRED=0.995968;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7384;QR=7;RO=1;RPL=147;RPP=21.5379;RPPR=5.18177;RPR=101;RUN=1;SAF=138;SAP=9.87495;SAR=110;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:250:1:7:248:7384:-664.122,-71.9653,0 +NC_000962 15117 . C G 7023.86 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=236;CIGAR=1X;DP=236;DPB=236;DPRA=0;EPP=12.4323;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=331.771;PAIRED=0.995763;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7856;QR=0;RO=0;RPL=122;RPP=3.59917;RPPR=0;RPR=114;RUN=1;SAF=112;SAP=4.33527;SAR=124;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:236:0:0:236:7856:-707.373,-71.0431,0 +NC_000962 16119 . C A 5448.86 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=205;CIGAR=1X;DP=205;DPB=205;DPRA=0;EPP=3.27511;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=288.796;PAIRED=0.990244;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6115;QR=0;RO=0;RPL=104;RPP=3.10563;RPPR=0;RPR=101;RUN=1;SAF=81;SAP=22.5959;SAR=124;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:205:0:0:205:6115:-550.648,-61.7111,0 +NC_000962 21795 . G A 2468.59 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=137.689;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2785;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.8246;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=39;SAP=10.339;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:96:0:0:96:2785:-250.94,-28.8989,0 +NC_000962 24698 . GCCGCGTTGCTCGGGGTAAC GC 1897.42 . AB=0.782946;ABP=92.714;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=101;CIGAR=1M18D1M;DP=129;DPB=56.3;DPRA=0;EPP=4.75178;EPPR=10.7656;GTI=0;LEN=18;MEANALT=1;MQM=74.0297;MQMR=68.3571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=104.859;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=3;PQA=67;PQR=1057;PRO=34;QA=2503;QR=870;RO=28;RPL=19;RPP=88.3427;RPPR=55.4358;RPR=82;RUN=1;SAF=52;SAP=3.2038;SAR=49;SRF=18;SRP=7.97367;SRR=10;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1;ANN=GC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:129:28:870:101:2503:-214.923,0,-68.0161 +NC_000962 25610 . G C 5995.34 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=203;CIGAR=1X;DP=203;DPB=203;DPRA=0;EPP=45.4663;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=286.023;PAIRED=0.990148;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6847;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=73.1927;RPPR=0;RPR=142;RUN=1;SAF=81;SAP=20.9918;SAR=122;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:203:0:0:203:6847:-616.567,-61.1091,0 +NC_000962 26959 . C G 4810.71 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=167;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=20.8112;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=236.116;PAIRED=0.988024;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5426;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=20.8112;RPPR=0;RPR=102;RUN=1;SAF=92;SAP=6.76812;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:168:0:0:167:5426:-488.643,-50.272,0 +NC_000962 28366 . ATT AT 4035.74 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=157;CIGAR=1M1D1M;DP=157;DPB=110;DPRA=0;EPP=4.13061;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=222.253;PAIRED=0.980892;PAIREDR=0;PAO=6;PQA=115.5;PQR=115.5;PRO=6;QA=4550;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=18.0723;RPPR=0;RPR=95;RUN=1;SAF=65;SAP=13.0931;SAR=92;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1;ANN=AT||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:157:0:0:157:4550:-409.79,-47.2617,0 +NC_000962 34044 . T C 7774.47 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=260;CIGAR=1X;DP=261;DPB=261;DPRA=0;EPP=3.14393;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=365.042;PAIRED=0.996154;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8695;QR=0;RO=0;RPL=149;RPP=15.0703;RPPR=0;RPR=111;RUN=1;SAF=121;SAP=5.71629;SAR=139;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:261:0:0:260:8695:-782.853,-78.2678,0 +NC_000962 35608 . C T 6319.96 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=239;CIGAR=1X;DP=239;DPB=239;DPRA=0;EPP=4.10966;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.9079;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=335.93;PAIRED=0.991632;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7067;QR=0;RO=0;RPL=126;RPP=4.54578;RPPR=0;RPR=113;RUN=1;SAF=112;SAP=5.05457;SAR=127;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:239:0:0:239:7067:-636.326,-71.9462,0 +NC_000962 36008 . G C 3949.86 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=133;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=3.81032;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=177.817;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4444;QR=21;RO=1;RPL=75;RPP=7.72876;RPPR=5.18177;RPR=58;RUN=1;SAF=63;SAP=3.81032;SAR=70;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:134:1:21:133:4444:-398.194,-36.1109,0 +NC_000962 36209 . T C 3333.09 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=114;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=3.69603;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=162.643;PAIRED=0.991228;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3766;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=75;SAP=27.6965;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:115:0:0:114:3766:-339.248,-34.3174,0 +NC_000962 37031 . C G 5160.39 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=178;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=4.23023;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=251.366;PAIRED=0.988764;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5775;QR=0;RO=0;RPL=90;RPP=3.0591;RPPR=0;RPR=88;RUN=1;SAF=96;SAP=5.40136;SAR=82;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:178:0:0:178:5775:-520.074,-53.5833,0 +NC_000962 37305 . C G 5497.25 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=184;CIGAR=1X;DP=184;DPB=184;DPRA=0;EPP=6.83398;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=259.683;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6153;QR=0;RO=0;RPL=91;RPP=3.05751;RPPR=0;RPR=93;RUN=1;SAF=84;SAP=6.03148;SAR=100;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:184:0:0:184:6153:-554.104,-55.3895,0 +NC_000962 39030 . C T 15330.8 . AB=0.801205;ABP=657.068;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=665;CIGAR=1X;DP=830;DPB=830;DPRA=0;EPP=127.176;EPPR=14.0782;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=68.1218;MQMR=68.0606;NS=1;NUMALT=1;ODDS=667.945;PAIRED=0.969925;PAIREDR=0.939394;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19384;QR=4913;RO=165;RPL=514;RPP=433.285;RPPR=19.1318;RPR=151;RUN=1;SAF=276;SAP=44.7058;SAR=389;SRF=69;SRP=12.6043;SRR=96;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:830:165:4913:665:19384:-1673.31,0,-370.926 +NC_000962 39158 . C G 5416.98 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=179;CIGAR=1X;DP=179;DPB=179;DPRA=0;EPP=4.47817;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.4693;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=252.752;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6069;QR=0;RO=0;RPL=91;RPP=3.11948;RPPR=0;RPR=88;RUN=1;SAF=104;SAP=13.2126;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:179:0:0:179:6069:-546.549,-53.8844,0 +NC_000962 42281 . C A 3862.85 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=148;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=5.12308;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.8649;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=209.777;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4341;QR=0;RO=0;RPL=78;RPP=3.94932;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=62;SAP=11.4614;SAR=86;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:148:0:0:148:4341:-390.983,-44.5524,0 +NC_000962 42967 . G C 4783.78 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=165;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=9.97217;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=233.344;PAIRED=0.993939;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5476;QR=0;RO=0;RPL=79;RPP=3.65516;RPPR=0;RPR=86;RUN=1;SAF=39;SAP=102.622;SAR=126;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:165:0:0:165:5476:-493.172,-49.6699,0 +NC_000962 44768 . A G 5762.88 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=192;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=14.5915;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=270.774;PAIRED=0.994792;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6474;QR=0;RO=0;RPL=76;RPP=21.1059;RPPR=0;RPR=116;RUN=1;SAF=94;SAP=3.19126;SAR=98;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:192:0:0:192:6474:-582.997,-57.7978,0 +NC_000962 48347 . G A 4144.13 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=157;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=5.34774;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=222.253;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4646;QR=0;RO=0;RPL=84;RPP=4.68386;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=81;SAP=3.35608;SAR=76;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:157:0:0:157:4646:-418.436,-47.2617,0 +NC_000962 49360 . C T 4289.47 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=163;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=3.02362;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.9632;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=230.571;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4818;QR=0;RO=0;RPL=90;RPP=6.86033;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=68;SAP=12.722;SAR=95;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:163:0:0:163:4818:-433.916,-49.0679,0 +NC_000962 49690 . GCCC GC 4384.5 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=172;CIGAR=1M2D1M;DP=172;DPB=96.5;DPRA=0;EPP=4.27278;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=243.048;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=14;PQA=389.5;PQR=389.5;PRO=14;QA=4933;QR=0;RO=0;RPL=85;RPP=3.0608;RPPR=0;RPR=87;RUN=1;SAF=106;SAP=23.21;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1;ANN=GC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:172:0:0:172:4933:-444.257,-51.7772,0 +NC_000962 50557 . T C 6353.4 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=215;CIGAR=1X;DP=215;DPB=215;DPRA=0;EPP=15.3826;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.907;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=302.658;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7114;QR=0;RO=0;RPL=101;RPP=4.71718;RPPR=0;RPR=114;RUN=1;SAF=104;SAP=3.50519;SAR=111;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:215:0:0:215:7114:-640.591,-64.7214,0 +NC_000962 51949 . A G 7366.08 . 