# HG changeset patch # User galaxyp # Date 1502130556 14400 # Node ID 2fad35dc953d12ab4a27c1e4d0aa1e8ec697309d # Parent 8e4cbb4c3c7191e50c3330c994d470101bd8b885 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms commit 5a45f473c5355720af88e32369b560867899e791 diff -r 8e4cbb4c3c71 -r 2fad35dc953d SimpleSearchEngine.xml --- a/SimpleSearchEngine.xml Thu Apr 27 13:10:18 2017 -0400 +++ b/SimpleSearchEngine.xml Mon Aug 07 14:29:16 2017 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ - + Annotates MS/MS spectra using SimpleSearchEngine. SimpleSearchEngine @@ -104,26 +104,26 @@ + + + + + - - - - - - - - + + + + + + + + - + - - - - - - + @@ -137,6 +137,7 @@ + @@ -159,6 +160,7 @@ + @@ -290,7 +292,6 @@ - @@ -315,23 +316,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -352,6 +358,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -363,6 +589,7 @@ + @@ -380,9 +607,11 @@ + + @@ -396,6 +625,7 @@ + @@ -417,6 +647,7 @@ + @@ -448,6 +679,7 @@ + @@ -458,6 +690,8 @@ + + @@ -550,7 +784,7 @@ - + @@ -560,6 +794,7 @@ + @@ -623,10 +858,16 @@ + + + + + + @@ -642,6 +883,7 @@ + @@ -709,6 +951,7 @@ + @@ -719,6 +962,7 @@ + @@ -733,6 +977,7 @@ + @@ -773,13 +1018,16 @@ + + + + - - + @@ -849,48 +1097,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -919,6 +1472,7 @@ + @@ -973,8 +1527,11 @@ + + + @@ -1004,7 +1561,6 @@ - @@ -1128,13 +1684,29 @@ - + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1151,6 +1723,7 @@ + @@ -1182,6 +1755,8 @@ + + @@ -1231,6 +1806,7 @@ + @@ -1250,6 +1826,8 @@ + + @@ -1281,6 +1859,10 @@ + + + + @@ -1344,6 +1926,9 @@ + + + @@ -1365,6 +1950,8 @@ + + @@ -1386,9 +1973,6 @@ - - - @@ -1457,7 +2041,7 @@ - + @@ -1495,6 +2079,9 @@ + + + @@ -1516,6 +2103,8 @@ + + @@ -1607,6 +2196,7 @@ + @@ -1619,6 +2209,8 @@ + + @@ -1636,21 +2228,358 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1730,6 +2659,10 @@ + + + + @@ -1737,6 +2670,7 @@ + @@ -1759,6 +2693,7 @@ + @@ -1890,7 +2825,6 @@ - @@ -1915,23 +2849,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -1952,6 +2891,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1963,6 +3122,7 @@ + @@ -1980,9 +3140,11 @@ + + @@ -1996,6 +3158,7 @@ + @@ -2017,6 +3180,7 @@ + @@ -2048,6 +3212,7 @@ + @@ -2058,6 +3223,8 @@ + + @@ -2150,7 +3317,7 @@ - + @@ -2160,6 +3327,7 @@ + @@ -2223,10 +3391,16 @@ + + + + + + @@ -2242,6 +3416,7 @@ + @@ -2309,6 +3484,7 @@ + @@ -2319,6 +3495,7 @@ + @@ -2333,6 +3510,7 @@ + @@ -2373,13 +3551,16 @@ + + + + - - + @@ -2449,48 +3630,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2519,6 +4005,7 @@ + @@ -2573,8 +4060,11 @@ + + + @@ -2604,7 +4094,6 @@ - @@ -2728,13 +4217,29 @@ - + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2751,6 +4256,7 @@ + @@ -2782,6 +4288,8 @@ + + @@ -2831,6 +4339,7 @@ + @@ -2850,6 +4359,8 @@ + + @@ -2881,6 +4392,10 @@ + + + + @@ -2944,6 +4459,9 @@ + + + @@ -2965,6 +4483,8 @@ + + @@ -2986,9 +4506,6 @@ - - - @@ -3057,7 +4574,7 @@ - + @@ -3095,6 +4612,9 @@ + + + @@ -3116,6 +4636,8 @@ + + @@ -3207,6 +4729,7 @@ + @@ -3219,6 +4742,8 @@ + + @@ -3236,21 +4761,358 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -3330,6 +5192,10 @@ + + + + @@ -3352,5 +5218,5 @@ Annotates MS/MS spectra using SimpleSearchEngine. -For more information, visit http://ftp.mi.fu-berlin.de/OpenMS/release-documentation/doxygen/parameters/output/UTILS_SimpleSearchEngine.html +For more information, visit http://ftp.mi.fu-berlin.de/pub/OpenMS/release-documentation/html/classSimpleSearchEngine.html diff -r 8e4cbb4c3c71 -r 2fad35dc953d filetypes.txt --- a/filetypes.txt Thu Apr 27 13:10:18 2017 -0400 +++ b/filetypes.txt Mon Aug 07 14:29:16 2017 -0400 @@ -14,7 +14,7 @@ consensusXML consensusxml galaxy.datatypes.proteomics:ConsensusXML application/xml edta tabular galaxy.datatypes.tabular:Tabular featureXML featurexml galaxy.datatypes.proteomics:FeatureXML application/xml -idXML idxml galaxy.datatypes.proteomics:IdXM application/xml +idXML idxml galaxy.datatypes.proteomics:IdXML application/xml mzML mzml galaxy.datatypes.proteomics:MzML application/xml mzXML mzxml galaxy.datatypes.proteomics:MzXML application/xml pepXML pepxml galaxy.datatypes.proteomics:PepXml application/xml @@ -26,4 +26,4 @@ msp msp galaxy.datatypes.proteomics:Msp mzid mzid galaxy.datatypes.proteomics:MzIdentML application/xml png png galaxy.datatypes.images:Png image/png -mgf mgf galaxy.datatypes.proteomics:Mgf \ No newline at end of file +mgf mgf galaxy.datatypes.proteomics:Mgf diff -r 8e4cbb4c3c71 -r 2fad35dc953d macros.xml --- a/macros.xml Thu Apr 27 13:10:18 2017 -0400 +++ b/macros.xml Mon Aug 07 14:29:16 2017 -0400 @@ -2,7 +2,7 @@ - openms + openms xtandem fido msgf_plus diff -r 8e4cbb4c3c71 -r 2fad35dc953d readme.md --- a/readme.md Thu Apr 27 13:10:18 2017 -0400 +++ b/readme.md Mon Aug 07 14:29:16 2017 -0400 @@ -14,15 +14,29 @@ Generating OpenMS wrappers ========================== - * install OpenMS (you can do this automatically through the Tool Shed) + * install OpenMS (you can do this automatically through Conda) * create a folder called CTD - * inside of your new installed openms/bin folder, execute the following command: + * if you installed openms as a binary in a specific directory, execute the following command in the `openms/bin` directory: ```bash for binary in `ls`; do ./$binary -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; done; ``` - * `MetaProSIP.ctd` includes a not supported character: To use it, search for `²` and replace it (e.g. with `^2`). + * if there is no binary release (e.g. as with version 2.2), download and unpack the Conda package, find the `bin` folder and create a list of the tools as follow: + + ```bash + ls >> tools.txt + ``` + + * search for the `bin` folder of your conda environment containing OpenMS and do: + + ```bash + while read p; do + ./PATH/TO/BIN/$p -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; + done -

- - -

- - @@ -22,13 +16,17 @@ + + +

+ @@ -44,7 +42,6 @@ - @@ -62,12 +59,14 @@ + + @@ -78,6 +77,7 @@ +

@@ -154,9 +154,7 @@ - -