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changeset 34:2b358389a54a draft
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--- a/dir2html.py Tue Apr 28 22:56:08 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,38 +0,0 @@ -#!/usr/bin/env python -import os -import sys -from xml.sax.saxutils import escape - -def make_table( directory ): - ret = ['<table class="fileList">\n'] - for file in os.listdir( directory ): - ret.append('<tr><td class="file"><a href="%s">%s</a></td></tr>\n' % ( file, escape(file).replace( 'MACS2_', '' ) )) - ret.append('</table>') - return ''.join(ret) - -def make_html( directory, stderr ): - return '\n'.join(['<html>' - '<head>', - ' <title>Additional output created by MACS2</title>', - ' <style type="text/css">', - ' table.fileList { text-align: left; }', - ' td.directory { font-weight: bold; }', - ' td.file { padding-left: 4em; }', - ' </style>', - '</head>', - '<body>', - '<h1>Additional Files:</h1>', - make_table( directory ), - '<h3>Messages from MACS2:</h3>', - stderr.read().replace('\n', '<br>'), - '</body>', - '</html>']) - -if __name__ == '__main__': - if len(sys.argv) == 3: - directory_path = sys.argv[1] - stderr = open( sys.argv[2] ) - print make_html( directory_path, stderr ) - else: - sys.exit( 'Two parameter expected: directory path and stderr path' ) -
--- a/macs2_bdgbroadcall.xml Tue Apr 28 22:56:08 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,59 +0,0 @@ -<tool id="macs2_bdgbroadcall" name="MACS2 bdgbroadcall" version="@VERSION_STRING@.0"> - <description>Call broad peaks from bedGraph output</description> - <expand macro="requirements"> - <requirement type="package" version="4.1.0">gnu_awk</requirement> - </expand> - <expand macro="version_command" /> - <macros> - <import>macs2_macros.xml</import> - </macros> - <command> - macs2 bdgbroadcall - --ifile "${ infile }" - --cutoff-peak "${ cutoffpeak }" - --cutoff-link "${ cutofflink }" - --min-length "${ minlen }" - --lvl1-max-gap "${ LVL1MAXGAP }" - --lvl2-max-gap "${ LVL2MAXGAP }" - --ofile "macs2_bdgbroadcall.bdg" - && - awk '!/^track name/' "macs2_bdgbroadcall.bdg" > "${ outfile }" - </command> - <expand macro="stdio" /> - <inputs> - <param name="infile" type="data" format="bedgraph" label="MACS score in bedGraph" /> - <param name="cutoffpeak" type="float" label="Cutoff for peaks" value="2.0" - help="Cutoff for peaks depending on which method you used for score track. If the file contains qvalue scores from MACS2, score 2 means qvalue 0.01. default: 2.0 (--cutoff-peak)"/> - <param name="cutofflink" type="float" label="Cutoff for peaks" value="1.0" - help=" Cutoff for linking regions/low abundance regions depending on which method you used for score track. If the file contains qvalue scores from MACS2, score 1 means qvalue 0.1, and score 0.3 means qvalue 0.5. default: 1 (--cutoff-link)"/> - <param name="minlen" type="integer" label="Minimum length of peak" value="200" - help="It is recommended to set it as d value." /> - <param name="LVL1MAXGAP" type="integer" label="Maximum gap between significant peaks" value="30" - help="It is recommended to set it to tag size" /> - <param name="LVL2MAXGAP" type="integer" label="Maximum linking between significant peaks" value="800" - help="It is recommended to set it to 4 times of d value" /> - </inputs> - <outputs> - <data name="outfile" format="tabular" label="${tool.name} on ${on_string}" /> - </outputs> - <tests> - <test> - <param name="infile" value="callpeak_treatment_part.bdg" ftype="bedgraph" /> - <param name="cutoffpeak" value="2.0"/> - <param name="cutofflink" value="1.0"/> - <param name="minlen" value="200"/> - <param name="LVL1MAXGAP" value="30"/> - <param name="LVL2MAXGAP" value="800"/> - <output name="outfile" file="bdgbroadcall_on_callpeak_treatment.tabular"/> - </test> - </tests> - <help> -**What it does** - -Call broad peaks from bedGraph output. -bdgbroadcall from macs2 - -@citation@ - </help> - <expand macro="citations" /> -</tool>
--- a/macs2_bdgcmp.xml Tue Apr 28 22:56:08 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,81 +0,0 @@ -<tool id="macs2_bdgcmp" name="MACS2 bdgcmp" version="@VERSION_STRING@.0"> - <description>Deduct noise by comparing two signal tracks in bedGraph</description> - <expand macro="requirements" /> - <expand macro="version_command" /> - <macros> - <import>macs2_macros.xml</import> - </macros> - <command> - macs2 bdgcmp - -t "${ infile_treatment }" - -c "${ infile_control }" - - -m "${ bdgcmp_options.bdgcmp_options_selector }" - #if str($bdgcmp_options.bdgcmp_options_selector) in ['FE', 'logFE', 'logLR']: - -p "${ bdgcmp_options.pseudocount }" - #end if - -o "${ outfile }" - - </command> - <expand macro="stdio" /> - <inputs> - <param name="infile_treatment" type="data" format="bedgraph" label="Treatment bedGraph file" /> - <param name="infile_control" type="data" format="bedgraph" label="Control bedGraph file" /> - - <conditional name="bdgcmp_options"> - <param name="bdgcmp_options_selector" type="select" label="Method to use while calculating a score in any bin by comparing treatment value and control value"> - <option value="ppois" selected="true">Poisson pvalue (-log10) using control as lambda and treatment as observation (ppois)</option> - <option value="qpois">q-value through a BH process for poisson pvalues (qpois)</option> - <option value="subtract">subtraction from treatment (subtract)</option> - <option value="logFE">log10 fold enrichment (logFE)</option> - <option value="FE">linear scale fold enrichment (FE)</option> - <option value="logLR">log10 likelihood between ChIP-enriched model and open chromatin model (logLR)</option> - <option value="slogLR">symmetric log10 likelihood between two ChIP-enrichment models (slogLR)</option> - </param> - <when value="FE"> - <param name="pseudocount" type="float" label="Set pseudocount" value="0.0" help="The count will be applied after normalization of sequencing depth. default: 0.0, no pseudocount is applied."/> - </when> - <when value="logLR"> - <param name="pseudocount" type="float" label="Set pseudocount" value="0.0" help="The count will be applied after normalization of sequencing depth. default: 0.0, no pseudocount is applied."