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--- a/test-data/vcf2.vcf Fri Feb 03 05:56:11 2017 -0500 +++ b/test-data/vcf2.vcf Mon Oct 15 00:34:44 2018 -0400 @@ -60,37 +60,37 @@ ##INFO=<ID=LOF,Number=.,Type=String,Description="Predicted loss of function effects for this variant. Format: 'Gene_Name | Gene_ID | Number_of_transcripts_in_gene | Percent_of_transcripts_affected' "> ##INFO=<ID=NMD,Number=.,Type=String,Description="Predicted nonsense mediated decay effects for this variant. Format: 'Gene_Name | Gene_ID | Number_of_transcripts_in_gene | Percent_of_transcripts_affected' "> #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT $i -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 1977 . A G 2997.91 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=65;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=5.71629;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=94.7143;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2196;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=3.84548;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=32;SAP=3.04371;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:65:0:0:65:2196:-197.978,-19.5669,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 62657 . G A 4190.52 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=151;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=15.1044;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=213.936;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4741;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=5.44062;RPPR=0;RPR=82;RUN=1;SAF=98;SAP=32.131;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:151:0:0:151:4741:-427.004,-45.4555,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 66285 . C G 2136.27 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=69;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=5.55942;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=74.2002;PAIRED=0.985507;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2471;QR=73;RO=2;RPL=37;RPP=3.79707;RPPR=3.0103;RPR=32;RUN=1;SAF=35;SAP=3.04177;SAR=34;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:71:2:73:69:2471:-215.813,-11.0428,0 +NC_000962 1977 . A G 2997.91 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=10.9285;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=141.848;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3410;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=12.6832;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=33;SAP=26.8965;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:99:0:0:99:3410:-307.244,-29.802,0 +NC_000962 4013 . T C 2774.81 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=3.89863;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=126.599;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3137;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=7.84676;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=56;SAP=17.2236;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:88:0:0:88:3137:-282.686,-26.4906,0 +NC_000962 6608 . G C 4499.46 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=147;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=3.02507;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=180.956;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5103;QR=72;RO=2;RPL=60;RPP=13.779;RPPR=7.35324;RPR=87;RUN=1;SAF=72;SAP=3.14325;SAR=75;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:149:2:72:147:5103:-452.777,-33.9711,0 +NC_000962 7362 . G C 2651.87 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=85;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=5.07959;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=122.44;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2982;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.24022;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=39;SAP=4.26209;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:85:0:0:85:2982:-268.731,-25.5875,0 +NC_000962 7585 . G C 2367.43 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=76;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=3.12459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=109.964;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2662;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=3.46745;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=37;SAP=3.12459;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:76:0:0:76:2662:-239.93,-22.8783,0 +NC_000962 9304 . G A 2662.92 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=98;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=140.462;PAIRED=0.989796;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3000;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=5.22609;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=46;SAP=3.80798;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:98:0:0:98:3000:-270.306,-29.5009,0 +NC_000962 11370 . C T 3624.69 