Mercurial > repos > matthias > stacks2_populations
diff test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.calls.tsv @ 0:3950b915b7cf draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit 98327d2948ae1ccb5aef5db9ab88605fd74a0de7-dirty
author | matthias |
---|---|
date | Thu, 29 Nov 2018 11:58:35 -0500 |
parents | |
children |
line wrap: on
line diff
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.calls.tsv Thu Nov 29 11:58:35 2018 -0500 @@ -0,0 +1,296 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20181127 +##source="Stacks v2.2" +##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele"> +##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> +##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> +##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 +1 1 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 2 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 3 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 4 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 5 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 6 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 7 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 8 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 9 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 10 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 11 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 12 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 13 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 14 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 15 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 16 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 17 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 18 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 19 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 20 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 21 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 22 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 23 . T . . . DP=30;AD=29 DP 18 12 +1 24 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 25 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 26 . C . . . DP=30;AD=29 DP 18 12 +1 27 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 28 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 29 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 30 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 31 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 32 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 33 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 34 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0|1:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 0|1:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54 +1 35 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 36 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 37 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 38 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 39 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 40 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 41 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 42 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 43 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 44 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 45 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 46 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 47 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 48 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 49 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 50 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 51 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 52 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 53 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 54 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 55 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 56 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 57 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 58 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 59 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 60 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 61 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 62 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 63 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 64 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 65 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 66 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 67 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 68 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 69 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 70 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 71 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 72 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 73 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 74 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 75 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 76 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 77 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 78 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 79 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 80 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 81 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 82 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 83 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 84 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 85 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 86 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 87 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 88 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 89 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 1|0:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54 +1 90 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 91 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 92 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 93 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 94 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +2 1 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 2 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 3 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 4 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 5 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 6 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 7 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 8 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 9 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 10 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 11 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 12 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 13 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 14 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 15 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 16 . A . . . DP=40;AD=39 DP 20 20 +2 17 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 18 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 19 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 20 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 21 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 22 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 23 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 24 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 25 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 26 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 27 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 28 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 29 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 30 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 31 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 32 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 33 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 34 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 35 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 36 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 37 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 38 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 39 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 40 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 41 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 42 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 43 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 44 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 45 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 46 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 47 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 48 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 49 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 50 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 51 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 52 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 53 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 54 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 55 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 56 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 57 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 58 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 59 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 60 . T . . . DP=40;AD=39 DP 20 20 +2 61 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 62 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 63 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 64 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 65 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 66 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 67 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 68 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 69 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 70 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 71 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 72 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 73 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 74 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 75 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 76 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 77 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 78 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 79 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 80 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 81 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 82 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 83 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 84 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 85 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 86 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 87 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 88 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 89 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 90 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 91 . T . . . DP=40;AD=39 DP 20 20 +2 92 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 93 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +2 94 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 1 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 2 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 3 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 4 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 5 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 6 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 7 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 8 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 9 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 10 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 11 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 12 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 13 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 14 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 15 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 16 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 17 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 18 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 19 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 20 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 21 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 22 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 23 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 24 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 25 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 26 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 27 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 28 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 29 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 30 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 31 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 32 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28 +3 33 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 34 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 35 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 36 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 37 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 38 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 39 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 40 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 41 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 42 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 43 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 44 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 45 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 46 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 47 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 48 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 49 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 50 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 51 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 52 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 53 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 54 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28 +3 55 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 56 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 57 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 58 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 59 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 60 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 61 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 62 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28 +3 63 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 64 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 65 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 66 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 67 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 68 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 69 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 70 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 71 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 72 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 73 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 74 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 75 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 76 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 77 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 78 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 79 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 80 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 81 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 82 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 83 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 84 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 85 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 86 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 87 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 88 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 89 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 90 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 91 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 92 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 93 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +3 94 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28