/> - </when> - <when value="logFE"> - <param name="pseudocount" type="float" label="Set pseudocount" value="0.0" help="The count will be applied after normalization of sequencing depth. default: 0.0, no pseudocount is applied."/> - </when> - <when value="ppois"/> - <when value="qpois"/> - <when value="subtract"/> - <when value="slogLR"/> - </conditional> - </inputs> - <outputs> - <data name="outfile" format="bedgraph" label="${tool.name} on ${on_string}" /> - </outputs> - <tests> - <test> - <param name="infile_control" value="callpeak_control_part.bdg" ftype="bedgraph"/> - <param name="infile_treatment" value="callpeak_treatment_part.bdg" ftype="bedgraph"/> - <param name="bdgcmp_options_selector" value="slogLR"/> - <output name="outfile" file="bdgcmp_on_Control_and_ChIP_slogLR.bdg"/> - </test> - </tests> - <help> -**What it does** - -With the improvement of sequencing techniques, chromatin immunoprecipitation followed by high throughput sequencing (ChIP-Seq) -is getting popular to study genome-wide protein-DNA interactions. To address the lack of powerful ChIP-Seq analysis method, we present a novel algorithm, named Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS), for -identifying transcript factor binding sites. MACS captures the influence of genome complexity to evaluate the significance of enriched ChIP regions, and MACS improves the spatial resolution of -binding sites through combining the information of both sequencing tag position and orientation. MACS can be easily used for ChIP-Seq data alone, or with control sample with the increase of specificity. - -View the original MACS2 documentation: https://github.com/taoliu/MACS/blob/master/README - ------- - -**Usage** - -**Compare .bdg files**: Deduct noise by comparing two signal tracks in bedGraph. - - -@citation@ - </help> - <expand macro="citations" /> -</tool>
--- a/macs2_bdgdiff.xml Tue Apr 28 22:56:08 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,84 +0,0 @@ -<tool id="macs2_bdgdiff" name="MACS2 bdgdiff" version="@VERSION_STRING@.0"> - <description>Differential peak detection based on paired four bedgraph files</description> - <expand macro="requirements" /> - <expand macro="version_command" /> - <macros> - <import>macs2_macros.xml</import> - </macros> - <command> - macs2 bdgdiff - --t1 "${ infile_pileup_cond1 }" - --t2 "${ infile_pileup_cond2 }" - --c1 "${ infile_control_cond1 }" - --c2 "${ infile_control_cond2 }" - --cutoff "${ cutoff }" - --min-len "${ minlen }" - --depth1 "${ depth1 }" - --depth2 "${ depth2 }" - --max-gap "${ maxgap }" - --o-prefix MACS2 - - </command> - <expand macro="stdio" /> - <inputs> - <param name="infile_pileup_cond1" type="data" format="bedgraph" label="MACS pileup bedGraph for condition 1" /> - <param name="infile_pileup_cond2" type="data" format="bedgraph" label="MACS pileup bedGraph for condition 2" /> - - <param name="infile_control_cond1" type="data" format="bedgraph" label="MACS control lambda bedGraph for condition 1" /> - <param name="infile_control_cond2" type="data" format="bedgraph" label="MACS control lambda bedGraph for condition 2" /> - - <param name="cutoff" type="float" label="Cutoff of log10 likelihood ratio cutoff" value="1.0" help="Default: 1.0 (likelihood ratio=10) (--cutoff)"/> - <param name="minlen" type="integer" label="Minimum length of differential region" value="200"/> - <param name="depth1" type="integer" value="1" label="Sequence depth of condition 1 in million reads" help="default: 1 (--depth1)" /> - <param name="depth2" type="integer" value="1" label="Sequence depth of condition 2 in million reads" help="default: 1 (--depth2)" /> - <param name="maxgap" type="integer" value="100" label="Maximum gap to merge nearby differential regions" help="Consider a wider gap for broad marks. Maximum gap should be smaller than minimum length. Default: 100 (-g)." /> - - <param name="outputs" type="select" display="checkboxes" multiple="True" label="Outputs"> - <option value="--ofile-cond1">Unique regions in condition 1</option> - <option value="--ofile-cond2">Unique regions in condition 2</option> - <option value="--ofile-both-conditions" selected="true">Common regions in both conditions</option> - <validator type="no_options" message="Please select at least one output file." /> - </param> - </inputs> - <outputs> - <data name="output_cond1" format="bed" from_work_dir="MACS2_cond1.bed" label="${tool.name} on ${on_string} (cond 1)"> - <filter>'--ofile-cond1' in outputs</filter> - </data> - <data name="output_cond2" format="bed" from_work_dir="MACS2_cond1.bed" label="${tool.name} on ${on_string} (cond 2)"> - <filter>'--ofile-cond2' in outputs</filter> - </data> - <data name="output_both" format="bed" from_work_dir="MACS2_common.bed" label="${tool.name} on ${on_string} (both)"> - <filter>'--ofile-both-conditions' in outputs</filter> - </data> - </outputs> - <tests> - <!-- we need a second condition here --> - <!-- - <test> - - <param name="infile_control_cond1" value="Control_200K.bed" ftype="bed"/> - <param name="infile_control_cond2" value="Control_200K.bed" ftype="bed"/> - <param name="infile_pileup_cond1" value="ChIP_200K.bed" ftype="bed"/> - <param name="infile_pileup_cond2" value="ChIP_200K.bed" ftype="bed"/> - <param name="cutoff" value="1.0"/> - <param name="minlen" value="200"/> - <param name="depth1" value="1"/> - <param name="depth2" value="1"/> - <param name="maxgap" value="100"/> - <param name="outputs" value="-ofile-cond1,-ofile-cond2,-ofile-both-conditions"/> - <output name="output_cond1" file=""/> - <output name="output_cond2" file=""/> - <output name="output_both" file=""/> - </test> - --> - </tests> - <help> -**What it does** - -bdgdiff from macs2 - - -@citation@ - </help> - <expand macro="citations" /> -</tool>
