# HG changeset patch # User galaxyp # Date 1500072873 14400 # Node ID 56167997013497aa8ffc4eb17299ca2f8e947569 # Parent b5c3d55dce8072d12cc126f998ac721da67bb9fc planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms commit daf6dfc513ede9b890125d9fff2c2657d834eea9 diff -r b5c3d55dce80 -r 561679970134 LuciphorAdapter.xml --- a/LuciphorAdapter.xml Thu Apr 27 12:56:57 2017 -0400 +++ b/LuciphorAdapter.xml Fri Jul 14 18:54:33 2017 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ - + Modification site localisation using LuciPHOr2. LuciphorAdapter @@ -129,6 +129,7 @@ + @@ -151,6 +152,7 @@ + @@ -282,7 +284,6 @@ - @@ -307,23 +308,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -344,6 +350,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -355,6 +581,7 @@ + @@ -372,9 +599,11 @@ + + @@ -388,6 +617,7 @@ + @@ -409,6 +639,7 @@ + @@ -440,6 +671,7 @@ + @@ -450,6 +682,8 @@ + + @@ -542,7 +776,7 @@ - + @@ -552,6 +786,7 @@ + @@ -615,10 +850,16 @@ + + + + + + @@ -634,6 +875,7 @@ + @@ -701,6 +943,7 @@ + @@ -711,6 +954,7 @@ + @@ -725,6 +969,7 @@ + @@ -765,13 +1010,16 @@ + + + + - - + @@ -841,48 +1089,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -911,6 +1464,7 @@ + @@ -965,8 +1519,11 @@ + + + @@ -996,7 +1553,6 @@ - @@ -1120,13 +1676,29 @@ - + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1143,6 +1715,7 @@ + @@ -1174,6 +1747,8 @@ + + @@ -1223,6 +1798,7 @@ + @@ -1242,6 +1818,8 @@ + + @@ -1273,6 +1851,10 @@ + + + + @@ -1336,6 +1918,9 @@ + + + @@ -1357,6 +1942,8 @@ + + @@ -1378,9 +1965,6 @@ - - - @@ -1449,7 +2033,7 @@ - + @@ -1487,6 +2071,9 @@ + + + @@ -1508,6 +2095,8 @@ + + @@ -1599,6 +2188,7 @@ + @@ -1611,6 +2201,8 @@ + + @@ -1628,21 +2220,358 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1722,6 +2651,10 @@ + + + + diff -r b5c3d55dce80 -r 561679970134 macros.xml --- a/macros.xml Thu Apr 27 12:56:57 2017 -0400 +++ b/macros.xml Fri Jul 14 18:54:33 2017 -0400 @@ -2,7 +2,7 @@ - openms + openms xtandem fido msgf_plus diff -r b5c3d55dce80 -r 561679970134 readme.md --- a/readme.md Thu Apr 27 12:56:57 2017 -0400 +++ b/readme.md Fri Jul 14 18:54:33 2017 -0400 @@ -14,15 +14,29 @@ Generating OpenMS wrappers ========================== - * install OpenMS (you can do this automatically through the Tool Shed) + * install OpenMS (you can do this automatically through Conda) * create a folder called CTD - * inside of your new installed openms/bin folder, execute the following command: + * if you installed openms as a binary in a specific directory, execute the following command in the `openms/bin` directory: ```bash for binary in `ls`; do ./$binary -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; done; ``` - * `MetaProSIP.ctd` includes a not supported character: To use it, search for `²` and replace it (e.g. with `^2`). + * if there is no binary release (e.g. as with version 2.2), download and unpack the Conda package, find the `bin` folder and create a list of the tools as follow: + + ```bash + ls >> tools.txt + ``` + + * search for the `bin` folder of your conda environment containing OpenMS and do: + + ```bash + while read p; do + ./PATH/TO/BIN/$p -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; + done -

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- - @@ -22,13 +16,17 @@ + + +

+ @@ -44,7 +42,6 @@ - @@ -62,12 +59,14 @@ + + @@ -78,6 +77,7 @@ +

@@ -154,9 +154,7 @@ - -