# HG changeset patch
# User leomrtns
# Date 1570027918 14400
# Node ID cb30bd36bfd01f5190c71edd13b3c47b98c8b023

planemo upload

diff -r 000000000000 -r cb30bd36bfd0 README.txt
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.txt	Wed Oct 02 10:51:58 2019 -0400
@@ -0,0 +1,4 @@
+github : https://github.com/bernt-matthias/mb-galaxy-tools/tree/master/tools/checkm 
+this tool relies on the DB in a specific, hardcoded location:
+ echo {\"dataRoot\": \"/media/deolivl/QIB_deolivl/nobackup/GTDBTK\", \"remoteManifestURL\": \"https://data.ace.uq.edu.au/public/CheckM_databases/\", \"manifestType\": \"CheckM\", \"localManifestName\": \".dmanifest\", \"remoteManifestName\": \".dmanifest\"} > \${CONDA_PREFIX}/lib/python2.7/site-packages/checkm/DATA_CONFIG &&
+
diff -r 000000000000 -r cb30bd36bfd0 checkm_lineage_wf.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/checkm_lineage_wf.xml	Wed Oct 02 10:51:58 2019 -0400
@@ -0,0 +1,122 @@
+<tool id="checkm_lineage_wf" name="checkm lineage_wf" version="@TOOL_VERSION@">
+  <description>Runs tree, lineage_set, analyze, qa</description>
+  <macros>
+    <import>macros.xml</import>
+    <import>plot_macros.xml</import>
+    <import>tool-macros.xml</import>
+  </macros>
+  <expand macro="requirements"/>
+  <expand macro="stdio"/>
+  <expand macro="version_command"/>
+  <command><![CDATA[
+echo {\"dataRoot\": \"$checkm_databases.fields.path\", \"remoteManifestURL\": \"https://data.ace.uq.edu.au/public/CheckM_databases/\", \"manifestType\": \"CheckM\", \"localManifestName\": \".dmanifest\", \"remoteManifestName\": \".dmanifest\"} > \${CONDA_PREFIX}/lib/python2.7/site-packages/checkm/DATA_CONFIG &&
+mkdir bin_folder && 
+#for $k, $f in enumerate($bin_folder)
+    #if $f
+        ln -s "${f}" bin_folder/${k}.fna &&
+    #end if
+#end for
+
+checkm lineage_wf 
+bin_folder
+'$output.extra_files_path'
+$reduced_tree
+$ali
+$nt
+$genes
+#if $unique and $unique is not None:
+--unique $unique
+#end if
+#if $multi and $multi is not None:
+--multi $multi
+#end if
+$force_domain
+$no_refinement
+$individual_markers
+$skip_adj_correction
+$skip_pseudogene_correction
+#if $aai_strain and $aai_strain is not None:
+--aai_strain $aai_strain
+#end if
+#if $alignment_file == "true":
+--alignment_file $alignment_file_output
+#end if
+$ignore_thresholds
+#if $e_value and $e_value is not None:
+--e_value $e_value
+#end if
+#if $length and $length is not None:
+--length $length
+#end if
+--tab_table
+--threads \${GALAXY_SLOTS:-1}
+> '$output'
+#if str($ali) == "--ali" or str($nt) == "--nt":
+&&if [ -d '$output.extra_files_path' ]; then
+ cp -r '$output.extra_files_path' out_folder;
+fi
+#end if
+
+## link hmmer alignments per bin in one dir to make them discoverable
+#if str($ali) == "--ali":
+&& for k in `ls out_folder/bins/`; do
+    if [ -f out_folder/bins/\$k/hmmer.tree.txt ]; then 
+        ln -s \$k/hmmer.tree.txt out_folder/bins/hmmer.tree.\$k.txt;
+    fi; 
+    if [ -f out_folder/bins/\$k/hmmer.analyze.txt ]; then 
+        ln -s \$k/hmmer.analyze.txt out_folder/bins/hmmer.analyze.\$k.txt;
+    fi; 
+done
+#end if## link nucleotide sequences per bin in one dir to make them discoverable
+#if str($nt) == "--nt":
