diff test-data/test_output1.fasta @ 0:eaf4a7ae3a8f draft

planemo upload for repository https://github.com/SANBI-SA/tools-sanbi-uwc/tree/master/tools/pilon commit 24ff006e6dae824c9cb9aeb6dfd04bfb624cdd3e

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/test_output1.fasta	Thu Aug 11 06:56:35 2016 -0400
@@ -0,0 +1,126 @@
+>gi|448814763|ref|NC_000962.3|pilon
+TTGACCGATGACCCCGGTTCAGGCTTCACCACAGTGTGGAACGCGGTCGTCTCCGAACTTAACGGCGACCCTAAGGTTGA
+CGACGGACCCAGCAGTGATGCTAATCTCAGCGCTCCGCTGACCCCTCAGCAAAGGGCTTGGCTCAATCTCGTCCAGCCAT
+TGACCATCGTCGAGGGGTTTGCTCTGTTATCCGTGCCGAGCAGCTTTGTCCAAAACGAAATCGAGCGCCATCTGCGGGCC
+CCGATTACCGACGCTCTCAGCCGCCGACTCGGACATCAGATCCAACTCGGGGTCCGCATCGCTCCGCCGGCGACCGACGA
+AGCCGACGACACTACCGTGCCGCCTTCCGAAAATCCTGCTACCACATCGCCAGACACCACAACCGACAACGACGAGATTG
+ATGACAGCGCTGCGGCACGGGGCGATAACCAGCACAGTTGGCCAAGTTACTTCACCGAGCGCCCGCACAATACCGATTCC
+GCTACCGCTGGCGTAACCAGCCTTAACCGTCGCTACACCTTTGATACGTTCGTTATCGGCGCCTCCAACCGGTTCGCGCA
+CGCCGCCGCCTTGGCGATCGCAGAAGCACCCGCCCGCGCTTACAACCCCCTGTTCATCTGGGGCGAGTCCGGTCTCGGCA
+AGACACACCTGCTACACGCGGCAGGCAACTATGCCCAACGGTTGTTCCCGGGAATGCGGGTCAAATATGTCTCCACCGAG
+GAATTCACCAACGACTTCATTAACTCGCTCCGCGATGACCGCAAGGTCGCATTCAAACGCAGCTACCGCGACGTAGACGT
+GCTGTTGGTCGACGACATCCAATTCATTGAAGGCAAAGAGGGTATTCAAGAGGAGTTCTTCCACACCTTCAACACCTTGC
+ACAATGCCAACAAGCAAATCGTCATCTCATCTGACCGCCCACCCAAGCAGCTCGCCACCCTCGAGGACCGGCTGAGAACC
+CGCTTTGAGTGGGGGCTGATCACTGACGTACAACCACCCGAGCTGGAGACCCGCATCGCCATCTTGCGCAAGAAAGCACA
+GATGGAACGGCTCGCGGTCCCCGACGATGTCCTCGAACTCATCGCCAGCAGTATCGAACGCAATATCCGTGAACTCGAGG
+GCGCGCTGATCCGGGTCACCGCGTTCGCCTCATTGAACAAAACACCAATCGACAAAGCGCTGGCCGAGATTGTGCTTCGC
+GATCTGATCGCCGACGCCAACACCATGCAAATCAGCGCGGCGACGATCATGGCTGCCACCGCCGAATACTTCGACACTAC
+CGTCGAAGAGCTTCGCGGGCCCGGCAAGACCCGAGCACTGGCCCAGTCACGACAGATTGCGATGTACCTGTGTCGTGAGC
