diff src/mz_4_scan_mz_raw6.sci @ 0:245b2c2b3d75 draft

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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/src/mz_4_scan_mz_raw6.sci	Tue Apr 27 14:13:47 2021 +0000
@@ -0,0 +1,66 @@
+function mzall2=mz_4_scan_mz_raw6(mzall0,diff_mz_min,signal_thresh)
+    
+    // trie des valeurs de m/z 
+    
+    // mzall0: une matrice de 2 colonnes: (1) une liste des valeurs de m/z (2) les signaux associés
+    // diff_mz_min: un seuil en dessous duquel deux m/z proches sont regroupees; par défaut: 0,0005
+    // signal_thresh: un niveau minimum de signal total; par defaut: 30000
+    
+    // mzall2: une matrice de 2 colonnes avec m/z et signaux
+    
+    if argn(2)<3 then
+        signal_thresh=30000;
+    end
+    
+    if argn(2)<2 then
+        diff_mz_min=0.0005;
+    end
+    
+    
+    // 2° regroupement
+    mzall1=mzall0;
+    mzall2=mzall0;
+    
+    n=max(size(mzall1));
+    
+    signal_max=max(mzall1(:,2));
+    index=0;
+    flag=0;
+    
+    while (signal_max > signal_thresh) & (max(size(mzall1))>2) & flag==0 ;
+        //if index/10000==round(index/10000) then
+        //    disp(index,'index=')
+        //    disp(signal_max,'signal_max=')
+        //end //--------------------------------------
+                    
+        signal_max=max(mzall1(:,2));
+        index_max_n=find(mzall1(:,2)==signal_max);  // il peut y avoir plusieurs solutions!
+        n2=max(size(index_max_n));
+        for i=1:n2;
+            index_max=index_max_n(i);
+            indexes_plage=find( (mzall1(:,1)>mzall1(index_max,1)-diff_mz_min) & (mzall1(:,1)< mzall1(index_max,1)+diff_mz_min));
+            mzall2(indexes_plage,:)=0;
+            mzall2(index_max,:)=mzall1(index_max,:);
+            mzall1(indexes_plage,:)=0; 
+        end
+
+        tri=find(mzall2(:,1)~=0);
+
+        if tri==[] then 
+            flag=1;
+        else   
+            if index/100==round(index/100) then  // nettoyage periodique pour alleger les donnees
+                mzall1=mzall1(tri,:);
+                mzall2=mzall2(tri,:);
+            end
+        end
+        index=index+1;
+    end
+    
+    // suppression des valeurs nulles residuelles
+    tri=find(mzall2(:,1)~=0);
+    mzall2=mzall2(tri,:);
+    
+
+    
+endfunction