# HG changeset patch # User galaxyp # Date 1607872721 0 # Node ID 72c28ff02cff8aa0e5eef50d4fc79259072c8209 # Parent 532d73721347aed9fb13dafb26ae92efcb0802a3 "planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms commit 6e7368b7f178fbd1f08c28eea1b538add6943a65" diff -r 532d73721347 -r 72c28ff02cff NovorAdapter.xml --- a/NovorAdapter.xml Fri Nov 06 18:57:40 2020 +0000 +++ b/NovorAdapter.xml Sun Dec 13 15:18:41 2020 +0000 @@ -1,7 +1,7 @@ - + Template for Tool creation NovorAdapter diff -r 532d73721347 -r 72c28ff02cff PSMFeatureExtractor.patch --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/PSMFeatureExtractor.patch Sun Dec 13 15:18:41 2020 +0000 @@ -0,0 +1,36 @@ +--- PSMFeatureExtractor.xml 2020-12-13 14:58:44.721454176 +0100 ++++ PSMFeatureExtractor.xml 2020-12-13 14:57:59.719941465 +0100 +@@ -17,7 +17,11 @@ + + ## Preprocessing + mkdir in && ++if $in + ${ ' '.join(["ln -s '%s' 'in/%s.%s' &&" % (_, re.sub('[^\w\-_]', '_', _.element_identifier), $gxy2omsext(_.ext)) for _ in $in if _]) } ++#else if $in_single ++ ln -s '$in_single' 'in/${re.sub("[^\w\-_]", "_", $in_single.element_identifier)}.$gxy2omsext($in_single.ext)' && ++#end if + mkdir out && + + ## Main program call +@@ -27,7 +31,11 @@ + python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hardcoded_json' && + @EXECUTABLE@ -ini @EXECUTABLE@.ctd + -in ++if $in + ${' '.join(["'in/%s.%s'"%(re.sub('[^\w\-_]', '_', _.element_identifier), $gxy2omsext(_.ext)) for _ in $in if _])} ++#else if $in_single ++'in/${re.sub("[^\w\-_]", "_", $in_single.element_identifier)}.$gxy2omsext($in_single.ext)' && ++#end if + -out + 'out/output.${out_type}' + +@@ -41,7 +49,8 @@ + + + +- ++ ++ + + + diff -r 532d73721347 -r 72c28ff02cff bump.json --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/bump.json Sun Dec 13 15:18:41 2020 +0000 @@ -0,0 +1,9 @@ +{ +"AssayGeneratorMetabo": 1, +"LuciphorAdapter": 1, +"MSFraggerAdapter": 1, +"MSGFPlusAdapter": 1, +"NovorAdapter": 1, +"PSMFeatureExtractor": 1, +"SiriusAdapter": 1 +} diff -r 532d73721347 -r 72c28ff02cff generate.sh --- a/generate.sh Fri Nov 06 18:57:40 2020 +0000 +++ b/generate.sh Sun Dec 13 15:18:41 2020 +0000 @@ -6,8 +6,8 @@ ## FILETYPES_RE=$(grep -v "^#" $FILETYPES | grep -v "^$" | cut -f 1 -d" " | tr '\n' '|' | sed 's/|$//'| sed 's/|/\\|/g') export tmp=$(mktemp -d) + export CTDCONVERTER="$tmp/CTDConverter" - ############################################################################### ## reset old data ############################################################################### @@ -56,12 +56,14 @@ find . -maxdepth 0 -name "[A-Z]*xml" -delete source $(dirname $(which conda))/../etc/profile.d/conda.sh conda activate $tmp/OpenMS$VERSION-env -python $CTDCONVERTER/convert.py galaxy -i ctd/*ctd -o ./ -s tools_blacklist.txt -f "$FILETYPES" -m macros.xml -t tool.conf -p hardcoded_params.json --test-macros macros_autotest.xml --test-macros-prefix autotest_ --test-macros macros_test.xml --test-macros-prefix manutest_ --tool-version $VERSION --tool-profile $PROFILE > convert.out 2> convert.err +python $CTDCONVERTER/convert.py galaxy -i ctd/*ctd -o ./ -s tools_blacklist.txt -f "$FILETYPES" -m macros.xml -t tool.conf -p hardcoded_params.json --test-macros macros_autotest.xml --test-macros-prefix autotest_ --test-macros macros_test.xml --test-macros-prefix manutest_ --tool-version $VERSION --tool-profile $PROFILE --bump-file bump.json > convert.out 2> convert.err if [[ "$?" -ne "0" ]]; then >&2 echo 'CTD -> XML conversion failed'; >&2 echo -e "stderr:\n$(cat convert.err)"; fi conda deactivate patch PepNovoAdapter.xml < PepNovoAdapter.patch patch OMSSAAdapter.xml < OMSSAAdapter.patch +# this should not be necessary from 2.7 https://github.com/OpenMS/OpenMS/pull/5087 +patch PSMFeatureExtractor.xml < PSMFeatureExtractor.patch # https://github.com/OpenMS/OpenMS/pull/4984 sed -i -e 's@http://www.openms.de/documentation/@http://www.openms.de/doxygen/release/2.6.0/html/@' ./*xml diff -r 532d73721347 -r 72c28ff02cff hardcoded_params.json --- a/hardcoded_params.json Fri Nov 06 18:57:40 2020 +0000 +++ b/hardcoded_params.json Sun Dec 13 15:18:41 2020 +0000 @@ -122,6 +122,9 @@ "sirius:cores": [{ "value": "${GALAXY_SLOTS:-1}" }], + "out_workspace_directory": [{ + "value": "__SIRIUS_WORKSPACE__" + }], "#": "hardcode the outer loop threads for OpenSwathWorkflow", "outer_loop_threads": [{ diff -r 532d73721347 -r 72c28ff02cff macros.xml --- a/macros.xml Fri Nov 06 18:57:40 2020 +0000 +++ b/macros.xml Sun Dec 13 15:18:41 2020 +0000 @@ -21,6 +21,7 @@ + @@ -126,4 +127,4 @@ #set m={'txt': 'txt', 'tabular': 'tsv', 'xml': 'bioml', 'consensusxml': 'consensusXML', 'csv': 'csv', 'dta': 'dta', 'dta2d': 'dta2d', 'edta': 'edta', 'fasta': 'fa', 'featurexml': 'featureXML', 'html': 'html', 'idxml': 'idXML', 'json': 'json', 'kroenik': 'kroenik', 'mascotxml': 'mascotXML', 'mgf': 'mgf', 'mrm': 'mrm', 'sirius.ms': 'ms', 'ms2': 'ms2', 'msp': 'msp', 'mzdata': 'mzData', 'mzid': 'mzid', 'mzml': 'mzML', 'mzq': 'mzq', 'mztab': 'mzTab', 'mzxml': 'mzXML', 'obo': 'obo', 'osw': 'osw', 'paramxml': 'paramXML', 'peff': 'fasta', 'peplist': 'peplist', 'pepxml': 'pep.xml', 'png': 'png', 'protxml': 'protXML', 'psms': 'psms', 'pqp': 'pqp', 'qcml': 'qcML', 'spec.xml': 'spec.xml', 'splib': 'splib', 'sqmass': 'sqMass', 'tandem': 'tandem.xml', 'trafoxml': 'trafoXML', 'traml': 'traML', 'thermo.raw': 'raw', 'tsv': 'xls', 'xquest.xml': 'xquest.xml'} #return m[g] #end def -]]> +]]>00 diff -r 532d73721347 -r 72c28ff02cff macros_autotest.xml --- a/macros_autotest.xml Fri Nov 06 18:57:40 2020 +0000 +++ b/macros_autotest.xml Sun Dec 13 15:18:41 2020 +0000 @@ -1,1687 +1,37 @@ - - - - - - - - - - -
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