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changeset 6:f9883968b113 draft

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-Segmenting chr19-[11610763,11610995], 6 CpGs
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-Segmenting chr19-[11611840,11612443], 11 CpGs
-Segmenting chr19-[11612799,11613000], 11 CpGs
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-Segmenting chr19-[11618707,11618707], 1 CpGs
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-Segmenting chr19-[11625526,11625533], 2 CpGs
-Segmenting chr19-[11625987,11626892], 20 CpGs
-Segmenting chr19-[11628280,11628280], 1 CpGs
-Segmenting chr19-[11629052,11629052], 1 CpGs
-Segmenting chr19-[12557736,12557873], 12 CpGs
-Segmenting chr19-[12886715,12886882], 6 CpGs
-Segmenting chr19-[20249179,20249179], 1 CpGs
-Segmenting chr19-[20980036,20980203], 6 CpGs
-Segmenting chr19-[32808848,32808904], 6 CpGs
-Segmenting chr19-[34949321,34949423], 8 CpGs
-Segmenting chr19-[37284442,37284609], 6 CpGs
-Segmenting chr19-[38614050,38614058], 2 CpGs
-Segmenting chr19-[38678213,38678290], 9 CpGs
-Segmenting chr19-[53096177,53096185], 2 CpGs
-Segmenting chr19-[53180251,53180251], 1 CpGs
-Segmenting chr19-[55510146,55510146], 1 CpGs
-segmenting chr19-[58036655,58036655], 1 CpGs 
--- a/metilene.xml	Thu Dec 10 16:02:17 2015 -0500
+++ b/metilene.xml	Thu Dec 17 17:09:39 2015 -0500
@@ -1,133 +1,103 @@
 <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
-<tool id="metilene" name="metilene" version="0.2-4.4">
+<tool id="metilene" name="metilene" version="0.2-4.0">
     <description>
-        calling differentially methylated regions from
-        bisulfite sequencing data
+        calling differentially methylated regions from bisulfite sequencing data
     </description>
-    
     <requirements>
-        <requirement type="binary">Rscript</requirement>
-        <requirement type="package" version="5.18.1" >perl</requirement>
-        <requirement type="package" version="3.2.1" >R</requirement>
-        <requirement type="package" version="2.24" >bedtools</requirement>
-        <requirement type="package" version="0.2-4" >metilene</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.2-4">metilene</requirement>
+        <requirement type="package" version="5.18.1">perl</requirement>
+        <requirement type="package" version="3.2.1">R</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.9.3">r_ggplot2</requirement>
+        <requirement type="package" version="2.24">bedtools</requirement>
         <requirement type="package" version="8.22">gnu_coreutils</requirement>
     </requirements>
-    
     <stdio>
         <exit_code range=":-1"/>
         <exit_code range="1:" />
     </stdio>
-
     <version_command>echo "0.2-4"</version_command>
-
     <command><![CDATA[
-    ## =============== preprocessing
-    ##   generate metilene_g1_g2.input from multiple bedgraph files
-    metilene_input.pl 
-    --in1 $opt_in1
-    ##echo ",".join(map(str,$opt_in1))
-    --in2 $opt_in2
-    ##echo ",".join(map(str,$opt_in2))
-    >/dev/null 2>/dev/null
-    ;
-    ## ===============  metilene main program
-    metilene 
-    -M $Options.opt_M -m $Options.opt_m -d $Options.opt_d -t 1 -f 1 -v $Options.opt_v
-    metilene_g1_g2.input
-    >$output_bedlike
-    2>/dev/null
-    ;
-    ## =============== postprocessing
+    ## preprocessing
+    ## generate metilene_g1_g2.input from multiple bedgraph files
+    metilene_input.pl
+        --in1 $opt_in1
+        --in2 $opt_in2
+        >/dev/null 2>/dev/null
+    &&
+    ## metilene main program
+    metilene
+        -M $Options.opt_M
+        -m $Options.opt_m
+        -d $Options.opt_d
+        -t 1
+        -f 1
+        -v $Options.opt_v
+        metilene_g1_g2.input
+        >$output_bedlike
+        2>/dev/null
+    &&
+    ## postprocessing
     cut -f1-4 $output_bedlike > $output_bedgraph 2>/dev/null
-    ;
-    ## write to job directory ...
-    metilene_output.pl -q $output_bedlike -p 0.05 -o ./metilene >/dev/null 2>/dev/null
-    ;
-    ## ... and move to output files
-    mv metilene_qval.0.05.bedgraph $output_qval_bedgraph 2>/dev/null;
-    mv metilene_qval.0.05.out $output_qval_out 2>/dev/null;
-    mv metilene_qval.0.05.pdf $output_qval_pdf 2>/dev/null
+    &&
+    ## write to job directory
+    metilene_output.pl
+        -q $output_bedlike
+        -p 0.05
+        -o ./metilene >/dev/null 2>/dev/null
     ]]></command>
-    
     <inputs>
         <!-- input bedgraph files 1 -->
-        <param
-            name="opt_in1"
-            type="data" format="bed,bedgraph" multiple="true"
-            optional="false"
+        <param name="opt_in1" type="data" format="bed,bedgraph" multiple="true"
             label="Input group 1"
             help="set of sorted bedgraph input profiles of group 1" />
         <!-- input bedgraph files 2 -->
-        <param
-            name="opt_in2"
-            type="data" format="bed,bedgraph" multiple="true"
-            optional="false"
+        <param name="opt_in2" type="data" format="bed,bedgraph" multiple="true"
             label="Input group 2"
             help="set of sorted bedgraph input profiles of group 2" />
         
