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1 function [list_eic4_files,mz4_stats,mz3]=mz_4_extract_final_mz_v3(list_eic_files,delta_mz)
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4 // list_eic_files: une liste de fichiers
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5 // chaque fichier = (TR x mz); variable = x_tr_mz3
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6 // mz_uncertainty: l'incertitude sur les m/z utilisee pour calculer les matrices d'EICs; typiquement: 0,0024
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7 // mz3_stats: donne les moyennes min et max du même m/z obtenues sur les differents fichiers
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8 // et calcule l'intervalle pour reconstruire les matrices d'EICs
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9 // -------------------------------------------------------------------------
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11 // regrouper tous les m/z dans un seul fichier
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12 // colonne 1 = valeur de m/z
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13 // colonne 2 = code du fichier; 1 à 6 si 6 fichiers
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14 // colonne 3 = n° de ligne dans chaque fichier
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16 // ex de list_eic_files:
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17 // list_eic_files=[ 'ID1_EICs-raw.mat'; 'ID2_EICs-raw.mat';'ID3_EICs-raw.mat';'AC-ID1_EICs-raw.mat';'AC-ID2_EICs-raw.mat';'AC-ID3_EICs-raw.mat'];
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19 if argn(2)<2 then
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20 delta_mz=0.0024;
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21 end
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22
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23 n_files=max(size(list_eic_files));
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25 mzs=[]; // mzs=compilation de tous les mz
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27 for i=1:n_files;
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28 x_tr_mz3=list_eic_files(i);
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30 list_mz=strtod(x_tr_mz3.v);
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31 n=size(list_mz,1);
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32 if i==1 then
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33 mzs=[list_mz ones(n,1) [1:n]' ];
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34 else
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35 mzs=[mzs; [list_mz i*ones(n,1) [1:n]']];
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36 end
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37 end
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39 // tri selon des valeurs croissantes
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40 [nul, index]=gsort(mzs(:,1),'g','i');
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41 mzs=mzs(index,:);
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43
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44 n=size(mzs,1);
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45 mz2=zeros(n,n_files,2); // 6 remplace par n_files échantillons 12dec19
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46 // 2 colonnes: mz et n° de pic
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48 // choix de l'incertitude
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49 // delta_mz=0.0024; OK
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50 // delta_mz=0.0012; essayé mais pas concluent: des m/z se trouvent décalés seuls sur une ligne
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51
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52 index=1;
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53 for i=1:n-1;
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54 if mzs(i+1,1)-mzs(i,1)>delta_mz | (mzs(i+1,1)-mzs(i,1)<= delta_mz & mz2(index,mzs(i+1,2),1)~=0 ) then
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55 index=index+1;
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56 end
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57 mz2(index,mzs(i+1,2),1)=mzs(i+1,1);
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58 mz2(index,mzs(i+1,2),2)=mzs(i+1,3);
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59 end
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60
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61 mz2=mz2(1:index,:,:); // 10683 m/z
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62 // visuellement: le fichier semble OK
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63
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64 // tri des plus intéressants : 3 dans un groupe au moins
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65
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66 // commente le 12dec19 => il faut retrouver dans toutes les répétitions
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67 tri=mz2(:,1,1);
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68 for k=2:n_files;
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69 tri=tri.*mz2(:,k,1);
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70 end
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71 // tri1=mz2(:,1,1).*mz2(:,2,1).*mz2(:,3,1);
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72 // tri2=mz2(:,4,1).*mz2(:,5,1).*mz2(:,6,1);
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73 // tri=tri1+tri2;
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75
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76 indice=find(tri >0);
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77 mz3.d=mz2(indice,:,:); // 8589 m/z
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78 // visuellement: semble OK
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80 // rajout des statistiques
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81 n=size(mz3.d,1);
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82 mz3_min_max=zeros(n,5);
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83 for i=1:n;
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84 xtemp=mz3.d(i,1:n_files,1);
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85 xtemp=matrix(xtemp,[n_files,1,1]);
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86 index=find(xtemp~=0);
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87 mztemp=xtemp(index);
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88 mean_temp=mean(mztemp);
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89
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90 n_temp=max(size(mztemp));
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91 std_temp=std(mztemp)*sqrt(n_temp/(n_temp-1));
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92 mz3_min_max(i,1)=min(xtemp(index));
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93 mz3_min_max(i,2)=max(xtemp(index));
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94 mz3_min_max(i,3)=mean_temp;
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95 mz3_min_max(i,4)=mean_temp - 2*std_temp;
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96 mz3_min_max(i,5)=mean_temp + 2*std_temp;
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97 end
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99 // mise en div:
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100 mz3.i=string(mz3_min_max(:,3));
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101 mz3.v.v1='file'+string([1:size(mz3.d,2)]');
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102 mz3.v.v2=['signal';'column'];
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103 //pause
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104 mz3=div(mz3);
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105
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106 mz3_stats.d=mz3_min_max;
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107 mz3_stats.i='M'+ string(mz3_min_max(:,3));
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108 mz3_stats.v=['mean min';'mean max';'mean mz';'mean -2std';'mean +2std'];
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109 mz3_stats=div(mz3_stats);
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112 // --------------------------------------------------------------------------
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113 // a ce stade on a :
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114 // mz3 = une liste de m/z commune et interessante (8589 x 6 x 2)
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115 // mean +/- 2std = la plage de recherche de ces m/z (8589 x 5)
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116 // il ne reste plus qu'a reconstruire les EICs avec ces plages de m/z
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117 // --------------------------------------------------------------------------
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120 list_eic4_files=list();
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122 for i=1:n_files;
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123
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124 no_colonnes=mz3.d(:,i,2);
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125 tri=find(no_colonnes~=0);
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126 colonnes_gardees=no_colonnes(tri);
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128 x_tr_mz3=list_eic_files(i);
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130 x_tr_mz4=x_tr_mz3(:,colonnes_gardees);
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131 x_tr_mz4.v=mz3_stats.i(tri);
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132 x_tr_mz4=div(x_tr_mz4);
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133
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134 list_eic4_files(i)=x_tr_mz4;
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135 end
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136
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137 mz4_stats=mz3_stats;
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138
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139 endfunction
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