# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1688111575 0
# Node ID 088b980f5f097ce5b58445c07848707dfac58b2e
# Parent  e55eb3d22f798795d45656dfbd40eda4f2bc5b47
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/dada2 commit ea6c9c638e742c097b0ef294161eeea447c09e06

diff -r e55eb3d22f79 -r 088b980f5f09 README.md
--- a/README.md	Tue Aug 31 07:56:53 2021 +0000
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,63 +0,0 @@
-Wrappers for the core functionality of the dada2 package https://benjjneb.github.io/dada2/index.html. 
-
-- assignTaxonomyAddspecies
-- filterAndTrim
-- learnErrors
-- dada
-- mergePairs
-- makeSequenceTable
-- plotComplexity
-- plotQualityProfile
-- removeBimeraDenovo
-- seqCounts
-
-Installation
-============
-
-A conda release >=4.6 is needed so that the bioconductor-dada2 conda environment can be installed correctly.
-
-The dada2 wrappers can be installed via the toolshed. Since they use datatypes that have been introduced with Galaxy release 19.09 they won't work out of the box for older Galaxy releases. 
-In order to run the tools you may either upgrade Galaxy or execute the following two steps: 
-
-1. `find GALAXY_ROOT/shed_tools/testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/ -name "dada2_*xml" -exec sed -i -e 's/profile="19.09"/profile="YOUR_RELEASE"/' {} ;` (replace GALAXY_ROOT and YOUR_RELEASE appropriately)
-2. insert the following lines in `config/datatypes.xml` (just before the line `</registration>`):
-```
-    <datatype extension="dada2_dada" type="galaxy.datatypes.binary:RData" subclass="true" display_in_upload="true" />
-    <datatype extension="dada2_errorrates" type="galaxy.datatypes.binary:RData" subclass="true" display_in_upload="true" />
-    <datatype extension="dada2_mergepairs" type="galaxy.datatypes.binary:RData" subclass="true" display_in_upload="true" />
-    <datatype extension="dada2_sequencetable" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular" mimetype="application/text" subclass="true" display_in_upload="true" />
-    <datatype extension="dada2_uniques" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular" mimetype="application/text" subclass="true" display_in_upload="true" />
-```
-
-Datatypes
-=========
-
-The dada2 Galaxy wrappers use a few extra data types to ensure that only inputs of the correct type can be used, these datatypes are available from Galaxy release 19.05, for earlier releases they need to be added manually. 
-
-For the outputs of dada, learnErrors, and mergePairs the following datatypes are used that derive from  Rdata (which contains the named list that is returned from the corresponding dada function):
-
-- dada2_dada (Rdata: named list, see docs for dada-class)
-- dada2_errorrates (Rdata: named list, see docs for learnErrors)
-- dada2_mergepairs (Rdata: named list, see docs for mergePairs)
-
-For the outputs of makeSequenceTable and removeBimeraDenovo the following data types are used which derive from tabular:
-
-- dada2_uniques
--- in R a named integer vector (names are the unique sequences)
--- in Galaxy written as a table (each row corresponding to a unique sequence, column 1: the sequence, column 2: the count)
-- dada2_sequencetable
--- in R a named integer matrix (rows = samples, columns = unique sequences)
--- in Galaxy written as a table (rows = unique sequences, columns = samples)
-
-Note the difference between the R and Galaxy representations! The main motivation is that the dada2_sequencetable is analogous to OTU tables as produced for instance by qiime (and it seemed natural to extend this to the uniques which are essentially a sequencetables of single samples).
-
-Test data
-=========
-
-Test data for `dada2_seqCounts` is generated using planemo's `--update_test_data` argument and manual
-inspection of the test files. In addition a run of the pipeline (using collections) is executed
-manually using `planemo serve` making sure that the entries of the tables are generated in a useful way.
-
-In order to have the Collection unzip tool available use `planemo s --galaxy_root GALAXY_ROOT  --extra_tools GALAXY_ROOT/lib/galaxy/tools/`
-
-All test other test data is generated using the shell script (`gentest.sh`) in test-data 
diff -r e55eb3d22f79 -r 088b980f5f09 README.rst
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.rst	Fri Jun 30 07:52:55 2023 +0000
@@ -0,0 +1,68 @@
+Wrappers for the core functionality of the dada2 package https://benjjneb.github.io/dada2/index.html. 
+
+- assignTaxonomyAddspecies
+- filterAndTrim
+- learnErrors
+- dada
+- mergePairs
+- makeSequenceTable
+- plotComplexity
+- plotQualityProfile
+- removeBimeraDenovo
+- seqCounts
+
+Installation
+============
+
+A conda release >=4.6 is needed so that the bioconductor-dada2 conda environment can be installed correctly.
+
+The dada2 wrappers can be installed via the toolshed. Since they use datatypes that have been introduced with Galaxy release 19.09 they won't work out of the box for older Galaxy releases. 
+In order to run the tools you may either upgrade Galaxy or execute the following two steps: 
+
+
