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1 function x_tr_mz2=mz_6_rescan_mz2(x_tr_mz,thresh)
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3 // 12juin19: cette fonction marche très bien!!
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4 // mais on essaie de l'améliorer avec mz_6_rescan3
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6 // cette fonction réalise des boucles sur la matrice EIC, en regroupant les EIC qui se rapprochent
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7 // stop quand sur 3 boucles successives on n'a pas regroupé plus de 5 EICs chaque fois
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8 // stop aussi quand on ne regroupe aucune EIC dans une boucle
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10 // thresh: des valeurs testées, pour chercher la valeur optimale
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11 // ex: thresh=0.001
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13 // normalement, cette fonction tourne rapidement, ~5 minutes 30jan20
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15 if argn(2)<3 then
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16 coeff_thresh=1;
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17 end;
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19 flag=0;
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21 // verif qu'on a bien un div
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22 if size(x_tr_mz.d,1)~=size(x_tr_mz.i,1) | size(x_tr_mz.d,2)~=size(x_tr_mz.v,1) then
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23 error('not a div, mz_6_rescan_mz2')
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24 end;
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27 n_tr=size(x_tr_mz.i,1);
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29 // verif. que les m/z de x_tr_mz sont ordonnes
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30 x_tr_mz_v=strtod(x_tr_mz.v);
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31 diff_i=x_tr_mz_v(2:$)-x_tr_mz_v(1:$-1); // verif. que les m/z sont en ordre croissant
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32 index=find(diff_i<0);
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33 if max(size(index))>0 then // pas ordonné -> il faut le faire
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34 [nul,tri0]=gsort(x_tr_mz_v,'g','i');
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35 x_tr_mz=x_tr_mz(:,tri0);
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36 x_tr_mz_v=x_tr_mz_v(tri0);
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37 end;
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40 while flag<2; // enleve inferieur 31jan20
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43 clear x_tr_mz2;
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45 flag=2*flag;
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47 x_tr_mz_v=strtod(x_tr_mz.v);
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48 x_sum=sum(x_tr_mz.d,'r')';
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49 n1=max(size(x_tr_mz.d,2));
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51 //disp('index2')
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53 for i=2:n1;
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54 if x_tr_mz_v(i)-x_tr_mz_v(i-1)<thresh then // avant le 27mai 17h30: <=1.01
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55 x_tr_mz_v(i-1)=x_tr_mz_v(i-1:i)'*x_sum(i-1:i) / (x_sum(i-1:i)'*ones(2,1)); // on repositionne la 1° valeur de m/z
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56 x_tr_mz_v(i)=0; // et on annule la 2° valeur de m/z
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57 x_tr_mz.d(:,i-1)=x_tr_mz.d(:,i-1)+x_tr_mz.d(:,i); // somme des signaux
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58 end;
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59 end;
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61 x_tr_mz.v=string(x_tr_mz_v); // on remet les nlles valeurs de m/z dans x_tr_mz
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64 //disp('index3')
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66 // tri
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67 tri=find(x_tr_mz_v~=0);
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69 // ligne suivante gardée: car elle ne prend que qq secondes avec x_tr_mz=3000x140000 30jan20
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70 x_tr_mz2=x_tr_mz(:,tri);
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73 //disp('index4')
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76 // verification des dimensions div
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77 if size(x_tr_mz2.d,1)~=size(x_tr_mz2.i,1) | size(x_tr_mz2.d,2)~=size(x_tr_mz2.v,1) then
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78 disp('error in dimensions, mz_6_rescan_mz2')
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79 end;
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81 //disp('index5')
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84 n2=size(x_tr_mz2.d,2);
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86 x_tr_mz=x_tr_mz2;
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88 if flag <= 2 then // la boucle peut continuer
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89 if abs(n1-n2)<=5 then
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90 if n1==n2 then
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91 flag=2; // stop immédiat -> sortie de la fonction
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92 else
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93 flag=1; // pour bloquer à la boucle suivante
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94 end
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95 end
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96 end
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98 end
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102 endfunction
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