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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=148;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=14.5132;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=209.777;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5321;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=45.7942;RPPR=0;RPR=101;RUN=1;SAF=81;SAP=5.88603;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:148:0:0:148:5321:-479.25,-44.5524,0 +gi|448814763|ref|NC_000962.3| 34044 . T C 4233.99 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=131;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=5.81167;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=186.21;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4743;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.02688;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=69;SAP=3.82253;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:131:0:0:131:4743:-427.232,-39.4349,0 +gi|448814763|ref|NC_000962.3| 37031 . C G 2756.54 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=26.4573;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=127.985;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3123;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=4.20583;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=47;SAP=3.62026;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:89:0:0:89:3123:-281.421,-26.7917,0 +gi|448814763|ref|NC_000962.3| 37553 . TTCATGACTCGGCTCGGCCCACT TTCATGACTCGGCTCGGCCCACTCATGACTCGGCTCGGCCCACT 552.847 . AB=0.45614;ABP=3.9627;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=26;CIGAR=1M21I22M;DP=57;DPB=104.826;DPRA=0;EPP=3.34437;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=21;MEANALT=5;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=127.298;PAIRED=1;PAIREDR=0.962963;PAO=19.5;PQA=611.5;PQR=611.5;PRO=19.5;QA=710;QR=906;RO=27;RPL=15;RPP=4.34659;RPPR=61.6401;RPR=11;RUN=1;SAF=5;SAP=24.391;SAR=21;SRF=18;SRP=9.52472;SRR=9;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1;ANN=TTCATGACTCGGCTCGGCCCACTCATGACTCGGCTCGGCCCACT||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:27:906:26:710:-63.0404,0,-80.7353 +gi|448814763|ref|NC_000962.3| 42967 . G C 2741.65 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=86;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=123.826;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3107;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.1113;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=27;SAP=28.866;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86:0:0:86:3107:-279.991,-25.8886,0 +gi|448814763|ref|NC_000962.3| 55553 . CC CCGTC 974.998 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=40;CIGAR=1M3I1M;DP=44;DPB=107.5;DPRA=0;EPP=8.43898;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=3;MEANALT=3;MQM=75.25;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.4489;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=3.5;PQA=103;PQR=103;PRO=3.5;QA=1201;QR=65;RO=2;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=7.35324;RPR=30;RUN=1;SAF=15;SAP=8.43898;SAR=25;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1;ANN=CCGTC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:44:2:65:40:1201:-102.282,-3.78576,0 +gi|448814763|ref|NC_000962.3| 62049 . A G 2283.26 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=28.0269;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=105.805;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2599;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.75395;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=32;SAP=5.41974;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:73:0:0:73:2599:-234.266,-21.9752,0 +gi|448814763|ref|NC_000962.3| 63214 . C T 3898.32 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=140;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=10.5174;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=198.686;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4379;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=6.05036;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=68;SAP=3.25847;SAR=72;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:140:0:0:140:4379:-394.423,-42.1442,0 +gi|448814763|ref|NC_000962.3| 67792 . C T 1827.25 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=3.29354;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=100.259;PAIRED=0.985507;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2078;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=6.81824;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=44;SAP=14.3712;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:69:0:0:69:2078:-187.321,-20.7711,0 diff -r 000000000000 -r cc255feec53b vcf_to_alignment.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcf_to_alignment.xml Wed Feb 01 06:56:24 2017 -0500 @@ -0,0 +1,66 @@ + + + Generate a multiple sequence alignment given a collection of variants and a reference sequence + + biopython + pyvcf + intervaltree + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r cc255feec53b vcf_to_msa.