# HG changeset patch # User prog # Date 1491749061 14400 # Node ID 882f2f20028b622c65cfa7c105b3785184ee416c # Parent b8f70d8216b366d902321bef642caa94a8c098b0 planemo upload for repository https://github.com/workflow4metabolomics/lcmsmatching.git commit 608d9e59a0d2dcf85a037968ddb2c61137fb9bce diff -r b8f70d8216b3 -r 882f2f20028b README.md --- a/README.md Mon Mar 27 06:27:29 2017 -0400 +++ b/README.md Sun Apr 09 10:44:21 2017 -0400 @@ -32,6 +32,10 @@ ## Updates +### 3.3.1 + + * Correct a bug while trying to connect to Peakforest for getting the list of chromatographic columns. + ### 3.3.0 * The file database (in-house) field names are now presented in individual choice lists instead of a single text box where you had to insert a very long keys/values string. diff -r b8f70d8216b3 -r 882f2f20028b lcmsmatching.xml --- a/lcmsmatching.xml Mon Mar 27 06:27:29 2017 -0400 +++ b/lcmsmatching.xml Sun Apr 09 10:44:21 2017 -0400 @@ -1,4 +1,4 @@ - + Annotation of MS peaks using matching on a spectra database. @@ -121,7 +121,7 @@ - + diff -r b8f70d8216b3 -r 882f2f20028b test-data/filedb-small-mz-match-html-output.html --- a/test-data/filedb-small-mz-match-html-output.html Mon Mar 27 06:27:29 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,370 +0,0 @@ - -
- - LC/MS matching results - -
- -

