# HG changeset patch
# User jcb-mpl
# Date 1619454501 0
# Node ID 03c9a3b5937727c980685b9c87d5212b30b7fb78

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diff -r 000000000000 -r 03c9a3b59377 2018_07_mz_hdf5_to_dat.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/2018_07_mz_hdf5_to_dat.xml	Mon Apr 26 16:28:21 2021 +0000
@@ -0,0 +1,114 @@
+<tool id="2021_05_hdf5_to_dat" name="MS .h5 -> MS .dat " version="0.0.1">
+
+<description> from an Orbitrap MS  </description>
+ 
+
+<requirements>
+    <requirement type="package" >scilab</requirement>
+  </requirements>
+
+
+<stdio>
+    <exit_code range="1:" level="fatal" />
+</stdio>
+
+
+<command> <![CDATA[
+   if [ -d $__root_dir__/packages/scilab-6.1.0 ]; then $__root_dir__/packages/scilab-6.1.0/bin/scilab-cli -nb -quit -f $* < ${script_file}; else scilab-cli -nb -quit -f $* < ${script_file}; fi
+]]>
+</command>
+
+
+  <configfiles>
+    <configfile name="script_file">
+        <![CDATA[ exec("$__tool_directory__/src/mz_hdf5tosci.sci",-1); ...
+        if ~isdef('pls') then ...
+           atomsSystemUpdate(); ...
+           atomsInstall('FACT'); ...
+           atomsLoad('FACT'); ...
+        end; ...
+        lasterror(); ...
+        res=mz_hdf5tosci("${filein}"); ...
+        save("${res}",'res'); ...
+        if ~isempty(lasterror(%f)) then ...
+        write(0,lasterror()); ...
+        end ]]>
+    </configfile>
+  </configfiles>
+
+
+  <inputs>
+     <param name="filein"       format="h5"                type="data"      label="Mass spectrum, .h5 format"    />
+  </inputs>
+  
+
+  <outputs>
+      
+      <data name="res"      format="mat"             label="${filein.name}.dat"  />
+    
+  </outputs>
+ 
+ 
+  <tests>
+    <test>
+       <param name="filein" value="VI2016_AC_4Areduit_1.h5"/>
+       <output name="res"   file="VI2016_AC_4Areduit_1.dat" compare="sim_size" delta="500" />
+    </test>
+  </tests>
+
+ <help>
+
+
+**Author**  Jean-Claude Boulet (INRAE).
+
+
+---------------------------------------------------
+
+=================
+MS .h5 -> MS .dat
+=================
+
+-----------
+Description
+-----------
+
+This function converts an Orbitrap HDF5 mass spectrum into a Scilab mass spectrum
+
+-----
+Input
+-----
+
+**an .h5 hrms**
+
+Previously, Orbitrap devices yielded .raw files.
+
+MSconvert selected MS1 and performed the conversion .raw -> .md5 
+
+Then HDF5View performed the conversion .md5 -> .h5 
+which is the format of the input file.
+
+
+-------
+Outputs
+-------
+
+**a .dat mass spectrum**
+
+This is an HDF5 file whose structure is specific to Scilab.
+
+It contains two fields:
+
+- time: the retention times, a vector;
+
+- mzdata: a list containing a MS1 spectrum (m/z + signals) for each retention time.