--- a/macs2_bdgpeakcall.xml Tue Apr 28 22:56:08 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,60 +0,0 @@ -<tool id="macs2_bdgpeakcall" name="MACS2 bdgpeakcall" version="@VERSION_STRING@.0"> - <description>Call peaks from bedGraph output</description> - <expand macro="requirements"> - <requirement type="package" version="4.1.0">gnu_awk</requirement> - </expand> - <expand macro="version_command" /> - <macros> - <import>macs2_macros.xml</import> - </macros> - <command> - macs2 bdgpeakcall - --ifile "${ infile }" - --cutoff "${ cutoff }" - --min-length "${ minlen }" - --max-gap "${ maxgap }" - ${ callsummits } - ${ notrackline } - --ofile "macs2_bdgpeakcall.bdg" - && - awk '!/^track name/' "macs2_bdgpeakcall.bdg" > "${ outfile }" - </command> - <expand macro="stdio" /> - <inputs> - <param name="infile" type="data" format="bedgraph" label="MACS score in bedGraph" /> - - <param name="cutoff" type="float" label="Cutoff for peaks" value="5.0" - help="Cutoff depends on which method you used for score track. If the file contains pvalue scores from MACS2, score 5 means pvalue 1e-5. DEFAULT: 5.0 (--cutoff)"/> - <param name="minlen" type="integer" value="200" label="Minimum length of peak" help="better to set it as d value (--min-length)"/> - <param name="maxgap" type="integer" value="30" label="Maximum gap between significant points in a peak" help="better to set it as tag size DEFAULT: 30 (--max-gap)"/> - - <param name="callsummits" type="boolean" truevalue="--call-summits" falsevalue="" checked="False" - label="If set, MACS will use a more sophisticated approach to find all summits in each enriched peak region." - help="(-call-summits)"/> - <param name="notrackline" type="boolean" truevalue="" falsevalue="--no-trackline" checked="False" - label="Include trackline into bedGraph output" - help="required by USCS (--no-trackline)"/> - </inputs> - <outputs> - <data name="outfile" format="tabular" label="${tool.name} on ${on_string}" /> - </outputs> - <tests> - <test> - <param name="infile" value="callpeak_treatment_part.bdg" ftype="bedgraph" /> - <param name="cutoff" value="5.0"/> - <param name="minlen" value="200"/> - <param name="maxgap" value="30"/> - <output name="outfile" file="bdgpeakcall_on_callpeak_treatment.tabular"/> - </test> - </tests> - <help> -**What it does** - -Call peaks from bedGraph output. -bdgpeakcall from macs2 - - -@citation@ - </help> - <expand macro="citations" /> -</tool>
--- a/macs2_callpeak.xml Tue Apr 28 22:56:08 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,291 +0,0 @@ -<tool id="macs2_callpeak" name="MACS2 callpeak" version="@VERSION_STRING@.0"> - <description>Call peaks from alignment results</description> - <expand macro="requirements"> - <requirement type="package" version="3.0.1">R_3_0_1</requirement> - <requirement type="package" version="4.1.0">gnu_awk</requirement> - <requirement type="set_environment">MACS2_SCRIPT_PATH</requirement> - </expand> - <expand macro="version_command" /> - <macros> - <import>macs2_macros.xml</import> - </macros> - <command> - #set $temp_stderr = 'macs2_stderr' - (macs2 callpeak - - --name "MACS2" - -t ${ ' '.join( map( lambda x:'"%s"' % ( x ), $input_treatment_file ) ) } - - #if str( $input_control_file ) != 'None': - -c ${ ' '.join( map( lambda x:'"%s"' % ( x ), $input_control_file ) ) } - #end if - - #for $ifile in $input_treatment_file: - #if $ifile.ext.upper() == 'BAM' and $bampe: - --format BAMPE - #else - --format='$ifile.ext.upper()' - #end if - #end for - - @effective_genome_size@ - - --bw='$band_width' - - ## advanced options - #if $advanced_options.advanced_options_selector == 'on': - $advanced_options.nolambda - $advanced_options.to_large - --ratio $advanced_options.ratio - --slocal $advanced_options.slocal - --llocal $advanced_options.llocal - #if $advanced_options.broad_options.broad_options_selector == 'broad': - --broad - --broad-cutoff='${ advanced_options.broad_options.broad_cutoff }' - #else: - $advanced_options.broad_options.call_summits - #end if - - #if str( $advanced_options.keep_dup_options.keep_dup_options_selector ) == "user": - --keep-dup "${ advanced_options.keep_dup_options.user_keepdup }" - #else - --keep-dup "${ advanced_options.keep_dup_options.keep_dup_options_selector }" - #end if - - #end if - - ## With --bdg two additional output files will be generated. - #if 'bdg' in str($outputs).split(','): - --bdg - #end if - - ## cutoff selection - #if str( $cutoff_options.cutoff_options_selector ) == 'qvalue': - --qvalue "${ cutoff_options.qvalue }" - #elif str( $cutoff_options.cutoff_options_selector ) == 'pvalue': - #if str($cutoff_options.pvalue).strip() != '': - --pvalue "${ cutoff_options.pvalue }" - #end if - #else: - --foldenrichment "${ cutoff_options.foldenrichment }" - #end if - - ## model options - #if $nomodel_type.nomodel_type_selector == 'nomodel': - --nomodel - ##--shiftsize '$nomodel_type.shiftsize' - --extsize '${ nomodel_type.extsize }' - #end if - - 2> $temp_stderr) - #if 'peaks_bed' in str($outputs).split(','): - && - awk '$2-=1' MACS2_peaks.xls | awk '!/^#/' | awk -v OFS='\t' '$1=$1' | tail -n+3 > "${ output_bed }" - #end if - - ## run R to create pdf from model script - #if 'pdf' in str($outputs).split(','): - && - Rscript MACS2_model.r > MACS2_model.r.log - #end if - - #if 'html' in str($outputs).split(','): - ## if output files exists, move them to the files_path and create a html result page linking to them - && - ( - count=`ls -1 MACS2* 2>/dev/null | wc -l`; - if [ \$count != 0 ]; - then - mkdir "${ output_extra_files.files_path }"; - cp MACS2* "${ output_extra_files.files_path }"; - python "\$MACS2_SCRIPT_PATH/dir2html.py" "${ output_extra_files.files_path }" $temp_stderr > "${ output_extra_files }"; - fi; - ) - #end if - ; - exit_code_for_galaxy=\$?; - cat $temp_stderr 2>&1; - (exit \$exit_code_for_galaxy) - </command> - <expand macro="stdio" /> - <inputs> - <param name="input_treatment_file" type="data" format="bam,sam,bed" multiple="True" label="ChIP-Seq Treatment File" /> - <param name="input_control_file" type="data" format="bam,sam,bed" multiple="True" optional="True" label="ChIP-Seq Control File" /> - - <param name="bampe" type="boolean" truevalue="--format BAMPE" falsevalue="" checked="False" label="Are your inputs Paired-end BAM files?" - help="The 'Build model step' will be ignored and the real fragments will be used for each template defined by leftmost and rightmost mapping positions. (--format BAMPE)"/> - - <expand macro="conditional_effective_genome_size" /> - <expand macro="band_width" /> - - <conditional name="cutoff_options"> - <param name="cutoff_options_selector" type="select" label="Peak detection