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=132;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=3.0761;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=172.992;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4105;QR=36;RO=1;RPL=66;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=66;RUN=1;SAF=53;SAP=14.1309;SAR=79;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:133:1:36:132:4105:-366.161,-34.3131,0 +NC_000962 11879 . A G 2391.08 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=76;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=109.964;PAIRED=0.986842;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2690;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=4.83891;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=36;SAP=3.46745;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:76:0:0:76:2690:-242.454,-22.8783,0 +NC_000962 14785 . T C 3096.22 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=4.78696;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=141.848;PAIRED=0.979798;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3478;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=4.78696;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=46;SAP=4.08507;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:99:0:0:99:3478:-313.371,-29.802,0 +NC_000962 21795 . G A 1207.06 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=47;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=5.27418;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=69.761;PAIRED=0.978723;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1379;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=8.60069;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=26;SAP=4.16534;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:47:0:0:47:1379:-124.403,-14.1484,0 +NC_000962 24698 . GCCGCGTTGCTCGGGGTAAC GC 1057.11 . AB=0.787879;ABP=50.5195;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=52;CIGAR=1M18D1M;DP=66;DPB=23.95;DPRA=0;EPP=9.02361;EPPR=3.17734;GTI=0;LEN=18;MEANALT=2;MQM=72.0962;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.6884;PAIRED=0.961538;PAIREDR=1;PAO=2;PQA=54.5;PQR=359.5;PRO=11;QA=1422;QR=421;RO=13;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=31.2394;RPR=39;RUN=1;SAF=35;SAP=16.5402;SAR=17;SRF=7;SRP=3.17734;SRR=6;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1;ANN=GC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:13:421:52:1422:-121.779,0,-31.7277 +NC_000962 26959 . C G 2762.4 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=37.093;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=132.144;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3144;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=6.40913;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=45;SAP=3.10471;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:92:0:0:92:3144:-283.302,-27.6948,0 +NC_000962 27141 . C G 2038.01 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=67;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=3.04271;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=97.4869;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2318;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=23.2666;RPPR=0;RPR=21;RUN=1;SAF=36;SAP=3.82055;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:67:0:0:67:2318:-208.966,-20.169,0 +NC_000962 28532 . C G 2110.66 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=71;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=3.7749;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=78.4659;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2450;QR=72;RO=2;RPL=46;RPP=16.4979;RPPR=7.35324;RPR=25;RUN=1;SAF=40;SAP=5.48761;SAR=31;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:73:2:72:71:2450:-214.005,-11.7156,0 +NC_000962 29482 . CAA CA 2283.56 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=87;CIGAR=1M1D1M;DP=90;DPB=63;DPRA=0;EPP=10.2236;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=89.4336;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=2.5;PQA=63;PQR=63;PRO=2.5;QA=2664;QR=96;RO=3;RPL=51;RPP=8.62618;RPPR=3.73412;RPR=36;RUN=1;SAF=45;SAP=3.23494;SAR=42;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1;ANN=CA||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:90:3:96:87:2664:-231.106,-13.0627,0 +NC_000962 30519 . C T 2239.24 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=84;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=3.94093;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=121.054;PAIRED=0.988095;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2546;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=23.2774;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=45;SAP=3.94093;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86:0:0:84:2546:-229.333,-25.2865,0 +NC_000962 30688 . T G 2477.59 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=81;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=7.5409;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=116.895;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2793;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=6.2541;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=39;SAP=3.25157;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:81:0:0:81:2793:-251.715,-24.3834,0 +NC_000962 30943 . C T 1995.15 