+
+
+</help>
+
+<citations> 
+
+</citations>
+
+
+
+</tool>
diff -r 000000000000 -r 03c9a3b59377 src/mz_1_correct_time.sci
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/src/mz_1_correct_time.sci	Mon Apr 26 16:28:21 2021 +0000
@@ -0,0 +1,24 @@
+function xout=mz_1_correct_time(xin,pas)
+    
+    // entrée:  xin.time
+    //          xin.mzdata
+    // sortie:  xout.time
+    //          xout.mzdata
+    // but: corriger le dernier point d'acquision qui est la somme de touts les RT avec Orbitrap 
+    
+    // pas: pour ne pas garder tous les temps               // modifie le 23avril19
+    
+    n=max(size(xin.time));
+    
+    indexes=[1:pas:n-1]; 
+    
+    n_i=max(size(indexes));
+    
+    xout.time=xin.time(indexes);
+    xout.mzdata=list();
+    for i=1:n_i;
+        xout.mzdata(i)=xin.mzdata(indexes(i));
+    end
+
+
+endfunction
diff -r 000000000000 -r 03c9a3b59377 src/mz_1_read_txt.sci
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/src/mz_1_read_txt.sci	Mon Apr 26 16:28:21 2021 +0000
@@ -0,0 +1,120 @@
+function [res]= mz_1_read_txt(xfichier, pas )
+    
+     // lecture d'un fichier texte, obtenu par exportation d'un fichier .mzML 
+
+     // xfichier: le nom du fichier texte  ex: xfichier -> '151123-vinrose_acet3%_T5h_cpl-pos.txt'
+     // pas:      le pas d'acquisition des données: pas=10 -> 1/10, pas = 1 -> 1/1 = toutes 
+     //           pas est un multiple de 10  
+     // res:      une structure 
+     
+     // ex: res=mz_read_txt('151123-vinrose_acet3%_T5h_cpl-pos.txt',2);
+    
+     // compatibilité version 5.5.2 et 6.0.0
+     version=getversion();
+     version=strsplit(version,'-');
+     version=version(2);
+     version=part(version,1);
+     version=strtod(version);
+     if version < 6 then
+         stacksize('max')
+     end
+
+     // pas par défaut: pas =1 / on garde toutes les données
+     if argn(2)==1 then
+         pas=1;
+     end
+
+     // ouverture du fichier:
+     id=mopen(xfichier,'rt');
+     
+     // initialisation:
+     i=1;
+     x_out=list();
+     x_masses=[];
+     x_time=[];
+     end_file=0;
+     list_index=1;
+
+     // début de la boucle while, pour collecter les données de masse
+     while end_file==0;
+ 
+         line=mgetl(id,1);
+         line=stripblanks(line)  //enlève les blancs de début et fin, pas les blancs intermédiaires
+         
+         if meof(id)==0 & line~=[] then      // on continue... 
+             
+             // temps départ de l'acquisition: 
+             if regexp(line,'/scan start time/')~=[] then 
+                 [a]=strsplit(line,',');
+                 time=strtod(a(2));         
+             end 
+
+             // arrêt de boucle à la fin des spectres de masse:
+             if (i<=10*pas) | (x_time($-1)<x_time($))  then   // 10*pas pour avoir des valeurs dans x_time 
+
+                // extraction des données: 
+                if regexp(line,'/binary:/')~=[]   then 
+                   
+                    a=strsplit(line,']');
+                    xtemp=stripblanks(a(2));     // extrait les données (1 x 1) et enlève les blancs de début et de fin 
+                    xtemp=strsplit(xtemp,' ');   // met xtemp sous forme d'un vecteur vectical de chaines de caractères 
+                    xtemp=strtod(xtemp);         // mise en alpha-numérique 
+                    
+                    xtemp=xtemp(isnan(xtemp)==%F);  // suppression des nan rajoutés accidentellement en fin de fichier xtemp, 16mars17
+                    
+                    if x_masses==[] then  
+                        x_masses=xtemp;       
+                    else
+                        if size(x_masses,1)==size(xtemp,1) then
+                            x_masses=[x_masses xtemp];
+                        else
+                            disp('erreur de dimensions ligne 73 de mz_read_txt' )
+                            disp(size(x_masses),'size(x_masses)=')
+                            disp(size(xtemp),'size(x_temp)=')
+                            pause
+                            clear x_masses
+                        end
+
+                    end
+                end
+  
+    
+                // sélection d'un spectre de masse et d'une unité de temps par unité de pas: 
+                if size(x_masses,2)==2 then 
