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comparison rna_andronescu2007.par @ 0:65fff071414e draft

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author rnateam
date Wed, 14 Jan 2015 08:56:58 -0500
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411 -23 -40 -78 -55 -46
412 0 -17 -55 -180 -23
413 0 -17 -55 -180 -23
414 -55 -72 -110 -235 -78
415 0 -17 -55 -180 -23
416 0 -17 -55 -180 -23
417 0 -17 -55 -96 -23
418 -10 -27 -65 -106 -33
419 0 -17 -55 -96 -23
420 -3 -20 -58 -99 -26
421 -23 -40 -78 -119 -46
422 0 -17 -55 -94 -23
423 -17 -34 -72 -111 -40
424 -55 -72 -110 -149 -78
425 0 -17 -55 -94 -23
426 -23 -40 -78 -117 -46
427 0 0 0 0 0
428 0 0 0 0 0
429 0 0 0 0 0
430 0 0 0 0 0
431 0 0 0 0 0
432
433 # mismatch_exterior_enthalpies
434 /* @ A C G U */
435 0 -740 -280 -640 -360
436 -240 -980 -520 -880 -600
437 330 -410 50 -310 -30
438 80 -660 -200 -560 -280
439 -140 -880 -420 -780 -500
440 0 -900 -410 -860 -750
441 -160 -1060 -570 -1020 -910
442 70 -830 -340 -790 -680
443 -460 -1360 -870 -1320 -1210
444 -40 -940 -450 -900 -790
445 0 -740 -240 -720 -490
446 160 -580 -80 -560 -330
447 220 -520 -20 -500 -270
448 70 -670 -170 -650 -420
449 310 -430 70 -410 -180
450 0 -490 -90 -550 -230
451 -150 -640 -240 -700 -380
452 510 20 420 -40 280
453 10 -480 -80 -540 -220
454 100 -390 10 -450 -130
455 0 -570 -70 -580 -220
456 160 -410 90 -420 -60
457 220 -350 150 -360 0
458 70 -500 0 -510 -150
459 310 -260 240 -270 90
460 0 -490 -90 -550 -230
461 DEF -540 -140 -600 -280
462 690 200 600 140 460
463 -60 -550 -150 -610 -290
464 -60 -550 -150 -610 -290
465 0 0 0 0 0
466 0 0 0 0 0
467 0 0 0 0 0
468 0 0 0 0 0
469 0 0 0 0 0
470
471 # dangle5
472 /* @ A C G U */
473 INF -17 -55 -32 -23
474 INF -17 -55 -32 -23
475 INF 0 0 0 -23
476 INF 0 -55 0 0
477 INF -10 0 -3 -23
478 INF -17 -55 0 -23
479 0 0 0 0 0
480
481 # dangle5_enthalpies
482 /* @ A C G U */
483 0 -240 330 80 -140
484 0 -160 70 -460 -40
485 0 160 220 70 310
486 0 -150 510 10 100
487 0 160 220 70 310
488 0 DEF 690 -60 -60
489 0 0 0 0 0
490
491 # dangle3
492 /* @ A C G U */
493 INF -73 -124 -159 -152
494 INF -139 -55 -152 -161
495 INF -17 -55 -32 -23
496 INF -17 -55 -180 -23
497 INF -17 -55 -96 -23
498 INF -17 -55 -94 -23
499 0 0 0 0 0
500
501 # dangle3_enthalpies
502 /* @ A C G U */
503 0 -740 -280 -640 -360
504 0 -900 -410 -860 -750
505 0 -740 -240 -720 -490
506 0 -490 -90 -550 -230
507 0 -570 -70 -580 -220
508 0 -490 -90 -550 -230
509 0 0 0 0 0
510
511 # int11
512 /* CG..CG */
513 210 210 210 210 210
514 210 166 3 137 -4
515 210 3 70 -4 2
516 210 137 -4 -40 -4
517 210 -4 2 -4 20
518 /* CG..GC */
519 210 210 210 210 210
520 210 108 58 19 -4
521 210 70 50 -4 70
522 210 16 -4 -70 -4
523 210 -4 14 -4 13
524 /* CG..GU */
525 210 210 210 210 210
526 210 62 62 62 62
527 210 62 62 62 62
528 210 62 62 -4 62
529 210 62 62 62 62
530 /* CG..UG */
531 210 210 210 210 210
532 210 62 62 62 62
533 210 62 62 62 62
534 210 62 62 -4 62
535 210 62 62 62 62
536 /* CG..AU */
537 210 210 210 210 210
538 210 62 62 62 62
539 210 62 62 62 62
540 210 62 62 -4 62
541 210 62 62 62 210
542 /* CG..UA */
543 210 210 210 210 210
544 210 62 62 62 62
545 210 62 62 62 62
546 210 62 62 -4 62
547 210 62 62 62 134
548 /* CG.. @ */
549 210 210 210 210 210
550 210 210 210 210 210
551 210 210 210 210 210
552 210 210 210 210 210
553 210 210 210 210 210
554 /* GC..CG */
555 210 210 210 210 210
556 210 108 70 16 -4
557 210 58 50 -4 14