+TCACCGATCTTTCGTTGCCCAAAATCGGCCAAGCGTTCGGCCGTGATCACACAACCGTCATGTACGCCCAACGCAAGATC
+CTGTCCGAGATGGCCGAGCGCCGTGAGGTCTTTGATCACGTCAAAGAACTCACCACTCGCATCCGTCAGCGCTCCAAGCG
+CTAGCACGGCGTGTTCTTCCGACAACGTTCTTAAAAAAACTTCTCTCTCCCAGGTCACACCAGTCACAGAGATTGGCTGT
+GAGTGTCGCTGTGCACAAACCGCGCACAGACTCATACAGTCCCGGCGGTTCCGTTCACAACCCACGCCTCATCCCCACCG
+ACCCAACACACACCCCACAGTCATCGCCACCGTCATCCACAACTCCGACCGACGTCGACCTGCACCAAGACCAGACTGTC
+CCCAAACTGCACACCCTCTAATACTGTTACCGAGATTTCTTCGTCGTTTGTTCTTGGAAAGACAGCGCTGGGGATCGTTC
+GCTGGATACCACCCGCATAACTGGCTCGTCGCGGTGGGTCAGAGGTCAATGATGAACTTTCAAGTTGACGTGAGAAGCTC
+TACGGTTGTTGTTCGACTGCTGTTGCGGCCGTCGTGGCGGGTCACGCGTCATGGGCGTTCGTCGTTGGCAGTCCCCACGC
+TAGCGGGGCGCTAGCCACGGGATCGAACTCATCGTGAGGTGAAAGGGCGCAATGGACGCGGCTACGACAAGAGTTGGCCT
+CACCGACTTGACGTTTCGTTTGCTACGAGAGTCTTTCGCCGATGCGGTGTCGTGGGTGGCTAAAAATCTGCCAGCCAGGC
+CCGCGGTGCCGGTGCTCTCCGGCGTGTTGTTGACCGGCTCGGACAACGGTCTGACGATTTCCGGATTCGACTACGAGGTT
+TCCGCCGAGGCCCAGGTTGGCGCTGAAATTGTTTCTCCTGGAAGCGTTTTAGTTTCTGGCCGATTGTTGTCCGATATTAC
+CCGGGCGTTGCCTAACAAGCCCGTAGACGTTCATGTCGAAGGTAACCGGGTCGCATTGACCTGCGGTAACGCCAGGTTTT
+CGCTACCGACGATGCCAGTCGAGGATTATCCGACGCTGCCGACGCTGCCGGAAGAGACCGGATTGTTGCCTGCGGAATTA
+TTCGCCGAGGCAATCAGTCAGGTCGCTATCGCCGCCGGCCGGGACGACACGTTGCCTATGTTGACCGGCATCCGGGTCGA
+AATCCTCGGTGAGACGGTGGTTTTGGCCGCTACCGACAGGTTTCGCCTGGCTGTTCGAGAACTGAAGTGGTCGGCGTCGT
+CGCCAGATATCGAAGCGGCTGTGCTGGTCCCGGCCAAGACGCTGGCCGAGGCCGCCAAAGCGGGCATCGGCGGCTCTGAC
+GTTCGTTTGTCGTTGGGTACTGGGCCGGGGGTGGGCAAGGATGGCCTGCTCGGTATCAGTGGGAACGGCAAGCGCAGCAC
+CACGCGACTTCTTGATGCCGAGTTCCCGAAGTTTCGGCAGTTGCTACCAACCGAACACACCGCGGTGGCCACCATGGACG
+TGGCCGAGTTGATCGAAGCGATCAAGCTGGTTGCGTTGGTAGCTGATCGGGGCGCGCAGGTGCGCATGGAGTTCGCTGAT
+GGCAGCGTGCGGCTTTCTGCGGGTGCCGATGATGTTGGACGAGCCGAGGAAGATCTTGTTGTTGACTATGCCGGTGAACC
+ATTGACGATTGCGTTTAACCCAACCTATCTAACGGACGGTTTGAGTTCGTTGCGCTCGGAGCGAGTGTCTTTCGGGTTTA