+                    if floor(i/pas)==ceil(i/pas) then // on en garde 1/pas 
+                        if x_time==[] then
+                            x_time=time;
+                        else
+                            x_time=[x_time;time];
+                        end
+                        x_out(list_index)=x_masses;
+                        //disp(size(x_out(list_index)),'size(x_out(list_index))=')    
+                        list_index=list_index+1;
+                    end
+                    //disp(i,'i=')
+                    //disp(list_index,'list_index=')
+                    x_masses=[];
+                    i=i+1;
+                end
+             else  // ligne 53
+                end_file=1;
+             end  // ligne 53
+         
+         else  // ligne 44 
+             //end_file=meof(id)    // on arrête la boucle while 
+             end_file=1;
+         end  // ligne 44
+
+     end  // ligne 39
+    
+     mclose(id)
+     
+     res.time=x_time;
+     if size(res.time,1)==1 then
+         res.time=res.time';
+     end
+     res.mzdata=x_out;
+     
+    
+    
+endfunction
diff -r 000000000000 -r 03c9a3b59377 src/mz_1_read_txt_ms1_ms2.sci
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/src/mz_1_read_txt_ms1_ms2.sci	Mon Apr 26 16:28:21 2021 +0000
@@ -0,0 +1,144 @@
+function [res]= mz_1_read_txt_ms1_ms2(xfichier, ms_level)
+    
+     // lecture d'un fichier texte, obtenu par exportation d'un fichier .mzML 
+
+     // xfichier: le nom du fichier texte  ex: xfichier -> '151123-vinrose_acet3%_T5h_cpl-pos.txt'
+     // ms_level: 1 (MS1) ou 2 (MS2)
+
+     // res:      une structure 
+     
+     // ex: res=mz_read_txt('151123-vinrose_acet3%_T5h_cpl-pos.txt',2);
+    
+
+
+     
+     // initialisation:
+     i=1;
+     x_out=list();
+     x_masses=[];
+     x_time=[];
+     x_selected_ion=[];
+     x_signal_sel_ion=[];
+     
+     end_file=0;
+     list_index=1;
+     flag2=1;
+     
+
+     mclose('all')   // si fichier resté ouvert lorsd'une session précédente      
+     
+     // ouverture du fichier:
+     id=mopen(xfichier,'rt');
+     
+     // début de la boucle while, pour collecter les données de masse  
+     while meof(id)==0 & flag2==1;
+        line=mgetl(id,1);
+        line=stripblanks(line)  //enlève les blancs de début et fin, pas les blancs intermédiaires
+         
+        if line~=[] & flag2==1 then      // on étudie la ligne 
+            
+            if grep(line,'chromatogramList')~=[] | grep(line,'electromagnetic')~=[] |   grep(line,'TIC')~=[]  then    // 7nov20: on a fini le MS2 - on arrête là 
+               flag=0;
+               flag2=0;
+            end 
+             
+            if regexp(line,'/ms level/')~=[] & flag2==1 then   // on identifie un nouveau spectre 
+                 
+                [a]=strsplit(line,',');
+                mslevel=strtod(a(2));  
+             
+                if mslevel==ms_level then;   // on va garder ce spectre 
+                         
+                    // initialisation des sorties
+                    time=-1;
+                    selected_ion=-1;
+                    signal_sel_ion=-1;
+                    x_masses=[];
+                     
+                    flag=1;
+                    while flag==1 & flag2==1;     //23nov
+                        line=mgetl(id,1);
+                        line=stripblanks(line); 
+                        if line ~=[] then 
+                                 
+                            if flag~=0 & flag2~=0 then  
+                                if regexp(line,'/scan start time/')~=[] then 
+                                    a=strsplit(line,',');
+                                    time=strtod(a(2));         
+                                end 
+                                if regexp(line,'/selected ion/')~=[] then 
+                                    a=strsplit(line,',');
+                                    selected_ion=strtod(a(2));         
+                                end 
+                                if regexp(line,'/peak intensity/')~=[] then 
+                                    a=strsplit(line,',');
+                                    signal_sel_ion=strtod(a(2));         
+                                end 
+
+                                // extraction des données: 
