Mercurial > repos > sanbi-uwc > vcf_to_alignment
diff test-data/vcf3.vcf @ 4:f58178c0f00d draft
planemo upload for repository https://github.com/sanbi-sa/tools-sanbi-uwc commit 3e5c71977e50ec920d4f45be809d2528e55bff76
| author | sanbi-uwc |
|---|---|
| date | Mon, 15 Oct 2018 00:34:44 -0400 |
| parents | cc255feec53b |
| children |
line wrap: on
line diff
--- a/test-data/vcf3.vcf Fri Feb 03 05:56:11 2017 -0500 +++ b/test-data/vcf3.vcf Mon Oct 15 00:34:44 2018 -0400 @@ -60,26 +60,26 @@ ##INFO=<ID=LOF,Number=.,Type=String,Description="Predicted loss of function effects for this variant. Format: 'Gene_Name | Gene_ID | Number_of_transcripts_in_gene | Percent_of_transcripts_affected' "> ##INFO=<ID=NMD,Number=.,Type=String,Description="Predicted nonsense mediated decay effects for this variant. Format: 'Gene_Name | Gene_ID | Number_of_transcripts_in_gene | Percent_of_transcripts_affected' "> #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT $i -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 1977 . A G 3254.97 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=108;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=16.6021;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=154.325;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3691;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=8.15749;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=39;SAP=21.1059;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:108:0:0:108:3691:-332.532,-32.5112,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 4013 . T C 3338.1 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=104;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=3.09382;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=148.78;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3748;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=8.35546;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=51;SAP=3.09382;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:104:0:0:104:3748:-337.68,-31.3071,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 7362 . G C 3635.66 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=3.31507;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=162.643;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4075;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=3.08649;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=53;SAP=4.22937;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:114:0:0:114:4075:-367.107,-34.3174,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 7585 . G C 2508.78 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=4.74748;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=115.509;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2841;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=8.33041;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=51;SAP=16.1477;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:80:0:0:80:2841:-256.045,-24.0824,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 9138 . C G 3155.7 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=14.6134;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=141.848;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3553;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=3.55865;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=3.55865;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:99:0:0:99:3553:-320.129,-29.802,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 9304 . G A 2632.56 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=3.37221;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=137.689;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2973;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=5.27225;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=37;SAP=13.9581;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:96:0:0:96:2973:-267.88,-28.8989,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 11701 . G A 3645.85 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=130;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=3.27756;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=170.56;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4123;QR=37;RO=1;RPL=56;RPP=8.42228;RPPR=5.18177;RPR=74;RUN=1;SAF=69;SAP=4.07933;SAR=61;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:132:1:37:130:4123:-367.82,-33.8527,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 11879 . A G 3090.32 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=97;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=3.56996;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=139.076;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3492;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=24.5235;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=45;SAP=4.10723;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:97:0:0:97:3492:-314.64,-29.1999,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 14785 . T C 4202.39 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=131;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=16.9508;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=186.21;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4725;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=6.73993;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=70;SAP=4.35297;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:131:0:0:131:4725:-425.611,-39.4349,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 21795 . G A 775.59 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=30;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=5.61607;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.194;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=900;QR=0;RO=0;RPL=20;RPP=10.2485;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=12;SAP=5.61607;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:30:0:0:30:900:-81.3,-9.0309,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 26959 . C G 3443.58 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=23.9371;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=161.256;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3884;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.49071;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=58;SAP=3.18325;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:113:0:0:113:3884:-349.904,-34.0164,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 29641 . G A 2336.93 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=4.98658;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=127.985;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2638;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.62026;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=37;SAP=8.49998;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:89:0:0:89:2638:-237.716,-26.7917,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 33436 . C T 3004.85 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=10.0725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=158.484;PAIRED=0.990991;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3399;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=5.3774;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=42;SAP=17.2716;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:111:0:0:111:3399:-306.216,-33.4143,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 33464 . C T 2273.74 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=86;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=11.1912;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=123.826;PAIRED=0.988372;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2602;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=22.806;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=33;SAP=13.1102;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:88:0:0:86:2602:-234.388,-25.8886,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 