# HG changeset patch # User joachim-jacob # Date 1369912435 14400 # Node ID 3cec538aab331e9bdca599586ffbb716ae1d11d1 Uploaded diff -r 000000000000 -r 3cec538aab33 README --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README Thu May 30 07:13:55 2013 -0400 @@ -0,0 +1,20 @@ +BLAT Galaxy wrapper - 1.0.0 +============================= + + +SUMMARY +------- +BLAT is BLAST-Like Alignment Tool and is designed to +quickly find sequences of 95% and greater similarity +of length 25 bases or more. + +REQUIREMENTS AND INSTALLATION +----------------------------- +Install this tool in your Galaxy via the Toolshed + + ) Third party code installation + BLAT binary will be installed automatically + +DETAILS AND ISSUES +------------------ + ) First release diff -r 000000000000 -r 3cec538aab33 blat_indices.loc.sample --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/blat_indices.loc.sample Thu May 30 07:13:55 2013 -0400 @@ -0,0 +1,7 @@ +# CLC Mapper requires the fasta file of the reference genome +# +# +# e.g. +#hg19_chr21 hg19 Human chrom 21 bld 37 (hg19) /mnt/genomes/hg19_chrom21/fasta/human_chr21_hg19_NT_011515.12.fa + + diff -r 000000000000 -r 3cec538aab33 blat_wrapper.pl --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/blat_wrapper.pl Thu May 30 07:13:55 2013 -0400 @@ -0,0 +1,167 @@ +#!/usr/bin/perl +# blat_wrapper.pl +# Joachim Jacob - joachim.jacob@gmail.com - 2013 + +use strict; +use File::Temp 'tempdir'; +use File::Copy qw(move); +use File::Basename; +use File::Spec qw(join); +use Log::Log4perl qw(:easy); + +# ---------------------- Prepping Logging -----------------------------# +######################################################################## +# Log levels: $DEBUG $INFO $WARN $ERROR $FATAL +# ConversionPattern: %d %-5p %F{1} [%M] (line %L): %m%n%n +my $log_conf = q/ + log4perl.category = ERROR, Screen + log4perl.appender.Screen.stderr=1 + log4perl.appender.Screen.layout=Log::Log4perl::Layout::PatternLayout + log4perl.appender.Screen.layout.ConversionPattern = %d %-5p %m%n + log4perl.appender.Screen = Log::Log4perl::Appender::Screen +/; + +Log::Log4perl::init( \$log_conf ); +my $logger = get_logger(); + +# ----------------- Getting parameters file ---------------------------# +######################################################################## +my ($configfile) = @ARGV; +my (%para); +open(CONFIG,"<$configfile"); +while () { + if (/(\S+)==(.