# HG changeset patch
# User galaxyp
# Date 1664373399 0
# Node ID e9ef3add4ca8180f0c9211e831df303764c82301
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/pepquery2 commit 05525c46f05b74566fc162f5ad9c792f3e28811d
diff -r 000000000000 -r e9ef3add4ca8 macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
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+ http://pepquery.org/document.html
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+#import re
+#import os.path
+#def identifier_or_name($input1)
+ #if hasattr($input1, 'element_identifier')
+ #return $input1.element_identifier
+ #else
+ #return $input1.name
+ #end if
+#end def
+#def clean($name1)
+ #set $name_clean = $re.sub('[^\w\-_]', '_', $re.sub('(?i)[.](fa|fas|fasta|imzml|mzml|mzxml|mgf|raw)$','', $re.sub('.*/','', $name1.rstrip('.gz'))))
+ #return $name_clean
+#end def
+#def ln_name($ds)
+ #set $ext = ''
+ #if $ds.is_of_type('mzml') or $ds.is_of_type('imzml')
+ #set $ext = ".mzML"
+ #else if $ds.is_of_type('mzxml')
+ #set $ext = ".mzXML"
+ #else if $ds.is_of_type('mgf')
+ #set $ext = ".mgf"
+ #else if $ds.is_of_type('thermo.raw')
+ #set $ext = ".raw"
+ #else if $ds.is_of_type('fasta')
+ #set $ext = ".fasta"
+ #end if
+ #set $name = "%s%s" % ($clean($identifier_or_name($ds)),$ext)
+ #return $name
+#end def
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diff -r 000000000000 -r e9ef3add4ca8 pepquery2_index.xml
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