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=20.1897;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=114.122;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2278;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=4.35716;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=48;SAP=10.954;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:79:0:0:79:2278:-205.308,-23.7814,0 +NC_000962 31077 . C T 2093.17 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=80;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=4.74748;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=102.127;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2393;QR=35;RO=1;RPL=34;RPP=6.91895;RPPR=5.18177;RPR=46;RUN=1;SAF=42;SAP=3.44459;SAR=38;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:81:1:35:80:2393:-212.169,-18.9749,0 +NC_000962 32349 . CCCGCGCGTCGGCGATGCGTCGCGTCGAGTCGGCGATGC CC 452.327 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=22;CIGAR=1M37D1M;DP=22;DPB=2.94872;DPRA=0;EPP=6.56362;EPPR=0;GTI=0;LEN=37;MEANALT=1;MQM=52.5455;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=35.1036;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=19;PQA=637;PQR=637;PRO=19;QA=547;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=17.2236;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=9;SAP=4.58955;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1;ANN=CC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:22:0:0:22:547:-49.4786,-6.62266,0 +NC_000962 34044 . T C 3715.45 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=8.28388;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=169.574;PAIRED=0.991597;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4178;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=3.90444;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=70;SAP=11.0575;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:119:0:0:119:4178:-376.371,-35.8226,0 +NC_000962 37031 . C G 2680.99 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=6.03039;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=125.213;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3018;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=3.63429;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=38;SAP=6.03039;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:87:0:0:87:3018:-271.967,-26.1896,0 +NC_000962 42967 . G C 2729.44 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=88;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=119.936;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3105;QR=5;RO=1;RPL=44;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=44;RUN=1;SAF=24;SAP=42.4916;SAR=64;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:89:1:5:88:3105:-279.303,-24.3423,0 +NC_000962 50557 . T C 3706.43 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=3.91972;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=166.802;PAIRED=0.991453;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4160;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=6.14687;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=52;SAP=6.14687;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:117:0:0:117:4160:-374.756,-35.2205,0 +NC_000962 51949 . A G 3926.12 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=127;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=5.8999;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=154.829;PAIRED=0.992126;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4487;QR=61;RO=2;RPL=66;RPP=3.43776;RPPR=3.0103;RPR=61;RUN=1;SAF=42;SAP=34.6249;SAR=85;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:129:2:61:127:4487:-398.388,-29.1211,0 +NC_000962 51954 . T A 3348.08 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=125;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=3.02767;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=152.119;PAIRED=0.992;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3828;QR=61;RO=2;RPL=66;RPP=3.86152;RPPR=3.0103;RPR=59;RUN=1;SAF=46;SAP=21.9282;SAR=79;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:127:2:61:125:3828:-339.031,-28.5327,0 +NC_000962 53785 . C G 3902.21 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=127;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=19.4417;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=140.055;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4493;QR=103;RO=3;RPL=64;RPP=3.0274;RPPR=3.73412;RPR=63;RUN=1;SAF=76;SAP=13.6967;SAR=51;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:130:3:103:127:4493:-395.11,-23.967,0 +NC_000962 54394 . A G 3099.78 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=101;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=3.0318;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.4356;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=119.471;PAIRED=0.990099;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3536;QR=62;RO=2;RPL=51;RPP=3.0318;RPPR=3.0103;RPR=50;RUN=1;SAF=42;SAP=9.22372;SAR=59;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:103:2:62:101:3536:-312.7,-21.3957,0 +NC_000962 55553 . CC CCGTC 1280.36 