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Installation de PRIAM_search sur galaxy.

paramétrage de PRIAM_search.jar :

Dans un premier temps il vous faut téléchargé l'utilitaire à cette adresse :
http://prodomweb.univ-lyon1.fr/priam/utilities/PRIAM_search.jar

Puis selectionner la version de PRIAM que vous souhaiter utilisé. En fonction de la version de votre formatrpsdb il se peux que vous rencontriez des problemes, à partire de la version 2.2.24 de formatrpsbd vous pouvez utilisé la version d'octobre 2011 :
http://priam.prabi.fr/

ensuite il faut verifier que vous ayez bien le BLAST d'installer :

taper "~$ blastpgp -", si votre ordinateur vous renvoie sur l'aide de blastpgp, pas besoin de définir l'emplacement des fichier binaire de votre BLAST. Sinon assurez vous d'avoir bien installer BLAST en locale et au besoin modifier le fichier PRIAM_search.xml ligne 16 en écrivant à la suite, -bd /usr/local/blast/bin.

Ensuite il faut lancer PRIAM_search.jar une premiere fois en ligne de commande, pour installer la librairie de la version que vous utilisez.

java -jar PRIAM_search.jar -i seq_prot.fasta -n create_lib -p "path to release".

seq_prot.fasta est fournie avec, remplacez "path to release" par le chemin vers la version de priam que vous utilisez.

une fois ceci fait, il ne vous reste plus qu'a modifier le fichier tools_conf.xml dans la racine de votre galaxy pour ajouter PRIAM_search.xml a votre serveur.

<section name="" id="">
    <tool file=".../PRIAM_search.xml" />
  </section>
author	radisson
date	Mon, 16 Apr 2012 03:03:09 -0400
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