+&& for k in `ls out_folder/bins/`; do
+    if [ -f out_folder/bins/\$k/genes.fna ]; then 
+        ln -s \$k/genes.fna out_folder/bins/\$k.genes.fna;
+    fi; 
+done
+#end if]]></command>
+  <inputs>
+    <param name="bin_folder" type="data" label="bins" multiple="true" format="fasta"/>
+    <param argument="--reduced_tree" checked="false" label="use reduced tree (requires &lt;16GB of memory) for determining lineage of each bin" name="reduced_tree" type="boolean" truevalue="--reduced_tree" falsevalue=""/>
+    <param argument="--ali" checked="false" label="generate HMMER alignment file for each bin" name="ali" type="boolean" truevalue="--ali" falsevalue=""/>
+    <param argument="--nt" checked="false" label="generate nucleotide gene sequences for each bin" name="nt" type="boolean" truevalue="--nt" falsevalue=""/>
+    <param argument="--genes" checked="false" label="bins contain genes as amino acids instead of nucleotide contigs" name="genes" type="boolean" truevalue="--genes" falsevalue=""/>
+    <param argument="--unique" label="minimum number of unique phylogenetic markers required to use lineage-specific marker set" name="unique" optional="true" type="integer" value="10"/>
+    <param argument="--multi" label="maximum number of multi-copy phylogenetic markers before defaulting to domain-level marker set" name="multi" optional="true" type="integer" value="10"/>
+    <param argument="--force_domain" checked="false" label="use domain-level sets for all bins" name="force_domain" type="boolean" truevalue="--force_domain" falsevalue=""/>
+    <param argument="--no_refinement" checked="false" label="do not perform lineage-specific marker set refinement" name="no_refinement" type="boolean" truevalue="--no_refinement" falsevalue=""/>
+    <param argument="--individual_markers" checked="false" label="treat marker as independent (i.e., ignore co-located set structure)" name="individual_markers" type="boolean" truevalue="--individual_markers" falsevalue=""/>
+    <param argument="--skip_adj_correction" checked="false" label="do not exclude adjacent marker genes when estimating contamination" name="skip_adj_correction" type="boolean" truevalue="--skip_adj_correction" falsevalue=""/>
+    <param argument="--skip_pseudogene_correction" checked="false" label="skip identification and filtering of pseudogenes" name="skip_pseudogene_correction" type="boolean" truevalue="--skip_pseudogene_correction" falsevalue=""/>
+    <param argument="--aai_strain" label="AAI threshold used to identify strain heterogeneity" name="aai_strain" optional="true" type="float" value="0.9"/>
+    <param argument="--alignment_file" label="produce file showing alignment of multi-copy genes and their AAI identity" name="alignment_file" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" checked="false" />
+    <param argument="--ignore_thresholds" checked="false" label="ignore model-specific score thresholds" name="ignore_thresholds" type="boolean" truevalue="--ignore_thresholds" falsevalue=""/>
+    <param argument="--e_value" label="e-value cut off" name="e_value" optional="true" type="float" value="1e-10"/>
+    <param argument="--length" label="percent overlap between target and query" name="length" optional="true" type="float" value="0.7"/>