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=45;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=3.05855;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=66.9884;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1417;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=6.91895;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=35;SAP=33.1696;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:45:0:0:45:1417:-127.845,-13.5463,0 +NC_000962 62049 . A G 1946.06 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=65;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=5.71629;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=94.7143;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2196;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=3.84548;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=32;SAP=3.04371;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:65:0:0:65:2196:-197.978,-19.5669,0 +NC_000962 62657 . G A 4190.52 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=30;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=5.61607;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.194;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=900;QR=0;RO=0;RPL=20;RPP=10.2485;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=12;SAP=5.61607;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:30:0:0:30:900:-81.3,-9.0309,0 +NC_000962 26959 . C G 3443.58 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=23.9371;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=161.256;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3884;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.49071;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=58;SAP=3.18325;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:113:0:0:113:3884:-349.904,-34.0164,0 +NC_000962 29641 . G A 2336.93 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=4.98658;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=127.985;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2638;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.62026;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=37;SAP=8.49998;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:89:0:0:89:2638:-237.716,-26.7917,0 +NC_000962 33436 . C T 3004.85 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=10.0725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=158.484;PAIRED=0.990991;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3399;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=5.3774;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=42;SAP=17.2716;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:111:0:0:111:3399:-306.216,-33.4143,0 +NC_000962 33464 . C T 2273.74 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=86;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=11.1912;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=123.826;PAIRED=0.988372;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2602;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=22.806;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=33;SAP=13.1102;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:88:0:0:86:2602:-234.388,-25.8886,0 +NC_000962 33841 . C G 4699.14 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=148;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=14.5132;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=209.777;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5321;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=45.7942;RPPR=0;RPR=101;RUN=1;SAF=81;SAP=5.88603;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:148:0:0:148:5321:-479.25,-44.5524,0 +NC_000962 34044 . T C 4233.99 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=131;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=5.81167;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=186.21;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4743;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.02688;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=69;SAP=3.82253;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:131:0:0:131:4743:-427.232,-39.4349,0 +NC_000962 37031 . C G 2756.54 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=26.4573;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=127.985;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3123;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=4.20583;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=47;SAP=3.62026;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:89:0:0:89:3123:-281.421,-26.7917,0 +NC_000962 37553 . TTCATGACTCGGCTCGGCCCACT TTCATGACTCGGCTCGGCCCACTCATGACTCGGCTCGGCCCACT 552.847 . AB=0.45614;ABP=3.9627;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=26;CIGAR=1M21I22M;DP=57;DPB=104.826;DPRA=0;EPP=3.34437;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=21;MEANALT=5;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=127.298;PAIRED=1;PAIREDR=0.962963;PAO=19.5;PQA=611.5;PQR=611.5;PRO=19.5;QA=710;QR=906;RO=27;RPL=15;RPP=4.34659;RPPR=61.6401;RPR=11;RUN=1;SAF=5;SAP=24.391;SAR=21;SRF=18;SRP=9.52472;SRR=9;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1;ANN=TTCATGACTCGGCTCGGCCCACTCATGACTCGGCTCGGCCCACT||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:27:906:26:710:-63.0404,0,-80.7353 +NC_000962 42967 . G C 2741.65 