based on" help="default uses q-value"> - <option value="qvalue" selected="true">q-value</option> - <option value="pvalue">p-value</option> - <option value="foldenrichment">foldenrichment</option> - </param> - <when value="pvalue"> - <param name="pvalue" type="float" value="" label="p-value cutoff for peak detection" - help="default: not set (--pvalue)"/> - </when> - <when value="qvalue"> - <param name="qvalue" type="float" value="0.05" label="Minimum FDR (q-value) cutoff for peak detection" - help="default: 0.05 (--qvalue)"/> - </when> - <when value="foldenrichment"> - <param name="foldenrichment" value="" type="integer" label="Foldenrichment cutoff for peak detection" - help="(--foldenrichment)"/> - </when> - </conditional> - - <conditional name="nomodel_type"> - <param name="nomodel_type_selector" type="select" label="Build Model"> - <option value="nomodel">Do not build the shifting model (--nomodel)</option> - <option value="create_model" selected="true">Build the shifting model</option> - </param> - <when value="create_model"/> - <when value="nomodel"> - <!--<param name="shiftsize" type="integer" label="Arbitrary shift size in bp" value="100" help="(shiftsize)"/>--> - <param name="extsize" type="integer" value="100" label="The arbitrary extension size in bp" - help="MACS will use this value as fragment size to extend each read towards 3' end, then pile them up. It's exactly twice the number of legacy shiftsize. In previous language, each read is moved 3' direction to middle of fragment by 1/2 d, then extended to both direction with 1/2 d. This is equivalent to say each read is extended towards 3' into a d size fragment. DEFAULT: 200 (--extsize)"/> - </when> - </conditional> - - <param name="outputs" type="select" display="checkboxes" multiple="True" label="Outputs"> - <option value="peaks_bed" selected="True">Peaks as BED file</option> - <!--<option value="narrow">narrow Peaks</option>--> - <option value="summits" selected="true">summits</option> - <option value="bdg" selected="true">Scores in bedGraph files (--bdg)</option> - <option value="html">Summary page (html)</option> - <option value="pdf">Plot in PDF</option> - <validator type="no_options" message="Please select at least one output file." /> - </param> - - <conditional name="advanced_options"> - <param name="advanced_options_selector" type="select" label="Advanced options"> - <option value="off" selected="true">Hide advanced options</option> - <option value="on">Display advanced options</option> - </param> - <when value="on"> - <param name="to_large" type="boolean" truevalue="--to-large" falsevalue="" checked="False" - label="When set, scale the small sample up to the bigger sample" - help="By default, the bigger dataset will be scaled down towards the smaller dataset, which will lead to smaller p/qvalues and more specific results. Keep in mind that scaling down will bring down background noise more. (--to-large)"/> - <param name="nolambda" type="boolean" truevalue="--nolambda" falsevalue="" checked="False" - label="Use fixed background lambda as local lambda for every peak region" help="up to 9X more time consuming (--nolambda)"/> - <param name="ratio" type="float" value="1.0" - label="When set, use a custom scaling ratio of ChIP/control (e.g. calculated using NCIS) for linear scaling" - help="(--ratio)"/> - <param name="slocal" value="1000" type="integer" label="The small nearby region in basepairs to calculate dynamic lambda" - help="This is used to capture the bias near the peak summit region. Invalid if there is no control data. If you set this to 0, MACS will skip slocal lambda calculation. *Note* that MACS will always perform a d-size local lambda calculation. The final local bias should be the maximum of the lambda value from d, slocal, and llocal size windows. (--slocal)"/> - <param name="llocal" value="10000" type="integer" label="The large nearby region in basepairs to calculate dynamic lambda" - help="This is used to capture the surround bias. If you set this to 0, MACS will skip llocal lambda calculation. *Note* that MACS will always perform a d-size local lambda calculation. The final local bias should be the maximum of the lambda value from d, slocal, and llocal size windows. (--llocal)"/> - <conditional name="broad_options"> - <param name="broad_options_selector" type="select" - label="Composite broad regions" help="by putting nearby highly enriched regions into a broad region with loose cutoff (--broad)"> - <option value="nobroad" selected="true">No broad regions</option> - <option value="broad">broad regions</option> - </param> - <when value="broad"> - <param name="broad_cutoff" type="float" label="Cutoff for broad region" value="0.1" - help="value is either p-value or q-value as specified above (--broad-cutoff)"/> - </when> - <when value="nobroad"> - <param name="call_summits" type="boolean" truevalue="--call-summits" falsevalue="" checked="False" - label="Use a more sophisticated signal processing approach to find subpeak summits in each enriched peak region" - help="(--call-summits)"/> - </when> - </conditional> - <expand macro="keep_duplicates" /> - </when> - <when value="off" /> - </conditional> - </inputs> - <outputs> - <!--callpeaks output--> - <data name="output_bed" format="bed" label="${tool.name} on ${on_string} (Peaks in BED format)"> - <filter>'peaks_bed' in outputs</filter> - </data> - <data name="output_broadpeaks" format="bed" from_work_dir="MACS2_peaks.broadPeak" label="${tool.name} on ${on_string} (broad Peaks)"> - <filter> - (( - advanced_options['advanced_options_selector'] == "on" and - advanced_options['broad_options']['broad_options_selector'] == "broad" - )) - </filter> - </data> - <data name="output_gappedpeaks" format="tabular" from_work_dir="MACS2_peaks.gappedPeak" label="${tool.name} on ${on_string} (gapped Peaks)"> - <filter> - (( - advanced_options['advanced_options_selector'] == "on" and - advanced_options['broad_options']['broad_options_selector'] == "broad" - )) - </filter> - </data> - <data name="output_narrowpeaks" format="tabular" from_work_dir="MACS2_peaks.narrowPeak" label="${tool.name} on ${on_string} (narrow Peaks)"> - <filter> - ( - advanced_options['advanced_options_selector'] == "off" or - ( - advanced_options['advanced_options_selector'] == "on" and - advanced_options['broad_options']['broad_options_selector'] == "nobroad" - )) - </filter> - </data> - <data name="output_summits" format="bed" from_work_dir="MACS2_summits.bed" label="${tool.name} on ${on_string} (summits in BED)"> - <filter>'summits' in outputs</filter> - </data> - <data name="output_plot" format="pdf" from_work_dir="MACS2_model.pdf" label="${tool.name} on ${on_string} (plot)"> - <filter>'pdf' in outputs</filter> - </data> - <data name="output_treat_pileup" format="bedgraph" from_work_dir="MACS2_treat_pileup.bdg" label="${tool.name} on ${on_string} (Bedgraph Treatment)"> - <filter>'bdg' in outputs</filter> - </data> - <data name="output_control_lambda" format="bedgraph" from_work_dir="MACS2_control_lambda.bdg" label="${tool.name} on ${on_string} (Bedgraph Control)"> - <filter>'bdg' in outputs</filter> - </data> - <data name="output_extra_files" format="html" label="${tool.name} on ${on_string} (html report)"> - <filter>'html' in outputs</filter> - </data> - </outputs> - <tests> - <test> - <param name="input_control_file" value="Control_200K.bed" ftype="bed"/> - <param name="input_treatment_file" value="ChIP_200K.bed" ftype="bed"/> - <param name="cutoff_options_selector" value="qvalue"/> - <param name="qvalue" value="0.05"/> - <param name="band_width" value="300"/> - <param name="outputs" value="peaks_bed,bdg"/> - <param name="effective_genome_size_options_selector" value="user_defined" /> - <param name="gsize" value="3300000000" /> - <output name="output_control_lambda" compare="contains" file="callpeak_control_part.bdg"/> - <output name="output_treat_pileup" compare="contains" file="callpeak_treatment_part.bdg"/> - <output name="output_bed" compare="contains" file="callpeak_part.bed"/> - <output name="output_summits" compare="contains" file="callpeak_summits_part.bed"/> - </test> - </tests> - <help> -**What it does** - -With the improvement of sequencing techniques, chromatin immunoprecipitation followed by high throughput sequencing (ChIP-Seq) -is getting popular to study genome-wide protein-DNA interactions. To address the lack of powerful ChIP-Seq analysis method, we present a novel algorithm, named Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS), for -identifying transcript factor binding sites. MACS captures the influence of genome complexity to evaluate the significance of enriched ChIP regions, and MACS improves the spatial resolution of -binding sites through combining the information of both sequencing tag position and orientation. MACS can be easily used for ChIP-Seq data alone, or with control sample with the increase of specificity. - -View the original MACS2 documentation: https://github.com/taoliu/MACS/blob/master/README - ------- - -**Usage** - -**Peak Calling**: Main MACS2 Function to Call peaks from alignment results. - -If you choose "Scores in bedGraph files" MACS will output the fragment pileup, control lambda, -log10-pvalue and -log10-qvalue scores in bedGraph files. -The peaks in BED format contain the following colomns: chr end length abs_summit pileup -log10(pvalue) fold_enrichment -log10(qvalue) name - -**Compare .bdg files**: Deduct noise by comparing two signal tracks in bedGraph. - - -@citation@ - </help> - <expand macro="citations" /> -</tool>
--- a/macs2_filterdup.xml Tue Apr 28 22:56:08 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,57 +0,0 @@ -<tool id="macs2_filterdup" name="MACS2 filterdup" version="@VERSION_STRING@.0"> - <description>Remove duplicate reads at the same position</description> - <expand macro="requirements" /> - <expand macro="version_command" /> - <macros> - <import>macs2_macros.xml</import> - </macros> - <command> - macs2 filterdup - -i "${ infile }" - -o temp_outfile - - --format '${ infile.extension.upper() }' - @effective_genome_size@ - @tag_size@ - --pvalue "${ pvalue }" - #if str( $keep_dup_options.keep_dup_options_selector ) == "user": - --keep-dup "${ keep_dup_options.user_keepdup }" - #else - --keep-dup "${ keep_dup_options.keep_dup_options_selector }" - #end if - ; - mv temp_outfile "${ outfile }" - </command> - <expand macro="stdio" /> - <inputs> - <param name="infile" type="data" format="sam,bam,bed" label="Sequencing alignment file" /> - <expand macro="conditional_effective_genome_size" /> - <expand macro="tag_size" /> - <param name="pvalue" type="text" value="1e-5" label="Pvalue cutoff for binomial distribution test" help="default: 1e-5 (--pvalue)" /> - - <expand macro="keep_duplicates" /> - - </inputs> - <outputs> - <data name="outfile" format="bed" label="${tool.name} on ${on_string}" /> - </outputs> - <tests> - <test> - <param name="infile" value="ChIP_200K_w_dups.bed" ftype="bed"/> - <param name="pvalue" value="1e-5"/> - <param name="keep_dup_options_selector" value="auto"/> - <param name="effective_genome_size_options_selector" value="user_defined" /> - <param name="gsize" value="3300000000" /> - <output name="outfile" file="filterdup_on_ChIP_200K_w_dups.bed"/> - </test> - </tests> - <help> -**What it does** - -Remove duplicate reads at the same position, then convert acceptable format to BED format. -filterdup tool from macs2 - -@citation@ - </help> - <expand macro="citations" /> -</tool>