+1. ``find GALAXY_ROOT/shed_tools/testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/ -name "dada2_*xml" -exec sed -i -e 's/profile="19.09"/profile="YOUR_RELEASE"/' {} ;`` (replace GALAXY_ROOT and YOUR_RELEASE appropriately)
+
+2. insert the following lines in ``config/datatypes.xml`` (just before the line ``</registration>``):
+    .. code-block::
+
+        <datatype extension="dada2_dada" type="galaxy.datatypes.binary:RData" subclass="true" display_in_upload="true" />
+        <datatype extension="dada2_errorrates" type="galaxy.datatypes.binary:RData" subclass="true" display_in_upload="true" />
+        <datatype extension="dada2_mergepairs" type="galaxy.datatypes.binary:RData" subclass="true" display_in_upload="true" />
+        <datatype extension="dada2_sequencetable" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular" mimetype="application/text" subclass="true" display_in_upload="true" />
+        <datatype extension="dada2_uniques" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular" mimetype="application/text" subclass="true" display_in_upload="true" />
+
+
+Datatypes
+=========
+
+The dada2 Galaxy wrappers use a few extra data types to ensure that only inputs of the correct type can be used, these datatypes are available from Galaxy release 19.05, for earlier releases they need to be added manually. 
+
+For the outputs of dada, learnErrors, and mergePairs the following datatypes are used that derive from  Rdata (which contains the named list that is returned from the corresponding dada function):
+
+- dada2_dada (Rdata: named list, see docs for dada-class)
+- dada2_errorrates (Rdata: named list, see docs for learnErrors)
+- dada2_mergepairs (Rdata: named list, see docs for mergePairs)
+
+
+For the outputs of makeSequenceTable and removeBimeraDenovo the following data types are used which derive from tabular:
+
+- dada2_uniques
+    - in R a named integer vector (names are the unique sequences)
+    - in Galaxy written as a table (each row corresponding to a unique sequence, column 1: the sequence, column 2: the count)
+- dada2_sequencetable
+    - in R a named integer matrix (rows = samples, columns = unique sequences)
+    - in Galaxy written as a table (rows = unique sequences, columns = samples)
+
+
+Note the difference between the R and Galaxy representations! The main motivation is that the dada2_sequencetable is analogous to OTU tables as produced for instance by qiime (and it seemed natural to extend this to the uniques which are essentially a sequencetables of single samples).
+
+Test data
+=========
+
+Test data for ``dada2_seqCounts`` is generated using planemo's ``--update_test_data`` argument and manual
+inspection of the test files. In addition a run of the pipeline (using collections) is executed
+manually using ``planemo serve`` making sure that the entries of the tables are generated in a useful way.
+
+In order to have the Collection unzip tool available use ``planemo s --galaxy_root GALAXY_ROOT  --extra_tools GALAXY_ROOT/lib/galaxy/tools/``
+
+All test other test data is generated using the shell script (``gentest.sh``) in test-data
diff -r e55eb3d22f79 -r 088b980f5f09 dada2_dada.xml
--- a/dada2_dada.xml	Tue Aug 31 07:56:53 2021 +0000
+++ b/dada2_dada.xml	Fri Jun 30 07:52:55 2023 +0000
@@ -1,9 +1,9 @@
 <tool id="dada2_dada" name="dada2: dada" version="@DADA2_VERSION@+galaxy@WRAPPER_VERSION@" profile="19.09">
     <description>Remove sequencing errors</description>
-    <expand macro="bio_tools"/>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
     </macros>
+    <expand macro="bio_tools"/>
     <expand macro="requirements"/>
     <expand macro="stdio"/>
     <expand macro="version_command"/>
@@ -98,11 +98,11 @@
         <param name="selfconsist" type="boolean" checked="false" truevalue="TRUE" falsevalue="FALSE" label="Alternate between sample inference and error rate estimation until convergence"/>-->
     </inputs>
     <outputs>
-        <data name="dada" format="dada2_dada">
+        <data name="dada" format="dada2_dada" label="${tool.name} on ${on_string}">
             <filter>batch_cond['batch_select']=="yes"</filter>
         </data>
-        <collection name="data_collection" type="list">
-            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;.+)\.dada2_dada" format="dada2_dada" directory="output" />
+        <collection name="data_collection" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: outputs">
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;.+)\.dada2_dada" format="dada2_dada" directory="output"/>
             <filter>batch_cond['batch_select']=="no"</filter>
         </collection>
     </outputs>
diff -r e55eb3d22f79 -r 088b980f5f09 macros.xml
--- a/macros.xml	Tue Aug 31 07:56:53 2021 +0000
+++ b/macros.xml	Fri Jun 30 07:52:55 2023 +0000
@@ -9,10 +9,11 @@
     <xml name="bio_tools">
         <xrefs>
             <xref type="bio.tools">dada2</xref>
+            <xref type="bioconductor">dada2</xref>
         </xrefs>
     </xml>
     <token name="@DADA2_VERSION@">1.20</token>
-    <token name="@WRAPPER_VERSION@">0</token>
+    <token name="@WRAPPER_VERSION@">1</token>
 