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=86;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=123.826;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3107;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.1113;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=27;SAP=28.866;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86:0:0:86:3107:-279.991,-25.8886,0 +NC_000962 55553 . CC CCGTC 974.998 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=40;CIGAR=1M3I1M;DP=44;DPB=107.5;DPRA=0;EPP=8.43898;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=3;MEANALT=3;MQM=75.25;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.4489;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=3.5;PQA=103;PQR=103;PRO=3.5;QA=1201;QR=65;RO=2;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=7.35324;RPR=30;RUN=1;SAF=15;SAP=8.43898;SAR=25;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1;ANN=CCGTC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:44:2:65:40:1201:-102.282,-3.78576,0 +NC_000962 62049 . A G 2283.26 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=28.0269;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=105.805;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2599;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.75395;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=32;SAP=5.41974;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:73:0:0:73:2599:-234.266,-21.9752,0 +NC_000962 63214 . C T 3898.32 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=140;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=10.5174;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=198.686;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4379;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=6.05036;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=68;SAP=3.25847;SAR=72;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:140:0:0:140:4379:-394.423,-42.1442,0 +NC_000962 67792 . C T 1827.25 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=3.29354;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=100.259;PAIRED=0.985507;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2078;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=6.81824;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=44;SAP=14.3712;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:69:0:0:69:2078:-187.321,-20.7711,0
--- a/vcf_to_alignment.xml Fri Feb 03 05:56:11 2017 -0500 +++ b/vcf_to_alignment.xml Mon Oct 15 00:34:44 2018 -0400 @@ -1,5 +1,5 @@ <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> -<tool id="vcf_to_alignment" name="Generate FASTA alignment from VCF collection" version="0.3"> +<tool id="vcf_to_alignment" name="Generate FASTA alignment from VCF collection" version="0.4"> <description>Generate a multiple sequence alignment given a collection of variants and a reference sequence</description> <requirements> <requirement type="package" version="1.67">biopython</requirement> @@ -22,6 +22,9 @@ #else '${reference.builtin.fields.path}' #end if + #if $exclude_list.do_exclude == 'yes': + --exclude $exclude_list.exclude_file + #end if --output_file '${output_alignment}' ]]> </command> @@ -43,6 +46,16 @@ </param> </when> </conditional> + <conditional name="exclude_list"> + <param name="do_exclude" type="select"> + <option value="yes">Yes</option> + <option value="no" selected="true">No</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="exclude_file" type="data" format="bed" label="BED file with regions to exclude" /> + </when> + <when value="no"></when> + </conditional> </inputs> <outputs> <data name="output_alignment" format="fasta" label="Alignment ${on_string}" /> @@ -50,6 +63,7 @@ <tests> <test> <param name="remove_invariant_sites" value="False" /> + <param name="do_exclude" value="no" /> <param name="vcf_inputs"> <collection type="list"> <element name="vcf_inputs.vcf1" value="vcf1.vcf" /> @@ -62,6 +76,7 @@ </test> <test> <param name="remove_invariant_sites" value="True" /> + <param name="do_exclude" value="no" /> <param name="vcf_inputs"> <collection type="list"> <element name="vcf_inputs.vcf1" value="vcf1.vcf" /> @@ -72,6 +87,20 @@ <param name="history" value="reference.fasta" ftype="fasta" /> <output name="output_alignment" value="output2.fasta" /> </test> + <test> + <param name="remove_invariant_sites" value="True" /> + <param name="do_exclude" value="yes" /> + <param name="exclude_file" value="exclude1.bed" /> + <param name="vcf_inputs"> + <collection type="list"> + <element name="vcf_inputs.vcf1" value="vcf1.vcf" /> + <element name="vcf_inputs.vcf2" value="vcf2.vcf" /> + <element name="vcf_inputs.vcf3" value="vcf3.vcf" /> + </collection> + </param> + <param name="history" value="reference.fasta" ftype="fasta" /> + <output name="output_alignment" value="output3.fasta" /> + </test> </tests> <help><![CDATA[ Using the SNPs identified by the VCF files given as input, generates a sequence including the