33841 . C G 4699.14 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=148;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=14.5132;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=209.777;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5321;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=45.7942;RPPR=0;RPR=101;RUN=1;SAF=81;SAP=5.88603;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:148:0:0:148:5321:-479.25,-44.5524,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 34044 . T C 4233.99 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=131;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=5.81167;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=186.21;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4743;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.02688;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=69;SAP=3.82253;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:131:0:0:131:4743:-427.232,-39.4349,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 37031 . C G 2756.54 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=26.4573;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=127.985;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3123;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=4.20583;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=47;SAP=3.62026;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:89:0:0:89:3123:-281.421,-26.7917,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 37553 . TTCATGACTCGGCTCGGCCCACT TTCATGACTCGGCTCGGCCCACTCATGACTCGGCTCGGCCCACT 552.847 . AB=0.45614;ABP=3.9627;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=26;CIGAR=1M21I22M;DP=57;DPB=104.826;DPRA=0;EPP=3.34437;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=21;MEANALT=5;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=127.298;PAIRED=1;PAIREDR=0.962963;PAO=19.5;PQA=611.5;PQR=611.5;PRO=19.5;QA=710;QR=906;RO=27;RPL=15;RPP=4.34659;RPPR=61.6401;RPR=11;RUN=1;SAF=5;SAP=24.391;SAR=21;SRF=18;SRP=9.52472;SRR=9;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1;ANN=TTCATGACTCGGCTCGGCCCACTCATGACTCGGCTCGGCCCACT||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:27:906:26:710:-63.0404,0,-80.7353 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 42967 . G C 2741.65 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=86;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=123.826;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3107;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.1113;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=27;SAP=28.866;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86:0:0:86:3107:-279.991,-25.8886,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 55553 . CC CCGTC 974.998 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=40;CIGAR=1M3I1M;DP=44;DPB=107.5;DPRA=0;EPP=8.43898;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=3;MEANALT=3;MQM=75.25;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.4489;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=3.5;PQA=103;PQR=103;PRO=3.5;QA=1201;QR=65;RO=2;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=7.35324;RPR=30;RUN=1;SAF=15;SAP=8.43898;SAR=25;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1;ANN=CCGTC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:44:2:65:40:1201:-102.282,-3.78576,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 62049 . A G 2283.26 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=28.0269;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=105.805;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2599;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.75395;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=32;SAP=5.41974;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:73:0:0:73:2599:-234.266,-21.9752,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 63214 . C T 3898.32 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=140;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=10.5174;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=198.686;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4379;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=6.05036;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=68;SAP=3.25847;SAR=72;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:140:0:0:140:4379:-394.423,-42.1442,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 67792 . C T 1827.25 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=3.29354;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=100.259;PAIRED=0.985507;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2078;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=6.81824;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=44;SAP=14.3712;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:69:0:0:69:2078:-187.321,-20.7711,0 +NC_000962 1977 . A G 3254.97 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=108;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=16.6021;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=154.325;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3691;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=8.15749;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=39;SAP=21.1059;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:108:0:0:108:3691:-332.532,-32.5112,0 +NC_000962 4013 . T C 3338.1 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=104;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=3.09382;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=148.78;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3748;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=8.35546;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=51;SAP=3.09382;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:104:0:0:104:3748:-337.68,-31.3071,0 +NC_000962 7362 . G C 3635.66 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=3.31507;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=162.643;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4075;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=3.08649;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=53;SAP=4.22937;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:114:0:0:114:4075:-367.107,-34.3174,0 +NC_000962 7585 . G C 2508.78 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=4.74748;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=115.509;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2841;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=8.33041;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=51;SAP=16.1477;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:80:0:0:80:2841:-256.045,-24.0824,0 +NC_000962 9138 . C G 3155.7 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=14.6134;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=141.848;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3553;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=3.55865;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=3.55865;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:99:0:0:99:3553:-320.129,-29.802,0 +NC_000962 9304 . G A 2632.56 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=3.37221;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=137.689;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2973;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=5.27225;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=37;SAP=13.9581;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:96:0:0:96:2973:-267.88,-28.8989,0 +NC_000962 11701 . G A 3645.85 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=130;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=3.27756;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=170.56;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4123;QR=37;RO=1;RPL=56;RPP=8.42228;RPPR=5.18177;RPR=74;RUN=1;SAF=69;SAP=4.07933;SAR=61;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:132:1:37:130:4123:-367.82,-33.8527,0 +NC_000962 11879 . A G 3090.32 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=97;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=3.56996;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=139.076;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3492;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=24.5235;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=45;SAP=4.10723;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:97:0:0:97:3492:-314.64,-29.1999,0 +NC_000962 14785 . T C 4202.39 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=131;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=16.9508;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=186.21;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4725;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=6.73993;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=70;SAP=4.35297;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:131:0:0:131:4725:-425.611,-39.4349,0 +NC_000962 21795 . G A 775.59 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=30;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=5.61607;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.194;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=900;QR=0;RO=0;RPL=20;RPP=10.2485;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=12;SAP=5.61607;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:30:0:0:30:900:-81.3,-9.0309,0 +NC_000962 26959 . C G 3443.58 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=23.9371;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=161.256;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3884;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.49071;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=58;SAP=3.18325;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:113:0:0:113:3884:-349.904,-34.0164,0 +NC_000962 29641 . G A 2336.93 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=4.98658;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=127.985;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2638;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.62026;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=37;SAP=8.49998;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:89:0:0:89:2638:-237.716,-26.7917,0 +NC_000962 33436 . C T 3004.85 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=10.0725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=158.484;PAIRED=0.990991;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3399;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=5.3774;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=42;SAP=17.2716;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:111:0:0:111:3399:-306.216,-33.4143,0 +NC_000962 33464 . C T 2273.74 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=86;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=11.1912;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=123.826;PAIRED=0.988372;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2602;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=22.806;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=33;SAP=13.1102;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:88:0:0:86:2602:-234.388,-25.8886,0 +NC_000962 33841 . C G 4699.14 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=148;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=14.5132;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=209.777;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5321;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=45.7942;RPPR=0;RPR=101;RUN=1;SAF=81;SAP=5.88603;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:148:0:0:148:5321:-479.25,-44.5524,0 +NC_000962 34044 . T C 4233.99 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=131;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=5.81167;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=186.21;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4743;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.02688;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=69;SAP=3.82253;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:131:0:0:131:4743:-427.232,-39.4349,0 +NC_000962 37031 . C G 2756.54 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=26.4573;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=127.985;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3123;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=4.20583;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=47;SAP=3.62026;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:89:0:0:89:3123:-281.421,-26.7917,0 +NC_000962 37553 . TTCATGACTCGGCTCGGCCCACT TTCATGACTCGGCTCGGCCCACTCATGACTCGGCTCGGCCCACT 552.847 . AB=0.45614;ABP=3.9627;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=26;CIGAR=1M21I22M;DP=57;DPB=104.826;DPRA=0;EPP=3.34437;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=21;MEANALT=5;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=127.298;PAIRED=1;PAIREDR=0.962963;PAO=19.5;PQA=611.5;PQR=611.5;PRO=19.5;QA=710;QR=906;RO=27;RPL=15;RPP=4.34659;RPPR=61.6401;RPR=11;RUN=1;SAF=5;SAP=24.391;SAR=21;SRF=18;SRP=9.52472;SRR=9;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1;ANN=TTCATGACTCGGCTCGGCCCACTCATGACTCGGCTCGGCCCACT||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:27:906:26:710:-63.0404,0,-80.7353 +NC_000962 42967 . G C 2741.65 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=86;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=123.826;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3107;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.1113;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=27;SAP=28.866;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86:0:0:86:3107:-279.991,-25.8886,0 +NC_000962 55553 . CC CCGTC 974.998 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=40;CIGAR=1M3I1M;DP=44;DPB=107.5;DPRA=0;EPP=8.43898;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=3;MEANALT=3;MQM=75.25;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.4489;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=3.5;PQA=103;PQR=103;PRO=3.5;QA=1201;QR=65;RO=2;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=7.35324;RPR=30;RUN=1;SAF=15;SAP=8.43898;SAR=25;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1;ANN=CCGTC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:44:2:65:40:1201:-102.282,-3.78576,0 +NC_000962 62049 . A G 2283.26 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=28.0269;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=105.805;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2599;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.75395;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=32;SAP=5.41974;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:73:0:0:73:2599:-234.266,-21.9752,0 +NC_000962 63214 . C T 3898.32 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=140;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=10.5174;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=198.686;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4379;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=6.05036;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=68;SAP=3.25847;SAR=72;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:140:0:0:140:4379:-394.423,-42.1442,0 +NC_000962 67792 . C T 1827.25 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=3.29354;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=100.259;PAIRED=0.985507;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2078;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=6.81824;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=44;SAP=14.3712;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:69:0:0:69:2078:-187.321,-20.7711,0