     <xml name="version_command">
         <version_command><![CDATA[
diff -r e55eb3d22f79 -r 088b980f5f09 macros.xml.orig
--- a/macros.xml.orig	Tue Aug 31 07:56:53 2021 +0000
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,143 +0,0 @@
-<?xml version="1.0"?>
-<macros>
-    <xml name="requirements">
-        <requirements>
-            <requirement type="package" version="@DADA2_VERSION@">bioconductor-dada2</requirement>
-            <yield/>
-        </requirements>
-    </xml>
-<<<<<<< HEAD
-
-    <token name="@DADA2_VERSION@">1.20</token>
-=======
-    <xml name="bio_tools">
-        <xrefs>
-            <xref type='bio.tools'>dada2</xref>
-        </xrefs>
-    </xml>
-    <token name="@DADA2_VERSION@">1.16</token>
->>>>>>> 449abf790 (add bio.tools ID)
-    <token name="@WRAPPER_VERSION@">0</token>
-
-    <xml name="version_command">
-        <version_command><![CDATA[
-echo $(R --version | grep version | grep -v GNU)", dada2 version" $(R --vanilla --slave -e "library(dada2); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$dada2\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")
-        ]]></version_command>
-    </xml>
-
-    <xml name="stdio">
-        <stdio>
-            <regex match="Error: cannot allocate" source="stderr" level="fatal_oom" description="Out of memory error occurred" />
-            <regex match="'Calloc' could not allocate memory" source="stderr" level="fatal_oom" description="Out of memory error occurred" />
-        </stdio>
-    </xml>
-
-    <xml name="citations">
-        <citations>
-            <citation type="doi">10.1038/nmeth.3869</citation>
-            <yield/>
-        </citations>
-    </xml>
-
-    <token name="@DADA_UNIQUES@">dada2_dada,dada2_mergepairs</token>
-
-    <!-- function to read dada2 data types
-         - dada, and mergepairs are simply read as RDS
-         - sequence_table is a named integer matrix (rows=samples, columns=ASVs)
-         - uniques is a named integer vector (columns=ASVs, only one rows)-->
-    <token name="@READ_FOO@"><![CDATA[
-    read.uniques <- function ( fname ) {
-         p <- read.table(fname, header=F, sep="\t")
-         n <-x[,2]
-         names(n)<-x[,1]
-    }
-    #def read_data($dataset)
-        #if $dataset.is_of_type('dada2_sequencetable')
-            t(as.matrix( read.table('$dataset', header=T, sep="\t", row.names=1) ))
-        #else if $dataset.is_of_type('dada2_uniques')
-            read.uniques('$dataset')
-        #else if $dataset.is_of_type('tabular')
-            read.table('$dataset', header=T, sep="\t", row.names=1)
-        #else
-            readRDS('$dataset')
-        #end if
-    #end def
-    ]]></token>
-    <!-- function to write dada2 data types (the content or the R variable 'out' is written)
-         - dada, and mergepairs are written as RDS
-         - sequence_table is a named integer matrix (rows=samples, columns=ASVs)
-         - uniques is a named integer vector (columns=ASVs, only one rows)-->
-    <token name="@WRITE_FOO@"><![CDATA[
-write.data <- function( data, fname, type ){
-    if( type == 'dada2_uniques'){
-        write.table(data, file = fname, quote = F, sep = "\t", row.names = T, col.names = F)
-    }else if( type== 'dada2_sequencetable'){
-        write.table(t(data), file=fname, quote=F, sep="\t", row.names = T, col.names = NA)
-    }else{
-        saveRDS(data, file=fname)
-    }
-}
-    ]]></token>
-
-    <xml name="fastq_input" token_multiple="" token_collection_type="" token_argument_fwd="" token_argument_rev="">
-        <conditional name="paired_cond">
-            <param name="paired_select" type="select" label="Paired reads">
-                <option value="paired">paired - in a data set pair</option>
-                <option value="separate">paired - in two separate data sets</option>