558 210 19 -4 -70 -4
559 210 -4 70 -4 13
560 /* GC..GC */
561 210 210 210 210 210
562 210 -2 -60 -60 -4
563 210 -60 82 -4 -60
564 210 -60 -4 -195 -4
565 210 -4 -60 -4 -169
566 /* GC..GU */
567 210 210 210 210 210
568 210 62 62 62 62
569 210 62 62 62 62
570 210 62 62 -4 62
571 210 62 62 62 62
572 /* GC..UG */
573 210 210 210 210 210
574 210 62 62 62 62
575 210 62 62 62 62
576 210 62 62 -4 62
577 210 62 62 62 62
578 /* GC..AU */
579 210 210 210 210 210
580 210 62 62 62 62
581 210 62 62 62 62
582 210 62 62 -4 62
583 210 62 62 62 15
584 /* GC..UA */
585 210 210 210 210 210
586 210 62 62 62 62
587 210 62 62 62 62
588 210 62 62 -4 62
589 210 62 62 62 98
590 /* GC.. @ */
591 210 210 210 210 210
592 210 210 210 210 210
593 210 210 210 210 210
594 210 210 210 210 210
595 210 210 210 210 210
596 /* GU..CG */
597 210 210 210 210 210
598 210 62 62 62 62
599 210 62 62 62 62
600 210 62 62 -4 62
601 210 62 62 62 62
602 /* GU..GC */
603 210 210 210 210 210
604 210 62 62 62 62
605 210 62 62 62 62
606 210 62 62 -4 62
607 210 62 62 62 62
608 /* GU..GU */
609 137 137 137 137 137
610 137 128 128 128 128
611 137 128 128 128 128
612 137 128 128 62 128
613 137 128 128 128 128
614 /* GU..UG */
615 137 137 137 137 137
616 137 128 128 128 128
617 137 128 128 128 128
618 137 128 128 62 128
619 137 128 128 128 128
620 /* GU..AU */
621 137 137 137 137 137
622 137 128 128 128 128
623 137 128 128 128 128
624 137 128 128 62 128
625 137 128 128 128 128
626 /* GU..UA */
627 137 137 137 137 137
628 137 128 128 128 128
629 137 128 128 128 128
630 137 128 128 62 128
631 137 128 128 128 128
632 /* GU.. @ */
633 137 137 137 137 137
634 137 137 137 137 137
635 137 137 137 137 137
636 137 137 137 137 137
637 137 137 137 137 137
638 /* UG..CG */
639 210 210 210 210 210
640 210 62 62 62 62
641 210 62 62 62 62
642 210 62 62 -4 62
643 210 62 62 62 62
644 /* UG..GC */
645 210 210 210 210 210
646 210 62 62 62 62
647 210 62 62 62 62
648 210 62 62 -4 62
649 210 62 62 62 62
650 /* UG..GU */
651 137 137 137 137 137
652 137 128 128 128 128
653 137 128 128 128 128
654 137 128 128 62 128
655 137 128 128 128 128
656 /* UG..UG */
657 137 137 137 137 137
658 137 128 128 128 128
659 137 128 128 128 128
660 137 128 128 62 128
661 137 128 128 128 128
662 /* UG..AU */
663 137 137 137 137 137
664 137 128 128 128 128
665 137 128 128 128 128
666 137 128 128 62 128
667 137 128 128 128 128
668 /* UG..UA */
669 137 137 137 137 137
670 137 128 128 128 128
671 137 128 128 128 128
672 137 128 128 62 128
673 137 128 128 128 128
674 /* UG.. @ */
675 137 137 137 137 137
676 137 137 137 137 137
677 137 137 137 137 137
678 137 137 137 137 137
679 137 137 137 137 137
680 /* AU..CG */
681 210 210 210 210 210
682 210 62 62 62 62
683 210 62 62 62 62
684 210 62 62 -4 62
685 210 62 62 62 210
686 /* AU..GC */
687 210 210 210 210 210
688 210 62 62 62 62
689 210 62 62 62 62
690 210 62 62 -4 62
691 210 62 62 62 15
692 /* AU..GU */
693 137 137 137 137 137
694 137 128 128 128 128
695 137 128 128 128 128
696 137 128 128 62 128
697 137 128 128 128 128
698 /* AU..UG */
699 137 137 137 137 137
700 137 128 128 128 128
701 137 128 128 128 128
702 137 128 128 62 128
703 137 128 128 128 128
704 /* AU..AU */
705 137 137 137 137 137
706 137 128 128 128 128
707 137 128 128 128 128
708 137 128 128 62 128
709 137 128 128 128 137
710 /* AU..UA */
711 137 137 137 137 137
712 137 128 128 128 128
713 137 128 128 128 128