+                                if regexp(line,'/binary:/')~=[]   then 
+                                    a=strsplit(line,']');
+                                    xtemp=stripblanks(a(2));     // extrait les données (1 x 1) et enlève les blancs de début et de fin 
+                                    xtemp=strsplit(xtemp,' ');   // met xtemp sous forme d'un vecteur vectical de chaines de caractères 
+                                    xtemp=strtod(xtemp);         // mise en alpha-numérique 
+                                    xtemp=xtemp(isnan(xtemp)==%F);  // suppression des nan rajoutés accidentellement en fin de fichier xtemp, 16mars17
+                                    // le fichier x_masses doit contenir 2 colonnes: m/z et signal 
+                                    if x_masses==[] then  
+                                        x_masses=xtemp;       
+                                    else
+                                        if size(x_masses,1)==size(xtemp,1) then
+                                            x_masses=[x_masses xtemp];
+                                        else
+                                            ('erreur de dimensions ligne 78 de mz_read_txt' )
+                                            (size(x_masses),'size(x_masses)=')
+                                            (size(xtemp),'size(x_temp)=')
+                                        end
+                                    end
+                                end
+  
+                                if regexp(line,'/defaultArrayLength/')~=[] then  // on passe au spectre suivant 
+                                    if size(x_masses,2)==2 then 
+                                        if x_time==[] then
+                                            x_time=time;
+                                            if ms_level==2 then
+                                                x_selected_ion=selected_ion;
+                                                x_signal_sel_ion=signal_sel_ion;
+                                            end
+                                        else
+                                            x_time=[x_time;time];
+                                            if ms_level==2 then
+                                                x_selected_ion=[x_selected_ion;selected_ion];
+                                                x_signal_sel_ion=[x_signal_sel_ion;signal_sel_ion];
+                                            end
+                                        end;
+                                        x_out(list_index)=x_masses;
+                                        list_index=list_index+1;
+                                    else
+                                        error('error in the dimension of x_masses')
+                                    end    
+                                    flag=0;  // on a fini pour ce spectre    
+                                end
+                            end
+                        end
+                    end              
+                end
+            end
+        end
+    end
+
+    
+    mclose(id)
+     
+    res.time=x_time;
+     if size(res.time,1)==1 then
+         res.time=res.time';
+     end
+     res.mzdata=x_out;
+     if ms_level==2 then
+         res.mz_targetted=x_selected_ion;
+         res.mz_targetted_signal=x_signal_sel_ion;
+     end
+     
+    
+    
+endfunction
diff -r 000000000000 -r 03c9a3b59377 src/mz_hdf5nantestosci.sci
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/src/mz_hdf5nantestosci.sci	Mon Apr 26 16:28:21 2021 +0000
@@ -0,0 +1,101 @@
+function x_mz=mz_hdf5nantestosci(file_in,cvparam_txt,max_scans)
+    
+    // entrees: -------------------------
+    // file_in: un fichier au format md5 (HDF5) du format de BIBS-Nantes
+    //      rappel: mzxml de Nantes -> md5 avec msconvert 
+    // cvparam_txt: l'export en txt de CVParam avec HDFView; un fichier texte
+    // max_scans: valeur introduite pour accelerer la fonction de test
+    
+    // sorties: ---------------------------
+    // x_mz: une variable avec deux champs:
+    // x_mz.time
+    // x_mz.mzdata une liste dont chaque élément est un vecteur de 2 colonnes: m/z et intensités de signal
+    
+    // JCB 2 aout18
+    