+
+    <param label="Select a database" name="checkm_databases" type="select">
+      <options from_data_table="checkm_databases">
+        <validator message="No database is available" type="no_options" />
+      </options>
+    </param>
+
+
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data  name="alignment_file_output" format="txt" hidden="false" label="${tool.name} on ${on_string} (alignment)"><filter>alignment_file</filter></data>
+    <collection name="hmmer_nucleotide_per_bin" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} (nucleotide gene sequences per bin)">
+      <filter>nt</filter>
+      <discover_datasets directory="out_folder/bins/" pattern="(?P&lt;designation&gt;.+).genes.fna" ext="fasta" />
+    </collection>
+    <collection name="hmmer_alignment_per_bin" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} (HMMER alignments per bin)">
+      <filter>ali</filter>
+      <discover_datasets directory="out_folder/bins/" pattern="hmmer.(?P&lt;designation&gt;.+).txt" ext="txt" />
+    </collection>
+    <data name="output" format="tabular" hidden="false" label="${tool.name} on ${on_string}"/>
+  </outputs>
+  <tests>
+  <expand macro="tests"/>
+  </tests>
+  <help><![CDATA[Example: checkm lineage_wf ./bins ./output]]></help>
+  <expand macro="citations"/>
+</tool>
diff -r 000000000000 -r cb30bd36bfd0 macros.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml	Wed Oct 02 10:51:58 2019 -0400
@@ -0,0 +1,24 @@
+<macros>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">1.0.11</token>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">checkm-genome</requirement>
+            <yield/>
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="stdio">
+        <stdio>
+            <exit_code level="fatal" range="1:" description="Error"/>
+	    <regex match="Expected all files to contain sequences in" source="both" level="fatal" description="nt/aa sequences provided but aa/nt sequences expected"/>
+        </stdio>
+
+    </xml>
+    <xml name="version_command">
+        <version_command><![CDATA[checkm -h | grep "CheckM v" | sed 's/CheckM v//; s/[:. ]\{2,\}//g']]></version_command>
+    </xml>
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="doi">10.1101/gr.186072.114</citation>
+        </citations>
+    </xml>
+</macros>
diff -r 000000000000 -r cb30bd36bfd0 plot_macros.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/plot_macros.xml	Wed Oct 02 10:51:58 2019 -0400
@@ -0,0 +1,102 @@
+<macros>
+<token name="@plot_need_qa_headtoken@">
+</token>
+<xml name="plot_need_qa_outmacro">
+</xml>
+<token name="@plot_need_qa_token@">
+'$out_folder.extra_files_path'
+</token>
+<xml name="plot_need_qa_macro">
+    <param name="out_folder" type="data" format="tabular" label="output of qa command" />
+</xml>
+<token name="@plot_headtoken@">
+mkdir bin_folder &amp;&amp; 
+#for $k, $f in enumerate($bin_folder)
+    #if $f
+        ln -s "${f}" bin_folder\/${k}.fna &amp;&amp;
+    #end if
+#end for &amp;&amp;
+
+mkdir plot_folder &amp;&amp; 
+
+</token>
+<xml name="plot_outmacro">
+<collection name="plot_folder" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} (plots)">