+)$/){ $para{ $1 } = $2 ; } +} +close(CONFIG); + +=Excerpt Config parameters + ## first we pass some galaxy environment variables + galtemp==${__new_file_path__} + + ## first we pass some galaxy environment variables + galtemp==${__new_file_path__} + + #if $refGenomeSource.genomeSource == "indexed" + referencepath==${refGenomeSource.index.fields.path} + range=$refGenomeSource.range + #else + referencepath==${refGenomeSource.ownFile} + #end if + + input==$input + output==$output + q==$q + t==$t + + advanced_params.use==$advanced_params.use + #if $advanced_params.use=="yes" + tileSize==$advanced_params.tileSize + stepSize==$advanced_params.stepSize + oneOff==$advanced_params.oneOff + minMatch==$advanced_params.minMatch + minScore==$advanced_params.minScore + maxGap==$advanced_params.maxGap + mask==$advanced_params.mask + qMask==$advanced_params.qMask + repeats==$advanced_params.repeats + trimT==$advanced_params.trimT + noTrimA==$advanced_params.noTrimA + fine==$advanced_params.fine + maxIntron==$advanced_params.maxIntron + extendThroughN==$advanced_params.extendThroughN + #end if +=cut + +for my $para (keys %para){ + INFO "$para\tset to\t$para{$para}"; +} + + +# ---------------------- Prepping temp dir ----------------------------# +######################################################################## +# within the temporary directory of Galaxy, we create a temporary dir + +my $galtemp = $para{'galtemp'}; +delete($para{'galtemp'}); +DEBUG "\nReceived Galaxy temporary directory:\n$galtemp"; + + +my $tempdir = File::Temp->tempdir('tmpXXXXX', DIR => $galtemp, CLEANUP => 1); +mkdir "$tempdir", 077 unless -d "$tempdir"; +INFO "\nTemporary directory:\n$tempdir"; + + +# -------------------- Assembling command ----------------------------# +######################################################################## +my $command = "blat "; # this will ultimately be executed +$command .= " $para{'referencepath'}"; +if ( $para{'range'} ) { + ## format checking of the provided range + if ($para{'range'} !~ //){ + ERROR "Range has be wrongly formatted: $para{'range'}"; + } else { + $command .= ":$para{'range'}"; + } +} + +$command .= " $para{'input'}"; +delete($para{'referencepath'}); +delete($para{'range'}); +delete($para{'input'}); + +$command .= " -out=blast9 -q=$para{'q'} -t=$para{'t'}"; +delete($para{'q'}); +delete($para{'t'}); + +my $output = " $para{'output'}"; +delete($para{'output'}); + +if ( $para{'advanced_params.use'} eq "yes" ){ + delete($para{'advanced_params.use'}); + $command .= " -minScore=$para{'minScore'} -maxGap=$para{'maxGap'} -mask=$para{'mask'} -qMask=$para{'qMask'} -oneOff=$para{'oneOff'} -minMatch=$para{'minMatch'} -tileSize=$para{'tileSize'} -stepSize=$para{'stepSize'} -maxIntron=$para{'maxIntron'} "; + if($para{'repeats'} eq 'yes' ){ + $command .