# HG changeset patch # User galaxyp # Date 1500071789 14400 # Node ID 2d2c6af4d90e91ca1d17f913633a3d958a55c7a0 # Parent c2327a2ce6e6da967bddcd4acb2aa6d97b0ebfa0 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms commit daf6dfc513ede9b890125d9fff2c2657d834eea9 diff -r c2327a2ce6e6 -r 2d2c6af4d90e CompNovo.xml --- a/CompNovo.xml Thu Apr 27 12:44:38 2017 -0400 +++ b/CompNovo.xml Fri Jul 14 18:36:29 2017 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ - + Performs a de novo peptide identification using the CompNovo engine. CompNovo @@ -127,6 +127,7 @@ + @@ -149,6 +150,7 @@ + @@ -280,7 +282,6 @@ - @@ -305,23 +306,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -342,6 +348,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -353,6 +579,7 @@ + @@ -370,9 +597,11 @@ + + @@ -386,6 +615,7 @@ + @@ -407,6 +637,7 @@ + @@ -438,6 +669,7 @@ + @@ -448,6 +680,8 @@ + + @@ -540,7 +774,7 @@ - + @@ -550,6 +784,7 @@ + @@ -613,10 +848,16 @@ + + + + + + @@ -632,6 +873,7 @@ + @@ -699,6 +941,7 @@ + @@ -709,6 +952,7 @@ + @@ -723,6 +967,7 @@ + @@ -763,13 +1008,16 @@ + + + + - - + @@ -839,48 +1087,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - 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@@ -1905,23 +2839,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -1942,6 +2881,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1953,6 +3112,7 @@ + @@ -1970,9 +3130,11 @@ + + @@ -1986,6 +3148,7 @@ + @@ -2007,6 +3170,7 @@ + @@ -2038,6 +3202,7 @@ + @@ -2048,6 +3213,8 @@ + + @@ -2140,7 +3307,7 @@ - + @@ -2150,6 +3317,7 @@ + @@ -2213,10 +3381,16 @@ + + + + + + @@ -2232,6 +3406,7 @@ + @@ -2299,6 +3474,7 @@ + @@ -2309,6 +3485,7 @@ + @@ -2323,6 +3500,7 @@ + @@ -2363,13 +3541,16 @@ + + + + - - + @@ -2439,48 +3620,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - 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openms + openms xtandem fido msgf_plus diff -r c2327a2ce6e6 -r 2d2c6af4d90e readme.md --- a/readme.md Thu Apr 27 12:44:38 2017 -0400 +++ b/readme.md Fri Jul 14 18:36:29 2017 -0400 @@ -14,15 +14,29 @@ Generating OpenMS wrappers ========================== - * install OpenMS (you can do this automatically through the Tool Shed) + * install OpenMS (you can do this automatically through Conda) * create a folder called CTD - * inside of your new installed openms/bin folder, execute the following command: + * if you installed openms as a binary in a specific directory, execute the following command in the `openms/bin` directory: ```bash for binary in `ls`; do ./$binary -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; done; ``` - * `MetaProSIP.ctd` includes a not supported character: To use it, search for `²` and replace it (e.g. with `^2`). + * if there is no binary release (e.g. as with version 2.2), download and unpack the Conda package, find the `bin` folder and create a list of the tools as follow: + + ```bash + ls >> tools.txt + ``` + + * search for the `bin` folder of your conda environment containing OpenMS and do: + + ```bash + while read p; do + ./PATH/TO/BIN/$p -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; + done -

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- - @@ -22,13 +16,17 @@ + + +

+ @@ -44,7 +42,6 @@ - @@ -62,12 +59,14 @@ + + @@ -78,6 +77,7 @@ +

@@ -154,9 +154,7 @@ - -