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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=240;CIGAR=1X;DP=240;DPB=240;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=337.316;PAIRED=0.991667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8059;QR=0;RO=0;RPL=132;RPP=8.22183;RPPR=0;RPR=108;RUN=1;SAF=128;SAP=5.32654;SAR=112;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:240:0:0:240:8059:-725.646,-72.2472,0 +NC_000962 7362 . G C 6381.78 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=216;CIGAR=1X;DP=216;DPB=216;DPRA=0;EPP=6.26751;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=304.045;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7135;QR=0;RO=0;RPL=114;RPP=4.45795;RPPR=0;RPR=102;RUN=1;SAF=111;SAP=3.37221;SAR=105;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:216:0:0:216:7135:-642.48,-65.0225,0 +NC_000962 7585 . G C 5383.07 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=184;CIGAR=1X;DP=184;DPB=184;DPRA=0;EPP=10.9881;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.5761;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=259.683;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6035;QR=0;RO=0;RPL=101;RPP=6.83398;RPPR=0;RPR=83;RUN=1;SAF=100;SAP=6.03148;SAR=84;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:184:0:0:184:6035:-543.478,-55.3895,0 +NC_000962 9304 . G A 4335.96 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=168;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=5.54368;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=237.503;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4866;QR=0;RO=0;RPL=96;RPP=10.4553;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=85;SAP=3.062;SAR=83;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:168:0:0:168:4866:-438.23,-50.573,0 +NC_000962 11820 . C G 6752.81 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=225;CIGAR=1X;DP=226;DPB=226;DPRA=0;EPP=3.25157;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=301.087;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7623;QR=35;RO=1;RPL=139;RPP=30.1199;RPPR=5.18177;RPR=86;RUN=1;SAF=90;SAP=22.5536;SAR=135;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:226:1:35:225:7623:-682.909,-62.1787,0 +NC_000962 11879 . A G 5087.99 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=168;CIGAR=1X;DP=169;DPB=169;DPRA=0;EPP=6.31921;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=237.503;PAIRED=0.988095;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5696;QR=0;RO=0;RPL=88;RPP=3.83753;RPPR=0;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=3.83753;SAR=88;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:169:0:0:168:5696:-512.927,-50.573,0 +NC_000962 14785 . T C 8206.81 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=271;CIGAR=1X;DP=271;DPB=271;DPRA=0;EPP=15.1978;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=380.291;PAIRED=0.99262;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9193;QR=0;RO=0;RPL=120;RPP=10.7106;RPPR=0;RPR=151;RUN=1;SAF=117;SAP=13.9798;SAR=154;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:271:0:0:271:9193:-827.709,-81.5791,0 +NC_000962 14861 . G T 6584.26 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=248;CIGAR=1X;DP=250;DPB=250;DPRA=0;EPP=4.72646;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=339.467;PAIRED=0.995968;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7384;QR=7;RO=1;RPL=147;RPP=21.5379;RPPR=5.18177;RPR=101;RUN=1;SAF=138;SAP=9.87495;SAR=110;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:250:1:7:248:7384:-664.122,-71.9653,0 +NC_000962 15117 . C G 7023.86 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=236;CIGAR=1X;DP=236;DPB=236;DPRA=0;EPP=12.4323;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=331.771;PAIRED=0.995763;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7856;QR=0;RO=0;RPL=122;RPP=3.59917;RPPR=0;RPR=114;RUN=1;SAF=112;SAP=4.33527;SAR=124;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:236:0:0:236:7856:-707.373,-71.0431,0 +NC_000962 16119 . C A 5448.86 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=205;CIGAR=1X;DP=205;DPB=205;DPRA=0;EPP=3.27511;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=288.796;PAIRED=0.990244;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6115;QR=0;RO=0;RPL=104;RPP=3.10563;RPPR=0;RPR=101;RUN=1;SAF=81;SAP=22.5959;SAR=124;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:205:0:0:205:6115:-550.648,-61.7111,0 +NC_000962 21795 . G A 2468.59 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=137.689;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2785;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.8246;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=39;SAP=10.339;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:96:0:0:96:2785:-250.94,-28.8989,0 +NC_000962 24698 . GCCGCGTTGCTCGGGGTAAC GC 1897.42 . AB=0.782946;ABP=92.714;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=101;CIGAR=1M18D1M;DP=129;DPB=56.3;DPRA=0;EPP=4.75178;EPPR=10.7656;GTI=0;LEN=18;MEANALT=1;MQM=74.0297;MQMR=68.3571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=104.859;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=3;PQA=67;PQR=1057;PRO=34;QA=2503;QR=870;RO=28;RPL=19;RPP=88.3427;RPPR=55.4358;RPR=82;RUN=1;SAF=52;SAP=3.2038;SAR=49;SRF=18;SRP=7.97367;SRR=10;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1;ANN=GC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:129:28:870:101:2503:-214.923,0,-68.0161 +NC_000962 25610 . G C 5995.34 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=203;CIGAR=1X;DP=203;DPB=203;DPRA=0;EPP=45.4663;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=286.023;PAIRED=0.990148;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6847;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=73.1927;RPPR=0;RPR=142;RUN=1;SAF=81;SAP=20.9918;SAR=122;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:203:0:0:203:6847:-616.567,-61.1091,0 +NC_000962 26959 . C G 4810.71 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=167;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=20.8112;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=236.116;PAIRED=0.988024;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5426;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=20.8112;RPPR=0;RPR=102;RUN=1;SAF=92;SAP=6.76812;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:168:0:0:167:5426:-488.643,-50.272,0 +NC_000962 28366 . ATT AT 4035.74 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=157;CIGAR=1M1D1M;DP=157;DPB=110;DPRA=0;EPP=4.13061;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=222.253;PAIRED=0.980892;PAIREDR=0;PAO=6;PQA=115.5;PQR=115.5;PRO=6;QA=4550;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=18.0723;RPPR=0;RPR=95;RUN=1;SAF=65;SAP=13.0931;SAR=92;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1;ANN=AT||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:157:0:0:157:4550:-409.79,-47.2617,0 +NC_000962 34044 . T C 7774.47 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=260;CIGAR=1X;DP=261;DPB=261;DPRA=0;EPP=3.14393;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=365.042;PAIRED=0.996154;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8695;QR=0;RO=0;RPL=149;RPP=15.0703;RPPR=0;RPR=111;RUN=1;SAF=121;SAP=5.71629;SAR=139;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:261:0:0:260:8695:-782.853,-78.2678,0 +NC_000962 35608 . C T 6319.96 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=239;CIGAR=1X;DP=239;DPB=239;DPRA=0;EPP=4.10966;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.9079;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=335.93;PAIRED=0.991632;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7067;QR=0;RO=0;RPL=126;RPP=4.54578;RPPR=0;RPR=113;RUN=1;SAF=112;SAP=5.05457;SAR=127;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:239:0:0:239:7067:-636.326,-71.9462,0 +NC_000962 36008 . G C 3949.86 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=133;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=3.81032;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=177.817;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4444;QR=21;RO=1;RPL=75;RPP=7.72876;RPPR=5.18177;RPR=58;RUN=1;SAF=63;SAP=3.81032;SAR=70;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:134:1:21:133:4444:-398.194,-36.1109,0 +NC_000962 36209 . T C 3333.09 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=114;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=3.69603;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=162.643;PAIRED=0.991228;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3766;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=75;SAP=27.6965;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:115:0:0:114:3766:-339.248,-34.3174,0 +NC_000962 37031 . C G 5160.39 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=178;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=4.23023;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=251.366;PAIRED=0.988764;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5775;QR=0;RO=0;RPL=90;RPP=3.0591;RPPR=0;RPR=88;RUN=1;SAF=96;SAP=5.40136;SAR=82;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:178:0:0:178:5775:-520.074,-53.5833,0 +NC_000962 37305 . C G 5497.25 