714 137 128 128 62 128
715 137 128 128 128 128
716 /* AU.. @ */
717 137 137 137 137 137
718 137 137 137 137 137
719 137 137 137 137 137
720 137 137 137 137 137
721 137 137 137 137 137
722 /* UA..CG */
723 210 210 210 210 210
724 210 62 62 62 62
725 210 62 62 62 62
726 210 62 62 -4 62
727 210 62 62 62 134
728 /* UA..GC */
729 210 210 210 210 210
730 210 62 62 62 62
731 210 62 62 62 62
732 210 62 62 -4 62
733 210 62 62 62 98
734 /* UA..GU */
735 137 137 137 137 137
736 137 128 128 128 128
737 137 128 128 128 128
738 137 128 128 62 128
739 137 128 128 128 128
740 /* UA..UG */
741 137 137 137 137 137
742 137 128 128 128 128
743 137 128 128 128 128
744 137 128 128 62 128
745 137 128 128 128 128
746 /* UA..AU */
747 137 137 137 137 137
748 137 128 128 128 128
749 137 128 128 128 128
750 137 128 128 62 128
751 137 128 128 128 128
752 /* UA..UA */
753 137 137 137 137 137
754 137 128 128 128 128
755 137 128 128 128 128
756 137 128 128 62 128
757 137 128 128 128 123
758 /* UA.. @ */
759 137 137 137 137 137
760 137 137 137 137 137
761 137 137 137 137 137
762 137 137 137 137 137
763 137 137 137 137 137
764 /* @..CG */
765 210 210 210 210 210
766 210 210 210 210 210
767 210 210 210 210 210
768 210 210 210 210 210
769 210 210 210 210 210
770 /* @..GC */
771 210 210 210 210 210
772 210 210 210 210 210
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775 210 210 210 210 210
776 /* @..GU */
777 137 137 137 137 137
778 137 137 137 137 137
779 137 137 137 137 137
780 137 137 137 137 137
781 137 137 137 137 137
782 /* @..UG */
783 137 137 137 137 137
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786 137 137 137 137 137
787 137 137 137 137 137
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3939 DEF DEF DEF DEF DEF
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3945 DEF DEF DEF DEF DEF
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3950 /* @.U..UG */
3951 DEF DEF DEF DEF DEF
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3956 /* @.@..AU */
3957 DEF DEF DEF DEF DEF
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4046
4047 # int22
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4184 200 200 200 200
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4200 200 200 200 200
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4328 /* CG.GA..UG */
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4728 /* GC.GA..GU */
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5798 /* UG.UG..UG */
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5903 /* UG.AU..UA */
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5908 /* UG.CA..UA */
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6038 /* AU.UG..CG */
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6053 /* AU.AC..GC */
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6058 /* AU.AG..GC */
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6078 /* AU.CG..GC */
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6113 /* AU.UC..GC */
6114 200 93 -22 84
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6116 200 200 200 200
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6118 /* AU.UG..GC */
6119 200 99 44 150
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6123 /* AU.UU..GC */
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6128 /* AU.AA..GU */
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6133 /* AU.AC..GU */