--- a/vcf_to_msa.py Fri Feb 03 05:56:11 2017 -0500 +++ b/vcf_to_msa.py Mon Oct 15 00:34:44 2018 -0400 @@ -11,10 +11,16 @@ import vcf import intervaltree from operator import itemgetter +from pathlib import Path -difference = lambda x,y: 0 if x == y else 1 + +def difference(x, y): + return 0 if x == y else 1 -string_difference = lambda query, target, query_len: sum((difference(query[i], target[i])) for i in range(query_len)) + +def string_difference(query, target, query_len): + return sum((difference(query[i], target[i])) for i in range(query_len)) + def fuzzysearch(query, target): query_len = len(query) @@ -23,18 +29,49 @@ min_distance = string_difference(query, target, query_len) best_pos = 0 for i in range(0, target_len - query_len + 1): - distance = string_difference(query, target[i:i+query_len], query_len) + distance = string_difference(query, target[i:i + query_len], query_len) if distance < min_distance: (min_distance, best_pos) = (distance, i) return best_pos + +class readable_dir(argparse.Action): + def __call__(self, parser, namespace, values, option_string=None): + prospective_dir = values + if not os.path.isdir(prospective_dir): + raise argparse.ArgumentTypeError("readable_dir:{0} is not a valid path".format(prospective_dir)) + if os.access(prospective_dir, os.R_OK): + setattr(namespace, self.dest, prospective_dir) + else: + raise argparse.ArgumentTypeError("readable_dir:{0} is not a readable dir".format(prospective_dir)) + + parser = argparse.ArgumentParser() parser.add_argument('--vcf_files', nargs="+") -parser.add_argument('--reference_file', type=argparse.FileType()) -parser.add_argument('--output_file', type=argparse.FileType('w')) +parser.add_argument('-d', '--vcf_dir', action=readable_dir, help="VCF directory ") +parser.add_argument('--reference_file', required=True, type=argparse.FileType()) +parser.add_argument('--output_file', required=True, type=argparse.FileType('w')) parser.add_argument('--remove_invariant', action='store_true', default=False) +parser.add_argument('--exclude', type=argparse.FileType(), help='BED format file of regions to exclude from variant calling') args = parser.parse_args() +exclude_trees = {} +if args.exclude is not None: + for line in args.exclude: + # all of BED format that we care about is chromosome, start, end + fields = line.strip().split('\t') + if len(fields) < 3: + continue + chrom = fields[0] + start = int(fields[1]) + end = int(fields[2]) + if chrom not in exclude_trees: + tree = intervaltree.IntervalTree() + exclude_trees[chrom] = tree + else: + tree = exclude_trees[chrom] + tree[start:end] = True + do_inserts = False do_deletes = False do_snps = True @@ -45,7 +82,7 @@ # vcf_files_dir = os.path.expanduser("~/Data/vcf") # vcf_files = [os.path.join(vcf_files_dir, "vcf{}.vcf".format(num)) for num in range(1,4)] # print(vcf_files) -reference_seq = SeqIO.read(args.reference_file, "fasta") +reference_seq = SeqIO.read(args.reference_file, "fasta") reference = str(reference_seq.seq) # output_file = open(os.path.join(os.path.expanduser("~/Data/fasta/vcf_to_msa"), 'output.fasta'), 'w') insertions = {} @@ -55,23 +92,39 @@ sequences = {} if args.remove_invariant: variant_sites = set() -for i, vcf_descriptor in enumerate(args.vcf_files): - # seqname = os.path.splitext(os.path.basename(vcf_filename))[0] - (seqname,vcf_filename) = vcf_descriptor.split('^^^') + +vcf_list = [] +if args.vcf_dir: + pathlist = Path(args.vcf_dir).glob('*.vcf') + for path in pathlist: + vcf_list.append(str(path)) +elif args.vcf_files: + vcf_list = args.vcf_files + +for i, vcf_descriptor in enumerate(vcf_list): + # print(os.path.basename(vcf_descriptor)) + if '^^^' in vcf_descriptor: + (seqname, vcf_filename) = vcf_descriptor.split('^^^') + else: + seqname = str(os.path.basename(vcf_descriptor)).rsplit('.vcf', 1)[0] + vcf_filename = vcf_descriptor sequence_names.append(seqname) sequence = list(reference) sequences[seqname] = sequence - print(seqname) - # tsv_filename = vcf_filename.replace(".vcf", ".tsv") - # output = open(tsv_filename, "wb") + insertions[seqname] = [] count = 0 for record in vcf.VCFReader(filename=vcf_filename): - type="unknown" + if args.exclude: + if record.CHROM in exclude_trees: + tree = exclude_trees[record.CHROM] + if tree.overlaps(record.affected_start, record.affected_end): + continue + type = "unknown" if record.is_snp and do_snps: - type="snp" + type = "snp" try: - sequence[record.affected_start] = str(record.alleles[1]) # SNP, simply insert alt allele + sequence[record.affected_start] = str(record.alleles[1]) # SNP, simply insert alt allele except IndexError as e: print("snp: Error assigning to {}:{}: {}".format(record.affected_start, record.affected_end, str(e)), file=sys.stderr) if args.remove_invariant: @@ -80,7 +133,7 @@ elif record.is_indel: length = record.affected_end - record.affected_start if record.is_deletion and do_deletes: - type="del" + type = "del" try: sequence[record.affected_start:record.affected_end] = ['-'] * length except IndexError as e: @@ -89,7 +142,7 @@ else: if do_inserts: print("Warning: insert processing from VCF is dangerously broken", file=sys.stderr) - type="ins" + type = "ins" # insertions[seqname].append(record) ref = str(record.alleles[0]) alt = str(record.alleles[1]) @@ -138,7 +191,7 @@ seq_str = ''.join(sequence) SeqIO.write(SeqRecord(Seq(seq_str, alphabet=IUPAC.ambiguous_dna), id=name, description=""), args.output_file, "fasta") - # output.write(bytes("\t".join([type, str(record.affected_start), str(record.affected_end), str(record.alleles[0]), str(record.alleles[1])])+"\n", encoding="ascii")) + # output.write(bytes("\t".join([type, str(record.affected_start), str(record.affected_end), str(record.alleles[0]), str(record.alleles[1])])+"\n", encoding="ascii")) # output.close() args.output_file.close()