-                <option value="single">single</option>
-            </param>
-            <when value="paired">
-                <param name="reads" argument="@ARGUMENT_FWD@/@ARGUMENT_REV@" type="data_collection" collection_type="@COLLECTION_TYPE@" format="fastq,fastq.gz" label="Paired short read data"/>
-            </when>
-            <when value="separate">
-                <param name="reads" argument="@ARGUMENT_FWD@" type="data" format="fastq,fastq.gz" multiple="@MULTIPLE@" label="Forward read data"/>
-                <param name="sdaer" argument="@ARGUMENT_REV@" type="data" format="fastq,fastq.gz" multiple="@MULTIPLE@" label="Reverse read data"/>
-            </when>
-            <when value="single">
-                <param name="reads" argument="@ARGUMENT_FWD@" type="data" format="fastq,fastq.gz" multiple="@MULTIPLE@" label="Short read data"/>
-            </when>
-        </conditional>
-    </xml>
-
-    <!-- for filterAndTrim -->
-    <xml name="trimmers">
-        <section name="trim" title="Trimming parameters">
-            <param argument="truncQ" type="integer" value="2" min="0" label="Truncate reads at quality threshold" help="Truncate reads at the first instance of a quality score less than or equal to this threshold"/>
-            <param argument="trimLeft" type="integer" value="0" min="0" label="Trim start of each read" help="The number of nucleotides to remove from the start of each read."/>
-            <param argument="trimRight" type="integer" value="0" min="0" label="Trim end of each read" help="The number of nucleotides to remove from the end of each read"/>
-            <param argument="truncLen" type="integer" value="0" min="0" label="Truncate read length" help="Truncate reads after this amount of bases. Reads shorter than this are discarded. (default 0: no truncation)"/>
-        </section>
-    </xml>
-    <xml name="filters">
-        <section name="filter" title="Filtering parameters">
-            <param argument="maxLen" type="integer" value="" optional="true" min="0" label="Remove long reads" help="Remove reads with length greater than this value. Default: no length threshold"/>
-            <param argument="minLen" type="integer" value="20" min="0" label="Remove short reads" help="Remove reads with length less than this value. Default: 20"/>
-            <param argument="maxN" type="integer" value="0" min="0" label="Remove reads with more Ns" help="Note that some of the subsequent dada pipeline steps do not allow Ns"/>
-            <param argument="minQ" type="integer" value="0" min="0" label="Remove low quality reads" help="Reads contain a quality score less than this value will be discarded"/>
-            <param argument="maxEE" type="integer" value="" optional="true" min="0" label="Remove reads by number expected errors" help="Reads with a higher number of expected errors (EE) will be discarded, where EE = sum(10^(-Q_i/10)), with Q are the nominal quality scores at the read positions"/>
-        </section>
-    </xml>
-
-    <xml name="errorEstimationFunction">
-        <param name="errfoo" argument="errorEstimationFunction" type="select" label="Error function">
-            <option value="loessErrfun">loess: Use a loess fit to estimate error rates from transition counts</option>
-            <option value="noqualErrfun">noqual: Estimate error rates for each type of transition while ignoring quality scores.</option>
-            <option value="PacBioErrfun">PacBio: Estimate error rates from transition counts in PacBio CCS data.</option>
-        </param>
-    </xml>
-    <token name="@HELP_OVERVIEW@"><![CDATA[
-Overview
-........
-
-The intended use of the dada2 tools for paired sequencing data is shown in the following image.
-