LC/MS matching

-

Parameters

- -

Results

-

Matched peaks

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
mzcompoundidmsmodemztheopeakcomppeakattrcompoundcompcompoundmassfullnames
80.04959U761POS80.04948P9Z5W46 O0[(M+H)-(NHCO)]+J16L6M62O122.048Coquelicol;Paquerettol
82.04819 - - - - - - - -
83.01344 - - - - - - - -
84.05585 - - - - - - - -
87.05536 - - - - - - - -
89.50682 - - - - - - - -
90.97681 - - - - - - - -
92.98093 - - - - - - - -
94.57331A10POS94.57331P93Z8W419 O2[(M+2H)+(CH3CN)]++J114L6M62O2146.1055Blablaine
97.07603 - - - - - - - -
99.54296 - - - - - - - -
101.0709 - - - - - - - -
102.0663 - - - - - - - -
102.2845 - - - - - - - -
104.0034 - - - - - - - -
104.5318 - - - - - - - -
105.4461 - - - - - - - -
105.7271 - - - - - - - -
106.0231 - - - - - - - -
106.24 - - - - - - - -
106.5116 - - - - - - - -
106.763 - - - - - - - -
106.9815 - - - - - - - -
107.2424 - - - - - - - -
107.4569 - - - - - - - -
107.6885 - - - - - - - -
107.9273 - - - - - - - -
108.1576 - - - - - - - -
109.0777 - - - - - - - -
110.0599 - - - - - - - -
- - diff -r b8f70d8216b3 -r 882f2f20028b test-data/filedb-small-mz-match-output.tsv --- a/test-data/filedb-small-mz-match-output.tsv Mon Mar 27 06:27:29 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,31 +0,0 @@ -"mz" "compoundid" "msmode" "mztheo" "peakcomp" "peakattr" "compoundcomp" "compoundmass" "fullnames" -80.04959021 "U761" "POS" "80.049475" "P9Z5W46 O0" "[(M+H)-(NHCO)]+" "J16L6M62O" "122.04801" "Coquelicol;Paquerettol" -82.04819461 NA NA NA NA NA NA NA NA -83.01343941 NA NA NA NA NA NA NA NA -84.05585475 NA NA NA NA NA NA NA NA -87.05536392 NA NA NA NA NA NA NA NA -89.50682004 NA NA NA NA NA NA NA NA -90.97680734 NA NA NA NA NA NA NA NA -92.98092987 NA NA NA NA NA NA NA NA -94.57331384 "A10" "POS" "94.5733145" "P93Z8W419 O2" "[(M+2H)+(CH3CN)]++" "J114L6M62O2" "146.10553" "Blablaine" -97.07602789 NA NA NA NA NA NA NA NA -99.5429594 NA NA NA NA NA NA NA NA -101.0708987 NA NA NA NA NA NA NA NA -102.066292 NA NA NA NA NA NA NA NA -102.2845376 NA NA NA NA NA NA NA NA -104.0034256 NA NA NA NA NA NA NA NA -104.5317528 NA NA NA NA NA NA NA NA -105.4460999 NA NA NA NA NA NA NA NA -105.7271343 NA NA NA NA NA NA NA NA -106.0231437 NA NA NA NA NA NA NA NA -106.2399954 NA NA NA NA NA NA NA NA -106.5116177 NA NA NA NA NA NA NA NA -106.7629705 NA NA NA NA NA NA NA NA -106.9814579 NA NA NA NA NA NA NA NA -107.2424051 NA NA NA NA NA NA NA NA -107.4569385 NA NA NA NA NA NA NA NA -107.6884734 NA NA NA NA NA NA NA NA -107.9272908 NA NA NA NA NA NA NA NA -108.1575604 NA NA NA NA NA NA NA NA -109.0777249 NA NA NA NA NA NA NA NA -110.0599023 NA NA NA NA NA NA NA NA diff -r b8f70d8216b3 -r 882f2f20028b test-data/filedb-small-mz-match-peaks-output.tsv --- a/test-data/filedb-small-mz-match-peaks-output.tsv Mon Mar 27 06:27:29 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,31 +0,0 @@ -"mz" "compoundid" "msmode" "mztheo" "peakcomp" "peakattr" "compoundcomp" "compoundmass" "fullnames" -80.04959021 "U761" "POS" 80.049475 "P9Z5W46 O0" "[(M+H)-(NHCO)]+" "J16L6M62O" 122.04801 "Coquelicol;Paquerettol" -82.04819461 NA NA NA NA NA NA NA NA -83.01343941 NA NA NA NA NA NA NA NA -84.05585475 NA NA NA NA NA NA NA NA -87.05536392 NA NA NA NA NA NA NA NA -89.50682004 NA NA NA NA NA NA NA NA -90.97680734 NA NA NA NA NA NA NA NA -92.98092987 NA NA NA NA NA NA NA NA -94.57331384 "A10" "POS" 94.5733145 "P93Z8W419 O2" "[(M+2H)+(CH3CN)]++" "J114L6M62O2" 146.10553 "Blablaine" -97.07602789 NA NA NA NA NA NA NA NA -99.5429594 NA NA NA NA NA NA NA NA -101.0708987 NA NA NA NA NA NA NA NA -102.066292 NA NA NA NA NA NA NA NA -102.2845376 NA NA NA NA NA NA NA NA -104.0034256 NA NA NA NA NA NA NA NA -104.5317528 NA NA NA NA NA NA NA NA -105.4460999 NA NA NA NA NA NA NA NA -105.7271343 NA NA NA NA NA NA NA NA -106.0231437 NA NA NA NA NA NA NA NA -106.2399954 NA NA NA NA NA NA NA NA -106.5116177 NA NA NA NA NA NA NA NA -106.7629705 NA NA NA NA NA NA NA NA -106.9814579 NA NA NA NA NA NA NA NA -107.2424051 NA NA NA NA NA NA NA NA -107.4569385 NA NA NA NA NA NA NA NA -107.6884734 NA NA NA NA NA NA NA NA -107.9272908 NA NA NA NA NA NA NA NA -108.1575604 NA NA NA NA NA NA NA NA -109.0777249 NA NA NA NA NA NA NA NA -110.0599023 NA NA NA NA NA NA NA NA