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0
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1 #:t:::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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2 #:t::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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3 #:::::::::::::z;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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4 #::::::::::::i@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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5 #::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@
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6 #:::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@B@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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7 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BEEESSE5EEEEBBM@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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8 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BEEEEEE35EE55E2355E5SBMB@@@@@@@@@@@@@@@@@$
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9 #::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE55533t3tttt::::::!!!!7755E755SBBMMM@@@MM
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10 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE2t3ttttt:::::::::::::::::::::::!7?5225EE
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11 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEE31t::::::::::::::::::::::::::::::::3E5@
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12 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEtt:::::::::::::::::::::::::::::::::353
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13 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEE1ttz::::::::::::::::::::::::::::::::35
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14 #:::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEtz1::::::::::::::::::::::::::::::::t:
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15 #:::::::::!3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt::::::::::::::::::::::::::::::::;zz
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16 #::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt:::::z;z:::::::::::::::::::::::::13
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17 #::::::::::3B@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE3tt:czzztti;:::::::::::::::::::::::3
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18 #::::ttt::::3@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEE5EE25Ezt1EEEz5Etzzz;;;;:::::::::::::::::
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19 #:::::::::::I9@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEE@@@@@@@@@@@@@@Ez;:::::::::::
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20 #:::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@Ez::::::
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21 #::::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BE5EBB@@@@@@@@@@@@@@@EEE:::::
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22 #:::::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E1::35@@@@@@@@@@ME3MMME2::::::
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23 #:::::::::::::::?@@@@@@@@@@@@@@@@@@M@@@@@@@EE:::::3SB@@BBESEEt::::::::::::
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24 #::::::::::::::::J$@@@@@@@B@@@@@@@@@@@@@@@@EE:::::::!35E33t:::::::::::::::
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25 #:::::::::::::::::3@E@@@EE5EESE5EESE@@@@@@@Et::::::::::::tz:::::::::::::::
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26 #:::::::::::::::::J@E$@EEE5133555SE@@@@@@@@Et:::::::::::::::::::::::::::::
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27 #::::::::::::::::::E@E@EEEEtt3523EEE@@@@@@@E::::::::::::::::::::::::::::::
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29 #:t:::::::::::::::::!5ES@EEEEEEEEES@@@@@@@@@E;:::;;;:3Ez::::::::::::::::::
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31 #:tz::::::::::::::::::::JE@@@EEEE@@@@@@@@@@@@@@EE!:::::::t::::::::::::::::
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32 #:t::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@ESBE::::::::::::::::::::::::::
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33 #:::::::::::::::::::::::::Q@@@@@@@@@@@@@@@@EE3EE;:::::zzzz::::::::::::::::
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34 #:::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@NN@@@@@@Ez:::::::::::::::
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35 #:zt:::::::::::::::::::::::3@@@@EE@@@@@@@@@@EEEEt::;z113E5t:::::::::::::::
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36 #::tt:::::::::::::::::::::::3@@@E@@@@@@@@@@@@@@@@BEt::::::::::::::::t:::::
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37 #:tt:t:::::::::::::::::::::::?S@@@@@@@@@@@BBEEE51!::::::::::::::zzzEt:::::
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38 #::::::::::::::::::::::::::::::3Q@@@@@@@BEEEEEt:::::::::::::;zz@@@EE::::::
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39 #::::::::::::::::::::::::::::::::75B@@@@@EEEtt;:::::::::;zz@@@@BEEEtz:::::
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40 #::::::::::::::::::::::::::::::::::::?9@@@@@@@@@@@E2Ezg@@@@@B@@@EEEE1t::::
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41 #:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@EEEEEEEzzz::
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42 #::::::::::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE5ttttt
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43 #:::::::::::::::::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEEEEEtzt
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44 #::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@EEEEEEEEEEEE@@@
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45 #::::::::::::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE3EEEE@@@@@@@
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46 #:::::::::::::::::::::;;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEt33@@@@@@@@@@
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47 #:::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@@@@@EEEtg@@@@@@@@@@@@
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48 #::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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49 #:::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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50 #::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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51 #
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52 # Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
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53 # Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