-.. image:: pairpipe.png
-
-Note: In particular for the analysis of paired collections the collections should be sorted lexicographical
-before the analysis.
-
-For single end data you the steps "Unzip collection" and "mergePairs" are not necessary.
-
-More information may be found on the dada2 homepage:: https://benjjneb.github.io/dada2/index.html (in particular tutorials) or the documentation of dada2's R package https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/dada2.html (in particular the pdf which contains the full documentation of all parameters)
-    ]]></token>
-</macros>
diff -r e55eb3d22f79 -r 088b980f5f09 test-data/F3D0_S188_L001_R1_001.fastq
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/F3D0_S188_L001_R1_001.fastq	Fri Jun 30 07:52:55 2023 +0000
@@ -0,0 +1,3000 @@
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:18327:1699 1:N:0:188
+NACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTGCCAAGTCAGCGGTAAAATTGCGGGGCTCAACCCCGTACAGCCGTTGAAACTGCCGGGCTCGAGTGGGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCCCTACTGACGCTGAGGCACGAAAGTGCGGGGATCAAACAG
++
+#>>AABABBFFFGGGGGGGGGGGGGGGGHHHHHHHGGGHHHHHGHGGGGGGGHGGGGGGHHHHHHHHHHGGGGGHHHHGHGGGGGGHHBGHGDGGGGGHHHGGGGHHHHHHHHGGGGGHG@DHHGHEGGGGGGBFGGEGGGGGGGG.DFEFFFFFFFDCFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFDFDFFFEFFCFF?FDFFFFFFFFAFFFFFFFFFFFBDDFFFFFEFADFFFFFBAFFFA?EFFFBFF
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:14069:1827 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTGCCAAGTCAGCGGTAAAATTGCGGGGCTCAACCCCGTACAGCCGTTGAAACTGCCGGGCTCGAGTGGGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCCCTACTGACGCTGAGGCACGAAAGTGCGGGGATCAAACAG
++
+3AA?ABBDBFFBEGGEGGGGAFFGGGGGHHHCGGGGGGHFGHGGCFDEFGGGHGGGEGF1GGFGHHHHHGGEGGHHHHHFGGGGGGHHHHHGGGGCDDGHHGGGFHHHHHHHHCD@CCHGGGGHEHGGG@GFGGGGGGG@BGGGEGCEBFFFBFFB;9@EFFFEFFFFFFFFFFFFAFBBBFFFFFBBBFFFFBBBFFFFFFFFFFFBBBBBBBFFFFFFFFFDDFAFFFFF.AF9/FBBBBB.EAFFE?F
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:18044:1900 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTGTCCGGAATCACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGTTTAATAAGTCAGTGGTGAAAACTGAGGGCTCAACCCTCAGCCTGCCACTGATACTGTTAGACTTGAGTATGGAAGAGGAGAATGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGATTCTCTGGGCCAAGACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA
++
+BA@BBBABBFFFGGGGGGGGGGHGGGGGHHHHGHHHGGGGHHHGGGGGGGGGHGGGGGGFHFHHHFHHHHHHGFHHHHHHFHGGFGHHGGHGGHHFHHHHHHHHHHHHHHGHHHGHDHHHHHHHHHGHDGFFHHHDHHHHHHHHHHHHFHHHDGHHGGGGGHHHHHGGGGEGGGGGBF0BGGGGGGGGFFFGGGDGFFFFBCFBFFBFFBEEFFEFFFFFFFFBDA9EEFFF>DFFFFDDFFFADDFFFF.
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:13234:1983 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGCAGGCGGAAGATCAAGTCAGCGGTAAAATTGAGAGGCTCAACCTCTTCGAGCCGTTGAAACTGGTTTTCTTGAGTGAGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCTCAACTGACGCTCATGCACGAAAGTGTGGGTATCGAACAG
++
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1103:16873:24153 2:N:0:188
+CCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAACGTCAGTTACGGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACCGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCCCTCCCGCACTCTAGTCCGCCAGTTTCCAAAGCAGTTCCGCAGTTAAGCTGCGGCATTTCACTCCAGACTTGGCGCACCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGCTTGCCCCCTACG
++
+BBCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGGGHGFHFH3GGHHGGHCAAFDHGGHHHGBFHGEGGGGHHGGGFHGGEGGGHGHHHHEHHHHGHHHGGGGGHHEHHGGEGGHHF3BFGHHHHHHF///FGBGGGGGGGGGGHHHH1=1<-EGGHFHHFHHDFGHFGHFHDA-AEGBHFHB0CEFAGGFGGGGBBF0FBEGGFFBDGGFFF.AF.FEFADDFFFFFFBFFFFFFFFBBFFFD?ADFFDFFAEFBFFFFFF.
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1103:6627:24281 2:N:0:188
+CCTGTTCGATCCCCGCACTTTCGTGCCTCAGCGTCAGTAGGGCGCCGGCAGGCTGCCTTCGCAATCGGGGTTCTGCGTGATATCTATGCATTTCACCGCTACACCACGCATTCCGCCTTCTTCTCGCCCACTCAAGGCCCCCAGTTTCAACGGCCGGACGGGGTTGAGCCCCGAATTTTTACCGCTGACTTAAAAGCCCGCCTACGCACCCTTTAAACCCAATAAAACCGGTTAACGCTCGCATCCTCCGT