         <!-- Advanced parameters (folded) -->
         <section name="Options" title="Advanced Options" expanded="False">
-	    <param
-                name="opt_M" 
+            <param name="opt_M" type="integer" value="300"
                 label="The allowed nt distance between two CpGs within a DMR"
-                type="integer"
-	        optional="false"
-                value="300"
-	        help="-M, --maxdist"/>
+                help="-M, --maxdist"/>
 
-            <param
-                name="opt_m" 
+            <param name="opt_m" type="integer" value="10"
                 label="The minimum # of CpGs in a DMR"
-                type="integer"
-	        optional="false"
-                value="10"
-	        help="-m, --mincpgs"/>
-            
-            <param
-                name="opt_d" 
+                help="-m, --mincpgs"/>
+
+            <param name="opt_d" type="float" value="0.1"
                 label="The minimum mean methylation difference for calling DMRs"
-                type="float"
-	        optional="false"
-                value="0.1"
-	        help="-d, --minMethDiff"/>
+                help="-d, --minMethDiff"/>
 
-            <param
-                name="opt_v" 
-                label="Stringency of the valley filter (0.0 - 1.0)"
-                type="float"
-	        optional="false"
-                value="0.7"
-	        help="-v, --valley">
-                <validator type="in_range" min="0.0" max="1.0" 
-                           message="Valley filter value must be in [0,1]." />
-            </param>    
-	</section>
+            <param name="opt_v" type="float" value="0.7" label="Stringency of the valley filter (0.0 - 1.0)"
+                help="-v, --valley">
+                <validator type="in_range" min="0.0" max="1.0" message="Valley filter value must be in [0,1]." />
+            </param>
+        </section>
     </inputs>
-    
     <outputs>
         <!-- finally: for bed-like use format=tabular -->
         <data format="tabular" name="output_bedlike" 
               label="${tool.name} on ${on_string}" />
         <data format="bedgraph" name="output_bedgraph" 
-              label="${tool.name} on ${on_string}" />
+              label="${tool.name} bedgraph on ${on_string}" />
         <data format="bedgraph" name="output_qval_bedgraph" 
-              label="${tool.name} qval&lt;0.05 bedgraph on ${on_string}" />
+              label="${tool.name} qval&lt;0.05 bedgraph on ${on_string}"
+              from_work_dir="metilene_qval.0.05.bedgraph" />
         <data format="pdf" name="output_qval_pdf" 
-              label="${tool.name} qval&lt;0.05 plots on ${on_string}" />
+              label="${tool.name} qval&lt;0.05 plots on ${on_string}"
+              from_work_dir="metilene_qval.0.05.pdf" />
         <data format="bedgraph" name="output_qval_out" 
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     <package name="gnu_coreutils" version="8.22">
         <repository changeset_revision="1016a386a647" name="package_gnu_coreutils_8_22" owner="iuc" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
     </package>
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+    <package name="ggplot2" version="0.9.3">
+        <repository changeset_revision="ade406d47752" name="package_r_ggplot2_0_9_3" owner="iuc" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    </package>
     <package name="metilene" version="0.2-4">
         <install version="1.0">
             <actions>
-
-               <action type="setup_r_environment">