+    
+    
+    // lecture du fichier HDF5 ----------------------------------
+    a=h5open(file_in,'a');
+    //h5dump(a.root.CVParam)  
+    //spectrum_time=h5read(a, "/CVParam",[1 22],[1 1]);    
+    spectrum_intensity=h5read(a.root.SpectrumIntensity);  // intensite du signal; un vecteur (1 x 4E08)
+    spectrum_mz=h5read(a.root.SpectrumMZ);                // m/z; un vecteur (1 x 4E08)
+    spectrum_index=h5read(a.root.SpectrumIndex);          // index d'identification des spectres 
+                                                          // dans les variables précédentes
+                                                          // ex: 112166 227841 -> 1° spectre de 1 à 112166
+                                                          //                      2° spectre de 112167 à 227841
+                                                          //                      etc  
+    h5close(a)
+     
+    if argn(2)<3 then
+        nbr_scans=max(size(spectrum_index));
+    else
+        nbr_scans=max_scans;
+    end
+ 
+    // 1- reconstruction du spectre --------------------------------------------
+    time=spectrum_index(1:nbr_scans);
+    mzdata=list();
+    
+    for i=1:nbr_scans;
+        if i==1 then 
+            plage_i=[1,double(spectrum_index(i))];
+        else 
+            plage_i=[double(spectrum_index(i-1))+1,double(spectrum_index(i))];
+        end
+        
+        // 2- extraction et reconstruction des m/z
+        // dans le fichier HDF5, ne sont enregistrées que les différences de m/z entre 2 mesures
+        mz_i=spectrum_mz(plage_i(1):plage_i(2));
+        
+        n=size(mz_i,2);
+        mz_i2=zeros(1,n);
+        
+        mz_i2(1)=mz_i(1);
+        for j=2:n;
+            mz_i2(j)=mz_i2(j-1)+mz_i(j);
+        end
+        
+        // 3- extraction des signaux
+        sig_i=spectrum_intensity(plage_i(1):plage_i(2));
+
+        // regroupement des m/z et signaux
+        sp_i=[mz_i2;sig_i];
+        
+        mzdata(i)=sp_i';
+
+        
+    end
+    
+    
+    // 2- Reconstruction des temps de retention --------------------------------
+
+    // lecture du fichier
+    a=mopen(cvparam_txt);
+    txt=mgetl(a)
+    mclose(a)
+
+    // tri des lignes + extraction des RT
+    n=size(txt,1);
+    x_rt=[];
+  
+    for i=1:n;
+                x_temp=strsplit(txt(i,:),'	18');        // valeur 18 trouvee avec tab avant
+                if max(size(x_temp))>1 then
+                    x_temp2=stripblanks(x_temp(1));
+                    x_temp2=strtod(x_temp2);
+                    if x_rt==[] then
+                        x_rt=x_temp2;
+                    else
+                        x_rt=[x_rt;x_temp2];
+                    end
+                end
+    end
+
+    // 3- prepaaration de la sortie --------------------------------------------
+    x_mz.time=x_rt';
+    x_mz.mzdata=mzdata;
+    
+    
+endfunction
diff -r 000000000000 -r 03c9a3b59377 src/mz_hdf5tosci.sci
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/src/mz_hdf5tosci.sci	Mon Apr 26 16:28:21 2021 +0000
@@ -0,0 +1,103 @@
+function x_mz=mz_hdf5tosci(file_in,max_scans)
+    
+    // entrees: -------------------------
+    // file_in: un fichier au format HDF5 
+    // max_scans: valeur introduite pour accelerer la fonction de test
+    
+    // sorties: ---------------------------
+    // x_mz: une variable avec deux champs:
+    // x_mz.time
+    // x_mz.mzdata une liste dont chaque élément est un vecteur de 2 colonnes: m/z et intensités de signal
+    
+    // JCB 2 aout18
+    
+    h5close()
+    
+    // lecture du fichier HDF5 ----------------------------------
+    a=h5open(file_in,'r','stdio');  // que lecture   6jan20:stdio 
+    //pause
+    spectrum_chromatogram_index=h5read(a.root.ChromatogramIndex);
+    spectrum_chromatogram_index=spectrum_chromatogram_index(1);    // une valeur 
+    spectrum_time=h5read(a.root.ChomatogramTime);
+    spectrum_intensity=h5read(a.root.SpectrumIntensity);
+    spectrum_mz=h5read(a.root.SpectrumMZ);
+    spectrum_index=h5read(a.root.SpectrumIndex);                    
+    //spectrum_index=spectrum_index(1:spectrum_chromatogram_index); 
+    h5close(a)
+    
+    // reconstruction du spectre -----------------
+    if argn(2)<2 then
+        nbr_scans=max(size(spectrum_index));
+    else