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=184;CIGAR=1X;DP=184;DPB=184;DPRA=0;EPP=6.83398;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=259.683;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6153;QR=0;RO=0;RPL=91;RPP=3.05751;RPPR=0;RPR=93;RUN=1;SAF=84;SAP=6.03148;SAR=100;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:184:0:0:184:6153:-554.104,-55.3895,0 +NC_000962 39030 . C T 15330.8 . AB=0.801205;ABP=657.068;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=665;CIGAR=1X;DP=830;DPB=830;DPRA=0;EPP=127.176;EPPR=14.0782;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=68.1218;MQMR=68.0606;NS=1;NUMALT=1;ODDS=667.945;PAIRED=0.969925;PAIREDR=0.939394;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19384;QR=4913;RO=165;RPL=514;RPP=433.285;RPPR=19.1318;RPR=151;RUN=1;SAF=276;SAP=44.7058;SAR=389;SRF=69;SRP=12.6043;SRR=96;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:830:165:4913:665:19384:-1673.31,0,-370.926 +NC_000962 39158 . C G 5416.98 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=179;CIGAR=1X;DP=179;DPB=179;DPRA=0;EPP=4.47817;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.4693;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=252.752;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6069;QR=0;RO=0;RPL=91;RPP=3.11948;RPPR=0;RPR=88;RUN=1;SAF=104;SAP=13.2126;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:179:0:0:179:6069:-546.549,-53.8844,0 +NC_000962 42281 . C A 3862.85 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=148;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=5.12308;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.8649;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=209.777;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4341;QR=0;RO=0;RPL=78;RPP=3.94932;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=62;SAP=11.4614;SAR=86;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:148:0:0:148:4341:-390.983,-44.5524,0 +NC_000962 42967 . G C 4783.78 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=165;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=9.97217;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=233.344;PAIRED=0.993939;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5476;QR=0;RO=0;RPL=79;RPP=3.65516;RPPR=0;RPR=86;RUN=1;SAF=39;SAP=102.622;SAR=126;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:165:0:0:165:5476:-493.172,-49.6699,0 +NC_000962 44768 . A G 5762.88 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=192;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=14.5915;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=270.774;PAIRED=0.994792;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6474;QR=0;RO=0;RPL=76;RPP=21.1059;RPPR=0;RPR=116;RUN=1;SAF=94;SAP=3.19126;SAR=98;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:192:0:0:192:6474:-582.997,-57.7978,0 +NC_000962 48347 . G A 4144.13 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=157;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=5.34774;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=222.253;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4646;QR=0;RO=0;RPL=84;RPP=4.68386;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=81;SAP=3.35608;SAR=76;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=A||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:157:0:0:157:4646:-418.436,-47.2617,0 +NC_000962 49360 . C T 4289.47 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=163;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=3.02362;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.9632;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=230.571;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4818;QR=0;RO=0;RPL=90;RPP=6.86033;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=68;SAP=12.722;SAR=95;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:163:0:0:163:4818:-433.916,-49.0679,0 +NC_000962 49690 . GCCC GC 4384.5 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=172;CIGAR=1M2D1M;DP=172;DPB=96.5;DPRA=0;EPP=4.27278;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=243.048;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=14;PQA=389.5;PQR=389.5;PRO=14;QA=4933;QR=0;RO=0;RPL=85;RPP=3.0608;RPPR=0;RPR=87;RUN=1;SAF=106;SAP=23.21;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1;ANN=GC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:172:0:0:172:4933:-444.257,-51.7772,0 +NC_000962 50557 . T C 6353.4 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=215;CIGAR=1X;DP=215;DPB=215;DPRA=0;EPP=15.3826;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.907;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=302.658;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7114;QR=0;RO=0;RPL=101;RPP=4.71718;RPPR=0;RPR=114;RUN=1;SAF=104;SAP=3.50519;SAR=111;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=C||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:215:0:0:215:7114:-640.591,-64.7214,0 +NC_000962 51949 . A G 7366.08 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=248;CIGAR=1X;DP=248;DPB=248;DPRA=0;EPP=6.51267;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=348.406;PAIRED=0.995968;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8237;QR=0;RO=0;RPL=121;RPP=3.32551;RPPR=0;RPR=127;RUN=1;SAF=109;SAP=10.8906;SAR=139;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:248:0:0:248:8237:-741.662,-74.6554,0 +NC_000962 54394 . A G 5742.65 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=192;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=4.6389;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=270.774;PAIRED=0.994792;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6423;QR=0;RO=0;RPL=89;RPP=5.22701;RPPR=0;RPR=103;RUN=1;SAF=95;SAP=3.05554;SAR=97;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:193:0:0:192:6423:-578.373,-57.7978,0 +NC_000962 55543 . GC GCCGCCTCCAC 1414.15 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=72;CIGAR=1M9I1M;DP=77;DPB=435;DPRA=0;EPP=4.9405;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=9;MEANALT=3;MQM=71.25;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=72.5878;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=12;PQA=103;PQR=34;PRO=7;QA=1709;QR=80;RO=3;RPL=34;RPP=3.49285;RPPR=3.73412;RPR=38;RUN=1;SAF=20;SAP=33.8935;SAR=52;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1;ANN=GCCGCCTCCAC||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:77:3:80:72:1709:-146.612,-10.4988,0 +NC_000962 55553 . C T 2864.98 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=11.1951;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70.9402;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=166.802;PAIRED=0.991453;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3329;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=55.1442;RPPR=0;RPR=85;RUN=1;SAF=36;SAP=40.5935;SAR=81;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:117:0:0:117:3329:-299.895,-35.2205,0 +NC_000962 62049 . A G 3935.57 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=138;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=9.30442;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=195.914;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4458;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=4.58383;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=93;SAP=39.2644;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=G||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:139:0:0:138:4458:-401.521,-41.5421,0 +NC_000962 63146 . G T 8455.87 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=308;CIGAR=1X;DP=308;DPB=308;DPRA=0;EPP=4.02553;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=431.584;PAIRED=0.996753;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9456;QR=0;RO=0;RPL=161;RPP=4.39215;RPPR=0;RPR=147;RUN=1;SAF=131;SAP=17.9286;SAR=177;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:308:0:0:308:9456:-851.347,-92.7172,0 +NC_000962 65150 . C T 6774.69 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=253;CIGAR=1X;DP=256;DPB=256;DPRA=0;EPP=3.22487;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=330.472;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7606;QR=45;RO=2;RPL=122;RPP=3.70551;RPPR=3.0103;RPR=131;RUN=1;SAF=137;SAP=6.79536;SAR=116;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:256:2:45:253:7606:-680.633,-68.0656,0 +NC_000962 66248 . C T 4586.61 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=167;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=13.9457;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=69.8743;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=236.116;PAIRED=0.988024;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5146;QR=0;RO=0;RPL=80;RPP=3.64744;RPPR=0;RPR=87;RUN=1;SAF=84;SAP=3.0233;SAR=83;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1;ANN=T||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:167:0:0:167:5146:-463.448,-50.272,0 +NC_000962 68337 . TCA TCCA 6836.5 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=260;CIGAR=1M1I2M;DP=261;DPB=353.333;DPRA=0;EPP=3.04371;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=70;MQMR=70;NS=1;NUMALT=1;ODDS=350.471;PAIRED=0.996154;PAIREDR=1;PAO=6;PQA=175;PQR=175;PRO=6;QA=7667;QR=30;RO=1;RPL=129;RPP=3.04371;RPPR=5.18177;RPR=131;RUN=1;SAF=144;SAP=9.55812;SAR=116;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1;ANN=TCCA||MODIFIER|||||||||||||ERROR_CHROMOSOME_NOT_FOUND GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:261:1:30:260:7667:-687.325,-73.1522,0