+    <discover_datasets pattern="__name_and_ext__" directory="plot_folder" />
+</collection>
+</xml>
+<token name="@plot_token@">
+bin_folder
+plot_folder
+#if $image_type and $image_type is not None:
+--image_type $image_type
+#end if
+#if $dpi and $dpi is not None:
+--dpi $dpi
+#end if
+#if $font_size and $font_size is not None:
+--font_size $font_size
+#end if
+</token>
+<xml name="plot_macro">
+    <param name="bin_folder" type="data" label="bins" multiple="true" format="fasta"/>
+    
+    <param argument="--image_type" label="desired image type" name="image_type" optional="true" type="select">
+      <option value="eps">eps</option>
+      <option value="pdf">pdf</option>
+      <option selected="true" value="png">png</option>
+      <option value="ps">ps</option>
+      <option value="svg">svg</option>
+    </param>
+    <param argument="--dpi" label="desired DPI of output image" name="dpi" optional="true" type="integer" value="600"/>
+    <param argument="--font_size" label="Desired font size" name="font_size" optional="true" type="integer" value="8"/>
+</xml>
+<token name="@plot_single_headtoken@">
+</token>
+<xml name="plot_single_outmacro">
+</xml>
+<token name="@plot_single_token@">
+#if $width and $width is not None:
+--width $width
+#end if
+#if $height and $height is not None:
+--height $height
+#end if
+</token>
+<xml name="plot_single_macro">
+    <param argument="--width" label="width of output image" name="width" optional="true" type="float" value="6.5"/>
+    <param argument="--height" label="height of output image" name="height" optional="true" type="float" value="6.5"/>
+</xml>
+<token name="@plot_double_headtoken@">
+</token>
+<xml name="plot_double_outmacro">
+</xml>
+<token name="@plot_double_token@">
+#if $width and $width is not None:
+--width $width
+#end if
+#if $height and $height is not None:
+--height $height
+#end if
+</token>
+<xml name="plot_double_macro">
+    <param argument="--width" label="width of output image" name="width" optional="true" type="float" value="6.5"/>
+    <param argument="--height" label="height of output image" name="height" optional="true" type="float" value="3.5"/>
+</xml>
+<token name="@plot_rows_headtoken@">
+</token>
+<xml name="plot_rows_outmacro">
+</xml>
+<token name="@plot_rows_token@">
+#if $width and $width is not None:
+--width $width
+#end if
+#if $row_height and $row_height is not None:
+--row_height $row_height
+#end if
+</token>
+<xml name="plot_rows_macro">
+    <param argument="--width" label="width of output image" name="width" optional="true" type="float" value="6.5"/>
+    <param argument="--row_height" label="height of each row in the output image" name="row_height" optional="true" type="float" value="0.3"/>
+</xml>
+</macros>
diff -r 000000000000 -r cb30bd36bfd0 test-data/Bin_Sample3.001.fasta
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/Bin_Sample3.001.fasta	Wed Oct 02 10:51:58 2019 -0400
@@ -0,0 +1,10411 @@
+>contig-201_2
+TAACCAGACGGAACGGTATCTGATGGCCACGGGATTGGTGCACCGACTGGATAAAACTCTGCAGGAGGAT
+GAGCCGAGGTGTAAAGCTGCGCCCACGGCGACCAGTTTGCGTCGGTCGTATCCCGTCGTGAACGAATAAA
+TGCCGGAGCATGAGCACCGCTTGTACCACTCCAGCCGATGAGTAACTCACCTTCGCCAACGGCTGTCATC
