Mercurial > repos > jjohnson > bcftools_plugin_missing2ref

diff test-data/convert.vcf @ 0:ff65d6e0809b draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/bcftools commit 21c66fb27c7e2fd21c7f7607b3b29e77e64fb86d-dirty
author jjohnson
date Sat, 25 Jun 2016 20:51:04 -0400
parents
children
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/convert.vcf	Sat Jun 25 20:51:04 2016 -0400
@@ -0,0 +1,40 @@
+##fileformat=VCFv4.1
+##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="List of Phred-scaled genotype likelihoods">
+##FORMAT=<ID=GP,Number=G,Type=Float,Description="Estimated Genotype Probability">
+##contig=<ID=X,assembly=b37,length=155270560>
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	NA00001	NA00002	NA00003	NA00004	NA00005	NA00006	NA00007	NA00008	NA00009	NA00010
+X	2698560	.	G	A	102	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,21,177:1,0,0	0|0:0,30,206:1,0,0	0|0:0,21,177:1,0,0	0|0:0,15,132:1,0,0	0|0:0,9,90:1,0,0	0|0:0,15,114:1,0,0	0|0:0,15,118:1,0,0	0|0:0,15,133:1,0,0	0|0:0,15,144:1,0,0	0|0:0,24,191:1,0,0
+X	2698630	.	A	G	537	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,21,186:1,0,0	0|0:0,21,176:1,0,0	0|0:0,15,106:1,0,0	0|0:0,18,127:1,0,0	0|0:0,6,62:1,0,0	0|0:0,15,146:1,0,0	0|0:0,18,141:1,0,0	0|0:0,21,173:1,0,0	0|0:0,12,119:1,0,0	0|0:0,15,145:1,0,0
+X	2698758	.	CAA	C	999	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,6,16:0.8292,0.1708,0	0|1:0,0,0:0.0278,0.5743,0.3979	0|0:0,0,0:0.6336,0.3664,0	0|0:0,3,8:0.8611,0.1389,0	0|0:0,0,8:0.7628,0.2372,0	0|0:0,9,18:1,0,0	0|0:0,9,23:1,0,0	0|0:0,9,15:0.9855,0.0145,0	0|0:0,6,10:1,0,0	0|0:0,21,33:1,0,0
+X	2698769	.	AAG	A	999	.	.	GT:PL:GP	1|0:17,0,7:0.0069,0.9931,0	1|1:0,0,0:0.0004,0.0892,0.9104	0|1:17,3,0:0.0045,0.9954,0.0001	1|0:11,0,2:0.0085,0.9915,0	1|0:11,0,15:0.0003,0.9997,0	0|0:0,15,40:1,0,0	0|0:0,9,23:1,0,0	0|0:0,15,25:0.8474,0.1526,0	0|0:0,15,34:1,0,0	0|0:0,33,56:1,0,0
+X	2698770	.	AG	A,AAGG	999	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,12,103,12,103,103:0.925,0.0717,0,0.0033,0,0	0|1:0,3,21,3,21,21:0.4944,0.368,0.0018,0.1343,0.0013,0.0002	0|0:0,0,0,0,0,0:0.5458,0.4085,0,0.0457,0,0	0|0:0,3,36,3,36,36:0.8126,0.1758,0,0.0116,0,0	1|0:37,0,86,49,92,130:0,1,0,0,0,0	0|0:0,15,125,15,125,125:1,0,0,0,0,0	0|0:0,9,105,9,105,105:1,0,0,0,0,0	0|0:0,15,109,15,109,109:0.9964,0.0034,0,0.0002,0,0	0|0:0,15,137,15,137,137:1,0,0,0,0,0	0|0:0,33,215,33,215,215:1,0,0,0,0,0