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6136 200 200 200 200
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6138 /* AU.AG..GU */
6139 211 215 130 200
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6143 /* AU.AU..GU */
6144 200 200 200 200
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6148 /* AU.CA..GU */
6149 277 206 200 295
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6153 /* AU.CC..GU */
6154 274 210 200 299
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6158 /* AU.CG..GU */
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6163 /* AU.CU..GU */
6164 200 200 200 200
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6168 /* AU.GA..GU */
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6172 200 200 200 200
6173 /* AU.GC..GU */
6174 164 200 268 195
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6178 /* AU.GG..GU */
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6183 /* AU.GU..GU */
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6188 /* AU.UA..GU */
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6193 /* AU.UC..GU */
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6198 /* AU.UG..GU */
6199 200 214 159 265
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6202 200 94 -110 145
6203 /* AU.UU..GU */
6204 200 200 200 200
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6208 /* AU.AA..UG */
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6213 /* AU.AC..UG */
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6218 /* AU.AG..UG */
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6223 /* AU.AU..UG */
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6228 /* AU.CA..UG */
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6233 /* AU.CC..UG */
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6238 /* AU.CG..UG */
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6253 /* AU.GC..UG */
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6258 /* AU.GG..UG */
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6263 /* AU.GU..UG */
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6278 /* AU.UG..UG */
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6283 /* AU.UU..UG */
6284 200 200 200 200
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6288 /* AU.AA..AU */
6289 246 273 211 200
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6291 160 164 102 200
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6293 /* AU.AC..AU */
6294 273 241 215 200
6295 206 210 214 200
6296 200 200 200 200
6297 206 210 214 200
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9509 -728 -958 -1218 -918
9510 /* UA.CA..GU */
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9513 -768 -848 -538 -518
9514 -758 -838 -528 -508
9515 /* UA.CC..GU */
9516 -1028 -1108 -798 -778
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9518 -1118 -1198 -888 -868
9519 -758 -838 -528 -508
9520 /* UA.CG..GU */
9521 -1028 -1108 -798 -778
9522 -668 -748 -438 -418
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9524 -758 -838 -528 -508
9525 /* UA.CU..GU */
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9545 /* UA.GU..GU */
9546 -978 -1278 -1488 -1278
9547 -618 -918 -1128 -918
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9549 -708 -1008 -1218 -1008
9550 /* UA.UA..GU */
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9561 -878 -738 -878 -739