+CCTTTCAGGTGAATGATATTTCCATACGCTGTTGGATATCCGTTGTTATACACCTCGTATAACTCAAGAC
+CTGCTGCCCCCTGCGTATTGTCTGTCAGCGCGGTTATATTCACTCAGCAACCCCGGTATCAGTTCATCCA
+GCGCGGCTGCTTTGTTCATGGCTTTGATGATATCCCGTTTCAGGAAATCAACATGTCGGTTTTCCAGTTC
+CGGAAAACGCCGCTGCACCGACAGGGGGATCCCGTCGAGAATACTGGCAATTTCACCTGCGATCCGCGAC
+AGCACGAAAGTACAGAATGCGGTTTCCACCACTTCAGCGGAGTCTCTGGCATTTTTCAGCTCCTGTGCGT
+CGGCCTGCGCACGCGTAAGTCGATGGCGTTCGTACTCAATAGTCCCTGGCTGGAGATCTGTCTCGCTGGC
+CTGCCGCAGTTCTTCAACTTCCCGGCGCAGCTTTTCGTTCTCAATTTCAGCATCCCTTTCGGCATACCAT
+CTTATAACGGCGGCAGAGTCATAAAGCACCTCATTACCCTTGCCACCGCCTCGCAGAACGGGCATTCCCT
+GTTCCTGCCAGTTCTGAATGGTACGGATACTCGCACCGAAAATGTCAGCCAGCTGCTTTTTGTTGACTTC
+CATTGCACATTCCACGGACAAAAACAGAGAAAGGAAACGACAGAGGCCAAAAAGCTCGCTTTCAGCACCT
+GTCGTTTCCTTTCTTTTCAGGGGGTATTTTAAATAAATACATTAAGTTACGACGAAGAAGAACGGAAACA
+CCTTAAACCGGAAAATTTTCATAAATAGCGAAAACCCGCGAGGTCGCCGCCCCGTAACCTGTCGGATCGC
+CGGAAAGGACCCACAAAATGATAATAATTATCATCTACATGTCACAACGTGCATCTACGCCATCAAACCA
+CGTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTT
+CAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAAC
+AACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAACCAAATGATTGAACAAATTAACATCGCTCTTGAGCAAAAAGGG
+TCCGGGAATTTCTCAGCCTGGGTCATTGAAGCCTGCCGCCGGAGACTGTGCTCAGAAAAAAGAGTTTCTT
+CTGAAGCAAACAAAGAAAAGAGTGACATTACTGAATTGCTCAGAAAACAGGTCAGACCAGATTGAAGCAA
+TTTAGATAATCGTGCAGACTACGCCCCCTCATATCACATGGAAGGTTTATCTATGGATCAGGTAGTCATT
+TTTAAACAAATATTTGATAAAGTTCGAAACGATTTAAACTATCAATGGTTTTATTCTGAGCTAAAACGTC
+ACAATGTCTCACATTACATTTACTATTTAGCCACAGAGAATGTTCATATTGTATTAAAAAATGATAATAC
+AGTGTTATTAAAGGGCCTAAAAAACATTGTGTCTGTCAAATTTTCAAAGGATAGGCATCTTATAGAAACG
+ACCTCTAATAAGCTGAAATCCAGAGAGATCACATTTCAGGAATACAGAAGAAACCTTGCTAAAGCAGGAG
+TTTTTCGGTGGGTTACAAATATCCACGAACAAAAAAGATATTACTATACCTTTGATAATTCATTACTATT
+TACTGAAAGCATCCAGAAAACTACACAGATCTTACCACGCTAAACCATAACGTCCGGCTTCTCTCACTCC
+TGAGCCGGACTGCATTGGTTTAATAAAAACCATCAACAATTGTGATTTAGATATTCGGAACCATTCAAAT
+ATAACAAAACCCCGTAAAAACGAGGTTTATGGATAAATTTTATTATTGAATACATCAGATTAAATTAATC
+TTGACATCATAGCTTTCAAGACCCGTCATTTTTTCCCGTGCGGTAAACTGAATACTGGTAACTTCTTTCC
+CGGTCTTTTTCTTAAGTTCAATAATTTTTTTTGTTATATATTCAGAAATATCTGCTTCTGCTTTTGTTTT
+TAAGTTTTCAATATTCATCATTTCCTCTTTTAGTCTGTTATGACTTTCCAGTTACACAGTAAGTCGATTA
+TATGGTGCAAACGTGTAAAAGATAAGATGAAACATCGCAATAATCAACATACGATAGTCTAAATTTTACA
+CAAACAGACAAAGAGAATTTTCCTGAATTATCAATGCAATAGCATCAAATCAACTCAAGAGCCTTATTGC
+TGCTTCCAGAATTTCTTCTGAAGTAACATGTCGATCCGCGGCTACATAAATGACTTTATGATCTCCGGTC
+AGAGATGGAAACCCTGCGGCCATTACAGTAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGG
+TGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATG
+ATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATT
+TTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATCAAATGTAATCAT
+CATTGATTTACAAAAGATACATTTTGCCCCGAAAGGATTCATGTCAGAAACATCAAAAGATGATGTTCTA
+TACTGGGAACCATGACAACACGGGCATCTAAAGTGAATATGGTTTGTAATATTGTCTACCTCAAAGCGCC
+ACTACATGAACAGCGGCAGGACCTTTAGGTCCGTTCTCAATACCAAATTCAACTTCCTGATTCTCAGTTA
+ATGTTTTGAAATCGTTGCTCTGAATTGCTGAGAAATGGACAAACACATCTTTGCTGCCATCTTTCGGCGT
+GATGAAACCAAAACCTTTTTCAGGGTTAAACCATTTCACTAAACCAGTCATTTTGTTAGACATAATTATT
+ACCTTTTGAAGAAATTAGCCCTTGGGCAGAATGGTCCGAAAAAAAATATCAGAGAGAAAAACCAACAAGG
+AAATCTCAAGAGGTACAAATAATAAAATTATAACAATGACTGCTTCAGATAAATTTGTAACAAACCAGAA
+CACCATTAACGCATGATTAACCACCCATAGCAAGGATTACTTTTGTAAAGAAAAACACAGCAATGAAAGA