+X	2698789	.	C	G	153	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,21,152:1,0,0	0|0:0,21,131:1,0,0	0|0:0,12,113:1,0,0	0|0:0,12,104:1,0,0	0|0:0,21,137:1,0,0	0|0:0,15,118:0.9999,0.0001,0	0|0:0,15,111:1,0,0	0|0:0,24,152:1,0,0	0|0:0,18,147:1,0,0	0|0:0,33,183:1,0,0
+X	2698822	.	A	C	85.2	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,21,167:1,0,0	0|0:0,21,171:1,0,0	0|0:0,21,158:1,0,0	0|0:0,18,154:1,0,0	0|0:0,15,135:1,0,0	0|0:0,15,132:1,0,0	0|0:0,21,168:1,0,0	0|0:0,21,175:1,0,0	0|0:0,15,142:1,0,0	0|0:0,21,172:1,0,0
+X	2698831	.	G	A	303	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,15,129:1,0,0	0|0:0,27,179:1,0,0	0|0:0,24,196:1,0,0	0|0:0,21,158:1,0,0	0|0:0,18,154:1,0,0	0|0:0,12,112:1,0,0	0|0:0,24,162:1,0,0	0|0:0,21,168:1,0,0	0|0:0,9,95:1,0,0	0|0:0,21,164:1,0,0
+X	2698889	.	T	C	74.4	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,27,193:1,0,0	0|0:0,45,255:1,0,0	0|0:0,21,190:1,0,0	0|0:0,36,254:1,0,0	0|0:0,30,226:1,0,0	0|0:0,36,253:1,0,0	0|0:0,18,156:1,0,0	0|0:0,9,87:1,0,0	0|0:0,9,98:1,0,0	0|0:0,24,205:1,0,0
+X	2698923	.	G	A	999	.	.	GT:PL:GP	1|0:62,0,133:0,1,0	0|1:164,0,91:0,1,0	0|1:35,0,73:0,1,0	1|0:91,0,108:0,1,0	1|0:67,0,71:0,1,0	0|0:0,30,187:1,0,0	0|0:0,9,73:1,0,0	0|0:0,12,99:1,0,0	0|0:0,18,153:1,0,0	0|0:0,18,138:1,0,0
+X	2698953	.	A	AGG	267	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,27,111:1,0,0	0|0:0,33,124:1,0,0	0|0:0,12,62:1,0,0	0|0:0,15,86:1,0,0	0|0:0,12,58:1,0,0	0|0:0,15,69:1,0,0	0|0:0,6,34:1,0,0	0|0:0,18,83:1,0,0	0|0:0,18,80:1,0,0	0|0:0,15,74:1,0,0
+X	2698954	.	G	A	999	.	.	GT:PL:GP	1|0:69,0,139:0,1,0	1|1:199,24,0:0,0,1	0|1:15,0,82:0,1,0	1|0:32,0,76:0,1,0	1|0:16,0,80:0,1,0	0|0:0,15,131:1,0,0	0|0:0,6,58:1,0,0	0|1:99,0,39:0,1,0	0|0:0,18,163:1,0,0	0|0:0,15,136:1,0,0
+X	2699002	.	C	A	65.1	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,18,144:1,0,0	0|0:0,12,115:1,0,0	.|.:0,12,120:1,0,0	0|0:0,15,131:1,0,0	0|0:0,6,29:1,0,0	0|0:0,9,95:1,0,0	0|0:0,9,79:1,0,0	0|0:0,24,188:1,0,0	0|0:0,15,124:1,0,0	0|0:0,9,93:1,0,0
+X	2699025	.	T	C	44.9	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,24,189:1,0,0	0|0:0,12,98:1,0,0	0|0:0,15,130:1,0,0	0|0:0,15,113:1,0,0	0|0:0,6,63:1,0,0	0|0:0,24,198:1,0,0	0|0:0,12,92:1,0,0	0|0:0,24,197:1,0,0	0|0:0,9,97:1,0,0	0|0:0,12,108:1,0,0
