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3
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1 #:t:::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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2 #:t::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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3 #:::::::::::::z;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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4 #::::::::::::i@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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5 #::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@
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6 #:::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@B@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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7 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BEEESSE5EEEEBBM@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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8 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BEEEEEE35EE55E2355E5SBMB@@@@@@@@@@@@@@@@@$
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9 #::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE55533t3tttt::::::!!!!7755E755SBBMMM@@@MM
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10 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE2t3ttttt:::::::::::::::::::::::!7?5225EE
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11 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEE31t::::::::::::::::::::::::::::::::3E5@
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12 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEtt:::::::::::::::::::::::::::::::::353
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13 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEE1ttz::::::::::::::::::::::::::::::::35
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14 #:::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEtz1::::::::::::::::::::::::::::::::t:
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15 #:::::::::!3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt::::::::::::::::::::::::::::::::;zz
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16 #::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt:::::z;z:::::::::::::::::::::::::13
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17 #::::::::::3B@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE3tt:czzztti;:::::::::::::::::::::::3
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18 #::::ttt::::3@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEE5EE25Ezt1EEEz5Etzzz;;;;:::::::::::::::::
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19 #:::::::::::I9@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEE@@@@@@@@@@@@@@Ez;:::::::::::
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20 #:::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@Ez::::::
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21 #::::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BE5EBB@@@@@@@@@@@@@@@EEE:::::
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22 #:::::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E1::35@@@@@@@@@@ME3MMME2::::::
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23 #:::::::::::::::?@@@@@@@@@@@@@@@@@@M@@@@@@@EE:::::3SB@@BBESEEt::::::::::::
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24 #::::::::::::::::J$@@@@@@@B@@@@@@@@@@@@@@@@EE:::::::!35E33t:::::::::::::::
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25 #:::::::::::::::::3@E@@@EE5EESE5EESE@@@@@@@Et::::::::::::tz:::::::::::::::
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26 #:::::::::::::::::J@E$@EEE5133555SE@@@@@@@@Et:::::::::::::::::::::::::::::
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27 #::::::::::::::::::E@E@EEEEtt3523EEE@@@@@@@E::::::::::::::::::::::::::::::
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29 #:t:::::::::::::::::!5ES@EEEEEEEEES@@@@@@@@@E;:::;;;:3Ez::::::::::::::::::
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32 #:t::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@ESBE::::::::::::::::::::::::::
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33 #:::::::::::::::::::::::::Q@@@@@@@@@@@@@@@@EE3EE;:::::zzzz::::::::::::::::
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34 #:::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@NN@@@@@@Ez:::::::::::::::
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35 #:zt:::::::::::::::::::::::3@@@@EE@@@@@@@@@@EEEEt::;z113E5t:::::::::::::::
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36 #::tt:::::::::::::::::::::::3@@@E@@@@@@@@@@@@@@@@BEt::::::::::::::::t:::::
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37 #:tt:t:::::::::::::::::::::::?S@@@@@@@@@@@BBEEE51!::::::::::::::zzzEt:::::
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38 #::::::::::::::::::::::::::::::3Q@@@@@@@BEEEEEt:::::::::::::;zz@@@EE::::::
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39 #::::::::::::::::::::::::::::::::75B@@@@@EEEtt;:::::::::;zz@@@@BEEEtz:::::
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40 #::::::::::::::::::::::::::::::::::::?9@@@@@@@@@@@E2Ezg@@@@@B@@@EEEE1t::::
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41 #:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@EEEEEEEzzz::
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42 #::::::::::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE5ttttt
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43 #:::::::::::::::::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEEEEEtzt
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44 #::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@EEEEEEEEEEEE@@@
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45 #::::::::::::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE3EEEE@@@@@@@
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46 #:::::::::::::::::::::;;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEt33@@@@@@@@@@
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47 #:::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@@@@@EEEtg@@@@@@@@@@@@
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48 #::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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49 #:::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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50 #::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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51 #
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52 # Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
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53 # Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
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54 # Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr
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55 # This software is distributed under the terms of the GNU General
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56 # Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
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57
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58 #!/bin/bash
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59
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60 REG="NA"
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61 CONTROLFILE="NA"
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62
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63 while getopts "f:c:l:o:r:u:v:e:p:" optionName; do
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64 case "$optionName" in
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65
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66 f) CHIPFILE="$OPTARG";;
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67 c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
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68 l) STEP="$OPTARG";;
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69 r) RIGHT="$OPTARG";;
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70 o) OUTPUT="$OPTARG";;
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71 u) OUTSTAT="$OPTARG";;
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72 v) GENOME="$OPTARG";;
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73 e) REG="$OPTARG";;
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74 p) PDF="$OPTARG";;
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75
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76 esac
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77 done
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78
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79 LOCAL_DIR=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
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80
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81 OUTPUT_DIR=`dirname $OUTPUT`
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82 R_PATH='/home/ubuntu/R-3.1.0/bin/Rscript --slave '
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83
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84
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85
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86 if [ -r $REG ]; then
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87 perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CHIPFILE -reg $REG -o $OUTPUT.annotated
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|
|
88 else
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|
89 perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CHIPFILE -o $OUTPUT.annotated
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|
90 fi
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91
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92 #########previous version:
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93 if [ -r $CONTROLFILE ]; then
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|
94 perl $LOCAL_DIR/createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o ${OUTPUT_DIR}/control.tmp
|
|
|
95 if [ -r $REG ]; then
|
|
|
96 perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -reg $REG -o $OUTPUT.control.annotated
|
|
|
97 else
|
|
|
98 perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -o $OUTPUT.control.annotated
|
|
|
99 fi
|
|
|
100 $R_PATH $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $OUTPUT.control.annotated $PDF
|
|
|
101 else
|
|
|
102 $R_PATH $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $PDF
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|
|
103 fi
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104 #########end previous version##############
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105
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106
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107 #########bootstrap version:
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108 #if [ -r $CONTROLFILE ]; then
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|
109 # if [ -r $REG ]; then
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|
110 # perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CONTROLFILE -reg $REG -o $OUTPUT.control.annotated >> $LOGTMP 2>> $LOGTMP
|
|
|
111 # else
|
|
|
112 # perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CONTROLFILE -o $OUTPUT.control.annotated >> $LOGTMP 2>> $LOGTMP
|
|
|
113 # fi
|
|
|
114 # echo "3: cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist_bootstrap.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $OUTPUT.control.annotated $PDF $NUMBER_BOOTSTRAP" >> $LOGTMP
|
|
|
115 # cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $OUTPUT.control.annotated $PDF $NUMBER_BOOTSTRAP>>$LOGTMP 2>>$LOGTMP
|
|
|
116 #else
|
|
|
117 # echo "4: cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $PDF 2>>$LOGTMP" >>$LOGTMP
|
|
|
118 # cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $PDF 2>>$LOGTMP >>$LOGTMP
|
|
|
119 #fi
|
|
|
120
|
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|
121 #exit
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122 #########end bootstrap version##############
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123
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124
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|
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125 rm $OUTPUT.annotated*
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126
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|
127 if [ -r $CONTROLFILE ]; then
|
|
|
128 rm $OUTPUT.control.annotated*
|
|
|
129 rm ${OUTPUT_DIR}/control.tmp
|
|
|
130 fi
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