Mercurial > repos > iuc > trimal

comparison test-data/example.002.AA.stats.txt @ 2:46bca620b895 draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/trimal commit f6575973c143041bfbcb8afa12077c77e65e91a5
author iuc
date Wed, 20 Nov 2024 22:30:20 +0000
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
1:f1339f0a68ff 2:46bca620b895
1 | Residue % Gaps Gap Score |
2 | Number |
3 +----------------------------------------------+
4 0 83.33333333 0.1666666667
5 1 83.33333333 0.1666666667
6 2 83.33333333 0.1666666667
7 3 83.33333333 0.1666666667
8 4 83.33333333 0.1666666667
9 5 83.33333333 0.1666666667
10 6 83.33333333 0.1666666667
11 7 83.33333333 0.1666666667
12 8 83.33333333 0.1666666667
13 9 83.33333333 0.1666666667
14 10 33.33333333 0.6666666667
15 11 16.66666667 0.8333333333
16 12 0 1
17 13 0 1
18 14 0 1
19 15 100 0
20 16 100 0
21 17 100 0
22 18 16.66666667 0.8333333333
23 19 0 1
24 20 0 1
25 21 83.33333333 0.1666666667
26 22 16.66666667 0.8333333333
27 23 0 1
28 24 0 1
29 25 0 1
30 26 0 1
31 27 0 1
32 28 0 1
33 29 0 1
34 30 100 0
35 31 16.66666667 0.8333333333
36 32 66.66666667 0.3333333333
37 33 16.66666667 0.8333333333
38 34 16.66666667 0.8333333333
39 35 66.66666667 0.3333333333
40 36 66.66666667 0.3333333333
41 37 16.66666667 0.8333333333
42 38 16.66666667 0.8333333333
43 39 16.66666667 0.8333333333
44 40 0 1
45 41 83.33333333 0.1666666667
46 42 83.33333333 0.1666666667
47 43 83.33333333 0.1666666667
48 44 83.33333333 0.1666666667
49 45 83.33333333 0.1666666667
50 46 0 1
51 47 0 1
52 48 0 1
53 49 0 1
54 50 0 1
55 51 0 1
56 52 0 1
57 53 0 1
58 54 0 1
59 55 0 1
60 56 0 1
61 57 0 1
62 58 0 1
63 59 0 1
64
65 | Number of | Cumulative % Cumulative | Number of Gaps % Gaps Gap Score |
66 | Residues % Length | NumberResid. Length | per Column per Column per Column |
67 +-------------------------------+---------------------------------------+--------------------------------------------------+
68 27 45 27 45 0 0 1
69 9 15 36 60 1 0.1666666667 0.8333333333
70 1 1.666666667 37 61.66666667 2 0.3333333333 0.6666666667
71 3 5 40 66.66666667 4 0.6666666667 0.3333333333
72 16 26.66666667 56 93.33333333 5 0.8333333333 0.1666666667
73 4 6.666666667 60 100 6 1 0
74
75 | Residue Similarity |
76 | Number Value |
77 +----------------------------+
78 0 0
79 1 0
80 2 0
81 3 0
82 4 0
83 5 0
84 6 0
85 7 0
86 8 0
87 9 0
88 10 5.53110965e-07
89 11 1.646922465e-05
90 12 0.0006768687163
91 13 1.008950312e-05
92 14 0.0002165469632
93 15 0
94 16 0
95 17 0
96 18 2.547356235e-05
97 19 3.554812429e-05
98 20 0.000239324916
99 21 0
100 22 1
101 23 0.004173502792
102 24 1.045452791e-05
103 25 0.17306979
104 26 1.390550642e-05
105 27 1
106 28 4.909260952e-06
107 29 4.015034392e-06
108 30 0
109 31 3.165722228e-05
110 32 4.141910495e-07
111 33 0.01769078523
112 34 0.01232499164
113 35 0.0001380086615
114 36 5.576576978e-10
115 37 1.25446204e-05
116 38 5.194381811e-05
117 39 1
118 40 0.004842269234
119 41 0
120 42 0
121 43 0
122 44 0
123 45 0
124 46 2.948553856e-06
125 47 0.0006762341363
126 48 1
127 49 5.273301213e-06
128 50 1
129 51 1
130 52 0.01518695708
131 53 0.2151376605
132 54 0.02632254921
133 55 0.0008615002735
134 56 0.0174868498
135 57 0.000106244057
136 58 0.001373802545
137 59 0.007171744481
138
139 | Number of | Cumulative % Cumulative | Similarity |