+ATAGCTTTATTTATTAATAAAACGTGTCATTCTGATTAAGACCTTTTATCTTACCCTTAAGATTTCAGGA
+ATTTTGGCTCATGGAAGAGTCCTTTTTATTTAAATTTTACATTCCGCGATGTAAATGTTCCGATTTAATA
+TTACCCTACATTTGATGCTTTTTATCTCTTAAAGATTCATAGATCTGTTGACAAGTCACTCCTGCGATGT
+AGCGTTCGTCAGCAATTTCAGCATAAAGCTGAGCTTCTGCTGCAATATCTCCGAGCATGTTGGTGAGCAT
+TCCTTCGGCGGTTTTGGTTGTTTTGCCTCTGACGGCAGCGGCAAGATCTGCGGTATGCTTCGCTGCGTCA
+AGGCGTATGGCATATTTTTTTGCTTCGGCACGCAACTGGTTAACACTATCAGACAGATAAGCAGCCCTGG
+CAGAAATTTCAGCAGATTTCTGTTGCGCATCTTTAACAGCCTCATCACGGGCTATAGTTCGCCCCTGTTC
+AATTATTCGAGCAGCAAATTGAGCATTTACCTCTTGTGATAATGCGGCAGCATCACGTTCCGCCCATTTT
+TTTTGCCATCCTCGGTCGCTCCAGACATTTCCGACGATAAATCCTGACAACACGAGAAAAATCACCATGA
+ATATCTGATTCACTGTTCTATCCCCCAGCAGGTTAATGCGCTCTCCTGGTCACGACGAATAACCTGACCG
+TAACAGTTATTTGAACGAATGCGGCAATCGCGTCCGCCATCCTTAATCCACCAGCGAATCGCTTCGCATG
+CACCTTTACGATCACCAGCATTCAGCCGCTTATAAAACGTCGACGGGAAACACTTACCGGGGCCAATGTT
+ATAGGGACAAAATGACGCGATACCCGCTTTTTGTGGTTCGGTCAGTGGTACTTTAATATTGCGCTCCACC
+CATGCCAGCGCCTTATCACGCTCAATGGCGTTGACCTGGTCGCATTTTTCCTTCGACAGTTTCATATTGG
+GAAAAACGGTTTTTCCATCCACCACTGTGGCACCCCGACAGATGGTCCATATGCCAGAACCATCGCGGTA
+TGCCATTGTGTGGTTACCTTCTTTTTCGTCCAGAAACTGGTCAAGTATCTGAGGAGCAGATGCGCCAGCA
+CCAATCAGCGCCAGAACGGCAGCCGACAGGCCGTATCTGATTTTTGTGTTCATAGATATTTATGATGAGG
+ACGCTCGTGCTTATTGGCAGGATTTTCAATCTTAAAGGAGTACTGATGCTGCAGATAAGACTCAACTTTT
+TCTGACAATTTTTCTGCTACTTCCAGGAAGACTTGCCGGACGCTCCTTCTGGCTGCTGCCTCATAAAACT
+CCAGCGCAGCTCCTTCAACACGGTCCATGGCGACATCCAGGTCAAAAATTTCACCGTCAAAGCGTTCTTT
+GTCCTGTAAGGCTACAGTTACCGTAACTTTATTCTCAAAATTACGGACTCCTTTCACAACCAGTTCATAG
+TCTTGAGTCATTGGATTACTCTCCTCTCGCAGCCTTACGCCTGTCTTCTTTAATCTTGAAATAAAGATTT
+GTCAGATACGTCAGCAGGCCAAAAACCAGGCTACCCAGCACACCGATTGCAGCCCACTGTGACGGAGTTA
+CTTTATCGAGTAACTGCAATGCCCAGAAACCAGCATTACCCGCCGATGTGCCATAGGCAACACCTGTTGT
+TAACTTATCCATTGATTTCATATCCTCACCCCGATGTACACGGATGGTGCAATATGTTTGAAAAGATCGG
+AGTCTACGGGGTAGTTTTGACAGCACACGTTGTTCTCAACGGCGCTAAAAAAACATACACATTAAAAATG
+TGGGTAATTATTTTGAAAGAAAGTCATATATAAAATAATAATACGAGAAATGTTTTCATATTTAGTGTAC
+TGTATACGGCCATTTATACAGGAAAAGCCTATGTCAGAACGTAAAAACTCAAAATCACGCCGTAATTATC
+TCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGC
+CCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTGTAGCCTGATTGATTTTA
+TTAGTAACAAGTATTTTTTATATTTTAATAATATATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGG
+TTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGC
+TTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAATGGTTAGCATACTTTTCCTGATTA
+AGATTTTGCCAAATATGCTAGCCATTGTTTCATGTATTGGACCTCCTTACTTTTTATTAAAGAGATCCAA
+TATTCACTACTCTGTCCGTATCTCTACTCAGGCATCAGCCTTCTTCGTTATCGTATACAGACGAGCGATG
+AATTTTAATCAGTAATGATGACATTTGCTGCTGCAGGACCTTTAGCACCACTCTCTATAGAGAAGGTAAC
+CTTTTGACCTTCAAATAAGGTTCGATAATTATCATTCTGAATCGCAGAAAAATGCACAAACACATCTTTA
+CTACCATCAACAGGAGAAATAAAGCCGAAACCTTTATCAGCGTTAAACCATTTTACTAAACCAGTCATTT
+TATTTGACATTCTACATTCCTTAACTTGAGCCTTTCGGCATAAATGGTTTGCATAACAGAAACGACTTCG
+TACTTAATTGGAGAGACTCAAAGAAGGAATAAGTGAATAACACCTGAAATGAGAACTGCTTTAGTAAACT
+ACTTCGTATATCGTCTGTTCTTCAAACCGACGCAATCATTAACGCATAGTTGAACATATGAAGCAATGTT
+TATTTTAGACATCCAGCCATCTTCAACCCCATCAAAAAACTATAGCTTTCTTCAGGAACGTGTGTATAGT
+GCGCCAAGTTATCAGTATTAAGGAATTTTTTTGTCCCGTAAAATGACAGGAATTGTCAAAACCTTTGACG
+GCAAAAGCGGCAAGGGTCTTATCACCCCATCCGATGGTCGTATCGATGTCCAGCTTCATGTTTCAGCGCT
+CAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGT
+GGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTTTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATC
+ACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGACTGGTTGATTGGCTTTAAAAGCTTATG
+CTGTACTTTGGCCGTAATAGCTCTGCTAATAATATAATAAGCAGACTCATTGTGTTTAGGGACATTGTAC
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+>contig-201_44
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+>contig-201_48
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+>contig-201_72
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+>contig-201_250
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+>contig-201_253
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+>contig-201_285
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+>contig-201_484
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+>contig-201_515
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+C
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+>contig-201_573
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+>contig-201_37
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+>contig-201_82
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+>contig-201_89
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+>contig-201_107
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+>contig-201_110
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+>contig-201_128
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+>contig-201_149
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+>contig-201_173
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+>contig-201_175
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+>contig-201_179
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+>contig-201_190
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+>contig-201_200
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+>contig-201_226
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+>contig-201_256
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+>contig-201_372
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+>contig-201_380
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+>contig-201_467
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+>contig-201_468
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+>contig-201_472
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+>contig-201_473
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+>contig-201_623
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+>contig-201_951
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+# This file defines databases and their folder location. Each database is a line with 
+# three columns: value{tab}{name}{/path/to/database-file} 
+# E.g. database100mers{tab}database100mers{tab}/home/user/bracken_databases/database100mers.kmer_distrib
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+    <!-- Locations of local database for testing only -->
+    <table name="checkm_databases" comment_char="#">
+        <columns>value, name, path</columns>
+        <file path="${__HERE__}/test-data/test_checkm_databases.loc" />
+    </table>
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