= " -repeats=$para{'qMask'}"; + } + if($para{'extendThroughN'} eq 'yes' ){ + $command .= " -extendThroughN"; + } + if($para{'fine'} eq 'yes' ){ + $command .= " -fine"; + } + if($para{'trimT'} eq 'yes' ){ + $command .= " -trimT"; + } + if($para{'noTrimA'} eq 'yes' ){ + $command .= " -noTrimA"; + } +} + +$command .= " $output"; + + +# --------------------- Executing command ----------------------------# +######################################################################## +run_process($command, "BLAT alignment", $tempdir); + +# --------------------------- Exiting --------------------------------# +######################################################################## +exit 0; + + +### Subroutines ### +######################################################################## +sub run_process { + my ($command, $name, $tempdir)= @_; + my $logger = get_logger(); + INFO "\nProcess to launch:\n $command\n"; + system("cd $tempdir; $command 2>/dev/null") == 0 or die "$name failed\nExit status $?\nCommand: $command"; + if ($? == -1) { + print "failed to execute: $!\n"; + } elsif ($? & 127) { + printf "child died with signal %d, %s coredump\n", ($? & 127), ($? & 128) ? 'with' : 'without'; + } else { + printf "$name executed successfully\n", $? >> 8; + } +} + + diff -r 000000000000 -r 3cec538aab33 blat_wrapper.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/blat_wrapper.xml Thu May 30 07:13:55 2013 -0400 @@ -0,0 +1,179 @@ + + + + to a reference genome + + + + + + blat + + + + ## it is recommended that you write a wrapper for your tool + ## and pass all parameters to that tool, which parses them. + blat_wrapper.pl $configfile + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + ## first we pass some galaxy environment variables + galtemp==${__new_file_path__} + + #if $refGenomeSource.genomeSource == "indexed" + referencepath==${refGenomeSource.index.fields.path} + range=$refGenomeSource.range + #else + referencepath==${refGenomeSource.ownFile} + #end if + + input==$input + output==$output + q==$q + t==$t + + advanced_params.use==$advanced_params.use + #if $advanced_params.use=="yes" + tileSize==$advanced_params.tileSize + stepSize==$advanced_params.stepSize + oneOff==$advanced_params.oneOff + minMatch==$advanced_params.minMatch + minScore==$advanced_params.minScore + maxGap==$advanced_params.maxGap + mask==$advanced_params.mask + qMask==$advanced_params.qMask + repeats==$advanced_params.repeats + trimT==$advanced_params.trimT + noTrimA==$advanced_params.noTrimA + fine==$advanced_params.fine + maxIntron==$advanced_params.maxIntron + extendThroughN==$advanced_params.extendThroughN + #end if + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +**BLAT Overview** + +BLAT_ is an alignment tool like BLAST, but it is structured differently. +On DNA, Blat works by keeping an index of an entire genome in memory. +Thus, the target database of BLAT is not a set of GenBank sequences, but +instead an index derived from the assembly of the entire genome. By +default, the index consists of all non-overlapping 11-mers except for +those heavily involved in repeats. + +.. _BLAT: http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat.html + + + + diff -r 000000000000 -r 3cec538aab33 test-data/databasetest1.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/databasetest1.txt Thu May 30 07:13:55 2013 -0400 @@ -0,0 +1,772 @@ +>ENA|CAKG01028373|CAKG01028373.1 Drosophila suzukii WGS project CAGK00000000 data, contig drspszk_2131478 +AAAAATTTTTATATTTTATTTTTATGAAAATAGTTCTCCCTCTCATGTTAATTGATAAGT +ACACTTTTTAAGTACACGTTTACATAAGTAAAAACAATTTCCTGAGAAATAGTTTTATCG +ATCGCACCTATACGGGCGTTTTACATAAATCTCTTTTGGGCGAAACTCTGGGAAGAGTTT +CCACCGAACTTAGCCCAAATAGATTGCTCTAAATCCACCGATAATGATATATTCATAGGT +ACCGTTGACAAGAAACTTGGACAGTAAATTAAGCTCCGGAAACCCCAAATCCAATATAAT +TACCTTCGTTATGAATGAGCTCCGACTTGGAGTTGGCCGATAAGGACCTGAAGAGGGCCG +CCGAGTTGGGTCTGTAGGTGTCCAGCGAGGCAGACAGTTCCATCAGGGGCTTCATGATGC +CCTTCAGGTGCTGCAGCTGCTCGCAGGCGAAGATCAGCCAGGAGCAGAACATCACGTCGC +AGAGGTTGGAGTGGATCATCGAGAAGAGCACGTAGTAGATCTGAAAGGCGAAGCTGATCA +TGTAGAACAGTCCGTGGCTGGCGTTCCAAGGGTAGAAGGACTTGATCGGCAGCCGCGGAA +TCTCCACCGGAATGCTGGAGTTCGTTTCGTGGTCCACCACCATCTTGACGCTGTCCCCGA +AGAAGGTGATCGTGGTCCAGGCGGTGGCCGAGGCCACGGTGGTCAGCATCACCAGGAAGA +ACAGCTTCCTCATCTTGGCCAGGGCGATCGAGTGGTAGCGGGCATCTGATTCGGCGAACA +GGGGGTGCGTGTTGACCTGGTTCCATATATTCAGGGTTCTGCAGAGATAGTTATTCTTAT +TACTCCCAATCCCAAACGAAATTGCAGAATTGCCTAATTATTAATTTCCAACTACAATTA +TATTCATTTTAAGATATAACCTAGAGCTATGCGGGATATTATGCCTTAACCAAGGGATTT +TAACTTATATTAACAAAGTAACTGAGAGTCAAAATAACCTAAAGTAGGTTTTTCACAATC +TTATTTAAAATGTATTTTTTTAATGTACCTCCCTTTTTCAAAGTATAAAATGCTCATTTG +GGATACAAATTTTTGTGCCAGTTATTTTTTTACCTGTAGAAATTCTTCTGGTTGACGGCC +AAGTAGATGAACTTGGTTATGCAGTGGGTGAAGAAGAGGGTGGTGATCGTGTTGCCCGAC +AGCTCGTTCACCTCCTCGGCGTTGAGGGCCATGTTGACCAGGATGAAGGCGAACTGCATC +AGCAGGAGTACCAGGTGCACCGAGGAGTAGACCTTCTTCATGAACGCACTGCCGCCCGTG +AAGTTGTGCATGAACAGGCCCGAGTACTTCATCGCCCGTATATTGGGCATCAGGTCGGCC +ACCAGGCCCGTATACTTGCTCGGCTGCATCGAGGTTGTCATCCTGCGAAAAATGGCTCGA +CATAATTAATTGGGTTTCGCCAACATAATCAGCGATTATTGCCAGTGGATAAAGTGATGG +GGGCGATGCGGAATCTTTTTCATATTCCGTCTGTGTGATTGGCTTTTGGTCTGTGTGCGA +CCCAAAGAGGAAATCCTCTCCGAAAATGAATCGATTTCGCATGTTTTATTCATACTTGTA +TAATGCATAATGCGGGGTTTTAATCGGTTGAATCGTTAGTGTCCGTTTAGCTTAAAGCCA +GTATTTAATACTGAGATTGCGTTTTCTTGAATTGGTATGGCTAGGATGAATTTTTTTAAC +AGAGTTTTCTTAGCTCAAAAAAGCCATTAAATGAAAATGCTTCAGTTAGCCCGACTAAGT +TTTGATAAACTTGTAGTCTTCTTCATAAAAAAACAATTAAAGTTATTTTAAAATTTTAGG +ATTGGAATAACACTTTTTTTGCAATTTGTACTTTACTCAAATTTAAAGAAAACAATTTAA +TGTTTAATTTAATTTTAGATTTTAAATAACACTGTTTATAGAAAACTAAATTTTAATAAA +TACAATTAAAAGTCGAAATGCTTTTAGATTTGGAAAAACAACCTGGATATAAATGGGTTT +TTTTTTAATTTCTATGTATTTTTATATCGCCGTTAAAAATAGTAACACGAAGAAAATGTT +TAATGTTTAGTAATTAAAAGGTTAGCACTGAGAGGTGTTGACTAATAAGTTGTAGAGCAG +AAGTTTACCTTGCAATTGAGCCTTAAAAATTCAAATTTAATCGTTGTCTTGTAAACGGTT +GTTAACTGAGTGCAAGCTAATGCACTTCTAGGCAAGCATTTCACTCACTGAGGCTATACC +GGAATTATTTAAGATACAACGAGGGTTTTAAAACCGGGACCCAGTTAACCTGCCAGCAGG +GCGTTGTCGACGTTAATGAAACGTGAAACCTGGAAGGTTAACGGGCTCTGCCGACAAGTG +ATTGCTTCTTCTGTCGTCTGCCAGTACATAAGGACGTGTACTTTGAGGGCAGAGTTCCCA +CGGCTGCAGCAAGGCCACGTTCAATCGGAGCCCTGAAACTTTCACTCCGACCCACACATG +TTAATGAAAATATATGGCTGTGGGCCTAAAGCCGGCCTCGGAGTGCTTAAAAATTCAACT +TTTAGCCACGTCCGTCCAAGATGGGTGCGTGGCAGACGCCGAATTCCCACAATTAAGTCG +AACGCCCACGAACTTGCCGGCCGCCATGTCGCCGTCTCCAGGTCTAGGACTCAGGCCTGG +GCCCTGGCCCTGTCCACGCGGCGTATGCGCAATGGGCAGCGCAGCACGGGATAGGGAAAC +ACGCTCCTCTGGCTCCTCTGCGTGGCATCTGCGGTATCCGAACTTATGCAAATTTTAAAA +GCATCGATTATTTTATTATGCCTGTTTGTATTTGTTGGCCCTAAGTGCCGCAGAGTCATG +GGGAAGGGCATTCAGCCCCCAACTGCTGCCACGGAGCCTTCCCCGAATCGCTGACCCAAA +AAATAACCCACATACCCATTTGCATGGAAATGTGTGCCCGGCCTGATGGATAGTTTGACT +TTGTTCTTTTTTCGTTCTCAGTTCGAAAGCACCGAGGCTCAGTGGGCGCAGGAAGCCAAA +TCGAACAGGAAATCCCCAGATATGGGGCAACAGAAGCTCTAAAGTAAGATGCGTTGCTTG +CTAAAAGGACCTTTGAATTTGTGTTATCACCGGTACAATAACCCTTGCAACACTGTGCTT +CAGCTCAAAAAATCATGCCAAAAAATCTGTAAAATATTTATAATCTAGATTACTAGCCGA +ATAGATATAGTCTTGCCCTTCTGTATGTATGTCTATTACTATACAATTGTGTATTTTTTG +AGCTAAAATTTATTTTTTTTAAAGGTCTAAGAATGTGTTTAGACAGGCCCGCGTCATTGA +AATACTAAGAAAAGTAAAATGTTCCCATGGAAACCCTGTGGATGGAAGAAGAAGATAGTT +TTTCGAATGCTCGACAAAGGTTTTAAAATGTAGTAGTACGTAATGTGAATACATCAGCAA +CGGTTGTTTTCAGCCGCAGCTTACTATAAATTCGAATGTTTTGAAGTCACTTTTGTAGTG +TAAGCTCCTCGTGTGATTTTTGAATATTCGACAATGTATTAAAATGATTATATATGTAGC +TTATTACCCCACGGGGTAAAACTGTTTTGCTCTGTCGGCTCTCTGCAAAATAAATTTAGT +CACTGCTTAAATGGAACACATGGGAAAACAAAATAGAACCCAACCCAAACTCCCAATAAA +GTTATTTAAACTAGTTTTGGCAGTATTAACATGCAGTCAATGTGCCTGGAACACAATGTA +CTTTCTAATACGATTCTAATTGCTGAAACACAATTGTAACTATGTTCCGGAATGTGAGTG +TGGCCAAAATGGGTTGGACTTGCTGTTTTCAACGGGCAGTTGGTTTACACGGCTCAGATG +GCTTAAAACTCATGTACGTAGATGGGGACTCAGACACAGATGTGGCAGCTCATGGATTAT +TCAAATGCAGAAGTCTCACGAACACCAATTAATACGTGAATGCCCGCCAGTGTGGATCTG +TTTTTTGTGCGACGGGATTTAACAATATTGATTTAACGTTTAATTGGACTGCACTCATCC +ATGCTAACTGAGTTCCTGCTCGGTATTTCCCCTTTAGTCCTTCGTTTTGGTCGGTTTGTT +TAATGGGTTCTGGCTGGAAATTTAATCACGCAGATGCGTTTGGCTCAATTAGCTAACCGC +GGATGTTGTAAGCCCTGCAGCACTTTAACATTAATTATTAAGCAAACGCAAAATGAGCAG +TGGCACGTACTTAATTTAAATTATAATTGATACGAGTAAACTAATGAGAATAATTCTCTT +TGTTGTGGGCAGTGCAGATTTCGAAATGTTTCTCTTATAATTAATTAACCCAACAAATTG +TTAATTTAAATGTCATTTTGGTATATATTTTTGATATATTAAGAGTATGACATAACGTAT +GGCAGGCCCAAAAATATAGGCAACATTATTTTTCCTCACACCTCAAGGACACATTTTACC +CAAAACGAAATGATTTCCAGGATGGGCACCCAAAAACCGCAAATCTTCCATATGACATGC +CACAAGCACCAACAAAAAATCAACCGCAAGCTGTAAAACAATAAAAACTGAAAAATAAGC +ATAAAAAGTTATTCGAGCAATCCATCAAATCGGTCATAAATTACGAAATCAATGCGACAC +ACACGCACACATAATAAAAACTCGCTTTCACCCACACTCACAAGAAGAAAGCACCGACAC +ATTCATGTGCTACGACTTTTTATTAAGCCTACGAGGAAAAATTAGAAATCAATACCAGCG +AGGACAGAAAAATCTGTTAAATGACAAACAAAAAATGGCGAAAACAACAATCGGTTACTG +TGTGTATGGGGGTCCTTTCCTTTTGCTCCTTTTGGTGTGTCTGTGTGCGAATGTGTCAGC +ATCAGAAATTATCCGCTTTATTTTCGGACTGCCCGTAGCCCTCGACCTAGAGAAGCTTTT +ACCAAAATTTATGGCTATGCATAACCGACATGGGAAACAACAACCGATTGAAAACACATA +TACCCGTAGGTGCGGGTGTGCCGGAATTCGGGGTGTGCGAGTGGTCTGTGTGTGTGCCAG +GCCATTAGAGAAGCAAAAGAAATGTTGACATTGTCATAAGAACGGCAAAGAAATGTGGGA +GATGCGAACAACAACGGACGAGCGCAGGAAAGCGCAGGAATTATTATTATTTATTCCCGA +GTTTTATAAGATTTCGGAAAGAGGTGCTGGGCGCTCATAAATTCTATCTTTGTAAGCACA +CCGGAAGATTATTATGATGTTATTTGAAAACCAAACGGACGAAAATATACAACTACTAAT +TATTTATAGAGGTTTAACTGTTTTGTGTAAGTAAAAAATGTTTATTTTTAAAATATTGTT +AAATGAAATTGTATACTAAAGTAACTAAAGCAATATTTTATTATAGAAAATGTTATAGTA +TTATTTTATTTTTGATCCATATTCTCGTTAAACAGATAAAGCGCTTTATGAGACCTAGCA +GAGAAGTTTGCTATGTTGAGGTAATTGTATAAGTACGCCTTATGCAATAAAAAGCTACTT +GAATACAATTTCTCTCCGTGCAGCTGTGCCTGTGTGCGTGCGGGTGTCATTCCTTTTGTT +GGCCGCTGACAGGCAGACAGATTCCAACCGGAAGTCGCGGGAAGCGGAAGGAAATGCCTT +CGTGGCTGCTTGCCGAGACAGTGTCAAAAGTTTAACTCTAGATTTATTTGCCATTTAATG +CTGCAGCTCCCCCTTGCTTTGTACAGGAGTTATAGAGGAGTTATAAATCTCCCAGCTGTC +TAAGCAGGTCAATGCTCAGGCCAACCTCCCGAGAAAGCCGCTGCATTTGCCTTCTCACGT +TGCAGCTGCAGCCCAGTTCACCGCCCCCTGTCGACATTTGGACCAGTGTGAGGTCTGTTT +GTTTGCTGCCTGCCACAAAGTTGTCAACGCGGCAACTAAACGAGTTTTGGTCTTGTGGTG +TTCTCTATAGGTATGTAGTGCGCCTGTGTTTGTTGGTGGGTTTCCTTTGTTGTCCTCCCG +CCCGAAATTCGAAGTTGTTTTCCCCGCCGAGGGGCATGCGCAAGGAGAGTAACATACGAG +ATGAGAGAGCGAGTGGTACAACATCTCGAAGTATAAGAGATGAGAGATGGCGTTGCCACG +TAATTCAAAATTATATAAAAGCCGTATATAGGCCTATACTGTTTTGTTAAATCGTGCAAC +AAAGTAAAATAATTTCATTGAACTATTTCGATAACAACAAACATGATATTTATATTTTTG +AACTCTGGGAATGCACAAAAAGATTTCATTTCAGAAAAGATTTCATTTCAGTAACCAGTT +CAAAACATCATATTTTGAAATGTTGTTTTCTGATTGGCAGTAAAATAATTTTAATTTATA +ATATTTTTTGAGGTTTGTGGGCACTAAAATTCCAGAAAGAACGAAGAAATAATAATCCTT +GTAGGTCATAATTCTGTTGGTAAGAGAACCCAACTGAAGTAAATGCCTTAACCTCTCTAA +AGATTTAAATCAAAGAATTTATAATCATCAATAATCCAACCAATATTAATTCAATTAAGT +ATTATTAATTTGTTATGTAAGTATTGCTTCTTATTTAAGAGCATTTAGAATTCTGCATTT +TGGGAGGAGCTCTAGAATTCTGAACTATCTGGCAGCACCATCGACTCACGTGCGTTATCT +TTGACTCGGGGAGCCTGTGAAATGCAACAAGAGAATGTTCTCGCCATCCGATGGCTCTCT +CCCTCGAGGGACTCGCTCTTTTCGCACAGATTCGTATAAGAAGAGAGCGGAGCAGCAACA +ACAGTCGGAGAGAAAATAAGCCATCCACTGTTACGGGATCTCCGTTTGGGCCAGCAAAAC +GAGCATGGCGACGAAAGGCAGCCAATGGCTTCGATTGGGAGCCAGTCAAAAATGGTCCAT +CGACGGGAGATGAACAGCAACGAGAGCAGCATCCGCCAGCAGATCCGCAAGCCAAGTCGC +TGCCAAGAGCCAAAACCAAAGCCAAAGCCAACCGAACCGGGCCAGGTCTAAAAGAGGACG +TGTGTGGTAGTGAAGTGAGTGTACGTGGACGGGAGTGTAAGTGTCGGTGCCAGTGCATTA +GTGTGGGTCGCAGGACCTCTTGAAGTCAGACAACGGCAGAAGTCCACTCCTTCGGTGCTG +GTTCTTTGCTGCTGCTTGTTAGTGCTAAAAGCACGCAGCACGGAGTGCGCCAAAAGAACT +ACCACTGCTGCAGACACAGCTGCCCCACATACACACCCGCCCGGTCAGGGAGGTGGAGGC +GGAAACCTCCGCGGAGAAGCCCCCAGGAAGTGCCATTTGAATAGTAGTAGCAATAGGAGA +TACGTAGACAACATACACGCTTTTCGTGGGCCTCTGCCCCACTTGCGTGGGTGTGCTCGG +ATTTATGCAGCACTAGTTACATAAGCCATCATCATCATCGGCAGCAGCATCTGAAGACGG +CCAAGGCATCGTTAACATCAGCCAGCTGCCATAAGTATGCTATGAATTTCGCTTTGCATG +CGCCGAGCAGAGCGATACTGCTGTTGGGTGGGCTACGGGGGGGATAATGCCGCCGATACA +GGACCAGCAATGAAAATCGCATTAGCATTAGGATGTGATAACAGCTGCTACCCGCCCATC +AGCTGGCGACGACAACAGCACTCGGCTGCTCCACAATTACCAAGGCAACAATTGTTGTTC +AAACTTTGGATAACGCATACGCACTGTTGCACTTGAGTTGTGCCCCAGTCGGAGAAGTCG +CCTCAAAGACTCGGCCTAATGATTGTTATTGGGTGCCAAGGGTTATCCCAGAGGTTGTCG +CACAATGCCCACTGAGGCATAGAAAGTCAGTTCGGGTGAATGCCGGTTTTTATAGGGTAA +TGTAGACAAAGAAAGCGAAAAGCAAGTACTTTGAAGAGCATAATAGCACAGTTACTTTTA +TTTGGTACCATCGCAATATTTCGGAGCAATGAGGCTTCAAGTCCTTCTGAGATATTTTTA +ATTAATTAAGTTGGAATCGTTAAATAATTCTGTGGCTTTGAGAAATCCTTGATTTCTGAA +GAATTAAGATAGACCTTTCAATTAACAATTTAAATAACCAGTAACAGAATTTGACCCAAA +GGCTTATTTAATAAAGAAGATAGCTGCATTGCATATTTTAAATATTAACGAATTAATTTA +ATTTAAATAACGAGTTATTAATTTAATAGGCCATTACTAAAATTAAGAATGCAATTTAGT +TTGAGGTAATAAATTAGAGGCAGTCTCCAACTTTTTTATGCTCACAATATTTTTTTAGTT +TTAAAAAAGAACATGTTTAGATTATTTAAATTTTTGGGACTGATCCTAGTTTTGTTAAAA +ATGTACATAAGTAGTATTCATTCCGTAGAAAACAACGAAAGAAACACTCTAAAGTAAAAG +AGATCGTGATGAAAAATCAACTAGGTTATAATTTATTTTCCGATCATTTCTATAAGAGCA +ATACTATATAGTTCTGACGATATAGTTTTGACCTACAAATACAAATTTTATTTTTAATTA +ACACACACTTTACACACTTTTTAATTTTACCCAATTTTTTTAATATCTAGAATTATATGA +TCGTATTTTATTTACTAAAATGGATAGGTTAAATTGGACAATAATATTCAAAACCCTAGT +TCGGTTAAATAAATGTTGTATTTTTATGAAAAGATAGTAAAGGTGCTAAAACTCATAGTT +AGTTTCATCAGAAGTAACATACTTTACAGTATTATAATGTATATATTTAAAGCACCCTCA +CATAATACCAGAGTTTAACTTTTCACATACAGAAACTATAGAGCACGATAATACTGCAAT +AATAGAGGGAATTCACGTCACTTAATACCCGTATAAAAGACATCTGCTTATCTGCATTTC +ACAGAGCTCTTTCCCTATTTACGACACCTTTTAAAACGATCGTCAAATTTGCTTCATATC +ACTTATATAATGCCGGTGCCCCTAATTCCCGCAGGTGGCAAGTGAGACGGCTGCCTCTAC +TTCCAGCAGCGCCATTTGAAGTCGGAAGCTGCATGGTTTTCGCATTTTTGCCACAATCAG 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