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9610 /* UA.GA..UG */
9611 -1098 -1398 -1608 -1398
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9613 -1038 -1338 -1548 -1338
9614 -928 -1228 -1438 -1228
9615 /* UA.GC..UG */
9616 -1168 -1468 -1678 -1468
9617 -858 -1158 -1368 -1158
9618 -1188 -1488 -1698 -1488
9619 -818 -1118 -1328 -1118
9620 /* UA.GG..UG */
9621 -1338 -1638 -1848 -1638
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9623 -1298 -1598 -1808 -1598
9624 -928 -1228 -1438 -1228
9625 /* UA.GU..UG */
9626 -1188 -1488 -1698 -1488
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9650 /* UA.AA..AU */
9651 -828 -1058 -1318 -1018
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9655 /* UA.AC..AU */
9656 -998 -1228 -1488 -1188
9657 -638 -868 -1128 -828
9658 -1088 -1318 -1578 -1278
9659 -728 -958 -1218 -918
9660 /* UA.AG..AU */
9661 -998 -1228 -1488 -1188
9662 -638 -868 -1128 -828
9663 -1088 -1318 -1578 -1278
9664 -728 -958 -1218 -918
9665 /* UA.AU..AU */
9666 -998 -1228 -1488 -1188
9667 -638 -868 -1128 -828
9668 -1088 -1318 -1578 -1278
9669 -728 -958 -1218 -918
9670 /* UA.CA..AU */
9671 -858 -938 -628 -608
9672 -688 -768 -458 -438
9673 -768 -848 -538 -518
9674 -758 -838 -528 -508
9675 /* UA.CC..AU */
9676 -1028 -1108 -798 -778
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9681 -1028 -1108 -798 -778
9682 -668 -748 -438 -418
9683 -1118 -1198 -888 -868
9684 -758 -838 -528 -508
9685 /* UA.CU..AU */
9686 -1028 -1108 -798 -778
9687 -668 -748 -438 -418
9688 -1118 -1198 -888 -868
9689 -758 -838 -528 -508
9690 /* UA.GA..AU */
9691 -808 -1108 -1318 -1108
9692 -638 -938 -1148 -938
9693 -718 -1018 -1228 -1018
9694 -708 -1008 -1218 -1008
9695 /* UA.GC..AU */
9696 -978 -1278 -1488 -1278
9697 -618 -918 -1128 -918
9698 -1068 -1368 -1578 -1368
9699 -708 -1008 -1218 -1008
9700 /* UA.GG..AU */
9701 -978 -1278 -1488 -1278
9702 -618 -918 -1128 -918
9703 -1068 -1368 -1578 -1368
9704 -708 -1008 -1218 -1008
9705 /* UA.GU..AU */
9706 -978 -1278 -1488 -1278
9707 -618 -918 -1128 -918
9708 -1068 -1368 -1578 -1368
9709 -708 -1008 -1218 -1008
9710 /* UA.UA..AU */
9711 -708 -568 -708 -569
9712 -538 -398 -538 -399
9713 -618 -478 -618 -479
9714 -608 -468 -608 -469
9715 /* UA.UC..AU */
9716 -878 -738 -878 -739
9717 -518 -378 -518 -379
9718 -968 -828 -968 -829
9719 -608 -468 -608 -469
9720 /* UA.UG..AU */
9721 -878 -738 -878 -739
9722 -518 -378 -518 -379
9723 -968 -828 -968 -829
9724 -608 -468 -608 -469
9725 /* UA.UU..AU */
9726 -878 -738 -878 -739
9727 -518 -378 -518 -379
9728 -968 -828 -968 -829
9729 -608 -468 -608 -469
9730 /* UA.AA..UA */
9731 -798 -1028 -1288 -988
9732 -828 -1058 -1318 -1018
9733 -778 -1008 -1268 -968
9734 -678 -908 -1168 -868
9735 /* UA.AC..UA */
9736 -1028 -1258 -1518 -1218
9737 -908 -1138 -1398 -1098
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9740 /* UA.AG..UA */
9741 -1288 -1518 -1778 -1478
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9743 -1288 -1518 -1778 -1478
9744 -678 -908 -1168 -868
9745 /* UA.AU..UA */
9746 -988 -1218 -1478 -1178
9747 -578 -808 -1068 -768
9748 -1078 -1308 -1568 -1268
9749 -539 -769 -1029 -729
9750 /* UA.CA..UA */
9751 -828 -908 -598 -578
9752 -858 -938 -628 -608
9753 -808 -888 -578 -558
9754 -708 -788 -478 -458
9755 /* UA.CC..UA */
9756 -1058 -1138 -828 -808
9757 -938 -1018 -708 -688
9758 -1108 -1188 -878 -858
9759 -568 -648 -338 -318
9760 /* UA.CG..UA */
9761 -1318 -1398 -1088 -1068
