# HG changeset patch
# User galaxyp
# Date 1607873177 0
# Node ID 14955951902fcad8d3980e45d69f6e34c30f2a54
# Parent e429563831f6e0528a035631cb320744dcc4117b
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms commit 6e7368b7f178fbd1f08c28eea1b538add6943a65-dirty"
diff -r e429563831f6 -r 14955951902f PSMFeatureExtractor.patch
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/PSMFeatureExtractor.patch Sun Dec 13 15:26:17 2020 +0000
@@ -0,0 +1,36 @@
+--- PSMFeatureExtractor.xml 2020-12-13 14:58:44.721454176 +0100
++++ PSMFeatureExtractor.xml 2020-12-13 14:57:59.719941465 +0100
+@@ -17,7 +17,11 @@
+
+ ## Preprocessing
+ mkdir in &&
++if $in
+ ${ ' '.join(["ln -s '%s' 'in/%s.%s' &&" % (_, re.sub('[^\w\-_]', '_', _.element_identifier), $gxy2omsext(_.ext)) for _ in $in if _]) }
++#else if $in_single
++ ln -s '$in_single' 'in/${re.sub("[^\w\-_]", "_", $in_single.element_identifier)}.$gxy2omsext($in_single.ext)' &&
++#end if
+ mkdir out &&
+
+ ## Main program call
+@@ -27,7 +31,11 @@
+ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hardcoded_json' &&
+ @EXECUTABLE@ -ini @EXECUTABLE@.ctd
+ -in
++if $in
+ ${' '.join(["'in/%s.%s'"%(re.sub('[^\w\-_]', '_', _.element_identifier), $gxy2omsext(_.ext)) for _ in $in if _])}
++#else if $in_single
++'in/${re.sub("[^\w\-_]", "_", $in_single.element_identifier)}.$gxy2omsext($in_single.ext)' &&
++#end if
+ -out
+ 'out/output.${out_type}'
+
+@@ -41,7 +49,8 @@
+
+
+
+-
++
++
+
+
+
diff -r e429563831f6 -r 14955951902f bump.json
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/bump.json Sun Dec 13 15:26:17 2020 +0000
@@ -0,0 +1,9 @@
+{
+"AssayGeneratorMetabo": 1,
+"LuciphorAdapter": 1,
+"MSFraggerAdapter": 1,
+"MSGFPlusAdapter": 1,
+"NovorAdapter": 1,
+"PSMFeatureExtractor": 1,
+"SiriusAdapter": 1
+}
diff -r e429563831f6 -r 14955951902f generate.sh
--- a/generate.sh Fri Nov 06 19:32:55 2020 +0000
+++ b/generate.sh Sun Dec 13 15:26:17 2020 +0000
@@ -6,8 +6,8 @@
## FILETYPES_RE=$(grep -v "^#" $FILETYPES | grep -v "^$" | cut -f 1 -d" " | tr '\n' '|' | sed 's/|$//'| sed 's/|/\\|/g')
export tmp=$(mktemp -d)
+
export CTDCONVERTER="$tmp/CTDConverter"
-
###############################################################################
## reset old data
###############################################################################
@@ -56,12 +56,14 @@
find . -maxdepth 0 -name "[A-Z]*xml" -delete
source $(dirname $(which conda))/../etc/profile.d/conda.sh
conda activate $tmp/OpenMS$VERSION-env
-python $CTDCONVERTER/convert.py galaxy -i ctd/*ctd -o ./ -s tools_blacklist.txt -f "$FILETYPES" -m macros.xml -t tool.conf -p hardcoded_params.json --test-macros macros_autotest.xml --test-macros-prefix autotest_ --test-macros macros_test.xml --test-macros-prefix manutest_ --tool-version $VERSION --tool-profile $PROFILE > convert.out 2> convert.err
+python $CTDCONVERTER/convert.py galaxy -i ctd/*ctd -o ./ -s tools_blacklist.txt -f "$FILETYPES" -m macros.xml -t tool.conf -p hardcoded_params.json --test-macros macros_autotest.xml --test-macros-prefix autotest_ --test-macros macros_test.xml --test-macros-prefix manutest_ --tool-version $VERSION --tool-profile $PROFILE --bump-file bump.json > convert.out 2> convert.err
if [[ "$?" -ne "0" ]]; then >&2 echo 'CTD -> XML conversion failed'; >&2 echo -e "stderr:\n$(cat convert.err)"; fi
conda deactivate
patch PepNovoAdapter.xml < PepNovoAdapter.patch
patch OMSSAAdapter.xml < OMSSAAdapter.patch
+# this should not be necessary from 2.7 https://github.com/OpenMS/OpenMS/pull/5087
+patch PSMFeatureExtractor.xml < PSMFeatureExtractor.patch
# https://github.com/OpenMS/OpenMS/pull/4984
sed -i -e 's@http://www.openms.de/documentation/@http://www.openms.de/doxygen/release/2.6.0/html/@' ./*xml
diff -r e429563831f6 -r 14955951902f hardcoded_params.json
--- a/hardcoded_params.json Fri Nov 06 19:32:55 2020 +0000
+++ b/hardcoded_params.json Sun Dec 13 15:26:17 2020 +0000
@@ -122,6 +122,9 @@
"sirius:cores": [{
"value": "${GALAXY_SLOTS:-1}"
}],
+ "out_workspace_directory": [{