+CGACTGCGGGTAAGCCTGCCTTGCTACGTCCGGTGTCCGGGGACGATCGCCCTGTGGCGGGTCTGAATGGCAACGGTCCG
+TTCCCGGCGGTGTCGACGGACTATGTCTATCTGTTGATGCCGGTTCGGTTGCCGGGCTGAGCACTTGGCGCCCGGGTAGG
+TGTACGTCCGTCATTTGGGGCTGCGTGACTTCCGGTCCTGGGCATGTGTAGATCTGGAATTGCATCCAGGGCGGACGGTT
+TTTGTTGGGCCTAACGGTTATGGTAAGACGAATCTTATTGAGGCACTGTGGTATTCGACGACGTTAGGTTCGCACCGCGT
+TAGCGCCGATTTGCCGTTGATCCGGGTAGGTACCGATCGTGCGGTGATCTCCACGATCGTGGTGAACGACGGTAGAGAAT
+GTGCCGTCGACCTCGAGATCGCCACGGGGCGAGTCAACAAAGCGCGATTGAATCGATCATCGGTCCGAAGTACACGTGAT
+GTGGTCGGAGTGCTTCGAGCTGTGTTGTTTGCCCCTGAGGATCTGGGGTTGGTTCGTGGGGATCCCGCTGACCGGCGGCG
+CTATCTGGATGATCTGGCGATCGTGCGTAGGCCTGCGATCGCTGCGGTACGAGCCGAATATGAGAGGGTGTTGCGCCAGC
+GGACGGCGTTATTGAAGTCCGTACCTGGAGCACGGTATCGGGGTGACCGGGGTGTGTTTGACACTCTTGAGGTATGGGAC
+AGTCGTTTGGCGGAGCACGGGGCTGAACTGGTGGCCGCCCGCATCGATTTGGTCAACCAGTTGGCACCGGAAGTGAAGAA
+GGCATACCAGCTGTTGGCGCCGGAATCGCGATCGGCGTCTATCGGTTATCGGGCCAGCATGGATGTAACCGGTCCCAGCG
+AGCAGTCAGATACCGATCGGCAATTGTTAGCAGCTCGGCTGTTGGCGGCGCTGGCGGCCCGTCGGGATGCCGAACTCGAG
+CGTGGGGTTTGTCTAGTTGGTCCGCACCGTGACGACCTAATACTGCGACTAGGCGATCAACCCGCGAAAGGATTTGCTAG
+CCATGGGGAGGCGTGGTCGTTGGCGGTGGCACTGCGGTTGGCGGCCTATCAACTGTTACGCGTTGATGGTGGTGAGCCGG
+TGTTGTTGCTCGACGACGTGTTCGCCGAACTGGATGTCATGCGCCGTCGAGCGTTGGCGACGGCGGCCGAGTCCGCCGAA
+CAGGTGTTGGTGACTGCCGCGGTGCTCGAGGATATTCCCGCCGGCTGGGACGCCAGGCGGGTGCACATCGATGTGCGTGC
+CGATGACACCGGATCGATGTCGGTGGTTCTGCCATGACGGGTTCTGTTGACCGGCCCGACCAGAATCGCGGTGAGCGATC
+AATGAAGTCACCAGGGTTGGATTTGGTCAGGCGCACCCTGGACGAAGCTCGTGCTGCTGCCCGCGCGCGCGGACAAGACG
+CCGGTCGAGGGCGGGTCGCTTCCGTTGCGTCGGGTCGGGTGGCCGGACGGCGACGAAGCTGGTCGGGTCCGGGGCCCGAC
+ATTCGTGATCCACAACCGCTGGGTAAGGCCGCTCGTGAGCTGGCAAAGAAACGCGGCTGGTCGGTGCGGGTCGCCGAGGG
+TATGGTGCTCGGCCAGTGGTCTGCGGTGGTCGGCCACCAGATCGCCGAACATGCACGCCCGACTGCGCTAAACGACGGGG
