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Binary file blastXmlToPsl has changed
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+ n >= 4 dumps the result of each query
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+ an integer, double or 1e-10. Default is no filter.
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+ -convertToNucCoords - convert protein to nucleic alignments to nucleic
+ to nucleic coordinates
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+ values are support:
+ o query-ID - use contents of the element if it
+ exists, otherwise use
+ o query-def0 - use the first white-space separated word of the
+ element if it exists, otherwise the first word
+ of .
+ Default is query-def0.
+ -tName=src - define element used to obtain the tName. The following
+ values are support:
+ o Hit_id - use contents of the element.
+ o Hit_def0 - use the first white-space separated word of the
+ element.
+ o Hit_accession - contents of the element.
+ Default is Hit-def0.
+ -forcePsiBlast - treat as output of PSI-BLAST. blast-2.2.16 and maybe
+ others indentify psiblast as blastp.
+Output only results of last round from PSI BLAST
+ ]]>
+
\ No newline at end of file
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+
+Data sources
+For testing purposes, the database consists of only contig1 in the Dbia3 assembly while the protein sequences correspond to the three isoforms of the D. melanogaster ci gene in contig1. The protein sequences are available through FlyBase .
+
+Dbia3.fa = contig1 sequence in the Dbia3 asssembly
+ci.pep = Protein sequences for the three isoforms of the ci gene in D. melanogaster
+
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+
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+tblastn -outfmt 5 -db Dbia3.fa -query ci.pep -out tblastn_Dbia3_ci.xml -evalue 1e-2
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+
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@@ -0,0 +1,48 @@
+Conversion of NCBI BLAST+ tblastn results to PSL format
+=======================================================
+Wilson Leung
+
+Last Update: 04/24/2016
+
+
+Version information
+-------------------
+* Kent source tree: v324
+* NCBI BLAST+: BLAST 2.2.30+
+
+Data sources
+-------------------
+For testing purposes, the database consists of only contig1 in the Dbia3 assembly while the protein sequences correspond to the three isoforms of the *D. melanogaster* *ci* gene in contig1. The protein sequences are available through [FlyBase](http://flybase.org/cgi-bin/getseq.html?source=dmel&id=FBgn0004859&chr=4&dump=PrecompiledFasta&targetset=translation).
+
+* Dbia3.fa = contig1 sequence in the Dbia3 asssembly
+* ci.pep = Protein sequences for the three isoforms of the *ci* gene in *D. melanogaster*
+
+Conversion protocol
+-----------------------
+1. Create BLAST database for the assembly
+```
+makeblastdb -in Dbia3.fa -dbtype nucl
+```
+
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+blastXmlToPsl -convertToNucCoords tblastn_Dbia3_ci.xml tblastn_Dbia3_ci.xml.psl
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+4. Convert PSL output into BED format
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+Output files
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+* tblastn_Dbia3_ci.xml.psl = tblastn results in PSL format
+* tblastn_Dbia3_ci.xml.bed = tblastn results in BED format
+
+
diff -r 000000000000 -r ec6f7c1ae81b test-data/ci.pep
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ci.pep Fri Apr 29 21:09:31 2016 -0400
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+>ci-PA FBpp0088245
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