# HG changeset patch # User galaxyp # Date 1502282436 14400 # Node ID bd3bc2d8aaa03cb7a4539ec1df8fb2ed94fbc13b # Parent c1f0d8bf23474a47f2f1c318ee25da67aacbe7aa planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms commit 9a14ed1f2d3c9abdfb080251b3419dd9e0c52a14 diff -r c1f0d8bf2347 -r bd3bc2d8aaa0 XTandemAdapter.xml --- a/XTandemAdapter.xml Thu Apr 27 16:16:12 2017 -0400 +++ b/XTandemAdapter.xml Wed Aug 09 08:40:36 2017 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ - + Annotates MS/MS spectra using X! Tandem. XTandemAdapter @@ -19,6 +19,9 @@ #if $param_out: -out $param_out #end if +#if $param_xml_out: + -xml_out $param_xml_out +#end if #if $param_database: -database $param_database #end if @@ -50,19 +53,11 @@ $param_fragment_error_units #end if #end if -#if $param_min_precursor_charge: - -min_precursor_charge $param_min_precursor_charge -#end if #if $param_max_precursor_charge: -max_precursor_charge $param_max_precursor_charge #end if -#if $param_allow_isotope_error: - -allow_isotope_error - #if " " in str($param_allow_isotope_error): - "$param_allow_isotope_error" - #else - $param_allow_isotope_error - #end if +#if $param_no_isotope_error: + -no_isotope_error #end if #if $rep_param_fixed_modifications: @@ -86,20 +81,23 @@ #end if #end for #end if -#if $param_missed_cleavages: - -missed_cleavages $param_missed_cleavages -#end if #if $param_minimum_fragment_mz: -minimum_fragment_mz $param_minimum_fragment_mz #end if -#if $param_cleavage_site: - -cleavage_site - #if " " in str($param_cleavage_site): - "$param_cleavage_site" +#if $param_enzyme: + -enzyme + #if " " in str($param_enzyme): + "$param_enzyme" #else - $param_cleavage_site + $param_enzyme #end if #end if +#if $param_missed_cleavages: + -missed_cleavages $param_missed_cleavages +#end if +#if $param_semi_cleavage: + -semi_cleavage +#end if #if $param_output_results: -output_results #if " " in str($param_output_results): @@ -111,15 +109,6 @@ #if $param_max_valid_expect: -max_valid_expect $param_max_valid_expect #end if -#if $param_refinement: - -refinement -#end if -#if $param_use_noise_suppression: - -use_noise_suppression -#end if -#if $param_semi_cleavage: - -semi_cleavage -#end if #if $adv_opts.adv_opts_selector=='advanced': #if $adv_opts.param_force: -force @@ -127,10 +116,10 @@ #end if - + - - + + @@ -141,14 +130,11 @@ - - - - - - - - + + + + + @@ -171,6 +157,7 @@ + @@ -302,7 +289,6 @@ - @@ -327,23 +313,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -364,6 +355,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -375,6 +586,7 @@ + @@ -392,9 +604,11 @@ + + @@ -408,6 +622,7 @@ + @@ -429,6 +644,7 @@ + @@ -460,6 +676,7 @@ + @@ -470,6 +687,8 @@ + + @@ -562,7 +781,7 @@ - + @@ -572,6 +791,7 @@ + @@ -635,10 +855,16 @@ + + + + + + @@ -654,6 +880,7 @@ + @@ -721,6 +948,7 @@ + @@ -731,6 +959,7 @@ + @@ -745,6 +974,7 @@ + @@ -785,13 +1015,16 @@ + + + + - - + @@ -861,48 +1094,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -931,6 +1469,7 @@ + @@ -985,8 +1524,11 @@ + + + @@ -1016,7 +1558,6 @@ - @@ -1140,13 +1681,29 @@ - + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1163,6 +1720,7 @@ + @@ -1194,6 +1752,8 @@ + + @@ -1243,6 +1803,7 @@ + @@ -1262,6 +1823,8 @@ + + @@ -1293,6 +1856,10 @@ + + + + @@ -1356,6 +1923,9 @@ + + + @@ -1377,6 +1947,8 @@ + + @@ -1398,9 +1970,6 @@ - - - @@ -1469,7 +2038,7 @@ - + @@ -1507,6 +2076,9 @@ + + + @@ -1528,6 +2100,8 @@ + + @@ -1619,6 +2193,7 @@ + @@ -1631,6 +2206,8 @@ + + @@ -1648,21 +2225,358 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1742,13 +2656,18 @@ + + + + - + + @@ -1771,6 +2690,7 @@ + @@ -1902,7 +2822,6 @@ - @@ -1927,23 +2846,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -1964,6 +2888,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1975,6 +3119,7 @@ + @@ -1992,9 +3137,11 @@ + + @@ -2008,6 +3155,7 @@ + @@ -2029,6 +3177,7 @@ + @@ -2060,6 +3209,7 @@ + @@ -2070,6 +3220,8 @@ + + @@ -2162,7 +3314,7 @@ - + @@ -2172,6 +3324,7 @@ + @@ -2235,10 +3388,16 @@ + + + + + + @@ -2254,6 +3413,7 @@ + @@ -2321,6 +3481,7 @@ + @@ -2331,6 +3492,7 @@ + @@ -2345,6 +3507,7 @@ + @@ -2385,13 +3548,16 @@ + + + + - - + @@ -2461,48 +3627,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2531,6 +4002,7 @@ + @@ -2585,8 +4057,11 @@ + + + @@ -2616,7 +4091,6 @@ - @@ -2740,13 +4214,29 @@ - + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2763,6 +4253,7 @@ + @@ -2794,6 +4285,8 @@ + + @@ -2843,6 +4336,7 @@ + @@ -2862,6 +4356,8 @@ + + @@ -2893,6 +4389,10 @@ + + + + @@ -2956,6 +4456,9 @@ + + + @@ -2977,6 +4480,8 @@ + + @@ -2998,9 +4503,6 @@ - - - @@ -3069,7 +4571,7 @@ - + @@ -3107,6 +4609,9 @@ + + + @@ -3128,6 +4633,8 @@ + + @@ -3219,6 +4726,7 @@ + @@ -3231,6 +4739,8 @@ + + @@ -3248,21 +4758,358 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -3342,48 +5189,51 @@ + + + + - - - + + + + + + + + + + - - - - + + + - - - - - - - - - - + + + + + - - - - + + Annotates MS/MS spectra using X! Tandem. diff -r c1f0d8bf2347 -r bd3bc2d8aaa0 datatypes_conf.xml --- a/datatypes_conf.xml Thu Apr 27 16:16:12 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,33 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r c1f0d8bf2347 -r bd3bc2d8aaa0 filetypes.txt --- a/filetypes.txt Thu Apr 27 16:16:12 2017 -0400 +++ b/filetypes.txt Wed Aug 09 08:40:36 2017 -0400 @@ -14,7 +14,7 @@ consensusXML consensusxml galaxy.datatypes.proteomics:ConsensusXML application/xml edta tabular galaxy.datatypes.tabular:Tabular featureXML featurexml galaxy.datatypes.proteomics:FeatureXML application/xml -idXML idxml galaxy.datatypes.proteomics:IdXM application/xml +idXML idxml galaxy.datatypes.proteomics:IdXML application/xml mzML mzml galaxy.datatypes.proteomics:MzML application/xml mzXML mzxml galaxy.datatypes.proteomics:MzXML application/xml pepXML pepxml galaxy.datatypes.proteomics:PepXml application/xml @@ -26,4 +26,4 @@ msp msp galaxy.datatypes.proteomics:Msp mzid mzid galaxy.datatypes.proteomics:MzIdentML application/xml png png galaxy.datatypes.images:Png image/png -mgf mgf galaxy.datatypes.proteomics:Mgf \ No newline at end of file +mgf mgf galaxy.datatypes.proteomics:Mgf diff -r c1f0d8bf2347 -r bd3bc2d8aaa0 macros.xml --- a/macros.xml Thu Apr 27 16:16:12 2017 -0400 +++ b/macros.xml Wed Aug 09 08:40:36 2017 -0400 @@ -2,7 +2,7 @@ - openms + openms xtandem fido msgf_plus diff -r c1f0d8bf2347 -r bd3bc2d8aaa0 readme.md --- a/readme.md Thu Apr 27 16:16:12 2017 -0400 +++ b/readme.md Wed Aug 09 08:40:36 2017 -0400 @@ -14,15 +14,29 @@ Generating OpenMS wrappers ========================== - * install OpenMS (you can do this automatically through the Tool Shed) + * install OpenMS (you can do this automatically through Conda) * create a folder called CTD - * inside of your new installed openms/bin folder, execute the following command: + * if you installed openms as a binary in a specific directory, execute the following command in the `openms/bin` directory: ```bash for binary in `ls`; do ./$binary -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; done; ``` - * `MetaProSIP.ctd` includes a not supported character: To use it, search for `²` and replace it (e.g. with `^2`). + * if there is no binary release (e.g. as with version 2.2), download and unpack the Conda package, find the `bin` folder and create a list of the tools as follow: + + ```bash + ls >> tools.txt + ``` + + * search for the `bin` folder of your conda environment containing OpenMS and do: + + ```bash + while read p; do + ./PATH/TO/BIN/$p -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; + done -

- - -

- - @@ -22,13 +16,17 @@ + + +

+ @@ -44,7 +42,6 @@ - @@ -62,12 +59,14 @@ + + @@ -78,6 +77,7 @@ +

@@ -154,9 +154,7 @@ - -