+TGTTGAGCGTGATTGCGGAGTCGACGGCGTGGGCGACGCAGTTGAGGATCATGCAGGCCCAGCTTCTGGCCAAGATCGCC
+GCAGCGGTTGGCAACGATGTGGTGCGATCGCTAAAGATCACCGGGCCGGCGGCACCATCGTGGCGCAAGGGGCCTCGCCA
+TATTGCCGGTAGGGGTCCGCGCGACACCTACGGATAACACGTCGATCGGCCCAGAACAAGGCGCTCCGGTCCCGGCCTGA
+GAGCCTCGAGGACGAAGCGGATCCGTATGCCGGACGTCGGGACGCACCAGGAAGAAAGATGTCCGACGCACGGCGCGGTT
+AGATGGGTAAAAACGAGGCCAGAAGATCGGCCCTGGCGCCCGATCACGGTACAGTGGTGTGCGACCCCCTGCGGCGACTC
+AACCGCATGCACGCAACCCCTGAGGAGAGTATTCGGATCGTGGCTGCCCAGAAAAAGAAGGCCCAAGACGAATACGGCGC
+TGCGTCTATCACCATTCTCGAAGGGCTGGAGGCCGTCCGCAAACGTCCCGGCATGTACATTGGCTCGACCGGTGAGCGCG
+GTTTACACCATCTCATTTGGGAGGTGGTCGACAACGCGGTCGACGAGGCGATGGCCGGTTATGCAACCACAGTGAACGTA
+GTGCTGCTTGAGGATGGCGGTGTCGAGGTCGCCGACGACGGCCGCGGCATTCCGGTCGCCACCCACGCCTCCGGCATACC
+GACCGTCGACGTGGTGATGACACAACTACATGCCGGCGGCAAGTTCGACTCGGACGCGTATGCGATATCTGGTGGTCTGC
+ACGGCGTCGGCGTGTCGGTGGTTAACGCGCTATCCACCCGGCTCGAAGTCGAGATCAAGCGCGACGGGTACGAGTGGTCT
+CAGGTTTATGAGAAGTCGGAACCCCTGGGCCTCAAGCAAGGGGCGCCGACCAAGAAGACGGGGTCAACGGTGCGGTTCTG
+GGCCGACCCCGCTGTTTTCGAAACCACGGAATACGACTTCGAAACCGTCGCCCGCCGGCTGCAAGAGATGGCGTTCCTCA
+ACAAGGGGCTGACCATCAACCTGACCGACGAGAGGGTGACCCAAGACGAGGTCGTCGACGAAGTGGTCAGCGACGTCGCC
+GAGGCGCCGAAGTCGGCAAGTGAACGCGCAGCCGAATCCACTGCACCGCACAAAGTTAAGAGCCGCACCTTTCACTATCC
+GGGTGGCCTGGTGGACTTCGTGAAACACATCAACCGCACCAAGAACGCGATTCATAGCAGCATCGTGGACTTTTCCGGCA
+AGGGCACCGGGCACGAGGTGGAGATCGCGATGCAATGGAACGCCGGGTATTCGGAGTCGGTGCACACCTTCGCCAACACC
+ATCAACACCCACGAGGGCGGCACCCACGAAGAGGGCTTCCGCAGCGCGCTGACGTCGGTGGTGAACAAGTACGCCAAGGA
+CCGCAAGCTACTGAAGGACAAGGACCCCAACCTCACCGGTGACGATATCCGGGAAGGCCTGGCCGCTGTGATCTCGGTGA
+AGGTCAGCGAACCGCAGTTCGAGGGCCAGACCAAGACCAAGTTGGGCAACACCGAGGTCAAATCGTTTGTGCAGAAGGTC
+TGTAACGAACAGCTGACCCACTGGTTTGAAGCCAACCCCACCGACGCGAAAGTCGTTGTGAACAAGGCTGTGTCCTCGGC
+GCAAGCCCGTATCGCGGCACGTAAGGCACGAGAGTTGGTGCGGCGTAAGAGCGCCACCGACATCGGTGGATTGCCCGGCA