--- a/macs2_macros.xml Tue Apr 28 22:56:08 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,99 +0,0 @@ -<macros> - <xml name="requirements"> - <requirements> - <requirement type="package" version="2.1.0">macs2</requirement> - <requirement type="package" version="1.7.1">numpy</requirement> - <requirement type="package" version="0.12.0">scipy</requirement> - <yield /> - </requirements> - </xml> - - <token name="@VERSION_STRING@">2.1.0.20140616</token> - - <xml name="conditional_effective_genome_size"> - <conditional name="effective_genome_size_options"> - <param name="effective_genome_size_options_selector" type="select" label="Effective genome size" - help="The effective genome size is the portion of the genome that is mappable. Large fractions of the genome are stretches of NNNN that should be discarded. - Also, if repetitive regions were not included in the mapping of reads, the effective genome size needs to be adjusted accordingly. - See Table 2 of http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0030377 or http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n1/fig_tab/nbt.1518_T1.html for several effective genome sizes. (--gsize)"> - <option value="2451960000">Human (2,451,960,000)</option> - <option value="2150570000">Mouse (2,150,570,000)</option> - <option value="121400000">Fly (121,400,000)</option> - <option value="93260000">Worm (93,260,000)</option> - <option value="user_defined">User defined</option> - </param> - <when value="user_defined"> - <param name="gsize" type="integer" size="12" label="Effective genome size" value=""/> - </when> - </conditional> - </xml> - - <xml name="keep_duplicates"> - <conditional name="keep_dup_options"> - <param name="keep_dup_options_selector" type="select" label="How many duplicate tags at the exact same location are allowed?" - help="The default 'auto' option calculates the maximum tags at the exact same location based on binomial distribution using 1e-5 as pvalue cutoff. The 'all' option keeps every tags. If an integer is given, at most this number of tags will be kept at the same location. The default is to keep one tag at the same location. (--keep-dup 1)"> - <option value="1" selected="true">1</option> - <option value="all">all</option> - <option value="auto">auto</option> - <option value="user">user defined</option> - </param> - <when value="user"> - <param name="user_keepdup" type="integer" value="1" label="Keep at most this number of tags at the exact same location" - help=""/> - </when> - <when value="1" /> - <when value="all" /> - <when value="auto" /> - </conditional> - </xml> - - <token name="@effective_genome_size@"> - #if $effective_genome_size_options.effective_genome_size_options_selector == 'user_defined': - --gsize "${ effective_genome_size_options.gsize }" - #else: - --gsize "${ effective_genome_size_options.effective_genome_size_options_selector }" - #end if - </token> - - <xml name="version_command"> - <version_command>macs2 --version</version_command> - </xml> - - <xml name="tag_size"> - <param name="tsize" type="float" label="Tag size" value="-1.0" help="This will override the auto detected tag size. Per default that option is deactivated: -1.0 (--tsize)" /> - </xml> - <xml name="band_width"> - <param name="band_width" type="integer" value="300" label="Band width for picking regions to compute fragment size" - help="This value is only used while building the shifting model. (--bw)" /> - </xml> - - <token name="@tag_size@"> - #if $tsize == -1.0: - --tsize "${ tsize }" - #end if - </token> - - <xml name="stdio"> - <stdio> - <exit_code range="1:" /> - <exit_code range=":-1" /> - <regex match="Error:" /> - <regex match="Exception:" /> - </stdio> - </xml> - - <token name="@citation@"> ------- - -**Citation** - -For the underlying tool, please cite Zhang Y, Liu T, Meyer CA, Eeckhoute J, Johnson DS, Bernstein BE, Nusbaum C, Myers RM, Brown M, Li W, Liu XS. Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS). Genome Biol. 2008;9(9):R137. - -Integration of MACS2 with Galaxy performed by Ziru Zhou and Bjoern Gruening. - </token> - <xml name="citations"> - <citations> - <citation type="doi">10.1186/gb-2008-9-9-r137</citation> - </citations> - </xml> -</macros>
--- a/macs2_predictd.xml Tue Apr 28 22:56:08 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,71 +0,0 @@ -<tool id="macs2_predictd" name="MACS2 predictd" version="@VERSION_STRING@.0"> - <description>Predict 'd' or fragment size from alignment results</description> - <expand macro="requirements"> - <requirement type="package" version="3.0.1">R_3_0_1</requirement> - <requirement type="package" version="4.1.0">gnu_awk</requirement> - </expand> - <expand macro="version_command" /> - <macros> - <import>macs2_macros.xml</import> - </macros> - <command> - macs2 predictd - -i ${ ' '.join( map( lambda x:'"%s"' % ( x ), $infiles ) ) } - @tag_size@ - @effective_genome_size@ - --bw "${ band_width }" - --mfold "${ mfoldlo }" "${ mfoldhi }" - - ## remove the timepoint and strip the output - 2>&1 | awk -F: '{print $4}' | awk '{$1=$1}1' - - > "${ outfile }" - - && - - Rscript predictd - </command> - <expand macro="stdio" /> - <inputs> - <param name="infiles" type="data" format="bam,sam,bed" multiple="True" label="ChIP-seq alignment file" help="If multiple files are given, then they will all be read and combined. Note that pair-end data is not supposed to work with this command. (-i)" /> - <expand macro="conditional_effective_genome_size" /> - <expand macro="tag_size" /> - <expand macro="band_width" /> - - <param name="mfoldlo" type="integer" label="Fold-enrichment lower limit" value="5" - help="Select the regions with MFOLD high-confidence enrichment ratio against background to build model (--mfold)"/> - <param name="mfoldhi" type="integer" label="Fold-enrichment upper-limit" value="50" - help="Select the regions with MFOLD high-confidence enrichment ratio against background to build model (--mfold)"/> - - </inputs> - - <outputs> - <data name="outfile" format="txt" label="${tool.name} on ${on_string} - d value" /> - <data name="outfile_image" from_work_dir="predictd_model.pdf" format="pdf" label="${tool.name} on ${on_string} - X-correlation image" /> - </outputs> - <tests> - <test> - <param name="infiles" value="Control_200K.bed,ChIP_200K.bed" ftype="bed" /> - <param name="effective_genome_size_options_selector" value="user_defined" /> - <param name="gsize" value="3300000000" /> - <param name="tsize" value="-1.0"/> - <param name="band_width" value="300"/> - <param name="mfoldlo" value="5"/> - <param name="mfoldhi" value="50"/> - <output name="outfile" file="predictd_on_ChIP_200K_and_Control_200K.txt"/> - <output name="outfile_image" file="predictd_on_ChIP_200K_and_Control_200K.pdf" compare="sim_size"/> - </test> - </tests> - <help> -**What it does** - -predictd from macs2 - - -Note that pair-end data is not supposed to work with this command. - - -@citation@ - </help> - <expand macro="citations" /> -</tool>
