diff test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.calls.tsv @ 0:3950b915b7cf draft

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit 98327d2948ae1ccb5aef5db9ab88605fd74a0de7-dirty
author matthias
date Thu, 29 Nov 2018 11:58:35 -0500
parents
children
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.calls.tsv	Thu Nov 29 11:58:35 2018 -0500
@@ -0,0 +1,296 @@
+##fileformat=VCFv4.2
+##fileDate=20181127
+##source="Stacks v2.2"
+##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele">
+##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
+##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data">
+##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth">
+##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
+##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
+##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	PopA_01	PopA_02
+1	1	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	2	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	3	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	4	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	5	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	6	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	7	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	8	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	9	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	10	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	11	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	12	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	13	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	14	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	15	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	16	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	17	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	18	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	19	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	20	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	21	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	22	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	23	.	T	.	.	.	DP=30;AD=29	DP	18	12
+1	24	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	25	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	26	.	C	.	.	.	DP=30;AD=29	DP	18	12
+1	27	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	28	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	29	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	30	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	31	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	32	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	33	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	34	.	A	C	40	.	DP=30;AD=15,15;AF=0.5	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	0|1:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07	0|1:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54
+1	35	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	36	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	37	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	38	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	39	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	40	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	41	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	42	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	43	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	44	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	45	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	46	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	47	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	48	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	49	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	50	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	51	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	52	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	53	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	54	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	55	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	56	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	57	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	58	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	59	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	60	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	61	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	62	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	63	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	64	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	65	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	66	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	67	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	68	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	69	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	70	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	71	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	72	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	73	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	74	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	75	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	76	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	77	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	78	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	79	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	80	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	81	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	82	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	83	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	84	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	85	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	86	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	87	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	88	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	89	.	A	C	40	.	DP=30;AD=15,15;AF=0.5	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	1|0:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07	1|0:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54
+1	90	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	91	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	92	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	93	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	94	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+2	1	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	2	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	3	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	4	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	5	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	6	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	7	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	8	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	9	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	10	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	11	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	12	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	13	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	14	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	15	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	16	.	A	.	.	.	DP=40;AD=39	DP	20	20
+2	17	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	18	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	19	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	20	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	21	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	22	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	23	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	24	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	25	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	26	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	27	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	28	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	29	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	30	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	31	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	32	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	33	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	34	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	35	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	36	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	37	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	38	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	39	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	40	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	41	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	42	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	43	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	44	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	45	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	46	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	47	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	48	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	49	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	50	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	51	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	52	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	53	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	54	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	55	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	56	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	57	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	58	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	59	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	60	.	T	.	.	.	DP=40;AD=39	DP	20	20
+2	61	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	62	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	63	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	64	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	65	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	66	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	67	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	68	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	69	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	70	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	71	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	72	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	73	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	74	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	75	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	76	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	77	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	78	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	79	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	80	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	81	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	82	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	83	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	84	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	85	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	86	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	87	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	88	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	89	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	90	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	91	.	T	.	.	.	DP=40;AD=39	DP	20	20
+2	92	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	93	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+2	94	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
+3	1	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	2	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	3	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	4	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	5	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	6	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	7	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	8	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	9	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	10	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	11	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	12	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	13	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	14	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	15	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	16	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	17	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	18	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	19	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	20	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	21	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	22	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	23	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	24	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	25	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	26	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	27	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	28	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	29	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	30	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	31	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	32	.	A	.	.	.	DP=56;AD=55	DP	28	28
+3	33	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	34	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	35	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	36	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	37	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	38	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	39	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	40	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	41	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	42	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	43	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	44	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	45	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	46	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	47	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	48	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	49	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	50	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	51	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	52	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	53	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	54	.	A	.	.	.	DP=56;AD=55	DP	28	28
+3	55	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	56	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	57	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	58	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	59	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	60	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	61	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	62	.	A	.	.	.	DP=56;AD=55	DP	28	28
+3	63	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	64	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	65	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	66	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	67	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	68	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	69	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	70	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	71	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	72	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	73	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	74	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	75	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	76	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	77	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	78	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	79	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	80	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	81	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	82	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	83	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	84	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	85	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	86	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	87	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	88	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	89	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	90	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	91	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	92	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	93	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
+3	94	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28