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# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
# Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr
# This software is distributed under the terms of the GNU General
# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.

#!/bin/bash

REG="NA"
CONTROLFILE="NA"
PDF=0

while getopts "f:c:l:o:r:u:v:e:m:h:d:x:y:p:" optionName; do
case "$optionName" in

f) CHIPFILE="$OPTARG";;
c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
l) LEFTPROM="$OPTARG";;
r) RIGHTPROM="$OPTARG";;
o) OUTPUT="$OPTARG";;
u) OUTSTAT="$OPTARG";;
v) GENOME="$OPTARG";;
e) REG="$OPTARG";;
m) MINSCORE="$OPTARG";;
h) ENH="$OPTARG";;
d) DOWNGENE="$OPTARG";;
x) CONTROLSTAT="$OPTARG";;
y) LOG="$OPTARG";;
p) PDF="$OPTARG";;
esac
done

echo $LOG

LOCAL_PATH=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`

OUTPUT_DIR=`dirname $OUTPUT`
R_PATH='Rscript --slave '

echo "ChIP:" >$LOG

if [ -r $REG ]; then
  perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -selG $REG -o $OUTSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG
 else
  perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -o $OUTSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG
fi



if [ -r $CONTROLFILE ]; then
echo "" >>$LOG
echo "Control:" >>$LOG
  #create a subset of control peaks (highest peaks, the same number as in the sample) 
   perl $LOCAL_PATH/createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o ${OUTPUT_DIR}/control.tmp >>$LOG
  if [ -r $REG ]; then
    perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -selG $REG -o $CONTROLSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG
  else
    perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -o $CONTROLSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG
  fi
  grep -v chrM $OUTSTAT > $OUTSTAT.tmp
  $R_PATH $LOCAL_PATH/catDist.R --args $OUTSTAT.tmp $OUTPUT $CONTROLSTAT $PDF

else
  grep -v chrM $OUTSTAT > $OUTSTAT.tmp
  $R_PATH $LOCAL_PATH/catDist.R --args $OUTSTAT.tmp $OUTPUT $PDF
fi

if [ -r $CONTROLFILE ]; then
 # rm $OUTPUT.control.annotated*
  rm ${OUTPUT_DIR}/control.tmp
fi

if [ -r $OUTSTAT.tmp ]; then
  rm $OUTSTAT.tmp
fi