140 | Residues % Length | NumberResid. Length | Value |
141 +-------------------------------+---------------------------------------+----------------+
142 6 10.00000015 6 10.00000015 1
143 1 1.666666754 7 11.66666672 0.2151376605
144 1 1.666666754 8 13.33333403 0.17306979
145 1 1.666666754 9 15.0000006 0.02632254921
146 1 1.666666754 10 16.66666716 0.01769078523
147 1 1.666666754 11 18.33333373 0.0174868498
148 1 1.666666754 12 20.0000003 0.01518695708
149 1 1.666666754 13 21.66666687 0.01232499164
150 1 1.666666754 14 23.33333343 0.007171744481
151 1 1.666666754 15 25 0.004842269234
152 1 1.666666754 16 26.66666806 0.004173502792
153 1 1.666666754 17 28.33333313 0.001373802545
154 1 1.666666754 18 30.00000119 0.0008615002735
155 1 1.666666754 19 31.66666627 0.0006768687163
156 1 1.666666754 20 33.33333433 0.0006762341363
157 1 1.666666754 21 34.9999994 0.000239324916
158 1 1.666666754 22 36.66666746 0.0002165469632
159 1 1.666666754 23 38.33333254 0.0001380086615
160 1 1.666666754 24 40.0000006 0.000106244057
161 1 1.666666754 25 41.66666567 5.194381811e-05
162 1 1.666666754 26 43.33333373 3.554812429e-05
163 1 1.666666754 27 44.99999881 3.165722228e-05
164 1 1.666666754 28 46.66666687 2.547356235e-05
165 1 1.666666754 29 48.33333194 1.646922465e-05
166 1 1.666666754 30 50 1.390550642e-05
167 1 1.666666754 31 51.66666508 1.25446204e-05
168 1 1.666666754 32 53.33333611 1.045452791e-05
169 1 1.666666754 33 55.00000119 1.008950312e-05
170 1 1.666666754 34 56.66666627 5.273301213e-06
171 1 1.666666754 35 58.33333135 4.909260952e-06
172 1 1.666666754 36 60.00000238 4.015034392e-06
173 1 1.666666754 37 61.66666746 2.948553856e-06
174 1 1.666666754 38 63.33333254 5.53110965e-07
175 1 1.666666754 39 64.99999762 4.141910495e-07
176 1 1.666666754 40 66.66666865 5.576576978e-10
177 20 33.33333433 60 100 0
178
179 ## MaxIdentity 0.4474
180 #> MaxIdentity Get the maximum identity value for any pair of sequences in the alignment
181
182 ## AverageIdentity 0.3056
183 #> AverageIdentity Average identity between all sequences
184
185 ## Identity sequences matrix
186 Sp17 1.0000 0.2750 0.2093 0.2750 0.2683 0.2000
187 Sp10 0.2750 1.0000 0.4000 0.4054 0.4474 0.3269
188 Sp8 0.2093 0.4000 1.0000 0.2500 0.4000 0.2075
189 Sp33 0.2750 0.4054 0.2500 1.0000 0.3421 0.2745
190 Sp6 0.2683 0.4474 0.4000 0.3421 1.0000 0.3019
191 Sp26 0.2000 0.3269 0.2075 0.2745 0.3019 1.0000
192
193 ## AverageMostSimilarIdentity 0.3837
194 #> AverageMostSimilarIdentity Average identity between most similar pair-wise sequences
195
196 ## Identity for most similar pair-wise sequences matrix
197 Sp17 0.2750 Sp10
198 Sp10 0.4474 Sp6
199 Sp8 0.4000 Sp10
200 Sp33 0.4054 Sp10
201 Sp6 0.4474 Sp10
202 Sp26 0.3269 Sp10
203
204 ## MaxOverlap 1.0000
205 #> MaxOverlap Get the maximum overlap value for any pair of sequences in the alignment
206
207 ## AverageOverlap 0.8723
208 #> AverageOverlap Average overlap between all sequences
209
210 ## Overlap sequences matrix
211 Sp17 1.0000 0.8750 0.9250 0.9000 0.9250 0.7250
212 Sp10 1.0000 1.0000 1.0000 0.9714 1.0000 0.7714
213 Sp8 0.9250 0.8750 1.0000 0.9000 0.9500 0.7750
214 Sp33 1.0000 0.9444 1.0000 1.0000 1.0000 0.8056
215 Sp6 0.9737 0.9211 1.0000 0.9474 1.0000 0.7632
216 Sp26 0.6591 0.6136 0.7045 0.6591 0.6591 1.0000