++
+3AAABFFBBFFAGG2E?FFGGGGFGGAHGCHFEGGGGHHHHABEGGGG0E0FGHHGGFHHHGGGGHGCFGGGHHHHGGGDHHHHHGHHGGHHHHHHHGG/CDFFHHHGGGGGHHGG/C.FFHGHGGGGGGGGGHHHF.<<@CGGHGGHGHFGGGFGG@?@GGFFFFF///ADA-;AEFFF.B/:BCBABBF/9/9FFFF@>=A.9DFA-BDFFFFB/FF.E9.FB//:9@D-.:B9.-::---.;//9;..
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1103:24233:24298 2:N:0:188
+CCTGTTCGATACCCACGCTTTCGTGCCTCAGCGTCAGTAGGGCGCCGGTATGCTGCCTTCGCAATCGGAGTTCTGCGTGATATCTATGCATTTCACCGCTACACCACGCATTCCGCATACTTCTCGCCCACTCAAGAACGCCAGTTTCAACGGCTCGACGGCGTTGAGCACCGCTTTTTTACCGCTGACTTGGCATCCCGCCTACGCACCCTTTAAACCCAATAAATCCGGATAACGCTCGCATCCTCCGT
++
+BBBBBFFBBFBBGGGGGGGGGGGHGGHHHHHGGGGGGHHHHGHGEGGGGGGHHGHHHHHHHGGGGHGGCGGFHHHHGGGGHGHHGGHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHGGGGGHHHGCGGHGHHHHGGGGGGHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHGGGGGGCFG?BFGBFFGGFGGFFAFFFFFFFFDFACFFFFFFFBBFFFFFFFFFFF?F-AAFFBFFFFDFFFFFFFFFAC...BBFFDFCFF.BBBFFA9
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1103:20946:24435 2:N:0:188
+CCTGTTCGATACCCACACTTTCGTGCATGAGCGTCAGTTGAGCGCCGGTATGCTGCCTTCGCAATCGGAGTTCTGCGTGATATCTATGCATTTCACCGCTACACCACGCATTCCGCATACTTCTCGCTCACTCAAGAAAACCAGTTTCAACGGCTCGAAGAGGTTGAGCCTCTCAATTTTACCGCTGACTTGATCTTCCGCCTGCGCACCCTTTAAAACCAATAAATCCGGATAACGCTCGCATCCTCC
++
+>ABAAFFBBBBBGGGGGGGGGGGHGGHHHHHHGGDGGHHGHGHGGGGCGGFHHHHGHHHHHGGGFHGGGGGHHHHHCEGEFHHHHGHGFGHHHHHHHGGGGGHHHHHGGGGGHHHGGGGHHHHHHGGGGGFHHHHHDHHHHGEHHHHHHHHGGGCG<-C..CGGGFFHHHCG/:0C9BFFFFGAA?-.;BGGBBFB;BFAGFC.ADA;-9A9FF/BF/;DFFFEFFEBFDB...;/9@.;---:-9/99
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1103:24627:24453 2:N:0:188
+CCTGTTCGATACCCACGCTTTCGTGCATGAGCGTCAGTTGCGCGCCGGTAGGCTGCCTTCGCAATCGGAGTTCTGCGTGATATCTATGCATTTCACCGCTACACCACGCATTCCGCCTACTTCTCGCGCACTCAAGGCTCCCAGTTTCAACGGCGGAACGGGGTTGAGCCCCGCGATTTGACCGCTGACTTGAGAGTCCGCCTGCGCACCCTTTAAACCCAATAAATCCGGATAACGCCCGCATCCTCCGT
++
+AABBBFFABFBBGGGGFGGGGGGHGGHGHHHHGGGGGHHHGEGGGGGGGGGGHHHGHHHHHGGGGHGGGGFHHHGHGEGFHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGHGGGGGHHHGGGGHHHHEHGGGGGGGHHHHGHFGGGHHHHHGHHHGGGGG-B?9DEG9@CBFFFFFDAD-@EFFBFFFFDCDFFFBBF.BB9B.BDAE9-99@>FEFEFFFFFFFAFFFF/;B.>.::B/.--;-:-:@F;BFD:
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1103:8261:24679 2:N:0:188
+CCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAACGTCAGTTACAGTCCAGCAGGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCCTGCCTCTCCTGCACTCCAGTTACACAGTTTCCAGAGCAGTCCGGGGGTTGGGCCCCCGCCTTTCACTCCAGACTTGCATTACCGTCTACGCTACCTTTACACCCAGTAATTCCGGATAACGCTTGCCCCCTACG
++
+AABBBFFF5FDFEGGGEFGGGGGGHGGHGHBGGHHGGHGGHHGHHGHHHHFEGGGGGGGHHGGGGFGHDBCEHGHHHHGHFHHHHHHGGGGFHHHHHFGEEGHHHHHHHHHHHHHGGFEGFHHHHGHHHHGHHHHGDGHHHHHHHHHG1GDHHHHGDGHDCFFGGGGC?AACG?GGGG.BCFGGGGFFFEFFFFFFFFFFFE?FE/AB..;BFFFEFFFFFEE9BB//BB/BDDDFFFFFEA9BBABF.9.
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1103:11662:24827 2:N:0:188
+CCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAGCGTCAGTTACCGTCCAGCAAGCCGCCTCCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCACTTGCCTCTCCGGCACTCCAGCATGGCAGTTTCAAATGCAGTCCCGGGGTTGGGCCCCGGGTTTTCACATCTGACTTGCCACGCCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGCCCGCCCCCCACG
++
+A>ABBFFFFFFFGGGGGGGGGGGGHGGGGHFHGGFGGHHHHHGGGGGGFHGHHGGGG?>FFGGGGFHHFGHFHHHHHHHGHHHGHHHFGGGGHHHHHGGGGGHHGHHHHHHHHHHHFHGHHFHHHHBFGGGHHHHHHFGFFHFGHHHHGHHHGGHHHCGHGGGGCCGGGFHGFFG-.;CEFB000;CFFGGGFFFGGADF=FA...9=-;AFFFFFFFBFD?ABFFFFFFFFFFFFFB;---@C=FB--A-
diff -r e55eb3d22f79 -r 088b980f5f09 test-data/gentest.R
--- a/test-data/gentest.R	Tue Aug 31 07:56:53 2021 +0000
+++ b/test-data/gentest.R	Fri Jun 30 07:52:55 2023 +0000
@@ -1,5 +1,5 @@
-library(dada2, quietly = T)
-library(ggplot2, quietly = T)
+library(dada2, quietly = TRUE)
+library(ggplot2, quietly = TRUE)
 