+AGCTGGCCGATTGCCGTTCCACGGATCCGCGCAAGTCCGAACTGTATGTCGTAGAAGGTGACTCGGCCGGCGGTTCTGCA
+AAAAGCGGTCGCGATTCGATGTTCCAGGCGATACTTCCGCTGCGCGGCAAGATCATCAATGTGGAGAAAGCGCGCATCGA
+CCGGGTGCTAAAGAACACCGAAGTTCAGGCGATCATCACGGCGCTGGGCACCGGGATCCACGACGAGTTCGATATCGGCA
+AGCTGCGCTACCACAAGATCGTGCTGATGGCCGACGCCGATGTTGACGGCCAACATATTTCCACGCTGTTGTTGACGTTG
+TTGTTCCGGTTCATGCGGCCGCTCATCGAGAACGGGCATGTGTTTTTGGCACAACCGCCGCTGTACAAACTCAAGTGGCA
+GCGCAGTGACCCGGAATTCGCATACTCCGACCGCGAGCGCGACGGTCTGCTGGAGGCGGGGCTGAAGGCCGGGAAGAAGA
+TCAACAAGGAAGACGGCATTCAGCGGTACAAGGGTCTAGGTGAAATGGACGCTAAGGAGTTGTGGGAGACCACCATGGAT
+CCCTCGGTTCGTGTGTTGCGTCAAGTGACGCTGGACGACGCCGCCGCCGCCGACGAGTTGTTCTCCATCCTGATGGGCGA
+GGACGTCGACGCGCGGCGCAGCTTTATCACCCGCAACGCCAAGGATGTTCGGTTCCTGGATGTCTAACGCAACCCTGCGT
+TCGATTGCAAACGAGGAATAGATGACAGACACGACGTTGCCGCCTGACGACTCGCTCGACCGGATCGAACCGGTTGACAT
+CCAGCAGGAGATGCAGCGCAGCTACATCGACTATGCGATGAGCGTGATCGTCGGCCGCGCGCTGCCGGAGGTGCGCGACG
+GGCTCAAGCCCGTGCATCGCCGGGTGCTCTATGCAATGTTCGATTCCGGCTTCCGCCCGGACCGCAGCCACGCCAAGTCG
+GCCCGGTCGGTTGCCGAGACCATGGGCAACTACCACCCGCACGGCGACGCGTCGATCTACGACACCCTGGTGCGCATGGC
+CCAGCCCTGGTCGCTGCGCTACCCGCTGGTGGACGGCCAGGGCAACTTCGGCTCGCCAGGCAATGACCCACCGGCGGCGA
+TGAGGTACACCGAAGCCCGGCTGACCCCGTTGGCGATGGAGATGCTGAGGGAAATCGACGAGGAGACAGTCGATTTCATC
+CCTAACTACGACGGCCGGGTGCAAGAGCCGACGGTGCTACCCAGCCGGTTCCCCAACCTGCTGGCCAACGGGTCAGGCGG
+CATCGCGGTCGGCATGGCAACCAATATCCCGCCGCACAACCTGCGTGAGCTGGCCGACGCGGTGTTCTGGGCGCTGGAGA
+ATCACGACGCCGACGAAGAGGAGACCCTGGCCGCGGTCATGGGGCGGGTTAAAGGCCCGGACTTCCCGACCGCCGGACTG
+ATCGTCGGATCCCAGGGCACCGCTGATGCCTACAAAACTGGCCGCGGCTCCATTCGAATGCGCGGAGTTGTTGAGGTAGA
+AGAGGATTCCCGCGGTCGTACCTCGCTGGTGATCACCGAGTTGCCGTATCAGGTCAACCACGACAACTTCATCACTTCGA
+TCGCCGAACAGGTCCGAGACGGCAAGCTGGCCGGCATTTCCAACATTGAGGACCAGTCTAGCGATCGGGTCGGTTTACGC
