# HG changeset patch
# User jen-cabral
# Date 1423079274 18000
# Node ID a6503f48b2be13d2e3c5596dc43f524880a6d93c

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diff -r 000000000000 -r a6503f48b2be getmlst.pl
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/getmlst.pl	Wed Feb 04 14:47:54 2015 -0500
@@ -0,0 +1,35 @@
+#!usr/bin/env perl
+
+use strict;
+use warnings;
+use Cwd;
+use File::Copy;
+
+my ($binary, $mlst_db, $mlst_defs, $species) = @ARGV;
+
+$species = s/__pd__/#/ig;
+
+my $command = "python $binary --species '$species'"; #add proper spaces to command
+
+my $rv = system($command);
+
+if ($rv == 0)
+{
+	#need to find output files in the dir
+	my $cur_dir = getcwd();
+
+	foreach my $file (<$cur_dir/*>)
+	{
+		if ($file =~ /\.fasta$/)
+		{
+			move($file, $mlst_db);
+		}
+		elsif ($file =~/\.txt$/)
+		{
+			move($file, $mlst_defs);
+		}
+	}
+}
+$rv = $rv >> 8;
+exit $rv;
+
diff -r 000000000000 -r a6503f48b2be getmlst.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/getmlst.xml	Wed Feb 04 14:47:54 2015 -0500
@@ -0,0 +1,89 @@
+<tool id="getmlst" name="getmlst" version="0.1.3">
+  <description>Download MLST datasets by species from pubmlst.org</description>
+  <command interpreter="perl">
+    getmlst.pl \$BASE/getmlst.py $mlst_db $mlst_defs '$species'
+  </command>
+  <inputs>
+    <param name="species" type="text" label="The name of the genus or genus and species that you want to download." help="Please note you will receive an error if multiple results are returned."/>
+  </inputs>
+  <stdio>
+    <exit_code range="2"  level="fatal"   description="Please be more specific."/>
+    <exit_code range="1"  level="fatal"   description="No species matched your query."/>
+  </stdio>
+  <outputs>
+    <data format="fasta" name="mlst_db" label="MLST Database"/>
+    <data format="tabular" name="mlst_defs" label="MLST Definitions"/>
+  </outputs>
+  <requirements>
+    <requirement type="package" version="0.1.4.5">srst2</requirement>
+  </requirements>
+
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="species" value="Listeria monocytogenes"/>
+      <output name="mlst_db" file="mlst_database_test.fasta" ftype="fasta"/>
+      <output name="mlst_defs" file="mlst_definitions_test.tabular" ftype="tabular"/>
+    </test>
+  </tests>
+  <help>
+**What it does**
+
+Searches a database for a given organism and returns the MLST Database(fasta) and MLST Definitions(tabular).
+
+**Usage**
+
+Enter the genus and species of the organism to search and press Execute
+
+**Tips**
+
+1. To produce a list of all species avaialble for a specific genus, enter the genus name and press "Execute".
+  
+  - *Helicobacter* will not generate MLST Database or MLST Definition files and an error will occur however the following output will be generated:
+
+  - *The following 3 species match your query, please be more specific:*
+  - Helicobacter cinaedi 
+  - Helicobacter pylori 
+  - Helicobacter suis
+
+  -  
+
+2. To return a list of all species available from a database leave the name blank and press "Execute".
+  
+  - Leaving the text field blank will not generate MLST Database or MLST Definition files and an error will occur however the following output will be generated:
+  
+  - *The following 114 species match your query, please be more specific:*
+  - Achromobacter spp.
+  - Acinetobacter baumannii#1
+  - Acinetobacter baumannii#2
+  - Aeromonas spp.
+  - Anaplasma phagocytophilum
+  - Arcobacter spp.
+  - Aspergillus fumigatus
+  - Bacillus cereus
+  - Bacillus licheniformis
+  - Bacillus subtilis
+  - Bifidobacterium
+  - Bordetella spp.
+  - Borrelia spp.
+  - Brachyspira hampsonii
+  - Brachyspira hyodysenteriae
+  - Brachyspira intermedia
+  - Brachyspira pilosicoli
+  - Brachyspira spp.
+  - Burkholderia cepacia complex
+  - Burkholderia pseudomallei
+  - Campylobacter concisus/curvus
+  - Campylobacter fetus
+  - Campylobacter helveticus
+  - Campylobacter hyointestinalis
+  - Campylobacter insulaenigrae
+  - Campylobacter jejuni
+  - Campylobacter lanienae
+  - Campylobacter lari
+  - Campylobacter sputorum
+  - Campylobacter upsaliensis
+  - Candida albicans
+  - ...
