# HG changeset patch
# User jbrayet
# Date 1439284787 14400
# Node ID ac05910c1d9621b3acd0de59aef53706e2b87bf6
# Parent  809d0a486531c7ffc2dcf18f5fd6a1466546a84b
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diff -r 809d0a486531 -r ac05910c1d96 makeTSSdist_wrapper.sh
--- a/makeTSSdist_wrapper.sh	Tue Aug 11 04:57:27 2015 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,130 +0,0 @@
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-#
-# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
-# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
-# Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr
-# This software is distributed under the terms of the GNU General
-# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
-
-#!/bin/bash
-
-REG="NA"
-CONTROLFILE="NA"
-
-while getopts "f:c:l:o:r:u:v:e:p:" optionName; do
-case "$optionName" in
-
-f) CHIPFILE="$OPTARG";;
-c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
-l) STEP="$OPTARG";;
-r) RIGHT="$OPTARG";;
-o) OUTPUT="$OPTARG";;
-u) OUTSTAT="$OPTARG";;
-v) GENOME="$OPTARG";;
-e) REG="$OPTARG";;
-p) PDF="$OPTARG";;
-
-esac
-done
-
-LOCAL_DIR=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
-
-OUTPUT_DIR=`dirname $OUTPUT`
-R_PATH='/home/ubuntu/R-3.1.0/bin/Rscript --slave '
-
-
-
-if [ -r $REG ]; then
-  perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CHIPFILE -reg $REG -o $OUTPUT.annotated
- else
-  perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CHIPFILE -o $OUTPUT.annotated
-fi
-
-#########previous version:
-if [ -r $CONTROLFILE ]; then
-   perl $LOCAL_DIR/createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o ${OUTPUT_DIR}/control.tmp
-  if [ -r $REG ]; then
-    perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -reg $REG -o $OUTPUT.control.annotated
-  else
-    perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -o $OUTPUT.control.annotated
-  fi
-    $R_PATH $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $OUTPUT.control.annotated $PDF
-else
-  $R_PATH $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $PDF
-fi
-#########end previous version##############
-
-
-#########bootstrap version:
-#if [ -r $CONTROLFILE ]; then
-#  if [ -r $REG ]; then
-#    perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CONTROLFILE -reg $REG -o $OUTPUT.control.annotated >> $LOGTMP 2>> $LOGTMP
-#  else
-#    perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CONTROLFILE -o $OUTPUT.control.annotated >> $LOGTMP 2>> $LOGTMP
-#  fi
-#  echo "3: cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist_bootstrap.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $OUTPUT.control.annotated $PDF $NUMBER_BOOTSTRAP" >> $LOGTMP
-#  cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $OUTPUT.control.annotated $PDF $NUMBER_BOOTSTRAP>>$LOGTMP 2>>$LOGTMP
-#else
-#  echo "4:  cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $PDF 2>>$LOGTMP" >>$LOGTMP
-#  cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $PDF 2>>$LOGTMP >>$LOGTMP
-#fi
-
-#exit
-#########end bootstrap version##############
-
-
-rm $OUTPUT.annotated*
-
-if [ -r $CONTROLFILE ]; then
-  rm $OUTPUT.control.annotated*
-  rm ${OUTPUT_DIR}/control.tmp
-fi