+X	2699091	.	G	A	45	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,18,162:1,0,0	0|0:0,21,153:1,0,0	0|0:0,12,101:1,0,0	0|0:0,12,97:1,0,0	0|0:0,24,188:1,0,0	0|0:0,24,194:1,0,0	0|0:0,15,127:1,0,0	0|0:0,21,169:1,0,0	0|0:0,15,129:1,0,0	0|0:0,21,171:1,0,0
+X	2699187	.	T	C	999	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,24,200:1,0,0	0|0:0,24,191:1,0,0	1|0:48,0,85:0,1,0	0|0:0,15,145:1,0,0	0|1:58,0,45:0,1,0	1|0:61,0,50:0,1,0	1|0:22,0,51:0,1,0	0|0:0,27,211:1,0,0	0|0:0,9,96:0.9999,0.0001,0	0/1:23,0,160:0,1,0
+X	2699188	.	G	C	999	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,24,194:1,0,0	0|0:0,24,167:1,0,0	1|0:48,0,78:0,1,0	0|0:0,15,131:1,0,0	0|1:63,0,40:0,1,0	1|0:50,0,44:0,1,0	1|0:22,0,48:0,1,0	0|0:0,27,212:1,0,0	0|0:0,9,87:0.9999,0.0001,0	0|1:23,0,154:0,1,0
+X	2699189	.	T	C	999	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,24,199:1,0,0	0|0:0,24,176:1,0,0	1|0:44,0,87:0,1,0	0|0:0,15,136:1,0,0	0|1:62,0,46:0,1,0	1|0:61,0,46:0,1,0	1|0:22,0,49:0,1,0	0|0:0,27,212:1,0,0	0|0:0,9,93:0.9999,0.0001,0	0|1:23,0,164:0,1,0
+X	2699217	.	C	T	60.3	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,18,158:1,0,0	0|0:0,18,119:1,0,0	0|0:0,21,152:1,0,0	0|0:0,21,162:1,0,0	0|0:0,12,102:1,0,0	0|0:0,18,144:1,0,0	0|0:0,12,108:1,0,0	0|0:0,18,146:1,0,0	0|0:0,12,98:1,0,0	0|0:0,18,155:1,0,0
+X	2699246	.	C	A	999	.	.	GT:PL:GP	1|0:128,0,15:0,0.9998,0.0002	1|1:147,21,0:0,0.0001,0.9999	0|1:130,0,5:0,0.9977,0.0023	1|1:237,33,0:0,0,1	1|0:45,0,75:0,1,0	0|1:145,0,49:0,1,0	0|0:0,15,109:1,0,0	0|1:13,0,63:0.0002,0.9998,0	0|0:0,30,178:0.9953,0.0047,0	1|0:120,0,57:0,1,0
+X	2699275	.	T	G	999	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,18,165:0.9998,0.0002,0	0|0:0,18,152:1,0,0	1|0:0,9,95:0.0023,0.9977,0	0|0:0,33,239:1,0,0	0|1:125,0,40:0,1,0	1|1:205,27,0:0,0,1	1|0:69,0,43:0,1,0	0|0:0,15,139:1,0,0	0|0:0,30,219:1,0,0	0|1:96,0,54:0,1,0
+X	2699350	.	A	T	999	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,27,206:1,0,0	0|0:0,15,139:1,0,0	1|0:54,0,25:0,1,0	0|0:0,12,117:0.9996,0.0004,0	0|1:79,0,73:0,1,0	1|0:48,0,82:0,1,0	1|0:68,0,45:0,1,0	0|0:0,30,216:1,0,0	0|0:0,27,224:1,0,0	0|1:48,0,80:0,1,0