+ "value": "__SIRIUS_WORKSPACE__"
+ }],
"#": "hardcode the outer loop threads for OpenSwathWorkflow",
"outer_loop_threads": [{
diff -r e429563831f6 -r 14955951902f macros.xml
--- a/macros.xml Fri Nov 06 19:32:55 2020 +0000
+++ b/macros.xml Sun Dec 13 15:26:17 2020 +0000
@@ -21,6 +21,7 @@
+
diff -r e429563831f6 -r 14955951902f macros_autotest.xml
--- a/macros_autotest.xml Fri Nov 06 19:32:55 2020 +0000
+++ b/macros_autotest.xml Sun Dec 13 15:26:17 2020 +0000
@@ -1,1687 +1,37 @@
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@@ -1689,23185 +39,211 @@
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diff -r e429563831f6 -r 14955951902f macros_discarded_auto.xml
--- a/macros_discarded_auto.xml Fri Nov 06 19:32:55 2020 +0000
+++ b/macros_discarded_auto.xml Sun Dec 13 15:26:17 2020 +0000
@@ -1,378 +1,15 @@
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diff -r e429563831f6 -r 14955951902f macros_test.xml
--- a/macros_test.xml Fri Nov 06 19:32:55 2020 +0000
+++ b/macros_test.xml Sun Dec 13 15:26:17 2020 +0000
@@ -335,6 +335,7 @@
+
@@ -354,6 +355,13 @@
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+
+
diff -r e429563831f6 -r 14955951902f prepare_test_data_manual.sh
--- a/prepare_test_data_manual.sh Fri Nov 06 19:32:55 2020 +0000
+++ b/prepare_test_data_manual.sh Sun Dec 13 15:26:17 2020 +0000
@@ -86,10 +86,13 @@
PhosphoScoring -in spectra.mzML -id MSGFPlusAdapter_1_out1.tmp -out PhosphoScoring.idxml > PhosphoScoring.stdout 2> stderr
if [[ "$?" -ne "0" ]]; then >&2 echo 'PhosphoScoring failed'; >&2 echo -e "stderr:\n$(cat stderr | sed 's/^/ /')"; fi
-PSMFeatureExtractor -test -in MSGFPlusAdapter_1_out.idXML XTandemAdapter_1_out.idXML -multiple_search_engines -skip_db_check -out PSMFeatureExtractor.idxml > PSMFeatureExtractor_1.stdout 2> stderr
+# TODO PSMFeatureExtractor should have auto tests with 2.7 https://github.com/OpenMS/OpenMS/pull/5087
+PSMFeatureExtractor -test -in MSGFPlusAdapter_1_out.idXML XTandemAdapter_1_out.idXML -multiple_search_engines -skip_db_check -out_type idXML -out PSMFeatureExtractor.idxml > PSMFeatureExtractor_1.stdout 2> stderr
if [[ "$?" -ne "0" ]]; then >&2 echo 'PSMFeatureExtractor_1 failed'; >&2 echo -e "stderr:\n$(cat stderr | sed 's/^/ /')"; fi
-PSMFeatureExtractor -test -in MSGFPlusAdapter_1_out.idXML XTandemAdapter_1_out.idXML -multiple_search_engines -skip_db_check -out PSMFeatureExtractor.mzid > PSMFeatureExtractor_2.stdout 2> stderr
+PSMFeatureExtractor -test -in MSGFPlusAdapter_1_out.idXML XTandemAdapter_1_out.idXML -multiple_search_engines -skip_db_check -out_type mzid -out PSMFeatureExtractor.mzid > PSMFeatureExtractor_2.stdout 2> stderr
if [[ "$?" -ne "0" ]]; then >&2 echo 'PSMFeatureExtractor_2 failed'; >&2 echo -e "stderr:\n$(cat stderr | sed 's/^/ /')"; fi
+PSMFeatureExtractor -test -in MSGFPlusAdapter_1_out.idXML -out_type idXML -out PSMFeatureExtractor_3.idXML > PSMFeatureExtractor_3.stdout 2> stderr
+if [[ "$?" -ne "0" ]]; then >&2 echo 'PSMFeatureExtractor_3 failed'; >&2 echo -e "stderr:\n$(cat stderr | sed 's/^/ /')"; fi
QCCalculator -test -in OpenPepXL_input.mzML -out QCCalculator1.qcML > QCCalculator_1.stdout 2> stderr
if [[ "$?" -ne "0" ]]; then >&2 echo 'QCCalculator_1 failed'; >&2 echo -e "stderr:\n$(cat stderr | sed 's/^/ /')"; fi
diff -r e429563831f6 -r 14955951902f readme.md
--- a/readme.md Fri Nov 06 19:32:55 2020 +0000
+++ b/readme.md Sun Dec 13 15:26:17 2020 +0000
@@ -22,11 +22,14 @@
Manual updates should only be done to
-- the `@GALAXY_VERSION@"` token in `macros.xml`
- and the manually contributed tests in `macros_test.xml` (The goal is that all
tools that do not have an automatically generated test are covered here)
- the `hardcoded_params.json` files
+Wrapper versions are managed in `bump.json`. For tools listed in the file
+the wrapper version will be set accordingly and otherwise `0` is used.
+For a major update of the tool version the bump file should be reset (to `{}`).
+
In a few cases patches may be acceptable.
Installation