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changeset 55:150087c2f41d draft
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| author | greg |
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| date | Fri, 10 Feb 2017 14:00:08 -0500 |
| parents | 77c1b345bc95 |
| children | ae197e9e9497 |
| files | rooting_order.config |
| diffstat | 1 files changed, 80 insertions(+), 0 deletions(-) [+] |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/rooting_order.config Fri Feb 10 14:00:08 2017 -0500 @@ -0,0 +1,80 @@ +########################################################################### +## Configuration File for Rooting RAxML Phylogenetic Trees ## +## Requirements: ## +## A list of string fragments matching sequences identifiers of species ## +## in the classification (including scaffold taxa) to be used for ## +## determining the most basal taxa in the orthogroups for rooting trees. ## +## Should be listed in decreasing order from older to younger lineages. ## +## If the file is not provided using the "--rooting_order" option, trees ## +## will be rooted using the oldest lineage scaffold tax0n present in ## +## each orthogroup. ## +########################################################################### +## Author: Eric Wafula ## +## Email: ekw10@psu.edu ## +## Institution: Penn State University, Bio Dept, Claude dePamphilis Lab ## +## Date: 01-31-2015 ## +########################################################################### + +[DEFAULT TAXA] + +########################################################################### +## Out Groups ## +########################################################################### +# +Physcomitrella patens=Phypa +Selaginella moellendorffii=Selmo +# +########################################################################### +## Basal Angiosperm ## +########################################################################### +# +Amborella trichopoda=Ambtr +# +########################################################################### +## Monocots ## +########################################################################### +# +Phoenix dactylifera=Phoda +Musa acuminata=Musac +Sorghum bicolor=Sorbi +Brachypodium distachyon=Bradi +Oryza sativa=Orysa +# +########################################################################### +## Basal Eudicots ## +########################################################################### +# +Aquilegia coerulea=Aquco +Nelumbo nucifera=Nelnu +# +########################################################################### +## Asterids ## +########################################################################### +# +Mimulus guttatus=Mimgu +Solanum tuberosum=Soltu +Solanum lycopersicum=Solly +# +########################################################################### +## Rosids ## +########################################################################### +# +Vitis vinifera=Vitvi +Medicago truncatula=Medtr +Glycine max=Glyma +Fragaria vesca=Frave +Populus trichocarpa=Poptr +Theobroma cacao=Theca +Carica papaya=Carpa +Thellungiella parvula=Thepa +Arabidopsis thaliana=Arath +# +########################################################################### + + + + + + + +