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcf_to_msa.py Wed Feb 01 06:56:24 2017 -0500 @@ -0,0 +1,123 @@ +#!/usr/bin/env python + +import argparse +import sys +from Bio import SeqIO +from Bio.SeqRecord import SeqRecord +from Bio.Seq import Seq +from Bio.Alphabet import IUPAC +import os.path +import vcf +import intervaltree +from operator import itemgetter + +difference = lambda x,y: 0 if x == y else 1 + +string_difference = lambda query, target, query_len: sum((difference(query[i], target[i])) for i in range(query_len)) + +def fuzzysearch(query, target): + query_len = len(query) + target_len = len(target) + assert query_len <= target_len, "query cannot be longer than target" + min_distance = string_difference(query, target, query_len) + best_pos = 0 + for i in range(0, target_len - query_len + 1): + distance = string_difference(query, target[i:i+query_len], query_len) + if distance < min_distance: + (min_distance, best_pos) = (distance, i) + return best_pos + +parser = argparse.ArgumentParser() +parser.add_argument('--vcf_files', nargs="+") +parser.add_argument('--reference_file', type=argparse.FileType()) +parser.add_argument('--output_file', type=argparse.FileType('w')) +args = parser.parse_args() + +do_inserts = False +do_deletes = False +do_snps = True +# reference = str(SeqIO.read(os.path.expanduser("~/Data/fasta/NC_000962.fna"), "fasta").seq) +# print(reference, file=open('/tmp/reference.txt', 'w')) +# vcf_files_dir = os.path.expanduser("~/Data/vcf") +# vcf_files = [os.path.join(vcf_files_dir, "vcf{}.vcf".format(num)) for num in range(1,4)] +# print(vcf_files) +reference_seq = SeqIO.read(args.reference_file, "fasta") +reference = str(reference_seq.seq) +# output_file = open(os.path.join(os.path.expanduser("~/Data/fasta/vcf_to_msa"), 'output.fasta'), 'w') +insertions = {} +insertion_sites = [] +tree = intervaltree.IntervalTree() +sequence_names = [] +sequences = {} +for i, vcf_descriptor in enumerate(args.vcf_files): + # seqname = os.path.splitext(os.path.basename(vcf_filename))[0] + (seqname,vcf_filename) = vcf_descriptor.split('^^^') + sequence_names.append(seqname) + sequence = list(reference) + sequences[seqname] = sequence + print(seqname) + # tsv_filename = vcf_filename.replace(".vcf", ".tsv") + # output = open(tsv_filename, "wb") + insertions[seqname] = [] + count = 0 + for record in vcf.VCFReader(filename=vcf_filename): + type="unknown" + if record.is_snp and do_snps: + type="snp" + try: + sequence[record.affected_start] = str(record.alleles[1]) # SNP, simply insert alt allele + except IndexError as e: + print("snp: Error assigning to {}:{}: {}".format(record.affected_start, record.affected_end, str(e)), file=sys.stderr) + count += 1 + elif record.is_indel: + length = record.affected_end - record.affected_start + if record.is_deletion and do_deletes: + type="del" + try: + sequence[record.affected_start:record.affected_end] = ['-'] * length + except IndexError as e: + print("del: Error assigning to {}:{}: {}".format(record.affected_start, record.affected_end, str(e)), file=sys.stderr) + count += 1 + else: + if do_inserts: + print("Warning: insert processing from VCF is dangerously broken", file=sys.stderr) + type="ins" + # insertions[seqname].append(record) + ref = str(record.alleles[0]) + alt = str(record.alleles[1]) + # print("ins", alt.startswith(ref), fuzzysearch(ref, alt), ref, alt, record.affected_start, record.affected_end, len(alt) - len(ref), len(alt), len(ref), record.affected_end - record.affected_start + 1) + alt_sequence = alt[len(ref) - 1:] if alt.startswith(ref) else alt + insertion_sites.append((record.affected_start, record.affected_end, alt_sequence, seqname)) + # interval = intervaltree.Interval(record.affected_start, record.affected_start + length, data=[seqname]) + # if interval in tree: + # existing_interval = tree[interval.begin:interval.end + 1] + # start = min([existing_interval.begin, interval.begin]) + # end = max([existing_interval.end, interval.end]) + # tree.remove(existing_interval) + # new_interval = intervaltree.Interval(start, end, existing_interval.data + interval.data) + # tree.add(new_interval) + +SeqIO.write(reference_seq, args.output_file, "fasta") +offset = 0 +for name in sequence_names: + sequence = sequences[name] + for site in sorted(insertion_sites, key=itemgetter(0)): + (start, end, allele, seqname) = site + # print(start, allele, seqname) + length = len(allele) + # start += offset + # end += offset + # offset += length + try: + if name == seqname: + sequence[start:end] = list(str(allele)) + else: + sequence[start:end] = ['-'] * length + except IndexError as e: + print("ins: Error assigning to {}:{}: {}".format(start, end, str(e)), file=sys.stderr) + SeqIO.write(SeqRecord(Seq(''.join(sequence), alphabet=IUPAC.ambiguous_dna), id=name, description=""), args.output_file, "fasta") + + # output.write(bytes("\t".join([type, str(record.affected_start), str(record.affected_end), str(record.alleles[0]), str(record.alleles[1])])+"\n", encoding="ascii")) + # output.close() + +args.output_file.close()