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55
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2 ## Configuration File for Rooting RAxML Phylogenetic Trees ##
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3 ## Requirements: ##
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4 ## A list of string fragments matching sequences identifiers of species ##
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5 ## in the classification (including scaffold taxa) to be used for ##
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6 ## determining the most basal taxa in the orthogroups for rooting trees. ##
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7 ## Should be listed in decreasing order from older to younger lineages. ##
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8 ## If the file is not provided using the "--rooting_order" option, trees ##
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9 ## will be rooted using the oldest lineage scaffold tax0n present in ##
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10 ## each orthogroup. ##
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12 ## Author: Eric Wafula ##
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13 ## Email: ekw10@psu.edu ##
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14 ## Institution: Penn State University, Bio Dept, Claude dePamphilis Lab ##
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15 ## Date: 01-31-2015 ##
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18 [DEFAULT TAXA]
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21 ## Out Groups ##
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23 #
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24 Physcomitrella patens=Phypa
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25 Selaginella moellendorffii=Selmo
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26 #
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28 ## Basal Angiosperm ##
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30 #
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31 Amborella trichopoda=Ambtr
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32 #
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34 ## Monocots ##
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36 #
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37 Phoenix dactylifera=Phoda
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38 Musa acuminata=Musac
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39 Sorghum bicolor=Sorbi
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40 Brachypodium distachyon=Bradi
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41 Oryza sativa=Orysa
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42 #
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44 ## Basal Eudicots ##
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46 #
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47 Aquilegia coerulea=Aquco
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48 Nelumbo nucifera=Nelnu
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49 #
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51 ## Asterids ##
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53 #
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54 Mimulus guttatus=Mimgu
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55 Solanum tuberosum=Soltu
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56 Solanum lycopersicum=Solly
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57 #
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59 ## Rosids ##
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61 #
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62 Vitis vinifera=Vitvi
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63 Medicago truncatula=Medtr
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64 Glycine max=Glyma
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65 Fragaria vesca=Frave
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66 Populus trichocarpa=Poptr
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67 Theobroma cacao=Theca
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68 Carica papaya=Carpa
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69 Thellungiella parvula=Thepa
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70 Arabidopsis thaliana=Arath
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71 #
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