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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=125;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=3.02767;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=152.119;PAIRED=0.992;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3828;QR=61;RO=2;RPL=66;RPP=3.86152;RPPR=3.0103;RPR=59;RUN=1;SAF=46;SAP=21.9282;SAR=79;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:127:2:61:125:3828:-339.031,-28.5327,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 53785 . C G 3902.21 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=127;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=19.4417;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=140.055;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4493;QR=103;RO=3;RPL=64;RPP=3.0274;RPPR=3.73412;RPR=63;RUN=1;SAF=76;SAP=13.6967;SAR=51;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:130:3:103:127:4493:-395.11,-23.967,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 54394 . A G 3099.78 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=101;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=3.0318;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.4356;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=119.471;PAIRED=0.990099;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3536;QR=62;RO=2;RPL=51;RPP=3.0318;RPPR=3.0103;RPR=50;RUN=1;SAF=42;SAP=9.22372;SAR=59;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:103:2:62:101:3536:-312.7,-21.3957,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 55553 . CC CCGTC 1280.36 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=53;CIGAR=1M3I1M;DP=55;DPB=137;DPRA=0;EPP=12.2288;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=73.5849;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=57.7167;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=2.5;PQA=70.5;PQR=70.5;PRO=2.5;QA=1550;QR=58;RO=2;RPL=18;RPP=14.851;RPPR=7.35324;RPR=35;RUN=1;SAF=13;SAP=32.8783;SAR=40;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1;ANN=CCGTC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:55:2:58:53:1550:-134.282,-7.87492,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 57319 . C T 1836.41 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=65;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=5.71629;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=94.7143;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2196;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=3.84548;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=32;SAP=3.04371;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:65:0:0:65:2196:-197.978,-19.5669,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 62657 . G A 4190.52 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=151;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=15.1044;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=213.936;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4741;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=5.44062;RPPR=0;RPR=82;RUN=1;SAF=98;SAP=32.131;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:151:0:0:151:4741:-427.004,-45.4555,0 -gi|448814763|ref|NC_000962.3| 66285 . C G 2136.27 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=85;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=5.07959;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=122.44;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2982;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.24022;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=39;SAP=4.26209;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:85:0:0:85:2982:-268.731,-25.5875,0 +NC_000962 7585 . G C 2367.43 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=76;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=3.12459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=109.964;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2662;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=3.46745;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=37;SAP=3.12459;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:76:0:0:76:2662:-239.93,-22.8783,0 +NC_000962 9304 . G A 2662.92 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=98;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=140.462;PAIRED=0.989796;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3000;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=5.22609;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=46;SAP=3.80798;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:98:0:0:98:3000:-270.306,-29.5009,0 +NC_000962 11370 . C T 3624.69 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=132;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=3.0761;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=172.992;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4105;QR=36;RO=1;RPL=66;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=66;RUN=1;SAF=53;SAP=14.1309;SAR=79;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:133:1:36:132:4105:-366.161,-34.3131,0 +NC_000962 11879 . A G 2391.08 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=76;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=109.964;PAIRED=0.986842;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2690;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=4.83891;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=36;SAP=3.46745;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:76:0:0:76:2690:-242.454,-22.8783,0 +NC_000962 14785 . T C 3096.22 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=4.78696;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=141.848;PAIRED=0.979798;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3478;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=4.78696;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=46;SAP=4.08507;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:99:0:0:99:3478:-313.371,-29.802,0 +NC_000962 21795 . G A 1207.06 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=47;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=5.27418;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=69.761;PAIRED=0.978723;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1379;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=8.60069;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=26;SAP=4.16534;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:47:0:0:47:1379:-124.403,-14.1484,0 +NC_000962 24698 . GCCGCGTTGCTCGGGGTAAC GC 1057.11 . AB=0.787879;ABP=50.5195;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=52;CIGAR=1M18D1M;DP=66;DPB=23.95;DPRA=0;EPP=9.02361;EPPR=3.17734;GTI=0;LEN=18;MEANALT=2;MQM=72.0962;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.6884;PAIRED=0.961538;PAIREDR=1;PAO=2;PQA=54.5;PQR=359.5;PRO=11;QA=1422;QR=421;RO=13;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=31.2394;RPR=39;RUN=1;SAF=35;SAP=16.5402;SAR=17;SRF=7;SRP=3.17734;SRR=6;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1;ANN=GC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:13:421:52:1422:-121.779,0,-31.7277 +NC_000962 26959 . C G 2762.4 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=37.093;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=132.144;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3144;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=6.40913;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=45;SAP=3.10471;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:92:0:0:92:3144:-283.302,-27.6948,0 +NC_000962 27141 . C G 2038.01 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=67;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=3.04271;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=97.4869;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2318;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=23.2666;RPPR=0;RPR=21;RUN=1;SAF=36;SAP=3.82055;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:67:0:0:67:2318:-208.966,-20.169,0 +NC_000962 28532 . C G 2110.66 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=71;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=3.7749;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=78.4659;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2450;QR=72;RO=2;RPL=46;RPP=16.4979;RPPR=7.35324;RPR=25;RUN=1;SAF=40;SAP=5.48761;SAR=31;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:73:2:72:71:2450:-214.005,-11.7156,0 +NC_000962 29482 . CAA CA 2283.56 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=87;CIGAR=1M1D1M;DP=90;DPB=63;DPRA=0;EPP=10.2236;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=89.4336;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=2.5;PQA=63;PQR=63;PRO=2.5;QA=2664;QR=96;RO=3;RPL=51;RPP=8.62618;RPPR=3.73412;RPR=36;RUN=1;SAF=45;SAP=3.23494;SAR=42;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1;ANN=CA||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:90:3:96:87:2664:-231.106,-13.0627,0 +NC_000962 30519 . C T 2239.24 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=84;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=3.94093;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=121.054;PAIRED=0.988095;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2546;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=23.2774;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=45;SAP=3.94093;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86:0:0:84:2546:-229.333,-25.2865,0 +NC_000962 30688 . T G 2477.59 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=81;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=7.5409;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=116.895;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2793;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=6.2541;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=39;SAP=3.25157;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:81:0:0:81:2793:-251.715,-24.3834,0 +NC_000962 30943 . C T 1995.15 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=20.1897;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=114.122;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2278;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=4.35716;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=48;SAP=10.954;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:79:0:0:79:2278:-205.308,-23.7814,0 +NC_000962 31077 . C T 2093.17 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=80;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=4.74748;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=102.127;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2393;QR=35;RO=1;RPL=34;RPP=6.91895;RPPR=5.18177;RPR=46;RUN=1;SAF=42;SAP=3.44459;SAR=38;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:81:1:35:80:2393:-212.169,-18.9749,0 +NC_000962 32349 . CCCGCGCGTCGGCGATGCGTCGCGTCGAGTCGGCGATGC CC 452.327 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=22;CIGAR=1M37D1M;DP=22;DPB=2.94872;DPRA=0;EPP=6.56362;EPPR=0;GTI=0;LEN=37;MEANALT=1;MQM=52.5455;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=35.1036;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=19;PQA=637;PQR=637;PRO=19;QA=547;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=17.2236;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=9;SAP=4.58955;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1;ANN=CC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:22:0:0:22:547:-49.4786,-6.62266,0 +NC_000962 34044 . T C 3715.45 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=8.28388;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=169.574;PAIRED=0.991597;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4178;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=3.90444;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=70;SAP=11.0575;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:119:0:0:119:4178:-376.371,-35.8226,0 +NC_000962 37031 . C G 2680.99 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=6.03039;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=125.213;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3018;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=3.63429;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=38;SAP=6.03039;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:87:0:0:87:3018:-271.967,-26.1896,0 +NC_000962 42967 . G C 2729.44 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=88;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=119.936;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3105;QR=5;RO=1;RPL=44;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=44;RUN=1;SAF=24;SAP=42.4916;SAR=64;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:89:1:5:88:3105:-279.303,-24.3423,0 +NC_000962 50557 . T C 3706.43 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=3.91972;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=166.802;PAIRED=0.991453;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4160;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=6.14687;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=52;SAP=6.14687;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:117:0:0:117:4160:-374.756,-35.2205,0 +NC_000962 51949 . A G 3926.12 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=127;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=5.8999;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=154.829;PAIRED=0.992126;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4487;QR=61;RO=2;RPL=66;RPP=3.43776;RPPR=3.0103;RPR=61;RUN=1;SAF=42;SAP=34.6249;SAR=85;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:129:2:61:127:4487:-398.388,-29.1211,0 +NC_000962 51954 . T A 3348.08 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=125;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=3.02767;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=152.119;PAIRED=0.992;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3828;QR=61;RO=2;RPL=66;RPP=3.86152;RPPR=3.0103;RPR=59;RUN=1;SAF=46;SAP=21.9282;SAR=79;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:127:2:61:125:3828:-339.031,-28.5327,0 +NC_000962 53785 . C G 3902.21 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=127;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=19.4417;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=140.055;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4493;QR=103;RO=3;RPL=64;RPP=3.0274;RPPR=3.73412;RPR=63;RUN=1;SAF=76;SAP=13.6967;SAR=51;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:130:3:103:127:4493:-395.11,-23.967,0 +NC_000962 54394 . A G 3099.78 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=101;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=3.0318;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.4356;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=119.471;PAIRED=0.990099;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3536;QR=62;RO=2;RPL=51;RPP=3.0318;RPPR=3.0103;RPR=50;RUN=1;SAF=42;SAP=9.22372;SAR=59;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:103:2:62:101:3536:-312.7,-21.3957,0 +NC_000962 55553 . CC CCGTC 1280.36 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=53;CIGAR=1M3I1M;DP=55;DPB=137;DPRA=0;EPP=12.2288;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=73.5849;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=57.7167;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=2.5;PQA=70.5;PQR=70.5;PRO=2.5;QA=1550;QR=58;RO=2;RPL=18;RPP=14.851;RPPR=7.35324;RPR=35;RUN=1;SAF=13;SAP=32.8783;SAR=40;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1;ANN=CCGTC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:55:2:58:53:1550:-134.282,-7.87492,0 +NC_000962 57319 . C T 1836.41 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=70;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=4.12706;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=101.646;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2076;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=6.1124;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=36;SAP=3.13438;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:70:0:0:70:2076:-187.137,-21.0721,0 +NC_000962 57393 . A T 1215.59 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=45;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=3.05855;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=66.9884;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1417;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=6.91895;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=35;SAP=33.1696;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:45:0:0:45:1417:-127.845,-13.5463,0 +NC_000962 62049 . A G 1946.06 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=65;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=5.71629;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=94.7143;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2196;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=3.84548;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=32;SAP=3.04371;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:65:0:0:65:2196:-197.978,-19.5669,0 +NC_000962 62657 . G A 4190.52 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=151;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=15.1044;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=213.936;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4741;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=5.44062;RPPR=0;RPR=82;RUN=1;SAF=98;SAP=32.131;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:151:0:0:151:4741:-427.004,-45.4555,0 +NC_000962 66285 . C G 2136.27 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=69;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=5.55942;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=74.2002;PAIRED=0.985507;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2471;QR=73;RO=2;RPL=37;RPP=3.79707;RPPR=3.0103;RPR=32;RUN=1;SAF=35;SAP=3.04177;SAR=34;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:71:2:73:69:2471:-215.813,-11.0428,0