Mercurial > repos > matthias > stacks2_cstacks
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237 3 35 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
238 3 36 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
239 3 37 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
240 3 38 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
241 3 39 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
242 3 40 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
243 3 41 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
244 3 42 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
245 3 43 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
246 3 44 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
247 3 45 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
248 3 46 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
249 3 47 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
250 3 48 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
251 3 49 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
252 3 50 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
253 3 51 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
254 3 52 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
255 3 53 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
256 3 54 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28 | |
257 3 55 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
258 3 56 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
259 3 57 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
260 3 58 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
261 3 59 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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269 3 67 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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276 3 74 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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280 3 78 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
281 3 79 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
282 3 80 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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296 3 94 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 |