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0
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1 function [peaks_list,peaks_detail,no_eic]=mz_8_peakpicking_dw(x_tr_mz3_trouves,list_mz,plage_tr,plage_min_tr,dw_max,signal_min,option_plot)
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3 // x_tr_mz3_trouves: un div (n x p)
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4 // list_mz: les n° des m/z à traiter; valeurs entre 1 et p
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5 // plage tr: une valeur; par defaut: +/- 0,2 minutes
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6 // plage_min_tr: une valeur; par defaut: 0,05
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7 // dw_max: une valeur entre 0 et 2; par défaut: 0.5
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8 // signal_min: une valeur; par défaut: 100000
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9 // option_plot: 1=figures; 0= non (par défaut)
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11 if argn(2)<7 then
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12 option_plot=0;
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13 end
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15 if argn(2)<6 then
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16 signal_min=100000;
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17 end
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19 if argn(2)<5 then
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20 dw_max=0.5;
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21 end
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22
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23 if argn(2)<4 then
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24 plage_min_tr=0.05;
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25 end
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26
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27 if argn(2)<3 then
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28 plage_tr=0.2;
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29 end
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32 no_eic=[];
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33
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34 n_mz=size(x_tr_mz3_trouves.d,2);
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35 list_mz_possible=[1:n_mz]';
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36 list_mz=list_mz_possible(list_mz); // pour accepter le $
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38 n=max(size(list_mz));
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39
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40 peaks_list.d=[];
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41 peaks_list.i=[];
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42 peaks_list.v=['TRmin';'TRmax';'TRmedian';'m/z';'signal'];
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44 peaks_detail=list();
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45 index_peaks_detail=1;
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47 // transformation de plage_tr (des valeurs de temps) en n_tr (un nbre de TR)
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48 ntemp=100; // pour ne pas commencer au début
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49 n_tr=0;
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50 val_tr=0;
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51
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52 while val_tr<=plage_tr;
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53 n_tr=n_tr+1;
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54 val_tr=strtod(x_tr_mz3_trouves.i(ntemp+n_tr))-strtod(x_tr_mz3_trouves.i(ntemp));
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55 end
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57 nbr_total_tr=size(x_tr_mz3_trouves.i,1);
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59 for i=1:n;
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60 xi=x_tr_mz3_trouves(:,list_mz(i));
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62 signal_max=max(xi.d) // 1 seule colonne
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64 index_selected=0*strtod((xi.i)); // un vecteur de 0 de même taille que xi.i
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66 while signal_max > signal_min;
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67 // identification de la plage du pic
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68 index=find(xi.d==signal_max & index_selected==0);
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69 index_min=max(1,index-n_tr);
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70 index_max=min(nbr_total_tr,index+n_tr);
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71 //ajustement du min pour ne pas retomber sur une zone deja selectionnee
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72 index_selected_min=index_selected(index_min);
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73 while index_selected_min>0;
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74 index_min=index_min+1;
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75 index_selected_min=index_selected(index_min);
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76 end
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77 //ajustement du max pour ne pas retomber sur une zone deja selectionnee
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78 index_selected_max=index_selected(index_max);
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79 while index_selected_max>0;
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80 index_max=index_max-1;
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81 index_selected_max=index_selected(index_max);
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82 end
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84 // options de tri: DW et plage_min_tr
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85 xi_sel=xi(index_min:index_max,:);
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87 if (strtod(xi.i(index_max))-strtod(xi.i(index_min)))> plage_min_tr then
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88
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89 dw=mz_6bis_durbin_watson(detrending(xi_sel')'); // car si ldb élevée et régulière: DW= faible
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91 if dw<dw_max then
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93 // calcul du signal de la plage
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94 vect_tr=[index_min:index_max]
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95 signal=sum(xi.d(vect_tr));
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96
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97 // enregistrement du resultat
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98 if peaks_list.d==[] then
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99 peaks_list.d=[strtod(xi.i(index_min)) strtod(xi.i(index_max)) strtod(xi.i(index)) strtod(xi.v) signal];
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100 peaks_list.i=i;
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101 else
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102 peaks_list.d=[peaks_list.d; [strtod(xi.i(index_min)) strtod(xi.i(index_max)) strtod(xi.i(index)) strtod(xi.v) signal]];
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103 peaks_list.i=[peaks_list.i;i];
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104 end
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105
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106 peaks_detail(index_peaks_detail)=xi([index_min:index_max],:);
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107 index_peaks_detail=index_peaks_detail+1;
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108
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109 // edition de figure (selon option)
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110 if option_plot==1 then
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111 figure;
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112 curves(xi([index_min:index_max],:));
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113 end
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115 // rajout des n° d'EICs de x_tr_mz3_trouves ou x_tr_mz4
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116 if no_eic==[] then
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117 no_eic=i;
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118 else
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119 no_eic=[no_eic;i];
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120 end
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121 end
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122
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123 end
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124 // neutralisation de la plage precedente
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125 index_selected(index_min:index_max)=1; // on supprime
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126 xi.d(index_min:index_max)=0;
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128 signal_max=max(xi.d);
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129 end
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130
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131 end
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133
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134 // préparation des sorties
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135 peaks_list=div(peaks_list);
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140 endfunction
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