-                   <repository changeset_revision="c6ebd3a51334" name="package_r_3_2_1" owner="iuc" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu">
-                       <package name="R" version="3.2.1" />
-                   </repository>
-                   <package>https://github.com/bgruening/download_store/raw/master/blockclust/r-packages/ggplot2_0.9.3.1.tar.gz</package>
-               </action>
- 
+                <action sha256sum="7430b4c2af4f43d389ad690dfe42c9ce7a63b2bff4ff0ac59afc0f1ec7e600f2" type="download_by_url">
+                    https://depot.galaxyproject.org/software/metilene/metilene_0.2-4_src_all.tar.gz
+                </action>
+                <action type="shell_command">make</action>
+                <!-- move binary and scripts to installation bin directory -->
+                <action type="move_file">
+                    <source>metilene</source>
+                    <destination>$INSTALL_DIR/bin</destination>
+                </action>
+                <action type="move_file">
+                    <source>metilene_input.pl</source>
+                    <destination>$INSTALL_DIR/bin</destination>
+                </action>
+                <action type="move_file">
+                    <source>metilene_output.pl</source>
+                    <destination>$INSTALL_DIR/bin</destination>
+                </action>
+                <action type="move_file">
+                    <source>metilene_output.R</source>
+                    <destination>$INSTALL_DIR/bin</destination>
+                </action>
 
-              <!-- don't use download_by_url, since archive name != directory name --> 
-              <action type="download_file">http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/metilene/metilene_v02-4.tar.gz</action>
-              <action type="shell_command">tar xfz metilene_v02-4.tar.gz</action>
-              
-              <action type="change_directory">metilene_v0.2-4</action>
-              
-              <action type="shell_command">make</action>
-              
-              <!-- move binary and scripts to installation bin directory -->
-              <action type="move_file">
-                  <source>metilene</source>
-                  <destination>$INSTALL_DIR/bin</destination>
-              </action>
-              <action type="move_file">
-                  <source>metilene_input.pl</source>
-                  <destination>$INSTALL_DIR/bin</destination>
-              </action>
-              <action type="move_file">
-                  <source>metilene_output.pl</source>
-                  <destination>$INSTALL_DIR/bin</destination>
-              </action>
-              <action type="move_file">
-                  <source>metilene_output.R</source>
-                  <destination>$INSTALL_DIR/bin</destination>
-              </action>
-
-              <!-- include installation bin directory in path -->
-              <action type="set_environment">
-                <environment_variable action="prepend_to" name="PATH">$INSTALL_DIR/bin</environment_variable>
-		<environment_variable action="set_to" name="METILENE_ROOT_PATH">$INSTALL_DIR</environment_variable>
-              </action>
+                <action type="set_environment">
+                    <environment_variable action="prepend_to" name="PATH">$INSTALL_DIR/bin</environment_variable>
+                </action>
             </actions>
         </install>
         <readme>Metilene is precompiled for Linux</readme>