 sample_names <- c("F3D0_S188_L001", "F3D141_S207_L001")
 fwd <- c("F3D0_S188_L001_R1_001.fastq.gz", "F3D141_S207_L001_R1_001.fastq.gz")
@@ -12,8 +12,8 @@
 
 for (i in seq_len(fwd)) {
     ftout <- dada2::filterAndTrim(fwd[i], filt_fwd[i], rev[i], filt_rev[i])
-    b <- paste(strsplit(fwd[i], ".", fixed = T)[[1]][1], "tab", sep = ".")
-    write.table(ftout, b, quote = F, sep = "\t", col.names = NA)
+    b <- paste(strsplit(fwd[i], ".", fixed = TRUE)[[1]][1], "tab", sep = ".")
+    write.table(ftout, b, quote = FALSE, sep = "\t", col.names = NA)
 }
 
 # In the test only the 1st data set is used
@@ -21,7 +21,7 @@
 t <- rbind(t, ftout[1, ])
 colnames(t) <- colnames(ftout)
 rownames(t) <- rownames(ftout)[1]
-write.table(t, "filterAndTrim.tab", quote = F, sep = "\t", col.names = NA)
+write.table(t, "filterAndTrim.tab", quote = FALSE, sep = "\t", col.names = NA)
 
 names(fwd) <- sample_names
 names(rev) <- sample_names
@@ -79,7 +79,7 @@
 # make sequence table
 print("makeSequenceTable")
 seqtab <- makeSequenceTable(merged)
-write.table(t(seqtab), file = "makeSequenceTable.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = T, col.names = NA)
+write.table(t(seqtab), file = "makeSequenceTable.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = TRUE, col.names = NA)
 
 reads_per_seqlen <- tapply(colSums(seqtab), factor(nchar(getSequences(seqtab))), sum)
 df <- data.frame(length = as.numeric(names(reads_per_seqlen)), count = reads_per_seqlen)
@@ -92,7 +92,7 @@
 # remove bimera
 print("removeBimera")
 seqtab_nochim <- dada2::removeBimeraDenovo(seqtab)
-write.table(t(seqtab), file = "removeBimeraDenovo.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = T, col.names = NA)
+write.table(t(seqtab), file = "removeBimeraDenovo.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = TRUE, col.names = NA)
 
 # assign taxonomy/species
 tl <- "Level1,Level2,Level3,Level4,Level5"
@@ -100,17 +100,17 @@
 
 set.seed(42)
 print("assignTaxonomyAndSpecies")
-taxa <- dada2::assignTaxonomy(seqtab_nochim, "reference.fa.gz", outputBootstraps = T, taxLevels = tl, multithread = 1)
+taxa <- dada2::assignTaxonomy(seqtab_nochim, "reference.fa.gz", outputBootstraps = TRUE, taxLevels = tl, multithread = 1)
 
 taxa$tax <- dada2::addSpecies(taxa$tax, "reference_species.fa.gz")
-write.table(taxa$tax, file = "assignTaxonomyAddspecies.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = T, col.names = NA)
+write.table(taxa$tax, file = "assignTaxonomyAddspecies.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = TRUE, col.names = NA)
 
-write.table(taxa$boot, file = "assignTaxonomyAddspecies_boot.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = T, col.names = NA)
+write.table(taxa$boot, file = "assignTaxonomyAddspecies_boot.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = TRUE, col.names = NA)
 
 
 ## Generate extra test data for parameter testing
 print("alternatives")
-dada2::filterAndTrim(fwd, c("filterAndTrim_single_F3D0_R1.fq.gz", "filterAndTrim_single_F3D141_R1.fq.gz"), rm.phix = T, orient.fwd = "TACGG")
+dada2::filterAndTrim(fwd, c("filterAndTrim_single_F3D0_R1.fq.gz", "filterAndTrim_single_F3D141_R1.fq.gz"), rm.phix = TRUE, orient.fwd = "TACGG")
 
 dada2::filterAndTrim(fwd, c("filterAndTrim_single_trimmers_F3D0_R1.fq.gz", "filterAndTrim_single_trimmers_F3D141_R1.fq.gz"), truncQ = 30, truncLen = 2, trimLeft = 150, trimRight = 2)
 
