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1 function [xout,calculs_stats_tr_mz]=mz_5_tr_matrix6bis(xbary,allmz,thresh,signal_thresh)
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3 // entrées:------------
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5 // xbary: une structure de type barycentrique avec les champs x.time et x.mzdata
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6 // all_mz: les valeurs de m/z identifiées avec mz_scan_mz_raw2; une matrice de deux colonnes, m/z et signaux
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7 // thresh: le seuil de regroupement, ex: 0,0024
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8 // signal_thresh: un seuil mini de signal, ex: 30000
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10 // xout: une matrice de type (TR x m/z)
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11 // xout.d: une matrice contenant les TR en ligne et les valeurs m/z en colonne
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12 // xout.i: les valeurs de TR
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13 // xout.v: les valeurs de m/z
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14 // calculs_stats_tr_mz: une matrice avec nbre lignes=nbre m/z et 7 colonnes contenant differents calculs, pour des statistiques ulterieures
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15 // une matrice avec les m/z en ligne et 7 colonnes:
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16 // nbre de TR / somme des TR / somme des TR**2 / somme des mz / somme des mz**2 / somme des mz*signal / somme des signaux
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19 // application d'un filtre sur le niveau minimum de signal
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20 tri=find(allmz(:,2)>signal_thresh);
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21 all_mz=allmz(tri,1);
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24 n=max(size(xbary.time)); // nombre de TR
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25 n_mz=max(size(all_mz)); // nombre de m/z
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27 // initialisation de xout:
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28 xout=div(0);
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29 xout.d=zeros(n,n_mz);
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30 xout.i=string(xbary.time);
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31 xout.v=string(all_mz);
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33 // initialisation de calcul_stats_tr_mz:
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34 calculs_stats_tr_mz=zeros(n_mz,7);
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36 //calcul_stats_tr_mz contient: 1=n; 2=somme des tr; 3=somme des carres des tri; 4=somme des m/z; 5=somme des carrés des mzi;
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37 // 6=somme des m/z*signaux; 7=somme des signaux
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40 // remplissage de xout et de calculs_stats_tr_mz:
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41 for i=1:n;
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42 //xi=xbary.mzdata(i);
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43 xbaryi=xbary.mzdata(i); //tous m/z remplacés par leurs barycentres avec mz_barycenter_adjust
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44 n_xi=size(xbaryi,1); // nbre de m/z
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45 for j=1:n_xi;
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46 abs_differ=abs(all_mz-xbaryi(j,1));
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47 if min(abs_differ)<thresh then // 18avril18 on ne remplit que si différence faible
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48 indice=find(abs_differ==min(abs_differ));
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49 imax=max(size(indice));
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50 for k=1:imax; //9jan20 boucle rajoutee car il peut y avoir 2 solutions
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51 // remplissage de xout:
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52 xout.d(i,indice(k))=xout.d(i,indice(k))+ xbaryi(j,2); //26juil; possibilité de rajouter 2 valeurs dans 1 case
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53 // remplissage de calculs_stats_tr_mz:
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54 calculs_stats_tr_mz(indice(k),1)=calculs_stats_tr_mz(indice(k),1)+ 1; // rajout de +1
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55 calculs_stats_tr_mz(indice(k),2)=calculs_stats_tr_mz(indice(k),2)+ xbary.time(i); // rajout de TR
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56 calculs_stats_tr_mz(indice(k),3)=calculs_stats_tr_mz(indice(k),3)+ xbary.time(i)**2; // rajout de TR**2
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57 calculs_stats_tr_mz(indice(k),4)=calculs_stats_tr_mz(indice(k),4)+ xbaryi(j,1); // somme des m/z
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58 calculs_stats_tr_mz(indice(k),5)=calculs_stats_tr_mz(indice(k),5)+ xbaryi(j,1)**2; // somme des m/z**2
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59 calculs_stats_tr_mz(indice(k),6)=calculs_stats_tr_mz(indice(k),6)+ xbaryi(j,1)*xbaryi(j,2); // somme des m/z * signal
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60 calculs_stats_tr_mz(indice(k),7)=calculs_stats_tr_mz(indice(k),7)+ xbaryi(j,2); // somme des signaux
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61 end
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62 end
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63 end
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65 end
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67 // ajustement des m/z 17mai18
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68 stats_tr_mz_5= calculs_stats_tr_mz(:,6)./calculs_stats_tr_mz(:,7);
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69 xout.v= string(stats_tr_mz_5);
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71 // suppression des signaux trop faibles
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72 tri=find(calculs_stats_tr_mz(:,7)>signal_thresh);
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73 xout=xout(:,tri); // 31jan20 verif que ce tri marche 1000X+vite qu'enlever les colonnes
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74 calculs_stats_tr_mz= calculs_stats_tr_mz(tri,:);
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78 endfunction
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