--- a/macs2_randsample.xml Tue Apr 28 22:56:08 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,54 +0,0 @@ -<tool id="macs2_randsample" name="MACS2 randsample" version="@VERSION_STRING@.0"> - <description>Randomly sample number or percentage of total reads</description> - <expand macro="requirements" /> - <expand macro="version_command" /> - <macros> - <import>macs2_macros.xml</import> - </macros> - <command> - macs2 randsample - -t "${ infile }" - -o "${ outfile }" - - --format '${ infile.extension.upper() }' - - @tag_size@ - #if $method_options.method_options_selector == 'percentage': - --percentage "${ method_options.percentage }" - #else: - --number "${ method_options.number }" - #end if - </command> - <expand macro="stdio" /> - <inputs> - <param name="infile" type="data" format="sam,bam,bed" label="Sequencing alignment file" /> - <expand macro="tag_size" /> - - <conditional name="method_options"> - <param name="method_options_selector" type="select" label="Select action to be performed"> - <option value="percentage" selected="true">Percentage</option> - <option value="number">Number</option> - </param> - <when value="percentage"> - <param name="percentage" type="float" value="80.0" label="Pvalue cutoff for binomial distribution test" help="(--percentage)" /> - </when> - <when value="number"> - <param name="number" type="integer" value="800000" label="Number of tags you want to keep" help="Note that the number of tags in output is approximate as the number specified here (--number)" /> - </when> - </conditional> - </inputs> - <outputs> - <data name="outfile" format="bed" label="${tool.name} on ${on_string}" /> - </outputs> - <tests> - <!-- No test, due to the randomness --> - </tests> - <help> -**What it does** - -randsample tool from macs2 - -@citation@ - </help> - <expand macro="citations" /> -</tool>
--- a/macs2_refinepeak.xml Tue Apr 28 22:56:08 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,45 +0,0 @@ -<tool id="macs2_refinepeak" name="MACS2 refinepeak" version="@VERSION_STRING@.0"> - <description>Refine peak summits and give scores measuring balance of forward- backward tags (Experimental)</description> - <expand macro="requirements" /> - <expand macro="version_command" /> - <macros> - <import>macs2_macros.xml</import> - </macros> - <command> - macs2 refinepeak - -b "${ bed_infile }" - -i "${ infile }" - --format '${ infile.extension.upper() }' - --cutoff "${ cutoff }" - --window-size "${ winsize }" - --ofile "${ outfile }" - </command> - <expand macro="stdio" /> - <inputs> - <param name="infile" type="data" format="sam,bam,bed" label="Sequencing alignment file" /> - <param name="bed_infile" type="data" format="bed" label="Candidate peak file in BED format" /> - <param name="cutoff" type="float" label="Cutoff" value="5.0" help="default: 5.0 (--cutoff)"/> - <param name="winsize" type="integer" value="200" label="Scan window size on both side of the summit" help="default: 200bp (--window-size)" /> - </inputs> - - <outputs> - <data name="outfile" format="bed" label="${tool.name} on ${on_string}" /> - </outputs> - <tests> - <test> - <param name="infile" value="ChIP_200K.bed" ftype="bed"/> - <param name="bed_infile" value="callpeak_summits_part.bed" ftype="bed"/> - <param name="cutoff" value="5.0"/> - <param name="winsize" value="200"/> - <output name="outfile" file="refinepeak_ChIP_and_summits.bed"/> - </test> - </tests> - <help> -**What it does** - -(Experimental) Take raw reads alignment, refine peak summits and give scores measuring balance of forward- backward tags. Inspired by SPP. - -@citation@ - </help> - <expand macro="citations" /> -</tool>
--- a/readme.rst Tue Apr 28 22:56:08 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,60 +0,0 @@ -======================== -Galaxy wrapper for MACS2 -======================== - -With the improvement of sequencing techniques, chromatin immunoprecipitation -followed by high throughput sequencing (ChIP-Seq) is getting popular to study -genome-wide protein-DNA interactions. To address the lack of powerful ChIP-Seq -analysis method, we present a novel algorithm, named Model-based Analysis of -ChIP-Seq (MACS), for identifying transcript factor binding sites. MACS captures -the influence of genome complexity to evaluate the significance of enriched ChIP -regions, and MACS improves the spatial resolution of binding sites through -combining the information of both sequencing tag position and orientation. -MACS can be easily used for ChIP-Seq data alone, or with control sample with the increase of specificity. - - -============ -Installation -============ - -It is recommended to install this wrapper via the `Galaxy Tool Shed`. - -.. _`Galaxy Tool Shed`: http://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/modencode-dcc/macs2 - - -======= -History -======= -- v2.0.10.1: Initial public release -- v2.0.10.3: add "broad peaks" options - - -==================== -Detailed description -==================== - -View the original MACS2 documentation: https://github.com/taoliu/MACS/blob/master/README.rst - - -=============================== -Wrapper Licence (MIT/BSD style) -=============================== - -Permission to use, copy, modify, and distribute this software and its -documentation with or without modifications and for any purpose and -without fee is hereby granted, provided that any copyright notices -appear in all copies and that both those copyright notices and this -permission notice appear in supporting documentation, and that the -names of the contributors or copyright holders not be used in -advertising or publicity pertaining to distribution of the software -without specific prior permission. - -THE CONTRIBUTORS AND COPYRIGHT HOLDERS OF THIS SOFTWARE DISCLAIM ALL -WARRANTIES WITH REGARD TO THIS SOFTWARE, INCLUDING ALL IMPLIED -WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS, IN NO EVENT SHALL THE -CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY SPECIAL, INDIRECT -OR CONSEQUENTIAL DAMAGES OR ANY DAMAGES WHATSOEVER RESULTING FROM LOSS -OF USE, DATA OR PROFITS, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, NEGLIGENCE -OR OTHER TORTIOUS ACTION, ARISING OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE USE -OR PERFORMANCE OF THIS SOFTWARE. -