+X	2699360	.	T	C	999	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,21,184:1,0,0	0|0:0,15,133:1,0,0	1|0:53,0,21:0,1,0	0|0:0,12,114:0.9996,0.0004,0	0|1:20,0,66:0,1,0	1|0:40,0,93:0,1,0	1|0:52,0,66:0,1,0	0|0:0,30,220:1,0,0	0|0:0,21,191:1,0,0	0|1:20,0,83:0,1,0
+X	2699450	.	A	C	999	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,12,124:1,0,0	0|0:0,6,55:0.9976,0.0024,0	1|0:99,0,42:0,1,0	0|0:0,21,186:0.9999,0.0001,0	0|1:64,0,100:0,1,0	1|0:38,0,177:0,1,0	1|0:16,0,103:0,1,0	0|0:0,24,202:1,0,0	0|0:0,12,119:1,0,0	0|1:75,0,115:0,1,0
+X	2699507	.	T	C	195	.	.	GT:PL:GP	0|0:0,15,133:1,0,0	0|0:0,12,122:1,0,0	0|0:0,6,60:1,0,0	0|0:0,18,123:1,0,0	0|0:0,15,145:1,0,0	0|0:0,21,173:1,0,0	0|0:0,21,178:1,0,0	0|0:0,24,200:1,0,0	0|0:0,12,125:1,0,0	0|0:0,24,189:1,0,0
+X	2699555	.	C	A	999	.	.	GT:PL:GP	0:0,156:1,0	1:58,19:0,1	1:51,0:0,1	0:0,91:1,0	1:89,0:0,1	1|1:132,15,0:0,0,1	1|0:99,0,68:0,1,0	0|1:101,0,101:0,1,0	0|0:0,18,161:0.9998,0.0002,0	0|1:118,0,72:0,1,0
+X	2699645	.	G	T	999	.	.	GT:PL:GP	0:0,95:1,0	1:49,0:0,1	0:0,58:1,0	0:0,64:1,0	0:0,113:1,0	0|0:0,18,158:1,0,0	0|0:0,18,146:1,0,0	0|1:68,0,136:0,1,0	0|0:0,30,210:1,0,0	0|0:0,27,186:1,0,0
+X	2699676	.	G	A	999	.	.	GT:PL:GP	0:0,84:1,0	0:0,87:1,0	1:35,0:0,1	0:0,28:1,0	1:114,0:0,1	1|0:99,0,72:0,1,0	1|0:48,0,89:0,1,0	0|0:0,18,155:1,0,0	0|0:0,24,191:1,0,0	0|1:99,0,61:0,1,0
+X	2699728	.	C	T	69.7	.	.	GT:PL:GP	0:0,58:1,0	0:0,64:1,0	0:0,33:1,0	0:0,69:1,0	0:0,81:1,0	0|0:0,27,183:1,0,0	0|0:0,45,220:1,0,0	0|0:0,30,161:1,0,0	0|0:0,15,110:1,0,0	0|0:0,21,156:1,0,0
+X	2699775	.	C	A	71.1	.	.	GT:PL:GP	0:0,62:1,0	0:0,101:1,0	0:0,130:1,0	0:0,141:1,0	0:0,54:1,0	0|0:0,30,203:1,0,0	0|0:0,39,208:1,0,0	0|0:0,30,177:1,0,0	0|0:0,18,132:1,0,0	0|0:0,15,103:1,0,0
+X	2699898	.	C	CT	999	.	.	GT:PL:GP	0:0,32:1,0	0:0,11:1,0	1:11,0:0,1	0:0,11:1,0	1:31,0:0,1	1|0:11,0,24:0.0438,0.9562,0	1|0:8,0,17:0,1,0	0|0:0,33,72:1,0,0	0|0:0,27,69:1,0,0	0|1:11,4,12:0.0003,0.9997,0
+X	2699968	.	A	G	999	.	.	GT:PL:GP	.:0,84:1,0	0:0,32:1,0	0:0,57:1,0	1:131,0:0,1	0:0,66:1,0	0|1:89,0,44:0,1,0	0|0:0,18,157:1,0,0	0|0:0,45,255:1,0,0	0|1:75,0,109:0,1,0	1|0:98,0,62:0,1,0
+X	2699970	.	T	C	55.3	.	.	GT:PL:GP	0:0,68:1,0	0:0,34:1,0	0:0,32:1,0	0:0,162:1,0	0:0,63:1,0	0|0:0,15,149:1,0,0	0|0:0,21,181:1,0,0	0|0:0,45,255:1,0,0	0|0:0,27,207:1,0,0	0|0:0,24,196:1,0,0