+        nbr_scans=max_scans;
+    end
+
+ 
+    // 1- extraction du temps
+    //25juin20
+    time=spectrum_time;   
+    if size(time,1)==1 then
+        time=time';
+    end
+    //pas=(spectrum_time($)-spectrum_time(1))/(nbr_scans-1);
+    //time=[spectrum_time(1):pas:spectrum_time($)+pas]; // rajout de 1 par securite pour être sur d'arriver a nbr_scans 
+    //time=time(1:nbr_scans);    // nbr exact de RT 
+
+    mzdata=list();
+    
+    //disp(nbr_scans,'nbr_scans=')
+    
+    for i=1:nbr_scans;
+        if i==1 then 
+            plage_i=[1,double(spectrum_index(i))];
+        else 
+            plage_i=[double(spectrum_index(i-1))+1,double(spectrum_index(i))];
+        end
+        //disp(plage_i,'plage_i=')
+        // 2- extraction et reconstruction des m/z
+        // dans le fichier HDF5, ne sont enregistrées que les différences de m/z entre 2 mesures
+        mz_i=spectrum_mz(plage_i(1):plage_i(2));
+        
+        n=size(mz_i,2);
+        mz_i2=zeros(1,n);
+        
+        mz_i2(1)=mz_i(1);
+        for j=2:n;
+            mz_i2(j)=mz_i2(j-1)+mz_i(j);
+        end
+        
+        // 3- extraction des signaux
+        sig_i=spectrum_intensity(plage_i(1):plage_i(2));
+
+        // regroupement des m/z et signaux
+        sp_i=[mz_i2;sig_i];
+        
+        mzdata(i)=sp_i';
+       
+        
+    end
+    
+    // verif. que time est un vecteur colonne
+    if size(time,2)>1 then
+        time=time';
+    end
+    
+
+    // amelioration de la coherence des donnees 
+    index=time(2:$)-time(1:$-1);
+    index2=find(index<0);
+    if index2 ~=[] then
+        index3=min(index2); 
+    else;
+        index3=max(size(time));
+    end
+    
+    x_mz.time=time(1:index3);
+    mzdata2=list();
+    for i=1:min(index3,size(mzdata));             
+        mzdata2(i)=mzdata(i);
+    end
+    x_mz.mzdata=mzdata2;
+    
+    
+endfunction
diff -r 000000000000 -r 03c9a3b59377 src/mz_sci2hdf5.sci
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/src/mz_sci2hdf5.sci	Mon Apr 26 16:28:21 2021 +0000
@@ -0,0 +1,54 @@
+function res_out=mz_sci2hdf5(res,h5name)
+    
+    // entrees: -------------------------
+    // res: une structure avec les champs .time et .mzdata 
+
+    // sorties:
+    // newname2: le nom du fichier de sortie, au format .h5
+    // avec les champs:
+    // 		ChromatogramIndex
+    //  	ChomatogramTime
+    //  	SpectrumIntensity
+    //		SpectrumMZ
+    // 		SpectrumIndex
+    
+    // preparer les donnes .dat au format .h5
+    // load(filedat_in)                        // donne res.time et res.bary
+    
+    n=length(res.time); 
+    
+    ChromatogramIndex=n; 
+    
+    ChomatogramTime=res.time;
+    
+    SpectrumIntensity=[];
+    SpectrumMZ=[];
+    SpectrumIndex=[]; 
+    
+    for i=1:n;
+        mz_i=res.mzdata(i);                 // une matrice de 2 colonnes 
+        diff_i=mz_i(2:$,1)-mz_i(1:$-1,1);
+        if i==1 then 
+            SpectrumIntensity=mz_i(:,2);
+            SpectrumMZ=[mz_i(1,1); diff_i];
+            SpectrumIndex=size(mz_i,1);
+        else
+            SpectrumIntensity=[SpectrumIntensity; mz_i(:,2)];
+            SpectrumMZ=[SpectrumMZ; mz_i(1,1); diff_i];
+            SpectrumIndex=[SpectrumIndex;SpectrumIndex($)+size(mz_i,1)];
+        end
+    end
+    
+    // on a reconstitue les champs au format h5 
+    
+    b=h5open(h5name,"w"); 
+    h5write(b,"ChromatogramIndex",ChromatogramIndex);
+    h5write(b,"ChomatogramTime",ChomatogramTime');
+    h5write(b,"SpectrumIntensity",SpectrumIntensity');
+    h5write(b,"SpectrumMZ",SpectrumMZ');
+    h5write(b,"SpectrumIndex",SpectrumIndex');
+    h5close(b)
+    
+    res_out=1;
+    
+endfunction
diff -r 000000000000 -r 03c9a3b59377 test-data/._.DS_Store
Binary file test-data/._.DS_Store has changed
diff -r 000000000000 -r 03c9a3b59377 test-data/VI2016_AC_4Areduit_1.dat
Binary file test-data/VI2016_AC_4Areduit_1.dat has changed
diff -r 000000000000 -r 03c9a3b59377 test-data/VI2016_AC_4Areduit_1.h5
Binary file test-data/VI2016_AC_4Areduit_1.h5 has changed
diff -r 000000000000 -r 03c9a3b59377 test-data/VI2016_AC_4Areduit_2.h5
Binary file test-data/VI2016_AC_4Areduit_2.h5 has changed
diff -r 000000000000 -r 03c9a3b59377 test-data/VI2016_AC_4Areduit_3.h5
Binary file test-data/VI2016_AC_4Areduit_3.h5 has changed