--- a/test-data/ChIP_200K.bed Tue Apr 28 22:56:08 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,199977 +0,0 @@ -chr1 564917 565017 . . + -chr1 565533 565633 . . + -chr1 565844 565944 . . + -chr1 565858 565958 . . + -chr1 566132 566232 . . + -chr1 566212 566312 . . + -chr1 566736 566836 . . + -chr1 566976 567076 . . + -chr1 567211 567311 . . + -chr1 567320 567420 . . + -chr1 567833 567933 . . + -chr1 568094 568194 . . + -chr1 568128 568228 . . + -chr1 568449 568549 . . + -chr1 569053 569153 . . + -chr1 569100 569200 . . + -chr1 569553 569653 . . + -chr1 569554 569654 . . + -chr1 569623 569723 . . + -chr1 569694 569794 . . + -chr1 569837 569937 . . + -chr1 713744 713844 . . + -chr1 714193 714293 . . + -chr1 739124 739224 . . + -chr1 811788 811888 . . + -chr1 812107 812207 . . + -chr1 840078 840178 . . + -chr1 840146 840246 . . + -chr1 840147 840247 . . + -chr1 858768 858868 . . + -chr1 894060 894160 . . + -chr1 902085 902185 . . + -chr1 919486 919586 . . + -chr1 919675 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6.89409 12.16639 MACS2_peak_174 -chr1 22290424 22290780 356 22290605 10.00 21.86364 10.46893 17.04807 MACS2_peak_175 -chr1 22345890 22346144 254 22345987 3.00 7.77216 3.90105 4.60941 MACS2_peak_176 -chr1 22458388 22458642 254 22458579 3.00 6.57684 3.80689 3.50365 MACS2_peak_177 -chr1 22743063 22743359 296 22743248 6.00 16.40316 6.89409 12.16639 MACS2_peak_178 -chr1 22968636 22968890 254 22968786 3.00 8.63977 3.93948 5.28945 MACS2_peak_179 -chr1 23000650 23000993 343 23000853 5.00 13.74439 5.90922 9.80599 MACS2_peak_180 -chr1 23030993 23031337 344 23031178 5.00 12.44147 5.85158 8.70937 MACS2_peak_181 -chr1 23058285 23058593 308 23058447 4.00 8.57130 4.75861 5.28945 MACS2_peak_182 -chr1 23215774 23216041 267 23215864 4.00 8.57130 4.75861 5.28945 MACS2_peak_183 -chr1 23256766 23257058 292 23256909 4.00 11.15252 4.92435 7.51487 MACS2_peak_184 -chr1 23302993 23303361 368 23303192 7.00 17.38158 7.80211 13.02599 MACS2_peak_185 -chr1 23425260 23425515 255 23425399 8.00 11.02084 7.17910 7.51487 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4.92435 7.51487 MACS2_peak_259 -chr1 29529370 29529798 428 29529594 6.00 16.40316 6.89409 12.16639 MACS2_peak_260 -chr1 29562967 29563221 254 29563092 2.00 5.57376 2.92579 2.70691 MACS2_peak_261 -chr1 30321917 30322290 373 30322085 6.00 16.40316 6.89409 12.16639 MACS2_peak_262 -chr1 30558774 30559028 254 30558899 3.00 8.63977 3.93948 5.28945 MACS2_peak_263 -chr1 30853168 30853618 450 30853399 5.00 12.44147 5.85158 8.70937 MACS2_peak_264 -chr1 31181017 31181339 322 31181130 4.00 10.06728 4.87632 6.61760 MACS2_peak_265 -chr1 31192117 31192391 274 31192208 5.00 10.64473 5.71033 7.17294 MACS2_peak_266 -chr1 31255186 31255440 254 31255344 3.00 7.77216 3.90105 4.60941 MACS2_peak_267 -chr1 31274664 31274993 329 31274762 3.00 7.77216 3.90105 4.60941 MACS2_peak_268 -chr1 31654401 31654655 254 31654527 3.00 8.63977 3.93948 5.28945 MACS2_peak_269 -chr1 31895596 31895850 254 31895780 3.00 7.77216 3.90105 4.60941 MACS2_peak_270 -chr1 32014470 32014892 422 32014685 10.00 25.16488 10.72790 19.97219 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-chr1 51655179 51655433 254 51655271 3.00 7.77216 3.90105 4.60941 MACS2_peak_430 -chr1 51657879 51658218 339 51658067 5.00 12.44147 5.85158 8.70937 MACS2_peak_431 -chr1 51762453 51762875 422 51762669 5.00 12.44147 5.85158 8.70937 MACS2_peak_432 -chr1 52000574 52001022 448 52000795 7.00 19.11990 7.87896 14.58582 MACS2_peak_433 -chr1 52234542 52234986 444 52234750 7.00 17.38158 7.80211 13.02599 MACS2_peak_434 -chr1 52607749 52608003 254 52607792 3.00 7.77216 3.90105 4.60941 MACS2_peak_435 -chr1 52762011 52762412 401 52762245 4.00 10.06728 4.87632 6.61760 MACS2_peak_436 -chr1 53132057 53132422 365 53132177 4.00 10.06728 4.87632 6.61760 MACS2_peak_437 -chr1 53166719 53166973 254 53166748 3.00 5.88126 3.71716 3.00791 MACS2_peak_438 -chr1 53387357 53387689 332 53387472 5.00 10.64473 5.71033 7.17294 MACS2_peak_439 -chr1 53651344 53651598 254 53651525 3.00 8.63977 3.93948 5.28945 MACS2_peak_440 -chr1 53743919 53744396 477 53744144 5.00 13.74439 5.90922 9.80599 MACS2_peak_441 -chr1 53858975 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-chr1 65925200 65925466 266 65925231 3.00 7.77216 3.90105 4.60941 MACS2_peak_491 -chr1 66153326 66153580 254 66153551 3.00 8.63977 3.93948 5.28945 MACS2_peak_492 -chr1 66424489 66424945 456 66424716 9.00 22.52761 9.75264 17.58589 MACS2_peak_493 -chr1 66708430 66708758 328 66708602 4.00 11.15252 4.92435 7.51487 MACS2_peak_494 -chr1 66719012 66719384 372 66719209 11.00 15.93135 9.57213 11.86256 MACS2_peak_495 -chr1 66826277 66826531 254 66826364 2.00 5.57376 2.92579 2.70691 MACS2_peak_496 -chr1 66912052 66912315 263 66912229 7.00 9.46957 6.38142 6.11150 MACS2_peak_497 -chr1 66969638 66969892 254 66969750 3.00 8.63977 3.93948 5.28945 MACS2_peak_498 -chr1 67230648 67230971 323 67230842 5.00 12.44147 5.85158 8.70937 MACS2_peak_499 -chr1 67461845 67462125 280 67461923 7.00 13.58418 7.43431 9.80599 MACS2_peak_500 -chr1 67610521 67610789 268 67610662 4.00 10.06728 4.87632 6.61760 MACS2_peak_501 -chr1 67677276 67677702 426 67677481 8.00 19.93173 8.77737 15.26510 MACS2_peak_502 -chr1 67678818 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71515882 7.00 19.11990 7.87896 14.58582 MACS2_peak_515 -chr1 74140687 74140941 254 74140718 2.00 5.57376 2.92579 2.70691 MACS2_peak_516 -chr1 75155495 75155927 432 75155711 5.00 13.74439 5.90922 9.80599 MACS2_peak_517 -chr1 75669231 75669685 454 75669459 3.00 6.57684 3.80689 3.50365 MACS2_peak_518 -chr1 75699111 75699409 298 75699255 4.00 11.15252 4.92435 7.51487 MACS2_peak_519 -chr1 76619936 76620314 378 76620122 6.00 16.40316 6.89409 12.16639 MACS2_peak_520 -chr1 76796681 76797085 404 76796853 4.00 10.06728 4.87632 6.61760 MACS2_peak_521 -chr1 77609246 77609622 376 77609405 4.00 10.06728 4.87632 6.61760 MACS2_peak_522 -chr1 77613986 77614240 254 77614108 3.00 7.77216 3.90105 4.60941 MACS2_peak_523 -chr1 78291012 78291379 367 78291162 4.00 10.06728 4.87632 6.61760 MACS2_peak_524 -chr1 78445052 78445318 266 78445208 6.00 10.02828 6.21217 6.61760 MACS2_peak_525 -chr1 78580065 78580319 254 78580181 4.00 5.14961 3.98839 2.37121 MACS2_peak_526 -chr1 78596442 78596724 282 78596598 4.00 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