9762 -628 -708 -398 -378
9763 -1318 -1398 -1088 -1068
9764 -708 -788 -478 -458
9765 /* UA.CU..UA */
9766 -1018 -1098 -788 -768
9767 -608 -688 -378 -358
9768 -1108 -1188 -878 -858
9769 -569 -649 -339 -319
9770 /* UA.GA..UA */
9771 -778 -1078 -1288 -1078
9772 -808 -1108 -1318 -1108
9773 -758 -1058 -1268 -1058
9774 -658 -958 -1168 -958
9775 /* UA.GC..UA */
9776 -1008 -1308 -1518 -1308
9777 -888 -1188 -1398 -1188
9778 -1058 -1358 -1568 -1358
9779 -518 -818 -1028 -818
9780 /* UA.GG..UA */
9781 -1268 -1568 -1778 -1568
9782 -578 -878 -1088 -878
9783 -1268 -1568 -1778 -1568
9784 -658 -958 -1168 -958
9785 /* UA.GU..UA */
9786 -968 -1268 -1478 -1268
9787 -558 -858 -1068 -858
9788 -1058 -1358 -1568 -1358
9789 -519 -819 -1029 -819
9790 /* UA.UA..UA */
9791 -678 -538 -678 -539
9792 -708 -568 -708 -569
9793 -658 -518 -658 -519
9794 -558 -418 -558 -419
9795 /* UA.UC..UA */
9796 -908 -768 -908 -769
9797 -788 -648 -788 -649
9798 -958 -818 -958 -819
9799 -418 -278 -418 -279
9800 /* UA.UG..UA */
9801 -1168 -1028 -1168 -1029
9802 -478 -338 -478 -339
9803 -1168 -1028 -1168 -1029
9804 -558 -418 -558 -419
9805 /* UA.UU..UA */
9806 -868 -728 -868 -729
9807 -458 -318 -458 -319
9808 -958 -818 -958 -819
9809 -419 -279 -419 -280
9810
9811 # hairpin
9812 INF INF INF 475 532 524 499 503 485 540
9813 551 562 571 580 588 595 602 609 615 621
9814 626 631 636 641 646 650 654 659 662 666
9815 670
9816
9817 # hairpin_enthalpies
9818 INF INF INF 0 0 0 0 0 0 0
9819 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9820 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9821 0
9822
9823 # bulge
9824 INF 311 203 266 354 327 340 357 371 384
9825 395 405 415 423 431 439 446 452 459 464
9826 470 475 480 485 490 494 498 502 506 510
9827 514
9828
9829 # bulge_enthalpies
9830 INF 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9831 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9832 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9833 0
9834
9835 # interior
9836 INF INF INF INF 70 119 100 117 131 144
9837 155 165 175 183 191 199 206 212 219 224
9838 230 235 240 245 250 254 258 262 266 270
9839 274
9840
9841 # interior_enthalpies
9842 INF INF INF INF 0 0 0 0 0 0
9843 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9844 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9845 0
9846
9847 # NINIO
9848 /* Ninio = MIN(max, m*|n1-n2| */
9849 /* m m_dH max */
9850 50 0 300
9851
9852 # ML_params
9853 /* F = cu*n_unpaired + cc + ci*loop_degree (+TermAU) */
9854 /* cu cu_dH cc cc_dH ci ci_dH */
9855 4 0 440 0 3 0
9856
9857 # Misc
9858 /* all parameters are pairs of 'energy enthalpy' */
9859 /* DuplexInit TerminalAU LXC */
9860 410 0 11 0 107.856000 0
9861
9862 # Triloops
9863
9864 # Tetraloops
9865 GGGGAC 151 -1110
9866 GGUGAC 50 -1110
9867 CGAAAG 147 -1340
9868 GGAGAC 151 -1110
9869 CGCAAG 147 -1340
9870 GGAAAC 151 -1110
9871 CGGAAG 147 -1340
9872 CUUCGG 52 -1210
9873 CGUGAG 147 -1340
9874 CGAAGG 165 -1340
9875 CUACGG 102 -1210
9876 GGCAAC 60 -1110
9877 CGCGAG 170 -1340
9878 UGAGAG 75 -1060
9879 CGAGAG 247 -1340
9880 AGAAAU 202 -740
9881 CGUAAG 211 -1340
9882 CUAACG 227 -1140
9883 UGAAAG 278 -1060
9884 GGAAGC 228 -1020
9885 GGGAAC 301 -1110
9886 UGAAAA 320 -780
9887 AGCAAU 272 -740
9888 AGUAAU 201 -740
9889 CGGGAG 261 -1340
9890 AGUGAU 72 -740
9891 GGCGAC 101 -1110
9892 GGGAGC 294 -1020
9893 GUGAAC 358 -900
9894 UGGAAA 328 -780
9895
9896 # Hexaloops
9897
9898
9899 # END