+
+  </help>
+</tool>
diff -r 000000000000 -r a6503f48b2be test-data/mlst_database_test.fasta
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/mlst_database_test.fasta	Wed Feb 04 14:47:54 2015 -0500
@@ -0,0 +1,8145 @@
+>abcZ_1
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGACTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT
+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGTCGTTTCACTAGTGACTTAGATAAT
+ATTTCCAACACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCGATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCCCGCAAATTCGTTGAT
+ATTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGTCAA
+AAAATTATTATCACAAATGGCTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTACAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_2
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT
+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGTCGTTTCACTAGTGACTTAGATAAT
+ATTTCCAACACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCGATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCCCGCAAATTCGTTGAT
+ATTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGTCAA
+AAAATTATTATCACAAATGGCTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTACAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_3
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGACTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT
+TTCTTCGATAGTCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGTCGTTTCACTAGTGACTTAGATAAT
+ATTTCCAACACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCGATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCCCGCAAATTCGTTGAT
+ATTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGTCAA
+AAAATTATTATCACAAATGGCTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCAACTTACAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATTGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_4
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT
+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGCCGCTTCACTAGTGACTTGGATAAT
+ATTTCCAACACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCGATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCCCGCAAATTCGTTGAT
+ATTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGTCAA
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+AATATCGTTAAAAACGCCACTTACAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGCTA
+>abcZ_5
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+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGCCGCTTCACTAGCGACTTAGATAAT
+ATTTCCAATACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCAATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
+AAAATCATTATCACAAATGGTTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGGCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_6
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCGATTCGT
+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGTCGTTTTACTAGTGACTTAGATAAT
+ATTTCCAATACACTAAACCAAGCATTGATCCAGGTGCTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTTTAATATCT
+GCTCCATTTGCGATTATTATTGCAACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
+AAAATCATTATCACAAATGGTTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGGCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCACTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_7
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCGATTCGT
+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGCCGCTTCACTAGTGACTTAGATAAT
+ATTTCCAATACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCAATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
+AAAATCATTATCACAAATGGTTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGGCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_8
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+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGCCGCTTCACTAGTGACTTAGATAAT
+ATTTCCAATACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCAATTATTATTGCAACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
+AAAATCATTATCACAAATGGTTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGGCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_9
+AAATCAACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCGATTCGT
+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGCCGCTTCACTAGCGACTTAGATAAT
+ATTTCCAATACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCAATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
+AAAATCATTATCACAAATGGTTTAGAAGAAGAAACAATTGATGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGGCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_10
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGACTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT
+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGTTTAGTCGTTTCACTAGTGACTTAGATAAT
+ATTTCCAACACACTAAACCAAGCATTGATTCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTTTAATATCT
+GCTCCATTTGCGATTATTATTGCAACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
+AAAATCATTATCACAAACGGTTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTGTTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_11
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT
+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGTCGTTTCACTAGTGACTTAGATAAT
+ATTTCCAATACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCGATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCCCGCAAATTCGTTGAT
+ATTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGTCAA
+AAAATTATTATCACAAATGGCTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTACAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_12
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGACTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT
+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGTCGTTTCACTAGTGACTTAGATAAT
+ATTTCCAACACACTAAACCAAGCATTGATTCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTTTAATATCT
+GCTCCATTTGCGATTATTATTGCAACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
+AAAATCATTATCACAAACGGTTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTGTTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_13
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT
+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGCCGCTTCACTAGTGACTTGGATAAT
+ATTTCCAACACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCGATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCTCGCAAATTCGTTGAT
+ATTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGTCAA
+AAAATTATTATCACAAATGGCTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTACAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGCTA
+>abcZ_14
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+ATTTCCAATACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATACCT
+GCTCCATTTGCAATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
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+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_15
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+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCAATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
+AAAATCATTATCACAAATGGTTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGGCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCACTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_16
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+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCAATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
+AAAATCATTATCACAAATGGTTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
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+ATGCAAGGTATTTCACTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_17
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCGATTCGT
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+ATTTCCAATACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCAATTATTATTGCGACAGTGACTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
+AAAATCATTATCACAAATGGTTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGGCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_18
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+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGCCGCTTCACTAGTGACTTGGATAAT
+ATTTCCAACACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTGCTATCCAACATCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTTTAATATCT
+GCTCCATTTGCGATTATTATTGCAACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGGGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
+AAAATCATTATCACAAATGGCCTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTGTTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_19
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT
+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGCCGCTTCACTAGTGACTTGGATAAT
+ATTTCCAACACACTAAACCAAGCATTGATTCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTGGTTACTTTAATATCT
+GCTCCATTTGCAATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGTCAA
+AAAATCATTATCACAAATGGTTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCACTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_20
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT
+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGCCGCTTCACTAGTGACTTGGATAAT
+ATTTCCAATACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTGCTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTTTAATATCT
+GCTCCATTTGCGATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
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+ATGCAAGGTATTTCCCTGTTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_21
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+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGCCGCTTCACTAGTGACTTAGATAAT
+ATTTCCAATACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCAATTATTATTGCGACAGTTATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
+AAAATCATTATCACAAATGGTTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGGCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_22
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT
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+ATTTCCAACACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTGCTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTTTAATATCT
+GCTCCATTTGCGATTATTATTGCAACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGGGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
+AAAATCATTATCACAAATGGCCTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTGTTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_23
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+TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGCCGCTTCACTAGTGACTTAGATAAT
+ATTTCCAATACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT
+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTTTAATATCT
+GCTCCATTTGCAATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
+AAAATCATTATCACAAATGGCCTAGAAGAAGAAACAATCGACGGCTTCGTTAAACAAAAC
+AATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_24
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCGATTCGT
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+GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTAGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT
+GCTCCATTTGCGATTATTATTGCAACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGAT
+GTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGATGAAAAAATTTCTGGTCAA
+AAAATTATTATCACAAATGGCTTAGAAGAAGAAACTATTGAGGGCTTTGTTAAACAAAAT
+AATGTTGTTAAAAATGCCACTTACAAAGGTCAAGTATACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+>abcZ_25
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCGATTCGT
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