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54 # Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr
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55 # This software is distributed under the terms of the GNU General
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56 # Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
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57
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58 #!/bin/bash
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59
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60 REG="NA"
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61 CONTROLFILE="NA"
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62 PDF=0
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63
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64 while getopts "f:c:l:o:r:u:v:e:m:h:d:x:y:p:" optionName; do
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65 case "$optionName" in
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66
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67 f) CHIPFILE="$OPTARG";;
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68 c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
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69 l) LEFTPROM="$OPTARG";;
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70 r) RIGHTPROM="$OPTARG";;
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71 o) OUTPUT="$OPTARG";;
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|
72 u) OUTSTAT="$OPTARG";;
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73 v) GENOME="$OPTARG";;
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74 e) REG="$OPTARG";;
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75 m) MINSCORE="$OPTARG";;
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76 h) ENH="$OPTARG";;
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77 d) DOWNGENE="$OPTARG";;
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|
78 x) CONTROLSTAT="$OPTARG";;
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79 y) LOG="$OPTARG";;
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80 p) PDF="$OPTARG";;
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81 esac
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82 done
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83
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84 echo $LOG
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85
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86 LOCAL_PATH=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
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87 DOCKER_PATH='/usr/bin/annotatePeaks'
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88
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89 OUTPUT_DIR=`dirname $OUTPUT`
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3
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90 R_PATH='Rscript --slave '
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0
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91
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92 databasePath=$(find / -type d -name files | grep database)
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93
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94 mkdir -p $databasePath/nebulaAnnotations
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95 mkdir -p $databasePath/nebulaAnnotations/noIdenticalTransc
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96 nebulaAnnotationPath=$databasePath/nebulaAnnotations
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|
97 [ ! -f $nebulaAnnotationPath/noIdenticalTransc/$GENOME.noIdenticalTransc.txt ] && curl -s -o $nebulaAnnotationPath/noIdenticalTransc/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -L https://github.com/jbrayet/nebula_tools_docker/raw/master/tools_data/noIdenticalTransc/$GENOME.noIdenticalTransc.txt
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98
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|
99 noIdenticalTranscPath=$nebulaAnnotationPath/noIdenticalTransc
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100
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101 echo "ChIP:" >$LOG
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102
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103 if [ -r $REG ]; then
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|
104 perl $DOCKER_PATH/annotatePeaks.pl -g $noIdenticalTranscPath/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -selG $REG -o $OUTSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG
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|
|
105 else
|
|
|
106 perl $DOCKER_PATH/annotatePeaks.pl -g $noIdenticalTranscPath/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -o $OUTSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG
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|
107 fi
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108
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109
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|
110
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111 if [ -r $CONTROLFILE ]; then
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|
112 echo "" >>$LOG
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|
113 echo "Control:" >>$LOG
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|
114 #create a subset of control peaks (highest peaks, the same number as in the sample)
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|
115 perl $DOCKER_PATH/createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o ${OUTPUT_DIR}/control.tmp >>$LOG
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|
116 if [ -r $REG ]; then
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|
|
117 perl $DOCKER_PATH/annotatePeaks.pl -g $noIdenticalTranscPath/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -selG $REG -o $CONTROLSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG
|
|
|
118 else
|
|
|
119 perl $DOCKER_PATH/annotatePeaks.pl -g $noIdenticalTranscPath/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -o $CONTROLSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG
|
|
|
120 fi
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|
121 grep -v chrM $OUTSTAT > $OUTSTAT.tmp
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|
122 $R_PATH $DOCKER_PATH/catDist.R --args $OUTSTAT.tmp $OUTPUT $CONTROLSTAT $PDF
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123
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|
|
124 else
|
|
|
125 grep -v chrM $OUTSTAT > $OUTSTAT.tmp
|
|
|
126 $R_PATH $DOCKER_PATH/catDist.R --args $OUTSTAT.tmp $OUTPUT $PDF
|
|
|
127 fi
|
|
|
128
|
|
|
129 if [ -r $CONTROLFILE ]; then
|
|
|
130 rm ${OUTPUT_DIR}/control.tmp
|
|
|
131 fi
|
|
|
132
|
|
|
133 if [ -r $OUTSTAT.tmp ]; then
|
|
|
134 rm $OUTSTAT.tmp
|
|
|
135 fi
|
|
|
136
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137
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