# HG changeset patch
# User galaxyp
# Date 1664373327 0
# Node ID 61049b0e6b6617b444e3d93e2a4e3193319c9e64
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/pepquery2 commit 05525c46f05b74566fc162f5ad9c792f3e28811d
diff -r 000000000000 -r 61049b0e6b66 macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Wed Sep 28 13:55:27 2022 +0000
@@ -0,0 +1,1245 @@
+
+ 2.0.2
+ 0
+
+
+ 10.1101/gr.235028.118
+ 10.1038/s41467-020-15456-w
+
+
+ http://pepquery.org/document.html
+
+
+#import re
+#import os.path
+#def identifier_or_name($input1)
+ #if hasattr($input1, 'element_identifier')
+ #return $input1.element_identifier
+ #else
+ #return $input1.name
+ #end if
+#end def
+#def clean($name1)
+ #set $name_clean = $re.sub('[^\w\-_]', '_', $re.sub('(?i)[.](fa|fas|fasta|imzml|mzml|mzxml|mgf|raw)$','', $re.sub('.*/','', $name1.rstrip('.gz'))))
+ #return $name_clean
+#end def
+#def ln_name($ds)
+ #set $ext = ''
+ #if $ds.is_of_type('mzml') or $ds.is_of_type('imzml')
+ #set $ext = ".mzML"
+ #else if $ds.is_of_type('mzxml')
+ #set $ext = ".mzXML"
+ #else if $ds.is_of_type('mgf')
+ #set $ext = ".mgf"
+ #else if $ds.is_of_type('thermo.raw')
+ #set $ext = ".raw"
+ #else if $ds.is_of_type('fasta')
+ #set $ext = ".fasta"
+ #end if
+ #set $name = "%s%s" % ($clean($identifier_or_name($ds)),$ext)
+ #return $name
+#end def
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diff -r 000000000000 -r 61049b0e6b66 pepquery2_show_sets.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/pepquery2_show_sets.xml Wed Sep 28 13:55:27 2022 +0000
@@ -0,0 +1,84 @@
+
+ PepQueryDB datasets, Parameters, PTMs
+
+ macros.xml
+
+
+ pepquery
+
+ '$pepquerydb'
+#end if
+#if 'parameter_sets' in $sets
+ && pepquery -p show | grep -v INFO | sed 's/^.\[m//' > $parameters
+#end if
+#if 'printPTM' in $sets
+ && pepquery -printPTM | grep -v INFO | sed 's/^.\[m//' > $ptm_list
+#end if
+ ]]>
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 'PepQueryDB_datasets' in sets
+
+
+
+
+
+
+ 'parameter_sets' in sets
+
+
+ 'printPTM' in sets
+
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