# HG changeset patch # User galaxyp # Date 1500072944 14400 # Node ID 71e5b255a4ce1790fd972eb46fa8776e95617f20 # Parent b1b95a6933f9c0d33078e90fb59aab38b665a3c2 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms commit daf6dfc513ede9b890125d9fff2c2657d834eea9 diff -r b1b95a6933f9 -r 71e5b255a4ce MSGFPlusAdapter.xml --- a/MSGFPlusAdapter.xml Thu Apr 27 15:58:05 2017 -0400 +++ b/MSGFPlusAdapter.xml Fri Jul 14 18:55:44 2017 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ - + MS/MS database search using MS-GF+. MSGFPlusAdapter @@ -143,10 +143,10 @@ -force #end if #end if - ]]> +]]> - + @@ -205,8 +205,9 @@ - + + @@ -229,6 +230,7 @@ + @@ -360,7 +362,6 @@ - @@ -385,23 +386,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -422,6 +428,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -433,6 +659,7 @@ + @@ -450,9 +677,11 @@ + + @@ -466,6 +695,7 @@ + @@ -487,6 +717,7 @@ + @@ -518,6 +749,7 @@ + @@ -528,6 +760,8 @@ + + @@ -620,7 +854,7 @@ - + @@ -630,6 +864,7 @@ + @@ -693,10 +928,16 @@ + + + + + + @@ -712,6 +953,7 @@ + @@ -779,6 +1021,7 @@ + @@ -789,6 +1032,7 @@ + @@ -803,6 +1047,7 @@ + @@ -843,13 +1088,16 @@ + + + + - - + @@ -919,48 +1167,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -989,6 +1542,7 @@ + @@ -1043,8 +1597,11 @@ + + + @@ -1074,7 +1631,6 @@ - @@ -1198,13 +1754,29 @@ - + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1221,6 +1793,7 @@ + @@ -1252,6 +1825,8 @@ + + @@ -1301,6 +1876,7 @@ + @@ -1320,6 +1896,8 @@ + + @@ -1351,6 +1929,10 @@ + + + + @@ -1414,6 +1996,9 @@ + + + @@ -1435,6 +2020,8 @@ + + @@ -1456,9 +2043,6 @@ - - - @@ -1527,7 +2111,7 @@ - + @@ -1565,6 +2149,9 @@ + + + @@ -1586,6 +2173,8 @@ + + @@ -1677,6 +2266,7 @@ + @@ -1689,6 +2279,8 @@ + + @@ -1706,21 +2298,358 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1800,6 +2729,10 @@ + + + + @@ -1807,6 +2740,7 @@ + @@ -1829,6 +2763,7 @@ + @@ -1960,7 +2895,6 @@ - @@ -1985,23 +2919,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -2022,6 +2961,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2033,6 +3192,7 @@ + @@ -2050,9 +3210,11 @@ + + @@ -2066,6 +3228,7 @@ + @@ -2087,6 +3250,7 @@ + @@ -2118,6 +3282,7 @@ + @@ -2128,6 +3293,8 @@ + + @@ -2220,7 +3387,7 @@ - + @@ -2230,6 +3397,7 @@ + @@ -2293,10 +3461,16 @@ + + + + + + @@ -2312,6 +3486,7 @@ + @@ -2379,6 +3554,7 @@ + @@ -2389,6 +3565,7 @@ + @@ -2403,6 +3580,7 @@ + @@ -2443,13 +3621,16 @@ + + + + - - + @@ -2519,48 +3700,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2589,6 +4075,7 @@ + @@ -2643,8 +4130,11 @@ + + + @@ -2674,7 +4164,6 @@ - @@ -2798,13 +4287,29 @@ - + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2821,6 +4326,7 @@ + @@ -2852,6 +4358,8 @@ + + @@ -2901,6 +4409,7 @@ + @@ -2920,6 +4429,8 @@ + + @@ -2951,6 +4462,10 @@ + + + + @@ -3014,6 +4529,9 @@ + + + @@ -3035,6 +4553,8 @@ + + @@ -3056,9 +4576,6 @@ - - - @@ -3127,7 +4644,7 @@ - + @@ -3165,6 +4682,9 @@ + + + @@ -3186,6 +4706,8 @@ + + @@ -3277,6 +4799,7 @@ + @@ -3289,6 +4812,8 @@ + + @@ -3306,21 +4831,358 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -3400,6 +5262,10 @@ + + + + diff -r b1b95a6933f9 -r 71e5b255a4ce macros.xml --- a/macros.xml Thu Apr 27 15:58:05 2017 -0400 +++ b/macros.xml Fri Jul 14 18:55:44 2017 -0400 @@ -2,7 +2,7 @@ - openms + openms xtandem fido msgf_plus diff -r b1b95a6933f9 -r 71e5b255a4ce readme.md --- a/readme.md Thu Apr 27 15:58:05 2017 -0400 +++ b/readme.md Fri Jul 14 18:55:44 2017 -0400 @@ -14,15 +14,29 @@ Generating OpenMS wrappers ========================== - * install OpenMS (you can do this automatically through the Tool Shed) + * install OpenMS (you can do this automatically through Conda) * create a folder called CTD - * inside of your new installed openms/bin folder, execute the following command: + * if you installed openms as a binary in a specific directory, execute the following command in the `openms/bin` directory: ```bash for binary in `ls`; do ./$binary -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; done; ``` - * `MetaProSIP.ctd` includes a not supported character: To use it, search for `²` and replace it (e.g. with `^2`). + * if there is no binary release (e.g. as with version 2.2), download and unpack the Conda package, find the `bin` folder and create a list of the tools as follow: + + ```bash + ls >> tools.txt + ``` + + * search for the `bin` folder of your conda environment containing OpenMS and do: + + ```bash + while read p; do + ./PATH/TO/BIN/$p -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; + done -
- - -
- - @@ -22,13 +16,17 @@ + + +
+ @@ -44,7 +42,6 @@ - @@ -62,12 +59,14 @@ + + @@ -78,6 +77,7 @@ +
@@ -154,9 +154,7 @@ - -