+ATCGTCATCGAGATCAAGCGCGATGCGGTGGCCAAGGTGGTGATCAATAACCTTTACAAGCACACCCAGCTGCAGACCAG
+CTTTGGCGCCAACATGCTAGCGATCGTCGACGGGGTGCCGCGCACGCTGCGGCTGGACCAGCTGATCCGCTATTACGTTG
+ACCACCAACTCGACGTCATTGTGCGGCGCACCACCTACCGGCTGCGCAAGGCAAACGAGCGAGCCCACATTCTGCGCGGC
+CTGGTTAAAGCGCTCGACGCGCTGGACGAGGTCATTGCACTGATCCGGGCGTCGGAGACCGTCGATATCGCCCGGGCCGG
+ACTGATCGAGCTGCTCGACATCGACGAGATCCAGGCCCAGGCAATCCTGGACATGCAGTTGCGGCGCCTGGCCGCACTGG
+AACGCCAGCGCATCATCGACGACCTGGCCAAAATCGAGGCCGAGATCGCCGATCTGGAAGACATCCTGGCAAAACCCGAG
+CGGCAGCGTGGGATCGTGCGCGACGAACTCGCCGAAATCGTGGACAGGCACGGCGACGACCGGCGTACCCGGATCATCGC
+GGCCGACGGAGACGTCAGCGACGAGGATTTGATCGCCCGCGAGGACGTCGTTGTCACTATCACCGAAACGGGATACGCCA
+AGCGCACCAAGACCGATCTGTATCGCAGCCAGAAACGCGGCGGCAAGGGCGTGCAGGGTGCGGGGTTGAAGCAGGACGAC
+ATCGTCGCGCACTTCTTCGTGTGCTCCACCCACGATTTGATCCTGTTCTTCACCACCCAGGGACGGGTTTATCGGGCCAA
+GGCCTACGACTTGCCCGAGGCCTCCCGGACGGCGCGCGGGCAGCACGTGGCCAACCTGTTAGCCTTCCAGCCCGAGGAAC
+GCATCGCCCAGGTCATCCAGATTCGCGGCTACACCGACGCCCCGTACCTGGTGCTGGCCACTCGCAACGGGCTGGTGAAA
+AAGTCCAAGCTGACCGACTTCGACTCCAATCGCTCGGGCGGAATCGTGGCGGTCAACCTGCGCGACAACGACGAGCTGGT
+CGGTGCGGTGCTGTGTTCGGCCGACGACGACCTGCTGCTGGTCTCGGCCAACGGGCAGTCCATCAGGTTCTCGGCGACCG
+ACGAGGCGCTGCGGCCAATGGGTCGTGCCACCTCGGGTGTGCAGGGCATGCGGTTCAATATCGACGACCGGCTGCTGTCG
+CTGAACGTCGTGCGTGAAGGCACCTATCTGCTGGTGGCGACGTCAGGGGGCTATGCGAAACGTACCGCGATCGAGGAATA
+CCCGGTACAGGGCCGCGGCGGTAAAGGTGTGCTGACGGTCATGTACGACCGCCGGCGCGGCAGGTTGGTTGGGGCGTTGA
+TTGTCGACGACGACAGCGAGCTGTATGCCGTCACTTCCGGCGGTGGCGTGATCCGCACCGCGGCACGCCAGGTTCGCAAG
+GCGGGACGGCAGACCAAGGGTGTTCGGTTGATGAATCTGGGCGAGGGCGACACACTGTTGGCCATCGCGCGCAACGCCGA
+AGAAAGTGGCGACGATAATGCCGTGGACGCCAACGGCGCAGACCAGACGGGCAATTAATCAGGCTCGCCCGACGACGATG
+CGGATCGCGTAGCGATCTGAGGAGGAATCGGGCAGCTAGGCTCGGCAGCCGGGTACGAGTGTTAGGAGTCGGGGTGACTG
+CACCGAACGAGCCGGGGGCGCTCAGCAAGGGCGACGGCCCGAATGCGGATGGCTTGGTCGACCGTGGGGGCGCACATCGG