@@ -122,7 +122,7 @@
     saveRDS(merged_nondef[[id]], file = paste("mergePairs_", id, "_nondefault.Rdata", sep = ""))
 }
 rb_dada_fwd <- dada2::removeBimeraDenovo(dada_fwd[["F3D0_S188_L001"]])
-write.table(rb_dada_fwd, file = "removeBimeraDenovo_F3D0_dada_uniques.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = T, col.names = F)
+write.table(rb_dada_fwd, file = "removeBimeraDenovo_F3D0_dada_uniques.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = TRUE, col.names = FALSE)
 
 rb_merged <- dada2::removeBimeraDenovo(merged, method = "pooled")
 saveRDS(rb_merged, file = "removeBimeraDenovo_F3D0_mergepairs.Rdata")
@@ -134,22 +134,22 @@
 
 print("seqCounts ft")
 samples <- list()
-samples[["F3D0_S188_L001_R1_001.tab"]] <- read.table("F3D0_S188_L001_R1_001.tab", header = T, sep = "\t", row.names = 1)
+samples[["F3D0_S188_L001_R1_001.tab"]] <- read.table("F3D0_S188_L001_R1_001.tab", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)
 dname <- "filter"
 tdf <- samples[["F3D0_S188_L001_R1_001.tab"]]
 names(tdf) <- paste(dname, names(tdf))
 tdf <- cbind(data.frame(samples = names(samples)), tdf)
-write.table(tdf, "seqCounts_filter.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = F, col.names = T)
+write.table(tdf, "seqCounts_filter.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE)
 
 samples <- list()
-samples[["F3D0_S188_L001_R1_001.tab"]] <- read.table("F3D0_S188_L001_R1_001.tab", header = T, sep = "\t", row.names = 1)
-samples[["F3D141_S207_L001_R1_001.tab"]] <- read.table("F3D141_S207_L001_R1_001.tab", header = T, sep = "\t", row.names = 1)
+samples[["F3D0_S188_L001_R1_001.tab"]] <- read.table("F3D0_S188_L001_R1_001.tab", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)
+samples[["F3D141_S207_L001_R1_001.tab"]] <- read.table("F3D141_S207_L001_R1_001.tab", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)
 dname <- "filter"
 tdf <- samples[["F3D0_S188_L001_R1_001.tab"]]
 tdf <- rbind(tdf, samples[["F3D141_S207_L001_R1_001.tab"]])
 names(tdf) <- paste(dname, names(tdf))
 tdf <- cbind(data.frame(samples = names(samples)), tdf)
-write.table(tdf, "seqCounts_filter_both.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = F, col.names = T)
+write.table(tdf, "seqCounts_filter_both.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE)
 
 print("seqCounts dada")
 samples <- list()
@@ -158,7 +158,7 @@
 dname <- "dadaF"
 tdf <- data.frame(samples = names(samples))
 tdf[[dname]] <- sapply(samples, get_n)
-write.table(tdf, "seqCounts_dadaF.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = F, col.names = T)
+write.table(tdf, "seqCounts_dadaF.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE)
 
 print("seqCounts mp")
 samples <- list()
@@ -167,20 +167,20 @@
 dname <- "merge"
 tdf <- data.frame(samples = names(samples))
 tdf[[dname]] <- sapply(samples, get_n)
-write.table(tdf, "seqCounts_merge.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = F, col.names = T)
+write.table(tdf, "seqCounts_merge.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE)
 
 print("seqCounts st")
 samples <- list()
-samples <- t(as.matrix(read.table("makeSequenceTable.tab", header = T, sep = "\t", row.names = 1)))
+samples <- t(as.matrix(read.table("makeSequenceTable.tab", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)))
 dname <- "seqtab"
 tdf <- data.frame(samples = row.names(samples))
 tdf[[dname]] <- rowSums(samples)
-write.table(tdf, "seqCounts_seqtab.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = F, col.names = T)
+write.table(tdf, "seqCounts_seqtab.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE)
 
 print("seqCounts rb")
 samples <- list()
-samples <- t(as.matrix(read.table("removeBimeraDenovo.tab", header = T, sep = "\t", row.names = 1)))
+samples <- t(as.matrix(read.table("removeBimeraDenovo.tab", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)))
 dname <- "nochim"
 tdf <- data.frame(samples = row.names(samples))
 tdf[[dname]] <- rowSums(samples)
-write.table(tdf, "seqCounts_nochim.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = F, col.names = T)
+write.table(tdf, "seqCounts_nochim.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE)